src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.appletgui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import jalview.analysis.*;
  27 import jalview.commands.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import jalview.util.UrlLink;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  33
  34 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  35         ActionListener, ItemListener
  36 {
  37   Menu groupMenu = new Menu();
  38
  39   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  40
  41   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  42
  43   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  44
  45   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  46
  47   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  48
  49   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  50
  51   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  52
  53   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  54
  55   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  56
  57   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  58
  59   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  60
  61   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  62
  63   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  64
  65   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  66
  67   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  68
  69   final AlignmentPanel ap;
  70
  71   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  72
  73   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  74
  75   Menu colourMenu = new Menu();
  76
  77   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  78
  79   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  80
  81   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  82
  83   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  84
  85   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  86
  87   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  88
  89   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  90
  91   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  92
  93   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  94
  95   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  96
  97   Menu outputmenu = new Menu();
  98
  99   Menu seqMenu = new Menu();
 100
 101   MenuItem pdb = new MenuItem();
 102
 103   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 104
 105   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 106
 107   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 108
 109   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 110
 111   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 112
 113   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem("Sequence Details ...");
 114
 115   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem("Sequence Details ...");
 116
 117   Sequence seq;
 118
 119   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 120
 121   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 122
 123   /**
 124    * index of sequence to be revealed
 125    */
 126   int revealSeq_index = -1;
 127
 128   Menu menu1 = new Menu();
 129
 130   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 131   {
 132     // /////////////////////////////////////////////////////////
 133     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 134     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 135     //
 136     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 137     // ////////////////////////////////////////////////////////
 138
 139     this.ap = apanel;
 140     this.seq = seq;
 141
 142     try
 143     {
 144       jbInit();
 145     } catch (Exception e)
 146     {
 147       e.printStackTrace();
 148     }
 149
 150     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 151     {
 152       MenuItem item = new MenuItem(
 153               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 154
 155       item.addActionListener(this);
 156       outputmenu.add(item);
 157     }
 158
 159     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 160
 161     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 162     {
 163       editGroupName.setLabel("Name: " + sg.getName());
 164       showText.setState(sg.getDisplayText());
 165       showColourText.setState(sg.getColourText());
 166       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 167       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 168       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 169       {
 170         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 171       }
 172
 173     }
 174     else
 175     {
 176       remove(hideSeqs);
 177       remove(groupMenu);
 178     }
 179
 180     if (links != null && links.size() > 0)
 181     {
 182       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 183       String link;
 184       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 185       {
 186         link = links.elementAt(i).toString();
 187         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 188         if (!urlLink.isValid())
 189         {
 190           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 191           continue;
 192         }
 193         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 194         // link.indexOf("|"));
 195         final String label = urlLink.getLabel();
 196         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 197         {
 198
 199           // collect matching db-refs
 200           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 201                   seq.getDBRef(), new String[]
 202                   { target });
 203           // collect id string too
 204           String id = seq.getName();
 205           String descr = seq.getDescription();
 206           if (descr != null && descr.length() < 1)
 207           {
 208             descr = null;
 209           }
 210           if (dbr != null)
 211           {
 212             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 213             {
 214               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 215               {
 216                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 217                 // string with this link
 218                 id = null;
 219               }
 220               // create Bare ID link for this RUL
 221               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 222                       true);
 223               if (urls != null)
 224               {
 225                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 226                 {
 227                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 228                 }
 229               }
 230             }
 231           }
 232           if (id != null)
 233           {
 234             // create Bare ID link for this RUL
 235             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 236             if (urls != null)
 237             {
 238               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 239               {
 240                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 241               }
 242             }
 243             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 244           }
 245           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 246           // URL links
 247           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 248           {
 249             // create link for this URL from description only if regex matches
 250             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 251             if (urls != null)
 252             {
 253               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 254               {
 255                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 256               }
 257             }
 258           }
 259         }
 260         else
 261         {
 262           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 263         }
 264         /*
 265          * final String url;
 266          *
 267          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 268          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 269          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 270          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 271          *
 272          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 273          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 274          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 275          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 276          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 277          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 278          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 279          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 280          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 281          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 282          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 283          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 284          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 285          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 286          */
 287       }
 288       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 289       {
 290         if (seq != null)
 291         {
 292           seqMenu.add(linkMenu);
 293         }
 294         else
 295         {
 296           add(linkMenu);
 297         }
 298       }
 299     }
 300     // TODO: add group link menu entry here
 301     if (seq != null)
 302     {
 303       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 304       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 305     }
 306     else
 307     {
 308       remove(seqMenu);
 309     }
 310
 311     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 312     {
 313       remove(revealAll);
 314       remove(revealSeq);
 315     }
 316     else
 317     {
 318       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 319
 320       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 321               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 322       {
 323         revealSeq_index = index;
 324       }
 325       else
 326       {
 327         remove(revealSeq);
 328       }
 329     }
 330   }
 331
 332   /**
 333    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 334    *
 335    * @param linkMenu
 336    * @param target
 337    *          - menu label string
 338    * @param url
 339    *          - url to open
 340    */
 341   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 342           final String url)
 343   {
 344     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 345   }
 346
 347   /**
 348    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 349    *
 350    * @param linkMenu
 351    * @param target
 352    *          - URL target window
 353    * @param label
 354    *          - menu label string
 355    * @param url
 356    *          - url to open
 357    */
 358   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 359           final String label, final String url)
 360   {
 361     MenuItem item = new MenuItem(label);
 362     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 363     {
 364       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 365       {
 366         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 367       }
 368     });
 369     linkMenu.add(item);
 370   }
 371
 372   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 373   {
 374     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 375     {
 376       abovePIDColour_itemStateChanged();
 377     }
 378     else if (evt.getSource() == showColourText)
 379     {
 380       showColourText_itemStateChanged();
 381     }
 382     else if (evt.getSource() == showText)
 383     {
 384       showText_itemStateChanged();
 385     }
 386     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 387     {
 388       showBoxes_itemStateChanged();
 389     }
 390     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 391     {
 392       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 393     }
 394   }
 395
 396   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 397   {
 398     Object source = evt.getSource();
 399     if (source == clustalColour)
 400     {
 401       clustalColour_actionPerformed();
 402     }
 403     else if (source == zappoColour)
 404     {
 405       zappoColour_actionPerformed();
 406     }
 407     else if (source == taylorColour)
 408     {
 409       taylorColour_actionPerformed();
 410     }
 411     else if (source == hydrophobicityColour)
 412     {
 413       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 414     }
 415     else if (source == helixColour)
 416     {
 417       helixColour_actionPerformed();
 418     }
 419     else if (source == strandColour)
 420     {
 421       strandColour_actionPerformed();
 422     }
 423     else if (source == turnColour)
 424     {
 425       turnColour_actionPerformed();
 426     }
 427     else if (source == buriedColour)
 428     {
 429       buriedColour_actionPerformed();
 430     }
 431     else if (source == nucleotideMenuItem)
 432     {
 433       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 434     }
 435
 436     else if (source == userDefinedColour)
 437     {
 438       userDefinedColour_actionPerformed();
 439     }
 440     else if (source == PIDColour)
 441     {
 442       PIDColour_actionPerformed();
 443     }
 444     else if (source == BLOSUM62Colour)
 445     {
 446       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 447     }
 448     else if (source == noColourmenuItem)
 449     {
 450       noColourmenuItem_actionPerformed();
 451     }
 452     else if (source == conservationMenuItem)
 453     {
 454       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 455     }
 456     else if (source == unGroupMenuItem)
 457     {
 458       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 459     }
 460
 461     else if (source == sequenceName)
 462     {
 463       editName();
 464     }
 465     else if (source == sequenceDetails)
 466     {
 467       showSequenceDetails();
 468     }
 469     else if (source == selSeqDetails)
 470     {
 471       showSequenceSelectionDetails();
 472     }
 473     else if (source == pdb)
 474     {
 475       addPDB();
 476     }
 477     else if (source == hideSeqs)
 478     {
 479       hideSequences(false);
 480     }
 481     else if (source == repGroup)
 482     {
 483       hideSequences(true);
 484     }
 485     else if (source == revealSeq)
 486     {
 487       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 488     }
 489     else if (source == revealAll)
 490     {
 491       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 492     }
 493
 494     else if (source == editGroupName)
 495     {
 496       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 497               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 498               "Group Description", ap.alignFrame,
 499               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 500
 501       if (dialog.accept)
 502       {
 503         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 504         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 505       }
 506
 507     }
 508     else if (source == copy)
 509     {
 510       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 511     }
 512     else if (source == cut)
 513     {
 514       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 515     }
 516     else if (source == editSequence)
 517     {
 518       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 519
 520       if (sg != null)
 521       {
 522         if (seq == null)
 523           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 524
 525         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 526                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 527                 "Edit Sequence ", null,
 528
 529                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 530
 531         if (dialog.accept)
 532         {
 533           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 534                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 535                           ap.av.getGapCharacter()),
 536                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 537                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 538                   ap.av.getAlignment());
 539
 540           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 541
 542           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 543                   .getSequences());
 544         }
 545       }
 546     }
 547     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 548     {
 549       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 550       Vector regions = new Vector();
 551       if (sg != null)
 552       {
 553         int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 554                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 555
 556         String description;
 557         int caseChange;
 558
 559         if (source == toggleCase)
 560         {
 561           description = "Toggle Case";
 562           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 563         }
 564         else if (source == toUpper)
 565         {
 566           description = "To Upper Case";
 567           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 568         }
 569         else
 570         {
 571           description = "To Lower Case";
 572           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 573         }
 574
 575         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 576                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 577                 startEnd, caseChange);
 578
 579         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 580
 581         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 582                 .getSequences());
 583
 584       }
 585     }
 586     else if (source == sequenceFeature)
 587     {
 588       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 589       if (sg == null)
 590       {
 591         return;
 592       }
 593
 594       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 595       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 596       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 597
 598       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 599       {
 600         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 601         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 602         if (start <= end)
 603         {
 604           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 605           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 606                   end, "Jalview");
 607           rsize++;
 608         }
 609       }
 610       rseqs = new SequenceI[rsize];
 611       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 612       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 613       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 614       features = tfeatures;
 615       seqs = rseqs;
 616
 617       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 618               features, true, ap))
 619       {
 620         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 621         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 622         ap.highlightSearchResults(null);
 623       }
 624     }
 625     else
 626     {
 627       outputText(evt);
 628     }
 629
 630   }
 631
 632   void outputText(ActionEvent e)
 633   {
 634     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 635
 636     Frame frame = new Frame();
 637     frame.add(cap);
 638     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 639             "Selection output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);
 640     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 641     // now returns a full copy of sequence data
 642     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 643
 644     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 645             e.getActionCommand(),
 646             new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 647             ap.av.showJVSuffix));
 648
 649   }
 650
 651   protected void showSequenceSelectionDetails()
 652   {
 653     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 654   }
 655
 656   protected void showSequenceDetails()
 657   {
 658     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]
 659     { seq });
 660   }
 661
 662   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 663   {
 664
 665     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 666
 667     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 668     for (SequenceI seq : sequences)
 669     {
 670       contents.append("<p><h2>Annotation for " + seq.getDisplayId(true)
 671               + "</h2></p><p>");
 672       new SequenceAnnotationReport(null)
 673               .createSequenceAnnotationReport(
 674                       contents,
 675                       seq,
 676                       true,
 677                       true,
 678                       false,
 679                       (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax
 680                               : null);
 681       contents.append("</p>");
 682     }
 683     Frame frame = new Frame();
 684     frame.add(cap);
 685     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 686             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 687                     : "Selection"), 600, 500);
 688     cap.setText("<html>" + contents.toString() + "</html>");
 689   }
 690
 691   void editName()
 692   {
 693     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 694             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 695             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 696             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 697
 698     if (dialog.accept)
 699     {
 700       seq.setName(dialog.getName());
 701       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 702       ap.paintAlignment(false);
 703     }
 704   }
 705
 706   void addPDB()
 707   {
 708     if (seq.getPDBId() != null)
 709     {
 710       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 711
 712       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 713         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 714         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 715       else
 716         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 717         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 718
 719     }
 720     else
 721     {
 722       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 723       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 724       cap.setPDBImport(seq);
 725       Frame frame = new Frame();
 726       frame.add(cap);
 727       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 728               "Paste PDB file for sequence " + seq.getName(), 400, 300);
 729     }
 730   }
 731
 732   private void jbInit() throws Exception
 733   {
 734     groupMenu.setLabel("Group");
 735     groupMenu.setLabel("Selection");
 736     sequenceFeature.addActionListener(this);
 737
 738     editGroupName.addActionListener(this);
 739     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 740     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 741
 742     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 743     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 744     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 745     abovePIDColour.addItemListener(this);
 746     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 747     showBoxes.setLabel("Boxes");
 748     showBoxes.setState(true);
 749     showBoxes.addItemListener(this);
 750     sequenceName.addActionListener(this);
 751     sequenceDetails.addActionListener(this);
 752     selSeqDetails.addActionListener(this);
 753     displayNonconserved.setLabel("Show Nonconserved");
 754     displayNonconserved.setState(false);
 755     displayNonconserved.addItemListener(this);
 756     showText.setLabel("Text");
 757     showText.addItemListener(this);
 758     showColourText.setLabel("Colour Text");
 759     showColourText.addItemListener(this);
 760     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 761     seqMenu.setLabel("Sequence");
 762     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 763     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 764     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 765     revealAll.setLabel("Reveal All");
 766     revealSeq.setLabel("Reveal Sequences");
 767     menu1.setLabel("Group");
 768     add(groupMenu);
 769     this.add(seqMenu);
 770     this.add(hideSeqs);
 771     this.add(revealSeq);
 772     this.add(revealAll);
 773     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 774     groupMenu.add(editGroupName);
 775     groupMenu.add(editMenu);
 776     groupMenu.add(outputmenu);
 777     groupMenu.add(sequenceFeature);
 778     groupMenu.add(menu1);
 779
 780     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 781     colourMenu.add(clustalColour);
 782     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 783     colourMenu.add(PIDColour);
 784     colourMenu.add(zappoColour);
 785     colourMenu.add(taylorColour);
 786     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 787     colourMenu.add(helixColour);
 788     colourMenu.add(strandColour);
 789     colourMenu.add(turnColour);
 790     colourMenu.add(buriedColour);
 791     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 792     colourMenu.add(userDefinedColour);
 793     colourMenu.addSeparator();
 794     colourMenu.add(abovePIDColour);
 795     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 796
 797     noColourmenuItem.setLabel("None");
 798     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 799
 800     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 801     clustalColour.addActionListener(this);
 802     zappoColour.setLabel("Zappo");
 803     zappoColour.addActionListener(this);
 804     taylorColour.setLabel("Taylor");
 805     taylorColour.addActionListener(this);
 806     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 807     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 808     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 809     helixColour.addActionListener(this);
 810     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 811     strandColour.addActionListener(this);
 812     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 813     turnColour.addActionListener(this);
 814     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 815     buriedColour.addActionListener(this);
 816     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 817
 818     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 819     userDefinedColour.addActionListener(this);
 820     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 821     PIDColour.addActionListener(this);
 822     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 823     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 824     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 825
 826     editMenu.add(copy);
 827     copy.addActionListener(this);
 828     editMenu.add(cut);
 829     cut.addActionListener(this);
 830
 831     editMenu.add(editSequence);
 832     editSequence.addActionListener(this);
 833
 834     editMenu.add(toUpper);
 835     toUpper.addActionListener(this);
 836     editMenu.add(toLower);
 837     toLower.addActionListener(this);
 838     editMenu.add(toggleCase);
 839     seqMenu.add(sequenceName);
 840     // seqMenu.add(sequenceDetails);
 841
 842     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 843     {
 844       seqMenu.add(pdb);
 845     }
 846     seqMenu.add(repGroup);
 847     menu1.add(unGroupMenuItem);
 848     menu1.add(colourMenu);
 849     menu1.add(showBoxes);
 850     menu1.add(showText);
 851     menu1.add(showColourText);
 852     menu1.add(displayNonconserved);
 853     toggleCase.addActionListener(this);
 854     pdb.addActionListener(this);
 855     hideSeqs.addActionListener(this);
 856     repGroup.addActionListener(this);
 857     revealAll.addActionListener(this);
 858     revealSeq.addActionListener(this);
 859   }
 860
 861   void refresh()
 862   {
 863     ap.paintAlignment(true);
 864   }
 865
 866   protected void clustalColour_actionPerformed()
 867   {
 868     SequenceGroup sg = getGroup();
 869     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
 870     refresh();
 871   }
 872
 873   protected void zappoColour_actionPerformed()
 874   {
 875     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 876     refresh();
 877   }
 878
 879   protected void taylorColour_actionPerformed()
 880   {
 881     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 882     refresh();
 883   }
 884
 885   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 886   {
 887     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 888     refresh();
 889   }
 890
 891   protected void helixColour_actionPerformed()
 892   {
 893     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 894     refresh();
 895   }
 896
 897   protected void strandColour_actionPerformed()
 898   {
 899     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 900     refresh();
 901   }
 902
 903   protected void turnColour_actionPerformed()
 904   {
 905     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 906     refresh();
 907   }
 908
 909   protected void buriedColour_actionPerformed()
 910   {
 911     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 912     refresh();
 913   }
 914
 915   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 916   {
 917     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 918     refresh();
 919   }
 920
 921   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 922   {
 923     SequenceGroup sg = getGroup();
 924     if (sg.cs == null)
 925     {
 926       return;
 927     }
 928
 929     if (abovePIDColour.getState())
 930     {
 931       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 932               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 933       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 934               .getName());
 935
 936       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 937
 938       SliderPanel.showPIDSlider();
 939
 940     }
 941     else
 942     // remove PIDColouring
 943     {
 944       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 945     }
 946
 947     refresh();
 948
 949   }
 950
 951   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 952   {
 953     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 954   }
 955
 956   protected void PIDColour_actionPerformed()
 957   {
 958     SequenceGroup sg = getGroup();
 959     sg.cs = new PIDColourScheme();
 960     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 961             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 962     refresh();
 963   }
 964
 965   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 966   {
 967     SequenceGroup sg = getGroup();
 968
 969     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 970
 971     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
 972             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
 973
 974     refresh();
 975   }
 976
 977   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 978   {
 979     getGroup().cs = null;
 980     refresh();
 981   }
 982
 983   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 984   {
 985     SequenceGroup sg = getGroup();
 986     if (sg.cs == null)
 987     {
 988       return;
 989     }
 990
 991     if (conservationMenuItem.getState())
 992     {
 993
 994       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
 995               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
 996                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
 997                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
 998       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 999       SliderPanel.showConservationSlider();
1000     }
1001     else
1002     // remove ConservationColouring
1003     {
1004       sg.cs.setConservation(null);
1005     }
1006
1007     refresh();
1008   }
1009
1010   SequenceGroup getGroup()
1011   {
1012     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1013
1014     // this method won't add a new group if it already exists
1015     if (sg != null)
1016     {
1017       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1018     }
1019
1020     return sg;
1021   }
1022
1023   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1024   {
1025     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1026     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1027     ap.av.setSelectionGroup(null);
1028     ap.paintAlignment(true);
1029   }
1030
1031   public void showColourText_itemStateChanged()
1032   {
1033     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1034     refresh();
1035   }
1036
1037   public void showText_itemStateChanged()
1038   {
1039     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1040     refresh();
1041   }
1042
1043   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1044   {
1045     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1046     refresh();
1047   }
1048
1049   public void showBoxes_itemStateChanged()
1050   {
1051     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1052     refresh();
1053   }
1054
1055   void hideSequences(boolean representGroup)
1056   {
1057     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1058     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1059     {
1060       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1061       { seq });
1062       return;
1063     }
1064
1065     ap.av.setSelectionGroup(null);
1066
1067     if (representGroup)
1068     {
1069       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1070
1071       return;
1072     }
1073
1074     int gsize = sg.getSize();
1075     SequenceI[] hseqs;
1076
1077     hseqs = new SequenceI[gsize];
1078
1079     int index = 0;
1080     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1081     {
1082       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1083     }
1084
1085     ap.av.hideSequence(hseqs);
1086     ap.av.sendSelection();
1087   }
1088
1089 }