src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56 \r
  57   public APopupMenu(AlignmentPanel ap, Sequence seq, Vector links)\r
  58   {\r
  59     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  60     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  61     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  62     //\r
  63     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  64     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  65 \r
  66     this.ap = ap;\r
  67 \r
  68     try\r
  69     {\r
  70       jbInit();\r
  71     }\r
  72     catch (Exception e)\r
  73     {\r
  74       e.printStackTrace();\r
  75     }\r
  76 \r
  77     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
  78     if (sg != null)\r
  79     {\r
  80       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
  81       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
  82       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
  83     }\r
  84 \r
  85     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
  86     {\r
  87       groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
  88     }\r
  89 \r
  90     if (seq != null && links!=null)\r
  91     {\r
  92       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
  93       MenuItem item;\r
  94       String link;\r
  95       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
  96       {\r
  97         link = links.elementAt(i).toString();\r
  98         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
  99         item = new MenuItem(target);\r
 100         final String url = link.substring(link.indexOf("|")+1, link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 101                + seq.getName() +\r
 102                link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 103 \r
 104            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 105            {\r
 106                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 107                {\r
 108                   jalview.bin.JalviewLite.showURL(url, target);\r
 109                }\r
 110            });\r
 111           linkMenu.add(item);\r
 112       }\r
 113       add(linkMenu);\r
 114     }\r
 115   }\r
 116 \r
 117   private void jbInit()\r
 118       throws Exception\r
 119   {\r
 120     groupMenu.setLabel("Group");\r
 121     groupMenu.setLabel("Define");\r
 122 \r
 123     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 124     unGroupMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 125     {\r
 126       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 127       {\r
 128         unGroupMenuItem_actionPerformed(e);\r
 129       }\r
 130     });\r
 131 \r
 132     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 133     nucleotideMenuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 134     {\r
 135       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 136       {\r
 137         nucleotideMenuItem_actionPerformed(e);\r
 138       }\r
 139     });\r
 140     conservationMenuItem.addItemListener(new ItemListener()\r
 141     {\r
 142       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 143       {\r
 144         conservationMenuItem_itemStateChanged(itemEvent);\r
 145       }\r
 146     });\r
 147     abovePIDColour.addItemListener(new ItemListener()\r
 148     {\r
 149       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 150       {\r
 151         abovePIDColour_itemStateChanged(itemEvent);\r
 152       }\r
 153     });\r
 154     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 155     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 156     showBoxes.setState(true);\r
 157     showBoxes.addItemListener(new ItemListener()\r
 158     {\r
 159       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 160       {\r
 161         showBoxes_itemStateChanged(itemEvent);\r
 162       }\r
 163     });\r
 164 \r
 165     showText.setLabel("Text");\r
 166     showText.addItemListener(new ItemListener()\r
 167     {\r
 168       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 169       {\r
 170         showText_itemStateChanged(itemEvent);\r
 171       }\r
 172     });\r
 173     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 174     showColourText.addItemListener(new ItemListener()\r
 175     {\r
 176       public void itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 177       {\r
 178         showColourText_itemStateChanged(itemEvent);\r
 179       }\r
 180     });\r
 181 \r
 182     add(groupMenu);\r
 183     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 184     groupMenu.add(colourMenu);\r
 185     groupMenu.addSeparator();\r
 186     groupMenu.add(showBoxes);\r
 187     groupMenu.add(showText);\r
 188     groupMenu.add(showColourText);\r
 189     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 190     colourMenu.add(clustalColour);\r
 191     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 192     colourMenu.add(PIDColour);\r
 193     colourMenu.add(zappoColour);\r
 194     colourMenu.add(taylorColour);\r
 195     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 196     colourMenu.add(helixColour);\r
 197     colourMenu.add(strandColour);\r
 198     colourMenu.add(turnColour);\r
 199     colourMenu.add(buriedColour);\r
 200     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 201     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 202     colourMenu.addSeparator();\r
 203     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 204     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 205 \r
 206     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 207     noColourmenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 208     {\r
 209       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 210       {\r
 211         noColourmenuItem_actionPerformed(e);\r
 212       }\r
 213     });\r
 214 \r
 215     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 216     clustalColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 217     {\r
 218       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 219       {\r
 220         clustalColour_actionPerformed(e);\r
 221       }\r
 222     });\r
 223     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 224     zappoColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 225     {\r
 226       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 227       {\r
 228         zappoColour_actionPerformed(e);\r
 229       }\r
 230     });\r
 231     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 232     taylorColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 233     {\r
 234       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 235       {\r
 236         taylorColour_actionPerformed(e);\r
 237       }\r
 238     });\r
 239     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 240     hydrophobicityColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 241     {\r
 242       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 243       {\r
 244         hydrophobicityColour_actionPerformed(e);\r
 245       }\r
 246     });\r
 247     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 248     helixColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 249     {\r
 250       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 251       {\r
 252         helixColour_actionPerformed(e);\r
 253       }\r
 254     });\r
 255     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 256     strandColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 257     {\r
 258       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 259       {\r
 260         strandColour_actionPerformed(e);\r
 261       }\r
 262     });\r
 263     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 264     turnColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 265     {\r
 266       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 267       {\r
 268         turnColour_actionPerformed(e);\r
 269       }\r
 270     });\r
 271     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 272     buriedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 273     {\r
 274       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 275       {\r
 276         buriedColour_actionPerformed(e);\r
 277       }\r
 278     });\r
 279     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 280 \r
 281     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 282     userDefinedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 283     {\r
 284       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 285       {\r
 286         userDefinedColour_actionPerformed(e);\r
 287       }\r
 288     });\r
 289     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 290     PIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 291     {\r
 292       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 293       {\r
 294         PIDColour_actionPerformed(e);\r
 295       }\r
 296     });\r
 297     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 298     BLOSUM62Colour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 299     {\r
 300       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 301       {\r
 302         BLOSUM62Colour_actionPerformed(e);\r
 303       }\r
 304     });\r
 305     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 306 \r
 307   }\r
 308 \r
 309   void refresh()\r
 310   {\r
 311     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 312     if(sg!=null)\r
 313     {\r
 314       SuperGroup superG = ap.av.alignment.getSuperGroup(sg);\r
 315 \r
 316       if (superG != null)\r
 317       {\r
 318         superG.setSuperGroupProperties(sg);\r
 319       }\r
 320         }\r
 321     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 322     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 323       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 324   }\r
 325 \r
 326   protected void clustalColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 327   {\r
 328     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 329     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.sequences, ap.av.alignment.getWidth());\r
 330     refresh();\r
 331   }\r
 332 \r
 333   protected void zappoColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 334   {\r
 335     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 336     refresh();\r
 337   }\r
 338 \r
 339   protected void taylorColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 340   {\r
 341     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 342     refresh();\r
 343   }\r
 344 \r
 345   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 346   {\r
 347     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 348     refresh();\r
 349   }\r
 350 \r
 351   protected void helixColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 352   {\r
 353     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 354     refresh();\r
 355   }\r
 356 \r
 357   protected void strandColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 358   {\r
 359     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 360     refresh();\r
 361   }\r
 362 \r
 363   protected void turnColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 364   {\r
 365     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 366     refresh();\r
 367   }\r
 368 \r
 369   protected void buriedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 370   {\r
 371     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 372     refresh();\r
 373   }\r
 374 \r
 375   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 376   {\r
 377     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 378     refresh();\r
 379   }\r
 380 \r
 381   protected void abovePIDColour_itemStateChanged(ItemEvent ie)\r
 382   {\r
 383     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 384     if(sg.cs==null)\r
 385           return;\r
 386 \r
 387     if (abovePIDColour.getState())\r
 388     {\r
 389       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 390                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 391       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 392           getGroup().getName());\r
 393 \r
 394       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 395 \r
 396       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 397 \r
 398     }\r
 399     else // remove PIDColouring\r
 400     {\r
 401       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 402     }\r
 403 \r
 404     refresh();\r
 405 \r
 406   }\r
 407 \r
 408   protected void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 409   {\r
 410     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 411   }\r
 412 \r
 413   protected void PIDColour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 414   {\r
 415     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 416     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 417     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 418                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 419     refresh();\r
 420   }\r
 421 \r
 422   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 423   {\r
 424     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 425 \r
 426     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 427 \r
 428     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.sequences, 0,\r
 429                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 430 \r
 431     refresh();\r
 432   }\r
 433 \r
 434   protected void noColourmenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 435   {\r
 436     getGroup().cs = null;\r
 437     refresh();\r
 438   }\r
 439 \r
 440   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged(ItemEvent ie)\r
 441   {\r
 442     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 443     if(sg.cs==null)\r
 444           return;\r
 445 \r
 446     if (conservationMenuItem.getState())\r
 447     {\r
 448 \r
 449       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 450                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 451                                         sg.sequences, 0,\r
 452                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 453 \r
 454       c.calculate();\r
 455       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 456 \r
 457       sg.cs.setConservation(c);\r
 458 \r
 459       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 460       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 461     }\r
 462     else // remove ConservationColouring\r
 463     {\r
 464       sg.cs.setConservation(null);\r
 465     }\r
 466 \r
 467     refresh();\r
 468   }\r
 469 \r
 470   protected void analyze_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 471   {\r
 472     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame.applet);\r
 473     Frame frame = new Frame();\r
 474     frame.add(cap);\r
 475     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Analyze this - ", 400, 300);\r
 476     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 477     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 478 \r
 479     for (int i = 0; i < sg.sequences.size(); i++)\r
 480     {\r
 481       Sequence tmp = (Sequence) sg.sequences.elementAt(i);\r
 482       sb.append(tmp.getSequence(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));\r
 483       sb.append("\n");\r
 484     }\r
 485 \r
 486     sb.append("Something amazing will happen soon");\r
 487     cap.setText(sb.toString());\r
 488 \r
 489   }\r
 490 \r
 491   SequenceGroup getGroup()\r
 492   {\r
 493     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 494 \r
 495     // this method won't add a new group if it already exists\r
 496     if(sg!=null)\r
 497       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 498 \r
 499     return sg;\r
 500   }\r
 501 \r
 502   void unGroupMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 503   {\r
 504     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 505     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 506     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 507     ap.repaint();\r
 508   }\r
 509 \r
 510   public void showColourText_itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 511   {\r
 512     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 513     refresh();\r
 514   }\r
 515 \r
 516   public void showText_itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 517   {\r
 518     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 519     refresh();\r
 520   }\r
 521 \r
 522   public void showBoxes_itemStateChanged(ItemEvent itemEvent)\r
 523   {\r
 524     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 525     refresh();\r
 526   }\r
 527 \r
 528 }\r