src/jalview/api/AlignmentViewPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.api;
  19
  20 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  21 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  22
  23 /**
  24  * abstract interface implemented by alignment panels holding an alignment view
  25  *
  26  * @author JimP
  27  *
  28  */
  29 public interface AlignmentViewPanel extends OOMHandlerI
  30 {
  31
  32   AlignmentI getAlignment();
  33
  34   StructureSelectionManager getStructureSelectionManager();
  35
  36   /**
  37    * repaint the alignment view after a datamodel update.
  38    *
  39    * @param updateOverview
  40    *          - if true, the overview panel will also be updated and repainted
  41    */
  42
  43   void paintAlignment(boolean updateOverview);
  44
  45   /**
  46    * automatically adjust annotation panel height for new annotation whilst
  47    * ensuring the alignment is still visible.
  48    */
  49   void adjustAnnotationHeight();
  50 }