src/jalview/analysis/Dna.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.analysis;
  19
  20 import java.util.Hashtable;
  21 import java.util.Vector;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignedCodonFrame;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.Annotation;
  28 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  29 import jalview.datamodel.FeatureProperties;
  30 import jalview.datamodel.Mapping;
  31 import jalview.datamodel.Sequence;
  32 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  35 import jalview.util.MapList;
  36 import jalview.util.ShiftList;
  37
  38 public class Dna
  39 {
  40   /**
  41    *
  42    * @param cdp1
  43    * @param cdp2
  44    * @return -1 if cdp1 aligns before cdp2, 0 if in the same column or cdp2 is
  45    *         null, +1 if after cdp2
  46    */
  47   private static int compare_codonpos(int[] cdp1, int[] cdp2)
  48   {
  49     if (cdp2 == null
  50             || (cdp1[0] == cdp2[0] && cdp1[1] == cdp2[1] && cdp1[2] == cdp2[2]))
  51       return 0;
  52     if (cdp1[0] < cdp2[0] || cdp1[1] < cdp2[1] || cdp1[2] < cdp2[2])
  53       return -1; // one base in cdp1 precedes the corresponding base in the
  54     // other codon
  55     return 1; // one base in cdp1 appears after the corresponding base in the
  56     // other codon.
  57   }
  58
  59   /**
  60    * DNA->mapped protein sequence alignment translation given set of sequences
  61    * 1. id distinct coding regions within selected region for each sequence 2.
  62    * generate peptides based on inframe (or given) translation or (optionally
  63    * and where specified) out of frame translations (annotated appropriately) 3.
  64    * align peptides based on codon alignment
  65    */
  66   /**
  67    * id potential products from dna 1. search for distinct products within
  68    * selected region for each selected sequence 2. group by associated DB type.
  69    * 3. return as form for input into above function
  70    */
  71   /**
  72    *
  73    */
  74   /**
  75    * create a new alignment of protein sequences by an inframe translation of
  76    * the provided NA sequences
  77    *
  78    * @param selection
  79    * @param seqstring
  80    * @param viscontigs
  81    * @param gapCharacter
  82    * @param annotations
  83    * @param aWidth
  84    * @param dataset
  85    *          destination dataset for translated sequences and mappings
  86    * @return
  87    */
  88   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
  89           String[] seqstring, int viscontigs[], char gapCharacter,
  90           AlignmentAnnotation[] annotations, int aWidth, Alignment dataset)
  91   {
  92     return CdnaTranslate(selection, seqstring, null, viscontigs,
  93             gapCharacter, annotations, aWidth, dataset);
  94   }
  95
  96   /**
  97    *
  98    * @param selection
  99    * @param seqstring
 100    * @param product
 101    *          - array of DbRefEntry objects from which exon map in seqstring is
 102    *          derived
 103    * @param viscontigs
 104    * @param gapCharacter
 105    * @param annotations
 106    * @param aWidth
 107    * @param dataset
 108    * @return
 109    */
 110   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
 111           String[] seqstring, DBRefEntry[] product, int viscontigs[],
 112           char gapCharacter, AlignmentAnnotation[] annotations, int aWidth,
 113           Alignment dataset)
 114   {
 115     AlignedCodonFrame codons = new AlignedCodonFrame(aWidth); // stores hash of
 116     // subsequent
 117     // positions for
 118     // each codon
 119     // start position
 120     // in alignment
 121     int s, sSize = selection.length;
 122     Vector pepseqs = new Vector();
 123     for (s = 0; s < sSize; s++)
 124     {
 125       SequenceI newseq = translateCodingRegion(selection[s], seqstring[s],
 126               viscontigs, codons, gapCharacter,
 127               (product != null) ? product[s] : null); // possibly anonymous
 128       // product
 129       if (newseq != null)
 130       {
 131         pepseqs.addElement(newseq);
 132         SequenceI ds = newseq;
 133         while (ds.getDatasetSequence() != null)
 134         {
 135           ds = ds.getDatasetSequence();
 136         }
 137         dataset.addSequence(ds);
 138       }
 139     }
 140     if (codons.aaWidth == 0)
 141       return null;
 142     SequenceI[] newseqs = new SequenceI[pepseqs.size()];
 143     pepseqs.copyInto(newseqs);
 144     AlignmentI al = new Alignment(newseqs);
 145     al.padGaps(); // ensure we look aligned.
 146     al.setDataset(dataset);
 147     translateAlignedAnnotations(annotations, al, codons);
 148     al.addCodonFrame(codons);
 149     return al;
 150   }
 151
 152   /**
 153    * fake the collection of DbRefs with associated exon mappings to identify if
 154    * a translation would generate distinct product in the currently selected
 155    * region.
 156    *
 157    * @param selection
 158    * @param viscontigs
 159    * @return
 160    */
 161   public static boolean canTranslate(SequenceI[] selection,
 162           int viscontigs[])
 163   {
 164     for (int gd = 0; gd < selection.length; gd++)
 165     {
 166       SequenceI dna = selection[gd];
 167       jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 168               .selectRefs(dna.getDBRef(),
 169                       jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 170       if (dnarefs != null)
 171       {
 172         // intersect with pep
 173         // intersect with pep
 174         Vector mappedrefs = new Vector();
 175         DBRefEntry[] refs = dna.getDBRef();
 176         for (int d = 0; d < refs.length; d++)
 177         {
 178           if (refs[d].getMap() != null && refs[d].getMap().getMap() != null
 179                   && refs[d].getMap().getMap().getFromRatio() == 3
 180                   && refs[d].getMap().getMap().getToRatio() == 1)
 181           {
 182             mappedrefs.addElement(refs[d]); // add translated protein maps
 183           }
 184         }
 185         dnarefs = new DBRefEntry[mappedrefs.size()];
 186         mappedrefs.copyInto(dnarefs);
 187         for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 188         {
 189           Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 190           if (mp != null)
 191           {
 192             for (int vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2)
 193             {
 194               int[] mpr = mp.locateMappedRange(viscontigs[vc],
 195                       viscontigs[vc + 1]);
 196               if (mpr != null)
 197               {
 198                 return true;
 199               }
 200             }
 201           }
 202         }
 203       }
 204     }
 205     return false;
 206   }
 207
 208   /**
 209    * generate a set of translated protein products from annotated sequenceI
 210    *
 211    * @param selection
 212    * @param viscontigs
 213    * @param gapCharacter
 214    * @param dataset
 215    *          destination dataset for translated sequences
 216    * @param annotations
 217    * @param aWidth
 218    * @return
 219    */
 220   public static AlignmentI CdnaTranslate(SequenceI[] selection,
 221           int viscontigs[], char gapCharacter, Alignment dataset)
 222   {
 223     int alwidth = 0;
 224     Vector cdnasqs = new Vector();
 225     Vector cdnasqi = new Vector();
 226     Vector cdnaprod = new Vector();
 227     for (int gd = 0; gd < selection.length; gd++)
 228     {
 229       SequenceI dna = selection[gd];
 230       jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 231               .selectRefs(dna.getDBRef(),
 232                       jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 233       if (dnarefs != null)
 234       {
 235         // intersect with pep
 236         Vector mappedrefs = new Vector();
 237         DBRefEntry[] refs = dna.getDBRef();
 238         for (int d = 0; d < refs.length; d++)
 239         {
 240           if (refs[d].getMap() != null && refs[d].getMap().getMap() != null
 241                   && refs[d].getMap().getMap().getFromRatio() == 3
 242                   && refs[d].getMap().getMap().getToRatio() == 1)
 243           {
 244             mappedrefs.addElement(refs[d]); // add translated protein maps
 245           }
 246         }
 247         dnarefs = new DBRefEntry[mappedrefs.size()];
 248         mappedrefs.copyInto(dnarefs);
 249         for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 250         {
 251           Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 252           StringBuffer sqstr = new StringBuffer();
 253           if (mp != null)
 254           {
 255             Mapping intersect = mp.intersectVisContigs(viscontigs);
 256             // generate seqstring for this sequence based on mapping
 257
 258             if (sqstr.length() > alwidth)
 259               alwidth = sqstr.length();
 260             cdnasqs.addElement(sqstr.toString());
 261             cdnasqi.addElement(dna);
 262             cdnaprod.addElement(intersect);
 263           }
 264         }
 265       }
 266       SequenceI[] cdna = new SequenceI[cdnasqs.size()];
 267       DBRefEntry[] prods = new DBRefEntry[cdnaprod.size()];
 268       String[] xons = new String[cdnasqs.size()];
 269       cdnasqs.copyInto(xons);
 270       cdnaprod.copyInto(prods);
 271       cdnasqi.copyInto(cdna);
 272       return CdnaTranslate(cdna, xons, prods, viscontigs, gapCharacter,
 273               null, alwidth, dataset);
 274     }
 275     return null;
 276   }
 277
 278   /**
 279    * translate na alignment annotations onto translated amino acid alignment al
 280    * using codon mapping codons
 281    *
 282    * @param annotations
 283    * @param al
 284    * @param codons
 285    */
 286   public static void translateAlignedAnnotations(
 287           AlignmentAnnotation[] annotations, AlignmentI al,
 288           AlignedCodonFrame codons)
 289   {
 290     // //////////////////////////////
 291     // Copy annotations across
 292     //
 293     // Can only do this for columns with consecutive codons, or where
 294     // annotation is sequence associated.
 295
 296     int pos, a, aSize;
 297     if (annotations != null)
 298     {
 299       for (int i = 0; i < annotations.length; i++)
 300       {
 301         // Skip any autogenerated annotation
 302         if (annotations[i].autoCalculated)
 303         {
 304           continue;
 305         }
 306
 307         aSize = codons.getaaWidth(); // aa alignment width.
 308         jalview.datamodel.Annotation[] anots = (annotations[i].annotations == null) ? null
 309                 : new jalview.datamodel.Annotation[aSize];
 310         if (anots != null)
 311         {
 312           for (a = 0; a < aSize; a++)
 313           {
 314             // process through codon map.
 315             if (codons.codons[a] != null
 316                     && codons.codons[a][0] == (codons.codons[a][2] - 2))
 317             {
 318               anots[a] = getCodonAnnotation(codons.codons[a],
 319                       annotations[i].annotations);
 320             }
 321           }
 322         }
 323
 324         jalview.datamodel.AlignmentAnnotation aa = new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation(
 325                 annotations[i].label, annotations[i].description, anots);
 326         aa.graph = annotations[i].graph;
 327         aa.graphGroup = annotations[i].graphGroup;
 328         aa.graphHeight = annotations[i].graphHeight;
 329         if (annotations[i].getThreshold() != null)
 330         {
 331           aa.setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine(annotations[i]
 332                   .getThreshold()));
 333         }
 334         if (annotations[i].hasScore)
 335         {
 336           aa.setScore(annotations[i].getScore());
 337         }
 338         if (annotations[i].sequenceRef != null)
 339         {
 340           SequenceI aaSeq = codons
 341                   .getAaForDnaSeq(annotations[i].sequenceRef);
 342           if (aaSeq != null)
 343           {
 344             // aa.compactAnnotationArray(); // throw away alignment annotation
 345             // positioning
 346             aa.setSequenceRef(aaSeq);
 347             aa.createSequenceMapping(aaSeq, aaSeq.getStart(), true); // rebuild
 348             // mapping
 349             aa.adjustForAlignment();
 350             aaSeq.addAlignmentAnnotation(aa);
 351           }
 352
 353         }
 354         al.addAnnotation(aa);
 355       }
 356     }
 357   }
 358
 359   private static Annotation getCodonAnnotation(int[] is,
 360           Annotation[] annotations)
 361   {
 362     // Have a look at all the codon positions for annotation and put the first
 363     // one found into the translated annotation pos.
 364     int contrib = 0;
 365     Annotation annot = null;
 366     for (int p = 0; p < 3; p++)
 367     {
 368       if (annotations[is[p]] != null)
 369       {
 370         if (annot == null)
 371         {
 372           annot = new Annotation(annotations[is[p]]);
 373           contrib = 1;
 374         }
 375         else
 376         {
 377           // merge with last
 378           Annotation cpy = new Annotation(annotations[is[p]]);
 379           if (annot.colour == null)
 380           {
 381             annot.colour = cpy.colour;
 382           }
 383           if (annot.description == null || annot.description.length() == 0)
 384           {
 385             annot.description = cpy.description;
 386           }
 387           if (annot.displayCharacter == null)
 388           {
 389             annot.displayCharacter = cpy.displayCharacter;
 390           }
 391           if (annot.secondaryStructure == 0)
 392           {
 393             annot.secondaryStructure = cpy.secondaryStructure;
 394           }
 395           annot.value += cpy.value;
 396           contrib++;
 397         }
 398       }
 399     }
 400     if (contrib > 1)
 401     {
 402       annot.value /= (float) contrib;
 403     }
 404     return annot;
 405   }
 406
 407   /**
 408    * Translate a na sequence
 409    *
 410    * @param selection
 411    *          sequence displayed under viscontigs visible columns
 412    * @param seqstring
 413    *          ORF read in some global alignment reference frame
 414    * @param viscontigs
 415    *          mapping from global reference frame to visible seqstring ORF read
 416    * @param codons
 417    *          Definition of global ORF alignment reference frame
 418    * @param gapCharacter
 419    * @param newSeq
 420    * @return sequence ready to be added to alignment.
 421    */
 422   public static SequenceI translateCodingRegion(SequenceI selection,
 423           String seqstring, int[] viscontigs, AlignedCodonFrame codons,
 424           char gapCharacter, DBRefEntry product)
 425   {
 426     Vector skip = new Vector();
 427     int skipint[] = null;
 428     ShiftList vismapping = new ShiftList(); // map from viscontigs to seqstring
 429     // intervals
 430     int vc, scontigs[] = new int[viscontigs.length];
 431     int npos = 0;
 432     for (vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2)
 433     {
 434       if (vc == 0)
 435       {
 436         vismapping.addShift(npos, viscontigs[vc]);
 437       }
 438       else
 439       {
 440         // hidden region
 441         vismapping.addShift(npos, viscontigs[vc] - viscontigs[vc - 1] + 1);
 442       }
 443       scontigs[vc] = viscontigs[vc];
 444       scontigs[vc + 1] = viscontigs[vc + 1];
 445     }
 446
 447     StringBuffer protein = new StringBuffer();
 448     String seq = seqstring.replace('U', 'T');
 449     char codon[] = new char[3];
 450     int cdp[] = new int[3], rf = 0, lastnpos = 0, nend;
 451     int aspos = 0;
 452     int resSize = 0;
 453     for (npos = 0, nend = seq.length(); npos < nend; npos++)
 454     {
 455       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.charAt(npos)))
 456       {
 457         cdp[rf] = npos; // store position
 458         codon[rf++] = seq.charAt(npos); // store base
 459       }
 460       // filled an RF yet ?
 461       if (rf == 3)
 462       {
 463         String aa = ResidueProperties.codonTranslate(new String(codon));
 464         rf = 0;
 465         if (aa == null)
 466         {
 467           aa = String.valueOf(gapCharacter);
 468           if (skipint == null)
 469           {
 470             skipint = new int[]
 471             { cdp[0], cdp[2] };
 472           }
 473           skipint[1] = cdp[2];
 474         }
 475         else
 476         {
 477           if (skipint != null)
 478           {
 479             // edit scontigs
 480             skipint[0] = vismapping.shift(skipint[0]);
 481             skipint[1] = vismapping.shift(skipint[1]);
 482             for (vc = 0; vc < scontigs.length; vc += 2)
 483             {
 484               if (scontigs[vc + 1] < skipint[0])
 485               {
 486                 continue;
 487               }
 488               if (scontigs[vc] <= skipint[0])
 489               {
 490                 if (skipint[0] == scontigs[vc])
 491                 {
 492
 493                 }
 494                 else
 495                 {
 496                   int[] t = new int[scontigs.length + 2];
 497                   System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc - 1);
 498                   // scontigs[vc]; //
 499                 }
 500               }
 501             }
 502             skip.addElement(skipint);
 503             skipint = null;
 504           }
 505           if (aa.equals("STOP"))
 506           {
 507             aa = "X";
 508           }
 509           resSize++;
 510         }
 511         // insert/delete gaps prior to this codon - if necessary
 512         boolean findpos = true;
 513         while (findpos)
 514         {
 515           // first ensure that the codons array is long enough.
 516           codons.checkCodonFrameWidth(aspos);
 517           // now check to see if we place the aa at the current aspos in the
 518           // protein alignment
 519           switch (Dna.compare_codonpos(cdp, codons.codons[aspos]))
 520           {
 521           case -1:
 522             codons.insertAAGap(aspos, gapCharacter);
 523             findpos = false;
 524             break;
 525           case +1:
 526             // this aa appears after the aligned codons at aspos, so prefix it
 527             // with a gap
 528             aa = "" + gapCharacter + aa;
 529             aspos++;
 530             // if (aspos >= codons.aaWidth)
 531             // codons.aaWidth = aspos + 1;
 532             break; // check the next position for alignment
 533           case 0:
 534             // codon aligns at aspos position.
 535             findpos = false;
 536           }
 537         }
 538         // codon aligns with all other sequence residues found at aspos
 539         protein.append(aa);
 540         lastnpos = npos;
 541         if (codons.codons[aspos] == null)
 542         {
 543           // mark this column as aligning to this aligned reading frame
 544           codons.codons[aspos] = new int[]
 545           { cdp[0], cdp[1], cdp[2] };
 546         }
 547         if (aspos >= codons.aaWidth)
 548         {
 549           // update maximum alignment width
 550           // (we can do this without calling checkCodonFrameWidth because it was
 551           // already done above)
 552           codons.setAaWidth(aspos);
 553         }
 554         // ready for next translated reading frame alignment position (if any)
 555         aspos++;
 556       }
 557     }
 558     if (resSize > 0)
 559     {
 560       SequenceI newseq = new Sequence(selection.getName(),
 561               protein.toString());
 562       if (rf != 0)
 563       {
 564         jalview.bin.Cache.log
 565                 .debug("trimming contigs for incomplete terminal codon.");
 566         // map and trim contigs to ORF region
 567         vc = scontigs.length - 1;
 568         lastnpos = vismapping.shift(lastnpos); // place npos in context of
 569         // whole dna alignment (rather
 570         // than visible contigs)
 571         // incomplete ORF could be broken over one or two visible contig
 572         // intervals.
 573         while (vc >= 0 && scontigs[vc] > lastnpos)
 574         {
 575           if (vc > 0 && scontigs[vc - 1] > lastnpos)
 576           {
 577             vc -= 2;
 578           }
 579           else
 580           {
 581             // correct last interval in list.
 582             scontigs[vc] = lastnpos;
 583           }
 584         }
 585
 586         if (vc > 0 && (vc + 1) < scontigs.length)
 587         {
 588           // truncate map list to just vc elements
 589           int t[] = new int[vc + 1];
 590           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 1);
 591           scontigs = t;
 592         }
 593         if (vc <= 0)
 594           scontigs = null;
 595       }
 596       if (scontigs != null)
 597       {
 598         npos = 0;
 599         // map scontigs to actual sequence positions on selection
 600         for (vc = 0; vc < scontigs.length; vc += 2)
 601         {
 602           scontigs[vc] = selection.findPosition(scontigs[vc]); // not from 1!
 603           scontigs[vc + 1] = selection.findPosition(scontigs[vc + 1]); // exclusive
 604           if (scontigs[vc + 1] == selection.getEnd())
 605             break;
 606         }
 607         // trim trailing empty intervals.
 608         if ((vc + 2) < scontigs.length)
 609         {
 610           int t[] = new int[vc + 2];
 611           System.arraycopy(scontigs, 0, t, 0, vc + 2);
 612           scontigs = t;
 613         }
 614         /*
 615          * delete intervals in scontigs which are not translated. 1. map skip
 616          * into sequence position intervals 2. truncate existing ranges and add
 617          * new ranges to exclude untranslated regions. if (skip.size()>0) {
 618          * Vector narange = new Vector(); for (vc=0; vc<scontigs.length; vc++) {
 619          * narange.addElement(new int[] {scontigs[vc]}); } int sint=0,iv[]; vc =
 620          * 0; while (sint<skip.size()) { skipint = (int[]) skip.elementAt(sint);
 621          * do { iv = (int[]) narange.elementAt(vc); if (iv[0]>=skipint[0] &&
 622          * iv[0]<=skipint[1]) { if (iv[0]==skipint[0]) { // delete beginning of
 623          * range } else { // truncate range and create new one if necessary iv =
 624          * (int[]) narange.elementAt(vc+1); if (iv[0]<=skipint[1]) { // truncate
 625          * range iv[0] = skipint[1]; } else { } } } else if (iv[0]<skipint[0]) {
 626          * iv = (int[]) narange.elementAt(vc+1); } } while (iv[0]) } }
 627          */
 628         MapList map = new MapList(scontigs, new int[]
 629         { 1, resSize }, 3, 1);
 630
 631         // update newseq as if it was generated as mapping from product
 632
 633         if (product != null)
 634         {
 635           newseq.setName(product.getSource() + "|"
 636                   + product.getAccessionId());
 637           if (product.getMap() != null)
 638           {
 639             // Mapping mp = product.getMap();
 640             // newseq.setStart(mp.getPosition(scontigs[0]));
 641             // newseq.setEnd(mp
 642             // .getPosition(scontigs[scontigs.length - 1]));
 643           }
 644         }
 645         transferCodedFeatures(selection, newseq, map, null, null);
 646         SequenceI rseq = newseq.deriveSequence(); // construct a dataset
 647         // sequence for our new
 648         // peptide, regardless.
 649         // store a mapping (this actually stores a mapping between the dataset
 650         // sequences for the two sequences
 651         codons.addMap(selection, rseq, map);
 652         return rseq;
 653       }
 654     }
 655     // register the mapping somehow
 656     //
 657     return null;
 658   }
 659
 660   /**
 661    * Given a peptide newly translated from a dna sequence, copy over and set any
 662    * features on the peptide from the DNA. If featureTypes is null, all features
 663    * on the dna sequence are searched (rather than just the displayed ones), and
 664    * similarly for featureGroups.
 665    *
 666    * @param dna
 667    * @param pep
 668    * @param map
 669    * @param featureTypes
 670    *          hash who's keys are the displayed feature type strings
 671    * @param featureGroups
 672    *          hash where keys are feature groups and values are Boolean objects
 673    *          indicating if they are displayed.
 674    */
 675   private static void transferCodedFeatures(SequenceI dna, SequenceI pep,
 676           MapList map, Hashtable featureTypes, Hashtable featureGroups)
 677   {
 678     SequenceFeature[] sf = dna.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();
 679     Boolean fgstate;
 680     jalview.datamodel.DBRefEntry[] dnarefs = jalview.util.DBRefUtils
 681             .selectRefs(dna.getDBRef(),
 682                     jalview.datamodel.DBRefSource.DNACODINGDBS);
 683     if (dnarefs != null)
 684     {
 685       // intersect with pep
 686       for (int d = 0; d < dnarefs.length; d++)
 687       {
 688         Mapping mp = dnarefs[d].getMap();
 689         if (mp != null)
 690         {
 691         }
 692       }
 693     }
 694     if (sf != null)
 695     {
 696       for (int f = 0; f < sf.length; f++)
 697       {
 698         fgstate = (featureGroups == null) ? null : ((Boolean) featureGroups
 699                 .get(sf[f].featureGroup));
 700         if ((featureTypes == null || featureTypes.containsKey(sf[f]
 701                 .getType())) && (fgstate == null || fgstate.booleanValue()))
 702         {
 703           if (FeatureProperties.isCodingFeature(null, sf[f].getType()))
 704           {
 705             // if (map.intersectsFrom(sf[f].begin, sf[f].end))
 706             {
 707
 708             }
 709           }
 710         }
 711       }
 712     }
 713   }
 714 }