src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.bin.JalviewLite;
  28 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand;
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  38 import jalview.io.DataSourceType;
  39 import jalview.io.FileFormat;
  40 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  41 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  42 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  43 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  44 import jalview.schemes.CollectionColourScheme;
  45 import jalview.schemes.CollectionColourSchemeI;
  46 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  47 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  48 import jalview.schemes.JalviewColourScheme;
  49 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  50 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  51 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;
  52 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  53 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  54 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  55 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  56 import jalview.util.MessageManager;
  57 import jalview.util.UrlLink;
  58
  59 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  60 import java.awt.Frame;
  61 import java.awt.Menu;
  62 import java.awt.MenuItem;
  63 import java.awt.event.ActionEvent;
  64 import java.awt.event.ActionListener;
  65 import java.awt.event.ItemEvent;
  66 import java.awt.event.ItemListener;
  67 import java.util.Arrays;
  68 import java.util.Collection;
  69 import java.util.Collections;
  70 import java.util.LinkedHashMap;
  71 import java.util.List;
  72 import java.util.Map;
  73 import java.util.SortedMap;
  74 import java.util.TreeMap;
  75 import java.util.Vector;
  76
  77 public class APopupMenu extends java.awt.PopupMenu implements
  78         ActionListener, ItemListener
  79 {
  80   Menu groupMenu = new Menu();
  81
  82   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  83
  84   CheckboxMenuItem noColour = new CheckboxMenuItem();
  85
  86   protected CheckboxMenuItem clustalColour = new CheckboxMenuItem();
  87
  88   protected CheckboxMenuItem zappoColour = new CheckboxMenuItem();
  89
  90   protected CheckboxMenuItem taylorColour = new CheckboxMenuItem();
  91
  92   protected CheckboxMenuItem hydrophobicityColour = new CheckboxMenuItem();
  93
  94   protected CheckboxMenuItem helixColour = new CheckboxMenuItem();
  95
  96   protected CheckboxMenuItem strandColour = new CheckboxMenuItem();
  97
  98   protected CheckboxMenuItem turnColour = new CheckboxMenuItem();
  99
 100   protected CheckboxMenuItem buriedColour = new CheckboxMenuItem();
 101
 102   protected CheckboxMenuItem PIDColour = new CheckboxMenuItem();
 103
 104   protected CheckboxMenuItem BLOSUM62Colour = new CheckboxMenuItem();
 105
 106   CheckboxMenuItem nucleotideColour = new CheckboxMenuItem();
 107
 108   CheckboxMenuItem purinePyrimidineColour = new CheckboxMenuItem();
 109
 110   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
 111
 112   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
 113
 114   protected CheckboxMenuItem conservationColour = new CheckboxMenuItem();
 115
 116   final AlignmentPanel ap;
 117
 118   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
 119
 120   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
 121
 122   Menu colourMenu = new Menu();
 123
 124   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
 125
 126   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
 127
 128   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
 129
 130   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
 131
 132   Menu seqShowAnnotationsMenu = new Menu(
 133           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 134
 135   Menu seqHideAnnotationsMenu = new Menu(
 136           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 137
 138   MenuItem seqAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 139           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 140
 141   Menu groupShowAnnotationsMenu = new Menu(
 142           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 143
 144   Menu groupHideAnnotationsMenu = new Menu(
 145           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 146
 147   MenuItem groupAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 148           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 149
 150   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
 151
 152   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
 153
 154   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
 155
 156   MenuItem toUpper = new MenuItem(
 157           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 158
 159   MenuItem toLower = new MenuItem(
 160           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 161
 162   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 163           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 164
 165   Menu outputmenu = new Menu();
 166
 167   Menu seqMenu = new Menu();
 168
 169   MenuItem pdb = new MenuItem();
 170
 171   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 172
 173   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 174
 175   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 176           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 177
 178   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 179           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 180
 181   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 182           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 183
 184   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 185           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 186
 187   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 188           MessageManager.getString("label.sequence_details"));
 189
 190   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 191
 192   SequenceI seq;
 193
 194   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 195
 196   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 197
 198   /**
 199    * index of sequence to be revealed
 200    */
 201   int revealSeq_index = -1;
 202
 203   Menu menu1 = new Menu();
 204
 205   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 206           Vector<String> links)
 207   {
 208     // /////////////////////////////////////////////////////////
 209     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 210     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 211     //
 212     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 213     // ////////////////////////////////////////////////////////
 214
 215     this.ap = apanel;
 216     this.seq = seq;
 217
 218     try
 219     {
 220       jbInit();
 221     } catch (Exception e)
 222     {
 223       e.printStackTrace();
 224     }
 225
 226     for (String ff : FileFormat.getWritableFormats(true))
 227     {
 228       MenuItem item = new MenuItem(ff);
 229
 230       item.addActionListener(this);
 231       outputmenu.add(item);
 232     }
 233
 234     buildAnnotationSubmenus();
 235
 236     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 237     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 238     {
 239       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 240               "label.name_param", new Object[] { sg.getName() }));
 241       showText.setState(sg.getDisplayText());
 242       showColourText.setState(sg.getColourText());
 243       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 244       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 245       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 246       {
 247         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 248         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 249       }
 250       else
 251       {
 252         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 253         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 254         if (sg.cs != null)
 255         {
 256           abovePIDColour.setState(sg.cs.getThreshold() > 0);
 257           conservationColour.setState(sg.cs.conservationApplied());
 258         }
 259       }
 260       setSelectedColour(sg.cs);
 261     }
 262     else
 263     {
 264       remove(hideSeqs);
 265       remove(groupMenu);
 266     }
 267
 268     if (links != null && links.size() > 0)
 269     {
 270       addFeatureLinks(seq, links);
 271     }
 272
 273     // TODO: add group link menu entry here
 274     if (seq != null)
 275     {
 276       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 277       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 278       {
 279         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 280                 .getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark
 281                                                           // representative");
 282       }
 283       else
 284       {
 285         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 286                 .getString("action.set_as_reference")); // );
 287       }
 288       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 289               "label.represent_group_with", new Object[] { seq.getName() }));
 290     }
 291     else
 292     {
 293       remove(seqMenu);
 294     }
 295
 296     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 297     {
 298       remove(revealAll);
 299       remove(revealSeq);
 300     }
 301     else
 302     {
 303       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 304
 305       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 306               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 307       {
 308         revealSeq_index = index;
 309       }
 310       else
 311       {
 312         remove(revealSeq);
 313       }
 314     }
 315   }
 316
 317   /**
 318    * Select the menu item (if any) matching the current colour scheme. This
 319    * works by matching the menu item name (not display text) to the canonical
 320    * name of the colour scheme.
 321    *
 322    * @param cs
 323    */
 324   protected void setSelectedColour(CollectionColourSchemeI cs)
 325   {
 326     if (cs == null || cs.getColourScheme() == null)
 327     {
 328       noColour.setState(true);
 329     }
 330     else
 331     {
 332       String name = cs.getColourScheme().getSchemeName();
 333       for (int i = 0; i < colourMenu.getItemCount(); i++)
 334       {
 335         MenuItem item = colourMenu.getItem(i);
 336         if (item instanceof CheckboxMenuItem)
 337         {
 338           if (name.equals(item.getName()))
 339           {
 340             ((CheckboxMenuItem) item).setState(true);
 341           }
 342         }
 343       }
 344     }
 345   }
 346
 347   /**
 348    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 349    *
 350    * @param seq
 351    * @param links
 352    */
 353   void addFeatureLinks(final SequenceI seq, List<String> links)
 354   {
 355     Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 356     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<String, List<String>>();
 357
 358     for (String link : links)
 359     {
 360       UrlLink urlLink = null;
 361       try
 362       {
 363         urlLink = new UrlLink(link);
 364       } catch (Exception foo)
 365       {
 366         System.err.println("Exception for URLLink '" + link + "': "
 367                 + foo.getMessage());
 368         continue;
 369       }
 370
 371       if (!urlLink.isValid())
 372       {
 373         System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 374         continue;
 375       }
 376
 377       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 378     }
 379
 380     addshowLinks(linkMenu, linkset.values());
 381
 382     // disable link menu if there are no valid entries
 383     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 384     {
 385       linkMenu.setEnabled(true);
 386     }
 387     else
 388     {
 389       linkMenu.setEnabled(false);
 390     }
 391
 392     if (seq != null)
 393     {
 394       seqMenu.add(linkMenu);
 395     }
 396     else
 397     {
 398       add(linkMenu);
 399     }
 400
 401   }
 402
 403   private void addshowLinks(Menu linkMenu, Collection<List<String>> linkset)
 404   {
 405     for (List<String> linkstrset : linkset)
 406     {
 407       // split linkstr into label and url
 408       addshowLink(linkMenu, linkstrset.get(1), linkstrset.get(3));
 409     }
 410   }
 411
 412   /**
 413    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 414    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.
 415    */
 416   private void buildAnnotationSubmenus()
 417   {
 418     /*
 419      * First for the currently selected sequence (if there is one):
 420      */
 421     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 422             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 423     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 424             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 425     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 426             selectedSequence);
 427
 428     /*
 429      * and repeat for the current selection group (if there is one):
 430      */
 431     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 432             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 433             .getSequences());
 434     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 435             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 436     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 437             selectedGroup);
 438   }
 439
 440   /**
 441    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.
 442    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected
 443    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).
 444    *
 445    * @param menu
 446    * @param forSequences
 447    */
 448   private void configureReferenceAnnotationsMenu(MenuItem menuItem,
 449           List<SequenceI> forSequences)
 450   {
 451     menuItem.setEnabled(false);
 452
 453     /*
 454      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
 455      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
 456      */
 457     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
 458     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
 459     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
 460     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
 461             tipEntries, candidates, al);
 462     if (!candidates.isEmpty())
 463     {
 464       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
 465       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
 466
 467       /*
 468        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
 469        * configure its action.
 470        */
 471       menuItem.setEnabled(true);
 472
 473       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 474       {
 475         @Override
 476         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 477         {
 478           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
 479         }
 480       });
 481     }
 482   }
 483
 484   /**
 485    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
 486    *
 487    * @param candidates
 488    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
 489    *          of annotations to add to each sequence
 490    */
 491   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
 492           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
 493   {
 494     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
 495     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
 496     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
 497             selectionGroup);
 498     refresh();
 499   }
 500
 501   /**
 502    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 503    *
 504    * @param linkMenu
 505    * @param target
 506    *          - menu label string
 507    * @param url
 508    *          - url to open
 509    */
 510   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 511           final String url)
 512   {
 513     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 514   }
 515
 516   /**
 517    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 518    *
 519    * @param linkMenu
 520    * @param target
 521    *          - URL target window
 522    * @param label
 523    *          - menu label string
 524    * @param url
 525    *          - url to open
 526    */
 527   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 528           final String label, final String url)
 529   {
 530     MenuItem item = new MenuItem(label);
 531     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 532     {
 533       @Override
 534       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 535       {
 536         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 537       }
 538     });
 539     linkMenu.add(item);
 540   }
 541
 542   /**
 543    * Actions on selecting / unselecting a checkbox menu item
 544    */
 545   @Override
 546   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 547   {
 548     Object source = evt.getSource();
 549     if (source == noColour)
 550     {
 551       noColourmenuItem_actionPerformed();
 552     }
 553     else if (source == clustalColour)
 554     {
 555       clustalColour_actionPerformed();
 556     }
 557     else if (source == BLOSUM62Colour)
 558     {
 559       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 560     }
 561     else if (evt.getSource() == PIDColour)
 562     {
 563       PIDColour_actionPerformed();
 564     }
 565     else if (source == zappoColour)
 566     {
 567       zappoColour_actionPerformed();
 568     }
 569     else if (source == taylorColour)
 570     {
 571       taylorColour_actionPerformed();
 572     }
 573     else if (source == hydrophobicityColour)
 574     {
 575       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 576     }
 577     else if (source == helixColour)
 578     {
 579       helixColour_actionPerformed();
 580     }
 581     else if (source == strandColour)
 582     {
 583       strandColour_actionPerformed();
 584     }
 585     else if (source == turnColour)
 586     {
 587       turnColour_actionPerformed();
 588     }
 589     else if (source == buriedColour)
 590     {
 591       buriedColour_actionPerformed();
 592     }
 593     else if (source == nucleotideColour)
 594     {
 595       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 596     }
 597     else if (source == purinePyrimidineColour)
 598     {
 599       purinePyrimidineColour_actionPerformed();
 600     }
 601     else if (source == abovePIDColour)
 602     {
 603       abovePIDColour_itemStateChanged();
 604     }
 605     else if (source == conservationColour)
 606     {
 607       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 608     }
 609     else if (source == showColourText)
 610     {
 611       showColourText_itemStateChanged();
 612     }
 613     else if (source == showText)
 614     {
 615       showText_itemStateChanged();
 616     }
 617     else if (source == showBoxes)
 618     {
 619       showBoxes_itemStateChanged();
 620     }
 621     else if (source == displayNonconserved)
 622     {
 623       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 624     }
 625   }
 626
 627   /**
 628    * Actions on clicking a menu item
 629    */
 630   @Override
 631   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 632   {
 633     Object source = evt.getSource();
 634     if (source == userDefinedColour)
 635     {
 636       userDefinedColour_actionPerformed();
 637     }
 638     else if (source == unGroupMenuItem)
 639     {
 640       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 641     }
 642
 643     else if (source == createGroupMenuItem)
 644     {
 645       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 646     }
 647
 648     else if (source == sequenceName)
 649     {
 650       editName();
 651     }
 652     else if (source == makeReferenceSeq)
 653     {
 654       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 655     }
 656     else if (source == sequenceDetails)
 657     {
 658       showSequenceDetails();
 659     }
 660     else if (source == selSeqDetails)
 661     {
 662       showSequenceSelectionDetails();
 663     }
 664     else if (source == pdb)
 665     {
 666       addPDB();
 667     }
 668     else if (source == hideSeqs)
 669     {
 670       hideSequences(false);
 671     }
 672     else if (source == repGroup)
 673     {
 674       hideSequences(true);
 675     }
 676     else if (source == revealSeq)
 677     {
 678       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 679     }
 680     else if (source == revealAll)
 681     {
 682       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 683     }
 684
 685     else if (source == editGroupName)
 686     {
 687       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 688               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 689               "Group Description", ap.alignFrame,
 690               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 691
 692       if (dialog.accept)
 693       {
 694         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 695         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 696       }
 697
 698     }
 699     else if (source == copy)
 700     {
 701       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 702     }
 703     else if (source == cut)
 704     {
 705       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 706     }
 707     else if (source == editSequence)
 708     {
 709       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 710
 711       if (sg != null)
 712       {
 713         if (seq == null)
 714         {
 715           seq = sg.getSequenceAt(0);
 716         }
 717
 718         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 719                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 720                 "Edit Sequence ", null,
 721
 722                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 723
 724         if (dialog.accept)
 725         {
 726           EditCommand editCommand = new EditCommand(
 727                   MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 728                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 729                           ap.av.getGapCharacter()),
 730                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 731                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 732                   ap.av.getAlignment());
 733
 734           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 735
 736           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 737                   .getSequences());
 738         }
 739       }
 740     }
 741     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 742     {
 743       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 744       if (sg != null)
 745       {
 746         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 747                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 748
 749         String description;
 750         int caseChange;
 751
 752         if (source == toggleCase)
 753         {
 754           description = "Toggle Case";
 755           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 756         }
 757         else if (source == toUpper)
 758         {
 759           description = "To Upper Case";
 760           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 761         }
 762         else
 763         {
 764           description = "To Lower Case";
 765           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 766         }
 767
 768         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 769                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 770                 startEnd, caseChange);
 771
 772         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 773
 774         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 775                 .getSequences());
 776
 777       }
 778     }
 779     else if (source == sequenceFeature)
 780     {
 781       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 782       if (sg == null)
 783       {
 784         return;
 785       }
 786
 787       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 788       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 789       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 790
 791       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 792       {
 793         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 794         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 795         if (start <= end)
 796         {
 797           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 798           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 799                   end, "Jalview");
 800           rsize++;
 801         }
 802       }
 803       rseqs = new SequenceI[rsize];
 804       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 805       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 806       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 807       features = tfeatures;
 808       seqs = rseqs;
 809
 810       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 811               features, true, ap))
 812       {
 813         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 814         ap.av.setShowSequenceFeatures(true);
 815         ;
 816         ap.highlightSearchResults(null);
 817       }
 818     }
 819     else
 820     {
 821       outputText(evt);
 822     }
 823
 824   }
 825
 826   void outputText(ActionEvent e)
 827   {
 828     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 829
 830     Frame frame = new Frame();
 831     frame.add(cap);
 832     JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 833             "label.selection_output_command",
 834             new Object[] { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 835     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 836     // now returns a full copy of sequence data
 837     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 838
 839     FileFormat fileFormat = FileFormat.valueOf(e.getActionCommand());
 840     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(fileFormat,
 841             ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));
 842
 843   }
 844
 845   protected void showSequenceSelectionDetails()
 846   {
 847     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 848   }
 849
 850   protected void showSequenceDetails()
 851   {
 852     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { seq });
 853   }
 854
 855   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 856   {
 857
 858     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 859
 860     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
 861     for (SequenceI seq : sequences)
 862     {
 863       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 864               "label.annotation_for_displayid",
 865               new Object[] { seq.getDisplayId(true) }));
 866       new SequenceAnnotationReport(null).createSequenceAnnotationReport(
 867               contents,
 868               seq,
 869               true,
 870               true,
 871               (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr
 872                       .getMinMax() : null);
 873       contents.append("</p>");
 874     }
 875     Frame frame = new Frame();
 876     frame.add(cap);
 877     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 878             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 879                     : "Selection"), 600, 500);
 880     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 881             new Object[] { contents.toString() }));
 882   }
 883
 884   void editName()
 885   {
 886     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 887             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 888             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 889             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 890
 891     if (dialog.accept)
 892     {
 893       seq.setName(dialog.getName());
 894       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 895       ap.paintAlignment(false);
 896     }
 897   }
 898
 899   void addPDB()
 900   {
 901     Vector<PDBEntry> pdbs = seq.getAllPDBEntries();
 902     if (pdbs != null&& !pdbs.isEmpty())
 903     {
 904       PDBEntry entry = pdbs.firstElement();
 905
 906       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 907       {
 908         new jalview.appletgui.AppletJmol(entry, new SequenceI[] { seq },
 909                 null, ap, DataSourceType.URL);
 910       }
 911       else
 912       {
 913         new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[] { seq }, null,
 914                 ap, DataSourceType.URL);
 915       }
 916
 917     }
 918     else
 919     {
 920       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 921       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 922       cap.setPDBImport(seq);
 923       Frame frame = new Frame();
 924       frame.add(cap);
 925       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 926               "label.paste_pdb_file_for_sequence",
 927               new Object[] { seq.getName() }), 400, 300);
 928     }
 929   }
 930
 931   private void jbInit() throws Exception
 932   {
 933     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 934     sequenceFeature.addActionListener(this);
 935
 936     editGroupName.addActionListener(this);
 937     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 938             .getString("action.remove_group"));
 939     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 940
 941     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 942             .getString("action.create_group"));
 943     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 944
 945     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 946     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 947     showBoxes.setState(true);
 948     showBoxes.addItemListener(this);
 949     sequenceName.addActionListener(this);
 950     sequenceDetails.addActionListener(this);
 951     selSeqDetails.addActionListener(this);
 952     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 953             .getString("label.show_non_conserved"));
 954     displayNonconserved.setState(false);
 955     displayNonconserved.addItemListener(this);
 956     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 957     showText.addItemListener(this);
 958     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 959     showColourText.addItemListener(this);
 960     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 961     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 962     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 963     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 964     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 965             "label.represent_group_with", new Object[] { "" }));
 966     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 967     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 968     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group:"));
 969     add(groupMenu);
 970     this.add(seqMenu);
 971     this.add(hideSeqs);
 972     this.add(revealSeq);
 973     this.add(revealAll);
 974     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 975     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
 976     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
 977     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
 978     groupMenu.add(editMenu);
 979     groupMenu.add(outputmenu);
 980     groupMenu.add(sequenceFeature);
 981     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 982     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 983     groupMenu.add(menu1);
 984
 985     colourMenu.add(noColour);
 986     colourMenu.add(clustalColour);
 987     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 988     colourMenu.add(PIDColour);
 989     colourMenu.add(zappoColour);
 990     colourMenu.add(taylorColour);
 991     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 992     colourMenu.add(helixColour);
 993     colourMenu.add(strandColour);
 994     colourMenu.add(turnColour);
 995     colourMenu.add(buriedColour);
 996     colourMenu.add(nucleotideColour);
 997     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);
 998     colourMenu.add(userDefinedColour);
 999     colourMenu.addSeparator();
1000     colourMenu.add(abovePIDColour);
1001     colourMenu.add(conservationColour);
1002
1003     noColour.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
1004     noColour.addItemListener(this);
1005
1006     /*
1007      * setName allows setSelectedColour to do its thing
1008      */
1009     clustalColour.setLabel(MessageManager
1010             .getString("label.colourScheme_clustal"));
1011     clustalColour.setName(JalviewColourScheme.Clustal.toString());
1012     clustalColour.addItemListener(this);
1013     BLOSUM62Colour.setLabel(MessageManager
1014             .getString("label.colourScheme_blosum62"));
1015     BLOSUM62Colour.setName(JalviewColourScheme.Blosum62.toString());
1016     BLOSUM62Colour.addItemListener(this);
1017     PIDColour.setLabel(MessageManager
1018             .getString("label.colourScheme_%_identity"));
1019     PIDColour.setName(JalviewColourScheme.PID.toString());
1020     PIDColour.addItemListener(this);
1021     zappoColour.setLabel(MessageManager
1022             .getString("label.colourScheme_zappo"));
1023     zappoColour.setName(JalviewColourScheme.Zappo.toString());
1024     zappoColour.addItemListener(this);
1025     taylorColour.setLabel(MessageManager
1026             .getString("label.colourScheme_taylor"));
1027     taylorColour.setName(JalviewColourScheme.Taylor.toString());
1028     taylorColour.addItemListener(this);
1029     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager
1030             .getString("label.colourScheme_hydrophobic"));
1031     hydrophobicityColour
1032             .setName(JalviewColourScheme.Hydrophobic.toString());
1033     hydrophobicityColour.addItemListener(this);
1034     helixColour.setLabel(MessageManager
1035             .getString("label.colourScheme_helix_propensity"));
1036     helixColour.setName(JalviewColourScheme.Helix.toString());
1037     helixColour.addItemListener(this);
1038     strandColour.setLabel(MessageManager
1039             .getString("label.colourScheme_strand_propensity"));
1040     strandColour.setName(JalviewColourScheme.Strand.toString());
1041     strandColour.addItemListener(this);
1042     turnColour.setLabel(MessageManager
1043             .getString("label.colourScheme_turn_propensity"));
1044     turnColour.setName(JalviewColourScheme.Turn.toString());
1045     turnColour.addItemListener(this);
1046     buriedColour.setLabel(MessageManager
1047             .getString("label.colourScheme_buried_index"));
1048     buriedColour.setName(JalviewColourScheme.Buried.toString());
1049     buriedColour.addItemListener(this);
1050     nucleotideColour.setLabel(MessageManager
1051             .getString("label.colourScheme_nucleotide"));
1052     nucleotideColour.setName(JalviewColourScheme.Nucleotide.toString());
1053     nucleotideColour.addItemListener(this);
1054     purinePyrimidineColour.setLabel(MessageManager
1055             .getString("label.colourScheme_purine/pyrimidine"));
1056     purinePyrimidineColour.setName(JalviewColourScheme.PurinePyrimidine
1057             .toString());
1058     purinePyrimidineColour.addItemListener(this);
1059
1060     userDefinedColour.setLabel(MessageManager
1061             .getString("action.user_defined"));
1062     userDefinedColour.addActionListener(this);
1063
1064     abovePIDColour.setLabel(MessageManager
1065             .getString("label.above_identity_threshold"));
1066     abovePIDColour.addItemListener(this);
1067     conservationColour.setLabel(MessageManager
1068             .getString("label.conservation"));
1069     conservationColour.addItemListener(this);
1070
1071     editMenu.add(copy);
1072     copy.addActionListener(this);
1073     editMenu.add(cut);
1074     cut.addActionListener(this);
1075
1076     editMenu.add(editSequence);
1077     editSequence.addActionListener(this);
1078
1079     editMenu.add(toUpper);
1080     toUpper.addActionListener(this);
1081     editMenu.add(toLower);
1082     toLower.addActionListener(this);
1083     editMenu.add(toggleCase);
1084     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1085     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1086     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1087     seqMenu.add(sequenceName);
1088     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
1089     // seqMenu.add(sequenceDetails);
1090
1091     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
1092     {
1093       seqMenu.add(pdb);
1094     }
1095     seqMenu.add(repGroup);
1096     menu1.add(editGroupName);
1097     menu1.add(colourMenu);
1098     menu1.add(showBoxes);
1099     menu1.add(showText);
1100     menu1.add(showColourText);
1101     menu1.add(displayNonconserved);
1102     toggleCase.addActionListener(this);
1103     pdb.addActionListener(this);
1104     hideSeqs.addActionListener(this);
1105     repGroup.addActionListener(this);
1106     revealAll.addActionListener(this);
1107     revealSeq.addActionListener(this);
1108     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
1109   }
1110
1111   void refresh()
1112   {
1113     ap.paintAlignment(true);
1114   }
1115
1116   protected void clustalColour_actionPerformed()
1117   {
1118     SequenceGroup sg = getGroup();
1119     sg.cs = new CollectionColourScheme(new ClustalxColourScheme(sg,
1120             ap.av.getHiddenRepSequences()));
1121     refresh();
1122   }
1123
1124   protected void zappoColour_actionPerformed()
1125   {
1126     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new ZappoColourScheme());
1127     refresh();
1128   }
1129
1130   protected void taylorColour_actionPerformed()
1131   {
1132     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new TaylorColourScheme());
1133     refresh();
1134   }
1135
1136   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1137   {
1138     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new HydrophobicColourScheme());
1139     refresh();
1140   }
1141
1142   protected void helixColour_actionPerformed()
1143   {
1144     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new HelixColourScheme());
1145     refresh();
1146   }
1147
1148   protected void strandColour_actionPerformed()
1149   {
1150     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new StrandColourScheme());
1151     refresh();
1152   }
1153
1154   protected void turnColour_actionPerformed()
1155   {
1156     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new TurnColourScheme());
1157     refresh();
1158   }
1159
1160   protected void buriedColour_actionPerformed()
1161   {
1162     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new BuriedColourScheme());
1163     refresh();
1164   }
1165
1166   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1167   {
1168     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(new NucleotideColourScheme());
1169     refresh();
1170   }
1171
1172   public void purinePyrimidineColour_actionPerformed()
1173   {
1174     getGroup().cs = new CollectionColourScheme(
1175             new PurinePyrimidineColourScheme());
1176     refresh();
1177   }
1178
1179   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
1180   {
1181     SequenceGroup sg = getGroup();
1182     if (sg.cs == null)
1183     {
1184       return;
1185     }
1186
1187     if (abovePIDColour.getState())
1188     {
1189       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1190               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1191       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1192               .getName());
1193
1194       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1195
1196       SliderPanel.showPIDSlider();
1197
1198     }
1199     else
1200     // remove PIDColouring
1201     {
1202       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1203     }
1204
1205     refresh();
1206
1207   }
1208
1209   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1210   {
1211     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1212   }
1213
1214   protected void PIDColour_actionPerformed()
1215   {
1216     SequenceGroup sg = getGroup();
1217     sg.cs = new CollectionColourScheme(new PIDColourScheme());
1218     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1219             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1220     refresh();
1221   }
1222
1223   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1224   {
1225     SequenceGroup sg = getGroup();
1226
1227     sg.cs = new CollectionColourScheme(new Blosum62ColourScheme());
1228
1229     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1230             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1231
1232     refresh();
1233   }
1234
1235   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1236   {
1237     getGroup().cs = null;
1238     refresh();
1239   }
1240
1241   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1242   {
1243     SequenceGroup sg = getGroup();
1244     if (sg.cs == null)
1245     {
1246       return;
1247     }
1248
1249     if (conservationColour.getState())
1250     {
1251       Conservation conservation = Conservation.calculateConservation(
1252               "Group", sg
1253               .getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()), 0, ap.av
1254               .getAlignment().getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(),
1255               false);
1256       sg.getGroupColourScheme().setConservation(conservation);
1257       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1258       SliderPanel.showConservationSlider();
1259     }
1260     else
1261     // remove ConservationColouring
1262     {
1263       sg.cs.setConservation(null);
1264     }
1265
1266     refresh();
1267   }
1268
1269   SequenceGroup getGroup()
1270   {
1271     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1272
1273     // this method won't add a new group if it already exists
1274     if (sg != null)
1275     {
1276       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1277     }
1278
1279     return sg;
1280   }
1281
1282   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1283   {
1284     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1285     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1286     ap.av.setSelectionGroup(null);
1287     ap.paintAlignment(true);
1288   }
1289
1290   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1291   {
1292     getGroup(); // implicitly create group
1293     refresh();
1294   }
1295
1296   public void showColourText_itemStateChanged()
1297   {
1298     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1299     refresh();
1300   }
1301
1302   public void showText_itemStateChanged()
1303   {
1304     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1305     refresh();
1306   }
1307
1308   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1309   {
1310     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1311     {
1312       // initialise the display flags so the user sees something happen
1313       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1314       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1315       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1316     }
1317     else
1318     {
1319       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1320       {
1321         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1322       }
1323       else
1324       {
1325         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1326       }
1327     }
1328     refresh();
1329   }
1330
1331   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1332   {
1333     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1334     refresh();
1335   }
1336
1337   public void showBoxes_itemStateChanged()
1338   {
1339     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1340     refresh();
1341   }
1342
1343   void hideSequences(boolean representGroup)
1344   {
1345     ap.av.hideSequences(seq, representGroup);
1346   }
1347
1348   /**
1349    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
1350    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
1351    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
1352    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
1353    * <p>
1354    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
1355    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
1356    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
1357    * composite type name, e.g.
1358    * <p>
1359    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
1360    *
1361    * @param seq
1362    */
1363   protected void buildAnnotationTypesMenus(Menu showMenu, Menu hideMenu,
1364           List<SequenceI> forSequences)
1365   {
1366     showMenu.removeAll();
1367     hideMenu.removeAll();
1368
1369     final List<String> all = Arrays.asList(new String[] { MessageManager
1370             .getString("label.all") });
1371     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
1372     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
1373             false);
1374     showMenu.addSeparator();
1375     hideMenu.addSeparator();
1376
1377     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1378             .getAlignmentAnnotation();
1379
1380     /*
1381      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1382      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1383      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1384      * alignment.
1385      */
1386     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1387     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1388     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1389             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1390
1391     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1392     {
1393       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1394       {
1395         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1396                 false, true);
1397       }
1398     }
1399     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1400     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1401
1402     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1403     {
1404       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1405       {
1406         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1407                 false, false);
1408       }
1409     }
1410     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1411     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1412   }
1413
1414   /**
1415    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1416    * menus.
1417    *
1418    * @param showOrHideMenu
1419    *          the menu to add to
1420    * @param forSequences
1421    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1422    * @param calcId
1423    * @param types
1424    *          the label to add
1425    * @param allTypes
1426    *          if true this is a special label meaning 'All'
1427    * @param actionIsShow
1428    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1429    *          type, else hide
1430    */
1431   protected void addAnnotationTypeToShowHide(Menu showOrHideMenu,
1432           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1433           final List<String> types, final boolean allTypes,
1434           final boolean actionIsShow)
1435   {
1436     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1437     label = label.substring(1, label.length() - 1);
1438     final MenuItem item = new MenuItem(label);
1439     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1440     {
1441       @Override
1442       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1443       {
1444         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1445                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1446         refresh();
1447       }
1448     });
1449     showOrHideMenu.add(item);
1450   }
1451
1452 }