src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.commands.*;
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.schemes.*;
  29 import jalview.util.UrlLink;
  30 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  31
  32 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  33         ActionListener, ItemListener
  34 {
  35   Menu groupMenu = new Menu();
  36
  37   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  38
  39   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  40
  41   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  42
  43   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  44
  45   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  46
  47   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  48
  49   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  50
  51   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  52
  53   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  54
  55   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  56
  57   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
  58
  59   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
  60
  61   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
  62
  63   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
  64
  65   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
  66
  67   final AlignmentPanel ap;
  68
  69   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
  70
  71   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
  72
  73   Menu colourMenu = new Menu();
  74
  75   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
  76
  77   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
  78
  79   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
  80
  81   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
  82
  83   Menu editMenu = new Menu("Edit");
  84
  85   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");
  86
  87   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");
  88
  89   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");
  90
  91   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");
  92
  93   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");
  94
  95   Menu outputmenu = new Menu();
  96
  97   Menu seqMenu = new Menu();
  98
  99   MenuItem pdb = new MenuItem();
 100
 101   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 102
 103   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 104
 105   MenuItem sequenceName = new MenuItem("Edit Name/Description");
 106
 107   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem("Create Sequence Feature");
 108
 109   MenuItem editSequence = new MenuItem("Edit Sequence");
 110
 111   Sequence seq;
 112
 113   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 114
 115   Menu menu1 = new Menu();
 116
 117   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)
 118   {
 119     // /////////////////////////////////////////////////////////
 120     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 121     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 122     //
 123     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 124     // ////////////////////////////////////////////////////////
 125
 126     this.ap = apanel;
 127     this.seq = seq;
 128
 129     try
 130     {
 131       jbInit();
 132     } catch (Exception e)
 133     {
 134       e.printStackTrace();
 135     }
 136
 137     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 138     {
 139       MenuItem item = new MenuItem(
 140               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 141
 142       item.addActionListener(this);
 143       outputmenu.add(item);
 144     }
 145
 146     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 147
 148     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 149     {
 150       editGroupName.setLabel(sg.getName());
 151       showText.setState(sg.getDisplayText());
 152       showColourText.setState(sg.getColourText());
 153       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 154       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 155       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 156       {
 157         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 158       }
 159
 160     }
 161     else
 162     {
 163       remove(hideSeqs);
 164       remove(groupMenu);
 165     }
 166
 167     if (links != null && links.size() > 0)
 168     {
 169       Menu linkMenu = new Menu("Link");
 170       String link;
 171       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 172       {
 173         link = links.elementAt(i).toString();
 174         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 175         if (!urlLink.isValid())
 176         {
 177           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 178           continue;
 179         }
 180         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 181         // link.indexOf("|"));
 182         final String label = urlLink.getLabel();
 183         if (urlLink.isDynamic())
 184         {
 185
 186           // collect matching db-refs
 187           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq
 188                   .getDBRef(), new String[]
 189           { target });
 190           // collect id string too
 191           String id = seq.getName();
 192           String descr = seq.getDescription();
 193           if (descr != null && descr.length() < 1)
 194           {
 195             descr = null;
 196           }
 197           if (dbr != null)
 198           {
 199             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 200             {
 201               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 202               {
 203                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 204                 // string with this link
 205                 id = null;
 206               }
 207               // create Bare ID link for this RUL
 208               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 209                       true);
 210               if (urls != null)
 211               {
 212                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 213                 {
 214                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 215                 }
 216               }
 217             }
 218           }
 219           if (id != null)
 220           {
 221             // create Bare ID link for this RUL
 222             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 223             if (urls != null)
 224             {
 225               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 226               {
 227                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 228               }
 229             }
 230             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 231           }
 232           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 233           // URL links
 234           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 235           {
 236             // create link for this URL from description only if regex matches
 237             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 238             if (urls != null)
 239             {
 240               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 241               {
 242                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 243               }
 244             }
 245           }
 246         }
 247         else
 248         {
 249           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 250         }
 251         /*
 252          * final String url;
 253          *
 254          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 255          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 256          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 257          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 258          *
 259          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 260          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 261          * jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new
 262          * String[]{target}); // collect id string too String id =
 263          * seq.getName(); if (id.indexOf("|") > -1) { id =
 264          * id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null) { for (int
 265          * r=0;r<dbr.length; r++) { if (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { //
 266          * suppress duplicate link creation for the bare sequence ID string with
 267          * this link id = null; } addshowLink(linkMenu,
 268          * dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(), target,
 269          * url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null) { //
 270          * create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 271          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 272          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 273          */
 274       }
 275       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 276       {
 277         if (seq != null)
 278         {
 279           seqMenu.add(linkMenu);
 280         }
 281         else
 282         {
 283           add(linkMenu);
 284         }
 285       }
 286     }
 287     // TODO: add group link menu entry here
 288     if (seq != null)
 289     {
 290       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 291       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());
 292     }
 293     else
 294     {
 295       remove(seqMenu);
 296     }
 297
 298     if (!ap.av.hasHiddenRows)
 299     {
 300       remove(revealAll);
 301     }
 302   }
 303
 304   /**
 305    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 306    *
 307    * @param linkMenu
 308    * @param target
 309    *          - menu label string
 310    * @param url
 311    *          - url to open
 312    */
 313   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 314           final String url)
 315   {
 316     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 317   }
 318
 319   /**
 320    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 321    *
 322    * @param linkMenu
 323    * @param target
 324    *          - URL target window
 325    * @param label
 326    *          - menu label string
 327    * @param url
 328    *          - url to open
 329    */
 330   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 331           final String label, final String url)
 332   {
 333     MenuItem item = new MenuItem(label);
 334     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 335     {
 336       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 337       {
 338         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 339       }
 340     });
 341     linkMenu.add(item);
 342   }
 343
 344   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 345   {
 346     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 347     {
 348       abovePIDColour_itemStateChanged();
 349     }
 350     else if (evt.getSource() == showColourText)
 351     {
 352       showColourText_itemStateChanged();
 353     }
 354     else if (evt.getSource() == showText)
 355     {
 356       showText_itemStateChanged();
 357     }
 358     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 359     {
 360       showBoxes_itemStateChanged();
 361     }
 362     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 363     {
 364       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 365     }
 366   }
 367
 368   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 369   {
 370     Object source = evt.getSource();
 371     if (source == clustalColour)
 372     {
 373       clustalColour_actionPerformed();
 374     }
 375     else if (source == zappoColour)
 376     {
 377       zappoColour_actionPerformed();
 378     }
 379     else if (source == taylorColour)
 380     {
 381       taylorColour_actionPerformed();
 382     }
 383     else if (source == hydrophobicityColour)
 384     {
 385       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 386     }
 387     else if (source == helixColour)
 388     {
 389       helixColour_actionPerformed();
 390     }
 391     else if (source == strandColour)
 392     {
 393       strandColour_actionPerformed();
 394     }
 395     else if (source == turnColour)
 396     {
 397       turnColour_actionPerformed();
 398     }
 399     else if (source == buriedColour)
 400     {
 401       buriedColour_actionPerformed();
 402     }
 403     else if (source == nucleotideMenuItem)
 404     {
 405       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 406     }
 407
 408     else if (source == userDefinedColour)
 409     {
 410       userDefinedColour_actionPerformed();
 411     }
 412     else if (source == PIDColour)
 413     {
 414       PIDColour_actionPerformed();
 415     }
 416     else if (source == BLOSUM62Colour)
 417     {
 418       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 419     }
 420     else if (source == noColourmenuItem)
 421     {
 422       noColourmenuItem_actionPerformed();
 423     }
 424     else if (source == conservationMenuItem)
 425     {
 426       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 427     }
 428     else if (source == unGroupMenuItem)
 429     {
 430       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 431     }
 432
 433     else if (source == sequenceName)
 434     {
 435       editName();
 436     }
 437     else if (source == pdb)
 438     {
 439       addPDB();
 440     }
 441     else if (source == hideSeqs)
 442     {
 443       hideSequences(false);
 444     }
 445     else if (source == repGroup)
 446     {
 447       hideSequences(true);
 448     }
 449     else if (source == revealAll)
 450     {
 451       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 452     }
 453
 454     else if (source == editGroupName)
 455     {
 456       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 457               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 458               "Group Description", ap.alignFrame,
 459               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 460
 461       if (dialog.accept)
 462       {
 463         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 464         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 465       }
 466
 467     }
 468     else if (source == copy)
 469     {
 470       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 471     }
 472     else if (source == cut)
 473     {
 474       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 475     }
 476     else if (source == editSequence)
 477     {
 478       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 479
 480       if (sg != null)
 481       {
 482         if (seq == null)
 483           seq = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
 484
 485         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 486                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 487                 "Edit Sequence ", null,
 488
 489                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 490
 491         if (dialog.accept)
 492         {
 493           EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
 494                   EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 495                           ap.av.getGapCharacter()), sg
 496                           .getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
 497                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.alignment);
 498
 499           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 500
 501           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 502                   .getSequences());
 503         }
 504       }
 505     }
 506     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 507     {
 508       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 509       Vector regions = new Vector();
 510       if (sg != null)
 511       {
 512         int start = sg.getStartRes();
 513         int end = sg.getEndRes() + 1;
 514
 515         do
 516         {
 517           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 518           {
 519             if (start == 0)
 520             {
 521               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(start);
 522             }
 523
 524             end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);
 525             if (start == end)
 526             {
 527               end = sg.getEndRes() + 1;
 528             }
 529             if (end > sg.getEndRes())
 530             {
 531               end = sg.getEndRes() + 1;
 532             }
 533           }
 534
 535           regions.addElement(new int[]
 536           { start, end });
 537
 538           if (ap.av.hasHiddenColumns)
 539           {
 540             start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);
 541             start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;
 542           }
 543         } while (end < sg.getEndRes());
 544
 545         int[][] startEnd = new int[regions.size()][2];
 546         for (int i = 0; i < regions.size(); i++)
 547         {
 548           startEnd[i] = (int[]) regions.elementAt(i);
 549         }
 550
 551         String description;
 552         int caseChange;
 553
 554         if (source == toggleCase)
 555         {
 556           description = "Toggle Case";
 557           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 558         }
 559         else if (source == toUpper)
 560         {
 561           description = "To Upper Case";
 562           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 563         }
 564         else
 565         {
 566           description = "To Lower Case";
 567           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 568         }
 569
 570         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 571                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd,
 572                 caseChange);
 573
 574         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 575
 576         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 577                 .getSequences());
 578
 579       }
 580     }
 581     else if (source == sequenceFeature)
 582     {
 583       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 584       if (sg == null)
 585       {
 586         return;
 587       }
 588
 589       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 590       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 591       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 592
 593       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 594       {
 595         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 596         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 597         if (start <= end)
 598         {
 599           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 600           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 601                   end, "Jalview");
 602           rsize++;
 603         }
 604       }
 605       rseqs = new SequenceI[rsize];
 606       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 607       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 608       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 609       features = tfeatures;
 610       seqs = rseqs;
 611
 612       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 613               features, true, ap))
 614       {
 615         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 616         ap.av.showSequenceFeatures(true);
 617         ap.highlightSearchResults(null);
 618       }
 619     }
 620     else
 621     {
 622       outputText(evt);
 623     }
 624
 625   }
 626
 627   void outputText(ActionEvent e)
 628   {
 629     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 630
 631     Frame frame = new Frame();
 632     frame.add(cap);
 633     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Selection output - "
 634             + e.getActionCommand(), 600, 500);
 635
 636     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(e
 637             .getActionCommand(), new Alignment(ap.av
 638             .getSelectionAsNewSequence()), ap.av.showJVSuffix));
 639
 640   }
 641
 642   void editName()
 643   {
 644     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(), seq
 645             .getDescription(), "       Sequence Name",
 646             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 647             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 648
 649     if (dialog.accept)
 650     {
 651       seq.setName(dialog.getName());
 652       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 653       ap.paintAlignment(false);
 654     }
 655   }
 656
 657   void addPDB()
 658   {
 659     if (seq.getPDBId() != null)
 660     {
 661       PDBEntry entry = (PDBEntry) seq.getPDBId().firstElement();
 662
 663       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 664         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new Sequence[]
 665         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 666       else
 667         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new Sequence[]
 668         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 669
 670     }
 671     else
 672     {
 673       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 674       cap.setText("Paste your PDB file here.");
 675       cap.setPDBImport(seq);
 676       Frame frame = new Frame();
 677       frame.add(cap);
 678       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);
 679     }
 680   }
 681
 682   private void jbInit() throws Exception
 683   {
 684     groupMenu.setLabel("Group");
 685     groupMenu.setLabel("Selection");
 686     sequenceFeature.addActionListener(this);
 687
 688     editGroupName.addActionListener(this);
 689     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");
 690     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 691
 692     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");
 693     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 694     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 695     abovePIDColour.addItemListener(this);
 696     colourMenu.setLabel("Group Colour");
 697     showBoxes.setLabel("Boxes");
 698     showBoxes.setState(true);
 699     showBoxes.addItemListener(this);
 700     sequenceName.addActionListener(this);
 701     displayNonconserved.setLabel("Show Nonconserved");
 702     displayNonconserved.setState(false);
 703     displayNonconserved.addItemListener(this);
 704     showText.setLabel("Text");
 705     showText.addItemListener(this);
 706     showColourText.setLabel("Colour Text");
 707     showColourText.addItemListener(this);
 708     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");
 709     seqMenu.setLabel("Sequence");
 710     pdb.setLabel("View PDB Structure");
 711     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");
 712     repGroup.setLabel("Represent Group with");
 713     revealAll.setLabel("Reveal All");
 714     menu1.setLabel("Group");
 715     add(groupMenu);
 716     this.add(seqMenu);
 717     this.add(hideSeqs);
 718     this.add(revealAll);
 719     groupMenu.add(editGroupName);
 720     groupMenu.add(editMenu);
 721     groupMenu.add(outputmenu);
 722     groupMenu.add(sequenceFeature);
 723     groupMenu.add(menu1);
 724
 725     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 726     colourMenu.add(clustalColour);
 727     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 728     colourMenu.add(PIDColour);
 729     colourMenu.add(zappoColour);
 730     colourMenu.add(taylorColour);
 731     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 732     colourMenu.add(helixColour);
 733     colourMenu.add(strandColour);
 734     colourMenu.add(turnColour);
 735     colourMenu.add(buriedColour);
 736     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
 737     colourMenu.add(userDefinedColour);
 738     colourMenu.addSeparator();
 739     colourMenu.add(abovePIDColour);
 740     colourMenu.add(conservationMenuItem);
 741
 742     noColourmenuItem.setLabel("None");
 743     noColourmenuItem.addActionListener(this);
 744
 745     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");
 746     clustalColour.addActionListener(this);
 747     zappoColour.setLabel("Zappo");
 748     zappoColour.addActionListener(this);
 749     taylorColour.setLabel("Taylor");
 750     taylorColour.addActionListener(this);
 751     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");
 752     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
 753     helixColour.setLabel("Helix propensity");
 754     helixColour.addActionListener(this);
 755     strandColour.setLabel("Strand propensity");
 756     strandColour.addActionListener(this);
 757     turnColour.setLabel("Turn propensity");
 758     turnColour.addActionListener(this);
 759     buriedColour.setLabel("Buried Index");
 760     buriedColour.addActionListener(this);
 761     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");
 762
 763     userDefinedColour.setLabel("User Defined");
 764     userDefinedColour.addActionListener(this);
 765     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");
 766     PIDColour.addActionListener(this);
 767     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
 768     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
 769     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");
 770
 771     editMenu.add(copy);
 772     copy.addActionListener(this);
 773     editMenu.add(cut);
 774     cut.addActionListener(this);
 775
 776     editMenu.add(editSequence);
 777     editSequence.addActionListener(this);
 778
 779     editMenu.add(toUpper);
 780     toUpper.addActionListener(this);
 781     editMenu.add(toLower);
 782     toLower.addActionListener(this);
 783     editMenu.add(toggleCase);
 784     seqMenu.add(sequenceName);
 785     seqMenu.add(pdb);
 786     seqMenu.add(repGroup);
 787     menu1.add(unGroupMenuItem);
 788     menu1.add(colourMenu);
 789     menu1.add(showBoxes);
 790     menu1.add(showText);
 791     menu1.add(showColourText);
 792     menu1.add(displayNonconserved);
 793     toggleCase.addActionListener(this);
 794     pdb.addActionListener(this);
 795     hideSeqs.addActionListener(this);
 796     repGroup.addActionListener(this);
 797     revealAll.addActionListener(this);
 798   }
 799
 800   void refresh()
 801   {
 802     ap.paintAlignment(true);
 803   }
 804
 805   protected void clustalColour_actionPerformed()
 806   {
 807     SequenceGroup sg = getGroup();
 808     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg
 809             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), ap.av.alignment
 810             .getWidth());
 811     refresh();
 812   }
 813
 814   protected void zappoColour_actionPerformed()
 815   {
 816     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
 817     refresh();
 818   }
 819
 820   protected void taylorColour_actionPerformed()
 821   {
 822     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
 823     refresh();
 824   }
 825
 826   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
 827   {
 828     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
 829     refresh();
 830   }
 831
 832   protected void helixColour_actionPerformed()
 833   {
 834     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
 835     refresh();
 836   }
 837
 838   protected void strandColour_actionPerformed()
 839   {
 840     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
 841     refresh();
 842   }
 843
 844   protected void turnColour_actionPerformed()
 845   {
 846     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
 847     refresh();
 848   }
 849
 850   protected void buriedColour_actionPerformed()
 851   {
 852     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
 853     refresh();
 854   }
 855
 856   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
 857   {
 858     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
 859     refresh();
 860   }
 861
 862   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
 863   {
 864     SequenceGroup sg = getGroup();
 865     if (sg.cs == null)
 866     {
 867       return;
 868     }
 869
 870     if (abovePIDColour.getState())
 871     {
 872       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 873               .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 874               .getWidth()));
 875       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
 876               .getName());
 877
 878       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 879
 880       SliderPanel.showPIDSlider();
 881
 882     }
 883     else
 884     // remove PIDColouring
 885     {
 886       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
 887     }
 888
 889     refresh();
 890
 891   }
 892
 893   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
 894   {
 895     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
 896   }
 897
 898   protected void PIDColour_actionPerformed()
 899   {
 900     SequenceGroup sg = getGroup();
 901     sg.cs = new PIDColourScheme();
 902     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 903             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 904             .getWidth()));
 905     refresh();
 906   }
 907
 908   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
 909   {
 910     SequenceGroup sg = getGroup();
 911
 912     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
 913
 914     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg
 915             .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0, ap.av.alignment
 916             .getWidth()));
 917
 918     refresh();
 919   }
 920
 921   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
 922   {
 923     getGroup().cs = null;
 924     refresh();
 925   }
 926
 927   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
 928   {
 929     SequenceGroup sg = getGroup();
 930     if (sg.cs == null)
 931     {
 932       return;
 933     }
 934
 935     if (conservationMenuItem.getState())
 936     {
 937
 938       Conservation c = new Conservation("Group",
 939               ResidueProperties.propHash, 3, sg
 940                       .getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), 0,
 941               ap.av.alignment.getWidth());
 942
 943       c.calculate();
 944       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
 945
 946       sg.cs.setConservation(c);
 947
 948       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
 949       SliderPanel.showConservationSlider();
 950     }
 951     else
 952     // remove ConservationColouring
 953     {
 954       sg.cs.setConservation(null);
 955     }
 956
 957     refresh();
 958   }
 959
 960   SequenceGroup getGroup()
 961   {
 962     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 963
 964     // this method won't add a new group if it already exists
 965     if (sg != null)
 966     {
 967       ap.av.alignment.addGroup(sg);
 968     }
 969
 970     return sg;
 971   }
 972
 973   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
 974   {
 975     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 976     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
 977     ap.av.setSelectionGroup(null);
 978     ap.paintAlignment(true);
 979   }
 980
 981   public void showColourText_itemStateChanged()
 982   {
 983     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
 984     refresh();
 985   }
 986
 987   public void showText_itemStateChanged()
 988   {
 989     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
 990     refresh();
 991   }
 992
 993   public void showNonconserved_itemStateChanged()
 994   {
 995     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
 996     refresh();
 997   }
 998
 999   public void showBoxes_itemStateChanged()
1000   {
1001     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1002     refresh();
1003   }
1004
1005   void hideSequences(boolean representGroup)
1006   {
1007     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1008     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1009     {
1010       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1011       { seq });
1012       return;
1013     }
1014
1015     ap.av.setSelectionGroup(null);
1016
1017     if (representGroup)
1018     {
1019       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1020
1021       return;
1022     }
1023
1024     int gsize = sg.getSize();
1025     SequenceI[] hseqs;
1026
1027     hseqs = new SequenceI[gsize];
1028
1029     int index = 0;
1030     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1031     {
1032       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1033     }
1034
1035     ap.av.hideSequence(hseqs);
1036   }
1037
1038 }