src/ext/edu/ucsf/rbvi/strucviz2/ChimeraManager.java

   1 /* vim: set ts=2: */
   2 /**
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  30  * EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
  31  *
  32  */
  33 package ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2;
  34
  35 import jalview.ws.HttpClientUtils;
  36
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.io.BufferedReader;
  39 import java.io.File;
  40 import java.io.IOException;
  41 import java.io.InputStream;
  42 import java.io.InputStreamReader;
  43 import java.util.ArrayList;
  44 import java.util.Collection;
  45 import java.util.HashMap;
  46 import java.util.List;
  47 import java.util.Map;
  48
  49 import org.apache.http.NameValuePair;
  50 import org.apache.http.message.BasicNameValuePair;
  51 import org.slf4j.Logger;
  52 import org.slf4j.LoggerFactory;
  53
  54 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
  55 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.port.ListenerThreads;
  56
  57 /**
  58  * This object maintains the Chimera communication information.
  59  */
  60 public class ChimeraManager
  61 {
  62   private static final int REST_REPLY_TIMEOUT_MS = 15000;
  63
  64   private static final int CONNECTION_TIMEOUT_MS = 100;
  65
  66   private static final boolean debug = false;
  67
  68   private int chimeraRestPort;
  69
  70   private Process chimera;
  71
  72   private ListenerThreads chimeraListenerThread;
  73
  74   private Map<Integer, ChimeraModel> currentModelsMap;
  75
  76   private Logger logger = LoggerFactory
  77           .getLogger(ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraManager.class);
  78
  79   private StructureManager structureManager;
  80
  81   public ChimeraManager(StructureManager structureManager)
  82   {
  83     this.structureManager = structureManager;
  84     chimera = null;
  85     chimeraListenerThread = null;
  86     currentModelsMap = new HashMap<Integer, ChimeraModel>();
  87
  88   }
  89
  90   public List<ChimeraModel> getChimeraModels(String modelName)
  91   {
  92     List<ChimeraModel> models = getChimeraModels(modelName,
  93             ModelType.PDB_MODEL);
  94     models.addAll(getChimeraModels(modelName, ModelType.SMILES));
  95     return models;
  96   }
  97
  98   public List<ChimeraModel> getChimeraModels(String modelName,
  99           ModelType modelType)
 100   {
 101     List<ChimeraModel> models = new ArrayList<ChimeraModel>();
 102     for (ChimeraModel model : currentModelsMap.values())
 103     {
 104       if (modelName.equals(model.getModelName())
 105               && modelType.equals(model.getModelType()))
 106       {
 107         models.add(model);
 108       }
 109     }
 110     return models;
 111   }
 112
 113   public Map<String, List<ChimeraModel>> getChimeraModelsMap()
 114   {
 115     Map<String, List<ChimeraModel>> models = new HashMap<String, List<ChimeraModel>>();
 116     for (ChimeraModel model : currentModelsMap.values())
 117     {
 118       String modelName = model.getModelName();
 119       if (!models.containsKey(modelName))
 120       {
 121         models.put(modelName, new ArrayList<ChimeraModel>());
 122       }
 123       if (!models.get(modelName).contains(model))
 124       {
 125         models.get(modelName).add(model);
 126       }
 127     }
 128     return models;
 129   }
 130
 131   public ChimeraModel getChimeraModel(Integer modelNumber,
 132           Integer subModelNumber)
 133   {
 134     Integer key = ChimUtils.makeModelKey(modelNumber, subModelNumber);
 135     if (currentModelsMap.containsKey(key))
 136     {
 137       return currentModelsMap.get(key);
 138     }
 139     return null;
 140   }
 141
 142   public ChimeraModel getChimeraModel()
 143   {
 144     return currentModelsMap.values().iterator().next();
 145   }
 146
 147   public Collection<ChimeraModel> getChimeraModels()
 148   {
 149     // this method is invoked by the model navigator dialog
 150     return currentModelsMap.values();
 151   }
 152
 153   public int getChimeraModelsCount(boolean smiles)
 154   {
 155     // this method is invokes by the model navigator dialog
 156     int counter = currentModelsMap.size();
 157     if (smiles)
 158     {
 159       return counter;
 160     }
 161
 162     for (ChimeraModel model : currentModelsMap.values())
 163     {
 164       if (model.getModelType() == ModelType.SMILES)
 165       {
 166         counter--;
 167       }
 168     }
 169     return counter;
 170   }
 171
 172   public boolean hasChimeraModel(Integer modelNubmer)
 173   {
 174     return hasChimeraModel(modelNubmer, 0);
 175   }
 176
 177   public boolean hasChimeraModel(Integer modelNubmer, Integer subModelNumber)
 178   {
 179     return currentModelsMap.containsKey(ChimUtils.makeModelKey(modelNubmer,
 180             subModelNumber));
 181   }
 182
 183   public void addChimeraModel(Integer modelNumber, Integer subModelNumber,
 184           ChimeraModel model)
 185   {
 186     currentModelsMap.put(
 187             ChimUtils.makeModelKey(modelNumber, subModelNumber), model);
 188   }
 189
 190   public void removeChimeraModel(Integer modelNumber, Integer subModelNumber)
 191   {
 192     int modelKey = ChimUtils.makeModelKey(modelNumber, subModelNumber);
 193     if (currentModelsMap.containsKey(modelKey))
 194     {
 195       currentModelsMap.remove(modelKey);
 196     }
 197   }
 198
 199   public List<ChimeraModel> openModel(String modelPath, ModelType type)
 200   {
 201     return openModel(modelPath, getFileNameFromPath(modelPath), type);
 202   }
 203
 204   /**
 205    * Overloaded method to allow Jalview to pass in a model name.
 206    *
 207    * @param modelPath
 208    * @param modelName
 209    * @param type
 210    * @return
 211    */
 212   public List<ChimeraModel> openModel(String modelPath, String modelName,
 213           ModelType type)
 214   {
 215     logger.info("chimera open " + modelPath);
 216     // stopListening();
 217     List<ChimeraModel> modelList = getModelList();
 218     List<String> response = null;
 219     // TODO: [Optional] Handle modbase models
 220     if (type == ModelType.MODBASE_MODEL)
 221     {
 222       response = sendChimeraCommand("open modbase:" + modelPath, true);
 223       // } else if (type == ModelType.SMILES) {
 224       // response = sendChimeraCommand("open smiles:" + modelName, true);
 225       // modelName = "smiles:" + modelName;
 226     }
 227     else
 228     {
 229       response = sendChimeraCommand("open " + modelPath, true);
 230     }
 231     if (response == null)
 232     {
 233       // something went wrong
 234       logger.warn("Could not open " + modelPath);
 235       return null;
 236     }
 237
 238     // patch for Jalview - set model name in Chimera
 239     // TODO: find a variant that works for sub-models
 240     for (ChimeraModel newModel : getModelList())
 241     {
 242       if (!modelList.contains(newModel))
 243       {
 244         newModel.setModelName(modelName);
 245         sendChimeraCommand(
 246                 "setattr M name " + modelName + " #"
 247                         + newModel.getModelNumber(), false);
 248         modelList.add(newModel);
 249       }
 250     }
 251
 252     // assign color and residues to open models
 253     for (ChimeraModel chimeraModel : modelList)
 254     {
 255       // get model color
 256       Color modelColor = getModelColor(chimeraModel);
 257       if (modelColor != null)
 258       {
 259         chimeraModel.setModelColor(modelColor);
 260       }
 261
 262       // Get our properties (default color scheme, etc.)
 263       // Make the molecule look decent
 264       // chimeraSend("repr stick "+newModel.toSpec());
 265
 266       // Create the information we need for the navigator
 267       if (type != ModelType.SMILES)
 268       {
 269         addResidues(chimeraModel);
 270       }
 271     }
 272
 273     sendChimeraCommand("focus", false);
 274     // startListening(); // see ChimeraListener
 275     return modelList;
 276   }
 277
 278   /**
 279    * Refactored method to extract the last (or only) element delimited by file
 280    * path separator.
 281    *
 282    * @param modelPath
 283    * @return
 284    */
 285   private String getFileNameFromPath(String modelPath)
 286   {
 287     String modelName = modelPath;
 288     if (modelPath == null)
 289     {
 290       return null;
 291     }
 292     // TODO: [Optional] Convert path to name in a better way
 293     if (modelPath.lastIndexOf(File.separator) > 0)
 294     {
 295       modelName = modelPath
 296               .substring(modelPath.lastIndexOf(File.separator) + 1);
 297     }
 298     else if (modelPath.lastIndexOf("/") > 0)
 299     {
 300       modelName = modelPath.substring(modelPath.lastIndexOf("/") + 1);
 301     }
 302     return modelName;
 303   }
 304
 305   public void closeModel(ChimeraModel model)
 306   {
 307     // int model = structure.modelNumber();
 308     // int subModel = structure.subModelNumber();
 309     // Integer modelKey = makeModelKey(model, subModel);
 310     stopListening();
 311     logger.info("chimera close model " + model.getModelName());
 312     if (currentModelsMap.containsKey(ChimUtils.makeModelKey(
 313             model.getModelNumber(), model.getSubModelNumber())))
 314     {
 315       sendChimeraCommand("close " + model.toSpec(), false);
 316       // currentModelNamesMap.remove(model.getModelName());
 317       currentModelsMap.remove(ChimUtils.makeModelKey(
 318               model.getModelNumber(), model.getSubModelNumber()));
 319       // selectionList.remove(chimeraModel);
 320     }
 321     else
 322     {
 323       logger.warn("Could not find model " + model.getModelName()
 324               + " to close.");
 325     }
 326     startListening();
 327   }
 328
 329   public void startListening()
 330   {
 331     sendChimeraCommand("listen start models; listen start selection", false);
 332   }
 333
 334   public void stopListening()
 335   {
 336     sendChimeraCommand("listen stop models ; listen stop selection ", false);
 337   }
 338
 339   /**
 340    * Tell Chimera we are listening on the given URI
 341    *
 342    * @param uri
 343    */
 344   public void startListening(String uri)
 345   {
 346     sendChimeraCommand("listen start models url " + uri
 347             + ";listen start select prefix SelectionChanged url " + uri,
 348             false);
 349   }
 350
 351   /**
 352    * Select something in Chimera
 353    *
 354    * @param command
 355    *          the selection command to pass to Chimera
 356    */
 357   public void select(String command)
 358   {
 359     sendChimeraCommand("listen stop selection; " + command
 360             + "; listen start selection", false);
 361   }
 362
 363   public void focus()
 364   {
 365     sendChimeraCommand("focus", false);
 366   }
 367
 368   public void clearOnChimeraExit()
 369   {
 370     chimera = null;
 371     currentModelsMap.clear();
 372     this.chimeraRestPort = 0;
 373     structureManager.clearOnChimeraExit();
 374   }
 375
 376   public void exitChimera()
 377   {
 378     if (isChimeraLaunched() && chimera != null)
 379     {
 380       sendChimeraCommand("stop really", false);
 381       try
 382       {
 383         chimera.destroy();
 384       } catch (Exception ex)
 385       {
 386         // ignore
 387       }
 388     }
 389     clearOnChimeraExit();
 390   }
 391
 392   public Map<Integer, ChimeraModel> getSelectedModels()
 393   {
 394     Map<Integer, ChimeraModel> selectedModelsMap = new HashMap<Integer, ChimeraModel>();
 395     List<String> chimeraReply = sendChimeraCommand(
 396             "list selection level molecule", true);
 397     if (chimeraReply != null)
 398     {
 399       for (String modelLine : chimeraReply)
 400       {
 401         ChimeraModel chimeraModel = new ChimeraModel(modelLine);
 402         Integer modelKey = ChimUtils.makeModelKey(
 403                 chimeraModel.getModelNumber(),
 404                 chimeraModel.getSubModelNumber());
 405         selectedModelsMap.put(modelKey, chimeraModel);
 406       }
 407     }
 408     return selectedModelsMap;
 409   }
 410
 411   /**
 412    * Sends a 'list selection level residue' command to Chimera and returns the
 413    * list of selected atomspecs
 414    *
 415    * @return
 416    */
 417   public List<String> getSelectedResidueSpecs()
 418   {
 419     List<String> selectedResidues = new ArrayList<String>();
 420     List<String> chimeraReply = sendChimeraCommand(
 421             "list selection level residue", true);
 422     if (chimeraReply != null)
 423     {
 424       /*
 425        * expect 0, 1 or more lines of the format
 426        * residue id #0:43.A type GLY
 427        * where we are only interested in the atomspec #0.43.A
 428        */
 429       for (String inputLine : chimeraReply)
 430       {
 431         String[] inputLineParts = inputLine.split("\\s+");
 432         if (inputLineParts.length == 5)
 433         {
 434           selectedResidues.add(inputLineParts[2]);
 435         }
 436       }
 437     }
 438     return selectedResidues;
 439   }
 440
 441   public void getSelectedResidues(
 442           Map<Integer, ChimeraModel> selectedModelsMap)
 443   {
 444     List<String> chimeraReply = sendChimeraCommand(
 445             "list selection level residue", true);
 446     if (chimeraReply != null)
 447     {
 448       for (String inputLine : chimeraReply)
 449       {
 450         ChimeraResidue r = new ChimeraResidue(inputLine);
 451         Integer modelKey = ChimUtils.makeModelKey(r.getModelNumber(),
 452                 r.getSubModelNumber());
 453         if (selectedModelsMap.containsKey(modelKey))
 454         {
 455           ChimeraModel model = selectedModelsMap.get(modelKey);
 456           model.addResidue(r);
 457         }
 458       }
 459     }
 460   }
 461
 462   /**
 463    * Return the list of ChimeraModels currently open. Warning: if smiles model
 464    * name too long, only part of it with "..." is printed.
 465    *
 466    *
 467    * @return List of ChimeraModel's
 468    */
 469   // TODO: [Optional] Handle smiles names in a better way in Chimera?
 470   public List<ChimeraModel> getModelList()
 471   {
 472     List<ChimeraModel> modelList = new ArrayList<ChimeraModel>();
 473     List<String> list = sendChimeraCommand("list models type molecule",
 474             true);
 475     if (list != null)
 476     {
 477       for (String modelLine : list)
 478       {
 479         ChimeraModel chimeraModel = new ChimeraModel(modelLine);
 480         modelList.add(chimeraModel);
 481       }
 482     }
 483     return modelList;
 484   }
 485
 486   /**
 487    * Return the list of depiction presets available from within Chimera. Chimera
 488    * will return the list as a series of lines with the format: Preset type
 489    * number "description"
 490    *
 491    * @return list of presets
 492    */
 493   public List<String> getPresets()
 494   {
 495     ArrayList<String> presetList = new ArrayList<String>();
 496     List<String> output = sendChimeraCommand("preset list", true);
 497     if (output != null)
 498     {
 499       for (String preset : output)
 500       {
 501         preset = preset.substring(7); // Skip over the "Preset"
 502         preset = preset.replaceFirst("\"", "(");
 503         preset = preset.replaceFirst("\"", ")");
 504         // string now looks like: type number (description)
 505         presetList.add(preset);
 506       }
 507     }
 508     return presetList;
 509   }
 510
 511   public boolean isChimeraLaunched()
 512   {
 513     boolean launched = false;
 514     if (chimera != null)
 515     {
 516       try
 517       {
 518         chimera.exitValue();
 519         // if we get here, process has ended
 520       } catch (IllegalThreadStateException e)
 521       {
 522         // ok - not yet terminated
 523         launched = true;
 524       }
 525     }
 526     return launched;
 527   }
 528
 529   /**
 530    * Launch Chimera, unless an instance linked to this object is already
 531    * running. Returns true if chimera is successfully launched, or already
 532    * running, else false.
 533    *
 534    * @param chimeraPaths
 535    * @return
 536    */
 537   public boolean launchChimera(List<String> chimeraPaths)
 538   {
 539     // Do nothing if Chimera is already launched
 540     if (isChimeraLaunched())
 541     {
 542       return true;
 543     }
 544
 545     // Try to launch Chimera (eventually using one of the possible paths)
 546     String error = "Error message: ";
 547     String workingPath = "";
 548     // iterate over possible paths for starting Chimera
 549     for (String chimeraPath : chimeraPaths)
 550     {
 551       File path = new File(chimeraPath);
 552       // uncomment the next line to simulate Chimera not installed
 553       // path = new File(chimeraPath + "x");
 554       if (!path.canExecute())
 555       {
 556         error += "File '" + path + "' does not exist.\n";
 557         continue;
 558       }
 559       try
 560       {
 561         List<String> args = new ArrayList<String>();
 562         args.add(chimeraPath);
 563         // shows Chimera output window but suppresses REST responses:
 564         // args.add("--debug");
 565         args.add("--start");
 566         args.add("RESTServer");
 567         ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder(args);
 568         chimera = pb.start();
 569         error = "";
 570         workingPath = chimeraPath;
 571         break;
 572       } catch (Exception e)
 573       {
 574         // Chimera could not be started
 575         error += e.getMessage();
 576       }
 577     }
 578     // If no error, then Chimera was launched successfully
 579     if (error.length() == 0)
 580     {
 581       this.chimeraRestPort = getPortNumber();
 582       System.out.println("Chimera REST API started on port "
 583               + chimeraRestPort);
 584       // structureManager.initChimTable();
 585       structureManager.setChimeraPathProperty(workingPath);
 586       // TODO: [Optional] Check Chimera version and show a warning if below 1.8
 587       // Ask Chimera to give us updates
 588       // startListening(); // later - see ChimeraListener
 589       return (chimeraRestPort > 0);
 590     }
 591
 592     // Tell the user that Chimera could not be started because of an error
 593     logger.warn(error);
 594     return false;
 595   }
 596
 597   /**
 598    * Read and return the port number returned in the reply to --start RESTServer
 599    */
 600   private int getPortNumber()
 601   {
 602     int port = 0;
 603     InputStream readChan = chimera.getInputStream();
 604     BufferedReader lineReader = new BufferedReader(new InputStreamReader(
 605             readChan));
 606     StringBuilder responses = new StringBuilder();
 607     try
 608     {
 609       String response = lineReader.readLine();
 610       while (response != null)
 611       {
 612         responses.append("\n" + response);
 613         // expect: REST server on host 127.0.0.1 port port_number
 614         if (response.startsWith("REST server"))
 615         {
 616           String[] tokens = response.split(" ");
 617           if (tokens.length == 7 && "port".equals(tokens[5]))
 618           {
 619             port = Integer.parseInt(tokens[6]);
 620             break;
 621           }
 622         }
 623         response = lineReader.readLine();
 624       }
 625     } catch (Exception e)
 626     {
 627       logger.error("Failed to get REST port number from " + responses
 628               + ": " + e.getMessage());
 629     } finally
 630     {
 631       try
 632       {
 633         lineReader.close();
 634       } catch (IOException e2)
 635       {
 636       }
 637     }
 638     if (port == 0)
 639     {
 640       System.err
 641               .println("Failed to start Chimera with REST service, response was: "
 642                       + responses);
 643     }
 644     logger.info("Chimera REST service listening on port " + chimeraRestPort);
 645     return port;
 646   }
 647
 648   /**
 649    * Determine the color that Chimera is using for this model.
 650    *
 651    * @param model
 652    *          the ChimeraModel we want to get the Color for
 653    * @return the default model Color for this model in Chimera
 654    */
 655   public Color getModelColor(ChimeraModel model)
 656   {
 657     List<String> colorLines = sendChimeraCommand(
 658             "list model spec " + model.toSpec() + " attribute color", true);
 659     if (colorLines == null || colorLines.size() == 0)
 660     {
 661       return null;
 662     }
 663     return ChimUtils.parseModelColor(colorLines.get(0));
 664   }
 665
 666   /**
 667    *
 668    * Get information about the residues associated with a model. This uses the
 669    * Chimera listr command. We don't return the resulting residues, but we add
 670    * the residues to the model.
 671    *
 672    * @param model
 673    *          the ChimeraModel to get residue information for
 674    *
 675    */
 676   public void addResidues(ChimeraModel model)
 677   {
 678     int modelNumber = model.getModelNumber();
 679     int subModelNumber = model.getSubModelNumber();
 680     // Get the list -- it will be in the reply log
 681     List<String> reply = sendChimeraCommand(
 682             "list residues spec " + model.toSpec(), true);
 683     if (reply == null)
 684     {
 685       return;
 686     }
 687     for (String inputLine : reply)
 688     {
 689       ChimeraResidue r = new ChimeraResidue(inputLine);
 690       if (r.getModelNumber() == modelNumber
 691               || r.getSubModelNumber() == subModelNumber)
 692       {
 693         model.addResidue(r);
 694       }
 695     }
 696   }
 697
 698   public List<String> getAttrList()
 699   {
 700     List<String> attributes = new ArrayList<String>();
 701     final List<String> reply = sendChimeraCommand("list resattr", true);
 702     if (reply != null)
 703     {
 704       for (String inputLine : reply)
 705       {
 706         String[] lineParts = inputLine.split("\\s");
 707         if (lineParts.length == 2 && lineParts[0].equals("resattr"))
 708         {
 709           attributes.add(lineParts[1]);
 710         }
 711       }
 712     }
 713     return attributes;
 714   }
 715
 716   public Map<ChimeraResidue, Object> getAttrValues(String aCommand,
 717           ChimeraModel model)
 718   {
 719     Map<ChimeraResidue, Object> values = new HashMap<ChimeraResidue, Object>();
 720     final List<String> reply = sendChimeraCommand("list residue spec "
 721             + model.toSpec() + " attribute " + aCommand, true);
 722     if (reply != null)
 723     {
 724       for (String inputLine : reply)
 725       {
 726         String[] lineParts = inputLine.split("\\s");
 727         if (lineParts.length == 5)
 728         {
 729           ChimeraResidue residue = ChimUtils
 730                   .getResidue(lineParts[2], model);
 731           String value = lineParts[4];
 732           if (residue != null)
 733           {
 734             if (value.equals("None"))
 735             {
 736               continue;
 737             }
 738             if (value.equals("True") || value.equals("False"))
 739             {
 740               values.put(residue, Boolean.valueOf(value));
 741               continue;
 742             }
 743             try
 744             {
 745               Double doubleValue = Double.valueOf(value);
 746               values.put(residue, doubleValue);
 747             } catch (NumberFormatException ex)
 748             {
 749               values.put(residue, value);
 750             }
 751           }
 752         }
 753       }
 754     }
 755     return values;
 756   }
 757
 758   private volatile boolean busy = false;
 759
 760   /**
 761    * Send a command to Chimera.
 762    *
 763    * @param command
 764    *          Command string to be send.
 765    * @param reply
 766    *          Flag indicating whether the method should return the reply from
 767    *          Chimera or not.
 768    * @return List of Strings corresponding to the lines in the Chimera reply or
 769    *         <code>null</code>.
 770    */
 771   public List<String> sendChimeraCommand(String command, boolean reply)
 772   {
 773    // System.out.println("chimeradebug>> " + command);
 774     if (!isChimeraLaunched() || command == null
 775             || "".equals(command.trim()))
 776     {
 777       return null;
 778     }
 779     // TODO do we need a maximum wait time before aborting?
 780     while (busy)
 781     {
 782       try
 783       {
 784         Thread.sleep(25);
 785       } catch (InterruptedException q)
 786       {
 787       }
 788     }
 789     busy = true;
 790     long startTime = System.currentTimeMillis();
 791     try
 792     {
 793       return sendRestCommand(command);
 794     } finally
 795     {
 796       /*
 797        * Make sure busy flag is reset come what may!
 798        */
 799       busy = false;
 800       if (debug)
 801       {
 802         System.out.println("Chimera command took "
 803                 + (System.currentTimeMillis() - startTime) + "ms: "
 804                 + command);
 805       }
 806
 807     }
 808   }
 809
 810   /**
 811    * Sends the command to Chimera's REST API, and returns any response lines.
 812    *
 813    * @param command
 814    * @return
 815    */
 816   protected List<String> sendRestCommand(String command)
 817   {
 818     String restUrl = "http://127.0.0.1:" + this.chimeraRestPort + "/run";
 819     List<NameValuePair> commands = new ArrayList<NameValuePair>(1);
 820     commands.add(new BasicNameValuePair("command", command));
 821
 822     List<String> reply = new ArrayList<String>();
 823     BufferedReader response = null;
 824     try
 825     {
 826       response = HttpClientUtils.doHttpUrlPost(restUrl, commands, CONNECTION_TIMEOUT_MS,
 827               REST_REPLY_TIMEOUT_MS);
 828       String line = "";
 829       while ((line = response.readLine()) != null)
 830       {
 831         reply.add(line);
 832       }
 833     } catch (Exception e)
 834     {
 835       logger.error("REST call '" + command + "' failed: " + e.getMessage());
 836     } finally
 837     {
 838       if (response != null)
 839       {
 840         try
 841         {
 842           response.close();
 843         } catch (IOException e)
 844         {
 845         }
 846       }
 847     }
 848     return reply;
 849   }
 850
 851   /**
 852    * Send a command to stdin of Chimera process, and optionally read any
 853    * responses.
 854    *
 855    * @param command
 856    * @param readReply
 857    * @return
 858    */
 859   protected List<String> sendStdinCommand(String command, boolean readReply)
 860   {
 861     chimeraListenerThread.clearResponse(command);
 862     String text = command.concat("\n");
 863     try
 864     {
 865       // send the command
 866       chimera.getOutputStream().write(text.getBytes());
 867       chimera.getOutputStream().flush();
 868     } catch (IOException e)
 869     {
 870       // logger.info("Unable to execute command: " + text);
 871       // logger.info("Exiting...");
 872       logger.warn("Unable to execute command: " + text);
 873       logger.warn("Exiting...");
 874       clearOnChimeraExit();
 875       return null;
 876     }
 877     if (!readReply)
 878     {
 879       return null;
 880     }
 881     List<String> rsp = chimeraListenerThread.getResponse(command);
 882     return rsp;
 883   }
 884
 885   public StructureManager getStructureManager()
 886   {
 887     return structureManager;
 888   }
 889
 890   public boolean isBusy()
 891   {
 892     return busy;
 893   }
 894 }