src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraManager.java

   1 package ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2;
   2
   3 import jalview.ws.HttpClientUtils;
   4
   5 import java.awt.Color;
   6 import java.io.BufferedReader;
   7 import java.io.File;
   8 import java.io.IOException;
   9 import java.io.InputStream;
  10 import java.io.InputStreamReader;
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.Collection;
  13 import java.util.HashMap;
  14 import java.util.List;
  15 import java.util.Map;
  16
  17 import org.apache.http.NameValuePair;
  18 import org.apache.http.message.BasicNameValuePair;
  19 import org.slf4j.Logger;
  20 import org.slf4j.LoggerFactory;
  21
  22 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  23 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.port.ListenerThreads;
  24
  25 /**
  26  * This object maintains the Chimera communication information.
  27  */
  28 public class ChimeraManager
  29 {
  30   private static final boolean debug = false;
  31
  32   private int chimeraRestPort;
  33
  34   private Process chimera;
  35
  36   private ListenerThreads chimeraListenerThread;
  37
  38   private Map<Integer, ChimeraModel> currentModelsMap;
  39
  40   private Logger logger = LoggerFactory
  41           .getLogger(ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraManager.class);
  42
  43   private StructureManager structureManager;
  44
  45   public ChimeraManager(StructureManager structureManager)
  46   {
  47     this.structureManager = structureManager;
  48     chimera = null;
  49     chimeraListenerThread = null;
  50     currentModelsMap = new HashMap<Integer, ChimeraModel>();
  51
  52   }
  53
  54   public List<ChimeraModel> getChimeraModels(String modelName)
  55   {
  56     List<ChimeraModel> models = getChimeraModels(modelName,
  57             ModelType.PDB_MODEL);
  58     models.addAll(getChimeraModels(modelName, ModelType.SMILES));
  59     return models;
  60   }
  61
  62   public List<ChimeraModel> getChimeraModels(String modelName,
  63           ModelType modelType)
  64   {
  65     List<ChimeraModel> models = new ArrayList<ChimeraModel>();
  66     for (ChimeraModel model : currentModelsMap.values())
  67     {
  68       if (modelName.equals(model.getModelName())
  69               && modelType.equals(model.getModelType()))
  70       {
  71         models.add(model);
  72       }
  73     }
  74     return models;
  75   }
  76
  77   public Map<String, List<ChimeraModel>> getChimeraModelsMap()
  78   {
  79     Map<String, List<ChimeraModel>> models = new HashMap<String, List<ChimeraModel>>();
  80     for (ChimeraModel model : currentModelsMap.values())
  81     {
  82       String modelName = model.getModelName();
  83       if (!models.containsKey(modelName))
  84       {
  85         models.put(modelName, new ArrayList<ChimeraModel>());
  86       }
  87       if (!models.get(modelName).contains(model))
  88       {
  89         models.get(modelName).add(model);
  90       }
  91     }
  92     return models;
  93   }
  94
  95   public ChimeraModel getChimeraModel(Integer modelNumber,
  96           Integer subModelNumber)
  97   {
  98     Integer key = ChimUtils.makeModelKey(modelNumber, subModelNumber);
  99     if (currentModelsMap.containsKey(key))
 100     {
 101       return currentModelsMap.get(key);
 102     }
 103     return null;
 104   }
 105
 106   public ChimeraModel getChimeraModel()
 107   {
 108     return currentModelsMap.values().iterator().next();
 109   }
 110
 111   public Collection<ChimeraModel> getChimeraModels()
 112   {
 113     // this method is invoked by the model navigator dialog
 114     return currentModelsMap.values();
 115   }
 116
 117   public int getChimeraModelsCount(boolean smiles)
 118   {
 119     // this method is invokes by the model navigator dialog
 120     int counter = currentModelsMap.size();
 121     if (smiles)
 122     {
 123       return counter;
 124     }
 125
 126     for (ChimeraModel model : currentModelsMap.values())
 127     {
 128       if (model.getModelType() == ModelType.SMILES)
 129       {
 130         counter--;
 131       }
 132     }
 133     return counter;
 134   }
 135
 136   public boolean hasChimeraModel(Integer modelNubmer)
 137   {
 138     return hasChimeraModel(modelNubmer, 0);
 139   }
 140
 141   public boolean hasChimeraModel(Integer modelNubmer, Integer subModelNumber)
 142   {
 143     return currentModelsMap.containsKey(ChimUtils.makeModelKey(modelNubmer,
 144             subModelNumber));
 145   }
 146
 147   public void addChimeraModel(Integer modelNumber, Integer subModelNumber,
 148           ChimeraModel model)
 149   {
 150     currentModelsMap.put(
 151             ChimUtils.makeModelKey(modelNumber, subModelNumber), model);
 152   }
 153
 154   public void removeChimeraModel(Integer modelNumber, Integer subModelNumber)
 155   {
 156     int modelKey = ChimUtils.makeModelKey(modelNumber, subModelNumber);
 157     if (currentModelsMap.containsKey(modelKey))
 158     {
 159       currentModelsMap.remove(modelKey);
 160     }
 161   }
 162
 163   public List<ChimeraModel> openModel(String modelPath, ModelType type)
 164   {
 165     return openModel(modelPath, getFileNameFromPath(modelPath), type);
 166   }
 167
 168   /**
 169    * Overloaded method to allow Jalview to pass in a model name.
 170    *
 171    * @param modelPath
 172    * @param modelName
 173    * @param type
 174    * @return
 175    */
 176   public List<ChimeraModel> openModel(String modelPath, String modelName,
 177           ModelType type)
 178   {
 179     logger.info("chimera open " + modelPath);
 180     stopListening();
 181     List<String> response = null;
 182     // TODO: [Optional] Handle modbase models
 183     if (type == ModelType.MODBASE_MODEL)
 184     {
 185       response = sendChimeraCommand("open modbase:" + modelPath, true);
 186       // } else if (type == ModelType.SMILES) {
 187       // response = sendChimeraCommand("open smiles:" + modelName, true);
 188       // modelName = "smiles:" + modelName;
 189     }
 190     else
 191     {
 192       response = sendChimeraCommand("open " + modelPath, true);
 193     }
 194     if (response == null)
 195     {
 196       // something went wrong
 197       logger.warn("Could not open " + modelPath);
 198       return null;
 199     }
 200     List<ChimeraModel> models = new ArrayList<ChimeraModel>();
 201     int[] modelNumbers = null;
 202     if (type == ModelType.PDB_MODEL)
 203     {
 204       for (String line : response)
 205       {
 206         if (line.startsWith("#"))
 207         {
 208           modelNumbers = ChimUtils.parseOpenedModelNumber(line);
 209           if (modelNumbers != null)
 210           {
 211             int modelNumber = ChimUtils.makeModelKey(modelNumbers[0],
 212                     modelNumbers[1]);
 213             if (currentModelsMap.containsKey(modelNumber))
 214             {
 215               continue;
 216             }
 217             ChimeraModel newModel = new ChimeraModel(modelName, type,
 218                     modelNumbers[0], modelNumbers[1]);
 219             currentModelsMap.put(modelNumber, newModel);
 220             models.add(newModel);
 221
 222             //
 223             // patch for Jalview - set model name in Chimera
 224             //
 225             sendChimeraCommand("setattr M name " + modelName + " #"
 226                     + modelNumbers[0], false);
 227             // end patch for Jalview
 228
 229             modelNumbers = null;
 230           }
 231         }
 232       }
 233     }
 234     else
 235     {
 236       // TODO: [Optional] Open smiles from file would fail. Do we need it?
 237       // If parsing fails, iterate over all open models to get the right one
 238       List<ChimeraModel> openModels = getModelList();
 239       for (ChimeraModel openModel : openModels)
 240       {
 241         String openModelName = openModel.getModelName();
 242         if (openModelName.endsWith("..."))
 243         {
 244           openModelName = openModelName.substring(0,
 245                   openModelName.length() - 3);
 246         }
 247         if (modelPath.startsWith(openModelName))
 248         {
 249           openModel.setModelName(modelPath);
 250           int modelNumber = ChimUtils
 251                   .makeModelKey(openModel.getModelNumber(),
 252                           openModel.getSubModelNumber());
 253           if (!currentModelsMap.containsKey(modelNumber))
 254           {
 255             currentModelsMap.put(modelNumber, openModel);
 256             models.add(openModel);
 257           }
 258         }
 259       }
 260     }
 261
 262     // assign color and residues to open models
 263     for (ChimeraModel newModel : models)
 264     {
 265       // get model color
 266       Color modelColor = getModelColor(newModel);
 267       if (modelColor != null)
 268       {
 269         newModel.setModelColor(modelColor);
 270       }
 271
 272       // Get our properties (default color scheme, etc.)
 273       // Make the molecule look decent
 274       // chimeraSend("repr stick "+newModel.toSpec());
 275
 276       // Create the information we need for the navigator
 277       if (type != ModelType.SMILES)
 278       {
 279         addResidues(newModel);
 280       }
 281     }
 282
 283     sendChimeraCommand("focus", false);
 284     startListening();
 285     return models;
 286   }
 287
 288   /**
 289    * Refactored method to extract the last (or only) element delimited by file
 290    * path separator.
 291    *
 292    * @param modelPath
 293    * @return
 294    */
 295   private String getFileNameFromPath(String modelPath)
 296   {
 297     String modelName = modelPath;
 298     if (modelPath == null)
 299     {
 300       return null;
 301     }
 302     // TODO: [Optional] Convert path to name in a better way
 303     if (modelPath.lastIndexOf(File.separator) > 0)
 304     {
 305       modelName = modelPath.substring(modelPath
 306               .lastIndexOf(File.separator) + 1);
 307     }
 308     else if (modelPath.lastIndexOf("/") > 0)
 309     {
 310       modelName = modelPath
 311               .substring(modelPath.lastIndexOf("/") + 1);
 312     }
 313     return modelName;
 314   }
 315
 316   public void closeModel(ChimeraModel model)
 317   {
 318     // int model = structure.modelNumber();
 319     // int subModel = structure.subModelNumber();
 320     // Integer modelKey = makeModelKey(model, subModel);
 321     stopListening();
 322     logger.info("chimera close model " + model.getModelName());
 323     if (currentModelsMap.containsKey(ChimUtils.makeModelKey(
 324             model.getModelNumber(), model.getSubModelNumber())))
 325     {
 326       sendChimeraCommand("close " + model.toSpec(), false);
 327       // currentModelNamesMap.remove(model.getModelName());
 328       currentModelsMap.remove(ChimUtils.makeModelKey(
 329               model.getModelNumber(), model.getSubModelNumber()));
 330       // selectionList.remove(chimeraModel);
 331     }
 332     else
 333     {
 334       logger.warn("Could not find model " + model.getModelName()
 335               + " to close.");
 336     }
 337     startListening();
 338   }
 339
 340   public void startListening()
 341   {
 342     sendChimeraCommand("listen start models; listen start select", false);
 343   }
 344
 345   public void stopListening()
 346   {
 347     sendChimeraCommand("listen stop models; listen stop select", false);
 348   }
 349
 350   /**
 351    * Select something in Chimera
 352    *
 353    * @param command
 354    *          the selection command to pass to Chimera
 355    */
 356   public void select(String command)
 357   {
 358     sendChimeraCommand("listen stop select; " + command
 359             + "; listen start select", false);
 360   }
 361
 362   public void focus()
 363   {
 364     sendChimeraCommand("focus", false);
 365   }
 366
 367   public void clearOnChimeraExit()
 368   {
 369     chimera = null;
 370     currentModelsMap.clear();
 371       this.chimeraRestPort = 0;
 372     structureManager.clearOnChimeraExit();
 373   }
 374
 375   public void exitChimera()
 376   {
 377     if (isChimeraLaunched() && chimera != null)
 378     {
 379       sendChimeraCommand("stop really", false);
 380       try
 381       {
 382         chimera.destroy();
 383       } catch (Exception ex)
 384       {
 385         // ignore
 386       }
 387     }
 388     clearOnChimeraExit();
 389   }
 390
 391   public Map<Integer, ChimeraModel> getSelectedModels()
 392   {
 393     Map<Integer, ChimeraModel> selectedModelsMap = new HashMap<Integer, ChimeraModel>();
 394     List<String> chimeraReply = sendChimeraCommand(
 395             "list selection level molecule", true);
 396     if (chimeraReply != null)
 397     {
 398       for (String modelLine : chimeraReply)
 399       {
 400         ChimeraModel chimeraModel = new ChimeraModel(modelLine);
 401         Integer modelKey = ChimUtils.makeModelKey(
 402                 chimeraModel.getModelNumber(),
 403                 chimeraModel.getSubModelNumber());
 404         selectedModelsMap.put(modelKey, chimeraModel);
 405       }
 406     }
 407     return selectedModelsMap;
 408   }
 409
 410   public List<String> getSelectedResidueSpecs()
 411   {
 412     List<String> selectedResidues = new ArrayList<String>();
 413     List<String> chimeraReply = sendChimeraCommand(
 414             "list selection level residue", true);
 415     if (chimeraReply != null)
 416     {
 417       for (String inputLine : chimeraReply)
 418       {
 419         String[] inputLineParts = inputLine.split("\\s+");
 420         if (inputLineParts.length == 5)
 421         {
 422           selectedResidues.add(inputLineParts[2]);
 423         }
 424       }
 425     }
 426     return selectedResidues;
 427   }
 428
 429   public void getSelectedResidues(
 430           Map<Integer, ChimeraModel> selectedModelsMap)
 431   {
 432     List<String> chimeraReply = sendChimeraCommand(
 433             "list selection level residue", true);
 434     if (chimeraReply != null)
 435     {
 436       for (String inputLine : chimeraReply)
 437       {
 438         ChimeraResidue r = new ChimeraResidue(inputLine);
 439         Integer modelKey = ChimUtils.makeModelKey(r.getModelNumber(),
 440                 r.getSubModelNumber());
 441         if (selectedModelsMap.containsKey(modelKey))
 442         {
 443           ChimeraModel model = selectedModelsMap.get(modelKey);
 444           model.addResidue(r);
 445         }
 446       }
 447     }
 448   }
 449
 450   /**
 451    * Return the list of ChimeraModels currently open. Warning: if smiles model
 452    * name too long, only part of it with "..." is printed.
 453    *
 454    *
 455    * @return List of ChimeraModel's
 456    */
 457   // TODO: [Optional] Handle smiles names in a better way in Chimera?
 458   public List<ChimeraModel> getModelList()
 459   {
 460     List<ChimeraModel> modelList = new ArrayList<ChimeraModel>();
 461     List<String> list = sendChimeraCommand("list models type molecule",
 462             true);
 463     if (list != null)
 464     {
 465       for (String modelLine : list)
 466       {
 467         ChimeraModel chimeraModel = new ChimeraModel(modelLine);
 468         modelList.add(chimeraModel);
 469       }
 470     }
 471     return modelList;
 472   }
 473
 474   /**
 475    * Return the list of depiction presets available from within Chimera. Chimera
 476    * will return the list as a series of lines with the format: Preset type
 477    * number "description"
 478    *
 479    * @return list of presets
 480    */
 481   public List<String> getPresets()
 482   {
 483     ArrayList<String> presetList = new ArrayList<String>();
 484     List<String> output = sendChimeraCommand("preset list", true);
 485     if (output != null)
 486     {
 487       for (String preset : output)
 488       {
 489         preset = preset.substring(7); // Skip over the "Preset"
 490         preset = preset.replaceFirst("\"", "(");
 491         preset = preset.replaceFirst("\"", ")");
 492         // string now looks like: type number (description)
 493         presetList.add(preset);
 494       }
 495     }
 496     return presetList;
 497   }
 498
 499   public boolean isChimeraLaunched()
 500   {
 501     boolean launched = false;
 502     if (chimera != null)
 503     {
 504       try
 505       {
 506         chimera.exitValue();
 507         // if we get here, process has ended
 508       } catch (IllegalThreadStateException e)
 509       {
 510         // ok - not yet terminated
 511         launched = true;
 512       }
 513     }
 514     return launched;
 515   }
 516
 517   public boolean launchChimera(List<String> chimeraPaths)
 518   {
 519     // Do nothing if Chimera is already launched
 520     if (isChimeraLaunched())
 521     {
 522       return true;
 523     }
 524
 525     // Try to launch Chimera (eventually using one of the possible paths)
 526     String error = "Error message: ";
 527     String workingPath = "";
 528     // iterate over possible paths for starting Chimera
 529     for (String chimeraPath : chimeraPaths)
 530     {
 531       File path = new File(chimeraPath);
 532       if (!path.canExecute())
 533       {
 534         error += "File '" + path + "' does not exist.\n";
 535         continue;
 536       }
 537       try
 538       {
 539         List<String> args = new ArrayList<String>();
 540         args.add(chimeraPath);
 541         args.add("--start");
 542         args.add("RESTServer");
 543         ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder(args);
 544         chimera = pb.start();
 545         error = "";
 546         workingPath = chimeraPath;
 547         break;
 548       } catch (Exception e)
 549       {
 550         // Chimera could not be started
 551         error += e.getMessage();
 552       }
 553     }
 554     // If no error, then Chimera was launched successfully
 555     if (error.length() == 0)
 556     {
 557       this.chimeraRestPort = getPortNumber();
 558       System.out.println("Chimera REST API started on port "
 559               + chimeraRestPort);
 560       // structureManager.initChimTable();
 561       structureManager.setChimeraPathProperty(workingPath);
 562       // TODO: [Optional] Check Chimera version and show a warning if below 1.8
 563       // Ask Chimera to give us updates
 564       startListening();
 565       return true;
 566     }
 567
 568     // Tell the user that Chimera could not be started because of an error
 569     logger.warn(error);
 570     return false;
 571   }
 572
 573   /**
 574    * Read and return the port number returned in the reply to --start RESTServer
 575    */
 576   private int getPortNumber()
 577   {
 578     int port = 0;
 579     InputStream readChan = chimera.getInputStream();
 580     BufferedReader lineReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 581             readChan));
 582     String response = null;
 583     try
 584     {
 585       // expect: REST server on host 127.0.0.1 port port_number
 586       response = lineReader.readLine();
 587       String [] tokens = response.split(" ");
 588       if (tokens.length == 7 && "port".equals(tokens[5])) {
 589         port = Integer.parseInt(tokens[6]);
 590         logger.info("Chimera REST service listening on port "
 591                 + chimeraRestPort);
 592       }
 593     } catch (Exception e)
 594     {
 595       logger.error("Failed to get REST port number from " + response + ": "
 596               + e.getMessage());
 597     } finally
 598     {
 599       try
 600       {
 601         lineReader.close();
 602       } catch (IOException e2)
 603       {
 604       }
 605     }
 606     return port;
 607   }
 608
 609   /**
 610    * Determine the color that Chimera is using for this model.
 611    *
 612    * @param model
 613    *          the ChimeraModel we want to get the Color for
 614    * @return the default model Color for this model in Chimera
 615    */
 616   public Color getModelColor(ChimeraModel model)
 617   {
 618     List<String> colorLines = sendChimeraCommand(
 619             "list model spec " + model.toSpec() + " attribute color", true);
 620     if (colorLines == null || colorLines.size() == 0)
 621     {
 622       return null;
 623     }
 624     return ChimUtils.parseModelColor(colorLines.get(0));
 625   }
 626
 627   /**
 628    *
 629    * Get information about the residues associated with a model. This uses the
 630    * Chimera listr command. We don't return the resulting residues, but we add
 631    * the residues to the model.
 632    *
 633    * @param model
 634    *          the ChimeraModel to get residue information for
 635    *
 636    */
 637   public void addResidues(ChimeraModel model)
 638   {
 639     int modelNumber = model.getModelNumber();
 640     int subModelNumber = model.getSubModelNumber();
 641     // Get the list -- it will be in the reply log
 642     List<String> reply = sendChimeraCommand(
 643             "list residues spec " + model.toSpec(), true);
 644     if (reply == null)
 645     {
 646       return;
 647     }
 648     for (String inputLine : reply)
 649     {
 650       ChimeraResidue r = new ChimeraResidue(inputLine);
 651       if (r.getModelNumber() == modelNumber
 652               || r.getSubModelNumber() == subModelNumber)
 653       {
 654         model.addResidue(r);
 655       }
 656     }
 657   }
 658
 659   public List<String> getAttrList()
 660   {
 661     List<String> attributes = new ArrayList<String>();
 662     final List<String> reply = sendChimeraCommand("list resattr", true);
 663     if (reply != null)
 664     {
 665       for (String inputLine : reply)
 666       {
 667         String[] lineParts = inputLine.split("\\s");
 668         if (lineParts.length == 2 && lineParts[0].equals("resattr"))
 669         {
 670           attributes.add(lineParts[1]);
 671         }
 672       }
 673     }
 674     return attributes;
 675   }
 676
 677   public Map<ChimeraResidue, Object> getAttrValues(String aCommand,
 678           ChimeraModel model)
 679   {
 680     Map<ChimeraResidue, Object> values = new HashMap<ChimeraResidue, Object>();
 681     final List<String> reply = sendChimeraCommand("list residue spec "
 682             + model.toSpec() + " attribute " + aCommand, true);
 683     if (reply != null)
 684     {
 685       for (String inputLine : reply)
 686       {
 687         String[] lineParts = inputLine.split("\\s");
 688         if (lineParts.length == 5)
 689         {
 690           ChimeraResidue residue = ChimUtils
 691                   .getResidue(lineParts[2], model);
 692           String value = lineParts[4];
 693           if (residue != null)
 694           {
 695             if (value.equals("None"))
 696             {
 697               continue;
 698             }
 699             if (value.equals("True") || value.equals("False"))
 700             {
 701               values.put(residue, Boolean.valueOf(value));
 702               continue;
 703             }
 704             try
 705             {
 706               Double doubleValue = Double.valueOf(value);
 707               values.put(residue, doubleValue);
 708             } catch (NumberFormatException ex)
 709             {
 710               values.put(residue, value);
 711             }
 712           }
 713         }
 714       }
 715     }
 716     return values;
 717   }
 718
 719   private volatile boolean busy = false;
 720
 721   /**
 722    * Send a command to Chimera.
 723    *
 724    * @param command
 725    *          Command string to be send.
 726    * @param reply
 727    *          Flag indicating whether the method should return the reply from
 728    *          Chimera or not.
 729    * @return List of Strings corresponding to the lines in the Chimera reply or
 730    *         <code>null</code>.
 731    */
 732   public List<String> sendChimeraCommand(String command, boolean reply)
 733   {
 734     if (!isChimeraLaunched() || command == null
 735             || "".equals(command.trim()))
 736     {
 737       return null;
 738     }
 739     // TODO do we need a maximum wait time before aborting?
 740     while (busy)
 741     {
 742       try
 743       {
 744         Thread.sleep(25);
 745       } catch (InterruptedException q)
 746       {
 747       }
 748     }
 749     busy = true;
 750     long startTime = System.currentTimeMillis();
 751     try
 752     {
 753       return sendRestCommand(command);
 754     } finally
 755     {
 756       /*
 757        * Make sure busy flag is reset come what may!
 758        */
 759       busy = false;
 760       if (debug)
 761       {
 762         System.out.println("Chimera command took "
 763                 + (System.currentTimeMillis() - startTime) + "ms: "
 764                 + command);
 765       }
 766
 767     }
 768   }
 769
 770   /**
 771    * Sends the command to Chimera's REST API, and returns any response lines.
 772    *
 773    * @param command
 774    * @return
 775    */
 776   protected List<String> sendRestCommand(String command)
 777   {
 778     // TODO start a separate thread to do this so we don't block?
 779     String restUrl = "http://127.0.0.1:" + this.chimeraRestPort + "/run";
 780     List<NameValuePair> commands = new ArrayList<NameValuePair>(1);
 781     commands.add(new BasicNameValuePair("command", command));
 782
 783     List<String> reply = new ArrayList<String>();
 784     BufferedReader response = null;
 785     try {
 786       response = HttpClientUtils.doHttpUrlPost(restUrl,
 787               commands);
 788       String line = "";
 789       while ((line = response.readLine()) != null) {
 790         reply.add(line);
 791       }
 792     } catch (Exception e)
 793     {
 794       logger.error("REST call " + command + " failed: " + e.getMessage());
 795     } finally
 796     {
 797       if (response != null)
 798       {
 799         try
 800         {
 801           response.close();
 802         } catch (IOException e)
 803         {
 804         }
 805       }
 806     }
 807     return reply;
 808   }
 809
 810   /**
 811    * Send a command to stdin of Chimera process, and optionally read any
 812    * responses.
 813    *
 814    * @param command
 815    * @param readReply
 816    * @return
 817    */
 818   protected List<String> sendStdinCommand(String command, boolean readReply)
 819   {
 820     chimeraListenerThread.clearResponse(command);
 821     String text = command.concat("\n");
 822     try
 823     {
 824       // send the command
 825       chimera.getOutputStream().write(text.getBytes());
 826       chimera.getOutputStream().flush();
 827     } catch (IOException e)
 828     {
 829       // logger.info("Unable to execute command: " + text);
 830       // logger.info("Exiting...");
 831       logger.warn("Unable to execute command: " + text);
 832       logger.warn("Exiting...");
 833       clearOnChimeraExit();
 834       return null;
 835     }
 836     if (!readReply)
 837     {
 838       return null;
 839     }
 840     List<String> rsp = chimeraListenerThread.getResponse(command);
 841     return rsp;
 842   }
 843
 844   public StructureManager getStructureManager()
 845   {
 846     return structureManager;
 847   }
 848
 849   public boolean isBusy()
 850   {
 851     return busy;
 852   }
 853
 854 }