src/jalview/analysis/CrossRef.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.analysis;\r
  19 \r
  20 import java.util.Enumeration;\r
  21 import java.util.Vector;\r
  22 import java.util.Hashtable;\r
  23 \r
  24 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;\r
  25 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  27 import jalview.datamodel.DBRefSource;\r
  28 import jalview.datamodel.DBRefEntry;\r
  29 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  31 import jalview.ws.SequenceFetcher;\r
  32 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;\r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * Functions for cross-referencing sequence databases. user must first specify\r
  36  * if cross-referencing from protein or dna (set dna==true)\r
  37  * \r
  38  * @author JimP\r
  39  * \r
  40  */\r
  41 public class CrossRef\r
  42 {\r
  43   /**\r
  44    * get the DNA or protein references for a protein or dna sequence\r
  45    * \r
  46    * @param dna\r
  47    * @param rfs\r
  48    * @return\r
  49    */\r
  50   public static DBRefEntry[] findXDbRefs(boolean dna, DBRefEntry[] rfs)\r
  51   {\r
  52     if (dna)\r
  53     {\r
  54       rfs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(rfs, DBRefSource.PROTEINDBS);\r
  55     }\r
  56     else\r
  57     {\r
  58       rfs = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(rfs,\r
  59               DBRefSource.DNACODINGDBS); // could attempt to find other cross\r
  60       // refs and return here - ie PDB xrefs\r
  61       // (not dna, not protein seq)\r
  62     }\r
  63     return rfs;\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public static Hashtable classifyDbRefs(DBRefEntry[] rfs)\r
  67   {\r
  68     Hashtable classes = new Hashtable();\r
  69     classes.put(DBRefSource.PROTEINDBS,\r
  70             jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(rfs, DBRefSource.PROTEINDBS));\r
  71     classes.put(DBRefSource.DNACODINGDBS, jalview.util.DBRefUtils\r
  72             .selectRefs(rfs, DBRefSource.DNACODINGDBS));\r
  73     classes.put(DBRefSource.DOMAINDBS,\r
  74             jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(rfs, DBRefSource.DOMAINDBS));\r
  75     // classes.put(OTHER, )\r
  76     return classes;\r
  77   }\r
  78 \r
  79   /**\r
  80    * @param dna\r
  81    *          true if seqs are DNA seqs\r
  82    * @param seqs\r
  83    * @return a list of sequence database cross reference source types\r
  84    */\r
  85   public static String[] findSequenceXrefTypes(boolean dna, SequenceI[] seqs)\r
  86   {\r
  87     return findSequenceXrefTypes(dna, seqs, null);\r
  88   }\r
  89 \r
  90   /**\r
  91    * Indirect references are references from other sequences from the dataset to\r
  92    * any of the direct DBRefEntrys on the given sequences.\r
  93    * \r
  94    * @param dna\r
  95    *          true if seqs are DNA seqs\r
  96    * @param seqs\r
  97    * @return a list of sequence database cross reference source types\r
  98    */\r
  99   public static String[] findSequenceXrefTypes(boolean dna,\r
 100           SequenceI[] seqs, AlignmentI dataset)\r
 101   {\r
 102     String[] dbrefs = null;\r
 103     Vector refs = new Vector();\r
 104     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)\r
 105     {\r
 106       if (seqs[s] != null)\r
 107       {\r
 108 \r
 109         SequenceI dss = seqs[s];\r
 110         while (dss.getDatasetSequence() != null)\r
 111         {\r
 112           dss = dss.getDatasetSequence();\r
 113         }\r
 114         DBRefEntry[] rfs = findXDbRefs(dna, dss.getDBRef());\r
 115         for (int r = 0; rfs != null && r < rfs.length; r++)\r
 116         {\r
 117           if (!refs.contains(rfs[r].getSource()))\r
 118           {\r
 119             refs.addElement(rfs[r].getSource());\r
 120           }\r
 121         }\r
 122         if (dataset != null)\r
 123         {\r
 124           // search for references to this sequence's direct references.\r
 125           DBRefEntry[] lrfs = CrossRef\r
 126                   .findXDbRefs(!dna, seqs[s].getDBRef());\r
 127           Vector rseqs = new Vector();\r
 128           CrossRef.searchDatasetXrefs(seqs[s], !dna, lrfs, dataset, rseqs,\r
 129                   null); // don't need to specify codon frame for mapping here\r
 130           Enumeration lr = rseqs.elements();\r
 131           while (lr.hasMoreElements())\r
 132           {\r
 133             SequenceI rs = (SequenceI) lr.nextElement();\r
 134             DBRefEntry[] xrs = findXDbRefs(dna, rs.getDBRef());\r
 135             for (int r = 0; rfs != null && r < rfs.length; r++)\r
 136             {\r
 137               if (!refs.contains(rfs[r].getSource()))\r
 138               {\r
 139                 refs.addElement(rfs[r].getSource());\r
 140               }\r
 141             }\r
 142           }\r
 143         }\r
 144       }\r
 145     }\r
 146     if (refs.size() > 0)\r
 147     {\r
 148       dbrefs = new String[refs.size()];\r
 149       refs.copyInto(dbrefs);\r
 150     }\r
 151     return dbrefs;\r
 152   }\r
 153 \r
 154   /*\r
 155    * if (dna) { if (rfs[r].hasMap()) { // most likely this is a protein cross\r
 156    * reference if (!refs.contains(rfs[r].getSource())) {\r
 157    * refs.addElement(rfs[r].getSource()); } } }\r
 158    */\r
 159   public static boolean hasCdnaMap(SequenceI[] seqs)\r
 160   {\r
 161     String[] reftypes = findSequenceXrefTypes(false, seqs);\r
 162     for (int s = 0; s < reftypes.length; s++)\r
 163     {\r
 164       if (reftypes.equals(DBRefSource.EMBLCDS))\r
 165       {\r
 166         return true;\r
 167         // no map\r
 168       }\r
 169     }\r
 170     return false;\r
 171   }\r
 172 \r
 173   public static SequenceI[] getCdnaMap(SequenceI[] seqs)\r
 174   {\r
 175     Vector cseqs = new Vector();\r
 176     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)\r
 177     {\r
 178       DBRefEntry[] cdna = findXDbRefs(true, seqs[s].getDBRef());\r
 179       for (int c = 0; c < cdna.length; c++)\r
 180       {\r
 181         if (cdna[c].getSource().equals(DBRefSource.EMBLCDS))\r
 182         {\r
 183           System.err\r
 184                   .println("TODO: unimplemented sequence retrieval for coding region sequence.");\r
 185           // TODO: retrieve CDS dataset sequences\r
 186           // need global dataset sequence retriever/resolver to reuse refs\r
 187           // and construct Mapping entry.\r
 188           // insert gaps in CDS according to peptide gaps.\r
 189           // add gapped sequence to cseqs\r
 190         }\r
 191       }\r
 192     }\r
 193     if (cseqs.size() > 0)\r
 194     {\r
 195       SequenceI[] rsqs = new SequenceI[cseqs.size()];\r
 196       cseqs.copyInto(rsqs);\r
 197       return rsqs;\r
 198     }\r
 199     return null;\r
 200 \r
 201   }\r
 202 \r
 203   /**\r
 204    * \r
 205    * @param dna\r
 206    * @param seqs\r
 207    * @return\r
 208    */\r
 209   public static Alignment findXrefSequences(SequenceI[] seqs, boolean dna,\r
 210           String source)\r
 211   {\r
 212     return findXrefSequences(seqs, dna, source, null);\r
 213   }\r
 214 \r
 215   /**\r
 216    * \r
 217    * @param seqs\r
 218    * @param dna\r
 219    * @param source\r
 220    * @param dataset\r
 221    *          alignment to search for product sequences.\r
 222    * @return products (as dataset sequences)\r
 223    */\r
 224   public static Alignment findXrefSequences(SequenceI[] seqs, boolean dna,\r
 225           String source, AlignmentI dataset)\r
 226   {\r
 227     Vector rseqs = new Vector();\r
 228     Alignment ral = null;\r
 229     AlignedCodonFrame cf = new AlignedCodonFrame(0); // nominal width\r
 230     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)\r
 231     {\r
 232       SequenceI dss = seqs[s];\r
 233       while (dss.getDatasetSequence() != null)\r
 234       {\r
 235         dss = dss.getDatasetSequence();\r
 236       }\r
 237       boolean found = false;\r
 238       DBRefEntry[] xrfs = CrossRef.findXDbRefs(dna, dss.getDBRef());\r
 239       if ((xrfs == null || xrfs.length == 0) && dataset != null)\r
 240       {\r
 241         System.out.println("Attempting to find ds Xrefs refs.");\r
 242         DBRefEntry[] lrfs = CrossRef.findXDbRefs(!dna, seqs[s].getDBRef()); // less\r
 243         // ambiguous\r
 244         // would\r
 245         // be a\r
 246         // 'find\r
 247         // primary\r
 248         // dbRefEntry'\r
 249         // method.\r
 250         // filter for desired source xref here\r
 251         found = CrossRef.searchDatasetXrefs(dss, !dna, lrfs, dataset,\r
 252                 rseqs, cf);\r
 253       }\r
 254       for (int r = 0; xrfs != null && r < xrfs.length; r++)\r
 255       {\r
 256         if (source != null && !source.equals(xrfs[r].getSource()))\r
 257           continue;\r
 258         if (xrfs[r].hasMap())\r
 259         {\r
 260           if (xrfs[r].getMap().getTo() != null)\r
 261           {\r
 262             Sequence rsq = new Sequence(xrfs[r].getMap().getTo());\r
 263             rseqs.addElement(rsq);\r
 264             if (xrfs[r].getMap().getMap().getFromRatio() != xrfs[r]\r
 265                     .getMap().getMap().getToRatio())\r
 266             {\r
 267               // get sense of map correct for adding to product alignment.\r
 268               if (dna)\r
 269               {\r
 270                 // map is from dna seq to a protein product\r
 271                 cf.addMap(dss, rsq, xrfs[r].getMap().getMap());\r
 272               }\r
 273               else\r
 274               {\r
 275                 // map should be from protein seq to its coding dna\r
 276                 cf.addMap(rsq, dss, xrfs[r].getMap().getMap().getInverse());\r
 277               }\r
 278             }\r
 279             found = true;\r
 280           }\r
 281         }\r
 282         if (!found)\r
 283         {\r
 284           // do a bit more work - search for sequences with references matching\r
 285           // xrefs on this sequence.\r
 286           if (dataset != null)\r
 287           {\r
 288             found |= searchDataset(dss, xrfs[r], dataset, rseqs, cf); // ,false,!dna);\r
 289             if (found)\r
 290               xrfs[r] = null; // we've recovered seqs for this one.\r
 291           }\r
 292         }\r
 293       }\r
 294       if (!found)\r
 295       {\r
 296         if (xrfs != null && xrfs.length > 0)\r
 297         {\r
 298           // Try and get the sequence reference...\r
 299           /*\r
 300            * Ideal world - we ask for a sequence fetcher implementation here if\r
 301            * (jalview.io.RunTimeEnvironment.getSequenceFetcher()) (\r
 302            */\r
 303           ASequenceFetcher sftch = new SequenceFetcher();\r
 304           SequenceI[] retrieved = null;\r
 305           int l = xrfs.length;\r
 306           for (int r = 0; r < xrfs.length; r++)\r
 307           {\r
 308             // filter out any irrelevant or irretrievable references\r
 309             if (xrfs[r] == null\r
 310                     || ((source != null && !source.equals(xrfs[r]\r
 311                             .getSource())) || !sftch.isFetchable(xrfs[r]\r
 312                             .getSource())))\r
 313             {\r
 314               l--;\r
 315               xrfs[r] = null;\r
 316             }\r
 317           }\r
 318           if (l > 0)\r
 319           {\r
 320             System.out\r
 321                     .println("Attempting to retrieve cross referenced sequences.");\r
 322             DBRefEntry[] t = new DBRefEntry[l];\r
 323             l = 0;\r
 324             for (int r = 0; r < xrfs.length; r++)\r
 325             {\r
 326               if (xrfs[r] != null)\r
 327                 t[l++] = xrfs[r];\r
 328             }\r
 329             xrfs = t;\r
 330             try\r
 331             {\r
 332               retrieved = sftch.getSequences(xrfs); // problem here is we don't\r
 333               // know which of xrfs\r
 334               // resulted in which\r
 335               // retrieved element\r
 336             } catch (Exception e)\r
 337             {\r
 338               System.err\r
 339                       .println("Problem whilst retrieving cross references for Sequence : "\r
 340                               + seqs[s].getName());\r
 341               e.printStackTrace();\r
 342             }\r
 343             if (retrieved != null)\r
 344             {\r
 345               for (int rs = 0; rs < retrieved.length; rs++)\r
 346               {\r
 347                 // TODO: examine each sequence for 'redundancy'\r
 348                 jalview.datamodel.DBRefEntry[] dbr = retrieved[rs]\r
 349                         .getDBRef();\r
 350                 if (dbr != null && dbr.length > 0)\r
 351                 {\r
 352                   for (int di = 0; di < dbr.length; di++)\r
 353                   {\r
 354                     // find any entry where we should put in the sequence being\r
 355                     // cross-referenced into the map\r
 356                     jalview.datamodel.Mapping map = dbr[di].getMap();\r
 357                     if (map != null)\r
 358                     {\r
 359                       if (map.getTo() != null && map.getMap() != null)\r
 360                       {\r
 361                         // should search the local dataset to find any existing\r
 362                         // candidates for To !\r
 363                         try\r
 364                         {\r
 365                           // compare ms with dss and replace with dss in mapping\r
 366                           // if map is congruent\r
 367                           SequenceI ms = map.getTo();\r
 368                           int sf = map.getMap().getToLowest();\r
 369                           int st = map.getMap().getToHighest();\r
 370                           SequenceI mappedrg = ms.getSubSequence(sf, st);\r
 371                           SequenceI loc = dss.getSubSequence(sf, st);\r
 372                           if (mappedrg.getLength() > 0\r
 373                                   && mappedrg.getSequenceAsString().equals(\r
 374                                           loc.getSequenceAsString()))\r
 375                           {\r
 376                             System.err\r
 377                                     .println("Mapping updated for retrieved crossreference");\r
 378                             // method to update all refs of existing To on\r
 379                             // retrieved sequence with dss and merge any props\r
 380                             // on To onto dss.\r
 381                             map.setTo(dss);\r
 382                           }\r
 383                         } catch (Exception e)\r
 384                         {\r
 385                           System.err\r
 386                                   .println("Exception when consolidating Mapped sequence set...");\r
 387                           e.printStackTrace(System.err);\r
 388                         }\r
 389                       }\r
 390                     }\r
 391                   }\r
 392                 }\r
 393                 retrieved[rs].updatePDBIds();\r
 394                 rseqs.addElement(retrieved[rs]);\r
 395               }\r
 396             }\r
 397           }\r
 398         }\r
 399       }\r
 400     }\r
 401     if (rseqs.size() > 0)\r
 402     {\r
 403       SequenceI[] rsqs = new SequenceI[rseqs.size()];\r
 404       rseqs.copyInto(rsqs);\r
 405       ral = new Alignment(rsqs);\r
 406       if (cf != null && cf.getProtMappings() != null)\r
 407       {\r
 408         ral.addCodonFrame(cf);\r
 409       }\r
 410     }\r
 411     return ral;\r
 412   }\r
 413 \r
 414   /**\r
 415    * find references to lrfs in the cross-reference set of each sequence in\r
 416    * dataset (that is not equal to sequenceI) Identifies matching DBRefEntry\r
 417    * based on source and accession string only - Map and Version are nulled.\r
 418    * \r
 419    * @param sequenceI\r
 420    * @param lrfs\r
 421    * @param dataset\r
 422    * @param rseqs\r
 423    * @return true if matches were found.\r
 424    */\r
 425   private static boolean searchDatasetXrefs(SequenceI sequenceI,\r
 426           boolean dna, DBRefEntry[] lrfs, AlignmentI dataset, Vector rseqs,\r
 427           AlignedCodonFrame cf)\r
 428   {\r
 429     boolean found = false;\r
 430     if (lrfs == null)\r
 431       return false;\r
 432     for (int i = 0; i < lrfs.length; i++)\r
 433     {\r
 434       DBRefEntry xref = new DBRefEntry(lrfs[i]);\r
 435       // add in wildcards\r
 436       xref.setVersion(null);\r
 437       xref.setMap(null);\r
 438       found = searchDataset(sequenceI, xref, dataset, rseqs, cf, false, dna);\r
 439     }\r
 440     return found;\r
 441   }\r
 442 \r
 443   /**\r
 444    * search a given sequence dataset for references matching cross-references to\r
 445    * the given sequence\r
 446    * \r
 447    * @param sequenceI\r
 448    * @param xrf\r
 449    * @param dataset\r
 450    * @param rseqs\r
 451    *          set of unique sequences\r
 452    * @param cf\r
 453    * @return true if one or more unique sequences were found and added\r
 454    */\r
 455   public static boolean searchDataset(SequenceI sequenceI, DBRefEntry xrf,\r
 456           AlignmentI dataset, Vector rseqs, AlignedCodonFrame cf)\r
 457   {\r
 458     return searchDataset(sequenceI, xrf, dataset, rseqs, cf, true, false);\r
 459   }\r
 460 \r
 461   /**\r
 462    * TODO: generalise to different protein classifications Search dataset for\r
 463    * DBRefEntrys matching the given one (xrf) and add the associated sequence to\r
 464    * rseq.\r
 465    * \r
 466    * @param sequenceI\r
 467    * @param xrf\r
 468    * @param dataset\r
 469    * @param rseqs\r
 470    * @param direct\r
 471    *          - search all references or only subset\r
 472    * @param dna\r
 473    *          search dna or protein xrefs (if direct=false)\r
 474    * @return true if relationship found and sequence added.\r
 475    */\r
 476   public static boolean searchDataset(SequenceI sequenceI, DBRefEntry xrf,\r
 477           AlignmentI dataset, Vector rseqs, AlignedCodonFrame cf,\r
 478           boolean direct, boolean dna)\r
 479   {\r
 480     boolean found = false;\r
 481     SequenceI[] typer = new SequenceI[1];\r
 482     if (dataset == null)\r
 483       return false;\r
 484     if (dataset.getSequences() == null)\r
 485     {\r
 486       System.err.println("Empty dataset sequence set - NO VECTOR");\r
 487       return false;\r
 488     }\r
 489     Enumeration e = dataset.getSequences().elements();\r
 490     while (e.hasMoreElements())\r
 491     {\r
 492       SequenceI nxt = (SequenceI) e.nextElement();\r
 493       if (nxt != null)\r
 494       {\r
 495         if (nxt.getDatasetSequence() != null)\r
 496         {\r
 497           System.err\r
 498                   .println("Implementation warning: getProducts passed a dataset alignment without dataset sequences in it!");\r
 499         }\r
 500         if (nxt != sequenceI && nxt != sequenceI.getDatasetSequence())\r
 501         {\r
 502           // check if this is the correct sequence type\r
 503           {\r
 504             typer[0] = nxt;\r
 505             boolean isDna = jalview.util.Comparison.isNucleotide(typer);\r
 506             if ((direct && isDna == dna) || (!direct && isDna != dna))\r
 507             {\r
 508               // skip this sequence because it is same molecule type\r
 509               continue;\r
 510             }\r
 511           }\r
 512 \r
 513           // look for direct or indirect references in common\r
 514           DBRefEntry[] poss = nxt.getDBRef(), cands = null;\r
 515           if (direct)\r
 516           {\r
 517             cands = jalview.util.DBRefUtils.searchRefs(poss, xrf);\r
 518           }\r
 519           else\r
 520           {\r
 521             poss = CrossRef.findXDbRefs(dna, poss); //\r
 522             cands = jalview.util.DBRefUtils.searchRefs(poss, xrf);\r
 523           }\r
 524           if (cands != null)\r
 525           {\r
 526             if (!rseqs.contains(nxt))\r
 527             {\r
 528               rseqs.addElement(nxt);\r
 529               boolean foundmap = cf != null; // don't search if we aren't given\r
 530               // a codon map object\r
 531               for (int r = 0; foundmap && r < cands.length; r++)\r
 532               {\r
 533                 if (cands[r].hasMap())\r
 534                 {\r
 535                   if (cands[r].getMap().getTo() != null\r
 536                           && cands[r].getMap().getMap().getFromRatio() != cands[r]\r
 537                                   .getMap().getMap().getToRatio())\r
 538                   {\r
 539                     foundmap = true;\r
 540                     // get sense of map correct for adding to product alignment.\r
 541                     if (dna)\r
 542                     {\r
 543                       // map is from dna seq to a protein product\r
 544                       cf.addMap(sequenceI, nxt, cands[r].getMap().getMap());\r
 545                     }\r
 546                     else\r
 547                     {\r
 548                       // map should be from protein seq to its coding dna\r
 549                       cf.addMap(nxt, sequenceI, cands[r].getMap().getMap()\r
 550                               .getInverse());\r
 551                     }\r
 552                   }\r
 553                 }\r
 554               }\r
 555               // TODO: add mapping between sequences if necessary\r
 556               found = true;\r
 557             }\r
 558           }\r
 559 \r
 560         }\r
 561       }\r
 562     }\r
 563     return found;\r
 564   }\r
 565 \r
 566   /**\r
 567    * precalculate different products that can be found for seqs in dataset and\r
 568    * return them.\r
 569    * \r
 570    * @param dna\r
 571    * @param seqs\r
 572    * @param dataset\r
 573    * @param fake\r
 574    *          - don't actually build lists - just get types\r
 575    * @return public static Object[] buildXProductsList(boolean dna, SequenceI[]\r
 576    *         seqs, AlignmentI dataset, boolean fake) { String types[] =\r
 577    *         jalview.analysis.CrossRef.findSequenceXrefTypes( dna, seqs,\r
 578    *         dataset); if (types != null) { System.out.println("Xref Types for:\r
 579    *         "+(dna ? "dna" : "prot")); for (int t = 0; t < types.length; t++) {\r
 580    *         System.out.println("Type: " + types[t]); SequenceI[] prod =\r
 581    *         jalview.analysis.CrossRef.findXrefSequences(seqs, dna, types[t]);\r
 582    *         System.out.println("Found " + ((prod == null) ? "no" : "" +\r
 583    *         prod.length) + " products"); if (prod!=null) { for (int p=0;\r
 584    *         p<prod.length; p++) { System.out.println("Prod "+p+":\r
 585    *         "+prod[p].getDisplayId(true)); } } } } else {\r
 586    *         System.out.println("Trying getProducts for\r
 587    *         "+al.getSequenceAt(0).getDisplayId(true));\r
 588    *         System.out.println("Search DS Xref for: "+(dna ? "dna" : "prot"));\r
 589    *         // have a bash at finding the products amongst all the retrieved\r
 590    *         sequences. SequenceI[] prod =\r
 591    *         jalview.analysis.CrossRef.findXrefSequences(al\r
 592    *         .getSequencesArray(), dna, null, ds); System.out.println("Found " +\r
 593    *         ((prod == null) ? "no" : "" + prod.length) + " products"); if\r
 594    *         (prod!=null) { // select non-equivalent sequences from dataset list\r
 595    *         for (int p=0; p<prod.length; p++) { System.out.println("Prod "+p+":\r
 596    *         "+prod[p].getDisplayId(true)); } } } }\r
 597    */\r
 598 }\r