src/jalview/analysis/scoremodels/SimilarityParams.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis.scoremodels;
  22
  23 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  24
  25 /**
  26  * A class to hold parameters that configure the pairwise similarity
  27  * calculation. Based on the paper
  28  *
  29  * <pre>
  30  * Quantification of the variation in percentage identity for protein sequence alignments
  31  * Raghava, GP and Barton, GJ
  32  * BMC Bioinformatics. 2006 Sep 19;7:415
  33  * </pre>
  34  *
  35  * @see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16984632
  36  */
  37 public class SimilarityParams implements SimilarityParamsI
  38 {
  39   /**
  40    * Based on Jalview's Comparison.PID method, which includes gaps and counts
  41    * them as matching; it counts over the length of the shorter sequence
  42    */
  43   public static final SimilarityParamsI Jalview = new SimilarityParams(true,
  44           true, true, true);
  45
  46   /**
  47    * 'SeqSpace' mode PCA calculation includes gaps but does not count them as
  48    * matching; it uses the longest sequence length
  49    */
  50   public static final SimilarityParamsI SeqSpace = new SimilarityParams(
  51           true, false, true, true);
  52
  53   /**
  54    * as described in the Raghava-Barton paper
  55    * <ul>
  56    * <li>ignores gap-gap</li>
  57    * <li>does not score gap-residue</li>
  58    * <li>includes gap-residue in lengths</li>
  59    * <li>matches on longer of two sequences</li>
  60    * </ul>
  61    */
  62   public static final SimilarityParamsI PID1 = new SimilarityParams(false,
  63           false, true, false);
  64
  65   /**
  66    * as described in the Raghava-Barton paper
  67    * <ul>
  68    * <li>ignores gap-gap</li>
  69    * <li>ignores gap-residue</li>
  70    * <li>matches on longer of two sequences</li>
  71    * </ul>
  72    */
  73   public static final SimilarityParamsI PID2 = new SimilarityParams(false,
  74           false, false, false);
  75
  76   /**
  77    * as described in the Raghava-Barton paper
  78    * <ul>
  79    * <li>ignores gap-gap</li>
  80    * <li>ignores gap-residue</li>
  81    * <li>matches on shorter of sequences only</li>
  82    * </ul>
  83    */
  84   public static final SimilarityParamsI PID3 = new SimilarityParams(false,
  85           false, false, true);
  86
  87   /**
  88    * as described in the Raghava-Barton paper
  89    * <ul>
  90    * <li>ignores gap-gap</li>
  91    * <li>does not score gap-residue</li>
  92    * <li>includes gap-residue in lengths</li>
  93    * <li>matches on shorter of sequences only</li>
  94    * </ul>
  95    */
  96   public static final SimilarityParamsI PID4 = new SimilarityParams(false,
  97           false, true, true);
  98
  99   private boolean includeGappedColumns;
 100
 101   private boolean matchGaps;
 102
 103   private boolean includeGaps;
 104
 105   private boolean denominateByShortestLength;
 106
 107   /**
 108    * Constructor
 109    *
 110    * @param includeGapGap
 111    * @param matchGapResidue
 112    * @param includeGapResidue
 113    *          if true, gapped positions are counted for normalisation by length
 114    * @param shortestLength
 115    *          if true, the denominator is the shorter sequence length (possibly
 116    *          including gaps)
 117    */
 118   public SimilarityParams(boolean includeGapGap, boolean matchGapResidue,
 119           boolean includeGapResidue, boolean shortestLength)
 120   {
 121     includeGappedColumns = includeGapGap;
 122     matchGaps = matchGapResidue;
 123     includeGaps = includeGapResidue;
 124     denominateByShortestLength = shortestLength;
 125   }
 126
 127   @Override
 128   public boolean includeGaps()
 129   {
 130     return includeGaps;
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public boolean denominateByShortestLength()
 135   {
 136     return denominateByShortestLength;
 137   }
 138
 139   @Override
 140   public boolean includeGappedColumns()
 141   {
 142     return includeGappedColumns;
 143   }
 144
 145   @Override
 146   public boolean matchGaps()
 147   {
 148     return matchGaps;
 149   }
 150 }