src/MCview/Zsort.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 public class Zsort
  26 {
  27   public void Zsort(Vector bonds)
  28   {
  29     sort(bonds, 0, bonds.size() - 1);
  30   }
  31
  32   public void sort(Vector bonds, int p, int r)
  33   {
  34     int q;
  35
  36     if (p < r)
  37     {
  38       q = partition(bonds, p, r);
  39       sort(bonds, p, q);
  40       sort(bonds, q + 1, r);
  41     }
  42   }
  43
  44   private int partition(Vector bonds, int p, int r)
  45   {
  46     float x = ((Bond) bonds.elementAt(p)).start[2];
  47     int i = p - 1;
  48     int j = r + 1;
  49     Bond tmp;
  50     while (true)
  51     {
  52       do
  53       {
  54         j--;
  55       } while ((j >= 0) && (((Bond) bonds.elementAt(j)).start[2] > x));
  56
  57       do
  58       {
  59         i++;
  60       } while ((i < bonds.size())
  61               && (((Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] < x));
  62
  63       if (i < j)
  64       {
  65         tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);
  66         bonds.setElementAt(bonds.elementAt(j), i);
  67         bonds.setElementAt(tmp, j);
  68       }
  69       else
  70       {
  71         return j;
  72       }
  73     }
  74   }
  75 }