src/jalview/api/AlignViewportI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.api;
  22
  23 import jalview.analysis.Conservation;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  27 import jalview.datamodel.CigarArray;
  28 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  29 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  30 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  33
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.util.Hashtable;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Map;
  38
  39 /**
  40  * @author jimp
  41  *
  42  */
  43 public interface AlignViewportI extends ViewStyleI
  44 {
  45
  46   int getEndRes();
  47
  48   /**
  49    * calculate the height for visible annotation, revalidating bounds where
  50    * necessary ABSTRACT GUI METHOD
  51    *
  52    * @return total height of annotation
  53    */
  54   public int calcPanelHeight();
  55
  56   boolean hasHiddenColumns();
  57
  58   boolean isValidCharWidth();
  59
  60   boolean isShowConsensusHistogram();
  61
  62   boolean isShowSequenceLogo();
  63
  64   boolean isNormaliseSequenceLogo();
  65
  66   ColourSchemeI getGlobalColourScheme();
  67
  68   AlignmentI getAlignment();
  69
  70   ColumnSelection getColumnSelection();
  71
  72   Hashtable[] getSequenceConsensusHash();
  73
  74   /**
  75    * Get consensus data table for the cDNA complement of this alignment (if any)
  76    *
  77    * @return
  78    */
  79   Hashtable[] getComplementConsensusHash();
  80
  81   Hashtable[] getRnaStructureConsensusHash();
  82
  83   boolean isIgnoreGapsConsensus();
  84
  85   boolean isCalculationInProgress(AlignmentAnnotation alignmentAnnotation);
  86
  87   AlignmentAnnotation getAlignmentQualityAnnot();
  88
  89   AlignmentAnnotation getAlignmentConservationAnnotation();
  90
  91   /**
  92    * get the container for alignment consensus annotation
  93    *
  94    * @return
  95    */
  96   AlignmentAnnotation getAlignmentConsensusAnnotation();
  97
  98   /**
  99    * get the container for cDNA complement consensus annotation
 100    *
 101    * @return
 102    */
 103   AlignmentAnnotation getComplementConsensusAnnotation();
 104
 105   /**
 106    * Test to see if viewport is still open and active
 107    *
 108    * @return true indicates that all references to viewport should be dropped
 109    */
 110   boolean isClosed();
 111
 112   /**
 113    * get the associated calculation thread manager for the view
 114    *
 115    * @return
 116    */
 117   AlignCalcManagerI getCalcManager();
 118
 119   /**
 120    * get the percentage gaps allowed in a conservation calculation
 121    *
 122    */
 123   public int getConsPercGaps();
 124
 125   /**
 126    * set the consensus result object for the viewport
 127    *
 128    * @param hconsensus
 129    */
 130   void setSequenceConsensusHash(Hashtable[] hconsensus);
 131
 132   /**
 133    * Set the cDNA complement consensus for the viewport
 134    *
 135    * @param hconsensus
 136    */
 137   void setComplementConsensusHash(Hashtable[] hconsensus);
 138
 139   /**
 140    *
 141    * @return the alignment annotatino row for the structure consensus
 142    *         calculation
 143    */
 144   AlignmentAnnotation getAlignmentStrucConsensusAnnotation();
 145
 146   /**
 147    * set the Rna structure consensus result object for the viewport
 148    *
 149    * @param hStrucConsensus
 150    */
 151   void setRnaStructureConsensusHash(Hashtable[] hStrucConsensus);
 152
 153   /**
 154    * set global colourscheme
 155    *
 156    * @param rhc
 157    */
 158   void setGlobalColourScheme(ColourSchemeI rhc);
 159
 160   Map<SequenceI, SequenceCollectionI> getHiddenRepSequences();
 161
 162   void setHiddenRepSequences(
 163           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences);
 164
 165   /**
 166    * hides or shows dynamic annotation rows based on groups and group and
 167    * alignment associated auto-annotation state flags apply the current
 168    * group/autoannotation settings to the alignment view. Usually you should
 169    * call the AlignmentViewPanel.adjustAnnotationHeight() method afterwards to
 170    * ensure the annotation panel bounds are set correctly.
 171    *
 172    * @param applyGlobalSettings
 173    *          - apply to all autoannotation rows or just the ones associated
 174    *          with the current visible region
 175    * @param preserveNewGroupSettings
 176    *          - don't apply global settings to groups which don't already have
 177    *          group associated annotation
 178    */
 179   void updateGroupAnnotationSettings(boolean applyGlobalSettings,
 180           boolean preserveNewGroupSettings);
 181
 182   void setSequenceColour(SequenceI seq, Color col);
 183
 184   Color getSequenceColour(SequenceI seq);
 185
 186   void updateSequenceIdColours();
 187
 188   SequenceGroup getSelectionGroup();
 189
 190   /**
 191    * get the currently selected sequence objects or all the sequences in the
 192    * alignment. TODO: change to List<>
 193    *
 194    * @return array of references to sequence objects
 195    */
 196   SequenceI[] getSequenceSelection();
 197
 198   void clearSequenceColours();
 199
 200   /**
 201    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
 202    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
 203    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
 204    * columns.
 205    *
 206    * @return String[]
 207    */
 208   CigarArray getViewAsCigars(boolean selectedRegionOnly);
 209
 210   /**
 211    * return a compact representation of the current alignment selection to pass
 212    * to an analysis function
 213    *
 214    * @param selectedOnly
 215    *          boolean true to just return the selected view
 216    * @return AlignmentView
 217    */
 218   AlignmentView getAlignmentView(boolean selectedOnly);
 219
 220   /**
 221    * return a compact representation of the current alignment selection to pass
 222    * to an analysis function
 223    *
 224    * @param selectedOnly
 225    *          boolean true to just return the selected view
 226    * @param markGroups
 227    *          boolean true to annotate the alignment view with groups on the
 228    *          alignment (and intersecting with selected region if selectedOnly
 229    *          is true)
 230    * @return AlignmentView
 231    */
 232   AlignmentView getAlignmentView(boolean selectedOnly, boolean markGroups);
 233
 234   /**
 235    * This method returns the visible alignment as text, as seen on the GUI, ie
 236    * if columns are hidden they will not be returned in the result. Use this for
 237    * calculating trees, PCA, redundancy etc on views which contain hidden
 238    * columns.
 239    *
 240    * @return String[]
 241    */
 242   String[] getViewAsString(boolean selectedRegionOnly);
 243
 244   void setSelectionGroup(SequenceGroup sg);
 245
 246   char getGapCharacter();
 247
 248   void setColumnSelection(ColumnSelection cs);
 249
 250   void setConservation(Conservation cons);
 251
 252   /**
 253    * get a copy of the currently visible alignment annotation
 254    *
 255    * @param selectedOnly
 256    *          if true - trim to selected regions on the alignment
 257    * @return an empty list or new alignment annotation objects shown only
 258    *         visible columns trimmed to selected region only
 259    */
 260   List<AlignmentAnnotation> getVisibleAlignmentAnnotation(
 261           boolean selectedOnly);
 262
 263   FeaturesDisplayedI getFeaturesDisplayed();
 264
 265   String getSequenceSetId();
 266
 267   boolean areFeaturesDisplayed();
 268
 269   void setFeaturesDisplayed(FeaturesDisplayedI featuresDisplayedI);
 270
 271   void alignmentChanged(AlignmentViewPanel ap);
 272
 273   /**
 274    * @return the padGaps
 275    */
 276   boolean isPadGaps();
 277
 278   /**
 279    * @param padGaps
 280    *          the padGaps to set
 281    */
 282   void setPadGaps(boolean padGaps);
 283
 284   /**
 285    * return visible region boundaries within given column range
 286    *
 287    * @param min
 288    *          first column (inclusive, from 0)
 289    * @param max
 290    *          last column (exclusive)
 291    * @return int[][] range of {start,end} visible positions
 292    */
 293   List<int[]> getVisibleRegionBoundaries(int min, int max);
 294
 295   /**
 296    * This method returns an array of new SequenceI objects derived from the
 297    * whole alignment or just the current selection with start and end points
 298    * adjusted
 299    *
 300    * @note if you need references to the actual SequenceI objects in the
 301    *       alignment or currently selected then use getSequenceSelection()
 302    * @return selection as new sequenceI objects
 303    */
 304   SequenceI[] getSelectionAsNewSequence();
 305
 306   void invertColumnSelection();
 307
 308   /**
 309    * broadcast selection to any interested parties
 310    */
 311   void sendSelection();
 312
 313   /**
 314    * calculate the row position for alignmentIndex if all hidden sequences were
 315    * shown
 316    *
 317    * @param alignmentIndex
 318    * @return adjusted row position
 319    */
 320   int adjustForHiddenSeqs(int alignmentIndex);
 321
 322   boolean hasHiddenRows();
 323
 324   /**
 325    *
 326    * @return a copy of this view's current display settings
 327    */
 328   public ViewStyleI getViewStyle();
 329
 330   /**
 331    * update the view's display settings with the given style set
 332    *
 333    * @param settingsForView
 334    */
 335   public void setViewStyle(ViewStyleI settingsForView);
 336
 337   /**
 338    * Returns a viewport which holds the cDna for this (protein), or vice versa,
 339    * or null if none is set.
 340    *
 341    * @return
 342    */
 343   AlignViewportI getCodingComplement();
 344
 345   /**
 346    * Sets the viewport which holds the cDna for this (protein), or vice versa.
 347    * Implementation should guarantee that the reciprocal relationship is always
 348    * set, i.e. each viewport is the complement of the other.
 349    */
 350   void setCodingComplement(AlignViewportI sl);
 351
 352   /**
 353    * Answers true if viewport hosts DNA/RNA, else false.
 354    *
 355    * @return
 356    */
 357   boolean isNucleotide();
 358
 359   /**
 360    * Returns an id guaranteed to be unique for this viewport.
 361    *
 362    * @return
 363    */
 364   String getViewId();
 365
 366   /**
 367    * Return true if view should scroll to show the highlighted region of a
 368    * sequence
 369    *
 370    * @return
 371    */
 372   boolean isFollowHighlight();
 373
 374   /**
 375    * Set whether view should scroll to show the highlighted region of a sequence
 376    */
 377   void setFollowHighlight(boolean b);
 378 }