src/MCview/Zsort.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package MCview;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 public class Zsort\r
  24 {\r
  25   public void Zsort(Vector bonds)\r
  26   {\r
  27     sort(bonds, 0, bonds.size() - 1);\r
  28   }\r
  29 \r
  30   public void sort(Vector bonds, int p, int r)\r
  31   {\r
  32     int q;\r
  33 \r
  34     if (p < r)\r
  35     {\r
  36       q = partition(bonds, p, r);\r
  37       sort(bonds, p, q);\r
  38       sort(bonds, q + 1, r);\r
  39     }\r
  40   }\r
  41 \r
  42   private int partition(Vector bonds, int p, int r)\r
  43   {\r
  44     float x = ( (Bond) bonds.elementAt(p)).start[2];\r
  45     int i = p - 1;\r
  46     int j = r + 1;\r
  47     Bond tmp;\r
  48     while (true)\r
  49     {\r
  50       do\r
  51       {\r
  52         j--;\r
  53       }\r
  54       while ( (j >= 0) && ( ( (Bond) bonds.elementAt(j)).start[2] > x));\r
  55 \r
  56       do\r
  57       {\r
  58         i++;\r
  59       }\r
  60       while ( (i < bonds.size()) &&\r
  61              ( ( (Bond) bonds.elementAt(i)).start[2] < x));\r
  62 \r
  63       if (i < j)\r
  64       {\r
  65         tmp = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
  66         bonds.setElementAt(bonds.elementAt(j), i);\r
  67         bonds.setElementAt(tmp, j);\r
  68       }\r
  69       else\r
  70       {\r
  71         return j;\r
  72       }\r
  73     }\r
  74   }\r
  75 }\r