src/jalview/api/analysis/ScoreModelI.java

   1 package jalview.api.analysis;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentView;
   4 import jalview.math.MatrixI;
   5
   6 public interface ScoreModelI
   7 {
   8   /**
   9    * Answers a name for the score model, suitable for display in menus. Names
  10    * should be unique across score models in use.
  11    *
  12    * @return
  13    * @see jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels#forName(String)
  14    */
  15   String getName();
  16
  17   /**
  18    * Answers true if this model is applicable for nucleotide data (so should be
  19    * shown in menus in that context)
  20    *
  21    * @return
  22    */
  23   boolean isDNA();
  24
  25   /**
  26    * Answers true if this model is applicable for peptide data (so should be
  27    * shown in menus in that context)
  28    *
  29    * @return
  30    */
  31   boolean isProtein();
  32
  33 }