src/jalview/api/AlignViewControllerI.java

   1 package jalview.api;
   2
   3 /**
   4  * prototype abstract controller for a Jalview alignment view
   5  * @author jimp
   6  *
   7  * All operations should return true if the view has changed as a result of the operation
   8  * @param <ViewportI>
   9  *
  10  */
  11 public interface AlignViewControllerI<ViewportI>
  12 {
  13
  14   public boolean makeGroupsFromSelection();
  15
  16   public boolean createGroup();
  17
  18   public boolean unGroup();
  19
  20   public boolean deleteGroups();
  21
  22   public void setViewportAndAlignmentPanel(AlignViewportI viewport, AlignmentViewPanel alignPanel);
  23
  24   /**
  25    * Mark columns in the current column selection according to positions of sequence features
  26    * @param invert - when set, mark all but columns containing given type
  27    * @param extendCurrent - when set, do not clear existing column selection
  28    * @param toggle - rather than explicitly set, toggle selection state
  29    * @param featureType - feature type string
  30    * @return true if operation affected state
  31    */
  32   boolean markColumnsContainingFeatures(boolean invert, boolean extendCurrent, boolean clearColumns, String featureType);
  33
  34 }