src/jalview/analysis/StructureFrequency.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.analysis;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import jalview.datamodel.*;
  23
  24 /**
  25  * Takes in a vector or array of sequences and column start and column end and
  26  * returns a new Hashtable[] of size maxSeqLength, if Hashtable not supplied.
  27  * This class is used extensively in calculating alignment colourschemes that
  28  * depend on the amount of conservation in each alignment column.
  29  *
  30  * @author $author$
  31  * @version $Revision$
  32  */
  33 public class StructureFrequency
  34 {
  35   // No need to store 1000s of strings which are not
  36   // visible to the user.
  37   public static final String MAXCOUNT = "C";
  38
  39   public static final String MAXRESIDUE = "R";
  40
  41   public static final String PID_GAPS = "G";
  42
  43   public static final String PID_NOGAPS = "N";
  44
  45   public static final String PROFILE = "P";
  46
  47   public static final Hashtable[] calculate(Vector sequences, int start,
  48           int end)
  49   {
  50     return calculate(sequences, start, end, false);
  51   }
  52
  53   public static final Hashtable[] calculate(Vector sequences, int start,
  54           int end, boolean profile)
  55   {
  56     SequenceI[] seqs = new SequenceI[sequences.size()];
  57     int width = 0;
  58     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
  59     {
  60       seqs[i] = (SequenceI) sequences.elementAt(i);
  61       if (seqs[i].getLength() > width)
  62       {
  63         width = seqs[i].getLength();
  64       }
  65     }
  66
  67     Hashtable[] reply = new Hashtable[width];
  68
  69     if (end >= width)
  70     {
  71       end = width;
  72     }
  73
  74     calculate(seqs, start, end, reply, profile);
  75
  76     return reply;
  77   }
  78
  79   public static final void calculate(SequenceI[] sequences, int start,
  80           int end, Hashtable[] result)
  81   {
  82     calculate(sequences, start, end, result, false);
  83   }
  84
  85   public static final void calculate(SequenceI[] sequences, int start,
  86           int end, Hashtable[] result, boolean profile)
  87   {
  88     Hashtable residueHash;
  89     int maxCount, nongap, i, j, v, jSize = sequences.length;
  90     String maxResidue;
  91     char c;
  92     float percentage;
  93
  94     int[] values = new int[255];
  95
  96     char[] seq;
  97
  98     for (i = start; i < end; i++)
  99     {
 100       residueHash = new Hashtable();
 101       maxCount = 0;
 102       maxResidue = "";
 103       nongap = 0;
 104       values = new int[255];
 105
 106
 107       for (j = 0; j < jSize; j++)
 108       {
 109         if (sequences[j]==null)
 110         {
 111           System.err.println("WARNING: Consensus skipping null sequence - possible race condition.");
 112           continue;
 113         }
 114         seq = sequences[j].getSequence();
 115         if (seq.length > i)
 116         {
 117           c = seq[i];
 118
 119           if (c == '.' || c == ' ')
 120           {
 121             c = '-';
 122           }
 123
 124           if (c == '-')
 125           {
 126             values['-']++;
 127             continue;
 128           }
 129           else if ('a' <= c && c <= 'z')
 130           {
 131             c -= 32; // ('a' - 'A');
 132           }
 133
 134           nongap++;
 135           values[c]++;
 136
 137         }
 138         else
 139         {
 140           values['-']++;
 141         }
 142       }
 143
 144       for (v = 'A'; v < 'Z'; v++)
 145       {
 146         if (values[v] < 2 || values[v] < maxCount)
 147         {
 148           continue;
 149         }
 150
 151         if (values[v] > maxCount)
 152         {
 153           maxResidue = String.valueOf((char) v);
 154         }
 155         else if (values[v] == maxCount)
 156         {
 157           maxResidue += String.valueOf((char) v);
 158         }
 159         maxCount = values[v];
 160       }
 161
 162       if (maxResidue.length() == 0)
 163       {
 164         maxResidue = "-";
 165       }
 166       if (profile)
 167       {
 168         residueHash.put(PROFILE, new int[][]
 169         { values, new int[]
 170         { jSize, nongap } });
 171       }
 172       residueHash.put(MAXCOUNT, new Integer(maxCount));
 173       residueHash.put(MAXRESIDUE, maxResidue);
 174
 175       percentage = ((float) maxCount * 100) / (float) jSize;
 176       residueHash.put(PID_GAPS, new Float(percentage));
 177
 178       percentage = ((float) maxCount * 100) / (float) nongap;
 179       residueHash.put(PID_NOGAPS, new Float(percentage));
 180       result[i] = residueHash;
 181     }
 182   }
 183
 184   public static int findPair(SequenceFeature[] pairs,int indice){
 185           for(int i=0; i<pairs.length; i++){
 186                   if(pairs[i].getBegin()==indice){
 187                           return pairs[i].getEnd();
 188                   }
 189           }
 190           return -1;
 191   }
 192
 193   /**
 194    * Method to calculate a 'base pair consensus row', very similar
 195    * to nucleotide consensus but takes into account a given structure
 196    * @param sequences
 197    * @param start
 198    * @param end
 199    * @param result
 200    * @param profile
 201    * @param rnaStruc
 202    */
 203   public static final void calculate(SequenceI[] sequences, int start,
 204                   int end, Hashtable[] result, boolean profile, AlignmentAnnotation rnaStruc){
 205           System.out.println("StructureFrequency.calculate");
 206           Hashtable residueHash;
 207           String maxResidue;
 208           char[] seq, struc=rnaStruc.getRNAStruc().toCharArray();
 209           SequenceFeature[] rna =rnaStruc._rnasecstr;
 210           char c,s,cEnd;
 211           int count,nonGap=0,i,bpEnd=-1,j,jSize = sequences.length;
 212           int[] values = new int[255];
 213           float percentage;
 214
 215           /*for(int x=(rna.length-1); x>=0; x--){
 216                   System.out.println("BP-"+((rna.length-1)-x)+" "+rna[x].getBegin()+","+rna[x].getEnd()+" "+rna[x].getFeatureGroup());
 217           }*/
 218
 219
 220           for (i = start; i < end; i++) //foreach column
 221           {
 222                   residueHash = new Hashtable();
 223                   maxResidue="-";
 224                   values = new int[255];
 225                   bpEnd=-1;
 226
 227                   s = struc[i];
 228                   if (s == '.' || s == ' ')
 229                   {
 230                           s = '-';
 231                   }
 232
 233                   if(s != '('){
 234                           values['-']++;
 235                   }
 236                   else
 237                   {
 238                           for (j = 0; j < jSize; j++) //foreach row
 239                           {
 240                                   if (sequences[j]==null)
 241                                   {
 242                                           System.err.println("WARNING: Consensus skipping null sequence - possible race condition.");
 243                                           continue;
 244                                   }
 245                                   seq = sequences[j].getSequence();
 246
 247                                   if (seq.length > i)
 248                                   {
 249                                           c = seq[i];
 250
 251                                           //standard representation for gaps in sequence and structure
 252                                           if (c == '.' || c == ' ')
 253                                           {
 254                                                   c = '-';
 255                                           }
 256
 257                                           if (c == '-')
 258                                           {
 259                                                   values['-']++;
 260                                                   continue;
 261                                           }
 262                                           //if(s == '('){
 263                                                   //bpEnd=rna[(rna.length-1-nonGap)].getEnd();
 264                                                   bpEnd=findPair(rna,i);
 265                                                   cEnd=seq[bpEnd];
 266                                                   //System.out.println(i+","+bpEnd);
 267                                                   if(checkBpType(c,cEnd)){
 268                                                           values['H']++; //H means it's a helix (structured)
 269                                                   }
 270                                                   maxResidue="H";
 271                                   //}
 272                                   }
 273                           }
 274                           nonGap++;
 275                   }
 276                   //UPDATE this for new values
 277               //if (profile)
 278               //{
 279              //   residueHash.put(PROFILE, new int[][]
 280               //  { values, new int[]
 281              //   { jSize, nongap } });
 282              // }
 283
 284
 285                   count=values['H'];
 286
 287                   residueHash.put(MAXCOUNT, new Integer(count));
 288               residueHash.put(MAXRESIDUE, maxResidue);
 289
 290                   percentage = ((float) count * 100) / (float) jSize;
 291                   residueHash.put(PID_GAPS, new Float(percentage));
 292
 293                   //percentage = ((float) count * 100) / (float) nongap;
 294                   //residueHash.put(PID_NOGAPS, new Float(percentage));
 295                   if(result[i]==null){
 296                           result[i] = residueHash;
 297                   }
 298                   if(bpEnd>0){
 299                           result[bpEnd]=residueHash;
 300                   }
 301           }
 302   }
 303
 304
 305   /**
 306    * Method to check if a base-pair is a canonical or a wobble bp
 307    * @param up 5' base
 308    * @param down 3' base
 309    * @return True if it is a canonical/wobble bp
 310    */
 311   public static boolean checkBpType(char up, char down){
 312           if(up>'Z'){up-=32;}
 313           if(down>'Z'){down-=32;}
 314
 315           switch (up){
 316                 case 'A':
 317                         switch (down){
 318                                 case 'T': return true;
 319                                 case 'U': return true;
 320                         }
 321                 break;
 322                 case 'C':
 323                         switch (down){
 324                                 case 'G': return true;
 325                         }
 326                 break;
 327                 case 'T':
 328                         switch (down){
 329                                 case 'A': return true;
 330                                 case 'G': return true;
 331                                 }
 332                 break;
 333                 case 'G':
 334                         switch (down){
 335                                 case 'C': return true;
 336                                 case 'T': return true;
 337                                 case 'U': return true;
 338                         }
 339                 break;
 340                 case 'U':
 341                         switch (down){
 342                                 case 'A': return true;
 343                                 case 'G': return true;
 344                         }
 345                 break;
 346           }
 347           return false;
 348   }
 349
 350   /**
 351    * Compute all or part of the annotation row from the given consensus
 352    * hashtable
 353    *
 354    * @param consensus
 355    *          - pre-allocated annotation row
 356    * @param hconsensus
 357    * @param iStart
 358    * @param width
 359    * @param ignoreGapsInConsensusCalculation
 360    * @param includeAllConsSymbols
 361    */
 362   public static void completeConsensus(AlignmentAnnotation consensus,
 363           Hashtable[] hconsensus, int iStart, int width,
 364           boolean ignoreGapsInConsensusCalculation,
 365           boolean includeAllConsSymbols)
 366   {
 367     completeConsensus(consensus, hconsensus, iStart, width,
 368             ignoreGapsInConsensusCalculation, includeAllConsSymbols, null); // new
 369                                                                             // char[]
 370     // { 'A', 'C', 'G', 'T', 'U' });
 371   }
 372
 373   public static void completeConsensus(AlignmentAnnotation consensus,
 374           Hashtable[] hconsensus, int iStart, int width,
 375           boolean ignoreGapsInConsensusCalculation,
 376           boolean includeAllConsSymbols, char[] alphabet)
 377   {
 378     float tval, value;
 379     if (consensus == null || consensus.annotations == null
 380             || consensus.annotations.length < width)
 381     {
 382       // called with a bad alignment annotation row - wait for it to be
 383       // initialised properly
 384       return;
 385     }
 386     for (int i = iStart; i < width; i++)
 387     {
 388       if (i >= hconsensus.length)
 389       {
 390         // happens if sequences calculated over were shorter than alignment
 391         // width
 392         consensus.annotations[i] = null;
 393         continue;
 394       }
 395       value = 0;
 396       if (ignoreGapsInConsensusCalculation)
 397       {
 398         value = ((Float) hconsensus[i].get(StructureFrequency.PID_NOGAPS))
 399                 .floatValue();
 400       }
 401       else
 402       {
 403         value = ((Float) hconsensus[i].get(StructureFrequency.PID_GAPS))
 404                 .floatValue();
 405       }
 406
 407       String maxRes = hconsensus[i].get(StructureFrequency.MAXRESIDUE).toString();
 408       String mouseOver = hconsensus[i].get(StructureFrequency.MAXRESIDUE) + " ";
 409       if (maxRes.length() > 1)
 410       {
 411         mouseOver = "[" + maxRes + "] ";
 412         maxRes = "+";
 413       }
 414       int[][] profile = (int[][]) hconsensus[i].get(StructureFrequency.PROFILE);
 415       if (profile != null && includeAllConsSymbols)
 416       {
 417         mouseOver = "";
 418         if (alphabet != null)
 419         {
 420           for (int c = 0; c < alphabet.length; c++)
 421           {
 422             tval = ((float) profile[0][alphabet[c]])
 423                     * 100f
 424                     / (float) profile[1][ignoreGapsInConsensusCalculation ? 1
 425                             : 0];
 426             mouseOver += ((c == 0) ? "" : "; ") + alphabet[c] + " "
 427                     + ((int) tval) + "%";
 428           }
 429         }
 430         else
 431         {
 432           Object[] ca = new Object[profile[0].length];
 433           float[] vl = new float[profile[0].length];
 434           for (int c = 0; c < ca.length; c++)
 435           {
 436             ca[c] = new char[]
 437             { (char) c };
 438             vl[c] = (float) profile[0][c];
 439           }
 440           ;
 441           jalview.util.QuickSort.sort(vl, ca);
 442           for (int p = 0, c = ca.length - 1; profile[0][((char[]) ca[c])[0]] > 0; c--)
 443           {
 444             if (((char[]) ca[c])[0] != '-')
 445             {
 446               tval = ((float) profile[0][((char[]) ca[c])[0]])
 447                       * 100f
 448                       / (float) profile[1][ignoreGapsInConsensusCalculation ? 1
 449                               : 0];
 450               mouseOver += ((p == 0) ? "" : "; ") + ((char[]) ca[c])[0]
 451                       + " " + ((int) tval) + "%";
 452               p++;
 453
 454             }
 455           }
 456
 457         }
 458       }
 459       else
 460       {
 461         mouseOver += ((int) value + "%");
 462       }
 463       consensus.annotations[i] = new Annotation(maxRes, mouseOver, ' ',
 464               value);
 465     }
 466   }
 467
 468   /**
 469    * get the sorted profile for the given position of the consensus
 470    *
 471    * @param hconsensus
 472    * @return
 473    */
 474   public static int[] extractProfile(Hashtable hconsensus,
 475           boolean ignoreGapsInConsensusCalculation)
 476   {
 477     int[] rtnval = new int[64];
 478     int[][] profile = (int[][]) hconsensus.get(StructureFrequency.PROFILE);
 479     if (profile == null)
 480       return null;
 481     Object[] ca = new Object[profile[0].length];
 482     float[] vl = new float[profile[0].length];
 483     for (int c = 0; c < ca.length; c++)
 484     {
 485       ca[c] = new char[]
 486       { (char) c };
 487       vl[c] = (float) profile[0][c];
 488     }
 489     ;
 490     jalview.util.QuickSort.sort(vl, ca);
 491     rtnval[0] = 1;
 492     for (int c = ca.length - 1; profile[0][((char[]) ca[c])[0]] > 0; c--)
 493     {
 494       if (((char[]) ca[c])[0] != '-')
 495       {
 496         rtnval[rtnval[0]++] = ((char[]) ca[c])[0];
 497         rtnval[rtnval[0]++] = (int) (((float) profile[0][((char[]) ca[c])[0]]) * 100f / (float) profile[1][ignoreGapsInConsensusCalculation ? 1
 498                 : 0]);
 499       }
 500     }
 501     return rtnval;
 502   }
 503
 504   enum base {A,T,g,C};
 505
 506
 507   public static void main(String args[]){
 508           //Short test to see if checkBpType works
 509           ArrayList<String> test = new ArrayList<String>();
 510           test.add("A");
 511           test.add("c");
 512           test.add("g");
 513           test.add("T");
 514           test.add("U");
 515           for (String i : test) {
 516                   for (String j : test) {
 517                           System.out.println(i+"-"+j+": "+StructureFrequency.checkBpType(i.charAt(0),j.charAt(0)));
 518                   }
 519           }
 520   }
 521 }