src/jalview/analysis/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
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  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.Sequence;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27
  28 import java.util.Vector;
  29
  30 public class Finder
  31 {
  32   /**
  33    * Implements the search algorithms for the Find dialog box.
  34    */
  35   SearchResults searchResults;
  36
  37   AlignmentI alignment;
  38
  39   jalview.datamodel.SequenceGroup selection = null;
  40
  41   Vector idMatch = null;
  42
  43   boolean caseSensitive = false;
  44
  45   private boolean includeDescription = false;
  46
  47   boolean findAll = false;
  48
  49   com.stevesoft.pat.Regex regex = null;
  50
  51   /**
  52    * hold's last-searched position between calles to find(false)
  53    */
  54   int seqIndex = 0, resIndex = -1;
  55
  56   public Finder(AlignmentI alignment, SequenceGroup selection)
  57   {
  58     this.alignment = alignment;
  59     this.selection = selection;
  60   }
  61
  62   /**
  63    * restart search at given sequence and residue on alignment and (optionally)
  64    * contained in selection
  65    *
  66    * @param alignment
  67    * @param selectionGroup
  68    * @param seqIndex
  69    * @param resIndex
  70    */
  71   public Finder(AlignmentI alignment, SequenceGroup selectionGroup,
  72           int seqIndex, int resIndex)
  73   {
  74     this(alignment, selectionGroup);
  75     this.seqIndex = seqIndex;
  76     this.resIndex = resIndex;
  77   }
  78
  79   public boolean find(String searchString)
  80   {
  81     boolean hasResults = false;
  82     if (!caseSensitive)
  83     {
  84       searchString = searchString.toUpperCase();
  85     }
  86     regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);
  87     regex.setIgnoreCase(!caseSensitive);
  88     searchResults = new SearchResults();
  89     idMatch = new Vector();
  90     Sequence seq;
  91     String item = null;
  92     boolean found = false;
  93     int end = alignment.getHeight();
  94
  95     // /////////////////////////////////////////////
  96
  97     if (selection != null)
  98     {
  99       if ((selection.getSize() < 1)
 100               || ((selection.getEndRes() - selection.getStartRes()) < 2))
 101       {
 102         selection = null;
 103       }
 104     }
 105
 106     while (!found && (seqIndex < end))
 107     {
 108       seq = (Sequence) alignment.getSequenceAt(seqIndex);
 109
 110       if ((selection != null && selection.getSize() > 0)
 111               && !selection.getSequences(null).contains(seq))
 112       {
 113         seqIndex++;
 114         resIndex = -1;
 115
 116         continue;
 117       }
 118       if (resIndex < 0)
 119       {
 120         resIndex = 0;
 121         // test for one off matches - sequence position and sequence ID
 122         // //// is the searchString a residue number?
 123         try
 124         {
 125           int res = Integer.parseInt(searchString);
 126           // possibly a residue number - check if valid for seq
 127           if (seq.getEnd() >= res)
 128           {
 129             searchResults.addResult(seq, res, res);
 130             hasResults = true;
 131             // resIndex=seq.getLength();
 132             // seqIndex++;
 133             if (!findAll)
 134             {
 135               found = true;
 136               break;
 137             }
 138           }
 139         } catch (NumberFormatException ex)
 140         {
 141         }
 142
 143         if (regex.search(seq.getName()))
 144         {
 145           idMatch.addElement(seq);
 146           hasResults = true;
 147           if (!findAll)
 148           {
 149             // stop and return the match
 150             found = true;
 151             break;
 152           }
 153         }
 154
 155         if (isIncludeDescription() && seq.getDescription() != null
 156                 && regex.search(seq.getDescription()))
 157         {
 158           idMatch.addElement(seq);
 159           hasResults = true;
 160           if (!findAll)
 161           {
 162             // stop and return the match
 163             found = true;
 164             break;
 165           }
 166         }
 167       }
 168       item = seq.getSequenceAsString();
 169
 170       if ((selection != null)
 171               && (selection.getEndRes() < alignment.getWidth() - 1))
 172       {
 173         item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);
 174       }
 175
 176       // /Shall we ignore gaps???? - JBPNote: Add Flag for forcing this or not
 177       StringBuffer noGapsSB = new StringBuffer();
 178       int insertCount = 0;
 179       Vector spaces = new Vector();
 180
 181       for (int j = 0; j < item.length(); j++)
 182       {
 183         if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))
 184         {
 185           noGapsSB.append(item.charAt(j));
 186           spaces.addElement(new Integer(insertCount));
 187         }
 188         else
 189         {
 190           insertCount++;
 191         }
 192       }
 193
 194       String noGaps = noGapsSB.toString();
 195
 196       for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)
 197       {
 198
 199         if (regex.searchFrom(noGaps, r))
 200         {
 201           resIndex = regex.matchedFrom();
 202
 203           if ((selection != null && selection.getSize() > 0)
 204                   && ((resIndex + Integer.parseInt(spaces.elementAt(
 205                           resIndex).toString())) < selection.getStartRes()))
 206           {
 207             continue;
 208           }
 209           // if invalid string used, then regex has no matched to/from
 210           int sres = seq
 211                   .findPosition(resIndex
 212                           + Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex)
 213                                   .toString()));
 214           int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo()
 215                   - 1
 216                   + Integer.parseInt(spaces
 217                           .elementAt(regex.matchedTo() - 1).toString()));
 218
 219           searchResults.addResult(seq, sres, eres);
 220           hasResults = true;
 221           if (!findAll)
 222           {
 223             // thats enough, break and display the result
 224             found = true;
 225             resIndex++;
 226
 227             break;
 228           }
 229
 230           r = resIndex;
 231         }
 232         else
 233         {
 234           break;
 235         }
 236       }
 237
 238       if (!found)
 239       {
 240         seqIndex++;
 241         resIndex = -1;
 242       }
 243     }
 244
 245     /**
 246      * We now search the Id string in the main search loop. for (int id = 0; id
 247      * < alignment.getHeight(); id++) { if
 248      * (regex.search(alignment.getSequenceAt(id).getName())) {
 249      * idMatch.addElement(alignment.getSequenceAt(id)); hasResults = true; } }
 250      */
 251     return hasResults;
 252   }
 253
 254   /**
 255    * @return the alignment
 256    */
 257   public AlignmentI getAlignment()
 258   {
 259     return alignment;
 260   }
 261
 262   /**
 263    * @param alignment
 264    *          the alignment to set
 265    */
 266   public void setAlignment(AlignmentI alignment)
 267   {
 268     this.alignment = alignment;
 269   }
 270
 271   /**
 272    * @return the caseSensitive
 273    */
 274   public boolean isCaseSensitive()
 275   {
 276     return caseSensitive;
 277   }
 278
 279   /**
 280    * @param caseSensitive
 281    *          the caseSensitive to set
 282    */
 283   public void setCaseSensitive(boolean caseSensitive)
 284   {
 285     this.caseSensitive = caseSensitive;
 286   }
 287
 288   /**
 289    * @return the findAll
 290    */
 291   public boolean isFindAll()
 292   {
 293     return findAll;
 294   }
 295
 296   /**
 297    * @param findAll
 298    *          the findAll to set
 299    */
 300   public void setFindAll(boolean findAll)
 301   {
 302     this.findAll = findAll;
 303   }
 304
 305   /**
 306    * @return the selection
 307    */
 308   public jalview.datamodel.SequenceGroup getSelection()
 309   {
 310     return selection;
 311   }
 312
 313   /**
 314    * @param selection
 315    *          the selection to set
 316    */
 317   public void setSelection(jalview.datamodel.SequenceGroup selection)
 318   {
 319     this.selection = selection;
 320   }
 321
 322   /**
 323    * @return the idMatch
 324    */
 325   public Vector getIdMatch()
 326   {
 327     return idMatch;
 328   }
 329
 330   /**
 331    * @return the regex
 332    */
 333   public com.stevesoft.pat.Regex getRegex()
 334   {
 335     return regex;
 336   }
 337
 338   /**
 339    * @return the searchResults
 340    */
 341   public SearchResults getSearchResults()
 342   {
 343     return searchResults;
 344   }
 345
 346   /**
 347    * @return the resIndex
 348    */
 349   public int getResIndex()
 350   {
 351     return resIndex;
 352   }
 353
 354   /**
 355    * @param resIndex
 356    *          the resIndex to set
 357    */
 358   public void setResIndex(int resIndex)
 359   {
 360     this.resIndex = resIndex;
 361   }
 362
 363   /**
 364    * @return the seqIndex
 365    */
 366   public int getSeqIndex()
 367   {
 368     return seqIndex;
 369   }
 370
 371   /**
 372    * @param seqIndex
 373    *          the seqIndex to set
 374    */
 375   public void setSeqIndex(int seqIndex)
 376   {
 377     this.seqIndex = seqIndex;
 378   }
 379
 380   public boolean isIncludeDescription()
 381   {
 382     return includeDescription;
 383   }
 384
 385   public void setIncludeDescription(boolean includeDescription)
 386   {
 387     this.includeDescription = includeDescription;
 388   }
 389 }