src/ext/vamsas/MuscleWSSoapBindingStub.java

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  35  */
  36 package ext.vamsas;
  37
  38 public class MuscleWSSoapBindingStub extends org.apache.axis.client.Stub
  39         implements ext.vamsas.MuscleWS
  40 {
  41   static org.apache.axis.description.OperationDesc[] _operations;
  42
  43   static
  44   {
  45     _operations = new org.apache.axis.description.OperationDesc[4];
  46     _initOperationDesc1();
  47   }
  48
  49   private java.util.Vector cachedSerClasses = new java.util.Vector();
  50
  51   private java.util.Vector cachedSerQNames = new java.util.Vector();
  52
  53   private java.util.Vector cachedSerFactories = new java.util.Vector();
  54
  55   private java.util.Vector cachedDeserFactories = new java.util.Vector();
  56
  57   public MuscleWSSoapBindingStub() throws org.apache.axis.AxisFault
  58   {
  59     this(null);
  60   }
  61
  62   public MuscleWSSoapBindingStub(java.net.URL endpointURL,
  63           javax.xml.rpc.Service service) throws org.apache.axis.AxisFault
  64   {
  65     this(service);
  66     super.cachedEndpoint = endpointURL;
  67   }
  68
  69   public MuscleWSSoapBindingStub(javax.xml.rpc.Service service)
  70           throws org.apache.axis.AxisFault
  71   {
  72     if (service == null)
  73     {
  74       super.service = new org.apache.axis.client.Service();
  75     }
  76     else
  77     {
  78       super.service = service;
  79     }
  80
  81     java.lang.Class cls;
  82     javax.xml.namespace.QName qName;
  83     java.lang.Class beansf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanSerializerFactory.class;
  84     java.lang.Class beandf = org.apache.axis.encoding.ser.BeanDeserializerFactory.class;
  85     // java.lang.Class enumsf =
  86     // org.apache.axis.encoding.ser.EnumSerializerFactory.class;
  87     // java.lang.Class enumdf =
  88     // org.apache.axis.encoding.ser.EnumDeserializerFactory.class;
  89     java.lang.Class arraysf = org.apache.axis.encoding.ser.ArraySerializerFactory.class;
  90     java.lang.Class arraydf = org.apache.axis.encoding.ser.ArrayDeserializerFactory.class;
  91     // java.lang.Class simplesf =
  92     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleSerializerFactory.class;
  93     // java.lang.Class simpledf =
  94     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleDeserializerFactory.class;
  95     // java.lang.Class simplelistsf =
  96     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListSerializerFactory.class;
  97     // java.lang.Class simplelistdf =
  98     // org.apache.axis.encoding.ser.SimpleListDeserializerFactory.class;
  99     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 100             "Sequence");
 101     cachedSerQNames.add(qName);
 102     cls = vamsas.objects.simple.Sequence.class;
 103     cachedSerClasses.add(cls);
 104     cachedSerFactories.add(beansf);
 105     cachedDeserFactories.add(beandf);
 106
 107     qName = new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "ArrayOf_tns1_Sequence");
 108     cachedSerQNames.add(qName);
 109     cls = vamsas.objects.simple.Sequence[].class;
 110     cachedSerClasses.add(cls);
 111     cachedSerFactories.add(arraysf);
 112     cachedDeserFactories.add(arraydf);
 113
 114     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 115             "MsaResult");
 116     cachedSerQNames.add(qName);
 117     cls = vamsas.objects.simple.MsaResult.class;
 118     cachedSerClasses.add(cls);
 119     cachedSerFactories.add(beansf);
 120     cachedDeserFactories.add(beandf);
 121
 122     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 123             "SequenceSet");
 124     cachedSerQNames.add(qName);
 125     cls = vamsas.objects.simple.SequenceSet.class;
 126     cachedSerClasses.add(cls);
 127     cachedSerFactories.add(beansf);
 128     cachedDeserFactories.add(beandf);
 129
 130     qName = new javax.xml.namespace.QName("http://simple.objects.vamsas",
 131             "Object");
 132     cachedSerQNames.add(qName);
 133     cls = vamsas.objects.simple.Object.class;
 134     cachedSerClasses.add(cls);
 135     cachedSerFactories.add(beansf);
 136     cachedDeserFactories.add(beandf);
 137
 138     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 139             "Alignment");
 140     cachedSerQNames.add(qName);
 141     cls = vamsas.objects.simple.Alignment.class;
 142     cachedSerClasses.add(cls);
 143     cachedSerFactories.add(beansf);
 144     cachedDeserFactories.add(beandf);
 145
 146     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 147             "WsJobId");
 148     cachedSerQNames.add(qName);
 149     cls = vamsas.objects.simple.WsJobId.class;
 150     cachedSerClasses.add(cls);
 151     cachedSerFactories.add(beansf);
 152     cachedDeserFactories.add(beandf);
 153
 154     qName = new javax.xml.namespace.QName("vamsas", "ArrayOf_xsd_string");
 155     cachedSerQNames.add(qName);
 156     cls = java.lang.String[].class;
 157     cachedSerClasses.add(cls);
 158     cachedSerFactories.add(arraysf);
 159     cachedDeserFactories.add(arraydf);
 160
 161     qName = new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas", "Result");
 162     cachedSerQNames.add(qName);
 163     cls = vamsas.objects.simple.Result.class;
 164     cachedSerClasses.add(cls);
 165     cachedSerFactories.add(beansf);
 166     cachedDeserFactories.add(beandf);
 167   }
 168
 169   private static void _initOperationDesc1()
 170   {
 171     org.apache.axis.description.OperationDesc oper;
 172     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 173     oper.setName("align");
 174     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "seqSet"),
 175             new javax.xml.namespace.QName("simple.objects.vamsas",
 176                     "SequenceSet"),
 177             vamsas.objects.simple.SequenceSet.class,
 178             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 179     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 180             "simple.objects.vamsas", "WsJobId"));
 181     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 182     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "alignReturn"));
 183     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 184     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 185     _operations[0] = oper;
 186
 187     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 188     oper.setName("getalign");
 189     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "job_id"),
 190             new javax.xml.namespace.QName(
 191                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 192             java.lang.String.class,
 193             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 194     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 195             "simple.objects.vamsas", "Alignment"));
 196     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.Alignment.class);
 197     oper
 198             .setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("",
 199                     "getalignReturn"));
 200     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 201     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 202     _operations[1] = oper;
 203
 204     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 205     oper.setName("getResult");
 206     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "job_id"),
 207             new javax.xml.namespace.QName(
 208                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 209             java.lang.String.class,
 210             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 211     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 212             "simple.objects.vamsas", "MsaResult"));
 213     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.MsaResult.class);
 214     oper
 215             .setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("",
 216                     "getResultReturn"));
 217     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 218     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 219     _operations[2] = oper;
 220
 221     oper = new org.apache.axis.description.OperationDesc();
 222     oper.setName("cancel");
 223     oper.addParameter(new javax.xml.namespace.QName("", "jobId"),
 224             new javax.xml.namespace.QName(
 225                     "http://www.w3.org/2001/XMLSchema", "string"),
 226             java.lang.String.class,
 227             org.apache.axis.description.ParameterDesc.IN, false, false);
 228     oper.setReturnType(new javax.xml.namespace.QName(
 229             "simple.objects.vamsas", "WsJobId"));
 230     oper.setReturnClass(vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 231     oper.setReturnQName(new javax.xml.namespace.QName("", "cancelReturn"));
 232     oper.setStyle(org.apache.axis.constants.Style.RPC);
 233     oper.setUse(org.apache.axis.constants.Use.ENCODED);
 234     _operations[3] = oper;
 235   }
 236
 237   protected org.apache.axis.client.Call createCall()
 238           throws java.rmi.RemoteException
 239   {
 240     try
 241     {
 242       org.apache.axis.client.Call _call = (org.apache.axis.client.Call) super.service
 243               .createCall();
 244
 245       if (super.maintainSessionSet)
 246       {
 247         _call.setMaintainSession(super.maintainSession);
 248       }
 249
 250       if (super.cachedUsername != null)
 251       {
 252         _call.setUsername(super.cachedUsername);
 253       }
 254
 255       if (super.cachedPassword != null)
 256       {
 257         _call.setPassword(super.cachedPassword);
 258       }
 259
 260       if (super.cachedEndpoint != null)
 261       {
 262         _call.setTargetEndpointAddress(super.cachedEndpoint);
 263       }
 264
 265       if (super.cachedTimeout != null)
 266       {
 267         _call.setTimeout(super.cachedTimeout);
 268       }
 269
 270       if (super.cachedPortName != null)
 271       {
 272         _call.setPortName(super.cachedPortName);
 273       }
 274
 275       java.util.Enumeration keys = super.cachedProperties.keys();
 276
 277       while (keys.hasMoreElements())
 278       {
 279         java.lang.String key = (java.lang.String) keys.nextElement();
 280         _call.setProperty(key, super.cachedProperties.get(key));
 281       }
 282
 283       // All the type mapping information is registered
 284       // when the first call is made.
 285       // The type mapping information is actually registered in
 286       // the TypeMappingRegistry of the service, which
 287       // is the reason why registration is only needed for the first call.
 288       synchronized (this)
 289       {
 290         if (firstCall())
 291         {
 292           // must set encoding style before registering serializers
 293           _call
 294                   .setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 295           _call.setEncodingStyle(org.apache.axis.Constants.URI_SOAP11_ENC);
 296
 297           for (int i = 0; i < cachedSerFactories.size(); ++i)
 298           {
 299             java.lang.Class cls = (java.lang.Class) cachedSerClasses.get(i);
 300             javax.xml.namespace.QName qName = (javax.xml.namespace.QName) cachedSerQNames
 301                     .get(i);
 302             java.lang.Class sf = (java.lang.Class) cachedSerFactories
 303                     .get(i);
 304             java.lang.Class df = (java.lang.Class) cachedDeserFactories
 305                     .get(i);
 306             _call.registerTypeMapping(cls, qName, sf, df, false);
 307           }
 308         }
 309       }
 310
 311       return _call;
 312     } catch (java.lang.Throwable _t)
 313     {
 314       throw new org.apache.axis.AxisFault(
 315               "Failure trying to get the Call object", _t);
 316     }
 317   }
 318
 319   public vamsas.objects.simple.WsJobId align(
 320           vamsas.objects.simple.SequenceSet seqSet)
 321           throws java.rmi.RemoteException
 322   {
 323     if (super.cachedEndpoint == null)
 324     {
 325       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 326     }
 327
 328     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 329     _call.setOperation(_operations[0]);
 330     _call.setUseSOAPAction(true);
 331     _call.setSOAPActionURI("");
 332     _call
 333             .setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 334     _call
 335             .setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
 336                     "align"));
 337
 338     setRequestHeaders(_call);
 339     setAttachments(_call);
 340
 341     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 342     { seqSet });
 343
 344     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 345     {
 346       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 347     }
 348     else
 349     {
 350       extractAttachments(_call);
 351
 352       try
 353       {
 354         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) _resp;
 355       } catch (java.lang.Exception _exception)
 356       {
 357         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 358                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 359       }
 360     }
 361   }
 362
 363   public vamsas.objects.simple.Alignment getalign(java.lang.String job_id)
 364           throws java.rmi.RemoteException
 365   {
 366     if (super.cachedEndpoint == null)
 367     {
 368       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 369     }
 370
 371     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 372     _call.setOperation(_operations[1]);
 373     _call.setUseSOAPAction(true);
 374     _call.setSOAPActionURI("");
 375     _call
 376             .setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 377     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
 378             "getalign"));
 379
 380     setRequestHeaders(_call);
 381     setAttachments(_call);
 382
 383     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 384     { job_id });
 385
 386     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 387     {
 388       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 389     }
 390     else
 391     {
 392       extractAttachments(_call);
 393
 394       try
 395       {
 396         return (vamsas.objects.simple.Alignment) _resp;
 397       } catch (java.lang.Exception _exception)
 398       {
 399         return (vamsas.objects.simple.Alignment) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 400                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.Alignment.class);
 401       }
 402     }
 403   }
 404
 405   public vamsas.objects.simple.MsaResult getResult(java.lang.String job_id)
 406           throws java.rmi.RemoteException
 407   {
 408     if (super.cachedEndpoint == null)
 409     {
 410       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 411     }
 412
 413     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 414     _call.setOperation(_operations[2]);
 415     _call.setUseSOAPAction(true);
 416     _call.setSOAPActionURI("");
 417     _call
 418             .setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 419     _call.setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
 420             "getResult"));
 421
 422     setRequestHeaders(_call);
 423     setAttachments(_call);
 424
 425     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 426     { job_id });
 427
 428     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 429     {
 430       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 431     }
 432     else
 433     {
 434       extractAttachments(_call);
 435
 436       try
 437       {
 438         return (vamsas.objects.simple.MsaResult) _resp;
 439       } catch (java.lang.Exception _exception)
 440       {
 441         return (vamsas.objects.simple.MsaResult) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 442                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.MsaResult.class);
 443       }
 444     }
 445   }
 446
 447   public vamsas.objects.simple.WsJobId cancel(java.lang.String jobId)
 448           throws java.rmi.RemoteException
 449   {
 450     if (super.cachedEndpoint == null)
 451     {
 452       throw new org.apache.axis.NoEndPointException();
 453     }
 454
 455     org.apache.axis.client.Call _call = createCall();
 456     _call.setOperation(_operations[3]);
 457     _call.setUseSOAPAction(true);
 458     _call.setSOAPActionURI("");
 459     _call
 460             .setSOAPVersion(org.apache.axis.soap.SOAPConstants.SOAP11_CONSTANTS);
 461     _call
 462             .setOperationName(new javax.xml.namespace.QName("vamsas",
 463                     "cancel"));
 464
 465     setRequestHeaders(_call);
 466     setAttachments(_call);
 467
 468     java.lang.Object _resp = _call.invoke(new java.lang.Object[]
 469     { jobId });
 470
 471     if (_resp instanceof java.rmi.RemoteException)
 472     {
 473       throw (java.rmi.RemoteException) _resp;
 474     }
 475     else
 476     {
 477       extractAttachments(_call);
 478
 479       try
 480       {
 481         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) _resp;
 482       } catch (java.lang.Exception _exception)
 483       {
 484         return (vamsas.objects.simple.WsJobId) org.apache.axis.utils.JavaUtils
 485                 .convert(_resp, vamsas.objects.simple.WsJobId.class);
 486       }
 487     }
 488   }
 489 }