src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.Vector;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.schemes.*;\r
  29 \r
  30 public class APopupMenu\r
  31     extends java.awt.PopupMenu implements ActionListener, ItemListener\r
  32 {\r
  33   Menu groupMenu = new Menu();\r
  34   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
  35   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
  36   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
  37   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
  38   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
  39   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
  40   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
  41   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
  42   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();\r
  43   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
  44   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
  45   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
  46   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
  47   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
  48 \r
  49   final AlignmentPanel ap;\r
  50   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();\r
  51   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();\r
  52   Menu colourMenu = new Menu();\r
  53   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();\r
  54   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();\r
  55   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();\r
  56   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
  57   MenuItem copy = new MenuItem("Copy (Jalview Only)");\r
  58   MenuItem cut = new MenuItem("Cut (Jalview Only)");\r
  59   MenuItem toUpper = new MenuItem("To Upper Case");\r
  60   MenuItem toLower = new MenuItem("To Lower Case");\r
  61   MenuItem toggleCase = new MenuItem("Toggle Case");\r
  62   Menu outputmenu = new Menu();\r
  63   Menu seqMenu = new Menu();\r
  64   MenuItem pdb = new MenuItem();\r
  65   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();\r
  66   MenuItem repGroup = new MenuItem();\r
  67 \r
  68   Sequence seq;\r
  69   MenuItem revealAll = new MenuItem();\r
  70 \r
  71   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final Sequence seq, Vector links)\r
  72   {\r
  73     ///////////////////////////////////////////////////////////\r
  74     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to\r
  75     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu\r
  76     //\r
  77     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu\r
  78     //////////////////////////////////////////////////////////\r
  79 \r
  80     this.ap = apanel;\r
  81     this.seq = seq;\r
  82 \r
  83     try\r
  84     {\r
  85       jbInit();\r
  86     }\r
  87     catch (Exception e)\r
  88     {\r
  89       e.printStackTrace();\r
  90     }\r
  91 \r
  92     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
  93     {\r
  94       MenuItem item = new MenuItem( jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i] );\r
  95 \r
  96       item.addActionListener(this);\r
  97       outputmenu.add(item);\r
  98     }\r
  99 \r
 100     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 101 \r
 102     if (sg != null && sg.getSize(false)>0)\r
 103     {\r
 104       showText.setState(sg.getDisplayText());\r
 105       showColourText.setState(sg.getColourText());\r
 106       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());\r
 107       if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))\r
 108       {\r
 109         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);\r
 110       }\r
 111 \r
 112     }\r
 113     else\r
 114     {\r
 115       remove(hideSeqs);\r
 116       remove(groupMenu);\r
 117     }\r
 118 \r
 119     if (links!=null)\r
 120     {\r
 121       Menu linkMenu = new Menu("Link");\r
 122       MenuItem item;\r
 123       String link;\r
 124       for(int i=0; i<links.size(); i++)\r
 125       {\r
 126         link = links.elementAt(i).toString();\r
 127         final String target = link.substring(0, link.indexOf("|"));\r
 128         item = new MenuItem(target);\r
 129 \r
 130         final String url;\r
 131 \r
 132         if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1)\r
 133         {\r
 134           String id = seq.getName();\r
 135           if (id.indexOf("|") > -1)\r
 136             id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 137 \r
 138           url = link.substring(link.indexOf("|") + 1,\r
 139                                link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"))\r
 140               + id +\r
 141               link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);\r
 142         }\r
 143         else\r
 144           url = link.substring(link.lastIndexOf("|")+1);\r
 145 \r
 146         System.out.println("add "+url +" "+target);\r
 147            item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
 148            {\r
 149                public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 150                {\r
 151                   ap.alignFrame.showURL(url, target);\r
 152                }\r
 153            });\r
 154           linkMenu.add(item);\r
 155       }\r
 156       if(seq!=null)\r
 157         seqMenu.add(linkMenu);\r
 158       else\r
 159         add(linkMenu);\r
 160     }\r
 161     if(seq!=null)\r
 162     {\r
 163       seqMenu.setLabel(seq.getName());\r
 164       repGroup.setLabel("Represent Group with " + seq.getName());\r
 165     }\r
 166     else\r
 167       remove(seqMenu);\r
 168 \r
 169     if(!ap.av.hasHiddenRows)\r
 170       remove(revealAll);\r
 171   }\r
 172 \r
 173   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 174   {\r
 175     if(evt.getSource()==abovePIDColour)\r
 176       abovePIDColour_itemStateChanged();\r
 177     else if(evt.getSource()==showColourText)\r
 178       showColourText_itemStateChanged();\r
 179     else if(evt.getSource()==showText)\r
 180       showText_itemStateChanged();\r
 181     else if(evt.getSource()==showBoxes)\r
 182        showBoxes_itemStateChanged()   ;\r
 183   }\r
 184 \r
 185   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 186   {\r
 187     Object source = evt.getSource();\r
 188     if(source==clustalColour)\r
 189       clustalColour_actionPerformed();\r
 190     else if(source==zappoColour)\r
 191       zappoColour_actionPerformed();\r
 192     else if(source==taylorColour)\r
 193       taylorColour_actionPerformed();\r
 194     else if(source==hydrophobicityColour)\r
 195       hydrophobicityColour_actionPerformed();\r
 196     else if(source==helixColour)\r
 197       helixColour_actionPerformed();\r
 198     else if(source==strandColour)\r
 199       strandColour_actionPerformed();\r
 200     else if(source==turnColour)\r
 201       turnColour_actionPerformed();\r
 202     else if(source==buriedColour)\r
 203       buriedColour_actionPerformed();\r
 204     else if(source==nucleotideMenuItem)\r
 205       nucleotideMenuItem_actionPerformed();\r
 206 \r
 207     else if (source == userDefinedColour)\r
 208       userDefinedColour_actionPerformed();\r
 209     else if (source == PIDColour)\r
 210       PIDColour_actionPerformed();\r
 211     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 212       BLOSUM62Colour_actionPerformed();\r
 213     else if (source == noColourmenuItem)\r
 214       noColourmenuItem_actionPerformed();\r
 215     else if (source == conservationMenuItem)\r
 216       conservationMenuItem_itemStateChanged();\r
 217     else if (source == unGroupMenuItem)\r
 218       unGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 219 \r
 220     else if(source == pdb)\r
 221       addPDB();\r
 222     else if(source == hideSeqs)\r
 223       hideSequences(false);\r
 224     else if(source == repGroup)\r
 225       hideSequences(true);\r
 226     else if(source == revealAll)\r
 227     {\r
 228         ap.av.showAllHiddenSeqs();\r
 229     }\r
 230 \r
 231     else if(source==copy)\r
 232       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();\r
 233     else if(source==cut)\r
 234       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();\r
 235     else if(source==toUpper || source==toLower || source==toggleCase)\r
 236     {\r
 237       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 238       if (sg != null)\r
 239       {\r
 240         for (int g = 0; g < sg.getSize(true); g++)\r
 241         {\r
 242           int start = sg.getStartRes();\r
 243           int end = sg.getEndRes() + 1;\r
 244 \r
 245           do\r
 246           {\r
 247             if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 248             {\r
 249               end = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryRight(start);\r
 250               if (start == end)\r
 251                 end = sg.getEndRes() + 1;\r
 252               if (end > sg.getEndRes())\r
 253                 end = sg.getEndRes() + 1;\r
 254             }\r
 255 \r
 256             if (source == toggleCase)\r
 257               ( (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 258                   .toggleCase(start, end);\r
 259             else\r
 260               ( (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(g))\r
 261                   .changeCase(source == toUpper, start, end);\r
 262 \r
 263             if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 264             {\r
 265               start = ap.av.colSel.adjustForHiddenColumns(end);\r
 266               start = ap.av.colSel.getHiddenBoundaryLeft(start) + 1;\r
 267             }\r
 268 \r
 269           }\r
 270         while (end < sg.getEndRes());\r
 271         }\r
 272         ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 273       }\r
 274     }\r
 275     else\r
 276       outputText(evt);\r
 277 \r
 278   }\r
 279 \r
 280   void outputText(ActionEvent e)\r
 281   {\r
 282     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);\r
 283     Vector vseqs = new Vector();\r
 284 \r
 285       String [] selection = ap.av.getViewAsString(true);\r
 286       SequenceI [] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();\r
 287       if (selection != null)\r
 288       {\r
 289         for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 290         {\r
 291           Sequence seq = new Sequence(\r
 292               seqs[i].getName(),\r
 293               selection[i],\r
 294               seqs[i].getStart(), seqs[i].getEnd());\r
 295           seq.setDescription(seqs[i].getDescription());\r
 296           vseqs.addElement( seq );\r
 297       }\r
 298     }\r
 299 \r
 300     Frame frame = new Frame();\r
 301     frame.add(cap);\r
 302     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 303                                      "Selection output - " + e.getActionCommand(),\r
 304                                      600, 500);\r
 305 \r
 306     cap.setText(new jalview.io.AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 307         e.getActionCommand(),\r
 308         vseqs,\r
 309         ap.av.showJVSuffix));\r
 310 \r
 311   }\r
 312 \r
 313   void addPDB()\r
 314   {\r
 315     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);\r
 316     cap.setText("Paste your PDB file here.");\r
 317     cap.setPDBImport(seq);\r
 318     Frame frame = new Frame();\r
 319     frame.add(cap);\r
 320     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste PDB file ", 400, 300);\r
 321   }\r
 322 \r
 323   private void jbInit()\r
 324       throws Exception\r
 325   {\r
 326     groupMenu.setLabel("Group");\r
 327     groupMenu.setLabel("Selection");\r
 328 \r
 329     unGroupMenuItem.setLabel("Remove Group");\r
 330     unGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
 331 \r
 332     nucleotideMenuItem.setLabel("Nucleotide");\r
 333     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);\r
 334     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
 335     abovePIDColour.addItemListener(this);\r
 336     colourMenu.setLabel("Group Colour");\r
 337     showBoxes.setLabel("Boxes");\r
 338     showBoxes.setState(true);\r
 339     showBoxes.addItemListener(this);\r
 340 \r
 341     showText.setLabel("Text");\r
 342     showText.addItemListener(this);\r
 343     showColourText.setLabel("Colour Text");\r
 344     showColourText.addItemListener(this);\r
 345     outputmenu.setLabel("Output to Textbox...");\r
 346     seqMenu.setLabel("Sequence");\r
 347     pdb.setLabel("View PDB Structure");\r
 348     hideSeqs.setLabel("Hide Sequences");\r
 349     repGroup.setLabel("Represent Group with");\r
 350     revealAll.setLabel("Reveal All");\r
 351 \r
 352     add(groupMenu);\r
 353     this.add(seqMenu);\r
 354     this.add(hideSeqs);\r
 355     this.add(revealAll);\r
 356     groupMenu.add(editMenu);\r
 357     groupMenu.add(outputmenu);\r
 358     groupMenu.addSeparator();\r
 359     groupMenu.add(unGroupMenuItem);\r
 360     groupMenu.add(colourMenu);\r
 361     groupMenu.add(showBoxes);\r
 362     groupMenu.add(showText);\r
 363     groupMenu.add(showColourText);\r
 364     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
 365     colourMenu.add(clustalColour);\r
 366     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
 367     colourMenu.add(PIDColour);\r
 368     colourMenu.add(zappoColour);\r
 369     colourMenu.add(taylorColour);\r
 370     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
 371     colourMenu.add(helixColour);\r
 372     colourMenu.add(strandColour);\r
 373     colourMenu.add(turnColour);\r
 374     colourMenu.add(buriedColour);\r
 375     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);\r
 376     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
 377     colourMenu.addSeparator();\r
 378     colourMenu.add(abovePIDColour);\r
 379     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
 380 \r
 381     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
 382     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
 383 \r
 384     clustalColour.setLabel("Clustalx colours");\r
 385     clustalColour.addActionListener(this);\r
 386     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
 387     zappoColour.addActionListener(this);\r
 388     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
 389     taylorColour.addActionListener(this);\r
 390     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
 391     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
 392     helixColour.setLabel("Helix propensity");\r
 393     helixColour.addActionListener(this);\r
 394     strandColour.setLabel("Strand propensity");\r
 395     strandColour.addActionListener(this);\r
 396     turnColour.setLabel("Turn propensity");\r
 397     turnColour.addActionListener(this);\r
 398     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
 399     buriedColour.addActionListener(this);\r
 400     abovePIDColour.setLabel("Above % Identity");\r
 401 \r
 402     userDefinedColour.setLabel("User Defined");\r
 403     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
 404     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
 405     PIDColour.addActionListener(this);\r
 406     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");\r
 407     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
 408     conservationMenuItem.setLabel("Conservation");\r
 409 \r
 410     editMenu.add(copy);\r
 411     copy.addActionListener(this);\r
 412     editMenu.add(cut);\r
 413     cut.addActionListener(this);\r
 414     editMenu.add(toUpper);\r
 415     toUpper.addActionListener(this);\r
 416     editMenu.add(toLower);\r
 417     toLower.addActionListener(this);\r
 418     editMenu.add(toggleCase);\r
 419     seqMenu.add(pdb);\r
 420     seqMenu.add(repGroup);\r
 421     toggleCase.addActionListener(this);\r
 422     pdb.addActionListener(this);\r
 423     hideSeqs.addActionListener(this);\r
 424     repGroup.addActionListener(this);\r
 425     revealAll.addActionListener(this);\r
 426 \r
 427   }\r
 428 \r
 429   void refresh()\r
 430   {\r
 431     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 432     if(ap.overviewPanel!=null)\r
 433       ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 434   }\r
 435 \r
 436   protected void clustalColour_actionPerformed()\r
 437   {\r
 438     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 439     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg.getSequences(true), ap.av.alignment.getWidth());\r
 440     refresh();\r
 441   }\r
 442 \r
 443   protected void zappoColour_actionPerformed()\r
 444   {\r
 445     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();\r
 446     refresh();\r
 447   }\r
 448 \r
 449   protected void taylorColour_actionPerformed()\r
 450   {\r
 451     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();\r
 452     refresh();\r
 453   }\r
 454 \r
 455   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()\r
 456   {\r
 457     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();\r
 458     refresh();\r
 459   }\r
 460 \r
 461   protected void helixColour_actionPerformed()\r
 462   {\r
 463     getGroup().cs = new HelixColourScheme();\r
 464     refresh();\r
 465   }\r
 466 \r
 467   protected void strandColour_actionPerformed()\r
 468   {\r
 469     getGroup().cs = new StrandColourScheme();\r
 470     refresh();\r
 471   }\r
 472 \r
 473   protected void turnColour_actionPerformed()\r
 474   {\r
 475     getGroup().cs = new TurnColourScheme();\r
 476     refresh();\r
 477   }\r
 478 \r
 479   protected void buriedColour_actionPerformed()\r
 480   {\r
 481     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();\r
 482     refresh();\r
 483   }\r
 484 \r
 485   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()\r
 486   {\r
 487     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();\r
 488     refresh();\r
 489   }\r
 490 \r
 491   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()\r
 492   {\r
 493     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 494     if(sg.cs==null)\r
 495           return;\r
 496 \r
 497     if (abovePIDColour.getState())\r
 498     {\r
 499       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 500                                                ap.av.alignment.getWidth()));\r
 501       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs,\r
 502           getGroup().getName());\r
 503 \r
 504       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 505 \r
 506       SliderPanel.showPIDSlider();\r
 507 \r
 508     }\r
 509     else // remove PIDColouring\r
 510     {\r
 511       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());\r
 512     }\r
 513 \r
 514     refresh();\r
 515 \r
 516   }\r
 517 \r
 518   protected void userDefinedColour_actionPerformed()\r
 519   {\r
 520     new UserDefinedColours(ap, getGroup());\r
 521   }\r
 522 \r
 523   protected void PIDColour_actionPerformed()\r
 524   {\r
 525     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 526     sg.cs = new PIDColourScheme();\r
 527     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 528                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 529     refresh();\r
 530   }\r
 531 \r
 532   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()\r
 533   {\r
 534     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 535 \r
 536     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();\r
 537 \r
 538     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(true), 0,\r
 539                                              ap.av.alignment.getWidth()));\r
 540 \r
 541     refresh();\r
 542   }\r
 543 \r
 544   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()\r
 545   {\r
 546     getGroup().cs = null;\r
 547     refresh();\r
 548   }\r
 549 \r
 550   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()\r
 551   {\r
 552     SequenceGroup sg = getGroup();\r
 553     if(sg.cs==null)\r
 554           return;\r
 555 \r
 556     if (conservationMenuItem.getState())\r
 557     {\r
 558 \r
 559       Conservation c = new Conservation("Group",\r
 560                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 561                                         sg.getSequences(true), 0,\r
 562                                         ap.av.alignment.getWidth());\r
 563 \r
 564       c.calculate();\r
 565       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);\r
 566 \r
 567       sg.cs.setConservation(c);\r
 568 \r
 569       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());\r
 570       SliderPanel.showConservationSlider();\r
 571     }\r
 572     else // remove ConservationColouring\r
 573     {\r
 574       sg.cs.setConservation(null);\r
 575     }\r
 576 \r
 577     refresh();\r
 578   }\r
 579 \r
 580 \r
 581   SequenceGroup getGroup()\r
 582   {\r
 583     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 584 \r
 585     // this method won't add a new group if it already exists\r
 586     if(sg!=null)\r
 587       ap.av.alignment.addGroup(sg);\r
 588 \r
 589     return sg;\r
 590   }\r
 591 \r
 592   void unGroupMenuItem_actionPerformed()\r
 593   {\r
 594     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 595     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);\r
 596     ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 597     ap.repaint();\r
 598   }\r
 599 \r
 600   public void showColourText_itemStateChanged()\r
 601   {\r
 602     getGroup().setColourText(showColourText.getState());\r
 603     refresh();\r
 604   }\r
 605 \r
 606   public void showText_itemStateChanged()\r
 607   {\r
 608     getGroup().setDisplayText(showText.getState());\r
 609     refresh();\r
 610   }\r
 611 \r
 612   public void showBoxes_itemStateChanged()\r
 613   {\r
 614     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());\r
 615     refresh();\r
 616   }\r
 617 \r
 618   void hideSequences(boolean representGroup)\r
 619   {\r
 620     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 621     if(sg==null || sg.getSize(false)<1)\r
 622     {\r
 623       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]{seq});\r
 624       return;\r
 625     }\r
 626 \r
 627     int gsize = sg.getSize(false);\r
 628     SequenceI [] hseqs;\r
 629 \r
 630     hseqs = new SequenceI[ representGroup ? gsize-1 : gsize ];\r
 631 \r
 632       int index = 0;\r
 633       for(int i=0; i<gsize; i++)\r
 634       {\r
 635         if(representGroup && sg.getSequenceAt(i)!=seq)\r
 636         {\r
 637           seq.addHiddenSequence(sg.getSequenceAt(i));\r
 638           hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);\r
 639         }\r
 640         else if(!representGroup)\r
 641         {\r
 642           hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(index);\r
 643         }\r
 644         }\r
 645 \r
 646       ap.av.hideSequence(hseqs);\r
 647 \r
 648       ap.av.setSelectionGroup(null);\r
 649     }\r
 650 \r
 651 }\r