src/MCview/PDBfile.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.io.*;\r
  24 \r
  25 import java.net.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 public class PDBfile extends jalview.io.FileParse {\r
  31     public Vector chains = new Vector();\r
  32     Vector lineArray = new Vector();\r
  33 \r
  34     public PDBfile(String[] lines) {\r
  35         for (int i = 0; i < lines.length; i++)\r
  36             lineArray.addElement(lines[i]);\r
  37 \r
  38         noLines = lineArray.size();\r
  39         parse();\r
  40     }\r
  41 \r
  42     public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException {\r
  43         super(inFile, inType);\r
  44 \r
  45         String line;\r
  46         this.lineArray = new Vector();\r
  47 \r
  48         BufferedReader dataIn;\r
  49 \r
  50         if (inType.equals("File")) {\r
  51             dataIn = new BufferedReader(new FileReader(inFile));\r
  52         }\r
  53         else {\r
  54             URL url = new URL(inFile);\r
  55             this.fileSize = 0;\r
  56             dataIn = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
  57         }\r
  58 \r
  59         while ((line = dataIn.readLine()) != null) {\r
  60             lineArray.addElement(line);\r
  61         }\r
  62 \r
  63         noLines = lineArray.size();\r
  64 \r
  65         parse();\r
  66     }\r
  67 \r
  68     public void parse() {\r
  69         for (int i = 0; i < lineArray.size(); i++) {\r
  70             StringTokenizer str = new StringTokenizer(lineArray.elementAt(i)\r
  71                                                                .toString());\r
  72 \r
  73             if (str.hasMoreTokens()) {\r
  74                 String inStr = str.nextToken();\r
  75 \r
  76                 if (inStr.indexOf("ATOM") != -1) {\r
  77                     try {\r
  78                         myAtom tmpatom = new myAtom(str);\r
  79 \r
  80                         if (findChain(tmpatom.chain) != null) {\r
  81                             //   System.out.println("Adding to chain " + tmpatom.chain);\r
  82                             findChain(tmpatom.chain).atoms.addElement(tmpatom);\r
  83                         } else {\r
  84                             //  System.out.println("Making chain " + tmpatom.chain);\r
  85                             PDBChain tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);\r
  86                             chains.addElement(tmpchain);\r
  87                             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
  88                         }\r
  89                     } catch (NumberFormatException e) {\r
  90                         System.err.println("Caught" + e);\r
  91                         System.err.println("Record not added to PDB model:" +\r
  92                             lineArray.elementAt(i).toString());\r
  93                     }\r
  94                 }\r
  95             }\r
  96         }\r
  97 \r
  98         makeResidueList();\r
  99         makeCaBondList();\r
 100     }\r
 101 \r
 102     public void makeResidueList() {\r
 103         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 104             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeResidueList();\r
 105         }\r
 106     }\r
 107 \r
 108     public void makeCaBondList() {\r
 109         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 110             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).makeCaBondList();\r
 111         }\r
 112     }\r
 113 \r
 114     public PDBChain findChain(String id) {\r
 115         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 116             // System.out.println("ID = " + id + " " +((PDBChain)chains.elementAt(i)).id);\r
 117             if (((PDBChain) chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {\r
 118                 return (PDBChain) chains.elementAt(i);\r
 119             }\r
 120         }\r
 121 \r
 122         return null;\r
 123     }\r
 124 \r
 125     public void setChargeColours() {\r
 126         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 127             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChargeColours();\r
 128         }\r
 129     }\r
 130 \r
 131     public void setHydrophobicityColours() {\r
 132         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 133             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setHydrophobicityColours();\r
 134         }\r
 135     }\r
 136 \r
 137     public void colourBySequence(jalview.gui.SequenceRenderer sr,\r
 138                                  jalview.gui.FeatureRenderer fr) {\r
 139             for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 140               ((PDBChain)chains.elementAt(i)).colourBySequence(sr,fr);\r
 141             }\r
 142     }\r
 143 \r
 144     public void setChainColours() {\r
 145         for (int i = 0; i < chains.size(); i++) {\r
 146             ((PDBChain) chains.elementAt(i)).setChainColours();\r
 147         }\r
 148     }\r
 149 }\r