src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.bin.JalviewLite;
  28 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand;
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  38 import jalview.io.DataSourceType;
  39 import jalview.io.FileFormatI;
  40 import jalview.io.FileFormats;
  41 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  42 import jalview.renderer.ResidueShader;
  43 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  44 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  45 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  46 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  47 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  48 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  49 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  50 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  51 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  52 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  53 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  54 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  55 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  56 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  57 import jalview.util.MessageManager;
  58 import jalview.util.UrlLink;
  59
  60 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  61 import java.awt.Frame;
  62 import java.awt.Menu;
  63 import java.awt.MenuItem;
  64 import java.awt.event.ActionEvent;
  65 import java.awt.event.ActionListener;
  66 import java.awt.event.ItemEvent;
  67 import java.awt.event.ItemListener;
  68 import java.util.ArrayList;
  69 import java.util.Arrays;
  70 import java.util.Collection;
  71 import java.util.Collections;
  72 import java.util.LinkedHashMap;
  73 import java.util.List;
  74 import java.util.Map;
  75 import java.util.SortedMap;
  76 import java.util.TreeMap;
  77 import java.util.Vector;
  78
  79 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  80         ActionListener, ItemListener
  81 {
  82   Menu groupMenu = new Menu();
  83
  84   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  85
  86   CheckboxMenuItem noColour = new CheckboxMenuItem();
  87
  88   protected CheckboxMenuItem clustalColour = new CheckboxMenuItem();
  89
  90   protected CheckboxMenuItem zappoColour = new CheckboxMenuItem();
  91
  92   protected CheckboxMenuItem taylorColour = new CheckboxMenuItem();
  93
  94   protected CheckboxMenuItem hydrophobicityColour = new CheckboxMenuItem();
  95
  96   protected CheckboxMenuItem helixColour = new CheckboxMenuItem();
  97
  98   protected CheckboxMenuItem strandColour = new CheckboxMenuItem();
  99
 100   protected CheckboxMenuItem turnColour = new CheckboxMenuItem();
 101
 102   protected CheckboxMenuItem buriedColour = new CheckboxMenuItem();
 103
 104   protected CheckboxMenuItem PIDColour = new CheckboxMenuItem();
 105
 106   protected CheckboxMenuItem BLOSUM62Colour = new CheckboxMenuItem();
 107
 108   CheckboxMenuItem nucleotideColour = new CheckboxMenuItem();
 109
 110   CheckboxMenuItem purinePyrimidineColour = new CheckboxMenuItem();
 111
 112   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
 113
 114   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
 115
 116   MenuItem modifyPID = new MenuItem();
 117
 118   protected CheckboxMenuItem conservationColour = new CheckboxMenuItem();
 119
 120   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();
 121
 122   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
 123
 124   final AlignmentPanel ap;
 125
 126   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
 127
 128   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
 129
 130   Menu colourMenu = new Menu();
 131
 132   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
 133
 134   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
 135
 136   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
 137
 138   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
 139
 140   Menu seqShowAnnotationsMenu = new Menu(
 141           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 142
 143   Menu seqHideAnnotationsMenu = new Menu(
 144           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 145
 146   MenuItem seqAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 147           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 148
 149   Menu groupShowAnnotationsMenu = new Menu(
 150           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 151
 152   Menu groupHideAnnotationsMenu = new Menu(
 153           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 154
 155   MenuItem groupAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 156           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 157
 158   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
 159
 160   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
 161
 162   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
 163
 164   MenuItem toUpper = new MenuItem(
 165           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 166
 167   MenuItem toLower = new MenuItem(
 168           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 169
 170   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 171           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 172
 173   Menu outputmenu = new Menu();
 174
 175   Menu seqMenu = new Menu();
 176
 177   MenuItem pdb = new MenuItem();
 178
 179   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 180
 181   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 182
 183   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 184           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 185
 186   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 187           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 188
 189   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 190           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 191
 192   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 193           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 194
 195   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 196           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 197
 198   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 199
 200   SequenceI seq;
 201
 202   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 203
 204   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 205
 206   /**
 207    * index of sequence to be revealed
 208    */
 209   int revealSeq_index = -1;
 210
 211   Menu menu1 = new Menu();
 212
 213   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 214           List<String> links)
 215   {
 216     // /////////////////////////////////////////////////////////
 217     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 218     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 219     //
 220     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 221     // ////////////////////////////////////////////////////////
 222
 223     this.ap = apanel;
 224     this.seq = seq;
 225
 226     try
 227     {
 228       jbInit();
 229     } catch (Exception e)
 230     {
 231       e.printStackTrace();
 232     }
 233
 234     for (String ff : FileFormats.getInstance().getWritableFormats(true))
 235     {
 236       MenuItem item = new MenuItem(ff);
 237
 238       item.addActionListener(this);
 239       outputmenu.add(item);
 240     }
 241
 242     buildAnnotationSubmenus();
 243
 244     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 245     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 246     {
 247       if (sg.isNucleotide())
 248       {
 249         conservationColour.setEnabled(false);
 250         clustalColour.setEnabled(false);
 251         BLOSUM62Colour.setEnabled(false);
 252         zappoColour.setEnabled(false);
 253         taylorColour.setEnabled(false);
 254         hydrophobicityColour.setEnabled(false);
 255         helixColour.setEnabled(false);
 256         strandColour.setEnabled(false);
 257         turnColour.setEnabled(false);
 258         buriedColour.setEnabled(false);
 259       }
 260       else
 261       {
 262         purinePyrimidineColour.setEnabled(false);
 263         nucleotideColour.setEnabled(false);
 264       }
 265       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 266               "label.name_param", new Object[] { sg.getName() }));
 267       showText.setState(sg.getDisplayText());
 268       showColourText.setState(sg.getColourText());
 269       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 270       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 271       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 272       {
 273         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 274         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 275       }
 276       else
 277       {
 278         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 279         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 280         if (sg.cs != null)
 281         {
 282           abovePIDColour.setState(sg.cs.getThreshold() > 0);
 283           conservationColour.setState(sg.cs.conservationApplied());
 284           modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.getState());
 285           modifyConservation.setEnabled(conservationColour.getState());
 286         }
 287       }
 288       setSelectedColour(sg.cs);
 289     }
 290     else
 291     {
 292       remove(hideSeqs);
 293       remove(groupMenu);
 294     }
 295
 296     if (links != null && links.size() > 0)
 297     {
 298       addFeatureLinks(seq, links);
 299     }
 300
 301     // TODO: add group link menu entry here
 302     if (seq != null)
 303     {
 304       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 305       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 306       {
 307         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 308                 .getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark
 309                                                           // representative");
 310       }
 311       else
 312       {
 313         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 314                 .getString("action.set_as_reference")); // );
 315       }
 316       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 317               "label.represent_group_with", new Object[] { seq.getName() }));
 318     }
 319     else
 320     {
 321       remove(seqMenu);
 322     }
 323
 324     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 325     {
 326       remove(revealAll);
 327       remove(revealSeq);
 328     }
 329     else
 330     {
 331       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 332
 333       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 334               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 335       {
 336         revealSeq_index = index;
 337       }
 338       else
 339       {
 340         remove(revealSeq);
 341       }
 342     }
 343   }
 344
 345   /**
 346    * Select the menu item (if any) matching the current colour scheme. This
 347    * works by matching the menu item name (not display text) to the canonical
 348    * name of the colour scheme.
 349    *
 350    * @param cs
 351    */
 352   protected void setSelectedColour(ResidueShaderI cs)
 353   {
 354     if (cs == null || cs.getColourScheme() == null)
 355     {
 356       noColour.setState(true);
 357     }
 358     else
 359     {
 360       String name = cs.getColourScheme().getSchemeName();
 361       for (int i = 0; i < colourMenu.getItemCount(); i++)
 362       {
 363         MenuItem item = colourMenu.getItem(i);
 364         if (item instanceof CheckboxMenuItem)
 365         {
 366           if (name.equals(item.getName()))
 367           {
 368             ((CheckboxMenuItem) item).setState(true);
 369           }
 370         }
 371       }
 372     }
 373   }
 374
 375   /**
 376    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 377    *
 378    * @param seq
 379    * @param links
 380    */
 381   void addFeatureLinks(final SequenceI seq, List<String> links)
 382   {
 383     Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 384     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<String, List<String>>();
 385
 386     for (String link : links)
 387     {
 388       UrlLink urlLink = null;
 389       try
 390       {
 391         urlLink = new UrlLink(link);
 392       } catch (Exception foo)
 393       {
 394         System.err.println("Exception for URLLink '" + link + "': "
 395                 + foo.getMessage());
 396         continue;
 397       }
 398
 399       if (!urlLink.isValid())
 400       {
 401         System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 402         continue;
 403       }
 404
 405       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 406     }
 407
 408     addshowLinks(linkMenu, linkset.values());
 409
 410     // disable link menu if there are no valid entries
 411     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 412     {
 413       linkMenu.setEnabled(true);
 414     }
 415     else
 416     {
 417       linkMenu.setEnabled(false);
 418     }
 419
 420     if (seq != null)
 421     {
 422       seqMenu.add(linkMenu);
 423     }
 424     else
 425     {
 426       add(linkMenu);
 427     }
 428
 429   }
 430
 431   private void addshowLinks(Menu linkMenu, Collection<List<String>> linkset)
 432   {
 433     for (List<String> linkstrset : linkset)
 434     {
 435       // split linkstr into label and url
 436       addshowLink(linkMenu, linkstrset.get(1), linkstrset.get(3));
 437     }
 438   }
 439
 440   /**
 441    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 442    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.
 443    */
 444   private void buildAnnotationSubmenus()
 445   {
 446     /*
 447      * First for the currently selected sequence (if there is one):
 448      */
 449     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 450             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 451     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 452             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 453     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 454             selectedSequence);
 455
 456     /*
 457      * and repeat for the current selection group (if there is one):
 458      */
 459     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 460             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 461             .getSequences());
 462     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 463             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 464     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 465             selectedGroup);
 466   }
 467
 468   /**
 469    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.
 470    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected
 471    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).
 472    *
 473    * @param menu
 474    * @param forSequences
 475    */
 476   private void configureReferenceAnnotationsMenu(MenuItem menuItem,
 477           List<SequenceI> forSequences)
 478   {
 479     menuItem.setEnabled(false);
 480
 481     /*
 482      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
 483      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
 484      */
 485     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
 486     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
 487     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
 488     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
 489             tipEntries, candidates, al);
 490     if (!candidates.isEmpty())
 491     {
 492       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
 493       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
 494
 495       /*
 496        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
 497        * configure its action.
 498        */
 499       menuItem.setEnabled(true);
 500
 501       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 502       {
 503         @Override
 504         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 505         {
 506           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
 507         }
 508       });
 509     }
 510   }
 511
 512   /**
 513    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
 514    *
 515    * @param candidates
 516    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
 517    *          of annotations to add to each sequence
 518    */
 519   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
 520           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
 521   {
 522     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
 523     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
 524     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
 525             selectionGroup);
 526     refresh();
 527   }
 528
 529   /**
 530    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 531    *
 532    * @param linkMenu
 533    * @param target
 534    *          - menu label string
 535    * @param url
 536    *          - url to open
 537    */
 538   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 539           final String url)
 540   {
 541     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 542   }
 543
 544   /**
 545    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 546    *
 547    * @param linkMenu
 548    * @param target
 549    *          - URL target window
 550    * @param label
 551    *          - menu label string
 552    * @param url
 553    *          - url to open
 554    */
 555   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 556           final String label, final String url)
 557   {
 558     MenuItem item = new MenuItem(label);
 559     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 560     {
 561       @Override
 562       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 563       {
 564         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 565       }
 566     });
 567     linkMenu.add(item);
 568   }
 569
 570   /**
 571    * Actions on selecting / unselecting a checkbox menu item
 572    */
 573   @Override
 574   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 575   {
 576     Object source = evt.getSource();
 577     if (source == noColour)
 578     {
 579       noColourmenuItem_actionPerformed();
 580     }
 581     else if (source == clustalColour)
 582     {
 583       clustalColour_actionPerformed();
 584     }
 585     else if (source == BLOSUM62Colour)
 586     {
 587       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 588     }
 589     else if (evt.getSource() == PIDColour)
 590     {
 591       PIDColour_actionPerformed();
 592     }
 593     else if (source == zappoColour)
 594     {
 595       zappoColour_actionPerformed();
 596     }
 597     else if (source == taylorColour)
 598     {
 599       taylorColour_actionPerformed();
 600     }
 601     else if (source == hydrophobicityColour)
 602     {
 603       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 604     }
 605     else if (source == helixColour)
 606     {
 607       helixColour_actionPerformed();
 608     }
 609     else if (source == strandColour)
 610     {
 611       strandColour_actionPerformed();
 612     }
 613     else if (source == turnColour)
 614     {
 615       turnColour_actionPerformed();
 616     }
 617     else if (source == buriedColour)
 618     {
 619       buriedColour_actionPerformed();
 620     }
 621     else if (source == nucleotideColour)
 622     {
 623       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 624     }
 625     else if (source == purinePyrimidineColour)
 626     {
 627       purinePyrimidineColour_actionPerformed();
 628     }
 629     else if (source == abovePIDColour)
 630     {
 631       abovePIDColour_itemStateChanged();
 632     }
 633     else if (source == conservationColour)
 634     {
 635       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 636     }
 637     else if (source == showColourText)
 638     {
 639       showColourText_itemStateChanged();
 640     }
 641     else if (source == showText)
 642     {
 643       showText_itemStateChanged();
 644     }
 645     else if (source == showBoxes)
 646     {
 647       showBoxes_itemStateChanged();
 648     }
 649     else if (source == displayNonconserved)
 650     {
 651       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 652     }
 653   }
 654
 655   /**
 656    * Actions on clicking a menu item
 657    */
 658   @Override
 659   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 660   {
 661     Object source = evt.getSource();
 662     if (source == userDefinedColour)
 663     {
 664       userDefinedColour_actionPerformed();
 665     }
 666     else if (source == modifyConservation)
 667     {
 668       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 669     }
 670     else if (source == modifyPID)
 671     {
 672       abovePIDColour_itemStateChanged();
 673     }
 674     else if (source == unGroupMenuItem)
 675     {
 676       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 677     }
 678
 679     else if (source == createGroupMenuItem)
 680     {
 681       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 682     }
 683
 684     else if (source == sequenceName)
 685     {
 686       editName();
 687     }
 688     else if (source == makeReferenceSeq)
 689     {
 690       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 691     }
 692     else if (source == sequenceDetails)
 693     {
 694       showSequenceDetails();
 695     }
 696     else if (source == selSeqDetails)
 697     {
 698       showSequenceSelectionDetails();
 699     }
 700     else if (source == pdb)
 701     {
 702       addPDB();
 703     }
 704     else if (source == hideSeqs)
 705     {
 706       hideSequences(false);
 707     }
 708     else if (source == repGroup)
 709     {
 710       hideSequences(true);
 711     }
 712     else if (source == revealSeq)
 713     {
 714       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 715     }
 716     else if (source == revealAll)
 717     {
 718       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 719     }
 720
 721     else if (source == editGroupName)
 722     {
 723       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 724               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 725               "Group Description", ap.alignFrame,
 726               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 727
 728       if (dialog.accept)
 729       {
 730         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 731         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 732       }
 733
 734     }
 735     else if (source == copy)
 736     {
 737       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 738     }
 739     else if (source == cut)
 740     {
 741       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 742     }
 743     else if (source == editSequence)
 744     {
 745       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 746
 747       if (sg != null)
 748       {
 749         if (seq == null)
 750         {
 751           seq = sg.getSequenceAt(0);
 752         }
 753
 754         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 755                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 756                 "Edit Sequence ", null,
 757
 758                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 759
 760         if (dialog.accept)
 761         {
 762           EditCommand editCommand = new EditCommand(
 763                   MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 764                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 765                           ap.av.getGapCharacter()),
 766                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 767                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 768                   ap.av.getAlignment());
 769
 770           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 771
 772           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 773                   .getSequences());
 774         }
 775       }
 776     }
 777     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 778     {
 779       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 780       if (sg != null)
 781       {
 782         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 783                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 784
 785         String description;
 786         int caseChange;
 787
 788         if (source == toggleCase)
 789         {
 790           description = "Toggle Case";
 791           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 792         }
 793         else if (source == toUpper)
 794         {
 795           description = "To Upper Case";
 796           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 797         }
 798         else
 799         {
 800           description = "To Lower Case";
 801           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 802         }
 803
 804         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 805                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 806                 startEnd, caseChange);
 807
 808         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 809
 810         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 811                 .getSequences());
 812
 813       }
 814     }
 815     else if (source == sequenceFeature)
 816     {
 817       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 818       if (sg == null)
 819       {
 820         return;
 821       }
 822
 823       int gSize = sg.getSize();
 824       List<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
 825       List<SequenceFeature> features = new ArrayList<SequenceFeature>();
 826
 827       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 828       {
 829         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 830         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 831         if (start <= end)
 832         {
 833           seqs.add(sg.getSequenceAt(i));
 834           features.add(new SequenceFeature(null, null, start, end,
 835                   "Jalview"));
 836         }
 837       }
 838
 839       if (!seqs.isEmpty())
 840       {
 841         if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 842                 features, true, ap))
 843         {
 844           ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 845           ap.av.setShowSequenceFeatures(true);
 846           ap.av.setSearchResults(null); // clear highlighting
 847           ap.repaint(); // draw new/amended features
 848         }
 849       }
 850     }
 851     else
 852     {
 853       outputText(evt);
 854     }
 855
 856   }
 857
 858   void outputText(ActionEvent e)
 859   {
 860     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 861
 862     Frame frame = new Frame();
 863     frame.add(cap);
 864     JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 865             "label.selection_output_command",
 866             new Object[] { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 867     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 868     // now returns a full copy of sequence data
 869     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 870
 871     FileFormatI fileFormat = FileFormats.getInstance().forName(
 872             e.getActionCommand());
 873     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(fileFormat,
 874             ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));
 875
 876   }
 877
 878   protected void showSequenceSelectionDetails()
 879   {
 880     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 881   }
 882
 883   protected void showSequenceDetails()
 884   {
 885     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { seq });
 886   }
 887
 888   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 889   {
 890
 891     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 892
 893     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
 894     for (SequenceI seq : sequences)
 895     {
 896       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 897               "label.annotation_for_displayid",
 898               new Object[] { seq.getDisplayId(true) }));
 899       new SequenceAnnotationReport(null).createSequenceAnnotationReport(
 900               contents,
 901               seq,
 902               true,
 903               true,
 904               (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr
 905                       .getMinMax() : null);
 906       contents.append("</p>");
 907     }
 908     Frame frame = new Frame();
 909     frame.add(cap);
 910     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 911             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 912                     : "Selection"), 600, 500);
 913     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 914             new Object[] { contents.toString() }));
 915   }
 916
 917   void editName()
 918   {
 919     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 920             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 921             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 922             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 923
 924     if (dialog.accept)
 925     {
 926       seq.setName(dialog.getName());
 927       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 928       ap.paintAlignment(false);
 929     }
 930   }
 931
 932   void addPDB()
 933   {
 934     Vector<PDBEntry> pdbs = seq.getAllPDBEntries();
 935     if (pdbs != null && !pdbs.isEmpty())
 936     {
 937       PDBEntry entry = pdbs.firstElement();
 938
 939       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 940       {
 941         new AppletJmol(entry, new SequenceI[] { seq }, null, ap,
 942                 DataSourceType.URL);
 943       }
 944       else
 945       {
 946         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[] { seq }, null,
 947                 ap, DataSourceType.URL);
 948       }
 949
 950     }
 951     else
 952     {
 953       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 954       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 955       cap.setPDBImport(seq);
 956       Frame frame = new Frame();
 957       frame.add(cap);
 958       JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 959               "label.paste_pdb_file_for_sequence",
 960               new Object[] { seq.getName() }), 400, 300);
 961     }
 962   }
 963
 964   private void jbInit() throws Exception
 965   {
 966     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 967     sequenceFeature.addActionListener(this);
 968
 969     editGroupName.addActionListener(this);
 970     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 971             .getString("action.remove_group"));
 972     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 973
 974     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 975             .getString("action.create_group"));
 976     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 977
 978     modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.getState());
 979     modifyConservation.setEnabled(conservationColour.getState());
 980     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 981     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 982     showBoxes.setState(true);
 983     showBoxes.addItemListener(this);
 984     sequenceName.addActionListener(this);
 985     sequenceDetails.addActionListener(this);
 986     selSeqDetails.addActionListener(this);
 987     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 988             .getString("label.show_non_conserved"));
 989     displayNonconserved.setState(false);
 990     displayNonconserved.addItemListener(this);
 991     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 992     showText.addItemListener(this);
 993     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 994     showColourText.addItemListener(this);
 995     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 996     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 997     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 998     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 999     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
1000             "label.represent_group_with", new Object[] { "" }));
1001     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
1002     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
1003     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group:"));
1004     add(groupMenu);
1005     this.add(seqMenu);
1006     this.add(hideSeqs);
1007     this.add(revealSeq);
1008     this.add(revealAll);
1009     // groupMenu.add(selSeqDetails);
1010     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
1011     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
1012     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
1013     groupMenu.add(editMenu);
1014     groupMenu.add(outputmenu);
1015     groupMenu.add(sequenceFeature);
1016     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
1017     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
1018     groupMenu.add(menu1);
1019
1020     colourMenu.add(noColour);
1021     colourMenu.add(clustalColour);
1022     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
1023     colourMenu.add(PIDColour);
1024     colourMenu.add(zappoColour);
1025     colourMenu.add(taylorColour);
1026     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
1027     colourMenu.add(helixColour);
1028     colourMenu.add(strandColour);
1029     colourMenu.add(turnColour);
1030     colourMenu.add(buriedColour);
1031     colourMenu.add(nucleotideColour);
1032     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);
1033     colourMenu.add(userDefinedColour);
1034     colourMenu.addSeparator();
1035     colourMenu.add(conservationColour);
1036     colourMenu.add(modifyConservation);
1037     colourMenu.add(abovePIDColour);
1038     colourMenu.add(modifyPID);
1039
1040     noColour.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
1041     noColour.addItemListener(this);
1042
1043     /*
1044      * setName allows setSelectedColour to do its thing
1045      */
1046     clustalColour.setLabel(MessageManager
1047             .getString("label.colourScheme_clustal"));
1048     clustalColour.setName(JalviewColourScheme.Clustal.toString());
1049     clustalColour.addItemListener(this);
1050     BLOSUM62Colour.setLabel(MessageManager
1051             .getString("label.colourScheme_blosum62"));
1052     BLOSUM62Colour.setName(JalviewColourScheme.Blosum62.toString());
1053     BLOSUM62Colour.addItemListener(this);
1054     PIDColour.setLabel(MessageManager
1055             .getString("label.colourScheme_%_identity"));
1056     PIDColour.setName(JalviewColourScheme.PID.toString());
1057     PIDColour.addItemListener(this);
1058     zappoColour.setLabel(MessageManager
1059             .getString("label.colourScheme_zappo"));
1060     zappoColour.setName(JalviewColourScheme.Zappo.toString());
1061     zappoColour.addItemListener(this);
1062     taylorColour.setLabel(MessageManager
1063             .getString("label.colourScheme_taylor"));
1064     taylorColour.setName(JalviewColourScheme.Taylor.toString());
1065     taylorColour.addItemListener(this);
1066     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager
1067             .getString("label.colourScheme_hydrophobic"));
1068     hydrophobicityColour
1069             .setName(JalviewColourScheme.Hydrophobic.toString());
1070     hydrophobicityColour.addItemListener(this);
1071     helixColour.setLabel(MessageManager
1072             .getString("label.colourScheme_helix_propensity"));
1073     helixColour.setName(JalviewColourScheme.Helix.toString());
1074     helixColour.addItemListener(this);
1075     strandColour.setLabel(MessageManager
1076             .getString("label.colourScheme_strand_propensity"));
1077     strandColour.setName(JalviewColourScheme.Strand.toString());
1078     strandColour.addItemListener(this);
1079     turnColour.setLabel(MessageManager
1080             .getString("label.colourScheme_turn_propensity"));
1081     turnColour.setName(JalviewColourScheme.Turn.toString());
1082     turnColour.addItemListener(this);
1083     buriedColour.setLabel(MessageManager
1084             .getString("label.colourScheme_buried_index"));
1085     buriedColour.setName(JalviewColourScheme.Buried.toString());
1086     buriedColour.addItemListener(this);
1087     nucleotideColour.setLabel(MessageManager
1088             .getString("label.colourScheme_nucleotide"));
1089     nucleotideColour.setName(JalviewColourScheme.Nucleotide.toString());
1090     nucleotideColour.addItemListener(this);
1091     purinePyrimidineColour.setLabel(MessageManager
1092             .getString("label.colourScheme_purine/pyrimidine"));
1093     purinePyrimidineColour.setName(JalviewColourScheme.PurinePyrimidine
1094             .toString());
1095     purinePyrimidineColour.addItemListener(this);
1096
1097     userDefinedColour.setLabel(MessageManager
1098             .getString("action.user_defined"));
1099     userDefinedColour.addActionListener(this);
1100
1101     abovePIDColour.setLabel(MessageManager
1102             .getString("label.above_identity_threshold"));
1103     abovePIDColour.addItemListener(this);
1104     modifyPID.setLabel(MessageManager
1105             .getString("label.modify_identity_threshold"));
1106     modifyPID.addActionListener(this);
1107     conservationColour.setLabel(MessageManager
1108             .getString("action.by_conservation"));
1109     conservationColour.addItemListener(this);
1110     modifyConservation.setLabel(MessageManager
1111             .getString("label.modify_conservation_threshold"));
1112     modifyConservation.addActionListener(this);
1113
1114     PIDColour.addActionListener(this);
1115     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
1116
1117     editMenu.add(copy);
1118     copy.addActionListener(this);
1119     editMenu.add(cut);
1120     cut.addActionListener(this);
1121
1122     editMenu.add(editSequence);
1123     editSequence.addActionListener(this);
1124
1125     editMenu.add(toUpper);
1126     toUpper.addActionListener(this);
1127     editMenu.add(toLower);
1128     toLower.addActionListener(this);
1129     editMenu.add(toggleCase);
1130     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1131     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1132     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1133     seqMenu.add(sequenceName);
1134     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
1135     // seqMenu.add(sequenceDetails);
1136
1137     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
1138     {
1139       seqMenu.add(pdb);
1140     }
1141     seqMenu.add(repGroup);
1142     menu1.add(editGroupName);
1143     menu1.add(colourMenu);
1144     menu1.add(showBoxes);
1145     menu1.add(showText);
1146     menu1.add(showColourText);
1147     menu1.add(displayNonconserved);
1148     toggleCase.addActionListener(this);
1149     pdb.addActionListener(this);
1150     hideSeqs.addActionListener(this);
1151     repGroup.addActionListener(this);
1152     revealAll.addActionListener(this);
1153     revealSeq.addActionListener(this);
1154     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
1155   }
1156
1157   void refresh()
1158   {
1159     ap.paintAlignment(true);
1160   }
1161
1162   protected void clustalColour_actionPerformed()
1163   {
1164     SequenceGroup sg = getGroup();
1165     sg.cs = new ResidueShader(new ClustalxColourScheme(sg,
1166             ap.av.getHiddenRepSequences()));
1167     refresh();
1168   }
1169
1170   protected void zappoColour_actionPerformed()
1171   {
1172     getGroup().cs = new ResidueShader(new ZappoColourScheme());
1173     refresh();
1174   }
1175
1176   protected void taylorColour_actionPerformed()
1177   {
1178     getGroup().cs = new ResidueShader(new TaylorColourScheme());
1179     refresh();
1180   }
1181
1182   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1183   {
1184     getGroup().cs = new ResidueShader(new HydrophobicColourScheme());
1185     refresh();
1186   }
1187
1188   protected void helixColour_actionPerformed()
1189   {
1190     getGroup().cs = new ResidueShader(new HelixColourScheme());
1191     refresh();
1192   }
1193
1194   protected void strandColour_actionPerformed()
1195   {
1196     getGroup().cs = new ResidueShader(new StrandColourScheme());
1197     refresh();
1198   }
1199
1200   protected void turnColour_actionPerformed()
1201   {
1202     getGroup().cs = new ResidueShader(new TurnColourScheme());
1203     refresh();
1204   }
1205
1206   protected void buriedColour_actionPerformed()
1207   {
1208     getGroup().cs = new ResidueShader(new BuriedColourScheme());
1209     refresh();
1210   }
1211
1212   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1213   {
1214     getGroup().cs = new ResidueShader(new NucleotideColourScheme());
1215     refresh();
1216   }
1217
1218   public void purinePyrimidineColour_actionPerformed()
1219   {
1220     getGroup().cs = new ResidueShader(
1221             new PurinePyrimidineColourScheme());
1222     refresh();
1223   }
1224
1225   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
1226   {
1227     SequenceGroup sg = getGroup();
1228     if (sg.cs == null)
1229     {
1230       return;
1231     }
1232
1233     if (abovePIDColour.getState())
1234     {
1235       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1236               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1237       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1238               .getName());
1239
1240       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1241
1242       SliderPanel.showPIDSlider();
1243
1244     }
1245     else
1246     // remove PIDColouring
1247     {
1248       SliderPanel.hidePIDSlider();
1249       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1250     }
1251     modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.getState());
1252     refresh();
1253   }
1254
1255   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1256   {
1257     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1258   }
1259
1260   protected void PIDColour_actionPerformed()
1261   {
1262     SequenceGroup sg = getGroup();
1263     sg.cs = new ResidueShader(new PIDColourScheme());
1264     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1265             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1266     refresh();
1267   }
1268
1269   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1270   {
1271     SequenceGroup sg = getGroup();
1272
1273     sg.cs = new ResidueShader(new Blosum62ColourScheme());
1274
1275     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1276             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1277
1278     refresh();
1279   }
1280
1281   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1282   {
1283     getGroup().cs = null;
1284     refresh();
1285   }
1286
1287   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1288   {
1289     SequenceGroup sg = getGroup();
1290     if (sg.cs == null)
1291     {
1292       return;
1293     }
1294
1295     if (conservationColour.getState())
1296     {
1297       Conservation conservation = Conservation.calculateConservation(
1298               "Group", sg
1299               .getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0, ap.av
1300               .getAlignment().getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(),
1301               false);
1302       sg.getGroupColourScheme().setConservation(conservation);
1303       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1304       SliderPanel.showConservationSlider();
1305     }
1306     else
1307     // remove ConservationColouring
1308     {
1309       SliderPanel.hideConservationSlider();
1310       sg.cs.setConservation(null);
1311     }
1312     modifyConservation.setEnabled(conservationColour.getState());
1313     refresh();
1314   }
1315
1316   SequenceGroup getGroup()
1317   {
1318     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1319
1320     // this method won't add a new group if it already exists
1321     if (sg != null)
1322     {
1323       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1324     }
1325
1326     return sg;
1327   }
1328
1329   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1330   {
1331     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1332     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1333     ap.av.setSelectionGroup(null);
1334     ap.paintAlignment(true);
1335   }
1336
1337   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1338   {
1339     getGroup(); // implicitly create group
1340     refresh();
1341   }
1342
1343   public void showColourText_itemStateChanged()
1344   {
1345     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1346     refresh();
1347   }
1348
1349   public void showText_itemStateChanged()
1350   {
1351     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1352     refresh();
1353   }
1354
1355   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1356   {
1357     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1358     {
1359       // initialise the display flags so the user sees something happen
1360       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1361       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1362       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1363     }
1364     else
1365     {
1366       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1367       {
1368         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1369       }
1370       else
1371       {
1372         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1373       }
1374     }
1375     refresh();
1376   }
1377
1378   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1379   {
1380     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1381     refresh();
1382   }
1383
1384   public void showBoxes_itemStateChanged()
1385   {
1386     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1387     refresh();
1388   }
1389
1390   void hideSequences(boolean representGroup)
1391   {
1392     ap.av.hideSequences(seq, representGroup);
1393   }
1394
1395   /**
1396    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
1397    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
1398    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
1399    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
1400    * <p>
1401    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
1402    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
1403    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
1404    * composite type name, e.g.
1405    * <p>
1406    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
1407    *
1408    * @param seq
1409    */
1410   protected void buildAnnotationTypesMenus(Menu showMenu, Menu hideMenu,
1411           List<SequenceI> forSequences)
1412   {
1413     showMenu.removeAll();
1414     hideMenu.removeAll();
1415
1416     final List<String> all = Arrays.asList(new String[] { MessageManager
1417             .getString("label.all") });
1418     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
1419     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
1420             false);
1421     showMenu.addSeparator();
1422     hideMenu.addSeparator();
1423
1424     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1425             .getAlignmentAnnotation();
1426
1427     /*
1428      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1429      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1430      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1431      * alignment.
1432      */
1433     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1434     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1435     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1436             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1437
1438     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1439     {
1440       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1441       {
1442         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1443                 false, true);
1444       }
1445     }
1446     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1447     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1448
1449     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1450     {
1451       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1452       {
1453         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1454                 false, false);
1455       }
1456     }
1457     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1458     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1459   }
1460
1461   /**
1462    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1463    * menus.
1464    *
1465    * @param showOrHideMenu
1466    *          the menu to add to
1467    * @param forSequences
1468    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1469    * @param calcId
1470    * @param types
1471    *          the label to add
1472    * @param allTypes
1473    *          if true this is a special label meaning 'All'
1474    * @param actionIsShow
1475    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1476    *          type, else hide
1477    */
1478   protected void addAnnotationTypeToShowHide(Menu showOrHideMenu,
1479           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1480           final List<String> types, final boolean allTypes,
1481           final boolean actionIsShow)
1482   {
1483     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1484     label = label.substring(1, label.length() - 1);
1485     final MenuItem item = new MenuItem(label);
1486     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1487     {
1488       @Override
1489       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1490       {
1491         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1492                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1493         refresh();
1494       }
1495     });
1496     showOrHideMenu.add(item);
1497   }
1498
1499 }