src/jalview/analysis/scoremodels/PIDScoreModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  25 import jalview.util.Comparison;
  26
  27 public class PIDScoreModel implements ScoreModelI
  28 {
  29
  30   @Override
  31   public float[][] findDistances(AlignmentView seqData)
  32   {
  33     String[] sequenceString = seqData
  34             .getSequenceStrings(Comparison.GapChars.charAt(0));
  35     int noseqs = sequenceString.length;
  36     float[][] distance = new float[noseqs][noseqs];
  37     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  38     {
  39       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  40       {
  41         if (j == i)
  42         {
  43           distance[i][i] = 0;
  44         }
  45         else
  46         {
  47           distance[i][j] = 100 - Comparison.PID(sequenceString[i],
  48                   sequenceString[j]);
  49
  50           distance[j][i] = distance[i][j];
  51         }
  52       }
  53     }
  54     return distance;
  55   }
  56
  57   @Override
  58   public String getName()
  59   {
  60     return "PID";
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public boolean isDNA()
  65   {
  66     return true;
  67   }
  68
  69   @Override
  70   public boolean isProtein()
  71   {
  72     return true;
  73   }
  74
  75 }