src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.commands.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29 import jalview.util.UrlLink;
  30 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  31
  32 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  33         ActionListener, ItemListener
  34 {
  35   Menu groupMenu = new Menu();
  36
  37   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  38
  39   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  40
  41   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  42
  43   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  44
  45   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  46
  47   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  48
  49   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  50
  51   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  52
  53   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  54
  55   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  56
  57   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  58
  59   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  60
  61   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  62
  63   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  64
  65   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  66
  67   final AlignmentPanel ap;
  68
  69   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  70
  71   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  72
  73   Menu colourMenu = new Menu();
  74
  75   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  76
  77   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  78
  79   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  80
  81   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  82
  83   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  84
  85   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  86
  87   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  88
  89   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  90
  91   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  92
  93   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  94
  95   Menu outputmenu = new Menu();
  96
  97   Menu seqMenu = new Menu();
  98
  99   MenuItem pdb = new MenuItem();
 100
 101   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 102
 103   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 104
 105   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 106
 107   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 108
 109   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 110
 111   Sequence seq;
 112
 113   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 114
 115   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 116   /**
 117    * index of sequence to be revealed
 118    */
 119   int revealSeq_index=-1;
 120   Menu menu1 = new Menu();
 121
 122   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 123   {
 124     // /////////////////////////////////////////////////////////
 125     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 126     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 127     //
 128     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 129     // ////////////////////////////////////////////////////////
 130
 131     this.ap = apanel;
 132     this.seq = seq;
 133
 134     try
 135     {
 136       jbInit();
 137     } catch (Exception e)
 138     {
 139       e.printStackTrace();
 140     }
 141
 142     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 143     {
 144       MenuItem item = new MenuItem(
 145               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 146
 147       item.addActionListener(this);
 148       outputmenu.add(item);
 149     }
 150
 151     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 152
 153     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 154     {
 155       editGroupName.setLabel("Name: "+sg.getName());
 156       showText.setState(sg.getDisplayText());
 157       showColourText.setState(sg.getColourText());
 158       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 159       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 160       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 161       {
 162         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 163       }
 164
 165     }
 166     else
 167     {
 168       remove(hideSeqs);
 169       remove(groupMenu);
 170     }
 171
 172     if (links != null && links.size() > 0)
 173     {
 174       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 175       String link;
 176       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 177       {
 178         link = links.elementAt(i).toString();
 179         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 180         if (!urlLink.isValid())
 181         {
 182           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 183           continue;
 184         }
 185         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 186         // link.indexOf("|"));
 187         final String label = urlLink.getLabel();
 188         if (seq!=null && urlLink.isDynamic())
 189         {
 190
 191           // collect matching db-refs
 192           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 193                   seq.getDBRef(), new String[]
 194                   { target });
 195           // collect id string too
 196           String id = seq.getName();
 197           String descr = seq.getDescription();
 198           if (descr != null && descr.length() < 1)
 199           {
 200             descr = null;
 201           }
 202           if (dbr != null)
 203           {
 204             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 205             {
 206               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 207               {
 208                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 209                 // string with this link
 210                 id = null;
 211               }
 212               // create Bare ID link for this RUL
 213               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 214                       true);
 215               if (urls != null)
 216               {
 217                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 218                 {
 219                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 220                 }
 221               }
 222             }
 223           }
 224           if (id != null)
 225           {
 226             // create Bare ID link for this RUL
 227             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 228             if (urls != null)
 229             {
 230               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 231               {
 232                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 233               }
 234             }
 235             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 236           }
 237           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 238           // URL links
 239           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 240           {
 241             // create link for this URL from description only if regex matches
 242             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 243             if (urls != null)
 244             {
 245               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 246               {
 247                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 248               }
 249             }
 250           }
 251         }
 252         else
 253         {
 254           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 255         }
 256         /*
 257          * final String url;
 258          *
 259          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 260          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 261          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 262          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 263          *
 264          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 265          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 266          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 267          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 268          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 269          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 270          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 271          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 272          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 273          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 274          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 275          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 276          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 277          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 278          */
 279       }
 280       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 281       {
 282         if (seq != null)
 283         {
 284           seqMenu.add(linkMenu);
 285         }
 286         else
 287         {
 288           add(linkMenu);
 289         }
 290       }
 291     }
 292     // TODO: add group link menu entry here
 293     if (seq != null)
 294     {
 295       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 296       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 297     }
 298     else
 299     {
 300       remove(seqMenu);
 301     }
 302
 303     if (!ap.av.hasHiddenRows)
 304     {
 305       remove(revealAll);
 306       remove(revealSeq);
 307     } else {
 308       final int index = ap.av.alignment.findIndex(seq);
 309
 310       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 311               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 312       {
 313         revealSeq_index=index;
 314       } else {
 315         remove(revealSeq);
 316       }
 317     }
 318   }
 319
 320   /**
 321    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 322    *
 323    * @param linkMenu
 324    * @param target
 325    *          - menu label string
 326    * @param url
 327    *          - url to open
 328    */
 329   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 330           final String url)
 331   {
 332     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 333   }
 334
 335   /**
 336    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 337    *
 338    * @param linkMenu
 339    * @param target
 340    *          - URL target window
 341    * @param label
 342    *          - menu label string
 343    * @param url
 344    *          - url to open
 345    */
 346   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 347           final String label, final String url)
 348   {
 349     MenuItem item = new MenuItem(label);
 350     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 351     {
 352       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 353       {
 354         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 355       }
 356     });
 357     linkMenu.add(item);
 358   }
 359
 360   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 361   {
 362     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 363     {
 364       abovePIDColour_itemStateChanged();
 365     }
 366     else if (evt.getSource() == showColourText)
 367     {
 368       showColourText_itemStateChanged();
 369     }
 370     else if (evt.getSource() == showText)
 371     {
 372       showText_itemStateChanged();
 373     }
 374     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 375     {
 376       showBoxes_itemStateChanged();
 377     }
 378     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 379     {
 380       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 381     }
 382   }
 383
 384   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 385   {
 386     Object source = evt.getSource();
 387     if (source == clustalColour)
 388     {
 389       clustalColour_actionPerformed();
 390     }
 391     else if (source == zappoColour)
 392     {
 393       zappoColour_actionPerformed();
 394     }
 395     else if (source == taylorColour)
 396     {
 397       taylorColour_actionPerformed();
 398     }
 399     else if (source == hydrophobicityColour)
 400     {
 401       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 402     }
 403     else if (source == helixColour)
 404     {
 405       helixColour_actionPerformed();
 406     }
 407     else if (source == strandColour)
 408     {
 409       strandColour_actionPerformed();
 410     }
 411     else if (source == turnColour)
 412     {
 413       turnColour_actionPerformed();
 414     }
 415     else if (source == buriedColour)
 416     {
 417       buriedColour_actionPerformed();
 418     }
 419     else if (source == nucleotideMenuItem)
 420     {
 421       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 422     }
 423
 424     else if (source == userDefinedColour)
 425     {
 426       userDefinedColour_actionPerformed();
 427     }
 428     else if (source == PIDColour)
 429     {
 430       PIDColour_actionPerformed();
 431     }
 432     else if (source == BLOSUM62Colour)
 433     {
 434       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 435     }
 436     else if (source == noColourmenuItem)
 437     {
 438       noColourmenuItem_actionPerformed();
 439     }
 440     else if (source == conservationMenuItem)
 441     {
 442       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 443     }
 444     else if (source == unGroupMenuItem)
 445     {
 446       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 447     }
 448
 449     else if (source == sequenceName)
 450     {
 451       editName();
 452     }
 453     else if (source == pdb)
 454     {
 455       addPDB();
 456     }
 457     else if (source == hideSeqs)
 458     {
 459       hideSequences(false);
 460     }
 461     else if (source == repGroup)
 462     {
 463       hideSequences(true);
 464     }
 465     else if (source == revealSeq)
 466     {
 467       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 468     }
 469     else if (source == revealAll)
 470     {
 471       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 472     }
 473
 474     else if (source == editGroupName)
 475     {
 476       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 477               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 478               "Group Description", ap.alignFrame,
 479               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 480
 481       if (dialog.accept)
 482       {
 483         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 484         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 485       }
 486
 487     }
 488     else if (source == copy)
 489     {
 490       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 491     }
 492     else if (source == cut)
 493     {
 494       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 495     }
 496     else if (source == editSequence)
 497     {
 498       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 499
 500       if (sg != null)
 501       {
 502         if (seq == null)
 503           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 504
 505         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 506                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 507                 "Edit Sequence ", null,
 508
 509                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 510
 511         if (dialog.accept)
 512         {
 513           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 514                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 515                           ap.av.getGapCharacter()),
 516                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 517                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.alignment);
 518
 519           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 520
 521           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 522                   .getSequences());
 523         }
 524       }
 525     }
 526     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 527     {
 528       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 529       Vector regions = new Vector();
 530       if (sg != null)
 531       {
 532         int start = sg.getStartRes();
 533         int end = sg.getEndRes() + 1;
 534
 535         do
 536         {
 537           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 538           {
 539             if (start == 0)
 540             {
 541               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);
 542             }
 543
 544             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
 545             if (start == end)
 546             {
 547               end = sg.getEndRes() + 1;
 548             }
 549             if (end > sg.getEndRes())
 550             {
 551               end = sg.getEndRes() + 1;
 552             }
 553           }
 554
 555           regions.addElement(new int[]
 556           { start, end });
 557
 558           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 559           {
 560             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);
 561             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
 562           }
 563         } while (end < sg.getEndRes());
 564
 565         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
 566         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)
 567         {
 568           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);
 569         }
 570
 571         String description;
 572         int caseChange;
 573
 574         if (source == toggleCase)
 575         {
 576           description = "Toggle Case";
 577           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 578         }
 579         else if (source == toUpper)
 580         {
 581           description = "To Upper Case";
 582           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 583         }
 584         else
 585         {
 586           description = "To Lower Case";
 587           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 588         }
 589
 590         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 591                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd,
 592                 caseChange);
 593
 594         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 595
 596         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 597                 .getSequences());
 598
 599       }
 600     }
 601     else if (source == sequenceFeature)
 602     {
 603       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 604       if (sg == null)
 605       {
 606         return;
 607       }
 608
 609       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 610       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 611       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 612
 613       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 614       {
 615         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 616         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 617         if (start <= end)
 618         {
 619           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 620           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 621                   end, "Jalview");
 622           rsize++;
 623         }
 624       }
 625       rseqs = new SequenceI[rsize];
 626       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 627       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 628       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 629       features = tfeatures;
 630       seqs = rseqs;
 631
 632       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 633               features, true, ap))
 634       {
 635         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 636         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 637         ap.highlightSearchResults(null);
 638       }
 639     }
 640     else
 641     {
 642       outputText(evt);
 643     }
 644
 645   }
 646
 647   void outputText(ActionEvent e)
 648   {
 649     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 650
 651     Frame frame = new Frame();
 652     frame.add(cap);
 653     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 654             "Selection output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);
 655
 656     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 657             e.getActionCommand(),
 658             new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 659             ap.av.showJVSuffix));
 660
 661   }
 662
 663   void editName()
 664   {
 665     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 666             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 667             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 668             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 669
 670     if (dialog.accept)
 671     {
 672       seq.setName(dialog.getName());
 673       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 674       ap.paintAlignment(false);
 675     }
 676   }
 677
 678   void addPDB()
 679   {
 680     if (seq.getPDBId() != null)
 681     {
 682       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 683
 684       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 685         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 686         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 687       else
 688         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 689         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 690
 691     }
 692     else
 693     {
 694       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 695       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 696       cap.setPDBImport(seq);
 697       Frame frame = new Frame();
 698       frame.add(cap);
 699       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file for sequence "+seq.getName(), 400, 300);
 700     }
 701   }
 702
 703   private void jbInit() throws Exception
 704   {
 705     groupMenu.setLabel("Group");
 706     groupMenu.setLabel("Selection");
 707     sequenceFeature.addActionListener(this);
 708
 709     editGroupName.addActionListener(this);
 710     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 711     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 712
 713     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 714     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 715     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 716     abovePIDColour.addItemListener(this);
 717     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 718     showBoxes.setLabel("Boxes");
 719     showBoxes.setState(true);
 720     showBoxes.addItemListener(this);
 721     sequenceName.addActionListener(this);
 722     displayNonconserved.setLabel("Show Nonconserved");
 723     displayNonconserved.setState(false);
 724     displayNonconserved.addItemListener(this);
 725     showText.setLabel("Text");
 726     showText.addItemListener(this);
 727     showColourText.setLabel("Colour Text");
 728     showColourText.addItemListener(this);
 729     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 730     seqMenu.setLabel("Sequence");
 731     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 732     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 733     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 734     revealAll.setLabel("Reveal All");
 735     revealSeq.setLabel("Reveal Sequences");
 736     menu1.setLabel("Group");
 737     add(groupMenu);
 738     this.add(seqMenu);
 739     this.add(hideSeqs);
 740     this.add(revealSeq);
 741     this.add(revealAll);
 742     groupMenu.add(editGroupName);
 743     groupMenu.add(editMenu);
 744     groupMenu.add(outputmenu);
 745     groupMenu.add(sequenceFeature);
 746     groupMenu.add(menu1);
 747
 748     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 749     colourMenu.add(clustalColour);
 750     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 751     colourMenu.add(PIDColour);
 752     colourMenu.add(zappoColour);
 753     colourMenu.add(taylorColour);
 754     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 755     colourMenu.add(helixColour);
 756     colourMenu.add(strandColour);
 757     colourMenu.add(turnColour);
 758     colourMenu.add(buriedColour);
 759     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 760     colourMenu.add(userDefinedColour);
 761     colourMenu.addSeparator();
 762     colourMenu.add(abovePIDColour);
 763     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 764
 765     noColourmenuItem.setLabel("None");
 766     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 767
 768     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 769     clustalColour.addActionListener(this);
 770     zappoColour.setLabel("Zappo");
 771     zappoColour.addActionListener(this);
 772     taylorColour.setLabel("Taylor");
 773     taylorColour.addActionListener(this);
 774     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 775     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 776     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 777     helixColour.addActionListener(this);
 778     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 779     strandColour.addActionListener(this);
 780     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 781     turnColour.addActionListener(this);
 782     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 783     buriedColour.addActionListener(this);
 784     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 785
 786     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 787     userDefinedColour.addActionListener(this);
 788     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 789     PIDColour.addActionListener(this);
 790     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 791     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 792     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 793
 794     editMenu.add(copy);
 795     copy.addActionListener(this);
 796     editMenu.add(cut);
 797     cut.addActionListener(this);
 798
 799     editMenu.add(editSequence);
 800     editSequence.addActionListener(this);
 801
 802     editMenu.add(toUpper);
 803     toUpper.addActionListener(this);
 804     editMenu.add(toLower);
 805     toLower.addActionListener(this);
 806     editMenu.add(toggleCase);
 807     seqMenu.add(sequenceName);
 808     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 809     {
 810       seqMenu.add(pdb);
 811     }
 812     seqMenu.add(repGroup);
 813     menu1.add(unGroupMenuItem);
 814     menu1.add(colourMenu);
 815     menu1.add(showBoxes);
 816     menu1.add(showText);
 817     menu1.add(showColourText);
 818     menu1.add(displayNonconserved);
 819     toggleCase.addActionListener(this);
 820     pdb.addActionListener(this);
 821     hideSeqs.addActionListener(this);
 822     repGroup.addActionListener(this);
 823     revealAll.addActionListener(this);
 824     revealSeq.addActionListener(this);
 825   }
 826
 827   void refresh()
 828   {
 829     ap.paintAlignment(true);
 830   }
 831
 832   protected void clustalColour_actionPerformed()
 833   {
 834     SequenceGroup sg = getGroup();
 835     sg.cs = new ClustalxColourScheme(
 836             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),
 837             ap.av.alignment.getWidth());
 838     refresh();
 839   }
 840
 841   protected void zappoColour_actionPerformed()
 842   {
 843     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 844     refresh();
 845   }
 846
 847   protected void taylorColour_actionPerformed()
 848   {
 849     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 850     refresh();
 851   }
 852
 853   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 854   {
 855     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 856     refresh();
 857   }
 858
 859   protected void helixColour_actionPerformed()
 860   {
 861     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 862     refresh();
 863   }
 864
 865   protected void strandColour_actionPerformed()
 866   {
 867     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 868     refresh();
 869   }
 870
 871   protected void turnColour_actionPerformed()
 872   {
 873     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 874     refresh();
 875   }
 876
 877   protected void buriedColour_actionPerformed()
 878   {
 879     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 880     refresh();
 881   }
 882
 883   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 884   {
 885     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 886     refresh();
 887   }
 888
 889   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 890   {
 891     SequenceGroup sg = getGroup();
 892     if (sg.cs == null)
 893     {
 894       return;
 895     }
 896
 897     if (abovePIDColour.getState())
 898     {
 899       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 900               sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 901               ap.av.alignment.getWidth()));
 902       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 903               .getName());
 904
 905       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 906
 907       SliderPanel.showPIDSlider();
 908
 909     }
 910     else
 911     // remove PIDColouring
 912     {
 913       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 914     }
 915
 916     refresh();
 917
 918   }
 919
 920   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 921   {
 922     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 923   }
 924
 925   protected void PIDColour_actionPerformed()
 926   {
 927     SequenceGroup sg = getGroup();
 928     sg.cs = new PIDColourScheme();
 929     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 930             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 931             ap.av.alignment.getWidth()));
 932     refresh();
 933   }
 934
 935   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 936   {
 937     SequenceGroup sg = getGroup();
 938
 939     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 940
 941     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 942             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 943             ap.av.alignment.getWidth()));
 944
 945     refresh();
 946   }
 947
 948   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 949   {
 950     getGroup().cs = null;
 951     refresh();
 952   }
 953
 954   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 955   {
 956     SequenceGroup sg = getGroup();
 957     if (sg.cs == null)
 958     {
 959       return;
 960     }
 961
 962     if (conservationMenuItem.getState())
 963     {
 964
 965       Conservation c = new Conservation("Group",
 966               ResidueProperties.propHash, 3,
 967               sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 968               ap.av.alignment.getWidth());
 969
 970       c.calculate();
 971       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
 972
 973       sg.cs.setConservation(c);
 974
 975       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 976       SliderPanel.showConservationSlider();
 977     }
 978     else
 979     // remove ConservationColouring
 980     {
 981       sg.cs.setConservation(null);
 982     }
 983
 984     refresh();
 985   }
 986
 987   SequenceGroup getGroup()
 988   {
 989     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 990
 991     // this method won't add a new group if it already exists
 992     if (sg != null)
 993     {
 994       ap.av.alignment.addGroup(sg);
 995     }
 996
 997     return sg;
 998   }
 999
1000   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1001   {
1002     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1003     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
1004     ap.av.setSelectionGroup(null);
1005     ap.paintAlignment(true);
1006   }
1007
1008   public void showColourText_itemStateChanged()
1009   {
1010     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1011     refresh();
1012   }
1013
1014   public void showText_itemStateChanged()
1015   {
1016     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1017     refresh();
1018   }
1019
1020   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1021   {
1022     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1023     refresh();
1024   }
1025
1026   public void showBoxes_itemStateChanged()
1027   {
1028     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1029     refresh();
1030   }
1031
1032   void hideSequences(boolean representGroup)
1033   {
1034     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1035     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1036     {
1037       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1038       { seq });
1039       return;
1040     }
1041
1042     ap.av.setSelectionGroup(null);
1043
1044     if (representGroup)
1045     {
1046       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1047
1048       return;
1049     }
1050
1051     int gsize = sg.getSize();
1052     SequenceI[] hseqs;
1053
1054     hseqs = new SequenceI[gsize];
1055
1056     int index = 0;
1057     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1058     {
1059       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1060     }
1061
1062     ap.av.hideSequence(hseqs);
1063     ap.av.sendSelection();
1064   }
1065
1066 }