src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java

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  18  */
  19 package ext.vamsas;
  20
  21 public class MuscleWSSoapBindingStub extends org.apache.axis.client.Stub
  22         implements ext.vamsas.MuscleWS
  23 {
  24   static org.apache.axis.description.OperationDesc[] _operations;
  25
  26   static
  27   {
  28     _operations = new org.apache.axis.description.OperationDesc[4];
  29     _initOperationDesc1();
  30   }
  31
  32   private java.util.Vector cachedSerClasses = new java.util.Vector();
  33
  34   private java.util.Vector cachedSerQNames = new java.util.Vector();
  35
  36   private java.util.Vector cachedSerFactories = new java.util.Vector();
  37
  38   private java.util.Vector cachedDeserFactories = new java.util.Vector();
  39
  40   public MuscleWSSoapBindingStub() throws org.apache.axis.AxisFault
  41   {
  42     this(null);
  43   }
  44
  45   public MuscleWSSoapBindingStub(java.net.URL endpointURL,
  46           javax.xml.rpc.Service service) throws org.apache.axis.AxisFault
  47   {
  48     this(service);
  49     super.cachedEndpoint = endpointURL;
  50   }
  51
  52   public MuscleWSSoapBindingStub(javax.xml.rpc.Service service)
  53           throws org.apache.axis.AxisFault
  54   {
  55     if (service == null)
  56     {
  57       super.service = new org.apache.axis.client.Service();
  58     }
  59     else
  60     {
  61       super.service = service;
  62     }
  63
  64     java.lang.Class cls;
  65     javax.xml.namespace.QName qName;
  66     java.lang.Class beansf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanSerializerFactory.class;
  67     java.lang.Class beandf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanDeserializerFactory.class;
  68     // java.lang.Class enumsf =
  69     // org.apache.axis.encoding.ser.EnumSerializerFactory.class;
  70     // java.lang.Class enumdf =
  71     // org.apache.axis.encoding.ser.EnumDeserializerFactory.class;
  72     java.lang.Class arraysf = org.apache.axis.encoding.ser.ArraySerializerFactory.class;
  73     java.lang.Class arraydf = org.apache.axis.encoding.ser.ArrayDeserializerFactory.class;
  74     // java.lang.Class simplesf =
  75     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleSerializerFactory.class;
  76     // java.lang.Class simpledf =
  77     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleDeserializerFactory.class;
  78     // java.lang.Class simplelistsf =
  79     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListSerializerFactory.class;
  80     // java.lang.Class simplelistdf =
  81     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListDeserializerFactory.class;
  82     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
  83             "Sequence");
  84     cachedSerQNames.add(qName);
  85     cls = vamsas.objects.simple.Sequence.class;
  86     cachedSerClasses.add(cls);
  87     cachedSerFactories.add(beansf);
  88     cachedDeserFactories.add(beandf);
  89
  90     qName = new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "ArrayOf_tns1_Sequence");
  91     cachedSerQNames.add(qName);
  92     cls = vamsas.objects.simple.Sequence[].class;
  93     cachedSerClasses.add(cls);
  94     cachedSerFactories.add(arraysf);
  95     cachedDeserFactories.add(arraydf);
  96
  97     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
  98             "MsaResult");
  99     cachedSerQNames.add(qName);
 100     cls = vamsas.objects.simple.MsaResult.class;
 101     cachedSerClasses.add(cls);
 102     cachedSerFactories.add(beansf);
 103     cachedDeserFactories.add(beandf);
 104
 105     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 106             "SequenceSet");
 107     cachedSerQNames.add(qName);
 108     cls = vamsas.objects.simple.SequenceSet.class;
 109     cachedSerClasses.add(cls);
 110     cachedSerFactories.add(beansf);
 111     cachedDeserFactories.add(beandf);
 112
 113     qName = new javax.xml.namespace.QName("http://simple.objects.vamsas",
 114             "Object");
 115     cachedSerQNames.add(qName);
 116     cls = vamsas.objects.simple.Object.class;
 117     cachedSerClasses.add(cls);
 118     cachedSerFactories.add(beansf);
 119     cachedDeserFactories.add(beandf);
 120
 121     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 122             "Alignment");
 123     cachedSerQNames.add(qName);
 124     cls = vamsas.objects.simple.Alignment.class;
 125     cachedSerClasses.add(cls);
 126     cachedSerFactories.add(beansf);
 127     cachedDeserFactories.add(beandf);
 128
 129     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 130             "WsJobId");
 131     cachedSerQNames.add(qName);
 132     cls = vamsas.objects.simple.WsJobId.class;
 133     cachedSerClasses.add(cls);
 134     cachedSerFactories.add(beansf);
 135     cachedDeserFactories.add(beandf);
 136
 137     qName = new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "ArrayOf_xsd_string");
 138     cachedSerQNames.add(qName);
 139     cls = java.lang.String[].class;
 140     cachedSerClasses.add(cls);
 141     cachedSerFactories.add(arraysf);
 142     cachedDeserFactories.add(arraydf);
 143
 144     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas", "Result");
 145     cachedSerQNames.add(qName);
 146     cls = vamsas.objects.simple.Result.class;
 147     cachedSerClasses.add(cls);
 148     cachedSerFactories.add(beansf);
 149     cachedDeserFactories.add(beandf);
 150   }
 151
 152   private static void _initOperationDesc1()
 153   {
 154     org.apache.axis.description.OperationDesc oper;
 155     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 156     oper.setName("align");
 157     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "seqSet"),
 158             new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 159                     "SequenceSet"),
 160             vamsas.objects.simple.SequenceSet.class,
 161             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 162     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 163             "simple.objects.vamsas", "WsJobId"));
 164     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 165     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "alignReturn"));
 166     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 167     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 168     _operations[0] = oper;
 169
 170     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 171     oper.setName("getalign");
 172     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "job_id"),
 173             new javax.xml.namespace.QName(
 174                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 175             java.lang.String.class,
 176             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 177     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 178             "simple.objects.vamsas", "Alignment"));
 179     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.Alignment.class);
 180     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "getalignReturn"));
 181     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 182     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 183     _operations[1] = oper;
 184
 185     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 186     oper.setName("getResult");
 187     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "job_id"),
 188             new javax.xml.namespace.QName(
 189                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 190             java.lang.String.class,
 191             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 192     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 193             "simple.objects.vamsas", "MsaResult"));
 194     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.MsaResult.class);
 195     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "getResultReturn"));
 196     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 197     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 198     _operations[2] = oper;
 199
 200     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 201     oper.setName("cancel");
 202     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "jobId"),
 203             new javax.xml.namespace.QName(
 204                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 205             java.lang.String.class,
 206             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 207     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 208             "simple.objects.vamsas", "WsJobId"));
 209     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 210     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "cancelReturn"));
 211     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 212     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 213     _operations[3] = oper;
 214   }
 215
 216   protected org.apache.axis.client.Call createCall()
 217           throws java.rmi.RemoteException
 218   {
 219     try
 220     {
 221       org.apache.axis.client.Call _call = (org.apache.axis.client.Call) super.service
 222               .createCall();
 223
 224       if (super.maintainSessionSet)
 225       {
 226         _call.setMaintainSession(super.maintainSession);
 227       }
 228
 229       if (super.cachedUsername != null)
 230       {
 231         _call.setUsername(super.cachedUsername);
 232       }
 233
 234       if (super.cachedPassword != null)
 235       {
 236         _call.setPassword(super.cachedPassword);
 237       }
 238
 239       if (super.cachedEndpoint != null)
 240       {
 241         _call.setTargetEndpointAddress(super.cachedEndpoint);
 242       }
 243
 244       if (super.cachedTimeout != null)
 245       {
 246         _call.setTimeout(super.cachedTimeout);
 247       }
 248
 249       if (super.cachedPortName != null)
 250       {
 251         _call.setPortName(super.cachedPortName);
 252       }
 253
 254       java.util.Enumeration keys = super.cachedProperties.keys();
 255
 256       while (keys.hasMoreElements())
 257       {
 258         java.lang.String key = (java.lang.String) keys.nextElement();
 259         _call.setProperty(key, super.cachedProperties.get(key));
 260       }
 261
 262       // All the type mapping information is registered
 263       // when the first call is made.
 264       // The type mapping information is actually registered in
 265       // the TypeMappingRegistry of the service, which
 266       // is the reason why registration is only needed for the first call.
 267       synchronized (this)
 268       {
 269         if (firstCall())
 270         {
 271           // must set encoding style before registering serializers
 272           _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 273           _call.setEncodingStyle(org.apache.axis.Constants.URI_SOAP11_ENC);
 274
 275           for (int i = 0; i < cachedSerFactories.size(); ++i)
 276           {
 277             java.lang.Class cls = (java.lang.Class) cachedSerClasses.get(i);
 278             javax.xml.namespace.QName qName = (javax.xml.namespace.QName) cachedSerQNames
 279                     .get(i);
 280             java.lang.Class sf = (java.lang.Class) cachedSerFactories
 281                     .get(i);
 282             java.lang.Class df = (java.lang.Class) cachedDeserFactories
 283                     .get(i);
 284             _call.registerTypeMapping(cls, qName, sf, df, false);
 285           }
 286         }
 287       }
 288
 289       return _call;
 290     } catch (java.lang.Throwable _t)
 291     {
 292       throw new org.apache.axis.AxisFault(
 293               "Failure trying to get the Call object", _t);
 294     }
 295   }
 296
 297   public vamsas.objects.simple.WsJobId align(
 298           vamsas.objects.simple.SequenceSet seqSet)
 299           throws java.rmi.RemoteException
 300   {
 301     if (super.cachedEndpoint == null)
 302     {
 303       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 304     }
 305
 306     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 307     _call.setOperation(_operations[0]);
 308     _call.setUseSOAPAction(true);
 309     _call.setSOAPActionURI("");
 310     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 311     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "align"));
 312
 313     setRequestHeaders(_call);
 314     setAttachments(_call);
 315
 316     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 317     { seqSet });
 318
 319     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 320     {
 321       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 322     }
 323     else
 324     {
 325       extractAttachments(_call);
 326
 327       try
 328       {
 329         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) _resp;
 330       } catch (java.lang.Exception _exception)
 331       {
 332         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 333                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 334       }
 335     }
 336   }
 337
 338   public vamsas.objects.simple.Alignment getalign(java.lang.String job_id)
 339           throws java.rmi.RemoteException
 340   {
 341     if (super.cachedEndpoint == null)
 342     {
 343       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 344     }
 345
 346     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 347     _call.setOperation(_operations[1]);
 348     _call.setUseSOAPAction(true);
 349     _call.setSOAPActionURI("");
 350     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 351     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
 352             "getalign"));
 353
 354     setRequestHeaders(_call);
 355     setAttachments(_call);
 356
 357     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 358     { job_id });
 359
 360     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 361     {
 362       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 363     }
 364     else
 365     {
 366       extractAttachments(_call);
 367
 368       try
 369       {
 370         return (vamsas.objects.simple.Alignment) _resp;
 371       } catch (java.lang.Exception _exception)
 372       {
 373         return (vamsas.objects.simple.Alignment) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 374                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.Alignment.class);
 375       }
 376     }
 377   }
 378
 379   public vamsas.objects.simple.MsaResult getResult(java.lang.String job_id)
 380           throws java.rmi.RemoteException
 381   {
 382     if (super.cachedEndpoint == null)
 383     {
 384       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 385     }
 386
 387     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 388     _call.setOperation(_operations[2]);
 389     _call.setUseSOAPAction(true);
 390     _call.setSOAPActionURI("");
 391     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 392     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
 393             "getResult"));
 394
 395     setRequestHeaders(_call);
 396     setAttachments(_call);
 397
 398     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 399     { job_id });
 400
 401     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 402     {
 403       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 404     }
 405     else
 406     {
 407       extractAttachments(_call);
 408
 409       try
 410       {
 411         return (vamsas.objects.simple.MsaResult) _resp;
 412       } catch (java.lang.Exception _exception)
 413       {
 414         return (vamsas.objects.simple.MsaResult) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 415                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.MsaResult.class);
 416       }
 417     }
 418   }
 419
 420   public vamsas.objects.simple.WsJobId cancel(java.lang.String jobId)
 421           throws java.rmi.RemoteException
 422   {
 423     if (super.cachedEndpoint == null)
 424     {
 425       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 426     }
 427
 428     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 429     _call.setOperation(_operations[3]);
 430     _call.setUseSOAPAction(true);
 431     _call.setSOAPActionURI("");
 432     _call.setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 433     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "cancel"));
 434
 435     setRequestHeaders(_call);
 436     setAttachments(_call);
 437
 438     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 439     { jobId });
 440
 441     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 442     {
 443       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 444     }
 445     else
 446     {
 447       extractAttachments(_call);
 448
 449       try
 450       {
 451         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) _resp;
 452       } catch (java.lang.Exception _exception)
 453       {
 454         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 455                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 456       }
 457     }
 458   }
 459 }