src/jalview/analysis/scoremodels/PairwiseScoreModelI.java

   1 package jalview.analysis.scoremodels;
   2
   3 /**
   4  * An interface that describes classes that can compute similarity (aka
   5  * substitution) scores for pairs of residues
   6  */
   7 public interface PairwiseScoreModelI
   8 {
   9   /**
  10    * Answers a similarity score between two sequence characters (for
  11    * substitution of the first by the second). Typically the highest scores are
  12    * for identity, and the lowest for substitution of a residue by one with very
  13    * different properties.
  14    *
  15    * @param c
  16    * @param d
  17    * @return
  18    */
  19   abstract public float getPairwiseScore(char c, char d);
  20
  21   /**
  22    * Returns a readable name for the model, suitable for display in menus
  23    *
  24    * @return
  25    */
  26   String getName();
  27
  28   /**
  29    * Answers true if the model is applicable to nucleotide data
  30    *
  31    * @return
  32    */
  33   boolean isDNA();
  34
  35   /**
  36    * Answers true if the model is applicable to peptide data
  37    *
  38    * @return
  39    */
  40   boolean isProtein();
  41
  42 }