src/jalview/analysis/scoremodels/PairwiseSeqScoreModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  25 import jalview.util.Comparison;
  26
  27 public abstract class PairwiseSeqScoreModel implements ScoreModelI
  28 {
  29   abstract public int getPairwiseScore(char c, char d);
  30
  31   public float[][] findDistances(AlignmentView seqData)
  32   {
  33     String[] sequenceString = seqData
  34             .getSequenceStrings(Comparison.GapChars.charAt(0));
  35     int noseqs = sequenceString.length;
  36     float[][] distance = new float[noseqs][noseqs];
  37
  38     int maxscore = 0;
  39     int end = sequenceString[0].length();
  40     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  41     {
  42       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  43       {
  44         int score = 0;
  45
  46         for (int k = 0; k < end; k++)
  47         {
  48           try
  49           {
  50             score += getPairwiseScore(sequenceString[i].charAt(k),
  51                     sequenceString[j].charAt(k));
  52           } catch (Exception ex)
  53           {
  54             System.err.println("err creating " + getName() + " tree");
  55             ex.printStackTrace();
  56           }
  57         }
  58
  59         distance[i][j] = (float) score;
  60
  61         if (score > maxscore)
  62         {
  63           maxscore = score;
  64         }
  65       }
  66     }
  67
  68     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  69     {
  70       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  71       {
  72         distance[i][j] = (float) maxscore - distance[i][j];
  73         distance[j][i] = distance[i][j];
  74       }
  75     }
  76     return distance;
  77   }
  78
  79   abstract public int[][] getMatrix();
  80 }