src/intervalstore/nonc/IntervalStore0Impl.java

   1 /*
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   3
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   6
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  31 */
  32 package intervalstore.nonc;
  33
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35
  36 import intervalstore.api.IntervalI;
  37
  38 /**
  39  * extend intervalstore.nonc.IntervalStore to account for the fact that
  40  * SequenceFeature.equalsInterval only checks ranges
  41  */
  42 @SuppressWarnings("rawtypes")
  43 public class IntervalStore0Impl<T> extends IntervalStore0
  44 {
  45
  46
  47   /**
  48    * Constructor
  49    */
  50   public IntervalStore0Impl()
  51   {
  52     super();
  53   }
  54
  55   /**
  56    * CAUTION! This presumes that equalsInterval does check descriptions. Note
  57    * that bartongroup.IntervalStoreJ does NOT do this and
  58    * jalview.datamodel.features.SequenceFeature does not, either. But
  59    * nonc.SimpleFeature in test DOES, because it overrides equalsInterval.
  60    *
  61    * The reason we do it this way is to avoid an unnecessary and costly test for
  62    * obj instanceof IntervalI.
  63    *
  64    * Added by Mungo to use equals, but that requires use of instance checking,
  65    * which is not significant in Java (apparently), but is a bigger deal in
  66    * JavaScript. So here we have to hack
  67    * bobhanson.IntervalStoreJ.nonc.InervalStore to bypass equals.
  68    *
  69    * @param i1
  70    * @param i2
  71    * @return
  72    */
  73   @Override
  74   boolean sameInterval(IntervalI i1, IntervalI i2)
  75   {
  76     // avoiding equals() for JavaScript performance
  77     return ((SequenceFeature) i1).equalsWithParent((SequenceFeature) i2);
  78   }
  79
  80 }