src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.bin.JalviewLite;
  28 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand;
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  38 import jalview.io.DataSourceType;
  39 import jalview.io.FileFormatI;
  40 import jalview.io.FileFormats;
  41 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  42 import jalview.renderer.ResidueShader;
  43 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  44 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  45 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  46 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  47 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  48 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  49 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  50 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  51 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  52 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  53 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  54 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  55 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  56 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  57 import jalview.util.MessageManager;
  58 import jalview.util.UrlLink;
  59
  60 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  61 import java.awt.Frame;
  62 import java.awt.Menu;
  63 import java.awt.MenuItem;
  64 import java.awt.event.ActionEvent;
  65 import java.awt.event.ActionListener;
  66 import java.awt.event.ItemEvent;
  67 import java.awt.event.ItemListener;
  68 import java.util.ArrayList;
  69 import java.util.Arrays;
  70 import java.util.Collection;
  71 import java.util.Collections;
  72 import java.util.LinkedHashMap;
  73 import java.util.List;
  74 import java.util.Map;
  75 import java.util.SortedMap;
  76 import java.util.TreeMap;
  77 import java.util.Vector;
  78
  79 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu
  80         implements ActionListener, ItemListener
  81 {
  82   Menu groupMenu = new Menu();
  83
  84   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  85
  86   CheckboxMenuItem noColour = new CheckboxMenuItem();
  87
  88   protected CheckboxMenuItem clustalColour = new CheckboxMenuItem();
  89
  90   protected CheckboxMenuItem zappoColour = new CheckboxMenuItem();
  91
  92   protected CheckboxMenuItem taylorColour = new CheckboxMenuItem();
  93
  94   protected CheckboxMenuItem hydrophobicityColour = new CheckboxMenuItem();
  95
  96   protected CheckboxMenuItem helixColour = new CheckboxMenuItem();
  97
  98   protected CheckboxMenuItem strandColour = new CheckboxMenuItem();
  99
 100   protected CheckboxMenuItem turnColour = new CheckboxMenuItem();
 101
 102   protected CheckboxMenuItem buriedColour = new CheckboxMenuItem();
 103
 104   protected CheckboxMenuItem PIDColour = new CheckboxMenuItem();
 105
 106   protected CheckboxMenuItem BLOSUM62Colour = new CheckboxMenuItem();
 107
 108   CheckboxMenuItem nucleotideColour = new CheckboxMenuItem();
 109
 110   CheckboxMenuItem purinePyrimidineColour = new CheckboxMenuItem();
 111
 112   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
 113
 114   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
 115
 116   MenuItem modifyPID = new MenuItem();
 117
 118   protected CheckboxMenuItem conservationColour = new CheckboxMenuItem();
 119
 120   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();
 121
 122   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
 123
 124   final AlignmentPanel ap;
 125
 126   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
 127
 128   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
 129
 130   Menu colourMenu = new Menu();
 131
 132   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
 133
 134   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
 135
 136   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
 137
 138   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
 139
 140   Menu seqShowAnnotationsMenu = new Menu(
 141           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 142
 143   Menu seqHideAnnotationsMenu = new Menu(
 144           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 145
 146   MenuItem seqAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 147           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 148
 149   Menu groupShowAnnotationsMenu = new Menu(
 150           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 151
 152   Menu groupHideAnnotationsMenu = new Menu(
 153           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 154
 155   MenuItem groupAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 156           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 157
 158   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
 159
 160   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
 161
 162   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
 163
 164   MenuItem toUpper = new MenuItem(
 165           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 166
 167   MenuItem toLower = new MenuItem(
 168           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 169
 170   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 171           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 172
 173   Menu outputmenu = new Menu();
 174
 175   Menu seqMenu = new Menu();
 176
 177   MenuItem pdb = new MenuItem();
 178
 179   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 180
 181   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 182
 183   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 184           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 185
 186   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 187           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 188
 189   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 190           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 191
 192   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 193           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 194
 195   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 196           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 197
 198   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 199
 200   SequenceI seq;
 201
 202   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 203
 204   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 205
 206   /**
 207    * index of sequence to be revealed
 208    */
 209   int revealSeq_index = -1;
 210
 211   Menu menu1 = new Menu();
 212
 213   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 214           List<String> links)
 215   {
 216     // /////////////////////////////////////////////////////////
 217     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 218     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 219     //
 220     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 221     // ////////////////////////////////////////////////////////
 222
 223     this.ap = apanel;
 224     this.seq = seq;
 225
 226     try
 227     {
 228       jbInit();
 229     } catch (Exception e)
 230     {
 231       e.printStackTrace();
 232     }
 233
 234     for (String ff : FileFormats.getInstance().getWritableFormats(true))
 235     {
 236       MenuItem item = new MenuItem(ff);
 237
 238       item.addActionListener(this);
 239       outputmenu.add(item);
 240     }
 241
 242     buildAnnotationSubmenus();
 243
 244     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 245     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 246     {
 247       if (sg.isNucleotide())
 248       {
 249         conservationColour.setEnabled(false);
 250         clustalColour.setEnabled(false);
 251         BLOSUM62Colour.setEnabled(false);
 252         zappoColour.setEnabled(false);
 253         taylorColour.setEnabled(false);
 254         hydrophobicityColour.setEnabled(false);
 255         helixColour.setEnabled(false);
 256         strandColour.setEnabled(false);
 257         turnColour.setEnabled(false);
 258         buriedColour.setEnabled(false);
 259       }
 260       else
 261       {
 262         purinePyrimidineColour.setEnabled(false);
 263         nucleotideColour.setEnabled(false);
 264       }
 265       editGroupName.setLabel(
 266               MessageManager.formatMessage("label.name_param", new Object[]
 267               { sg.getName() }));
 268       showText.setState(sg.getDisplayText());
 269       showColourText.setState(sg.getColourText());
 270       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 271       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 272       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 273       {
 274         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 275         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 276       }
 277       else
 278       {
 279         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 280         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 281         if (sg.cs != null)
 282         {
 283           abovePIDColour.setState(sg.cs.getThreshold() > 0);
 284           conservationColour.setState(sg.cs.conservationApplied());
 285           modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.getState());
 286           modifyConservation.setEnabled(conservationColour.getState());
 287         }
 288       }
 289       setSelectedColour(sg.cs);
 290     }
 291     else
 292     {
 293       remove(hideSeqs);
 294       remove(groupMenu);
 295     }
 296
 297     if (links != null && links.size() > 0)
 298     {
 299       addFeatureLinks(seq, links);
 300     }
 301
 302     // TODO: add group link menu entry here
 303     if (seq != null)
 304     {
 305       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 306       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 307       {
 308         makeReferenceSeq.setLabel(
 309                 MessageManager.getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark
 310                                                                         // representative");
 311       }
 312       else
 313       {
 314         makeReferenceSeq.setLabel(
 315                 MessageManager.getString("action.set_as_reference")); // );
 316       }
 317       repGroup.setLabel(MessageManager
 318               .formatMessage("label.represent_group_with", new Object[]
 319               { seq.getName() }));
 320     }
 321     else
 322     {
 323       remove(seqMenu);
 324     }
 325
 326     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 327     {
 328       remove(revealAll);
 329       remove(revealSeq);
 330     }
 331     else
 332     {
 333       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 334
 335       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 336               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 337       {
 338         revealSeq_index = index;
 339       }
 340       else
 341       {
 342         remove(revealSeq);
 343       }
 344     }
 345   }
 346
 347   /**
 348    * Select the menu item (if any) matching the current colour scheme. This
 349    * works by matching the menu item name (not display text) to the canonical
 350    * name of the colour scheme.
 351    *
 352    * @param cs
 353    */
 354   protected void setSelectedColour(ResidueShaderI cs)
 355   {
 356     if (cs == null || cs.getColourScheme() == null)
 357     {
 358       noColour.setState(true);
 359     }
 360     else
 361     {
 362       String name = cs.getColourScheme().getSchemeName();
 363       for (int i = 0; i < colourMenu.getItemCount(); i++)
 364       {
 365         MenuItem item = colourMenu.getItem(i);
 366         if (item instanceof CheckboxMenuItem)
 367         {
 368           if (name.equals(item.getName()))
 369           {
 370             ((CheckboxMenuItem) item).setState(true);
 371           }
 372         }
 373       }
 374     }
 375   }
 376
 377   /**
 378    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 379    *
 380    * @param seq
 381    * @param links
 382    */
 383   void addFeatureLinks(final SequenceI seq, List<String> links)
 384   {
 385     Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 386     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<String, List<String>>();
 387
 388     for (String link : links)
 389     {
 390       UrlLink urlLink = null;
 391       try
 392       {
 393         urlLink = new UrlLink(link);
 394       } catch (Exception foo)
 395       {
 396         System.err.println("Exception for URLLink '" + link + "': "
 397                 + foo.getMessage());
 398         continue;
 399       }
 400
 401       if (!urlLink.isValid())
 402       {
 403         System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 404         continue;
 405       }
 406
 407       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 408     }
 409
 410     addshowLinks(linkMenu, linkset.values());
 411
 412     // disable link menu if there are no valid entries
 413     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 414     {
 415       linkMenu.setEnabled(true);
 416     }
 417     else
 418     {
 419       linkMenu.setEnabled(false);
 420     }
 421
 422     if (seq != null)
 423     {
 424       seqMenu.add(linkMenu);
 425     }
 426     else
 427     {
 428       add(linkMenu);
 429     }
 430
 431   }
 432
 433   private void addshowLinks(Menu linkMenu, Collection<List<String>> linkset)
 434   {
 435     for (List<String> linkstrset : linkset)
 436     {
 437       // split linkstr into label and url
 438       addshowLink(linkMenu, linkstrset.get(1), linkstrset.get(3));
 439     }
 440   }
 441
 442   /**
 443    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 444    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.
 445    */
 446   private void buildAnnotationSubmenus()
 447   {
 448     /*
 449      * First for the currently selected sequence (if there is one):
 450      */
 451     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null
 452             ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 453             : Arrays.asList(seq));
 454     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 455             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 456     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 457             selectedSequence);
 458
 459     /*
 460      * and repeat for the current selection group (if there is one):
 461      */
 462     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null
 463             ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 464             : ap.av.getSelectionGroup().getSequences());
 465     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 466             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 467     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 468             selectedGroup);
 469   }
 470
 471   /**
 472    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.
 473    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected
 474    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).
 475    *
 476    * @param menu
 477    * @param forSequences
 478    */
 479   private void configureReferenceAnnotationsMenu(MenuItem menuItem,
 480           List<SequenceI> forSequences)
 481   {
 482     menuItem.setEnabled(false);
 483
 484     /*
 485      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
 486      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
 487      */
 488     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
 489     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
 490     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
 491     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences, tipEntries,
 492             candidates, al);
 493     if (!candidates.isEmpty())
 494     {
 495       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
 496       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
 497
 498       /*
 499        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
 500        * configure its action.
 501        */
 502       menuItem.setEnabled(true);
 503
 504       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 505       {
 506         @Override
 507         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 508         {
 509           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
 510         }
 511       });
 512     }
 513   }
 514
 515   /**
 516    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
 517    *
 518    * @param candidates
 519    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
 520    *          of annotations to add to each sequence
 521    */
 522   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
 523           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
 524   {
 525     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
 526     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
 527     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
 528             selectionGroup);
 529     refresh();
 530   }
 531
 532   /**
 533    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 534    *
 535    * @param linkMenu
 536    * @param target
 537    *          - menu label string
 538    * @param url
 539    *          - url to open
 540    */
 541   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 542           final String url)
 543   {
 544     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 545   }
 546
 547   /**
 548    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 549    *
 550    * @param linkMenu
 551    * @param target
 552    *          - URL target window
 553    * @param label
 554    *          - menu label string
 555    * @param url
 556    *          - url to open
 557    */
 558   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 559           final String label, final String url)
 560   {
 561     MenuItem item = new MenuItem(label);
 562     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 563     {
 564       @Override
 565       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 566       {
 567         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 568       }
 569     });
 570     linkMenu.add(item);
 571   }
 572
 573   /**
 574    * Actions on selecting / unselecting a checkbox menu item
 575    */
 576   @Override
 577   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 578   {
 579     Object source = evt.getSource();
 580     if (source == noColour)
 581     {
 582       noColourmenuItem_actionPerformed();
 583     }
 584     else if (source == clustalColour)
 585     {
 586       clustalColour_actionPerformed();
 587     }
 588     else if (source == BLOSUM62Colour)
 589     {
 590       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 591     }
 592     else if (evt.getSource() == PIDColour)
 593     {
 594       PIDColour_actionPerformed();
 595     }
 596     else if (source == zappoColour)
 597     {
 598       zappoColour_actionPerformed();
 599     }
 600     else if (source == taylorColour)
 601     {
 602       taylorColour_actionPerformed();
 603     }
 604     else if (source == hydrophobicityColour)
 605     {
 606       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 607     }
 608     else if (source == helixColour)
 609     {
 610       helixColour_actionPerformed();
 611     }
 612     else if (source == strandColour)
 613     {
 614       strandColour_actionPerformed();
 615     }
 616     else if (source == turnColour)
 617     {
 618       turnColour_actionPerformed();
 619     }
 620     else if (source == buriedColour)
 621     {
 622       buriedColour_actionPerformed();
 623     }
 624     else if (source == nucleotideColour)
 625     {
 626       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 627     }
 628     else if (source == purinePyrimidineColour)
 629     {
 630       purinePyrimidineColour_actionPerformed();
 631     }
 632     else if (source == abovePIDColour)
 633     {
 634       abovePIDColour_itemStateChanged();
 635     }
 636     else if (source == conservationColour)
 637     {
 638       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 639     }
 640     else if (source == showColourText)
 641     {
 642       showColourText_itemStateChanged();
 643     }
 644     else if (source == showText)
 645     {
 646       showText_itemStateChanged();
 647     }
 648     else if (source == showBoxes)
 649     {
 650       showBoxes_itemStateChanged();
 651     }
 652     else if (source == displayNonconserved)
 653     {
 654       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 655     }
 656   }
 657
 658   /**
 659    * Actions on clicking a menu item
 660    */
 661   @Override
 662   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 663   {
 664     Object source = evt.getSource();
 665     if (source == userDefinedColour)
 666     {
 667       userDefinedColour_actionPerformed();
 668     }
 669     else if (source == modifyConservation)
 670     {
 671       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 672     }
 673     else if (source == modifyPID)
 674     {
 675       abovePIDColour_itemStateChanged();
 676     }
 677     else if (source == unGroupMenuItem)
 678     {
 679       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 680     }
 681
 682     else if (source == createGroupMenuItem)
 683     {
 684       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 685     }
 686
 687     else if (source == sequenceName)
 688     {
 689       editName();
 690     }
 691     else if (source == makeReferenceSeq)
 692     {
 693       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 694     }
 695     else if (source == sequenceDetails)
 696     {
 697       showSequenceDetails();
 698     }
 699     else if (source == selSeqDetails)
 700     {
 701       showSequenceSelectionDetails();
 702     }
 703     else if (source == pdb)
 704     {
 705       addPDB();
 706     }
 707     else if (source == hideSeqs)
 708     {
 709       hideSequences(false);
 710     }
 711     else if (source == repGroup)
 712     {
 713       hideSequences(true);
 714     }
 715     else if (source == revealSeq)
 716     {
 717       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 718     }
 719     else if (source == revealAll)
 720     {
 721       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 722     }
 723
 724     else if (source == editGroupName)
 725     {
 726       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 727               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 728               "Group Description", ap.alignFrame,
 729               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 730
 731       if (dialog.accept)
 732       {
 733         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 734         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 735       }
 736
 737     }
 738     else if (source == copy)
 739     {
 740       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 741     }
 742     else if (source == cut)
 743     {
 744       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 745     }
 746     else if (source == editSequence)
 747     {
 748       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 749
 750       if (sg != null)
 751       {
 752         if (seq == null)
 753         {
 754           seq = sg.getSequenceAt(0);
 755         }
 756
 757         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
 758                 seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),
 759                         sg.getEndRes() + 1),
 760                 null, "Edit Sequence ", null,
 761
 762                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 763
 764         if (dialog.accept)
 765         {
 766           EditCommand editCommand = new EditCommand(
 767                   MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 768                   Action.REPLACE,
 769                   dialog.getName().replace(' ', ap.av.getGapCharacter()),
 770                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 771                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 772                   ap.av.getAlignment());
 773
 774           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 775
 776           ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
 777                   ap.av.getAlignment().getSequences());
 778         }
 779       }
 780     }
 781     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 782     {
 783       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 784       if (sg != null)
 785       {
 786         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 787                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 788
 789         String description;
 790         int caseChange;
 791
 792         if (source == toggleCase)
 793         {
 794           description = "Toggle Case";
 795           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 796         }
 797         else if (source == toUpper)
 798         {
 799           description = "To Upper Case";
 800           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 801         }
 802         else
 803         {
 804           description = "To Lower Case";
 805           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 806         }
 807
 808         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 809                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 810                 startEnd, caseChange);
 811
 812         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 813
 814         ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
 815                 ap.av.getAlignment().getSequences());
 816
 817       }
 818     }
 819     else if (source == sequenceFeature)
 820     {
 821       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 822       if (sg == null)
 823       {
 824         return;
 825       }
 826
 827       int gSize = sg.getSize();
 828       List<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
 829       List<SequenceFeature> features = new ArrayList<SequenceFeature>();
 830
 831       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 832       {
 833         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 834         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 835         if (start <= end)
 836         {
 837           seqs.add(sg.getSequenceAt(i));
 838           features.add(new SequenceFeature(null, null, start, end,
 839                   "Jalview"));
 840         }
 841       }
 842
 843       if (!seqs.isEmpty())
 844       {
 845         if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 846                 features, true, ap))
 847         {
 848           ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 849           ap.av.setShowSequenceFeatures(true);
 850           ap.av.setSearchResults(null); // clear highlighting
 851           ap.repaint(); // draw new/amended features
 852         }
 853       }
 854     }
 855     else
 856     {
 857       outputText(evt);
 858     }
 859
 860   }
 861
 862   void outputText(ActionEvent e)
 863   {
 864     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 865
 866     Frame frame = new Frame();
 867     frame.add(cap);
 868     JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager
 869             .formatMessage("label.selection_output_command", new Object[]
 870             { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 871     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 872     // now returns a full copy of sequence data
 873     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 874
 875     FileFormatI fileFormat = FileFormats.getInstance()
 876             .forName(e.getActionCommand());
 877     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(fileFormat,
 878             ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));
 879
 880   }
 881
 882   protected void showSequenceSelectionDetails()
 883   {
 884     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 885   }
 886
 887   protected void showSequenceDetails()
 888   {
 889     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { seq });
 890   }
 891
 892   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 893   {
 894
 895     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 896
 897     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
 898     for (SequenceI seq : sequences)
 899     {
 900       contents.append(MessageManager
 901               .formatMessage("label.annotation_for_displayid", new Object[]
 902               { seq.getDisplayId(true) }));
 903       new SequenceAnnotationReport(null).createSequenceAnnotationReport(
 904               contents, seq, true, true,
 905               (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null)
 906                       ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.getMinMax()
 907                       : null);
 908       contents.append("</p>");
 909     }
 910     Frame frame = new Frame();
 911     frame.add(cap);
 912     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 913             "Sequence Details for " + (sequences.length == 1
 914                     ? sequences[0].getDisplayId(true)
 915                     : "Selection"),
 916             600, 500);
 917     cap.setText(
 918             MessageManager.formatMessage("label.html_content", new Object[]
 919             { contents.toString() }));
 920   }
 921
 922   void editName()
 923   {
 924     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 925             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 926             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 927             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 928
 929     if (dialog.accept)
 930     {
 931       seq.setName(dialog.getName());
 932       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 933       ap.paintAlignment(false);
 934     }
 935   }
 936
 937   void addPDB()
 938   {
 939     Vector<PDBEntry> pdbs = seq.getAllPDBEntries();
 940     if (pdbs != null && !pdbs.isEmpty())
 941     {
 942       PDBEntry entry = pdbs.firstElement();
 943
 944       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 945       {
 946         new AppletJmol(entry, new SequenceI[] { seq }, null, ap,
 947                 DataSourceType.URL);
 948       }
 949       else
 950       {
 951         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[] { seq }, null, ap,
 952                 DataSourceType.URL);
 953       }
 954
 955     }
 956     else
 957     {
 958       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true,
 959               ap.alignFrame);
 960       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 961       cap.setPDBImport(seq);
 962       Frame frame = new Frame();
 963       frame.add(cap);
 964       JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 965               "label.paste_pdb_file_for_sequence", new Object[]
 966               { seq.getName() }), 400, 300);
 967     }
 968   }
 969
 970   private void jbInit() throws Exception
 971   {
 972     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 973     sequenceFeature.addActionListener(this);
 974
 975     editGroupName.addActionListener(this);
 976     unGroupMenuItem
 977             .setLabel(MessageManager.getString("action.remove_group"));
 978     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 979
 980     createGroupMenuItem
 981             .setLabel(MessageManager.getString("action.create_group"));
 982     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 983
 984     modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.getState());
 985     modifyConservation.setEnabled(conservationColour.getState());
 986     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 987     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 988     showBoxes.setState(true);
 989     showBoxes.addItemListener(this);
 990     sequenceName.addActionListener(this);
 991     sequenceDetails.addActionListener(this);
 992     selSeqDetails.addActionListener(this);
 993     displayNonconserved
 994             .setLabel(MessageManager.getString("label.show_non_conserved"));
 995     displayNonconserved.setState(false);
 996     displayNonconserved.addItemListener(this);
 997     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 998     showText.addItemListener(this);
 999     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
1000     showColourText.addItemListener(this);
1001     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
1002     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
1003     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
1004     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
1005     repGroup.setLabel(MessageManager
1006             .formatMessage("label.represent_group_with", new Object[]
1007             { "" }));
1008     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
1009     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
1010     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group:"));
1011     add(groupMenu);
1012     this.add(seqMenu);
1013     this.add(hideSeqs);
1014     this.add(revealSeq);
1015     this.add(revealAll);
1016     // groupMenu.add(selSeqDetails);
1017     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
1018     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
1019     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
1020     groupMenu.add(editMenu);
1021     groupMenu.add(outputmenu);
1022     groupMenu.add(sequenceFeature);
1023     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
1024     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
1025     groupMenu.add(menu1);
1026
1027     colourMenu.add(noColour);
1028     colourMenu.add(clustalColour);
1029     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
1030     colourMenu.add(PIDColour);
1031     colourMenu.add(zappoColour);
1032     colourMenu.add(taylorColour);
1033     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
1034     colourMenu.add(helixColour);
1035     colourMenu.add(strandColour);
1036     colourMenu.add(turnColour);
1037     colourMenu.add(buriedColour);
1038     colourMenu.add(nucleotideColour);
1039     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);
1040     colourMenu.add(userDefinedColour);
1041     colourMenu.addSeparator();
1042     colourMenu.add(conservationColour);
1043     colourMenu.add(modifyConservation);
1044     colourMenu.add(abovePIDColour);
1045     colourMenu.add(modifyPID);
1046
1047     noColour.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
1048     noColour.addItemListener(this);
1049
1050     /*
1051      * setName allows setSelectedColour to do its thing
1052      */
1053     clustalColour.setLabel(
1054             MessageManager.getString("label.colourScheme_clustal"));
1055     clustalColour.setName(JalviewColourScheme.Clustal.toString());
1056     clustalColour.addItemListener(this);
1057     BLOSUM62Colour.setLabel(
1058             MessageManager.getString("label.colourScheme_blosum62"));
1059     BLOSUM62Colour.setName(JalviewColourScheme.Blosum62.toString());
1060     BLOSUM62Colour.addItemListener(this);
1061     PIDColour.setLabel(
1062             MessageManager.getString("label.colourScheme_%_identity"));
1063     PIDColour.setName(JalviewColourScheme.PID.toString());
1064     PIDColour.addItemListener(this);
1065     zappoColour
1066             .setLabel(MessageManager.getString("label.colourScheme_zappo"));
1067     zappoColour.setName(JalviewColourScheme.Zappo.toString());
1068     zappoColour.addItemListener(this);
1069     taylorColour.setLabel(
1070             MessageManager.getString("label.colourScheme_taylor"));
1071     taylorColour.setName(JalviewColourScheme.Taylor.toString());
1072     taylorColour.addItemListener(this);
1073     hydrophobicityColour.setLabel(
1074             MessageManager.getString("label.colourScheme_hydrophobic"));
1075     hydrophobicityColour
1076             .setName(JalviewColourScheme.Hydrophobic.toString());
1077     hydrophobicityColour.addItemListener(this);
1078     helixColour.setLabel(MessageManager
1079             .getString("label.colourScheme_helix_propensity"));
1080     helixColour.setName(JalviewColourScheme.Helix.toString());
1081     helixColour.addItemListener(this);
1082     strandColour.setLabel(MessageManager
1083             .getString("label.colourScheme_strand_propensity"));
1084     strandColour.setName(JalviewColourScheme.Strand.toString());
1085     strandColour.addItemListener(this);
1086     turnColour.setLabel(
1087             MessageManager.getString("label.colourScheme_turn_propensity"));
1088     turnColour.setName(JalviewColourScheme.Turn.toString());
1089     turnColour.addItemListener(this);
1090     buriedColour.setLabel(
1091             MessageManager.getString("label.colourScheme_buried_index"));
1092     buriedColour.setName(JalviewColourScheme.Buried.toString());
1093     buriedColour.addItemListener(this);
1094     nucleotideColour.setLabel(
1095             MessageManager.getString("label.colourScheme_nucleotide"));
1096     nucleotideColour.setName(JalviewColourScheme.Nucleotide.toString());
1097     nucleotideColour.addItemListener(this);
1098     purinePyrimidineColour.setLabel(MessageManager
1099             .getString("label.colourScheme_purine/pyrimidine"));
1100     purinePyrimidineColour
1101             .setName(JalviewColourScheme.PurinePyrimidine.toString());
1102     purinePyrimidineColour.addItemListener(this);
1103
1104     userDefinedColour
1105             .setLabel(MessageManager.getString("action.user_defined"));
1106     userDefinedColour.addActionListener(this);
1107
1108     abovePIDColour.setLabel(
1109             MessageManager.getString("label.above_identity_threshold"));
1110     abovePIDColour.addItemListener(this);
1111     modifyPID.setLabel(
1112             MessageManager.getString("label.modify_identity_threshold"));
1113     modifyPID.addActionListener(this);
1114     conservationColour
1115             .setLabel(MessageManager.getString("action.by_conservation"));
1116     conservationColour.addItemListener(this);
1117     modifyConservation.setLabel(MessageManager
1118             .getString("label.modify_conservation_threshold"));
1119     modifyConservation.addActionListener(this);
1120
1121     PIDColour.addActionListener(this);
1122     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
1123
1124     editMenu.add(copy);
1125     copy.addActionListener(this);
1126     editMenu.add(cut);
1127     cut.addActionListener(this);
1128
1129     editMenu.add(editSequence);
1130     editSequence.addActionListener(this);
1131
1132     editMenu.add(toUpper);
1133     toUpper.addActionListener(this);
1134     editMenu.add(toLower);
1135     toLower.addActionListener(this);
1136     editMenu.add(toggleCase);
1137     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1138     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1139     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1140     seqMenu.add(sequenceName);
1141     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
1142     // seqMenu.add(sequenceDetails);
1143
1144     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
1145     {
1146       seqMenu.add(pdb);
1147     }
1148     seqMenu.add(repGroup);
1149     menu1.add(editGroupName);
1150     menu1.add(colourMenu);
1151     menu1.add(showBoxes);
1152     menu1.add(showText);
1153     menu1.add(showColourText);
1154     menu1.add(displayNonconserved);
1155     toggleCase.addActionListener(this);
1156     pdb.addActionListener(this);
1157     hideSeqs.addActionListener(this);
1158     repGroup.addActionListener(this);
1159     revealAll.addActionListener(this);
1160     revealSeq.addActionListener(this);
1161     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
1162   }
1163
1164   void refresh()
1165   {
1166     ap.paintAlignment(true);
1167   }
1168
1169   protected void clustalColour_actionPerformed()
1170   {
1171     SequenceGroup sg = getGroup();
1172     sg.cs = new ResidueShader(
1173             new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences()));
1174     refresh();
1175   }
1176
1177   protected void zappoColour_actionPerformed()
1178   {
1179     getGroup().cs = new ResidueShader(new ZappoColourScheme());
1180     refresh();
1181   }
1182
1183   protected void taylorColour_actionPerformed()
1184   {
1185     getGroup().cs = new ResidueShader(new TaylorColourScheme());
1186     refresh();
1187   }
1188
1189   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1190   {
1191     getGroup().cs = new ResidueShader(new HydrophobicColourScheme());
1192     refresh();
1193   }
1194
1195   protected void helixColour_actionPerformed()
1196   {
1197     getGroup().cs = new ResidueShader(new HelixColourScheme());
1198     refresh();
1199   }
1200
1201   protected void strandColour_actionPerformed()
1202   {
1203     getGroup().cs = new ResidueShader(new StrandColourScheme());
1204     refresh();
1205   }
1206
1207   protected void turnColour_actionPerformed()
1208   {
1209     getGroup().cs = new ResidueShader(new TurnColourScheme());
1210     refresh();
1211   }
1212
1213   protected void buriedColour_actionPerformed()
1214   {
1215     getGroup().cs = new ResidueShader(new BuriedColourScheme());
1216     refresh();
1217   }
1218
1219   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1220   {
1221     getGroup().cs = new ResidueShader(new NucleotideColourScheme());
1222     refresh();
1223   }
1224
1225   public void purinePyrimidineColour_actionPerformed()
1226   {
1227     getGroup().cs = new ResidueShader(new PurinePyrimidineColourScheme());
1228     refresh();
1229   }
1230
1231   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
1232   {
1233     SequenceGroup sg = getGroup();
1234     if (sg.cs == null)
1235     {
1236       return;
1237     }
1238
1239     if (abovePIDColour.getState())
1240     {
1241       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1242               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
1243               ap.av.getAlignment().getWidth()));
1244       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,
1245               getGroup().getName());
1246
1247       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1248
1249       SliderPanel.showPIDSlider();
1250
1251     }
1252     else
1253     // remove PIDColouring
1254     {
1255       SliderPanel.hidePIDSlider();
1256       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1257     }
1258     modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.getState());
1259     refresh();
1260   }
1261
1262   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1263   {
1264     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1265   }
1266
1267   protected void PIDColour_actionPerformed()
1268   {
1269     SequenceGroup sg = getGroup();
1270     sg.cs = new ResidueShader(new PIDColourScheme());
1271     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1272             sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
1273             ap.av.getAlignment().getWidth()));
1274     refresh();
1275   }
1276
1277   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1278   {
1279     SequenceGroup sg = getGroup();
1280
1281     sg.cs = new ResidueShader(new Blosum62ColourScheme());
1282
1283     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1284             sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
1285             ap.av.getAlignment().getWidth()));
1286
1287     refresh();
1288   }
1289
1290   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1291   {
1292     getGroup().cs = null;
1293     refresh();
1294   }
1295
1296   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1297   {
1298     SequenceGroup sg = getGroup();
1299     if (sg.cs == null)
1300     {
1301       return;
1302     }
1303
1304     if (conservationColour.getState())
1305     {
1306       Conservation conservation = Conservation.calculateConservation(
1307               "Group", sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0,
1308               ap.av.getAlignment().getWidth(), false,
1309               ap.av.getConsPercGaps(), false);
1310       sg.getGroupColourScheme().setConservation(conservation);
1311       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1312       SliderPanel.showConservationSlider();
1313     }
1314     else
1315     // remove ConservationColouring
1316     {
1317       SliderPanel.hideConservationSlider();
1318       sg.cs.setConservation(null);
1319     }
1320     modifyConservation.setEnabled(conservationColour.getState());
1321     refresh();
1322   }
1323
1324   SequenceGroup getGroup()
1325   {
1326     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1327
1328     // this method won't add a new group if it already exists
1329     if (sg != null)
1330     {
1331       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1332     }
1333
1334     return sg;
1335   }
1336
1337   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1338   {
1339     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1340     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1341     ap.av.setSelectionGroup(null);
1342     ap.paintAlignment(true);
1343   }
1344
1345   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1346   {
1347     getGroup(); // implicitly create group
1348     refresh();
1349   }
1350
1351   public void showColourText_itemStateChanged()
1352   {
1353     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1354     refresh();
1355   }
1356
1357   public void showText_itemStateChanged()
1358   {
1359     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1360     refresh();
1361   }
1362
1363   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1364   {
1365     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1366     {
1367       // initialise the display flags so the user sees something happen
1368       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1369       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1370       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1371     }
1372     else
1373     {
1374       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1375       {
1376         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1377       }
1378       else
1379       {
1380         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1381       }
1382     }
1383     refresh();
1384   }
1385
1386   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1387   {
1388     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1389     refresh();
1390   }
1391
1392   public void showBoxes_itemStateChanged()
1393   {
1394     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1395     refresh();
1396   }
1397
1398   void hideSequences(boolean representGroup)
1399   {
1400     ap.av.hideSequences(seq, representGroup);
1401   }
1402
1403   /**
1404    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
1405    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
1406    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
1407    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
1408    * <p>
1409    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
1410    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
1411    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
1412    * composite type name, e.g.
1413    * <p>
1414    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
1415    *
1416    * @param seq
1417    */
1418   protected void buildAnnotationTypesMenus(Menu showMenu, Menu hideMenu,
1419           List<SequenceI> forSequences)
1420   {
1421     showMenu.removeAll();
1422     hideMenu.removeAll();
1423
1424     final List<String> all = Arrays
1425             .asList(new String[]
1426             { MessageManager.getString("label.all") });
1427     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true,
1428             true);
1429     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
1430             false);
1431     showMenu.addSeparator();
1432     hideMenu.addSeparator();
1433
1434     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1435             .getAlignmentAnnotation();
1436
1437     /*
1438      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1439      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1440      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1441      * alignment.
1442      */
1443     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1444     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1445     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1446             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1447
1448     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1449     {
1450       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1451       {
1452         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1453                 false, true);
1454       }
1455     }
1456     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1457     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1458
1459     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1460     {
1461       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1462       {
1463         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1464                 false, false);
1465       }
1466     }
1467     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1468     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1469   }
1470
1471   /**
1472    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1473    * menus.
1474    *
1475    * @param showOrHideMenu
1476    *          the menu to add to
1477    * @param forSequences
1478    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1479    * @param calcId
1480    * @param types
1481    *          the label to add
1482    * @param allTypes
1483    *          if true this is a special label meaning 'All'
1484    * @param actionIsShow
1485    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1486    *          type, else hide
1487    */
1488   protected void addAnnotationTypeToShowHide(Menu showOrHideMenu,
1489           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1490           final List<String> types, final boolean allTypes,
1491           final boolean actionIsShow)
1492   {
1493     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1494     label = label.substring(1, label.length() - 1);
1495     final MenuItem item = new MenuItem(label);
1496     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1497     {
1498       @Override
1499       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1500       {
1501         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1502                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1503         refresh();
1504       }
1505     });
1506     showOrHideMenu.add(item);
1507   }
1508
1509 }