src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  28 import jalview.commands.EditCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  38 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  39 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  40 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  41 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  42 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  43 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  44 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  45 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  46 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  47 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  48 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  49 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  50 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  51 import jalview.util.MessageManager;
  52 import jalview.util.UrlLink;
  53
  54 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  55 import java.awt.Frame;
  56 import java.awt.Menu;
  57 import java.awt.MenuItem;
  58 import java.awt.event.ActionEvent;
  59 import java.awt.event.ActionListener;
  60 import java.awt.event.ItemEvent;
  61 import java.awt.event.ItemListener;
  62 import java.util.Arrays;
  63 import java.util.Collections;
  64 import java.util.LinkedHashMap;
  65 import java.util.List;
  66 import java.util.Map;
  67 import java.util.TreeMap;
  68 import java.util.Vector;
  69
  70 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  71         ActionListener, ItemListener
  72 {
  73   private static final String ALL_ANNOTATIONS = "All";
  74
  75   Menu groupMenu = new Menu();
  76
  77   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  78
  79   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  80
  81   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  82
  83   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  84
  85   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  86
  87   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  88
  89   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  90
  91   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  92
  93   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  94
  95   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  96
  97   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  98
  99   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
 100
 101   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
 102
 103   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
 104
 105   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
 106
 107   final AlignmentPanel ap;
 108
 109   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
 110
 111   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
 112
 113   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
 114
 115   Menu colourMenu = new Menu();
 116
 117   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
 118
 119   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
 120
 121   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
 122
 123   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
 124
 125   Menu seqShowAnnotationsMenu = new Menu(
 126           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 127
 128   Menu seqHideAnnotationsMenu = new Menu(
 129           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 130
 131   MenuItem seqAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 132           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 133
 134   Menu groupShowAnnotationsMenu = new Menu(
 135           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 136
 137   Menu groupHideAnnotationsMenu = new Menu(
 138           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 139
 140   MenuItem groupAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 141           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 142
 143   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
 144
 145   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
 146
 147   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
 148
 149   MenuItem toUpper = new MenuItem(
 150           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 151
 152   MenuItem toLower = new MenuItem(
 153           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 154
 155   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 156           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 157
 158   Menu outputmenu = new Menu();
 159
 160   Menu seqMenu = new Menu();
 161
 162   MenuItem pdb = new MenuItem();
 163
 164   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 165
 166   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 167
 168   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 169           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 170
 171   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 172           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 173
 174   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 175           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 176
 177   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 178           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 179
 180   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 181           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 182
 183   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 184
 185   SequenceI seq;
 186
 187   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 188
 189   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 190
 191   /**
 192    * index of sequence to be revealed
 193    */
 194   int revealSeq_index = -1;
 195
 196   Menu menu1 = new Menu();
 197
 198   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 199           Vector<String> links)
 200   {
 201     // /////////////////////////////////////////////////////////
 202     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 203     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 204     //
 205     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 206     // ////////////////////////////////////////////////////////
 207
 208     this.ap = apanel;
 209     this.seq = seq;
 210
 211     try
 212     {
 213       jbInit();
 214     } catch (Exception e)
 215     {
 216       e.printStackTrace();
 217     }
 218
 219     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 220     {
 221       MenuItem item = new MenuItem(
 222               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 223
 224       item.addActionListener(this);
 225       outputmenu.add(item);
 226     }
 227
 228     buildAnnotationSubmenus();
 229
 230     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 231     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 232     {
 233       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 234               "label.name_param", new Object[] { sg.getName() }));
 235       showText.setState(sg.getDisplayText());
 236       showColourText.setState(sg.getColourText());
 237       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 238       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 239       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 240       {
 241         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 242         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 243       }
 244       else
 245       {
 246         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 247         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 248       }
 249
 250     }
 251     else
 252     {
 253       remove(hideSeqs);
 254       remove(groupMenu);
 255     }
 256
 257     if (links != null && links.size() > 0)
 258     {
 259       Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 260       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 261       {
 262         String link = links.elementAt(i);
 263         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 264         if (!urlLink.isValid())
 265         {
 266           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 267           continue;
 268         }
 269         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 270         // link.indexOf("|"));
 271         final String label = urlLink.getLabel();
 272         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 273         {
 274
 275           // collect matching db-refs
 276           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 277                   seq.getDBRef(), new String[] { target });
 278           // collect id string too
 279           String id = seq.getName();
 280           String descr = seq.getDescription();
 281           if (descr != null && descr.length() < 1)
 282           {
 283             descr = null;
 284           }
 285           if (dbr != null)
 286           {
 287             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 288             {
 289               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 290               {
 291                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 292                 // string with this link
 293                 id = null;
 294               }
 295               // create Bare ID link for this RUL
 296               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 297                       true);
 298               if (urls != null)
 299               {
 300                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 301                 {
 302                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 303                 }
 304               }
 305             }
 306           }
 307           if (id != null)
 308           {
 309             // create Bare ID link for this RUL
 310             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 311             if (urls != null)
 312             {
 313               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 314               {
 315                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 316               }
 317             }
 318             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 319           }
 320           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 321           // URL links
 322           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 323           {
 324             // create link for this URL from description only if regex matches
 325             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 326             if (urls != null)
 327             {
 328               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 329               {
 330                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 331               }
 332             }
 333           }
 334         }
 335         else
 336         {
 337           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 338         }
 339         /*
 340          * final String url;
 341          *
 342          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 343          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 344          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 345          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 346          *
 347          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 348          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 349          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 350          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 351          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 352          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 353          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 354          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 355          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 356          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 357          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 358          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 359          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 360          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 361          */
 362       }
 363       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 364       {
 365         if (seq != null)
 366         {
 367           seqMenu.add(linkMenu);
 368         }
 369         else
 370         {
 371           add(linkMenu);
 372         }
 373       }
 374     }
 375     // TODO: add group link menu entry here
 376     if (seq != null)
 377     {
 378       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 379       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 380       {
 381         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 382                 .getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark
 383                                                           // representative");
 384       }
 385       else
 386       {
 387         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 388                 .getString("action.set_as_reference")); // );
 389       }
 390       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 391               "label.represent_group_with", new Object[] { seq.getName() }));
 392     }
 393     else
 394     {
 395       remove(seqMenu);
 396     }
 397
 398     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 399     {
 400       remove(revealAll);
 401       remove(revealSeq);
 402     }
 403     else
 404     {
 405       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 406
 407       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 408               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 409       {
 410         revealSeq_index = index;
 411       }
 412       else
 413       {
 414         remove(revealSeq);
 415       }
 416     }
 417   }
 418
 419   /**
 420    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 421    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.
 422    */
 423   private void buildAnnotationSubmenus()
 424   {
 425     /*
 426      * First for the currently selected sequence (if there is one):
 427      */
 428     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 429             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 430     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 431             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 432     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 433             selectedSequence);
 434
 435     /*
 436      * and repeat for the current selection group (if there is one):
 437      */
 438     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 439             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 440             .getSequences());
 441     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 442             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 443     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 444             selectedGroup);
 445   }
 446
 447   /**
 448    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.
 449    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected
 450    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).
 451    *
 452    * @param menu
 453    * @param forSequences
 454    */
 455   private void configureReferenceAnnotationsMenu(MenuItem menuItem,
 456           List<SequenceI> forSequences)
 457   {
 458     menuItem.setEnabled(false);
 459
 460     /*
 461      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
 462      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
 463      */
 464     Map<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
 465     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
 466     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
 467     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
 468             tipEntries, candidates, al);
 469     if (!candidates.isEmpty())
 470     {
 471       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
 472       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
 473
 474       /*
 475        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
 476        * configure its action.
 477        */
 478       menuItem.setEnabled(true);
 479
 480       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 481       {
 482         @Override
 483         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 484         {
 485           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
 486         }
 487       });
 488     }
 489   }
 490
 491   /**
 492    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
 493    *
 494    * @param candidates
 495    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
 496    *          of annotations to add to each sequence
 497    */
 498   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
 499           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
 500   {
 501     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
 502     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
 503     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
 504             selectionGroup);
 505     refresh();
 506   }
 507
 508   /**
 509    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 510    *
 511    * @param linkMenu
 512    * @param target
 513    *          - menu label string
 514    * @param url
 515    *          - url to open
 516    */
 517   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 518           final String url)
 519   {
 520     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 521   }
 522
 523   /**
 524    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 525    *
 526    * @param linkMenu
 527    * @param target
 528    *          - URL target window
 529    * @param label
 530    *          - menu label string
 531    * @param url
 532    *          - url to open
 533    */
 534   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 535           final String label, final String url)
 536   {
 537     MenuItem item = new MenuItem(label);
 538     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 539     {
 540       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 541       {
 542         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 543       }
 544     });
 545     linkMenu.add(item);
 546   }
 547
 548   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 549   {
 550     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 551     {
 552       abovePIDColour_itemStateChanged();
 553     }
 554     else if (evt.getSource() == showColourText)
 555     {
 556       showColourText_itemStateChanged();
 557     }
 558     else if (evt.getSource() == showText)
 559     {
 560       showText_itemStateChanged();
 561     }
 562     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 563     {
 564       showBoxes_itemStateChanged();
 565     }
 566     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 567     {
 568       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 569     }
 570   }
 571
 572   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 573   {
 574     Object source = evt.getSource();
 575     if (source == clustalColour)
 576     {
 577       clustalColour_actionPerformed();
 578     }
 579     else if (source == zappoColour)
 580     {
 581       zappoColour_actionPerformed();
 582     }
 583     else if (source == taylorColour)
 584     {
 585       taylorColour_actionPerformed();
 586     }
 587     else if (source == hydrophobicityColour)
 588     {
 589       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 590     }
 591     else if (source == helixColour)
 592     {
 593       helixColour_actionPerformed();
 594     }
 595     else if (source == strandColour)
 596     {
 597       strandColour_actionPerformed();
 598     }
 599     else if (source == turnColour)
 600     {
 601       turnColour_actionPerformed();
 602     }
 603     else if (source == buriedColour)
 604     {
 605       buriedColour_actionPerformed();
 606     }
 607     else if (source == nucleotideMenuItem)
 608     {
 609       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 610     }
 611
 612     else if (source == userDefinedColour)
 613     {
 614       userDefinedColour_actionPerformed();
 615     }
 616     else if (source == PIDColour)
 617     {
 618       PIDColour_actionPerformed();
 619     }
 620     else if (source == BLOSUM62Colour)
 621     {
 622       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 623     }
 624     else if (source == noColourmenuItem)
 625     {
 626       noColourmenuItem_actionPerformed();
 627     }
 628     else if (source == conservationMenuItem)
 629     {
 630       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 631     }
 632     else if (source == unGroupMenuItem)
 633     {
 634       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 635     }
 636
 637     else if (source == createGroupMenuItem)
 638     {
 639       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 640     }
 641
 642     else if (source == sequenceName)
 643     {
 644       editName();
 645     }
 646     else if (source == makeReferenceSeq)
 647     {
 648       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 649     }
 650     else if (source == sequenceDetails)
 651     {
 652       showSequenceDetails();
 653     }
 654     else if (source == selSeqDetails)
 655     {
 656       showSequenceSelectionDetails();
 657     }
 658     else if (source == pdb)
 659     {
 660       addPDB();
 661     }
 662     else if (source == hideSeqs)
 663     {
 664       hideSequences(false);
 665     }
 666     else if (source == repGroup)
 667     {
 668       hideSequences(true);
 669     }
 670     else if (source == revealSeq)
 671     {
 672       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 673     }
 674     else if (source == revealAll)
 675     {
 676       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 677     }
 678
 679     else if (source == editGroupName)
 680     {
 681       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 682               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 683               "Group Description", ap.alignFrame,
 684               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 685
 686       if (dialog.accept)
 687       {
 688         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 689         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 690       }
 691
 692     }
 693     else if (source == copy)
 694     {
 695       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 696     }
 697     else if (source == cut)
 698     {
 699       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 700     }
 701     else if (source == editSequence)
 702     {
 703       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 704
 705       if (sg != null)
 706       {
 707         if (seq == null)
 708         {
 709           seq = sg.getSequenceAt(0);
 710         }
 711
 712         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 713                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 714                 "Edit Sequence ", null,
 715
 716                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 717
 718         if (dialog.accept)
 719         {
 720           EditCommand editCommand = new EditCommand(
 721                   MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 722                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 723                           ap.av.getGapCharacter()),
 724                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 725                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 726                   ap.av.getAlignment());
 727
 728           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 729
 730           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 731                   .getSequences());
 732         }
 733       }
 734     }
 735     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 736     {
 737       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 738       if (sg != null)
 739       {
 740         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 741                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 742
 743         String description;
 744         int caseChange;
 745
 746         if (source == toggleCase)
 747         {
 748           description = "Toggle Case";
 749           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 750         }
 751         else if (source == toUpper)
 752         {
 753           description = "To Upper Case";
 754           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 755         }
 756         else
 757         {
 758           description = "To Lower Case";
 759           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 760         }
 761
 762         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 763                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 764                 startEnd, caseChange);
 765
 766         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 767
 768         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 769                 .getSequences());
 770
 771       }
 772     }
 773     else if (source == sequenceFeature)
 774     {
 775       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 776       if (sg == null)
 777       {
 778         return;
 779       }
 780
 781       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 782       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 783       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 784
 785       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 786       {
 787         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 788         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 789         if (start <= end)
 790         {
 791           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 792           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 793                   end, "Jalview");
 794           rsize++;
 795         }
 796       }
 797       rseqs = new SequenceI[rsize];
 798       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 799       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 800       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 801       features = tfeatures;
 802       seqs = rseqs;
 803
 804       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 805               features, true, ap))
 806       {
 807         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 808         ap.av.setShowSequenceFeatures(true);
 809         ;
 810         ap.highlightSearchResults(null);
 811       }
 812     }
 813     else
 814     {
 815       outputText(evt);
 816     }
 817
 818   }
 819
 820   void outputText(ActionEvent e)
 821   {
 822     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 823
 824     Frame frame = new Frame();
 825     frame.add(cap);
 826     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 827             "label.selection_output_command",
 828             new Object[] { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 829     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 830     // now returns a full copy of sequence data
 831     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 832
 833     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 834             e.getActionCommand(), ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));
 835
 836   }
 837
 838   protected void showSequenceSelectionDetails()
 839   {
 840     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 841   }
 842
 843   protected void showSequenceDetails()
 844   {
 845     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { seq });
 846   }
 847
 848   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 849   {
 850
 851     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 852
 853     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 854     for (SequenceI seq : sequences)
 855     {
 856       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 857               "label.annotation_for_displayid",
 858               new Object[] { seq.getDisplayId(true) }));
 859       new SequenceAnnotationReport(null).createSequenceAnnotationReport(
 860               contents,
 861               seq,
 862               true,
 863               true,
 864               false,
 865               (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr
 866                       .getMinMax() : null);
 867       contents.append("</p>");
 868     }
 869     Frame frame = new Frame();
 870     frame.add(cap);
 871     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 872             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 873                     : "Selection"), 600, 500);
 874     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 875             new Object[] { contents.toString() }));
 876   }
 877
 878   void editName()
 879   {
 880     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 881             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 882             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 883             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 884
 885     if (dialog.accept)
 886     {
 887       seq.setName(dialog.getName());
 888       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 889       ap.paintAlignment(false);
 890     }
 891   }
 892
 893   void addPDB()
 894   {
 895     if (seq.getAllPDBEntries() != null)
 896     {
 897       PDBEntry entry = seq.getAllPDBEntries().firstElement();
 898
 899       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 900       {
 901         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new SequenceI[] { seq },
 902                 null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 903       }
 904       else
 905       {
 906         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[] { seq }, null,
 907                 ap, AppletFormatAdapter.URL);
 908       }
 909
 910     }
 911     else
 912     {
 913       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 914       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 915       cap.setPDBImport(seq);
 916       Frame frame = new Frame();
 917       frame.add(cap);
 918       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 919               "label.paste_pdb_file_for_sequence",
 920               new Object[] { seq.getName() }), 400, 300);
 921     }
 922   }
 923
 924   private void jbInit() throws Exception
 925   {
 926     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 927     sequenceFeature.addActionListener(this);
 928
 929     editGroupName.addActionListener(this);
 930     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 931             .getString("action.remove_group"));
 932     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 933
 934     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 935             .getString("action.create_group"));
 936     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 937
 938     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager
 939             .getString("label.nucleotide"));
 940     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 941     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 942     abovePIDColour.addItemListener(this);
 943     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 944     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 945     showBoxes.setState(true);
 946     showBoxes.addItemListener(this);
 947     sequenceName.addActionListener(this);
 948     sequenceDetails.addActionListener(this);
 949     selSeqDetails.addActionListener(this);
 950     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 951             .getString("label.show_non_conversed"));
 952     displayNonconserved.setState(false);
 953     displayNonconserved.addItemListener(this);
 954     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 955     showText.addItemListener(this);
 956     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 957     showColourText.addItemListener(this);
 958     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 959     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 960     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 961     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 962     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 963             "label.represent_group_with", new Object[] { "" }));
 964     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 965     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 966     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group") + ":");
 967     add(groupMenu);
 968     this.add(seqMenu);
 969     this.add(hideSeqs);
 970     this.add(revealSeq);
 971     this.add(revealAll);
 972     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 973     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
 974     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
 975     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
 976     groupMenu.add(editMenu);
 977     groupMenu.add(outputmenu);
 978     groupMenu.add(sequenceFeature);
 979     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 980     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 981     groupMenu.add(menu1);
 982
 983     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 984     colourMenu.add(clustalColour);
 985     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 986     colourMenu.add(PIDColour);
 987     colourMenu.add(zappoColour);
 988     colourMenu.add(taylorColour);
 989     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 990     colourMenu.add(helixColour);
 991     colourMenu.add(strandColour);
 992     colourMenu.add(turnColour);
 993     colourMenu.add(buriedColour);
 994     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 995     colourMenu.add(userDefinedColour);
 996     colourMenu.addSeparator();
 997     colourMenu.add(abovePIDColour);
 998     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 999
1000     noColourmenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
1001     noColourmenuItem.addActionListener(this);
1002
1003     clustalColour.setLabel(MessageManager
1004             .getString("label.clustalx_colours"));
1005     clustalColour.addActionListener(this);
1006     zappoColour.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
1007     zappoColour.addActionListener(this);
1008     taylorColour.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
1009     taylorColour.addActionListener(this);
1010     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager
1011             .getString("label.hydrophobicity"));
1012     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
1013     helixColour
1014             .setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
1015     helixColour.addActionListener(this);
1016     strandColour.setLabel(MessageManager
1017             .getString("label.strand_propensity"));
1018     strandColour.addActionListener(this);
1019     turnColour.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
1020     turnColour.addActionListener(this);
1021     buriedColour.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
1022     buriedColour.addActionListener(this);
1023     abovePIDColour.setLabel(MessageManager
1024             .getString("label.above_identity_percentage"));
1025
1026     userDefinedColour.setLabel(MessageManager
1027             .getString("action.user_defined"));
1028     userDefinedColour.addActionListener(this);
1029     PIDColour.setLabel(MessageManager
1030             .getString("label.percentage_identity"));
1031     PIDColour.addActionListener(this);
1032     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
1033     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
1034     conservationMenuItem.setLabel(MessageManager
1035             .getString("label.conservation"));
1036
1037     editMenu.add(copy);
1038     copy.addActionListener(this);
1039     editMenu.add(cut);
1040     cut.addActionListener(this);
1041
1042     editMenu.add(editSequence);
1043     editSequence.addActionListener(this);
1044
1045     editMenu.add(toUpper);
1046     toUpper.addActionListener(this);
1047     editMenu.add(toLower);
1048     toLower.addActionListener(this);
1049     editMenu.add(toggleCase);
1050     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1051     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1052     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1053     seqMenu.add(sequenceName);
1054     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
1055     // seqMenu.add(sequenceDetails);
1056
1057     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
1058     {
1059       seqMenu.add(pdb);
1060     }
1061     seqMenu.add(repGroup);
1062     menu1.add(editGroupName);
1063     menu1.add(colourMenu);
1064     menu1.add(showBoxes);
1065     menu1.add(showText);
1066     menu1.add(showColourText);
1067     menu1.add(displayNonconserved);
1068     toggleCase.addActionListener(this);
1069     pdb.addActionListener(this);
1070     hideSeqs.addActionListener(this);
1071     repGroup.addActionListener(this);
1072     revealAll.addActionListener(this);
1073     revealSeq.addActionListener(this);
1074     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
1075   }
1076
1077   void refresh()
1078   {
1079     ap.paintAlignment(true);
1080   }
1081
1082   protected void clustalColour_actionPerformed()
1083   {
1084     SequenceGroup sg = getGroup();
1085     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
1086     refresh();
1087   }
1088
1089   protected void zappoColour_actionPerformed()
1090   {
1091     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
1092     refresh();
1093   }
1094
1095   protected void taylorColour_actionPerformed()
1096   {
1097     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
1098     refresh();
1099   }
1100
1101   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1102   {
1103     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
1104     refresh();
1105   }
1106
1107   protected void helixColour_actionPerformed()
1108   {
1109     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
1110     refresh();
1111   }
1112
1113   protected void strandColour_actionPerformed()
1114   {
1115     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
1116     refresh();
1117   }
1118
1119   protected void turnColour_actionPerformed()
1120   {
1121     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
1122     refresh();
1123   }
1124
1125   protected void buriedColour_actionPerformed()
1126   {
1127     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
1128     refresh();
1129   }
1130
1131   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1132   {
1133     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
1134     refresh();
1135   }
1136
1137   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
1138   {
1139     SequenceGroup sg = getGroup();
1140     if (sg.cs == null)
1141     {
1142       return;
1143     }
1144
1145     if (abovePIDColour.getState())
1146     {
1147       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1148               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1149       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1150               .getName());
1151
1152       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1153
1154       SliderPanel.showPIDSlider();
1155
1156     }
1157     else
1158     // remove PIDColouring
1159     {
1160       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1161     }
1162
1163     refresh();
1164
1165   }
1166
1167   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1168   {
1169     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1170   }
1171
1172   protected void PIDColour_actionPerformed()
1173   {
1174     SequenceGroup sg = getGroup();
1175     sg.cs = new PIDColourScheme();
1176     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1177             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1178     refresh();
1179   }
1180
1181   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1182   {
1183     SequenceGroup sg = getGroup();
1184
1185     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1186
1187     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1188             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1189
1190     refresh();
1191   }
1192
1193   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1194   {
1195     getGroup().cs = null;
1196     refresh();
1197   }
1198
1199   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1200   {
1201     SequenceGroup sg = getGroup();
1202     if (sg.cs == null)
1203     {
1204       return;
1205     }
1206
1207     if (conservationMenuItem.getState())
1208     {
1209
1210       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1211               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1212                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1213                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1214       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1215       SliderPanel.showConservationSlider();
1216     }
1217     else
1218     // remove ConservationColouring
1219     {
1220       sg.cs.setConservation(null);
1221     }
1222
1223     refresh();
1224   }
1225
1226   SequenceGroup getGroup()
1227   {
1228     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1229
1230     // this method won't add a new group if it already exists
1231     if (sg != null)
1232     {
1233       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1234     }
1235
1236     return sg;
1237   }
1238
1239   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1240   {
1241     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1242     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1243     ap.av.setSelectionGroup(null);
1244     ap.paintAlignment(true);
1245   }
1246
1247   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1248   {
1249     getGroup(); // implicitly create group
1250     refresh();
1251   }
1252
1253   public void showColourText_itemStateChanged()
1254   {
1255     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1256     refresh();
1257   }
1258
1259   public void showText_itemStateChanged()
1260   {
1261     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1262     refresh();
1263   }
1264
1265   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1266   {
1267     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1268     {
1269       // initialise the display flags so the user sees something happen
1270       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1271       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1272       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1273     }
1274     else
1275     {
1276       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1277       {
1278         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1279       }
1280       else
1281       {
1282         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1283       }
1284     }
1285     refresh();
1286   }
1287
1288   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1289   {
1290     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1291     refresh();
1292   }
1293
1294   public void showBoxes_itemStateChanged()
1295   {
1296     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1297     refresh();
1298   }
1299
1300   void hideSequences(boolean representGroup)
1301   {
1302     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1303     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1304     {
1305       ap.av.hideSequence(new SequenceI[] { seq });
1306       return;
1307     }
1308
1309     ap.av.setSelectionGroup(null);
1310
1311     if (representGroup)
1312     {
1313       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1314
1315       return;
1316     }
1317
1318     int gsize = sg.getSize();
1319     SequenceI[] hseqs;
1320
1321     hseqs = new SequenceI[gsize];
1322
1323     int index = 0;
1324     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1325     {
1326       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1327     }
1328
1329     ap.av.hideSequence(hseqs);
1330     ap.av.sendSelection();
1331   }
1332
1333   /**
1334    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
1335    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
1336    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
1337    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
1338    * <p>
1339    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
1340    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
1341    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
1342    * composite type name, e.g.
1343    * <p>
1344    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
1345    *
1346    * @param seq
1347    */
1348   protected void buildAnnotationTypesMenus(Menu showMenu, Menu hideMenu,
1349           List<SequenceI> forSequences)
1350   {
1351     showMenu.removeAll();
1352     hideMenu.removeAll();
1353
1354     final List<String> all = Arrays.asList(ALL_ANNOTATIONS);
1355     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
1356     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
1357             false);
1358     showMenu.addSeparator();
1359     hideMenu.addSeparator();
1360
1361     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1362             .getAlignmentAnnotation();
1363
1364     /*
1365      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1366      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1367      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1368      * alignment.
1369      */
1370     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1371     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1372     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1373             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1374
1375     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1376     {
1377       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1378       {
1379         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1380                 false, true);
1381       }
1382     }
1383     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1384     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1385
1386     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1387     {
1388       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1389       {
1390         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1391                 false, false);
1392       }
1393     }
1394     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1395     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1396   }
1397
1398   /**
1399    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1400    * menus.
1401    *
1402    * @param showOrHideMenu
1403    *          the menu to add to
1404    * @param forSequences
1405    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1406    * @param calcId
1407    * @param types
1408    *          the label to add
1409    * @param allTypes
1410    *          if true this is a special label meaning 'All'
1411    * @param actionIsShow
1412    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1413    *          type, else hide
1414    */
1415   protected void addAnnotationTypeToShowHide(Menu showOrHideMenu,
1416           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1417           final List<String> types, final boolean allTypes,
1418           final boolean actionIsShow)
1419   {
1420     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1421     label = label.substring(1, label.length() - 1);
1422     final MenuItem item = new MenuItem(label);
1423     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1424     {
1425       @Override
1426       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1427       {
1428         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1429                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1430         refresh();
1431       }
1432     });
1433     showOrHideMenu.add(item);
1434   }
1435
1436 }