src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  57   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  58   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  60   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  61   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  62   Menu outputmenu = new Menu();\r
  63   Menu seqMenu = new Menu();\r
  64   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  65   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  66   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  67 \r
  68   Sequence seq;\r
  69   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  70 \r
  71   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  72   {\r
  73     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  74     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  75     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  76     //\r
  77     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  78     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  79 \r
  80     this.ap = apanel;\r
  81     this.seq = seq;\r
  82 \r
  83     try\r
  84     {\r
  85       jbInit();\r
  86     }\r
  87     catch (Exception e)\r
  88     {\r
  89       e.printStackTrace();\r
  90     }\r
  91 \r
  92     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
  93     {\r
  94       MenuItem item = new MenuItem( jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i] );\r
  95 \r
  96       item.addActionListener(this);\r
  97       outputmenu.add(item);\r
  98     }\r
  99 \r
 100     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 101 \r
 102     if (sg != null && sg.getSize(false)>0)\r
 103     {\r
 104       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 105       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 106       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 107       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 108       {\r
 109         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 110       }\r
 111 \r
 112     }\r
 113     else\r
 114     {\r
 115       remove(hideSeqs);\r
 116       remove(groupMenu);\r
 117     }\r
 118 \r
 119     if (links!=null)\r
 120     {\r
 121       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 122       MenuItem item;\r
 123       String link;\r
 124       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 125       {\r
 126         link = links.elementAt(i).toString();\r
 127         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 128         item = new MenuItem(target);\r
 129 \r
 130         final String url;\r
 131 \r
 132         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 133         {\r
 134           String id = seq.getName();\r
 135           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 136             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 137 \r
 138           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 139                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 140               + id +\r
 141               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 142         }\r
 143         else\r
 144           url = link.substring(link.lastIndexOf("|")+1);\r
 145 \r
 146         System.out.println("add "+url +" "+target);\r
 147            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 148            {\r
 149                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 150                {\r
 151                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 152                }\r
 153            });\r
 154           linkMenu.add(item);\r
 155       }\r
 156       if(seq!=null)\r
 157         seqMenu.add(linkMenu);\r
 158       else\r
 159         add(linkMenu);\r
 160     }\r
 161     if(seq!=null)\r
 162     {\r
 163       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 164       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 165     }\r
 166     else\r
 167       remove(seqMenu);\r
 168 \r
 169     if(!ap.av.hasHiddenRows)\r
 170       remove(revealAll);\r
 171   }\r
 172 \r
 173   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 174   {\r
 175     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 176       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 177     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 178       showColourText_itemStateChanged();\r
 179     else if(evt.getSource()==showText)\r
 180       showText_itemStateChanged();\r
 181     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 182        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 183   }\r
 184 \r
 185   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 186   {\r
 187     Object source = evt.getSource();\r
 188     if(source==clustalColour)\r
 189       clustalColour_actionPerformed();\r
 190     else if(source==zappoColour)\r
 191       zappoColour_actionPerformed();\r
 192     else if(source==taylorColour)\r
 193       taylorColour_actionPerformed();\r
 194     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 195       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 196     else if(source==helixColour)\r
 197       helixColour_actionPerformed();\r
 198     else if(source==strandColour)\r
 199       strandColour_actionPerformed();\r
 200     else if(source==clustalColour)\r
 201       turnColour_actionPerformed();\r
 202     else if(source==buriedColour)\r
 203       buriedColour_actionPerformed();\r
 204     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 205       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 206 \r
 207     else if (source == userDefinedColour)\r
 208       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 209     else if (source == PIDColour)\r
 210       PIDColour_actionPerformed();\r
 211     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 212       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 213     else if (source == noColourmenuItem)\r
 214       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 215     else if (source == conservationMenuItem)\r
 216       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 217     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 218       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 219 \r
 220     else if(source == pdb)\r
 221       addPDB();\r
 222     else if(source == hideSeqs)\r
 223       hideSequences(false);\r
 224     else if(source == repGroup)\r
 225       hideSequences(true);\r
 226     else if(source == revealAll)\r
 227     {\r
 228         ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 229     }\r
 230 \r
 231     else if(source==copy)\r
 232       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 233     else if(source==cut)\r
 234       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 235     else if(source==toUpper || source==toLower || source==toggleCase)\r
 236     {\r
 237       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 238       if (sg != null)\r
 239       {\r
 240         for (int g = 0; g < sg.getSize(true); g++)\r
 241         {\r
 242           if (source == toggleCase)\r
 243            ((SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 244           .toggleCase(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);\r
 245           else\r
 246             ((SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 247                 .changeCase(source == toUpper, sg.getStartRes(),\r
 248                                            sg.getEndRes() + 1);\r
 249         }\r
 250         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 251       }\r
 252     }\r
 253     else\r
 254       outputText(evt);\r
 255 \r
 256   }\r
 257 \r
 258   void outputText(ActionEvent e)\r
 259   {\r
 260     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);\r
 261     Vector vseqs = new Vector();\r
 262 \r
 263       String [] selection = ap.av.getViewAsString(true);\r
 264       SequenceI [] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();\r
 265       if (selection != null)\r
 266       {\r
 267         for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 268         {\r
 269           Sequence seq = new Sequence(\r
 270               seqs[i].getName(),\r
 271               selection[i],\r
 272               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
 273           seq.setDescription(seqs[i].getDescription());\r
 274           vseqs.addElement( seq );\r
 275       }\r
 276     }\r
 277 \r
 278     Frame frame = new Frame();\r
 279     frame.add(cap);\r
 280     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 281                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 282                                      600, 500);\r
 283 \r
 284     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 285         e.getActionCommand(),\r
 286         vseqs,\r
 287         ap.av.showJVSuffix));\r
 288 \r
 289   }\r
 290 \r
 291   void addPDB()\r
 292   {\r
 293     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 294     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 295     cap.setPDBImport(seq);\r
 296     Frame frame = new Frame();\r
 297     frame.add(cap);\r
 298     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 299   }\r
 300 \r
 301   private void jbInit()\r
 302       throws Exception\r
 303   {\r
 304     groupMenu.setLabel("Group");\r
 305     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 306 \r
 307     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 308     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 309 \r
 310     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 311     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 312     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 313     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 314     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 315     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 316     showBoxes.setState(true);\r
 317     showBoxes.addItemListener(this);\r
 318 \r
 319     showText.setLabel("Text");\r
 320     showText.addItemListener(this);\r
 321     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 322     showColourText.addItemListener(this);\r
 323     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 324     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 325     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 326     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 327     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 328     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 329 \r
 330     add(groupMenu);\r
 331     this.add(seqMenu);\r
 332     this.add(hideSeqs);\r
 333     this.add(revealAll);\r
 334     groupMenu.add(editMenu);\r
 335     groupMenu.add(outputmenu);\r
 336     groupMenu.addSeparator();\r
 337     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 338     groupMenu.add(colourMenu);\r
 339     groupMenu.add(showBoxes);\r
 340     groupMenu.add(showText);\r
 341     groupMenu.add(showColourText);\r
 342     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 343     colourMenu.add(clustalColour);\r
 344     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 345     colourMenu.add(PIDColour);\r
 346     colourMenu.add(zappoColour);\r
 347     colourMenu.add(taylorColour);\r
 348     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 349     colourMenu.add(helixColour);\r
 350     colourMenu.add(strandColour);\r
 351     colourMenu.add(turnColour);\r
 352     colourMenu.add(buriedColour);\r
 353     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 354     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 355     colourMenu.addSeparator();\r
 356     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 357     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 358 \r
 359     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 360     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 361 \r
 362     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 363     clustalColour.addActionListener(this);\r
 364     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 365     zappoColour.addActionListener(this);\r
 366     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 367     taylorColour.addActionListener(this);\r
 368     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 369     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 370     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 371     helixColour.addActionListener(this);\r
 372     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 373     strandColour.addActionListener(this);\r
 374     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 375     turnColour.addActionListener(this);\r
 376     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 377     buriedColour.addActionListener(this);\r
 378     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 379 \r
 380     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 381     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 382     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 383     PIDColour.addActionListener(this);\r
 384     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 385     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 386     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 387 \r
 388     editMenu.add(copy);\r
 389     copy.addActionListener(this);\r
 390     editMenu.add(cut);\r
 391     cut.addActionListener(this);\r
 392     editMenu.add(toUpper);\r
 393     toUpper.addActionListener(this);\r
 394     editMenu.add(toLower);\r
 395     toLower.addActionListener(this);\r
 396     editMenu.add(toggleCase);\r
 397     seqMenu.add(pdb);\r
 398     seqMenu.add(repGroup);\r
 399     toggleCase.addActionListener(this);\r
 400     pdb.addActionListener(this);\r
 401     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 402     repGroup.addActionListener(this);\r
 403     revealAll.addActionListener(this);\r
 404 \r
 405   }\r
 406 \r
 407   void refresh()\r
 408   {\r
 409     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 410     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 411       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 412   }\r
 413 \r
 414   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 415   {\r
 416     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 417     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(true), ap.av.alignment.getWidth());\r
 418     refresh();\r
 419   }\r
 420 \r
 421   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 422   {\r
 423     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 424     refresh();\r
 425   }\r
 426 \r
 427   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 428   {\r
 429     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 430     refresh();\r
 431   }\r
 432 \r
 433   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 434   {\r
 435     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 436     refresh();\r
 437   }\r
 438 \r
 439   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 440   {\r
 441     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 442     refresh();\r
 443   }\r
 444 \r
 445   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 446   {\r
 447     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 448     refresh();\r
 449   }\r
 450 \r
 451   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 452   {\r
 453     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 454     refresh();\r
 455   }\r
 456 \r
 457   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 458   {\r
 459     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 460     refresh();\r
 461   }\r
 462 \r
 463   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 464   {\r
 465     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 466     refresh();\r
 467   }\r
 468 \r
 469   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 470   {\r
 471     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 472     if(sg.cs==null)\r
 473           return;\r
 474 \r
 475     if (abovePIDColour.getState())\r
 476     {\r
 477       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 478                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 479       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 480           getGroup().getName());\r
 481 \r
 482       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 483 \r
 484       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 485 \r
 486     }\r
 487     else // remove PIDColouring\r
 488     {\r
 489       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 490     }\r
 491 \r
 492     refresh();\r
 493 \r
 494   }\r
 495 \r
 496   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 497   {\r
 498     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 499   }\r
 500 \r
 501   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 502   {\r
 503     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 504     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 505     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 506                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 507     refresh();\r
 508   }\r
 509 \r
 510   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 511   {\r
 512     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 513 \r
 514     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 515 \r
 516     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 517                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 518 \r
 519     refresh();\r
 520   }\r
 521 \r
 522   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 523   {\r
 524     getGroup().cs = null;\r
 525     refresh();\r
 526   }\r
 527 \r
 528   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 529   {\r
 530     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 531     if(sg.cs==null)\r
 532           return;\r
 533 \r
 534     if (conservationMenuItem.getState())\r
 535     {\r
 536 \r
 537       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 538                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 539                                         sg.getSequences(true), 0,\r
 540                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 541 \r
 542       c.calculate();\r
 543       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 544 \r
 545       sg.cs.setConservation(c);\r
 546 \r
 547       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 548       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 549     }\r
 550     else // remove ConservationColouring\r
 551     {\r
 552       sg.cs.setConservation(null);\r
 553     }\r
 554 \r
 555     refresh();\r
 556   }\r
 557 \r
 558 \r
 559   SequenceGroup getGroup()\r
 560   {\r
 561     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 562 \r
 563     // this method won't add a new group if it already exists\r
 564     if(sg!=null)\r
 565       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 566 \r
 567     return sg;\r
 568   }\r
 569 \r
 570   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 571   {\r
 572     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 573     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 574     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 575     ap.repaint();\r
 576   }\r
 577 \r
 578   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 579   {\r
 580     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 581     refresh();\r
 582   }\r
 583 \r
 584   public void showText_itemStateChanged()\r
 585   {\r
 586     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 587     refresh();\r
 588   }\r
 589 \r
 590   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 591   {\r
 592     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 593     refresh();\r
 594   }\r
 595 \r
 596   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 597   {\r
 598     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 599     if(sg==null || sg.getSize(false)<1)\r
 600     {\r
 601       ap.av.hideSequence(seq);\r
 602       return;\r
 603     }\r
 604 \r
 605       int index = 0;\r
 606       while(index < sg.getSize(false))\r
 607       {\r
 608         if(representGroup && sg.getSequenceAt(index)!=seq)\r
 609         {\r
 610           seq.addHiddenSequence(sg.getSequenceAt(index));\r
 611           ap.av.hideSequence(sg.getSequenceAt(index));\r
 612         }\r
 613         else if(!representGroup)\r
 614         {\r
 615           ap.av.hideSequence(sg.getSequenceAt(index));\r
 616         }\r
 617         index ++;\r
 618       }\r
 619 \r
 620       ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 621     }\r
 622 \r
 623 }\r