src/jalview/analysis/scoremodels/SWScoreModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.util.Comparison;
  28
  29 public class SWScoreModel implements ScoreModelI
  30 {
  31
  32   @Override
  33   public float[][] findDistances(AlignmentView seqData)
  34   {
  35     SequenceI[] sequenceString = seqData.getVisibleAlignment(
  36             Comparison.GapChars.charAt(0)).getSequencesArray();
  37     int noseqs = sequenceString.length;
  38     float[][] distance = new float[noseqs][noseqs];
  39
  40     float max = -1;
  41
  42     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  43     {
  44       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  45       {
  46         AlignSeq as = new AlignSeq(sequenceString[i], sequenceString[j],
  47                 seqData.isNa() ? "dna" : "pep");
  48         as.calcScoreMatrix();
  49         as.traceAlignment();
  50         as.printAlignment(System.out);
  51         distance[i][j] = (float) as.maxscore;
  52
  53         if (max < distance[i][j])
  54         {
  55           max = distance[i][j];
  56         }
  57       }
  58     }
  59
  60     for (int i = 0; i < (noseqs - 1); i++)
  61     {
  62       for (int j = i; j < noseqs; j++)
  63       {
  64         distance[i][j] = max - distance[i][j];
  65         distance[j][i] = distance[i][j];
  66       }
  67     }
  68
  69     return distance;
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public String getName()
  74   {
  75     return "Smith Waterman Score";
  76   }
  77
  78   @Override
  79   public boolean isDNA()
  80   {
  81     return true;
  82   }
  83
  84   @Override
  85   public boolean isProtein()
  86   {
  87     return true;
  88   }
  89
  90   public String toString()
  91   {
  92     return "Score between two sequences aligned with Smith Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix";
  93   }
  94 }