src/jalview/api/AlignmentViewPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
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  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.api;
  20
  21 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  22 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  23
  24 /**
  25  * abstract interface implemented by alignment panels holding an alignment view
  26  *
  27  * @author JimP
  28  *
  29  */
  30 public interface AlignmentViewPanel extends OOMHandlerI
  31 {
  32
  33   AlignmentI getAlignment();
  34
  35   StructureSelectionManager getStructureSelectionManager();
  36
  37   /**
  38    * repaint the alignment view after a datamodel update.
  39    *
  40    * @param updateOverview
  41    *          - if true, the overview panel will also be updated and repainted
  42    */
  43
  44   void paintAlignment(boolean updateOverview);
  45
  46   /**
  47    * automatically adjust annotation panel height for new annotation whilst
  48    * ensuring the alignment is still visible.
  49    */
  50   void adjustAnnotationHeight();
  51 }