src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.bin.JalviewLite;
  28 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand;
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  38 import jalview.io.DataSourceType;
  39 import jalview.io.FileFormatI;
  40 import jalview.io.FileFormats;
  41 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  42 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  43 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  44 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  45 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  46 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  47 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  48 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  49 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  50 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  51 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  52 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  53 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  54 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  55 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  56 import jalview.util.MessageManager;
  57 import jalview.util.UrlLink;
  58
  59 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  60 import java.awt.Frame;
  61 import java.awt.Menu;
  62 import java.awt.MenuItem;
  63 import java.awt.event.ActionEvent;
  64 import java.awt.event.ActionListener;
  65 import java.awt.event.ItemEvent;
  66 import java.awt.event.ItemListener;
  67 import java.util.Arrays;
  68 import java.util.Collection;
  69 import java.util.Collections;
  70 import java.util.LinkedHashMap;
  71 import java.util.List;
  72 import java.util.Map;
  73 import java.util.SortedMap;
  74 import java.util.TreeMap;
  75 import java.util.Vector;
  76
  77 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  78         ActionListener, ItemListener
  79 {
  80   Menu groupMenu = new Menu();
  81
  82   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  83
  84   CheckboxMenuItem noColour = new CheckboxMenuItem();
  85
  86   protected CheckboxMenuItem clustalColour = new CheckboxMenuItem();
  87
  88   protected CheckboxMenuItem zappoColour = new CheckboxMenuItem();
  89
  90   protected CheckboxMenuItem taylorColour = new CheckboxMenuItem();
  91
  92   protected CheckboxMenuItem hydrophobicityColour = new CheckboxMenuItem();
  93
  94   protected CheckboxMenuItem helixColour = new CheckboxMenuItem();
  95
  96   protected CheckboxMenuItem strandColour = new CheckboxMenuItem();
  97
  98   protected CheckboxMenuItem turnColour = new CheckboxMenuItem();
  99
 100   protected CheckboxMenuItem buriedColour = new CheckboxMenuItem();
 101
 102   protected CheckboxMenuItem PIDColour = new CheckboxMenuItem();
 103
 104   protected CheckboxMenuItem BLOSUM62Colour = new CheckboxMenuItem();
 105
 106   CheckboxMenuItem nucleotideColour = new CheckboxMenuItem();
 107
 108   CheckboxMenuItem purinePyrimidineColour = new CheckboxMenuItem();
 109
 110   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
 111
 112   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
 113
 114   protected CheckboxMenuItem conservationColour = new CheckboxMenuItem();
 115
 116   final AlignmentPanel ap;
 117
 118   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
 119
 120   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
 121
 122   Menu colourMenu = new Menu();
 123
 124   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
 125
 126   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
 127
 128   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
 129
 130   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
 131
 132   Menu seqShowAnnotationsMenu = new Menu(
 133           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 134
 135   Menu seqHideAnnotationsMenu = new Menu(
 136           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 137
 138   MenuItem seqAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 139           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 140
 141   Menu groupShowAnnotationsMenu = new Menu(
 142           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 143
 144   Menu groupHideAnnotationsMenu = new Menu(
 145           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 146
 147   MenuItem groupAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 148           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 149
 150   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
 151
 152   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
 153
 154   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
 155
 156   MenuItem toUpper = new MenuItem(
 157           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 158
 159   MenuItem toLower = new MenuItem(
 160           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 161
 162   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 163           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 164
 165   Menu outputmenu = new Menu();
 166
 167   Menu seqMenu = new Menu();
 168
 169   MenuItem pdb = new MenuItem();
 170
 171   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 172
 173   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 174
 175   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 176           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 177
 178   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 179           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 180
 181   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 182           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 183
 184   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 185           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 186
 187   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 188           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 189
 190   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 191
 192   SequenceI seq;
 193
 194   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 195
 196   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 197
 198   /**
 199    * index of sequence to be revealed
 200    */
 201   int revealSeq_index = -1;
 202
 203   Menu menu1 = new Menu();
 204
 205   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 206           Vector<String> links)
 207   {
 208     // /////////////////////////////////////////////////////////
 209     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 210     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 211     //
 212     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 213     // ////////////////////////////////////////////////////////
 214
 215     this.ap = apanel;
 216     this.seq = seq;
 217
 218     try
 219     {
 220       jbInit();
 221     } catch (Exception e)
 222     {
 223       e.printStackTrace();
 224     }
 225
 226     for (String ff : FileFormats.getInstance().getWritableFormats(true))
 227     {
 228       MenuItem item = new MenuItem(ff);
 229
 230       item.addActionListener(this);
 231       outputmenu.add(item);
 232     }
 233
 234     buildAnnotationSubmenus();
 235
 236     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 237     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 238     {
 239       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 240               "label.name_param", new Object[] { sg.getName() }));
 241       showText.setState(sg.getDisplayText());
 242       showColourText.setState(sg.getColourText());
 243       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 244       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 245       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 246       {
 247         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 248         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 249       }
 250       else
 251       {
 252         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 253         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 254         if (sg.cs != null)
 255         {
 256           abovePIDColour.setState(sg.cs.getThreshold() > 0);
 257           conservationColour.setState(sg.cs.conservationApplied());
 258         }
 259       }
 260       setSelectedColour(sg.cs);
 261     }
 262     else
 263     {
 264       remove(hideSeqs);
 265       remove(groupMenu);
 266     }
 267
 268     if (links != null && links.size() > 0)
 269     {
 270       addFeatureLinks(seq, links);
 271     }
 272
 273     // TODO: add group link menu entry here
 274     if (seq != null)
 275     {
 276       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 277       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 278       {
 279         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 280                 .getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark
 281                                                           // representative");
 282       }
 283       else
 284       {
 285         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 286                 .getString("action.set_as_reference")); // );
 287       }
 288       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 289               "label.represent_group_with", new Object[] { seq.getName() }));
 290     }
 291     else
 292     {
 293       remove(seqMenu);
 294     }
 295
 296     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 297     {
 298       remove(revealAll);
 299       remove(revealSeq);
 300     }
 301     else
 302     {
 303       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 304
 305       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 306               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 307       {
 308         revealSeq_index = index;
 309       }
 310       else
 311       {
 312         remove(revealSeq);
 313       }
 314     }
 315   }
 316
 317   /**
 318    * Select the menu item (if any) matching the current colour scheme. This
 319    * works by matching the menu item name (not display text) to the canonical
 320    * name of the colour scheme.
 321    *
 322    * @param cs
 323    */
 324   protected void setSelectedColour(ColourSchemeI cs)
 325   {
 326     if (cs == null)
 327     {
 328       noColour.setState(true);
 329     }
 330     else
 331     {
 332       for (int i = 0; i < colourMenu.getItemCount(); i++)
 333       {
 334         MenuItem item = colourMenu.getItem(i);
 335         if (item instanceof CheckboxMenuItem)
 336         {
 337           if (cs.getSchemeName().equals(item.getName()))
 338           {
 339             ((CheckboxMenuItem) item).setState(true);
 340           }
 341         }
 342       }
 343     }
 344   }
 345
 346   /**
 347    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 348    *
 349    * @param seq
 350    * @param links
 351    */
 352   void addFeatureLinks(final SequenceI seq, List<String> links)
 353   {
 354     Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 355     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<String, List<String>>();
 356
 357     for (String link : links)
 358     {
 359       UrlLink urlLink = null;
 360       try
 361       {
 362         urlLink = new UrlLink(link);
 363       } catch (Exception foo)
 364       {
 365         System.err.println("Exception for URLLink '" + link + "': "
 366                 + foo.getMessage());
 367         continue;
 368       }
 369
 370       if (!urlLink.isValid())
 371       {
 372         System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 373         continue;
 374       }
 375
 376       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 377     }
 378
 379     addshowLinks(linkMenu, linkset.values());
 380
 381     // disable link menu if there are no valid entries
 382     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 383     {
 384       linkMenu.setEnabled(true);
 385     }
 386     else
 387     {
 388       linkMenu.setEnabled(false);
 389     }
 390
 391     if (seq != null)
 392     {
 393       seqMenu.add(linkMenu);
 394     }
 395     else
 396     {
 397       add(linkMenu);
 398     }
 399
 400   }
 401
 402   private void addshowLinks(Menu linkMenu, Collection<List<String>> linkset)
 403   {
 404     for (List<String> linkstrset : linkset)
 405     {
 406       // split linkstr into label and url
 407       addshowLink(linkMenu, linkstrset.get(1), linkstrset.get(3));
 408     }
 409   }
 410
 411   /**
 412    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 413    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.
 414    */
 415   private void buildAnnotationSubmenus()
 416   {
 417     /*
 418      * First for the currently selected sequence (if there is one):
 419      */
 420     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 421             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 422     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 423             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 424     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 425             selectedSequence);
 426
 427     /*
 428      * and repeat for the current selection group (if there is one):
 429      */
 430     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 431             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 432             .getSequences());
 433     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 434             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 435     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 436             selectedGroup);
 437   }
 438
 439   /**
 440    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.
 441    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected
 442    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).
 443    *
 444    * @param menu
 445    * @param forSequences
 446    */
 447   private void configureReferenceAnnotationsMenu(MenuItem menuItem,
 448           List<SequenceI> forSequences)
 449   {
 450     menuItem.setEnabled(false);
 451
 452     /*
 453      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
 454      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
 455      */
 456     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
 457     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
 458     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
 459     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
 460             tipEntries, candidates, al);
 461     if (!candidates.isEmpty())
 462     {
 463       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
 464       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
 465
 466       /*
 467        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
 468        * configure its action.
 469        */
 470       menuItem.setEnabled(true);
 471
 472       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 473       {
 474         @Override
 475         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 476         {
 477           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
 478         }
 479       });
 480     }
 481   }
 482
 483   /**
 484    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
 485    *
 486    * @param candidates
 487    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
 488    *          of annotations to add to each sequence
 489    */
 490   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
 491           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
 492   {
 493     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
 494     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
 495     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
 496             selectionGroup);
 497     refresh();
 498   }
 499
 500   /**
 501    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 502    *
 503    * @param linkMenu
 504    * @param target
 505    *          - menu label string
 506    * @param url
 507    *          - url to open
 508    */
 509   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 510           final String url)
 511   {
 512     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 513   }
 514
 515   /**
 516    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 517    *
 518    * @param linkMenu
 519    * @param target
 520    *          - URL target window
 521    * @param label
 522    *          - menu label string
 523    * @param url
 524    *          - url to open
 525    */
 526   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 527           final String label, final String url)
 528   {
 529     MenuItem item = new MenuItem(label);
 530     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 531     {
 532       @Override
 533       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 534       {
 535         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 536       }
 537     });
 538     linkMenu.add(item);
 539   }
 540
 541   /**
 542    * Actions on selecting / unselecting a checkbox menu item
 543    */
 544   @Override
 545   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 546   {
 547     Object source = evt.getSource();
 548     if (source == noColour)
 549     {
 550       noColourmenuItem_actionPerformed();
 551     }
 552     else if (source == clustalColour)
 553     {
 554       clustalColour_actionPerformed();
 555     }
 556     else if (source == BLOSUM62Colour)
 557     {
 558       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 559     }
 560     else if (source == PIDColour)
 561     {
 562       PIDColour_actionPerformed();
 563     }
 564     else if (source == zappoColour)
 565     {
 566       zappoColour_actionPerformed();
 567     }
 568     else if (source == taylorColour)
 569     {
 570       taylorColour_actionPerformed();
 571     }
 572     else if (source == hydrophobicityColour)
 573     {
 574       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 575     }
 576     else if (source == helixColour)
 577     {
 578       helixColour_actionPerformed();
 579     }
 580     else if (source == strandColour)
 581     {
 582       strandColour_actionPerformed();
 583     }
 584     else if (source == turnColour)
 585     {
 586       turnColour_actionPerformed();
 587     }
 588     else if (source == buriedColour)
 589     {
 590       buriedColour_actionPerformed();
 591     }
 592     else if (source == nucleotideColour)
 593     {
 594       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 595     }
 596     else if (source == purinePyrimidineColour)
 597     {
 598       purinePyrimidineColour_actionPerformed();
 599     }
 600     else if (source == abovePIDColour)
 601     {
 602       abovePIDColour_itemStateChanged();
 603     }
 604     else if (source == conservationColour)
 605     {
 606       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 607     }
 608     else if (source == showColourText)
 609     {
 610       showColourText_itemStateChanged();
 611     }
 612     else if (source == showText)
 613     {
 614       showText_itemStateChanged();
 615     }
 616     else if (source == showBoxes)
 617     {
 618       showBoxes_itemStateChanged();
 619     }
 620     else if (source == displayNonconserved)
 621     {
 622       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 623     }
 624   }
 625
 626   /**
 627    * Actions on clicking a menu item
 628    */
 629   @Override
 630   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 631   {
 632     Object source = evt.getSource();
 633     if (source == userDefinedColour)
 634     {
 635       userDefinedColour_actionPerformed();
 636     }
 637     else if (source == unGroupMenuItem)
 638     {
 639       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 640     }
 641
 642     else if (source == createGroupMenuItem)
 643     {
 644       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 645     }
 646
 647     else if (source == sequenceName)
 648     {
 649       editName();
 650     }
 651     else if (source == makeReferenceSeq)
 652     {
 653       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 654     }
 655     else if (source == sequenceDetails)
 656     {
 657       showSequenceDetails();
 658     }
 659     else if (source == selSeqDetails)
 660     {
 661       showSequenceSelectionDetails();
 662     }
 663     else if (source == pdb)
 664     {
 665       addPDB();
 666     }
 667     else if (source == hideSeqs)
 668     {
 669       hideSequences(false);
 670     }
 671     else if (source == repGroup)
 672     {
 673       hideSequences(true);
 674     }
 675     else if (source == revealSeq)
 676     {
 677       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 678     }
 679     else if (source == revealAll)
 680     {
 681       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 682     }
 683
 684     else if (source == editGroupName)
 685     {
 686       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 687               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 688               "Group Description", ap.alignFrame,
 689               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 690
 691       if (dialog.accept)
 692       {
 693         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 694         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 695       }
 696
 697     }
 698     else if (source == copy)
 699     {
 700       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 701     }
 702     else if (source == cut)
 703     {
 704       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 705     }
 706     else if (source == editSequence)
 707     {
 708       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 709
 710       if (sg != null)
 711       {
 712         if (seq == null)
 713         {
 714           seq = sg.getSequenceAt(0);
 715         }
 716
 717         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 718                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 719                 "Edit Sequence ", null,
 720
 721                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 722
 723         if (dialog.accept)
 724         {
 725           EditCommand editCommand = new EditCommand(
 726                   MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 727                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 728                           ap.av.getGapCharacter()),
 729                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 730                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 731                   ap.av.getAlignment());
 732
 733           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 734
 735           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 736                   .getSequences());
 737         }
 738       }
 739     }
 740     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 741     {
 742       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 743       if (sg != null)
 744       {
 745         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 746                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 747
 748         String description;
 749         int caseChange;
 750
 751         if (source == toggleCase)
 752         {
 753           description = "Toggle Case";
 754           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 755         }
 756         else if (source == toUpper)
 757         {
 758           description = "To Upper Case";
 759           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 760         }
 761         else
 762         {
 763           description = "To Lower Case";
 764           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 765         }
 766
 767         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 768                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 769                 startEnd, caseChange);
 770
 771         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 772
 773         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 774                 .getSequences());
 775
 776       }
 777     }
 778     else if (source == sequenceFeature)
 779     {
 780       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 781       if (sg == null)
 782       {
 783         return;
 784       }
 785
 786       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 787       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 788       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 789
 790       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 791       {
 792         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 793         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 794         if (start <= end)
 795         {
 796           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 797           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 798                   end, "Jalview");
 799           rsize++;
 800         }
 801       }
 802       rseqs = new SequenceI[rsize];
 803       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 804       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 805       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 806       features = tfeatures;
 807       seqs = rseqs;
 808
 809       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 810               features, true, ap))
 811       {
 812         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 813         ap.av.setShowSequenceFeatures(true);
 814         ;
 815         ap.highlightSearchResults(null);
 816       }
 817     }
 818     else
 819     {
 820       outputText(evt);
 821     }
 822
 823   }
 824
 825   void outputText(ActionEvent e)
 826   {
 827     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 828
 829     Frame frame = new Frame();
 830     frame.add(cap);
 831     JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 832             "label.selection_output_command",
 833             new Object[] { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 834     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 835     // now returns a full copy of sequence data
 836     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 837
 838     FileFormatI fileFormat = FileFormats.getInstance().forName(
 839             e.getActionCommand());
 840     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(fileFormat,
 841             ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));
 842
 843   }
 844
 845   protected void showSequenceSelectionDetails()
 846   {
 847     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 848   }
 849
 850   protected void showSequenceDetails()
 851   {
 852     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { seq });
 853   }
 854
 855   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 856   {
 857
 858     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 859
 860     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
 861     for (SequenceI seq : sequences)
 862     {
 863       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 864               "label.annotation_for_displayid",
 865               new Object[] { seq.getDisplayId(true) }));
 866       new SequenceAnnotationReport(null).createSequenceAnnotationReport(
 867               contents,
 868               seq,
 869               true,
 870               true,
 871               (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr
 872                       .getMinMax() : null);
 873       contents.append("</p>");
 874     }
 875     Frame frame = new Frame();
 876     frame.add(cap);
 877     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 878             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 879                     : "Selection"), 600, 500);
 880     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 881             new Object[] { contents.toString() }));
 882   }
 883
 884   void editName()
 885   {
 886     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 887             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 888             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 889             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 890
 891     if (dialog.accept)
 892     {
 893       seq.setName(dialog.getName());
 894       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 895       ap.paintAlignment(false);
 896     }
 897   }
 898
 899   void addPDB()
 900   {
 901     Vector<PDBEntry> pdbs = seq.getAllPDBEntries();
 902     if (pdbs != null&& !pdbs.isEmpty())
 903     {
 904       PDBEntry entry = pdbs.firstElement();
 905
 906       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 907       {
 908         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new SequenceI[] { seq },
 909                 null, ap, DataSourceType.URL);
 910       }
 911       else
 912       {
 913         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[] { seq }, null,
 914                 ap, DataSourceType.URL);
 915       }
 916
 917     }
 918     else
 919     {
 920       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 921       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 922       cap.setPDBImport(seq);
 923       Frame frame = new Frame();
 924       frame.add(cap);
 925       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 926               "label.paste_pdb_file_for_sequence",
 927               new Object[] { seq.getName() }), 400, 300);
 928     }
 929   }
 930
 931   private void jbInit() throws Exception
 932   {
 933     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 934     sequenceFeature.addActionListener(this);
 935
 936     editGroupName.addActionListener(this);
 937     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 938             .getString("action.remove_group"));
 939     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 940
 941     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 942             .getString("action.create_group"));
 943     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 944
 945     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 946     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 947     showBoxes.setState(true);
 948     showBoxes.addItemListener(this);
 949     sequenceName.addActionListener(this);
 950     sequenceDetails.addActionListener(this);
 951     selSeqDetails.addActionListener(this);
 952     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 953             .getString("label.show_non_conserved"));
 954     displayNonconserved.setState(false);
 955     displayNonconserved.addItemListener(this);
 956     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 957     showText.addItemListener(this);
 958     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 959     showColourText.addItemListener(this);
 960     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 961     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 962     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 963     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 964     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 965             "label.represent_group_with", new Object[] { "" }));
 966     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 967     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 968     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group:"));
 969     add(groupMenu);
 970     this.add(seqMenu);
 971     this.add(hideSeqs);
 972     this.add(revealSeq);
 973     this.add(revealAll);
 974     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 975     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
 976     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
 977     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
 978     groupMenu.add(editMenu);
 979     groupMenu.add(outputmenu);
 980     groupMenu.add(sequenceFeature);
 981     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 982     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 983     groupMenu.add(menu1);
 984
 985     colourMenu.add(noColour);
 986     colourMenu.add(clustalColour);
 987     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 988     colourMenu.add(PIDColour);
 989     colourMenu.add(zappoColour);
 990     colourMenu.add(taylorColour);
 991     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 992     colourMenu.add(helixColour);
 993     colourMenu.add(strandColour);
 994     colourMenu.add(turnColour);
 995     colourMenu.add(buriedColour);
 996     colourMenu.add(nucleotideColour);
 997     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);
 998     colourMenu.add(userDefinedColour);
 999     colourMenu.addSeparator();
1000     colourMenu.add(abovePIDColour);
1001     colourMenu.add(conservationColour);
1002
1003     noColour.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
1004     noColour.addItemListener(this);
1005
1006     /*
1007      * setName allows setSelectedColour to do its thing
1008      */
1009     clustalColour.setLabel(MessageManager
1010             .getString("label.colourScheme_clustal"));
1011     clustalColour.setName(JalviewColourScheme.Clustal.toString());
1012     clustalColour.addItemListener(this);
1013     BLOSUM62Colour.setLabel(MessageManager
1014             .getString("label.colourScheme_blosum62"));
1015     BLOSUM62Colour.setName(JalviewColourScheme.Blosum62.toString());
1016     BLOSUM62Colour.addItemListener(this);
1017     PIDColour.setLabel(MessageManager
1018             .getString("label.colourScheme_%_identity"));
1019     PIDColour.setName(JalviewColourScheme.PID.toString());
1020     PIDColour.addItemListener(this);
1021     zappoColour.setLabel(MessageManager
1022             .getString("label.colourScheme_zappo"));
1023     zappoColour.setName(JalviewColourScheme.Zappo.toString());
1024     zappoColour.addItemListener(this);
1025     taylorColour.setLabel(MessageManager
1026             .getString("label.colourScheme_taylor"));
1027     taylorColour.setName(JalviewColourScheme.Taylor.toString());
1028     taylorColour.addItemListener(this);
1029     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager
1030             .getString("label.colourScheme_hydrophobic"));
1031     hydrophobicityColour
1032             .setName(JalviewColourScheme.Hydrophobic.toString());
1033     hydrophobicityColour.addItemListener(this);
1034     helixColour.setLabel(MessageManager
1035             .getString("label.colourScheme_helix_propensity"));
1036     helixColour.setName(JalviewColourScheme.Helix.toString());
1037     helixColour.addItemListener(this);
1038     strandColour.setLabel(MessageManager
1039             .getString("label.colourScheme_strand_propensity"));
1040     strandColour.setName(JalviewColourScheme.Strand.toString());
1041     strandColour.addItemListener(this);
1042     turnColour.setLabel(MessageManager
1043             .getString("label.colourScheme_turn_propensity"));
1044     turnColour.setName(JalviewColourScheme.Turn.toString());
1045     turnColour.addItemListener(this);
1046     buriedColour.setLabel(MessageManager
1047             .getString("label.colourScheme_buried_index"));
1048     buriedColour.setName(JalviewColourScheme.Buried.toString());
1049     buriedColour.addItemListener(this);
1050     nucleotideColour.setLabel(MessageManager
1051             .getString("label.colourScheme_nucleotide"));
1052     nucleotideColour.setName(JalviewColourScheme.Nucleotide.toString());
1053     nucleotideColour.addItemListener(this);
1054     purinePyrimidineColour.setLabel(MessageManager
1055             .getString("label.colourScheme_purine/pyrimidine"));
1056     purinePyrimidineColour.setName(JalviewColourScheme.PurinePyrimidine
1057             .toString());
1058     purinePyrimidineColour.addItemListener(this);
1059
1060     userDefinedColour.setLabel(MessageManager
1061             .getString("action.user_defined"));
1062     userDefinedColour.addActionListener(this);
1063
1064     abovePIDColour.setLabel(MessageManager
1065             .getString("label.above_identity_threshold"));
1066     abovePIDColour.addItemListener(this);
1067     conservationColour.setLabel(MessageManager
1068             .getString("label.conservation"));
1069     conservationColour.addItemListener(this);
1070
1071     editMenu.add(copy);
1072     copy.addActionListener(this);
1073     editMenu.add(cut);
1074     cut.addActionListener(this);
1075
1076     editMenu.add(editSequence);
1077     editSequence.addActionListener(this);
1078
1079     editMenu.add(toUpper);
1080     toUpper.addActionListener(this);
1081     editMenu.add(toLower);
1082     toLower.addActionListener(this);
1083     editMenu.add(toggleCase);
1084     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1085     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1086     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1087     seqMenu.add(sequenceName);
1088     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
1089     // seqMenu.add(sequenceDetails);
1090
1091     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
1092     {
1093       seqMenu.add(pdb);
1094     }
1095     seqMenu.add(repGroup);
1096     menu1.add(editGroupName);
1097     menu1.add(colourMenu);
1098     menu1.add(showBoxes);
1099     menu1.add(showText);
1100     menu1.add(showColourText);
1101     menu1.add(displayNonconserved);
1102     toggleCase.addActionListener(this);
1103     pdb.addActionListener(this);
1104     hideSeqs.addActionListener(this);
1105     repGroup.addActionListener(this);
1106     revealAll.addActionListener(this);
1107     revealSeq.addActionListener(this);
1108     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
1109   }
1110
1111   void refresh()
1112   {
1113     ap.paintAlignment(true);
1114   }
1115
1116   protected void clustalColour_actionPerformed()
1117   {
1118     SequenceGroup sg = getGroup();
1119     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
1120     refresh();
1121   }
1122
1123   protected void zappoColour_actionPerformed()
1124   {
1125     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
1126     refresh();
1127   }
1128
1129   protected void taylorColour_actionPerformed()
1130   {
1131     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
1132     refresh();
1133   }
1134
1135   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1136   {
1137     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
1138     refresh();
1139   }
1140
1141   protected void helixColour_actionPerformed()
1142   {
1143     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
1144     refresh();
1145   }
1146
1147   protected void strandColour_actionPerformed()
1148   {
1149     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
1150     refresh();
1151   }
1152
1153   protected void turnColour_actionPerformed()
1154   {
1155     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
1156     refresh();
1157   }
1158
1159   protected void buriedColour_actionPerformed()
1160   {
1161     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
1162     refresh();
1163   }
1164
1165   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1166   {
1167     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
1168     refresh();
1169   }
1170
1171   public void purinePyrimidineColour_actionPerformed()
1172   {
1173     getGroup().cs = new PurinePyrimidineColourScheme();
1174     refresh();
1175   }
1176
1177   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
1178   {
1179     SequenceGroup sg = getGroup();
1180     if (sg.cs == null)
1181     {
1182       return;
1183     }
1184
1185     if (abovePIDColour.getState())
1186     {
1187       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1188               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1189       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1190               .getName());
1191
1192       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1193
1194       SliderPanel.showPIDSlider();
1195
1196     }
1197     else
1198     // remove PIDColouring
1199     {
1200       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1201     }
1202
1203     refresh();
1204
1205   }
1206
1207   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1208   {
1209     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1210   }
1211
1212   protected void PIDColour_actionPerformed()
1213   {
1214     SequenceGroup sg = getGroup();
1215     sg.cs = new PIDColourScheme();
1216     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1217             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1218     refresh();
1219   }
1220
1221   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1222   {
1223     SequenceGroup sg = getGroup();
1224
1225     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1226
1227     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1228             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1229
1230     refresh();
1231   }
1232
1233   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1234   {
1235     getGroup().cs = null;
1236     refresh();
1237   }
1238
1239   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1240   {
1241     SequenceGroup sg = getGroup();
1242     if (sg.cs == null)
1243     {
1244       return;
1245     }
1246
1247     if (conservationColour.getState())
1248     {
1249       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group", sg
1250               .getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0, ap.av
1251               .getAlignment().getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(),
1252               false));
1253       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1254       SliderPanel.showConservationSlider();
1255     }
1256     else
1257     // remove ConservationColouring
1258     {
1259       sg.cs.setConservation(null);
1260     }
1261
1262     refresh();
1263   }
1264
1265   SequenceGroup getGroup()
1266   {
1267     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1268
1269     // this method won't add a new group if it already exists
1270     if (sg != null)
1271     {
1272       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1273     }
1274
1275     return sg;
1276   }
1277
1278   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1279   {
1280     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1281     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1282     ap.av.setSelectionGroup(null);
1283     ap.paintAlignment(true);
1284   }
1285
1286   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1287   {
1288     getGroup(); // implicitly create group
1289     refresh();
1290   }
1291
1292   public void showColourText_itemStateChanged()
1293   {
1294     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1295     refresh();
1296   }
1297
1298   public void showText_itemStateChanged()
1299   {
1300     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1301     refresh();
1302   }
1303
1304   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1305   {
1306     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1307     {
1308       // initialise the display flags so the user sees something happen
1309       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1310       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1311       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1312     }
1313     else
1314     {
1315       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1316       {
1317         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1318       }
1319       else
1320       {
1321         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1322       }
1323     }
1324     refresh();
1325   }
1326
1327   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1328   {
1329     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1330     refresh();
1331   }
1332
1333   public void showBoxes_itemStateChanged()
1334   {
1335     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1336     refresh();
1337   }
1338
1339   void hideSequences(boolean representGroup)
1340   {
1341     ap.av.hideSequences(seq, representGroup);
1342   }
1343
1344   /**
1345    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
1346    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
1347    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
1348    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
1349    * <p>
1350    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
1351    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
1352    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
1353    * composite type name, e.g.
1354    * <p>
1355    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
1356    *
1357    * @param seq
1358    */
1359   protected void buildAnnotationTypesMenus(Menu showMenu, Menu hideMenu,
1360           List<SequenceI> forSequences)
1361   {
1362     showMenu.removeAll();
1363     hideMenu.removeAll();
1364
1365     final List<String> all = Arrays.asList(new String[] { MessageManager
1366             .getString("label.all") });
1367     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
1368     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
1369             false);
1370     showMenu.addSeparator();
1371     hideMenu.addSeparator();
1372
1373     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1374             .getAlignmentAnnotation();
1375
1376     /*
1377      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1378      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1379      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1380      * alignment.
1381      */
1382     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1383     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1384     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1385             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1386
1387     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1388     {
1389       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1390       {
1391         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1392                 false, true);
1393       }
1394     }
1395     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1396     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1397
1398     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1399     {
1400       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1401       {
1402         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1403                 false, false);
1404       }
1405     }
1406     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1407     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1408   }
1409
1410   /**
1411    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1412    * menus.
1413    *
1414    * @param showOrHideMenu
1415    *          the menu to add to
1416    * @param forSequences
1417    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1418    * @param calcId
1419    * @param types
1420    *          the label to add
1421    * @param allTypes
1422    *          if true this is a special label meaning 'All'
1423    * @param actionIsShow
1424    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1425    *          type, else hide
1426    */
1427   protected void addAnnotationTypeToShowHide(Menu showOrHideMenu,
1428           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1429           final List<String> types, final boolean allTypes,
1430           final boolean actionIsShow)
1431   {
1432     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1433     label = label.substring(1, label.length() - 1);
1434     final MenuItem item = new MenuItem(label);
1435     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1436     {
1437       @Override
1438       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1439       {
1440         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1441                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1442         refresh();
1443       }
1444     });
1445     showOrHideMenu.add(item);
1446   }
1447
1448 }