src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.commands.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29 import jalview.util.UrlLink;
  30 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  31
  32 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  33         ActionListener, ItemListener
  34 {
  35   Menu groupMenu = new Menu();
  36
  37   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  38
  39   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  40
  41   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  42
  43   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  44
  45   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  46
  47   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  48
  49   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  50
  51   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  52
  53   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  54
  55   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  56
  57   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  58
  59   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  60
  61   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  62
  63   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  64
  65   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  66
  67   final AlignmentPanel ap;
  68
  69   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  70
  71   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  72
  73   Menu colourMenu = new Menu();
  74
  75   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  76
  77   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  78
  79   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  80
  81   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  82
  83   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  84
  85   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  86
  87   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  88
  89   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  90
  91   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  92
  93   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  94
  95   Menu outputmenu = new Menu();
  96
  97   Menu seqMenu = new Menu();
  98
  99   MenuItem pdb = new MenuItem();
 100
 101   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 102
 103   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 104
 105   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 106
 107   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 108
 109   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 110
 111   Sequence seq;
 112
 113   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 114
 115   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 116   /**
 117    * index of sequence to be revealed
 118    */
 119   int revealSeq_index=-1;
 120   Menu menu1 = new Menu();
 121
 122   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 123   {
 124     // /////////////////////////////////////////////////////////
 125     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 126     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 127     //
 128     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 129     // ////////////////////////////////////////////////////////
 130
 131     this.ap = apanel;
 132     this.seq = seq;
 133
 134     try
 135     {
 136       jbInit();
 137     } catch (Exception e)
 138     {
 139       e.printStackTrace();
 140     }
 141
 142     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 143     {
 144       MenuItem item = new MenuItem(
 145               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 146
 147       item.addActionListener(this);
 148       outputmenu.add(item);
 149     }
 150
 151     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 152
 153     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 154     {
 155       editGroupName.setLabel("Name: "+sg.getName());
 156       showText.setState(sg.getDisplayText());
 157       showColourText.setState(sg.getColourText());
 158       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 159       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 160       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 161       {
 162         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 163       }
 164
 165     }
 166     else
 167     {
 168       remove(hideSeqs);
 169       remove(groupMenu);
 170     }
 171
 172     if (links != null && links.size() > 0)
 173     {
 174       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 175       String link;
 176       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 177       {
 178         link = links.elementAt(i).toString();
 179         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 180         if (!urlLink.isValid())
 181         {
 182           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 183           continue;
 184         }
 185         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 186         // link.indexOf("|"));
 187         final String label = urlLink.getLabel();
 188         if (seq!=null && urlLink.isDynamic())
 189         {
 190
 191           // collect matching db-refs
 192           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 193                   seq.getDBRef(), new String[]
 194                   { target });
 195           // collect id string too
 196           String id = seq.getName();
 197           String descr = seq.getDescription();
 198           if (descr != null && descr.length() < 1)
 199           {
 200             descr = null;
 201           }
 202           if (dbr != null)
 203           {
 204             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 205             {
 206               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 207               {
 208                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 209                 // string with this link
 210                 id = null;
 211               }
 212               // create Bare ID link for this RUL
 213               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 214                       true);
 215               if (urls != null)
 216               {
 217                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 218                 {
 219                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 220                 }
 221               }
 222             }
 223           }
 224           if (id != null)
 225           {
 226             // create Bare ID link for this RUL
 227             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 228             if (urls != null)
 229             {
 230               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 231               {
 232                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 233               }
 234             }
 235             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 236           }
 237           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 238           // URL links
 239           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 240           {
 241             // create link for this URL from description only if regex matches
 242             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 243             if (urls != null)
 244             {
 245               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 246               {
 247                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 248               }
 249             }
 250           }
 251         }
 252         else
 253         {
 254           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 255         }
 256         /*
 257          * final String url;
 258          *
 259          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 260          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 261          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 262          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 263          *
 264          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 265          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 266          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 267          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 268          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 269          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 270          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 271          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 272          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 273          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 274          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 275          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 276          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 277          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 278          */
 279       }
 280       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 281       {
 282         if (seq != null)
 283         {
 284           seqMenu.add(linkMenu);
 285         }
 286         else
 287         {
 288           add(linkMenu);
 289         }
 290       }
 291     }
 292     // TODO: add group link menu entry here
 293     if (seq != null)
 294     {
 295       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 296       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 297     }
 298     else
 299     {
 300       remove(seqMenu);
 301     }
 302
 303     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 304     {
 305       remove(revealAll);
 306       remove(revealSeq);
 307     } else {
 308       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 309
 310       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 311               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 312       {
 313         revealSeq_index=index;
 314       } else {
 315         remove(revealSeq);
 316       }
 317     }
 318   }
 319
 320   /**
 321    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 322    *
 323    * @param linkMenu
 324    * @param target
 325    *          - menu label string
 326    * @param url
 327    *          - url to open
 328    */
 329   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 330           final String url)
 331   {
 332     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 333   }
 334
 335   /**
 336    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 337    *
 338    * @param linkMenu
 339    * @param target
 340    *          - URL target window
 341    * @param label
 342    *          - menu label string
 343    * @param url
 344    *          - url to open
 345    */
 346   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 347           final String label, final String url)
 348   {
 349     MenuItem item = new MenuItem(label);
 350     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 351     {
 352       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 353       {
 354         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 355       }
 356     });
 357     linkMenu.add(item);
 358   }
 359
 360   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 361   {
 362     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 363     {
 364       abovePIDColour_itemStateChanged();
 365     }
 366     else if (evt.getSource() == showColourText)
 367     {
 368       showColourText_itemStateChanged();
 369     }
 370     else if (evt.getSource() == showText)
 371     {
 372       showText_itemStateChanged();
 373     }
 374     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 375     {
 376       showBoxes_itemStateChanged();
 377     }
 378     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 379     {
 380       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 381     }
 382   }
 383
 384   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 385   {
 386     Object source = evt.getSource();
 387     if (source == clustalColour)
 388     {
 389       clustalColour_actionPerformed();
 390     }
 391     else if (source == zappoColour)
 392     {
 393       zappoColour_actionPerformed();
 394     }
 395     else if (source == taylorColour)
 396     {
 397       taylorColour_actionPerformed();
 398     }
 399     else if (source == hydrophobicityColour)
 400     {
 401       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 402     }
 403     else if (source == helixColour)
 404     {
 405       helixColour_actionPerformed();
 406     }
 407     else if (source == strandColour)
 408     {
 409       strandColour_actionPerformed();
 410     }
 411     else if (source == turnColour)
 412     {
 413       turnColour_actionPerformed();
 414     }
 415     else if (source == buriedColour)
 416     {
 417       buriedColour_actionPerformed();
 418     }
 419     else if (source == nucleotideMenuItem)
 420     {
 421       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 422     }
 423
 424     else if (source == userDefinedColour)
 425     {
 426       userDefinedColour_actionPerformed();
 427     }
 428     else if (source == PIDColour)
 429     {
 430       PIDColour_actionPerformed();
 431     }
 432     else if (source == BLOSUM62Colour)
 433     {
 434       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 435     }
 436     else if (source == noColourmenuItem)
 437     {
 438       noColourmenuItem_actionPerformed();
 439     }
 440     else if (source == conservationMenuItem)
 441     {
 442       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 443     }
 444     else if (source == unGroupMenuItem)
 445     {
 446       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 447     }
 448
 449     else if (source == sequenceName)
 450     {
 451       editName();
 452     }
 453     else if (source == pdb)
 454     {
 455       addPDB();
 456     }
 457     else if (source == hideSeqs)
 458     {
 459       hideSequences(false);
 460     }
 461     else if (source == repGroup)
 462     {
 463       hideSequences(true);
 464     }
 465     else if (source == revealSeq)
 466     {
 467       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 468     }
 469     else if (source == revealAll)
 470     {
 471       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 472     }
 473
 474     else if (source == editGroupName)
 475     {
 476       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 477               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 478               "Group Description", ap.alignFrame,
 479               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 480
 481       if (dialog.accept)
 482       {
 483         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 484         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 485       }
 486
 487     }
 488     else if (source == copy)
 489     {
 490       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 491     }
 492     else if (source == cut)
 493     {
 494       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 495     }
 496     else if (source == editSequence)
 497     {
 498       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 499
 500       if (sg != null)
 501       {
 502         if (seq == null)
 503           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 504
 505         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 506                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 507                 "Edit Sequence ", null,
 508
 509                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 510
 511         if (dialog.accept)
 512         {
 513           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 514                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 515                           ap.av.getGapCharacter()),
 516                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 517                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.getAlignment());
 518
 519           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 520
 521           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 522                   .getSequences());
 523         }
 524       }
 525     }
 526     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 527     {
 528       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 529       Vector regions = new Vector();
 530       if (sg != null)
 531       {
 532         // TODO test change case behaves identically in JvLite
 533         int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(sg.getStartRes(),
 534                 sg.getEndRes() + 1);
 535
 536         String description;
 537         int caseChange;
 538
 539         if (source == toggleCase)
 540         {
 541           description = "Toggle Case";
 542           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 543         }
 544         else if (source == toUpper)
 545         {
 546           description = "To Upper Case";
 547           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 548         }
 549         else
 550         {
 551           description = "To Lower Case";
 552           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 553         }
 554
 555         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 556                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()), startEnd,
 557                 caseChange);
 558
 559         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 560
 561         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 562                 .getSequences());
 563
 564       }
 565     }
 566     else if (source == sequenceFeature)
 567     {
 568       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 569       if (sg == null)
 570       {
 571         return;
 572       }
 573
 574       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 575       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 576       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 577
 578       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 579       {
 580         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 581         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 582         if (start <= end)
 583         {
 584           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 585           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 586                   end, "Jalview");
 587           rsize++;
 588         }
 589       }
 590       rseqs = new SequenceI[rsize];
 591       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 592       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 593       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 594       features = tfeatures;
 595       seqs = rseqs;
 596
 597       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 598               features, true, ap))
 599       {
 600         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 601         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 602         ap.highlightSearchResults(null);
 603       }
 604     }
 605     else
 606     {
 607       outputText(evt);
 608     }
 609
 610   }
 611
 612   void outputText(ActionEvent e)
 613   {
 614     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 615
 616     Frame frame = new Frame();
 617     frame.add(cap);
 618     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 619             "Selection output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);
 620     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method now returns a full copy of sequence data
 621     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 622
 623     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(
 624             e.getActionCommand(),
 625             new Alignment(ap.av.getSelectionAsNewSequence()),
 626             ap.av.showJVSuffix));
 627
 628   }
 629
 630   void editName()
 631   {
 632     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 633             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 634             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 635             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 636
 637     if (dialog.accept)
 638     {
 639       seq.setName(dialog.getName());
 640       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 641       ap.paintAlignment(false);
 642     }
 643   }
 644
 645   void addPDB()
 646   {
 647     if (seq.getPDBId() != null)
 648     {
 649       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 650
 651       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 652         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 653         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 654       else
 655         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 656         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 657
 658     }
 659     else
 660     {
 661       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 662       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 663       cap.setPDBImport(seq);
 664       Frame frame = new Frame();
 665       frame.add(cap);
 666       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file for sequence "+seq.getName(), 400, 300);
 667     }
 668   }
 669
 670   private void jbInit() throws Exception
 671   {
 672     groupMenu.setLabel("Group");
 673     groupMenu.setLabel("Selection");
 674     sequenceFeature.addActionListener(this);
 675
 676     editGroupName.addActionListener(this);
 677     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 678     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 679
 680     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 681     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 682     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 683     abovePIDColour.addItemListener(this);
 684     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 685     showBoxes.setLabel("Boxes");
 686     showBoxes.setState(true);
 687     showBoxes.addItemListener(this);
 688     sequenceName.addActionListener(this);
 689     displayNonconserved.setLabel("Show Nonconserved");
 690     displayNonconserved.setState(false);
 691     displayNonconserved.addItemListener(this);
 692     showText.setLabel("Text");
 693     showText.addItemListener(this);
 694     showColourText.setLabel("Colour Text");
 695     showColourText.addItemListener(this);
 696     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 697     seqMenu.setLabel("Sequence");
 698     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 699     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 700     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 701     revealAll.setLabel("Reveal All");
 702     revealSeq.setLabel("Reveal Sequences");
 703     menu1.setLabel("Group");
 704     add(groupMenu);
 705     this.add(seqMenu);
 706     this.add(hideSeqs);
 707     this.add(revealSeq);
 708     this.add(revealAll);
 709     groupMenu.add(editGroupName);
 710     groupMenu.add(editMenu);
 711     groupMenu.add(outputmenu);
 712     groupMenu.add(sequenceFeature);
 713     groupMenu.add(menu1);
 714
 715     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 716     colourMenu.add(clustalColour);
 717     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 718     colourMenu.add(PIDColour);
 719     colourMenu.add(zappoColour);
 720     colourMenu.add(taylorColour);
 721     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 722     colourMenu.add(helixColour);
 723     colourMenu.add(strandColour);
 724     colourMenu.add(turnColour);
 725     colourMenu.add(buriedColour);
 726     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 727     colourMenu.add(userDefinedColour);
 728     colourMenu.addSeparator();
 729     colourMenu.add(abovePIDColour);
 730     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 731
 732     noColourmenuItem.setLabel("None");
 733     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 734
 735     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 736     clustalColour.addActionListener(this);
 737     zappoColour.setLabel("Zappo");
 738     zappoColour.addActionListener(this);
 739     taylorColour.setLabel("Taylor");
 740     taylorColour.addActionListener(this);
 741     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 742     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 743     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 744     helixColour.addActionListener(this);
 745     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 746     strandColour.addActionListener(this);
 747     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 748     turnColour.addActionListener(this);
 749     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 750     buriedColour.addActionListener(this);
 751     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 752
 753     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 754     userDefinedColour.addActionListener(this);
 755     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 756     PIDColour.addActionListener(this);
 757     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 758     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 759     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 760
 761     editMenu.add(copy);
 762     copy.addActionListener(this);
 763     editMenu.add(cut);
 764     cut.addActionListener(this);
 765
 766     editMenu.add(editSequence);
 767     editSequence.addActionListener(this);
 768
 769     editMenu.add(toUpper);
 770     toUpper.addActionListener(this);
 771     editMenu.add(toLower);
 772     toLower.addActionListener(this);
 773     editMenu.add(toggleCase);
 774     seqMenu.add(sequenceName);
 775     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
 776     {
 777       seqMenu.add(pdb);
 778     }
 779     seqMenu.add(repGroup);
 780     menu1.add(unGroupMenuItem);
 781     menu1.add(colourMenu);
 782     menu1.add(showBoxes);
 783     menu1.add(showText);
 784     menu1.add(showColourText);
 785     menu1.add(displayNonconserved);
 786     toggleCase.addActionListener(this);
 787     pdb.addActionListener(this);
 788     hideSeqs.addActionListener(this);
 789     repGroup.addActionListener(this);
 790     revealAll.addActionListener(this);
 791     revealSeq.addActionListener(this);
 792   }
 793
 794   void refresh()
 795   {
 796     ap.paintAlignment(true);
 797   }
 798
 799   protected void clustalColour_actionPerformed()
 800   {
 801     SequenceGroup sg = getGroup();
 802     sg.cs = new ClustalxColourScheme(
 803             sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 804             ap.av.getAlignment().getWidth());
 805     refresh();
 806   }
 807
 808   protected void zappoColour_actionPerformed()
 809   {
 810     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 811     refresh();
 812   }
 813
 814   protected void taylorColour_actionPerformed()
 815   {
 816     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 817     refresh();
 818   }
 819
 820   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 821   {
 822     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 823     refresh();
 824   }
 825
 826   protected void helixColour_actionPerformed()
 827   {
 828     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 829     refresh();
 830   }
 831
 832   protected void strandColour_actionPerformed()
 833   {
 834     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 835     refresh();
 836   }
 837
 838   protected void turnColour_actionPerformed()
 839   {
 840     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 841     refresh();
 842   }
 843
 844   protected void buriedColour_actionPerformed()
 845   {
 846     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 847     refresh();
 848   }
 849
 850   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 851   {
 852     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 853     refresh();
 854   }
 855
 856   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 857   {
 858     SequenceGroup sg = getGroup();
 859     if (sg.cs == null)
 860     {
 861       return;
 862     }
 863
 864     if (abovePIDColour.getState())
 865     {
 866       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 867               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
 868               ap.av.getAlignment().getWidth()));
 869       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 870               .getName());
 871
 872       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 873
 874       SliderPanel.showPIDSlider();
 875
 876     }
 877     else
 878     // remove PIDColouring
 879     {
 880       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 881     }
 882
 883     refresh();
 884
 885   }
 886
 887   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 888   {
 889     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 890   }
 891
 892   protected void PIDColour_actionPerformed()
 893   {
 894     SequenceGroup sg = getGroup();
 895     sg.cs = new PIDColourScheme();
 896     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 897             sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
 898             ap.av.getAlignment().getWidth()));
 899     refresh();
 900   }
 901
 902   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 903   {
 904     SequenceGroup sg = getGroup();
 905
 906     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 907
 908     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
 909             sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
 910             ap.av.getAlignment().getWidth()));
 911
 912     refresh();
 913   }
 914
 915   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 916   {
 917     getGroup().cs = null;
 918     refresh();
 919   }
 920
 921   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 922   {
 923     SequenceGroup sg = getGroup();
 924     if (sg.cs == null)
 925     {
 926       return;
 927     }
 928
 929     if (conservationMenuItem.getState())
 930     {
 931
 932       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
 933               ResidueProperties.propHash, 3,
 934               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
 935               ap.av.getAlignment().getWidth(),
 936               false, ap.av.getConsPercGaps(),false));
 937       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 938       SliderPanel.showConservationSlider();
 939     }
 940     else
 941     // remove ConservationColouring
 942     {
 943       sg.cs.setConservation(null);
 944     }
 945
 946     refresh();
 947   }
 948
 949   SequenceGroup getGroup()
 950   {
 951     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 952
 953     // this method won't add a new group if it already exists
 954     if (sg != null)
 955     {
 956       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
 957     }
 958
 959     return sg;
 960   }
 961
 962   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
 963   {
 964     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 965     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
 966     ap.av.setSelectionGroup(null);
 967     ap.paintAlignment(true);
 968   }
 969
 970   public void showColourText_itemStateChanged()
 971   {
 972     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
 973     refresh();
 974   }
 975
 976   public void showText_itemStateChanged()
 977   {
 978     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
 979     refresh();
 980   }
 981
 982   public void showNonconserved_itemStateChanged()
 983   {
 984     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
 985     refresh();
 986   }
 987
 988   public void showBoxes_itemStateChanged()
 989   {
 990     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
 991     refresh();
 992   }
 993
 994   void hideSequences(boolean representGroup)
 995   {
 996     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 997     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
 998     {
 999       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1000       { seq });
1001       return;
1002     }
1003
1004     ap.av.setSelectionGroup(null);
1005
1006     if (representGroup)
1007     {
1008       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1009
1010       return;
1011     }
1012
1013     int gsize = sg.getSize();
1014     SequenceI[] hseqs;
1015
1016     hseqs = new SequenceI[gsize];
1017
1018     int index = 0;
1019     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1020     {
1021       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1022     }
1023
1024     ap.av.hideSequence(hseqs);
1025     ap.av.sendSelection();
1026   }
1027
1028 }