src/jalview/api/FeatureRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.api;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 import java.awt.Color;
  27 import java.util.Hashtable;
  28 import java.util.List;
  29 import java.util.Map;
  30
  31 /**
  32  * Abstract feature renderer interface
  33  *
  34  * @author JimP
  35  *
  36  */
  37 public interface FeatureRenderer
  38 {
  39
  40   Color findFeatureColour(Color col, SequenceI sequenceI, int r);
  41
  42   void featuresAdded();
  43
  44   Object getFeatureStyle(String ft);
  45
  46   void setColour(String ft, Object ggc);
  47
  48   AlignViewportI getViewport();
  49
  50   FeaturesDisplayedI getFeaturesDisplayed();
  51
  52   Map<String,Object> getFeatureColours();
  53
  54   void findAllFeatures(boolean newMadeVisible);
  55
  56   Map<String,Object> getDisplayedFeatureCols();
  57
  58   List<String> getFeatureGroups();
  59
  60   List<String> getGroups(boolean visible);
  61
  62   void setGroupVisibility(List<String> toset, boolean visible);
  63
  64   void setGroupVisibility(String group, boolean visible);
  65
  66   List<SequenceFeature> findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res);
  67
  68   boolean isTransparencyAvailable();
  69
  70   String[] getDisplayedFeatureTypes();
  71
  72   String[] getDisplayedFeatureGroups();
  73
  74   void setAllVisible(List<String> featureTypes);
  75
  76   void setVisible(String featureType);
  77
  78 }