src/jalview/analysis/Dna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.analysis;
  20
  21 import java.util.ArrayList;
  22 import java.util.Hashtable;
  23 import java.util.Vector;
  24
  25 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  26 import jalview.datamodel.Alignment;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.Annotation;
  30 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  31 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  32 import jalview.datamodel.Mapping;
  33 import jalview.datamodel.Sequence;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  37 import jalview.util.MapList;
  38 import jalview.util.ShiftList;
  39
  40 public class Dna
  41 {
  42   /**
  43    *
  44    * @param cdp1
  45    * @param cdp2
  46    * @return -1 if cdp1 aligns before cdp2, 0 if in the same column or cdp2 is
  47    *         null, +1 if after cdp2
  48    */
  49   private static int compare_codonpos(int[] cdp1, int[] cdp2)
  50   {
  51     if (cdp2 == null
  52             || (cdp1[0] == cdp2[0] && cdp1[1] == cdp2[1] && cdp1[2] == cdp2[2]))
  53       return 0;
  54     if (cdp1[0] < cdp2[0] || cdp1[1] < cdp2[1] || cdp1[2] < cdp2[2])
  55       return -1; // one base in cdp1 precedes the corresponding base in the
  56     // other codon
  57     return 1; // one base in cdp1 appears after the corresponding base in the
  58     // other codon.
  59   }
  60
  61   /**
  62    * DNA->mapped protein sequence alignment translation given set of sequences
  63    * 1. id distinct coding regions within selected region for each sequence 2.
  64    * generate peptides based on inframe (or given) translation or (optionally
  65    * and where specified) out of frame translations (annotated appropriately) 3.
  66    * align peptides based on codon alignment
  67    */
  68   /**
  69    * id potential products from dna 1. search for distinct products within
  70    * selected region for each selected sequence 2. group by associated DB type.
  71    * 3. return as form for input into above function
  72    */
  73   /**
  74    *
  75    */
  76   /**
  77    * create a new alignment of protein sequences by an inframe translation of
  78    * the provided NA sequences
  79    *
  80    * @param selection
  81    * @param seqstring
  82    * @param viscontigs
  83    * @param gapCharacter
  84    * @param annotations
  85    * @param aWidth
  86    * @param dataset
  87    *          destination dataset for translated sequences and mappings
  88    * @return
  89    */
  90   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
  91           String[] seqstring, int viscontigs[], char gapCharacter,
  92           AlignmentAnnotation[] annotations, int aWidth, Alignment dataset)
  93   {
  94     return CdnaTranslate(selection, seqstring, null, viscontigs,
  95             gapCharacter, annotations, aWidth, dataset);
  96   }
  97
  98   /**
  99    *
 100    * @param selection
 101    * @param seqstring
 102    * @param product
 103    *          - array of DbRefEntry objects from which exon map in seqstring is
 104    *          derived
 105    * @param viscontigs
 106    * @param gapCharacter
 107    * @param annotations
 108    * @param aWidth
 109    * @param dataset
 110    * @return
 111    */
 112   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
 113           String[] seqstring, DBRefEntry[] product, int viscontigs[],
 114           char gapCharacter, AlignmentAnnotation[] annotations, int aWidth,
 115           Alignment dataset)
 116   {
 117     AlignedCodonFrame codons = new AlignedCodonFrame(aWidth); // stores hash of
 118     // subsequent
 119     // positions for
 120     // each codon
 121     // start position
 122     // in alignment
 123     int s, sSize = selection.length;
 124     Vector pepseqs = new Vector();
 125     for (s = 0; s < sSize; s++)
 126     {
 127       SequenceI newseq = translateCodingRegion(selection[s], seqstring[s],
 128               viscontigs, codons, gapCharacter,
 129               (product != null) ? product[s] : null, false); // possibly anonymous
 130       // product
 131       if (newseq != null)
 132       {
 133         pepseqs.addElement(newseq);
 134         SequenceI ds = newseq;
 135         if (dataset != null)
 136         {
 137           while (ds.getDatasetSequence() != null)
 138           {
 139             ds = ds.getDatasetSequence();
 140           }
 141           dataset.addSequence(ds);
 142         }
 143       }
 144     }
 145     if (codons.aaWidth == 0)
 146       return null;
 147     SequenceI[] newseqs = new SequenceI[pepseqs.size()];
 148     pepseqs.copyInto(newseqs);
 149     AlignmentI al = new Alignment(newseqs);
 150     al.padGaps(); // ensure we look aligned.
 151     al.setDataset(dataset);
 152     translateAlignedAnnotations(annotations, al, codons);
 153     al.addCodonFrame(codons);
 154     return al;
 155   }
 156
 157   /**
 158    * fake the collection of DbRefs with associated exon mappings to identify if
 159    * a translation would generate distinct product in the currently selected
 160    * region.
 161    *
 162    * @param selection
 163    * @param viscontigs
 164    * @return
 165    */
 166   public static boolean canTranslate(SequenceI[] selection,
 167           int viscontigs[])
 168   {
 169     for (int gd = 0; gd < selection.length; gd++)
 170     {
 171       SequenceI dna = selection[gd];
 172       jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 173               .selectRefs(dna.getDBRef(),
 174                       jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 175       if (dnarefs != null)
 176       {
 177         // intersect with pep
 178         // intersect with pep
 179         Vector mappedrefs = new Vector();
 180         DBRefEntry[] refs = dna.getDBRef();
 181         for (int d = 0; d < refs.length; d++)
 182         {
 183           if (refs[d].getMap() != null && refs[d].getMap().getMap() != null
 184                   && refs[d].getMap().getMap().getFromRatio() == 3
 185                   && refs[d].getMap().getMap().getToRatio() == 1)
 186           {
 187             mappedrefs.addElement(refs[d]); // add translated protein maps
 188           }
 189         }
 190         dnarefs = new DBRefEntry[mappedrefs.size()];
 191         mappedrefs.copyInto(dnarefs);
 192         for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 193         {
 194           Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 195           if (mp != null)
 196           {
 197             for (int vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2)
 198             {
 199               int[] mpr = mp.locateMappedRange(viscontigs[vc],
 200                       viscontigs[vc + 1]);
 201               if (mpr != null)
 202               {
 203                 return true;
 204               }
 205             }
 206           }
 207         }
 208       }
 209     }
 210     return false;
 211   }
 212
 213   /**
 214    * generate a set of translated protein products from annotated sequenceI
 215    *
 216    * @param selection
 217    * @param viscontigs
 218    * @param gapCharacter
 219    * @param dataset
 220    *          destination dataset for translated sequences
 221    * @param annotations
 222    * @param aWidth
 223    * @return
 224    */
 225   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
 226           int viscontigs[], char gapCharacter, Alignment dataset)
 227   {
 228     int alwidth = 0;
 229     Vector cdnasqs = new Vector();
 230     Vector cdnasqi = new Vector();
 231     Vector cdnaprod = new Vector();
 232     for (int gd = 0; gd < selection.length; gd++)
 233     {
 234       SequenceI dna = selection[gd];
 235       jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 236               .selectRefs(dna.getDBRef(),
 237                       jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 238       if (dnarefs != null)
 239       {
 240         // intersect with pep
 241         Vector mappedrefs = new Vector();
 242         DBRefEntry[] refs = dna.getDBRef();
 243         for (int d = 0; d < refs.length; d++)
 244         {
 245           if (refs[d].getMap() != null && refs[d].getMap().getMap() != null
 246                   && refs[d].getMap().getMap().getFromRatio() == 3
 247                   && refs[d].getMap().getMap().getToRatio() == 1)
 248           {
 249             mappedrefs.addElement(refs[d]); // add translated protein maps
 250           }
 251         }
 252         dnarefs = new DBRefEntry[mappedrefs.size()];
 253         mappedrefs.copyInto(dnarefs);
 254         for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 255         {
 256           Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 257           StringBuffer sqstr = new StringBuffer();
 258           if (mp != null)
 259           {
 260             Mapping intersect = mp.intersectVisContigs(viscontigs);
 261             // generate seqstring for this sequence based on mapping
 262
 263             if (sqstr.length() > alwidth)
 264               alwidth = sqstr.length();
 265             cdnasqs.addElement(sqstr.toString());
 266             cdnasqi.addElement(dna);
 267             cdnaprod.addElement(intersect);
 268           }
 269         }
 270       }
 271       SequenceI[] cdna = new SequenceI[cdnasqs.size()];
 272       DBRefEntry[] prods = new DBRefEntry[cdnaprod.size()];
 273       String[] xons = new String[cdnasqs.size()];
 274       cdnasqs.copyInto(xons);
 275       cdnaprod.copyInto(prods);
 276       cdnasqi.copyInto(cdna);
 277       return CdnaTranslate(cdna, xons, prods, viscontigs, gapCharacter,
 278               null, alwidth, dataset);
 279     }
 280     return null;
 281   }
 282
 283   /**
 284    * translate na alignment annotations onto translated amino acid alignment al
 285    * using codon mapping codons
 286    *
 287    * @param annotations
 288    * @param al
 289    * @param codons
 290    */
 291   public static void translateAlignedAnnotations(
 292           AlignmentAnnotation[] annotations, AlignmentI al,
 293           AlignedCodonFrame codons)
 294   {
 295     // //////////////////////////////
 296     // Copy annotations across
 297     //
 298     // Can only do this for columns with consecutive codons, or where
 299     // annotation is sequence associated.
 300
 301     int pos, a, aSize;
 302     if (annotations != null)
 303     {
 304       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
 305       {
 306         // Skip any autogenerated annotation
 307         if (annotations[i].autoCalculated)
 308         {
 309           continue;
 310         }
 311
 312         aSize = codons.getaaWidth(); // aa alignment width.
 313         jalview.datamodel.Annotation[] anots = (annotations[i].annotations == null) ? null
 314                 : new jalview.datamodel.Annotation[aSize];
 315         if (anots != null)
 316         {
 317           for (a = 0; a < aSize; a++)
 318           {
 319             // process through codon map.
 320             if (codons.codons[a] != null
 321                     && codons.codons[a][0] == (codons.codons[a][2] - 2))
 322             {
 323               anots[a] = getCodonAnnotation(codons.codons[a],
 324                       annotations[i].annotations);
 325             }
 326           }
 327         }
 328
 329         jalview.datamodel.AlignmentAnnotation aa = new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation(
 330                 annotations[i].label, annotations[i].description, anots);
 331         aa.graph = annotations[i].graph;
 332         aa.graphGroup = annotations[i].graphGroup;
 333         aa.graphHeight = annotations[i].graphHeight;
 334         if (annotations[i].getThreshold() != null)
 335         {
 336           aa.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine(annotations[i]
 337                   .getThreshold()));
 338         }
 339         if (annotations[i].hasScore)
 340         {
 341           aa.setScore(annotations[i].getScore());
 342         }
 343         if (annotations[i].sequenceRef != null)
 344         {
 345           SequenceI aaSeq = codons
 346                   .getAaForDnaSeq(annotations[i].sequenceRef);
 347           if (aaSeq != null)
 348           {
 349             // aa.compactAnnotationArray(); // throw away alignment annotation
 350             // positioning
 351             aa.setSequenceRef(aaSeq);
 352             aa.createSequenceMapping(aaSeq, aaSeq.getStart(), true); // rebuild
 353             // mapping
 354             aa.adjustForAlignment();
 355             aaSeq.addAlignmentAnnotation(aa);
 356           }
 357
 358         }
 359         al.addAnnotation(aa);
 360       }
 361     }
 362   }
 363
 364   private static Annotation getCodonAnnotation(int[] is,
 365           Annotation[] annotations)
 366   {
 367     // Have a look at all the codon positions for annotation and put the first
 368     // one found into the translated annotation pos.
 369     int contrib = 0;
 370     Annotation annot = null;
 371     for (int p = 0; p < 3; p++)
 372     {
 373       if (annotations[is[p]] != null)
 374       {
 375         if (annot == null)
 376         {
 377           annot = new Annotation(annotations[is[p]]);
 378           contrib = 1;
 379         }
 380         else
 381         {
 382           // merge with last
 383           Annotation cpy = new Annotation(annotations[is[p]]);
 384           if (annot.colour == null)
 385           {
 386             annot.colour = cpy.colour;
 387           }
 388           if (annot.description == null || annot.description.length() == 0)
 389           {
 390             annot.description = cpy.description;
 391           }
 392           if (annot.displayCharacter == null)
 393           {
 394             annot.displayCharacter = cpy.displayCharacter;
 395           }
 396           if (annot.secondaryStructure == 0)
 397           {
 398             annot.secondaryStructure = cpy.secondaryStructure;
 399           }
 400           annot.value += cpy.value;
 401           contrib++;
 402         }
 403       }
 404     }
 405     if (contrib > 1)
 406     {
 407       annot.value /= (float) contrib;
 408     }
 409     return annot;
 410   }
 411
 412   /**
 413    * Translate a na sequence
 414    *
 415    * @param selection
 416    *          sequence displayed under viscontigs visible columns
 417    * @param seqstring
 418    *          ORF read in some global alignment reference frame
 419    * @param viscontigs
 420    *          mapping from global reference frame to visible seqstring ORF read
 421    * @param codons
 422    *          Definition of global ORF alignment reference frame
 423    * @param gapCharacter
 424    * @return sequence ready to be added to alignment.
 425    * @deprecated Use {@link #translateCodingRegion(SequenceI,String,int[],AlignedCodonFrame,char,DBRefEntry,boolean)} instead
 426    */
 427   public static SequenceI translateCodingRegion(SequenceI selection,
 428           String seqstring, int[] viscontigs, AlignedCodonFrame codons,
 429           char gapCharacter, DBRefEntry product)
 430   {
 431     return translateCodingRegion(selection, seqstring, viscontigs, codons,
 432             gapCharacter, product, false);
 433   }
 434
 435   /**
 436    * Translate a na sequence
 437    *
 438    * @param selection
 439    *          sequence displayed under viscontigs visible columns
 440    * @param seqstring
 441    *          ORF read in some global alignment reference frame
 442    * @param viscontigs
 443    *          mapping from global reference frame to visible seqstring ORF read
 444    * @param codons
 445    *          Definition of global ORF alignment reference frame
 446    * @param gapCharacter
 447    * @param starForStop when true stop codons will translate as '*', otherwise as 'X'
 448    * @return sequence ready to be added to alignment.
 449    */
 450   public static SequenceI translateCodingRegion(SequenceI selection,
 451           String seqstring, int[] viscontigs, AlignedCodonFrame codons,
 452           char gapCharacter, DBRefEntry product, final boolean starForStop)
 453   {
 454     java.util.List skip = new ArrayList();
 455     int skipint[] = null;
 456     ShiftList vismapping = new ShiftList(); // map from viscontigs to seqstring
 457     // intervals
 458     int vc, scontigs[] = new int[viscontigs.length];
 459     int npos = 0;
 460     for (vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2)
 461     {
 462       if (vc == 0)
 463       {
 464         vismapping.addShift(npos, viscontigs[vc]);
 465       }
 466       else
 467       {
 468         // hidden region
 469         vismapping.addShift(npos, viscontigs[vc] - viscontigs[vc - 1] + 1);
 470       }
 471       scontigs[vc] = viscontigs[vc];
 472       scontigs[vc + 1] = viscontigs[vc + 1];
 473     }
 474
 475     StringBuffer protein = new StringBuffer();
 476     String seq = seqstring.replace('U', 'T');
 477     char codon[] = new char[3];
 478     int cdp[] = new int[3], rf = 0, lastnpos = 0, nend;
 479     int aspos = 0;
 480     int resSize = 0;
 481     for (npos = 0, nend = seq.length(); npos < nend; npos++)
 482     {
 483       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.charAt(npos)))
 484       {
 485         cdp[rf] = npos; // store position
 486         codon[rf++] = seq.charAt(npos); // store base
 487       }
 488       // filled an RF yet ?
 489       if (rf == 3)
 490       {
 491         String aa = ResidueProperties.codonTranslate(new String(codon));
 492         rf = 0;
 493         if (aa == null)
 494         {
 495           aa = String.valueOf(gapCharacter);
 496           if (skipint == null)
 497           {
 498             skipint = new int[]
 499             { cdp[0], cdp[2] };
 500           }
 501           skipint[1] = cdp[2];
 502         }
 503         else
 504         {
 505           if (skipint != null)
 506           {
 507             // edit scontigs
 508             skipint[0] = vismapping.shift(skipint[0]);
 509             skipint[1] = vismapping.shift(skipint[1]);
 510             for (vc = 0; vc < scontigs.length; )
 511             {
 512               if (scontigs[vc + 1] < skipint[0])
 513               {
 514                 // before skipint starts
 515                 vc += 2;
 516                 continue;
 517               }
 518               if (scontigs[vc]>skipint[1])
 519               {
 520                 // finished editing so
 521                 break;
 522               }
 523               // Edit the contig list to include the skipped region which did not translate
 524               int[] t;
 525               // from : s1 e1 s2 e2 s3 e3
 526               // to s:  s1 e1 s2 k0 k1 e2 s3 e3
 527               // list increases by one unless one boundary (s2==k0 or e2==k1) matches, and decreases by one if skipint intersects whole visible contig
 528               if (scontigs[vc] <= skipint[0])
 529               {
 530                 if (skipint[0] == scontigs[vc])
 531                 {
 532                   // skipint at start of contig
 533                   // shift the start of this contig
 534                   if (scontigs[vc + 1] > skipint[1])
 535                   {
 536                     scontigs[vc] = skipint[1];
 537                     vc+=2;
 538                   }
 539                   else
 540                   {
 541                     if (scontigs[vc+1]==skipint[1])
 542                     {
 543                       // remove the contig
 544                       t = new int[scontigs.length - 2];
 545                       if (vc > 0)
 546                       {
 547                         System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc - 1);
 548                       }
 549                       if (vc + 2 < t.length)
 550                       {
 551                         System.arraycopy(scontigs, vc + 2, t, vc, t.length
 552                               - vc + 2);
 553                       }
 554                       scontigs=t;
 555                     } else {
 556                       // truncate contig to before the skipint region
 557                       scontigs[vc+1] = skipint[0]-1;
 558                       vc+=2;
 559                     }
 560                   }
 561                 }
 562                 else
 563                 {
 564                   // scontig starts before start of skipint
 565                   if (scontigs[vc+1]<skipint[1]) {
 566                     // skipint truncates end of scontig
 567                     scontigs[vc+1] = skipint[0]-1;
 568                     vc+=2;
 569                   } else {
 570                     // divide region to new contigs
 571                     t = new int[scontigs.length + 2];
 572                     System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc +1);
 573                     t[vc+1] = skipint[0];
 574                     t[vc+2] = skipint[1];
 575                     System.arraycopy(scontigs, vc + 1, t, vc+3, scontigs.length-(vc+1));
 576                     scontigs=t;
 577                     vc+=4;
 578                   }
 579                 }
 580               }
 581             }
 582             skip.add(skipint);
 583             skipint = null;
 584           }
 585           if (aa.equals("STOP"))
 586           {
 587             aa = starForStop ? "*" : "X";
 588           }
 589           resSize++;
 590         }
 591         // insert/delete gaps prior to this codon - if necessary
 592         boolean findpos = true;
 593         while (findpos)
 594         {
 595           // first ensure that the codons array is long enough.
 596           codons.checkCodonFrameWidth(aspos);
 597           // now check to see if we place the aa at the current aspos in the
 598           // protein alignment
 599           switch (Dna.compare_codonpos(cdp, codons.codons[aspos]))
 600           {
 601           case -1:
 602             codons.insertAAGap(aspos, gapCharacter);
 603             findpos = false;
 604             break;
 605           case +1:
 606             // this aa appears after the aligned codons at aspos, so prefix it
 607             // with a gap
 608             aa = "" + gapCharacter + aa;
 609             aspos++;
 610             // if (aspos >= codons.aaWidth)
 611             // codons.aaWidth = aspos + 1;
 612             break; // check the next position for alignment
 613           case 0:
 614             // codon aligns at aspos position.
 615             findpos = false;
 616           }
 617         }
 618         // codon aligns with all other sequence residues found at aspos
 619         protein.append(aa);
 620         lastnpos = npos;
 621         if (codons.codons[aspos] == null)
 622         {
 623           // mark this column as aligning to this aligned reading frame
 624           codons.codons[aspos] = new int[]
 625           { cdp[0], cdp[1], cdp[2] };
 626         }
 627         if (aspos >= codons.aaWidth)
 628         {
 629           // update maximum alignment width
 630           // (we can do this without calling checkCodonFrameWidth because it was
 631           // already done above)
 632           codons.setAaWidth(aspos);
 633         }
 634         // ready for next translated reading frame alignment position (if any)
 635         aspos++;
 636       }
 637     }
 638     if (resSize > 0)
 639     {
 640       SequenceI newseq = new Sequence(selection.getName(),
 641               protein.toString());
 642       if (rf != 0)
 643       {
 644         if (jalview.bin.Cache.log!=null) {
 645           jalview.bin.Cache.log.debug("trimming contigs for incomplete terminal codon.");
 646         } else {
 647           System.err.println("trimming contigs for incomplete terminal codon.");
 648         }
 649         // map and trim contigs to ORF region
 650         vc = scontigs.length - 1;
 651         lastnpos = vismapping.shift(lastnpos); // place npos in context of
 652         // whole dna alignment (rather
 653         // than visible contigs)
 654         // incomplete ORF could be broken over one or two visible contig
 655         // intervals.
 656         while (vc >= 0 && scontigs[vc] > lastnpos)
 657         {
 658           if (vc > 0 && scontigs[vc - 1] > lastnpos)
 659           {
 660             vc -= 2;
 661           }
 662           else
 663           {
 664             // correct last interval in list.
 665             scontigs[vc] = lastnpos;
 666           }
 667         }
 668
 669         if (vc > 0 && (vc + 1) < scontigs.length)
 670         {
 671           // truncate map list to just vc elements
 672           int t[] = new int[vc + 1];
 673           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 1);
 674           scontigs = t;
 675         }
 676         if (vc <= 0)
 677           scontigs = null;
 678       }
 679       if (scontigs != null)
 680       {
 681         npos = 0;
 682         // map scontigs to actual sequence positions on selection
 683         for (vc = 0; vc < scontigs.length; vc += 2)
 684         {
 685           scontigs[vc] = selection.findPosition(scontigs[vc]); // not from 1!
 686           scontigs[vc + 1] = selection.findPosition(scontigs[vc + 1]); // exclusive
 687           if (scontigs[vc + 1] == selection.getEnd())
 688             break;
 689         }
 690         // trim trailing empty intervals.
 691         if ((vc + 2) < scontigs.length)
 692         {
 693           int t[] = new int[vc + 2];
 694           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 2);
 695           scontigs = t;
 696         }
 697         /*
 698          * delete intervals in scontigs which are not translated. 1. map skip
 699          * into sequence position intervals 2. truncate existing ranges and add
 700          * new ranges to exclude untranslated regions. if (skip.size()>0) {
 701          * Vector narange = new Vector(); for (vc=0; vc<scontigs.length; vc++) {
 702          * narange.addElement(new int[] {scontigs[vc]}); } int sint=0,iv[]; vc =
 703          * 0; while (sint<skip.size()) { skipint = (int[]) skip.elementAt(sint);
 704          * do { iv = (int[]) narange.elementAt(vc); if (iv[0]>=skipint[0] &&
 705          * iv[0]<=skipint[1]) { if (iv[0]==skipint[0]) { // delete beginning of
 706          * range } else { // truncate range and create new one if necessary iv =
 707          * (int[]) narange.elementAt(vc+1); if (iv[0]<=skipint[1]) { // truncate
 708          * range iv[0] = skipint[1]; } else { } } } else if (iv[0]<skipint[0]) {
 709          * iv = (int[]) narange.elementAt(vc+1); } } while (iv[0]) } }
 710          */
 711         MapList map = new MapList(scontigs, new int[]
 712         { 1, resSize }, 3, 1);
 713
 714         // update newseq as if it was generated as mapping from product
 715
 716         if (product != null)
 717         {
 718           newseq.setName(product.getSource() + "|"
 719                   + product.getAccessionId());
 720           if (product.getMap() != null)
 721           {
 722             // Mapping mp = product.getMap();
 723             // newseq.setStart(mp.getPosition(scontigs[0]));
 724             // newseq.setEnd(mp
 725             // .getPosition(scontigs[scontigs.length - 1]));
 726           }
 727         }
 728         transferCodedFeatures(selection, newseq, map, null, null);
 729         SequenceI rseq = newseq.deriveSequence(); // construct a dataset
 730         // sequence for our new
 731         // peptide, regardless.
 732         // store a mapping (this actually stores a mapping between the dataset
 733         // sequences for the two sequences
 734         codons.addMap(selection, rseq, map);
 735         return rseq;
 736       }
 737     }
 738     // register the mapping somehow
 739     //
 740     return null;
 741   }
 742
 743   /**
 744    * Given a peptide newly translated from a dna sequence, copy over and set any
 745    * features on the peptide from the DNA. If featureTypes is null, all features
 746    * on the dna sequence are searched (rather than just the displayed ones), and
 747    * similarly for featureGroups.
 748    *
 749    * @param dna
 750    * @param pep
 751    * @param map
 752    * @param featureTypes
 753    *          hash who's keys are the displayed feature type strings
 754    * @param featureGroups
 755    *          hash where keys are feature groups and values are Boolean objects
 756    *          indicating if they are displayed.
 757    */
 758   private static void transferCodedFeatures(SequenceI dna, SequenceI pep,
 759           MapList map, Hashtable featureTypes, Hashtable featureGroups)
 760   {
 761     SequenceFeature[] sf = (dna.getDatasetSequence()!=null ? dna.getDatasetSequence() : dna).getSequenceFeatures();
 762     Boolean fgstate;
 763     jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 764             .selectRefs(dna.getDBRef(),
 765                     jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 766     if (dnarefs != null)
 767     {
 768       // intersect with pep
 769       for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 770       {
 771         Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 772         if (mp != null)
 773         {
 774         }
 775       }
 776     }
 777     if (sf != null)
 778     {
 779       for (int f = 0; f < sf.length; f++)
 780       {
 781         fgstate = (featureGroups == null) ? null : ((Boolean) featureGroups
 782                 .get(sf[f].featureGroup));
 783         if ((featureTypes == null || featureTypes.containsKey(sf[f]
 784                 .getType())) && (fgstate == null || fgstate.booleanValue()))
 785         {
 786           if (FeatureProperties.isCodingFeature(null, sf[f].getType()))
 787           {
 788             // if (map.intersectsFrom(sf[f].begin, sf[f].end))
 789             {
 790
 791             }
 792           }
 793         }
 794       }
 795     }
 796   }
 797 }