src/jalview/analysis/Dna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.analysis;
  19
  20 import java.util.ArrayList;
  21 import java.util.Hashtable;
  22 import java.util.Vector;
  23
  24 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  25 import jalview.datamodel.Alignment;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  28 import jalview.datamodel.Annotation;
  29 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  30 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  31 import jalview.datamodel.Mapping;
  32 import jalview.datamodel.Sequence;
  33 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  36 import jalview.util.MapList;
  37 import jalview.util.ShiftList;
  38
  39 public class Dna
  40 {
  41   /**
  42    *
  43    * @param cdp1
  44    * @param cdp2
  45    * @return -1 if cdp1 aligns before cdp2, 0 if in the same column or cdp2 is
  46    *         null, +1 if after cdp2
  47    */
  48   private static int compare_codonpos(int[] cdp1, int[] cdp2)
  49   {
  50     if (cdp2 == null
  51             || (cdp1[0] == cdp2[0] && cdp1[1] == cdp2[1] && cdp1[2] == cdp2[2]))
  52       return 0;
  53     if (cdp1[0] < cdp2[0] || cdp1[1] < cdp2[1] || cdp1[2] < cdp2[2])
  54       return -1; // one base in cdp1 precedes the corresponding base in the
  55     // other codon
  56     return 1; // one base in cdp1 appears after the corresponding base in the
  57     // other codon.
  58   }
  59
  60   /**
  61    * DNA->mapped protein sequence alignment translation given set of sequences
  62    * 1. id distinct coding regions within selected region for each sequence 2.
  63    * generate peptides based on inframe (or given) translation or (optionally
  64    * and where specified) out of frame translations (annotated appropriately) 3.
  65    * align peptides based on codon alignment
  66    */
  67   /**
  68    * id potential products from dna 1. search for distinct products within
  69    * selected region for each selected sequence 2. group by associated DB type.
  70    * 3. return as form for input into above function
  71    */
  72   /**
  73    *
  74    */
  75   /**
  76    * create a new alignment of protein sequences by an inframe translation of
  77    * the provided NA sequences
  78    *
  79    * @param selection
  80    * @param seqstring
  81    * @param viscontigs
  82    * @param gapCharacter
  83    * @param annotations
  84    * @param aWidth
  85    * @param dataset
  86    *          destination dataset for translated sequences and mappings
  87    * @return
  88    */
  89   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
  90           String[] seqstring, int viscontigs[], char gapCharacter,
  91           AlignmentAnnotation[] annotations, int aWidth, Alignment dataset)
  92   {
  93     return CdnaTranslate(selection, seqstring, null, viscontigs,
  94             gapCharacter, annotations, aWidth, dataset);
  95   }
  96
  97   /**
  98    *
  99    * @param selection
 100    * @param seqstring
 101    * @param product
 102    *          - array of DbRefEntry objects from which exon map in seqstring is
 103    *          derived
 104    * @param viscontigs
 105    * @param gapCharacter
 106    * @param annotations
 107    * @param aWidth
 108    * @param dataset
 109    * @return
 110    */
 111   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
 112           String[] seqstring, DBRefEntry[] product, int viscontigs[],
 113           char gapCharacter, AlignmentAnnotation[] annotations, int aWidth,
 114           Alignment dataset)
 115   {
 116     AlignedCodonFrame codons = new AlignedCodonFrame(aWidth); // stores hash of
 117     // subsequent
 118     // positions for
 119     // each codon
 120     // start position
 121     // in alignment
 122     int s, sSize = selection.length;
 123     Vector pepseqs = new Vector();
 124     for (s = 0; s < sSize; s++)
 125     {
 126       SequenceI newseq = translateCodingRegion(selection[s], seqstring[s],
 127               viscontigs, codons, gapCharacter,
 128               (product != null) ? product[s] : null); // possibly anonymous
 129       // product
 130       if (newseq != null)
 131       {
 132         pepseqs.addElement(newseq);
 133         SequenceI ds = newseq;
 134         while (ds.getDatasetSequence() != null)
 135         {
 136           ds = ds.getDatasetSequence();
 137         }
 138         dataset.addSequence(ds);
 139       }
 140     }
 141     if (codons.aaWidth == 0)
 142       return null;
 143     SequenceI[] newseqs = new SequenceI[pepseqs.size()];
 144     pepseqs.copyInto(newseqs);
 145     AlignmentI al = new Alignment(newseqs);
 146     al.padGaps(); // ensure we look aligned.
 147     al.setDataset(dataset);
 148     translateAlignedAnnotations(annotations, al, codons);
 149     al.addCodonFrame(codons);
 150     return al;
 151   }
 152
 153   /**
 154    * fake the collection of DbRefs with associated exon mappings to identify if
 155    * a translation would generate distinct product in the currently selected
 156    * region.
 157    *
 158    * @param selection
 159    * @param viscontigs
 160    * @return
 161    */
 162   public static boolean canTranslate(SequenceI[] selection,
 163           int viscontigs[])
 164   {
 165     for (int gd = 0; gd < selection.length; gd++)
 166     {
 167       SequenceI dna = selection[gd];
 168       jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 169               .selectRefs(dna.getDBRef(),
 170                       jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 171       if (dnarefs != null)
 172       {
 173         // intersect with pep
 174         // intersect with pep
 175         Vector mappedrefs = new Vector();
 176         DBRefEntry[] refs = dna.getDBRef();
 177         for (int d = 0; d < refs.length; d++)
 178         {
 179           if (refs[d].getMap() != null && refs[d].getMap().getMap() != null
 180                   && refs[d].getMap().getMap().getFromRatio() == 3
 181                   && refs[d].getMap().getMap().getToRatio() == 1)
 182           {
 183             mappedrefs.addElement(refs[d]); // add translated protein maps
 184           }
 185         }
 186         dnarefs = new DBRefEntry[mappedrefs.size()];
 187         mappedrefs.copyInto(dnarefs);
 188         for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 189         {
 190           Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 191           if (mp != null)
 192           {
 193             for (int vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2)
 194             {
 195               int[] mpr = mp.locateMappedRange(viscontigs[vc],
 196                       viscontigs[vc + 1]);
 197               if (mpr != null)
 198               {
 199                 return true;
 200               }
 201             }
 202           }
 203         }
 204       }
 205     }
 206     return false;
 207   }
 208
 209   /**
 210    * generate a set of translated protein products from annotated sequenceI
 211    *
 212    * @param selection
 213    * @param viscontigs
 214    * @param gapCharacter
 215    * @param dataset
 216    *          destination dataset for translated sequences
 217    * @param annotations
 218    * @param aWidth
 219    * @return
 220    */
 221   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
 222           int viscontigs[], char gapCharacter, Alignment dataset)
 223   {
 224     int alwidth = 0;
 225     Vector cdnasqs = new Vector();
 226     Vector cdnasqi = new Vector();
 227     Vector cdnaprod = new Vector();
 228     for (int gd = 0; gd < selection.length; gd++)
 229     {
 230       SequenceI dna = selection[gd];
 231       jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 232               .selectRefs(dna.getDBRef(),
 233                       jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 234       if (dnarefs != null)
 235       {
 236         // intersect with pep
 237         Vector mappedrefs = new Vector();
 238         DBRefEntry[] refs = dna.getDBRef();
 239         for (int d = 0; d < refs.length; d++)
 240         {
 241           if (refs[d].getMap() != null && refs[d].getMap().getMap() != null
 242                   && refs[d].getMap().getMap().getFromRatio() == 3
 243                   && refs[d].getMap().getMap().getToRatio() == 1)
 244           {
 245             mappedrefs.addElement(refs[d]); // add translated protein maps
 246           }
 247         }
 248         dnarefs = new DBRefEntry[mappedrefs.size()];
 249         mappedrefs.copyInto(dnarefs);
 250         for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 251         {
 252           Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 253           StringBuffer sqstr = new StringBuffer();
 254           if (mp != null)
 255           {
 256             Mapping intersect = mp.intersectVisContigs(viscontigs);
 257             // generate seqstring for this sequence based on mapping
 258
 259             if (sqstr.length() > alwidth)
 260               alwidth = sqstr.length();
 261             cdnasqs.addElement(sqstr.toString());
 262             cdnasqi.addElement(dna);
 263             cdnaprod.addElement(intersect);
 264           }
 265         }
 266       }
 267       SequenceI[] cdna = new SequenceI[cdnasqs.size()];
 268       DBRefEntry[] prods = new DBRefEntry[cdnaprod.size()];
 269       String[] xons = new String[cdnasqs.size()];
 270       cdnasqs.copyInto(xons);
 271       cdnaprod.copyInto(prods);
 272       cdnasqi.copyInto(cdna);
 273       return CdnaTranslate(cdna, xons, prods, viscontigs, gapCharacter,
 274               null, alwidth, dataset);
 275     }
 276     return null;
 277   }
 278
 279   /**
 280    * translate na alignment annotations onto translated amino acid alignment al
 281    * using codon mapping codons
 282    *
 283    * @param annotations
 284    * @param al
 285    * @param codons
 286    */
 287   public static void translateAlignedAnnotations(
 288           AlignmentAnnotation[] annotations, AlignmentI al,
 289           AlignedCodonFrame codons)
 290   {
 291     // //////////////////////////////
 292     // Copy annotations across
 293     //
 294     // Can only do this for columns with consecutive codons, or where
 295     // annotation is sequence associated.
 296
 297     int pos, a, aSize;
 298     if (annotations != null)
 299     {
 300       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
 301       {
 302         // Skip any autogenerated annotation
 303         if (annotations[i].autoCalculated)
 304         {
 305           continue;
 306         }
 307
 308         aSize = codons.getaaWidth(); // aa alignment width.
 309         jalview.datamodel.Annotation[] anots = (annotations[i].annotations == null) ? null
 310                 : new jalview.datamodel.Annotation[aSize];
 311         if (anots != null)
 312         {
 313           for (a = 0; a < aSize; a++)
 314           {
 315             // process through codon map.
 316             if (codons.codons[a] != null
 317                     && codons.codons[a][0] == (codons.codons[a][2] - 2))
 318             {
 319               anots[a] = getCodonAnnotation(codons.codons[a],
 320                       annotations[i].annotations);
 321             }
 322           }
 323         }
 324
 325         jalview.datamodel.AlignmentAnnotation aa = new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation(
 326                 annotations[i].label, annotations[i].description, anots);
 327         aa.graph = annotations[i].graph;
 328         aa.graphGroup = annotations[i].graphGroup;
 329         aa.graphHeight = annotations[i].graphHeight;
 330         if (annotations[i].getThreshold() != null)
 331         {
 332           aa.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine(annotations[i]
 333                   .getThreshold()));
 334         }
 335         if (annotations[i].hasScore)
 336         {
 337           aa.setScore(annotations[i].getScore());
 338         }
 339         if (annotations[i].sequenceRef != null)
 340         {
 341           SequenceI aaSeq = codons
 342                   .getAaForDnaSeq(annotations[i].sequenceRef);
 343           if (aaSeq != null)
 344           {
 345             // aa.compactAnnotationArray(); // throw away alignment annotation
 346             // positioning
 347             aa.setSequenceRef(aaSeq);
 348             aa.createSequenceMapping(aaSeq, aaSeq.getStart(), true); // rebuild
 349             // mapping
 350             aa.adjustForAlignment();
 351             aaSeq.addAlignmentAnnotation(aa);
 352           }
 353
 354         }
 355         al.addAnnotation(aa);
 356       }
 357     }
 358   }
 359
 360   private static Annotation getCodonAnnotation(int[] is,
 361           Annotation[] annotations)
 362   {
 363     // Have a look at all the codon positions for annotation and put the first
 364     // one found into the translated annotation pos.
 365     int contrib = 0;
 366     Annotation annot = null;
 367     for (int p = 0; p < 3; p++)
 368     {
 369       if (annotations[is[p]] != null)
 370       {
 371         if (annot == null)
 372         {
 373           annot = new Annotation(annotations[is[p]]);
 374           contrib = 1;
 375         }
 376         else
 377         {
 378           // merge with last
 379           Annotation cpy = new Annotation(annotations[is[p]]);
 380           if (annot.colour == null)
 381           {
 382             annot.colour = cpy.colour;
 383           }
 384           if (annot.description == null || annot.description.length() == 0)
 385           {
 386             annot.description = cpy.description;
 387           }
 388           if (annot.displayCharacter == null)
 389           {
 390             annot.displayCharacter = cpy.displayCharacter;
 391           }
 392           if (annot.secondaryStructure == 0)
 393           {
 394             annot.secondaryStructure = cpy.secondaryStructure;
 395           }
 396           annot.value += cpy.value;
 397           contrib++;
 398         }
 399       }
 400     }
 401     if (contrib > 1)
 402     {
 403       annot.value /= (float) contrib;
 404     }
 405     return annot;
 406   }
 407
 408   /**
 409    * Translate a na sequence
 410    *
 411    * @param selection
 412    *          sequence displayed under viscontigs visible columns
 413    * @param seqstring
 414    *          ORF read in some global alignment reference frame
 415    * @param viscontigs
 416    *          mapping from global reference frame to visible seqstring ORF read
 417    * @param codons
 418    *          Definition of global ORF alignment reference frame
 419    * @param gapCharacter
 420    * @param newSeq
 421    * @return sequence ready to be added to alignment.
 422    */
 423   public static SequenceI translateCodingRegion(SequenceI selection,
 424           String seqstring, int[] viscontigs, AlignedCodonFrame codons,
 425           char gapCharacter, DBRefEntry product)
 426   {
 427     java.util.List skip = new ArrayList();
 428     int skipint[] = null;
 429     ShiftList vismapping = new ShiftList(); // map from viscontigs to seqstring
 430     // intervals
 431     int vc, scontigs[] = new int[viscontigs.length];
 432     int npos = 0;
 433     for (vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2)
 434     {
 435       if (vc == 0)
 436       {
 437         vismapping.addShift(npos, viscontigs[vc]);
 438       }
 439       else
 440       {
 441         // hidden region
 442         vismapping.addShift(npos, viscontigs[vc] - viscontigs[vc - 1] + 1);
 443       }
 444       scontigs[vc] = viscontigs[vc];
 445       scontigs[vc + 1] = viscontigs[vc + 1];
 446     }
 447
 448     StringBuffer protein = new StringBuffer();
 449     String seq = seqstring.replace('U', 'T');
 450     char codon[] = new char[3];
 451     int cdp[] = new int[3], rf = 0, lastnpos = 0, nend;
 452     int aspos = 0;
 453     int resSize = 0;
 454     for (npos = 0, nend = seq.length(); npos < nend; npos++)
 455     {
 456       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.charAt(npos)))
 457       {
 458         cdp[rf] = npos; // store position
 459         codon[rf++] = seq.charAt(npos); // store base
 460       }
 461       // filled an RF yet ?
 462       if (rf == 3)
 463       {
 464         String aa = ResidueProperties.codonTranslate(new String(codon));
 465         rf = 0;
 466         if (aa == null)
 467         {
 468           aa = String.valueOf(gapCharacter);
 469           if (skipint == null)
 470           {
 471             skipint = new int[]
 472             { cdp[0], cdp[2] };
 473           }
 474           skipint[1] = cdp[2];
 475         }
 476         else
 477         {
 478           if (skipint != null)
 479           {
 480             // edit scontigs
 481             skipint[0] = vismapping.shift(skipint[0]);
 482             skipint[1] = vismapping.shift(skipint[1]);
 483             for (vc = 0; vc < scontigs.length; vc += 2)
 484             {
 485               if (scontigs[vc + 1] < skipint[0])
 486               {
 487                 continue;
 488               }
 489               if (scontigs[vc] <= skipint[0])
 490               {
 491                 if (skipint[0] == scontigs[vc])
 492                 {
 493
 494                 }
 495                 else
 496                 {
 497                   int[] t = new int[scontigs.length + 2];
 498                   System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc - 1);
 499                   // scontigs[vc]; //
 500                 }
 501               }
 502             }
 503             skip.add(skipint);
 504             skipint = null;
 505           }
 506           if (aa.equals("STOP"))
 507           {
 508             aa = "X";
 509           }
 510           resSize++;
 511         }
 512         // insert/delete gaps prior to this codon - if necessary
 513         boolean findpos = true;
 514         while (findpos)
 515         {
 516           // first ensure that the codons array is long enough.
 517           codons.checkCodonFrameWidth(aspos);
 518           // now check to see if we place the aa at the current aspos in the
 519           // protein alignment
 520           switch (Dna.compare_codonpos(cdp, codons.codons[aspos]))
 521           {
 522           case -1:
 523             codons.insertAAGap(aspos, gapCharacter);
 524             findpos = false;
 525             break;
 526           case +1:
 527             // this aa appears after the aligned codons at aspos, so prefix it
 528             // with a gap
 529             aa = "" + gapCharacter + aa;
 530             aspos++;
 531             // if (aspos >= codons.aaWidth)
 532             // codons.aaWidth = aspos + 1;
 533             break; // check the next position for alignment
 534           case 0:
 535             // codon aligns at aspos position.
 536             findpos = false;
 537           }
 538         }
 539         // codon aligns with all other sequence residues found at aspos
 540         protein.append(aa);
 541         lastnpos = npos;
 542         if (codons.codons[aspos] == null)
 543         {
 544           // mark this column as aligning to this aligned reading frame
 545           codons.codons[aspos] = new int[]
 546           { cdp[0], cdp[1], cdp[2] };
 547         }
 548         if (aspos >= codons.aaWidth)
 549         {
 550           // update maximum alignment width
 551           // (we can do this without calling checkCodonFrameWidth because it was
 552           // already done above)
 553           codons.setAaWidth(aspos);
 554         }
 555         // ready for next translated reading frame alignment position (if any)
 556         aspos++;
 557       }
 558     }
 559     if (resSize > 0)
 560     {
 561       SequenceI newseq = new Sequence(selection.getName(),
 562               protein.toString());
 563       if (rf != 0)
 564       {
 565         jalview.bin.Cache.log
 566                 .debug("trimming contigs for incomplete terminal codon.");
 567         // map and trim contigs to ORF region
 568         vc = scontigs.length - 1;
 569         lastnpos = vismapping.shift(lastnpos); // place npos in context of
 570         // whole dna alignment (rather
 571         // than visible contigs)
 572         // incomplete ORF could be broken over one or two visible contig
 573         // intervals.
 574         while (vc >= 0 && scontigs[vc] > lastnpos)
 575         {
 576           if (vc > 0 && scontigs[vc - 1] > lastnpos)
 577           {
 578             vc -= 2;
 579           }
 580           else
 581           {
 582             // correct last interval in list.
 583             scontigs[vc] = lastnpos;
 584           }
 585         }
 586
 587         if (vc > 0 && (vc + 1) < scontigs.length)
 588         {
 589           // truncate map list to just vc elements
 590           int t[] = new int[vc + 1];
 591           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 1);
 592           scontigs = t;
 593         }
 594         if (vc <= 0)
 595           scontigs = null;
 596       }
 597       if (scontigs != null)
 598       {
 599         npos = 0;
 600         // map scontigs to actual sequence positions on selection
 601         for (vc = 0; vc < scontigs.length; vc += 2)
 602         {
 603           scontigs[vc] = selection.findPosition(scontigs[vc]); // not from 1!
 604           scontigs[vc + 1] = selection.findPosition(scontigs[vc + 1]); // exclusive
 605           if (scontigs[vc + 1] == selection.getEnd())
 606             break;
 607         }
 608         // trim trailing empty intervals.
 609         if ((vc + 2) < scontigs.length)
 610         {
 611           int t[] = new int[vc + 2];
 612           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 2);
 613           scontigs = t;
 614         }
 615         /*
 616          * delete intervals in scontigs which are not translated. 1. map skip
 617          * into sequence position intervals 2. truncate existing ranges and add
 618          * new ranges to exclude untranslated regions. if (skip.size()>0) {
 619          * Vector narange = new Vector(); for (vc=0; vc<scontigs.length; vc++) {
 620          * narange.addElement(new int[] {scontigs[vc]}); } int sint=0,iv[]; vc =
 621          * 0; while (sint<skip.size()) { skipint = (int[]) skip.elementAt(sint);
 622          * do { iv = (int[]) narange.elementAt(vc); if (iv[0]>=skipint[0] &&
 623          * iv[0]<=skipint[1]) { if (iv[0]==skipint[0]) { // delete beginning of
 624          * range } else { // truncate range and create new one if necessary iv =
 625          * (int[]) narange.elementAt(vc+1); if (iv[0]<=skipint[1]) { // truncate
 626          * range iv[0] = skipint[1]; } else { } } } else if (iv[0]<skipint[0]) {
 627          * iv = (int[]) narange.elementAt(vc+1); } } while (iv[0]) } }
 628          */
 629         MapList map = new MapList(scontigs, new int[]
 630         { 1, resSize }, 3, 1);
 631
 632         // update newseq as if it was generated as mapping from product
 633
 634         if (product != null)
 635         {
 636           newseq.setName(product.getSource() + "|"
 637                   + product.getAccessionId());
 638           if (product.getMap() != null)
 639           {
 640             // Mapping mp = product.getMap();
 641             // newseq.setStart(mp.getPosition(scontigs[0]));
 642             // newseq.setEnd(mp
 643             // .getPosition(scontigs[scontigs.length - 1]));
 644           }
 645         }
 646         transferCodedFeatures(selection, newseq, map, null, null);
 647         SequenceI rseq = newseq.deriveSequence(); // construct a dataset
 648         // sequence for our new
 649         // peptide, regardless.
 650         // store a mapping (this actually stores a mapping between the dataset
 651         // sequences for the two sequences
 652         codons.addMap(selection, rseq, map);
 653         return rseq;
 654       }
 655     }
 656     // register the mapping somehow
 657     //
 658     return null;
 659   }
 660
 661   /**
 662    * Given a peptide newly translated from a dna sequence, copy over and set any
 663    * features on the peptide from the DNA. If featureTypes is null, all features
 664    * on the dna sequence are searched (rather than just the displayed ones), and
 665    * similarly for featureGroups.
 666    *
 667    * @param dna
 668    * @param pep
 669    * @param map
 670    * @param featureTypes
 671    *          hash who's keys are the displayed feature type strings
 672    * @param featureGroups
 673    *          hash where keys are feature groups and values are Boolean objects
 674    *          indicating if they are displayed.
 675    */
 676   private static void transferCodedFeatures(SequenceI dna, SequenceI pep,
 677           MapList map, Hashtable featureTypes, Hashtable featureGroups)
 678   {
 679     SequenceFeature[] sf = dna.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();
 680     Boolean fgstate;
 681     jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 682             .selectRefs(dna.getDBRef(),
 683                     jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 684     if (dnarefs != null)
 685     {
 686       // intersect with pep
 687       for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 688       {
 689         Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 690         if (mp != null)
 691         {
 692         }
 693       }
 694     }
 695     if (sf != null)
 696     {
 697       for (int f = 0; f < sf.length; f++)
 698       {
 699         fgstate = (featureGroups == null) ? null : ((Boolean) featureGroups
 700                 .get(sf[f].featureGroup));
 701         if ((featureTypes == null || featureTypes.containsKey(sf[f]
 702                 .getType())) && (fgstate == null || fgstate.booleanValue()))
 703         {
 704           if (FeatureProperties.isCodingFeature(null, sf[f].getType()))
 705           {
 706             // if (map.intersectsFrom(sf[f].begin, sf[f].end))
 707             {
 708
 709             }
 710           }
 711         }
 712       }
 713     }
 714   }
 715 }