src/jalview/analysis/SequenceIdMatcher.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import java.util.Vector;
   4 import java.util.Hashtable;
   5 import jalview.datamodel.SequenceI;
   6
   7 /**
   8  * <p>Title: </p>
   9  * SequenceIdMatcher
  10  * <p>Description: </p>
  11  * Routine which does approximate Sequence Id resolution by name using string containment rather than equivalence
  12  * <p>Copyright: Copyright (c) 2004</p>
  13  *
  14  * <p>Company: Dundee University</p>
  15  *
  16  * @author not attributable
  17  * @version 1.0
  18  */
  19 public class SequenceIdMatcher
  20 {
  21
  22   private class SeqIdName
  23   {
  24     String id;
  25
  26     SeqIdName(String s)
  27     {
  28       id = new String(s);
  29     }
  30
  31     public int hashCode()
  32     {
  33       return (id.substring(0, 4).hashCode());
  34     }
  35
  36     public boolean equals(Object s)
  37     {
  38       if (s instanceof SeqIdName)
  39       {
  40         return this.equals( (SeqIdName) s);
  41       }
  42       else
  43       {
  44         if (s instanceof String)
  45         {
  46           return this.equals( (String) s);
  47         }
  48       }
  49       return false;
  50     }
  51
  52     public boolean equals(SeqIdName s)
  53     {
  54       if (id.startsWith(s.id) || s.id.startsWith(id))
  55       {
  56         return true;
  57       }
  58       return false;
  59     }
  60
  61     public boolean equals(String s)
  62     {
  63       if (id.startsWith(s) || s.startsWith(id))
  64       {
  65         return true;
  66       }
  67       return false;
  68     }
  69   }
  70
  71   private Hashtable names;
  72
  73   public SequenceIdMatcher(SequenceI[] seqs)
  74   {
  75     names = new Hashtable();
  76     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  77     {
  78       names.put(new SeqIdName(seqs[i].getName()), seqs[i]);
  79     }
  80   }
  81
  82   SequenceI findIdMatch(SequenceI seq)
  83   {
  84     SeqIdName nam = new SeqIdName(seq.getName());
  85     if (names.containsKey(nam))
  86     {
  87       return (SequenceI) names.get(nam);
  88     }
  89     return null;
  90   }
  91
  92   SequenceI findIdMatch(String seqnam)
  93   {
  94     SeqIdName nam = new SeqIdName(seqnam);
  95     if (names.containsKey(nam))
  96     {
  97       return (SequenceI) names.get(nam);
  98     }
  99     return null;
 100   }
 101
 102   /**
 103    * @method findIdMatch
 104    *
 105    * Return pointers to sequences (or sequence object containers)
 106    * which have same Id as a given set of different sequence objects
 107    *
 108    * @param seqs SequenceI[]
 109    * @return SequenceI[]
 110    */
 111
 112   SequenceI[] findIdMatch(SequenceI[] seqs)
 113   {
 114     SequenceI[] namedseqs = new SequenceI[seqs.length];
 115
 116     int i = 0;
 117     SeqIdName nam;
 118     if (seqs.length > 0)
 119     {
 120       do
 121       {
 122         nam = new SeqIdName(seqs[i].getName());
 123         if (names.containsKey(nam))
 124         {
 125           namedseqs[i] = (SequenceI) names.get(nam);
 126         }
 127         else
 128         {
 129           namedseqs[i] = null;
 130         }
 131       }
 132       while (i++ < seqs.length);
 133     }
 134     return namedseqs;
 135   }
 136
 137 }