src/jalview/analysis/NJTree.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  25 import jalview.datamodel.BinaryNode;
  26 import jalview.datamodel.CigarArray;
  27 import jalview.datamodel.NodeTransformI;
  28 import jalview.datamodel.SeqCigar;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.datamodel.SequenceNode;
  32 import jalview.io.NewickFile;
  33 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  34
  35 import java.util.Enumeration;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 /**
  40  * DOCUMENT ME!
  41  *
  42  * @author $author$
  43  * @version $Revision$
  44  */
  45 public class NJTree
  46 {
  47   Vector<Cluster> cluster;
  48
  49   SequenceI[] sequence;
  50
  51   // SequenceData is a string representation of what the user
  52   // sees. The display may contain hidden columns.
  53   public AlignmentView seqData = null;
  54
  55   int[] done;
  56
  57   int noseqs;
  58
  59   int noClus;
  60
  61   float[][] distance;
  62
  63   int mini;
  64
  65   int minj;
  66
  67   float ri;
  68
  69   float rj;
  70
  71   Vector<SequenceNode> groups = new Vector<SequenceNode>();
  72
  73   SequenceNode maxdist;
  74
  75   SequenceNode top;
  76
  77   float maxDistValue;
  78
  79   float maxheight;
  80
  81   int ycount;
  82
  83   Vector<SequenceNode> node;
  84
  85   String type;
  86
  87   String pwtype;
  88
  89   Object found = null;
  90
  91   boolean hasDistances = true; // normal case for jalview trees
  92
  93   boolean hasBootstrap = false; // normal case for jalview trees
  94
  95   private boolean hasRootDistance = true;
  96
  97   /**
  98    * Create a new NJTree object with leaves associated with sequences in seqs,
  99    * and original alignment data represented by Cigar strings.
 100    *
 101    * @param seqs
 102    *          SequenceI[]
 103    * @param odata
 104    *          Cigar[]
 105    * @param treefile
 106    *          NewickFile
 107    */
 108   public NJTree(SequenceI[] seqs, AlignmentView odata, NewickFile treefile)
 109   {
 110     this(seqs, treefile);
 111     if (odata != null)
 112     {
 113       seqData = odata;
 114     }
 115     /*
 116      * sequenceString = new String[odata.length]; char gapChar =
 117      * jalview.util.Comparison.GapChars.charAt(0); for (int i = 0; i <
 118      * odata.length; i++) { SequenceI oseq_aligned = odata[i].getSeq(gapChar);
 119      * sequenceString[i] = oseq_aligned.getSequence(); }
 120      */
 121   }
 122
 123   /**
 124    * Creates a new NJTree object from a tree from an external source
 125    *
 126    * @param seqs
 127    *          SequenceI which should be associated with leafs of treefile
 128    * @param treefile
 129    *          A parsed tree
 130    */
 131   public NJTree(SequenceI[] seqs, NewickFile treefile)
 132   {
 133     this.sequence = seqs;
 134     top = treefile.getTree();
 135
 136     /**
 137      * There is no dependent alignment to be recovered from an imported tree.
 138      *
 139      * if (sequenceString == null) { sequenceString = new String[seqs.length];
 140      * for (int i = 0; i < seqs.length; i++) { sequenceString[i] =
 141      * seqs[i].getSequence(); } }
 142      */
 143
 144     hasDistances = treefile.HasDistances();
 145     hasBootstrap = treefile.HasBootstrap();
 146     hasRootDistance = treefile.HasRootDistance();
 147
 148     maxheight = findHeight(top);
 149
 150     SequenceIdMatcher algnIds = new SequenceIdMatcher(seqs);
 151
 152     Vector<SequenceNode> leaves = findLeaves(top);
 153
 154     int i = 0;
 155     int namesleft = seqs.length;
 156
 157     SequenceNode j;
 158     SequenceI nam;
 159     String realnam;
 160     Vector<SequenceI> one2many = new Vector<SequenceI>();
 161     int countOne2Many = 0;
 162     while (i < leaves.size())
 163     {
 164       j = leaves.elementAt(i++);
 165       realnam = j.getName();
 166       nam = null;
 167
 168       if (namesleft > -1)
 169       {
 170         nam = algnIds.findIdMatch(realnam);
 171       }
 172
 173       if (nam != null)
 174       {
 175         j.setElement(nam);
 176         if (one2many.contains(nam))
 177         {
 178           countOne2Many++;
 179           // if (jalview.bin.Cache.log.isDebugEnabled())
 180           // jalview.bin.Cache.log.debug("One 2 many relationship for
 181           // "+nam.getName());
 182         }
 183         else
 184         {
 185           one2many.addElement(nam);
 186           namesleft--;
 187         }
 188       }
 189       else
 190       {
 191         j.setElement(new Sequence(realnam, "THISISAPLACEHLDER"));
 192         j.setPlaceholder(true);
 193       }
 194     }
 195     // if (jalview.bin.Cache.log.isDebugEnabled() && countOne2Many>0) {
 196     // jalview.bin.Cache.log.debug("There were "+countOne2Many+" alignment
 197     // sequence ids (out of "+one2many.size()+" unique ids) linked to two or
 198     // more leaves.");
 199     // }
 200     // one2many.clear();
 201   }
 202
 203   /**
 204    * Creates a new NJTree object.
 205    *
 206    * @param sequence
 207    *          DOCUMENT ME!
 208    * @param type
 209    *          DOCUMENT ME!
 210    * @param pwtype
 211    *          DOCUMENT ME!
 212    * @param start
 213    *          DOCUMENT ME!
 214    * @param end
 215    *          DOCUMENT ME!
 216    */
 217   public NJTree(SequenceI[] sequence, AlignmentView seqData, String type,
 218           String pwtype, ScoreModelI sm, int start, int end)
 219   {
 220     this.sequence = sequence;
 221     this.node = new Vector<SequenceNode>();
 222     this.type = type;
 223     this.pwtype = pwtype;
 224     if (seqData != null)
 225     {
 226       this.seqData = seqData;
 227     }
 228     else
 229     {
 230       SeqCigar[] seqs = new SeqCigar[sequence.length];
 231       for (int i = 0; i < sequence.length; i++)
 232       {
 233         seqs[i] = new SeqCigar(sequence[i], start, end);
 234       }
 235       CigarArray sdata = new CigarArray(seqs);
 236       sdata.addOperation(CigarArray.M, end - start + 1);
 237       this.seqData = new AlignmentView(sdata, start);
 238     }
 239     // System.err.println("Made seqData");// dbg
 240     if (!(type.equals("NJ")))
 241     {
 242       type = "AV";
 243     }
 244
 245     if (sm == null && !(pwtype.equals("PID")))
 246     {
 247       if (ResidueProperties.getScoreMatrix(pwtype) == null)
 248       {
 249         pwtype = "BLOSUM62";
 250       }
 251     }
 252
 253     int i = 0;
 254
 255     done = new int[sequence.length];
 256
 257     while ((i < sequence.length) && (sequence[i] != null))
 258     {
 259       done[i] = 0;
 260       i++;
 261     }
 262
 263     noseqs = i++;
 264
 265     distance = findDistances(sm);
 266     // System.err.println("Made distances");// dbg
 267     makeLeaves();
 268     // System.err.println("Made leaves");// dbg
 269
 270     noClus = cluster.size();
 271
 272     cluster();
 273     // System.err.println("Made clusters");// dbg
 274
 275   }
 276
 277   /**
 278    * Generate a string representation of the Tree
 279    *
 280    * @return Newick File with all tree data available
 281    */
 282   @Override
 283   public String toString()
 284   {
 285     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(getTopNode());
 286
 287     return fout.print(isHasBootstrap(), isHasDistances(),
 288             isHasRootDistance()); // output all data available for tree
 289   }
 290
 291   /**
 292    *
 293    * used when the alignment associated to a tree has changed.
 294    *
 295    * @param list
 296    *          Sequence set to be associated with tree nodes
 297    */
 298   public void UpdatePlaceHolders(List<SequenceI> list)
 299   {
 300     Vector<SequenceNode> leaves = findLeaves(top);
 301
 302     int sz = leaves.size();
 303     SequenceIdMatcher seqmatcher = null;
 304     int i = 0;
 305
 306     while (i < sz)
 307     {
 308       SequenceNode leaf = leaves.elementAt(i++);
 309
 310       if (list.contains(leaf.element()))
 311       {
 312         leaf.setPlaceholder(false);
 313       }
 314       else
 315       {
 316         if (seqmatcher == null)
 317         {
 318           // Only create this the first time we need it
 319           SequenceI[] seqs = new SequenceI[list.size()];
 320
 321           for (int j = 0; j < seqs.length; j++)
 322           {
 323             seqs[j] = list.get(j);
 324           }
 325
 326           seqmatcher = new SequenceIdMatcher(seqs);
 327         }
 328
 329         SequenceI nam = seqmatcher.findIdMatch(leaf.getName());
 330
 331         if (nam != null)
 332         {
 333           if (!leaf.isPlaceholder())
 334           {
 335             // remapping the node to a new sequenceI - should remove any refs to
 336             // old one.
 337             // TODO - make many sequenceI to one leaf mappings possible!
 338             // (JBPNote)
 339           }
 340           leaf.setPlaceholder(false);
 341           leaf.setElement(nam);
 342         }
 343         else
 344         {
 345           if (!leaf.isPlaceholder())
 346           {
 347             // Construct a new placeholder sequence object for this leaf
 348             leaf.setElement(new Sequence(leaf.getName(),
 349                     "THISISAPLACEHLDER"));
 350           }
 351           leaf.setPlaceholder(true);
 352
 353         }
 354       }
 355     }
 356   }
 357
 358   /**
 359    * rename any nodes according to their associated sequence. This will modify
 360    * the tree's metadata! (ie the original NewickFile or newly generated
 361    * BinaryTree's label data)
 362    */
 363   public void renameAssociatedNodes()
 364   {
 365     applyToNodes(new NodeTransformI()
 366     {
 367
 368       @Override
 369       public void transform(BinaryNode nd)
 370       {
 371         Object el = nd.element();
 372         if (el != null && el instanceof SequenceI)
 373         {
 374           nd.setName(((SequenceI) el).getName());
 375         }
 376       }
 377     });
 378   }
 379
 380   /**
 381    * DOCUMENT ME!
 382    */
 383   public void cluster()
 384   {
 385     while (noClus > 2)
 386     {
 387       if (type.equals("NJ"))
 388       {
 389         findMinNJDistance();
 390       }
 391       else
 392       {
 393         findMinDistance();
 394       }
 395
 396       Cluster c = joinClusters(mini, minj);
 397
 398       done[minj] = 1;
 399
 400       cluster.setElementAt(null, minj);
 401       cluster.setElementAt(c, mini);
 402
 403       noClus--;
 404     }
 405
 406     boolean onefound = false;
 407
 408     int one = -1;
 409     int two = -1;
 410
 411     for (int i = 0; i < noseqs; i++)
 412     {
 413       if (done[i] != 1)
 414       {
 415         if (onefound == false)
 416         {
 417           two = i;
 418           onefound = true;
 419         }
 420         else
 421         {
 422           one = i;
 423         }
 424       }
 425     }
 426
 427     joinClusters(one, two);
 428     top = (node.elementAt(one));
 429
 430     reCount(top);
 431     findHeight(top);
 432     findMaxDist(top);
 433   }
 434
 435   /**
 436    * DOCUMENT ME!
 437    *
 438    * @param i
 439    *          DOCUMENT ME!
 440    * @param j
 441    *          DOCUMENT ME!
 442    *
 443    * @return DOCUMENT ME!
 444    */
 445   public Cluster joinClusters(int i, int j)
 446   {
 447     float dist = distance[i][j];
 448
 449     int noi = cluster.elementAt(i).value.length;
 450     int noj = cluster.elementAt(j).value.length;
 451
 452     int[] value = new int[noi + noj];
 453
 454     for (int ii = 0; ii < noi; ii++)
 455     {
 456       value[ii] = cluster.elementAt(i).value[ii];
 457     }
 458
 459     for (int ii = noi; ii < (noi + noj); ii++)
 460     {
 461       value[ii] = cluster.elementAt(j).value[ii - noi];
 462     }
 463
 464     Cluster c = new Cluster(value);
 465
 466     ri = findr(i, j);
 467     rj = findr(j, i);
 468
 469     if (type.equals("NJ"))
 470     {
 471       findClusterNJDistance(i, j);
 472     }
 473     else
 474     {
 475       findClusterDistance(i, j);
 476     }
 477
 478     SequenceNode sn = new SequenceNode();
 479
 480     sn.setLeft((node.elementAt(i)));
 481     sn.setRight((node.elementAt(j)));
 482
 483     SequenceNode tmpi = (node.elementAt(i));
 484     SequenceNode tmpj = (node.elementAt(j));
 485
 486     if (type.equals("NJ"))
 487     {
 488       findNewNJDistances(tmpi, tmpj, dist);
 489     }
 490     else
 491     {
 492       findNewDistances(tmpi, tmpj, dist);
 493     }
 494
 495     tmpi.setParent(sn);
 496     tmpj.setParent(sn);
 497
 498     node.setElementAt(sn, i);
 499
 500     return c;
 501   }
 502
 503   /**
 504    * DOCUMENT ME!
 505    *
 506    * @param tmpi
 507    *          DOCUMENT ME!
 508    * @param tmpj
 509    *          DOCUMENT ME!
 510    * @param dist
 511    *          DOCUMENT ME!
 512    */
 513   public void findNewNJDistances(SequenceNode tmpi, SequenceNode tmpj,
 514           float dist)
 515   {
 516
 517     tmpi.dist = ((dist + ri) - rj) / 2;
 518     tmpj.dist = (dist - tmpi.dist);
 519
 520     if (tmpi.dist < 0)
 521     {
 522       tmpi.dist = 0;
 523     }
 524
 525     if (tmpj.dist < 0)
 526     {
 527       tmpj.dist = 0;
 528     }
 529   }
 530
 531   /**
 532    * DOCUMENT ME!
 533    *
 534    * @param tmpi
 535    *          DOCUMENT ME!
 536    * @param tmpj
 537    *          DOCUMENT ME!
 538    * @param dist
 539    *          DOCUMENT ME!
 540    */
 541   public void findNewDistances(SequenceNode tmpi, SequenceNode tmpj,
 542           float dist)
 543   {
 544     float ih = 0;
 545     float jh = 0;
 546
 547     SequenceNode sni = tmpi;
 548     SequenceNode snj = tmpj;
 549
 550     while (sni != null)
 551     {
 552       ih = ih + sni.dist;
 553       sni = (SequenceNode) sni.left();
 554     }
 555
 556     while (snj != null)
 557     {
 558       jh = jh + snj.dist;
 559       snj = (SequenceNode) snj.left();
 560     }
 561
 562     tmpi.dist = ((dist / 2) - ih);
 563     tmpj.dist = ((dist / 2) - jh);
 564   }
 565
 566   /**
 567    * DOCUMENT ME!
 568    *
 569    * @param i
 570    *          DOCUMENT ME!
 571    * @param j
 572    *          DOCUMENT ME!
 573    */
 574   public void findClusterDistance(int i, int j)
 575   {
 576     int noi = cluster.elementAt(i).value.length;
 577     int noj = cluster.elementAt(j).value.length;
 578
 579     // New distances from cluster to others
 580     float[] newdist = new float[noseqs];
 581
 582     for (int l = 0; l < noseqs; l++)
 583     {
 584       if ((l != i) && (l != j))
 585       {
 586         newdist[l] = ((distance[i][l] * noi) + (distance[j][l] * noj))
 587                 / (noi + noj);
 588       }
 589       else
 590       {
 591         newdist[l] = 0;
 592       }
 593     }
 594
 595     for (int ii = 0; ii < noseqs; ii++)
 596     {
 597       distance[i][ii] = newdist[ii];
 598       distance[ii][i] = newdist[ii];
 599     }
 600   }
 601
 602   /**
 603    * DOCUMENT ME!
 604    *
 605    * @param i
 606    *          DOCUMENT ME!
 607    * @param j
 608    *          DOCUMENT ME!
 609    */
 610   public void findClusterNJDistance(int i, int j)
 611   {
 612
 613     // New distances from cluster to others
 614     float[] newdist = new float[noseqs];
 615
 616     for (int l = 0; l < noseqs; l++)
 617     {
 618       if ((l != i) && (l != j))
 619       {
 620         newdist[l] = ((distance[i][l] + distance[j][l]) - distance[i][j]) / 2;
 621       }
 622       else
 623       {
 624         newdist[l] = 0;
 625       }
 626     }
 627
 628     for (int ii = 0; ii < noseqs; ii++)
 629     {
 630       distance[i][ii] = newdist[ii];
 631       distance[ii][i] = newdist[ii];
 632     }
 633   }
 634
 635   /**
 636    * DOCUMENT ME!
 637    *
 638    * @param i
 639    *          DOCUMENT ME!
 640    * @param j
 641    *          DOCUMENT ME!
 642    *
 643    * @return DOCUMENT ME!
 644    */
 645   public float findr(int i, int j)
 646   {
 647     float tmp = 1;
 648
 649     for (int k = 0; k < noseqs; k++)
 650     {
 651       if ((k != i) && (k != j) && (done[k] != 1))
 652       {
 653         tmp = tmp + distance[i][k];
 654       }
 655     }
 656
 657     if (noClus > 2)
 658     {
 659       tmp = tmp / (noClus - 2);
 660     }
 661
 662     return tmp;
 663   }
 664
 665   /**
 666    * DOCUMENT ME!
 667    *
 668    * @return DOCUMENT ME!
 669    */
 670   public float findMinNJDistance()
 671   {
 672     float min = 100000;
 673
 674     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
 675     {
 676       for (int j = i + 1; j < noseqs; j++)
 677       {
 678         if ((done[i] != 1) && (done[j] != 1))
 679         {
 680           float tmp = distance[i][j] - (findr(i, j) + findr(j, i));
 681
 682           if (tmp < min)
 683           {
 684             mini = i;
 685             minj = j;
 686
 687             min = tmp;
 688           }
 689         }
 690       }
 691     }
 692
 693     return min;
 694   }
 695
 696   /**
 697    * DOCUMENT ME!
 698    *
 699    * @return DOCUMENT ME!
 700    */
 701   public float findMinDistance()
 702   {
 703     float min = 100000;
 704
 705     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
 706     {
 707       for (int j = i + 1; j < noseqs; j++)
 708       {
 709         if ((done[i] != 1) && (done[j] != 1))
 710         {
 711           if (distance[i][j] < min)
 712           {
 713             mini = i;
 714             minj = j;
 715
 716             min = distance[i][j];
 717           }
 718         }
 719       }
 720     }
 721
 722     return min;
 723   }
 724
 725   /**
 726    * Calculate a distance matrix given the sequence input data and score model
 727    *
 728    * @return similarity matrix used to compute tree
 729    */
 730   public float[][] findDistances(ScoreModelI _pwmatrix)
 731   {
 732
 733     float[][] dist = new float[noseqs][noseqs];
 734     if (_pwmatrix == null)
 735     {
 736       // Resolve substitution model
 737       _pwmatrix = ResidueProperties.getScoreModel(pwtype);
 738       if (_pwmatrix == null)
 739       {
 740         _pwmatrix = ResidueProperties.getScoreMatrix("BLOSUM62");
 741       }
 742     }
 743     dist = _pwmatrix.findDistances(seqData);
 744     return dist;
 745
 746   }
 747
 748   /**
 749    * DOCUMENT ME!
 750    */
 751   public void makeLeaves()
 752   {
 753     cluster = new Vector<Cluster>();
 754
 755     for (int i = 0; i < noseqs; i++)
 756     {
 757       SequenceNode sn = new SequenceNode();
 758
 759       sn.setElement(sequence[i]);
 760       sn.setName(sequence[i].getName());
 761       node.addElement(sn);
 762
 763       int[] value = new int[1];
 764       value[0] = i;
 765
 766       Cluster c = new Cluster(value);
 767       cluster.addElement(c);
 768     }
 769   }
 770
 771   /**
 772    * Search for leaf nodes below (or at) the given node
 773    *
 774    * @param nd
 775    *          root node to search from
 776    *
 777    * @return
 778    */
 779   public Vector<SequenceNode> findLeaves(SequenceNode nd)
 780   {
 781     Vector<SequenceNode> leaves = new Vector<SequenceNode>();
 782     findLeaves(nd, leaves);
 783     return leaves;
 784   }
 785
 786   /**
 787    * Search for leaf nodes.
 788    *
 789    * @param nd
 790    *          root node to search from
 791    * @param leaves
 792    *          Vector of leaves to add leaf node objects too.
 793    *
 794    * @return Vector of leaf nodes on binary tree
 795    */
 796   Vector<SequenceNode> findLeaves(SequenceNode nd,
 797           Vector<SequenceNode> leaves)
 798   {
 799     if (nd == null)
 800     {
 801       return leaves;
 802     }
 803
 804     if ((nd.left() == null) && (nd.right() == null)) // Interior node
 805     // detection
 806     {
 807       leaves.addElement(nd);
 808
 809       return leaves;
 810     }
 811     else
 812     {
 813       /*
 814        * TODO: Identify internal nodes... if (node.isSequenceLabel()) {
 815        * leaves.addElement(node); }
 816        */
 817       findLeaves((SequenceNode) nd.left(), leaves);
 818       findLeaves((SequenceNode) nd.right(), leaves);
 819     }
 820
 821     return leaves;
 822   }
 823
 824   /**
 825    * Find the leaf node with a particular ycount
 826    *
 827    * @param nd
 828    *          initial point on tree to search from
 829    * @param count
 830    *          value to search for
 831    *
 832    * @return null or the node with ycound=count
 833    */
 834   public Object findLeaf(SequenceNode nd, int count)
 835   {
 836     found = _findLeaf(nd, count);
 837
 838     return found;
 839   }
 840
 841   /*
 842    * #see findLeaf(SequenceNode node, count)
 843    */
 844   public Object _findLeaf(SequenceNode nd, int count)
 845   {
 846     if (nd == null)
 847     {
 848       return null;
 849     }
 850
 851     if (nd.ycount == count)
 852     {
 853       found = nd.element();
 854
 855       return found;
 856     }
 857     else
 858     {
 859       _findLeaf((SequenceNode) nd.left(), count);
 860       _findLeaf((SequenceNode) nd.right(), count);
 861     }
 862
 863     return found;
 864   }
 865
 866   /**
 867    * printNode is mainly for debugging purposes.
 868    *
 869    * @param nd
 870    *          SequenceNode
 871    */
 872   public void printNode(SequenceNode nd)
 873   {
 874     if (nd == null)
 875     {
 876       return;
 877     }
 878
 879     if ((nd.left() == null) && (nd.right() == null))
 880     {
 881       System.out.println("Leaf = " + ((SequenceI) nd.element()).getName());
 882       System.out.println("Dist " + nd.dist);
 883       System.out.println("Boot " + nd.getBootstrap());
 884     }
 885     else
 886     {
 887       System.out.println("Dist " + nd.dist);
 888       printNode((SequenceNode) nd.left());
 889       printNode((SequenceNode) nd.right());
 890     }
 891   }
 892
 893   /**
 894    * DOCUMENT ME!
 895    *
 896    * @param nd
 897    *          DOCUMENT ME!
 898    */
 899   public void findMaxDist(SequenceNode nd)
 900   {
 901     if (nd == null)
 902     {
 903       return;
 904     }
 905
 906     if ((nd.left() == null) && (nd.right() == null))
 907     {
 908       float dist = nd.dist;
 909
 910       if (dist > maxDistValue)
 911       {
 912         maxdist = nd;
 913         maxDistValue = dist;
 914       }
 915     }
 916     else
 917     {
 918       findMaxDist((SequenceNode) nd.left());
 919       findMaxDist((SequenceNode) nd.right());
 920     }
 921   }
 922
 923   /**
 924    * DOCUMENT ME!
 925    *
 926    * @return DOCUMENT ME!
 927    */
 928   public Vector<SequenceNode> getGroups()
 929   {
 930     return groups;
 931   }
 932
 933   /**
 934    * DOCUMENT ME!
 935    *
 936    * @return DOCUMENT ME!
 937    */
 938   public float getMaxHeight()
 939   {
 940     return maxheight;
 941   }
 942
 943   /**
 944    * DOCUMENT ME!
 945    *
 946    * @param nd
 947    *          DOCUMENT ME!
 948    * @param threshold
 949    *          DOCUMENT ME!
 950    */
 951   public void groupNodes(SequenceNode nd, float threshold)
 952   {
 953     if (nd == null)
 954     {
 955       return;
 956     }
 957
 958     if ((nd.height / maxheight) > threshold)
 959     {
 960       groups.addElement(nd);
 961     }
 962     else
 963     {
 964       groupNodes((SequenceNode) nd.left(), threshold);
 965       groupNodes((SequenceNode) nd.right(), threshold);
 966     }
 967   }
 968
 969   /**
 970    * DOCUMENT ME!
 971    *
 972    * @param nd
 973    *          DOCUMENT ME!
 974    *
 975    * @return DOCUMENT ME!
 976    */
 977   public float findHeight(SequenceNode nd)
 978   {
 979     if (nd == null)
 980     {
 981       return maxheight;
 982     }
 983
 984     if ((nd.left() == null) && (nd.right() == null))
 985     {
 986       nd.height = ((SequenceNode) nd.parent()).height + nd.dist;
 987
 988       if (nd.height > maxheight)
 989       {
 990         return nd.height;
 991       }
 992       else
 993       {
 994         return maxheight;
 995       }
 996     }
 997     else
 998     {
 999       if (nd.parent() != null)
1000       {
1001         nd.height = ((SequenceNode) nd.parent()).height + nd.dist;
1002       }
1003       else
1004       {
1005         maxheight = 0;
1006         nd.height = (float) 0.0;
1007       }
1008
1009       maxheight = findHeight((SequenceNode) (nd.left()));
1010       maxheight = findHeight((SequenceNode) (nd.right()));
1011     }
1012
1013     return maxheight;
1014   }
1015
1016   /**
1017    * DOCUMENT ME!
1018    *
1019    * @return DOCUMENT ME!
1020    */
1021   public SequenceNode reRoot()
1022   {
1023     if (maxdist != null)
1024     {
1025       ycount = 0;
1026
1027       float tmpdist = maxdist.dist;
1028
1029       // New top
1030       SequenceNode sn = new SequenceNode();
1031       sn.setParent(null);
1032
1033       // New right hand of top
1034       SequenceNode snr = (SequenceNode) maxdist.parent();
1035       changeDirection(snr, maxdist);
1036       System.out.println("Printing reversed tree");
1037       printN(snr);
1038       snr.dist = tmpdist / 2;
1039       maxdist.dist = tmpdist / 2;
1040
1041       snr.setParent(sn);
1042       maxdist.setParent(sn);
1043
1044       sn.setRight(snr);
1045       sn.setLeft(maxdist);
1046
1047       top = sn;
1048
1049       ycount = 0;
1050       reCount(top);
1051       findHeight(top);
1052     }
1053
1054     return top;
1055   }
1056
1057   /**
1058    *
1059    * @return true if original sequence data can be recovered
1060    */
1061   public boolean hasOriginalSequenceData()
1062   {
1063     return seqData != null;
1064   }
1065
1066   /**
1067    * Returns original alignment data used for calculation - or null where not
1068    * available.
1069    *
1070    * @return null or cut'n'pasteable alignment
1071    */
1072   public String printOriginalSequenceData(char gapChar)
1073   {
1074     if (seqData == null)
1075     {
1076       return null;
1077     }
1078
1079     StringBuffer sb = new StringBuffer();
1080     String[] seqdatas = seqData.getSequenceStrings(gapChar);
1081     for (int i = 0; i < seqdatas.length; i++)
1082     {
1083       sb.append(new jalview.util.Format("%-" + 15 + "s").form(sequence[i]
1084               .getName()));
1085       sb.append(" " + seqdatas[i] + "\n");
1086     }
1087     return sb.toString();
1088   }
1089
1090   /**
1091    * DOCUMENT ME!
1092    *
1093    * @param nd
1094    *          DOCUMENT ME!
1095    */
1096   public void printN(SequenceNode nd)
1097   {
1098     if (nd == null)
1099     {
1100       return;
1101     }
1102
1103     if ((nd.left() != null) && (nd.right() != null))
1104     {
1105       printN((SequenceNode) nd.left());
1106       printN((SequenceNode) nd.right());
1107     }
1108     else
1109     {
1110       System.out.println(" name = " + ((SequenceI) nd.element()).getName());
1111     }
1112
1113     System.out.println(" dist = " + nd.dist + " " + nd.count + " "
1114             + nd.height);
1115   }
1116
1117   /**
1118    * DOCUMENT ME!
1119    *
1120    * @param nd
1121    *          DOCUMENT ME!
1122    */
1123   public void reCount(SequenceNode nd)
1124   {
1125     ycount = 0;
1126     _lycount = 0;
1127     // _lylimit = this.node.size();
1128     _reCount(nd);
1129   }
1130
1131   private long _lycount = 0, _lylimit = 0;
1132
1133   /**
1134    * DOCUMENT ME!
1135    *
1136    * @param nd
1137    *          DOCUMENT ME!
1138    */
1139   public void _reCount(SequenceNode nd)
1140   {
1141     // if (_lycount<_lylimit)
1142     // {
1143     // System.err.println("Warning: depth of _recount greater than number of nodes.");
1144     // }
1145     if (nd == null)
1146     {
1147       return;
1148     }
1149     _lycount++;
1150
1151     if ((nd.left() != null) && (nd.right() != null))
1152     {
1153
1154       _reCount((SequenceNode) nd.left());
1155       _reCount((SequenceNode) nd.right());
1156
1157       SequenceNode l = (SequenceNode) nd.left();
1158       SequenceNode r = (SequenceNode) nd.right();
1159
1160       nd.count = l.count + r.count;
1161       nd.ycount = (l.ycount + r.ycount) / 2;
1162     }
1163     else
1164     {
1165       nd.count = 1;
1166       nd.ycount = ycount++;
1167     }
1168     _lycount--;
1169   }
1170
1171   /**
1172    * DOCUMENT ME!
1173    *
1174    * @param nd
1175    *          DOCUMENT ME!
1176    */
1177   public void swapNodes(SequenceNode nd)
1178   {
1179     if (nd == null)
1180     {
1181       return;
1182     }
1183
1184     SequenceNode tmp = (SequenceNode) nd.left();
1185
1186     nd.setLeft(nd.right());
1187     nd.setRight(tmp);
1188   }
1189
1190   /**
1191    * DOCUMENT ME!
1192    *
1193    * @param nd
1194    *          DOCUMENT ME!
1195    * @param dir
1196    *          DOCUMENT ME!
1197    */
1198   public void changeDirection(SequenceNode nd, SequenceNode dir)
1199   {
1200     if (nd == null)
1201     {
1202       return;
1203     }
1204
1205     if (nd.parent() != top)
1206     {
1207       changeDirection((SequenceNode) nd.parent(), nd);
1208
1209       SequenceNode tmp = (SequenceNode) nd.parent();
1210
1211       if (dir == nd.left())
1212       {
1213         nd.setParent(dir);
1214         nd.setLeft(tmp);
1215       }
1216       else if (dir == nd.right())
1217       {
1218         nd.setParent(dir);
1219         nd.setRight(tmp);
1220       }
1221     }
1222     else
1223     {
1224       if (dir == nd.left())
1225       {
1226         nd.setParent(nd.left());
1227
1228         if (top.left() == nd)
1229         {
1230           nd.setRight(top.right());
1231         }
1232         else
1233         {
1234           nd.setRight(top.left());
1235         }
1236       }
1237       else
1238       {
1239         nd.setParent(nd.right());
1240
1241         if (top.left() == nd)
1242         {
1243           nd.setLeft(top.right());
1244         }
1245         else
1246         {
1247           nd.setLeft(top.left());
1248         }
1249       }
1250     }
1251   }
1252
1253   /**
1254    * DOCUMENT ME!
1255    *
1256    * @return DOCUMENT ME!
1257    */
1258   public SequenceNode getMaxDist()
1259   {
1260     return maxdist;
1261   }
1262
1263   /**
1264    * DOCUMENT ME!
1265    *
1266    * @return DOCUMENT ME!
1267    */
1268   public SequenceNode getTopNode()
1269   {
1270     return top;
1271   }
1272
1273   /**
1274    *
1275    * @return true if tree has real distances
1276    */
1277   public boolean isHasDistances()
1278   {
1279     return hasDistances;
1280   }
1281
1282   /**
1283    *
1284    * @return true if tree has real bootstrap values
1285    */
1286   public boolean isHasBootstrap()
1287   {
1288     return hasBootstrap;
1289   }
1290
1291   public boolean isHasRootDistance()
1292   {
1293     return hasRootDistance;
1294   }
1295
1296   /**
1297    * apply the given transform to all the nodes in the tree.
1298    *
1299    * @param nodeTransformI
1300    */
1301   public void applyToNodes(NodeTransformI nodeTransformI)
1302   {
1303     for (Enumeration<SequenceNode> nodes = node.elements(); nodes
1304             .hasMoreElements(); nodeTransformI.transform(nodes
1305             .nextElement()))
1306     {
1307       ;
1308     }
1309   }
1310 }
1311
1312 /**
1313  * DOCUMENT ME!
1314  *
1315  * @author $author$
1316  * @version $Revision$
1317  */
1318 class Cluster
1319 {
1320   int[] value;
1321
1322   /**
1323    * Creates a new Cluster object.
1324    *
1325    * @param value
1326    *          DOCUMENT ME!
1327    */
1328   public Cluster(int[] value)
1329   {
1330     this.value = value;
1331   }
1332 }