src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)\r
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import java.net.*;\r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import jalview.analysis.*;\r
  27 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  28 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  29 import jalview.commands.*;\r
  30 import jalview.datamodel.*;\r
  31 import jalview.io.*;\r
  32 import jalview.schemes.*;\r
  33 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  34 \r
  35 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,\r
  36         ItemListener, KeyListener\r
  37 {\r
  38   public AlignmentPanel alignPanel;\r
  39 \r
  40   public AlignViewport viewport;\r
  41 \r
  42   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
  43 \r
  44   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
  45 \r
  46   String jalviewServletURL;\r
  47 \r
  48   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet,\r
  49           String title, boolean embedded)\r
  50   {\r
  51 \r
  52     if (applet != null)\r
  53     {\r
  54       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
  55     }\r
  56 \r
  57     try\r
  58     {\r
  59       jbInit();\r
  60     } catch (Exception ex)\r
  61     {\r
  62       ex.printStackTrace();\r
  63     }\r
  64 \r
  65     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
  66     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
  67 \r
  68     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
  69     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
  70 \r
  71     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
  72     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowunconserved());\r
  73     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
  74     showGroupConsensus.setState(viewport.showGroupConsensus);\r
  75     showGroupConservation.setState(viewport.showGroupConservation);\r
  76     showConsensusHistogram.setState(viewport.showConsensusHistogram);\r
  77     showSequenceLogo.setState(viewport.showSequenceLogo);\r
  78 \r
  79     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
  80 \r
  81     if (applet != null)\r
  82     {\r
  83       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
  84       if (param != null)\r
  85       {\r
  86         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
  87         {\r
  88           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
  89         }\r
  90         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
  91         {\r
  92           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
  93         }\r
  94         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
  95         {\r
  96           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
  97         }\r
  98       }\r
  99 \r
 100       param = applet.getParameter("wrap");\r
 101       if (param != null)\r
 102       {\r
 103         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 104         {\r
 105           wrapMenuItem.setState(true);\r
 106           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 107         }\r
 108       }\r
 109       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 110       if (param != null)\r
 111       {\r
 112         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 113         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 114       }\r
 115       try\r
 116       {\r
 117         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 118         if (param != null)\r
 119         {\r
 120           int width = Integer.parseInt(param);\r
 121           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 122         }\r
 123         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 124         if (param != null)\r
 125         {\r
 126           int height = Integer.parseInt(param);\r
 127           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 128         }\r
 129       } catch (Exception ex)\r
 130       {\r
 131       }\r
 132 \r
 133     }\r
 134 \r
 135     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 136     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 137     // now\r
 138     this.addKeyListener(this);\r
 139     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 140     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 141     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 142     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 143     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 144     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 145     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 146     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 147 \r
 148     validate();\r
 149     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 150     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 151   }\r
 152 \r
 153   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 154   {\r
 155     return viewport;\r
 156   }\r
 157 \r
 158   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 159   {\r
 160     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 161   }\r
 162 \r
 163   /**\r
 164    * DOCUMENT ME!\r
 165    * \r
 166    * @param String\r
 167    *          DOCUMENT ME!\r
 168    */\r
 169 \r
 170   public void parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 171   {\r
 172     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 173     boolean featuresFile = false;\r
 174     try\r
 175     {\r
 176       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 177               .parse(viewport.alignment,\r
 178                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
 179                       featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
 180     } catch (Exception ex)\r
 181     {\r
 182       ex.printStackTrace();\r
 183     }\r
 184 \r
 185     if (featuresFile)\r
 186     {\r
 187       if (featureLinks.size() > 0)\r
 188       {\r
 189         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 190       }\r
 191       viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 192       sequenceFeatures.setState(true);\r
 193       if (viewport.featureSettings != null)\r
 194       {\r
 195         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 196       }\r
 197       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 198     }\r
 199 \r
 200   }\r
 201 \r
 202   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 203   {\r
 204     if (viewport.cursorMode\r
 205             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 206                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 207                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 208             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 209       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 210 \r
 211     switch (evt.getKeyCode())\r
 212     {\r
 213     case 27: // escape key\r
 214       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 215       \r
 216       alignPanel.alabels.cancelDrag(); \r
 217       break;\r
 218     case KeyEvent.VK_X:\r
 219       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 220       {\r
 221         cut_actionPerformed();\r
 222       }\r
 223       break;\r
 224     case KeyEvent.VK_C:\r
 225       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 226       {\r
 227         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 228       }\r
 229       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 230       {\r
 231         copy_actionPerformed();\r
 232       }\r
 233       break;\r
 234     case KeyEvent.VK_V:\r
 235       if (evt.isControlDown())\r
 236       {\r
 237         paste(evt.isShiftDown());\r
 238       }\r
 239       break;\r
 240     case KeyEvent.VK_A:\r
 241       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 242       {\r
 243         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 244       }\r
 245       break;\r
 246     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 247       if (viewport.cursorMode)\r
 248       {\r
 249         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 250       }\r
 251       else\r
 252       {\r
 253         moveSelectedSequences(false);\r
 254       }\r
 255       break;\r
 256 \r
 257     case KeyEvent.VK_UP:\r
 258       if (viewport.cursorMode)\r
 259       {\r
 260         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 261       }\r
 262       else\r
 263       {\r
 264         moveSelectedSequences(true);\r
 265       }\r
 266       break;\r
 267 \r
 268     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 269       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 270         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 271       else\r
 272         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 273       break;\r
 274 \r
 275     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 276       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 277         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 278       else\r
 279         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 280       break;\r
 281 \r
 282     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 283       if (viewport.cursorMode)\r
 284       {\r
 285         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 286                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 287       }\r
 288       break;\r
 289 \r
 290     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 291     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 292       if (viewport.cursorMode)\r
 293       {\r
 294         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 295                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 296       }\r
 297       else\r
 298       {\r
 299         cut_actionPerformed();\r
 300         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 301       }\r
 302       break;\r
 303 \r
 304     case KeyEvent.VK_S:\r
 305       if (viewport.cursorMode)\r
 306       {\r
 307         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 308       }\r
 309       break;\r
 310     case KeyEvent.VK_P:\r
 311       if (viewport.cursorMode)\r
 312       {\r
 313         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 314       }\r
 315       break;\r
 316 \r
 317     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 318     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 319       if (viewport.cursorMode)\r
 320       {\r
 321         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 322       }\r
 323       break;\r
 324 \r
 325     case KeyEvent.VK_Q:\r
 326       if (viewport.cursorMode)\r
 327       {\r
 328         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 329       }\r
 330       break;\r
 331     case KeyEvent.VK_M:\r
 332       if (viewport.cursorMode)\r
 333       {\r
 334         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 335       }\r
 336       break;\r
 337 \r
 338     case KeyEvent.VK_F2:\r
 339       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 340       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 341               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 342       if (viewport.cursorMode)\r
 343       {\r
 344         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 345         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 346       }\r
 347       break;\r
 348 \r
 349     case KeyEvent.VK_F:\r
 350       if (evt.isControlDown())\r
 351       {\r
 352         findMenuItem_actionPerformed();\r
 353       }\r
 354       break;\r
 355 \r
 356     case KeyEvent.VK_H:\r
 357     {\r
 358       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 359       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 360       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 361       break;\r
 362     }\r
 363 \r
 364     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 365       if (viewport.wrapAlignment)\r
 366       {\r
 367         alignPanel.scrollUp(true);\r
 368       }\r
 369       else\r
 370       {\r
 371         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 372                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 373       }\r
 374       break;\r
 375 \r
 376     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 377       if (viewport.wrapAlignment)\r
 378       {\r
 379         alignPanel.scrollUp(false);\r
 380       }\r
 381       else\r
 382       {\r
 383         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 384                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 385       }\r
 386       break;\r
 387 \r
 388     case KeyEvent.VK_Z:\r
 389       if (evt.isControlDown())\r
 390       {\r
 391         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 392       }\r
 393       break;\r
 394 \r
 395     case KeyEvent.VK_Y:\r
 396       if (evt.isControlDown())\r
 397       {\r
 398         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 399       }\r
 400       break;\r
 401 \r
 402     case KeyEvent.VK_L:\r
 403       if (evt.isControlDown())\r
 404       {\r
 405         trimAlignment(true);\r
 406       }\r
 407       break;\r
 408 \r
 409     case KeyEvent.VK_R:\r
 410       if (evt.isControlDown())\r
 411       {\r
 412         trimAlignment(false);\r
 413       }\r
 414       break;\r
 415 \r
 416     case KeyEvent.VK_E:\r
 417       if (evt.isControlDown())\r
 418       {\r
 419         if (evt.isShiftDown())\r
 420         {\r
 421           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 422         }\r
 423         else\r
 424         {\r
 425           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 426         }\r
 427       }\r
 428       break;\r
 429     case KeyEvent.VK_I:\r
 430       if (evt.isControlDown())\r
 431       {\r
 432         if (evt.isAltDown())\r
 433         {\r
 434           invertColSel_actionPerformed();\r
 435         }\r
 436         else\r
 437         {\r
 438           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 439         }\r
 440       }\r
 441       break;\r
 442 \r
 443     case KeyEvent.VK_U:\r
 444       if (evt.isControlDown())\r
 445       {\r
 446         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 447       }\r
 448       break;\r
 449 \r
 450     case KeyEvent.VK_T:\r
 451       if (evt.isControlDown())\r
 452       {\r
 453         newView(null);\r
 454       }\r
 455       break;\r
 456 \r
 457     }\r
 458     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 459   }\r
 460 \r
 461   /**\r
 462    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 463    * \r
 464    * @param toggleSeqs\r
 465    * @param toggleCols\r
 466    */\r
 467   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 468   {\r
 469     boolean hide = false;\r
 470     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 471     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 472     {\r
 473       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 474       // invert and then hide\r
 475       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 476       if ((viewport.colSel != null && viewport.colSel.getSelected() != null && viewport.colSel\r
 477               .getSelected().size() > 0)\r
 478               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 479                       .getEndRes()))\r
 480       {\r
 481         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 482         // that no hiding is required.\r
 483         if (sg != null)\r
 484         {\r
 485           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 486           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 487           toggleSeqs = true;\r
 488 \r
 489         }\r
 490         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 491         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 492         // selection and indicate it should be hidden.\r
 493         invertColSel_actionPerformed();\r
 494         toggleCols = true;\r
 495       }\r
 496     }\r
 497 \r
 498     if (toggleSeqs)\r
 499     {\r
 500       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.alignment.getHeight())\r
 501       {\r
 502         hide = true;\r
 503         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 504       }\r
 505       else if (!(toggleCols && viewport.colSel.getSelected().size() > 0))\r
 506       {\r
 507         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 508       }\r
 509     }\r
 510 \r
 511     if (toggleCols)\r
 512     {\r
 513       if (viewport.colSel.getSelected().size() > 0)\r
 514       {\r
 515         viewport.hideSelectedColumns();\r
 516         if (!toggleSeqs)\r
 517         {\r
 518           viewport.selectionGroup = sg;\r
 519         }\r
 520       }\r
 521       else if (!hide)\r
 522       {\r
 523         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 524       }\r
 525     }\r
 526   }\r
 527 \r
 528   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 529   {\r
 530   }\r
 531 \r
 532   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 533   {\r
 534   }\r
 535 \r
 536   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 537   {\r
 538     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 539     {\r
 540       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 541     }\r
 542     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 543     {\r
 544       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 545     }\r
 546     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 547     {\r
 548       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 549     }\r
 550     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 551     {\r
 552       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 553     }\r
 554     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 555     {\r
 556       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 557     }\r
 558     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 559     {\r
 560       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 561     }\r
 562     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 563     {\r
 564       seqLimits_itemStateChanged();\r
 565     }\r
 566     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 567     {\r
 568       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 569     }\r
 570     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 571     {\r
 572       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 573     }\r
 574     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 575     {\r
 576       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 577     }\r
 578     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 579     {\r
 580       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 581       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 582     }\r
 583     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 584     {\r
 585       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 586       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 587     }\r
 588     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 589     {\r
 590       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 591     }\r
 592     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 593     {\r
 594       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 595     }\r
 596     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 597     {\r
 598       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 599     }\r
 600     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 601     {\r
 602       viewport.autocalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 603     }\r
 604     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 605     {\r
 606       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 607     }\r
 608     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 609     {\r
 610       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 611     }\r
 612     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 613     {\r
 614       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 615     }\r
 616     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 617     {\r
 618       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 619     }\r
 620     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 621     {\r
 622       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 623     }\r
 624     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 625     {\r
 626       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 627     }\r
 628     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 629     {\r
 630       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 631     }\r
 632     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 633   }\r
 634 \r
 635   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 636   {\r
 637     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 638     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 639     // searchresults.\r
 640   }\r
 641 \r
 642   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 643   {\r
 644     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 645     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 646   }\r
 647 \r
 648   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 649   {\r
 650     Object source = evt.getSource();\r
 651 \r
 652     if (source == inputText)\r
 653     {\r
 654       inputText_actionPerformed();\r
 655     }\r
 656     else if (source == loadTree)\r
 657     {\r
 658       loadTree_actionPerformed();\r
 659     }\r
 660     else if (source == loadApplication)\r
 661     {\r
 662       launchFullApplication();\r
 663     }\r
 664     else if (source == loadAnnotations)\r
 665     {\r
 666       loadAnnotations();\r
 667     }\r
 668     else if (source == outputAnnotations)\r
 669     {\r
 670       outputAnnotations(true);\r
 671     }\r
 672     else if (source == outputFeatures)\r
 673     {\r
 674       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 675     }\r
 676     else if (source == closeMenuItem)\r
 677     {\r
 678       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 679     }\r
 680     else if (source == copy)\r
 681     {\r
 682       copy_actionPerformed();\r
 683     }\r
 684     else if (source == undoMenuItem)\r
 685     {\r
 686       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 687     }\r
 688     else if (source == redoMenuItem)\r
 689     {\r
 690       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 691     }\r
 692     else if (source == inputText)\r
 693     {\r
 694       inputText_actionPerformed();\r
 695     }\r
 696     else if (source == closeMenuItem)\r
 697     {\r
 698       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 699     }\r
 700     else if (source == undoMenuItem)\r
 701     {\r
 702       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 703     }\r
 704     else if (source == redoMenuItem)\r
 705     {\r
 706       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 707     }\r
 708     else if (source == copy)\r
 709     {\r
 710       copy_actionPerformed();\r
 711     }\r
 712     else if (source == pasteNew)\r
 713     {\r
 714       pasteNew_actionPerformed();\r
 715     }\r
 716     else if (source == pasteThis)\r
 717     {\r
 718       pasteThis_actionPerformed();\r
 719     }\r
 720     else if (source == cut)\r
 721     {\r
 722       cut_actionPerformed();\r
 723     }\r
 724     else if (source == delete)\r
 725     {\r
 726       delete_actionPerformed();\r
 727     }\r
 728     else if (source == grpsFromSelection)\r
 729     {\r
 730       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 731     }\r
 732     else if (source == deleteGroups)\r
 733     {\r
 734       deleteGroups_actionPerformed();\r
 735     }\r
 736     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 737     {\r
 738       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 739     }\r
 740     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 741     {\r
 742       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 743     }\r
 744     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 745     {\r
 746       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 747     }\r
 748     else if (source == invertColSel)\r
 749     {\r
 750       viewport.invertColumnSelection();\r
 751       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 752     }\r
 753     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 754     {\r
 755       trimAlignment(true);\r
 756     }\r
 757     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 758     {\r
 759       trimAlignment(false);\r
 760     }\r
 761     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 762     {\r
 763       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 764     }\r
 765     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 766     {\r
 767       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 768     }\r
 769     else if (source == findMenuItem)\r
 770     {\r
 771       findMenuItem_actionPerformed();\r
 772     }\r
 773     else if (source == font)\r
 774     {\r
 775       new FontChooser(alignPanel);\r
 776     }\r
 777     else if (source == newView)\r
 778     {\r
 779       newView(null);\r
 780     }\r
 781     else if (source == showColumns)\r
 782     {\r
 783       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 784       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 785     }\r
 786     else if (source == showSeqs)\r
 787     {\r
 788       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 789       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 790     }\r
 791     else if (source == hideColumns)\r
 792     {\r
 793       viewport.hideSelectedColumns();\r
 794       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 795     }\r
 796     else if (source == hideSequences\r
 797             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 798     {\r
 799       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 800       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 801     }\r
 802     else if (source == hideAllButSelection)\r
 803     {\r
 804       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 805       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 806     }\r
 807     else if (source == hideAllSelection)\r
 808     {\r
 809       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 810       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 811       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 812       viewport.hideSelectedColumns();\r
 813       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 814     }\r
 815     else if (source == showAllHidden)\r
 816     {\r
 817       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 818       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 819       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 820     }\r
 821     else if (source == showGroupConsensus)\r
 822     {\r
 823       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 824     }\r
 825     else if (source == showGroupConservation)\r
 826     {\r
 827       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 828     }\r
 829     else if (source == showSequenceLogo)\r
 830     {\r
 831       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 832     }\r
 833     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 834     {\r
 835       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 836     }\r
 837     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 838     {\r
 839       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 840     }\r
 841     else if (source == featureSettings)\r
 842     {\r
 843       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 844     }\r
 845     else if (source == alProperties)\r
 846     {\r
 847       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 848               viewport.alignment).formatAsString();\r
 849       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 850       cap.setText(contents.toString());\r
 851       Frame frame = new Frame();\r
 852       frame.add(cap);\r
 853       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 854               + getTitle(), 400, 250);\r
 855     }\r
 856     else if (source == overviewMenuItem)\r
 857     {\r
 858       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 859     }\r
 860     else if (source == noColourmenuItem)\r
 861     {\r
 862       changeColour(null);\r
 863     }\r
 864     else if (source == clustalColour)\r
 865     {\r
 866       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 867       changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
 868               viewport.alignment.getSequences(),\r
 869               viewport.alignment.getWidth()));\r
 870     }\r
 871     else if (source == zappoColour)\r
 872     {\r
 873       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 874     }\r
 875     else if (source == taylorColour)\r
 876     {\r
 877       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 878     }\r
 879     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 880     {\r
 881       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 882     }\r
 883     else if (source == helixColour)\r
 884     {\r
 885       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 886     }\r
 887     else if (source == strandColour)\r
 888     {\r
 889       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 890     }\r
 891     else if (source == turnColour)\r
 892     {\r
 893       changeColour(new TurnColourScheme());\r
 894     }\r
 895     else if (source == buriedColour)\r
 896     {\r
 897       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
 898     }\r
 899     else if (source == nucleotideColour)\r
 900     {\r
 901       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
 902     }\r
 903     else if (source == modifyPID)\r
 904     {\r
 905       modifyPID_actionPerformed();\r
 906     }\r
 907     else if (source == modifyConservation)\r
 908     {\r
 909       modifyConservation_actionPerformed();\r
 910     }\r
 911     else if (source == userDefinedColour)\r
 912     {\r
 913       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
 914     }\r
 915     else if (source == PIDColour)\r
 916     {\r
 917       changeColour(new PIDColourScheme());\r
 918     }\r
 919     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
 920     {\r
 921       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
 922     }\r
 923     else if (source == annotationColour)\r
 924     {\r
 925       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
 926     }\r
 927     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
 928     {\r
 929       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 930     }\r
 931     else if (source == sortIDMenuItem)\r
 932     {\r
 933       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 934     }\r
 935     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
 936     {\r
 937       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 938     }\r
 939     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
 940     {\r
 941       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
 942     }\r
 943     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
 944     {\r
 945       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
 946     }\r
 947     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
 948     {\r
 949       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
 950     }\r
 951     else if (source == PCAMenuItem)\r
 952     {\r
 953       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
 954     }\r
 955     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
 956     {\r
 957       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
 958     }\r
 959     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
 960     {\r
 961       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
 962     }\r
 963     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
 964     {\r
 965       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
 966     }\r
 967     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
 968     {\r
 969       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
 970     }\r
 971     else if (source == documentation)\r
 972     {\r
 973       documentation_actionPerformed();\r
 974     }\r
 975     else if (source == about)\r
 976     {\r
 977       about_actionPerformed();\r
 978     }\r
 979 \r
 980   }\r
 981 \r
 982   public void inputText_actionPerformed()\r
 983   {\r
 984     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
 985     Frame frame = new Frame();\r
 986     frame.add(cap);\r
 987     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
 988   }\r
 989 \r
 990   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 991   {\r
 992     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
 993     Frame frame = new Frame();\r
 994     frame.add(cap);\r
 995     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
 996             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
 997     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
 998             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
 999             viewport.showJVSuffix));\r
1000   }\r
1001 \r
1002   public void loadAnnotations()\r
1003   {\r
1004     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1005     cap.setText("Paste your features / annotations file here.");\r
1006     cap.setAnnotationImport();\r
1007     Frame frame = new Frame();\r
1008     frame.add(cap);\r
1009     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1010 \r
1011   }\r
1012 \r
1013   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1014   {\r
1015     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1016             viewport.showAnnotation ? viewport.alignment\r
1017                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.alignment\r
1018                     .getGroups(),\r
1019             ((Alignment) viewport.alignment).alignmentProperties);\r
1020 \r
1021     if (displayTextbox)\r
1022     {\r
1023       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1024       Frame frame = new Frame();\r
1025       frame.add(cap);\r
1026       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1027       cap.setText(annotation);\r
1028     }\r
1029 \r
1030     return annotation;\r
1031   }\r
1032 \r
1033   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1034   {\r
1035     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null)\r
1036     {\r
1037       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1038       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1039       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1040       while (en.hasMoreElements())\r
1041       {\r
1042         Object col = en.nextElement();\r
1043         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1044       }\r
1045       return fcols;\r
1046     }\r
1047     return null;\r
1048   }\r
1049 \r
1050   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1051   {\r
1052     String features;\r
1053     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1054     {\r
1055       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
1056               viewport.alignment.getSequencesArray(),\r
1057               getDisplayedFeatureCols());\r
1058     }\r
1059     else\r
1060     {\r
1061       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
1062               viewport.alignment.getSequencesArray(),\r
1063               getDisplayedFeatureCols());\r
1064     }\r
1065 \r
1066     if (displayTextbox)\r
1067     {\r
1068       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1069       Frame frame = new Frame();\r
1070       frame.add(cap);\r
1071       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1072 \r
1073       cap.setText(features);\r
1074     }\r
1075 \r
1076     return features;\r
1077   }\r
1078 \r
1079   void launchFullApplication()\r
1080   {\r
1081     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1082 \r
1083     url.append("?open="\r
1084             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1085 \r
1086     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1087     {\r
1088       url.append("&features=");\r
1089       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1090     }\r
1091 \r
1092     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1093     {\r
1094       url.append("&annotations=");\r
1095       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1096     }\r
1097 \r
1098     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1099     {\r
1100       url.append("&annotations=");\r
1101       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1102     }\r
1103 \r
1104     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1105     {\r
1106       url.append("&colour="\r
1107               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1108                       .getParameter("defaultColour")));\r
1109     }\r
1110 \r
1111     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1112     {\r
1113       url.append("&colour="\r
1114               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1115                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1116     }\r
1117     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1118     {\r
1119       url.append("&tree="\r
1120               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1121     }\r
1122     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1123     {\r
1124       url.append("&tree="\r
1125               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1126     }\r
1127 \r
1128     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1129   }\r
1130 \r
1131   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1132   {\r
1133     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1134     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1135     {\r
1136       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1137       {\r
1138         sb.append("%20");\r
1139       }\r
1140       else\r
1141       {\r
1142         sb.append(colour.charAt(i));\r
1143       }\r
1144     }\r
1145 \r
1146     return sb.toString();\r
1147   }\r
1148 \r
1149   String appendProtocol(String url)\r
1150   {\r
1151     try\r
1152     {\r
1153       new URL(url);\r
1154       url = URLEncoder.encode(url);\r
1155     }\r
1156     /*\r
1157      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1158      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1159      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1160      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1161      * ex.printStackTrace(); }\r
1162      */\r
1163     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1164     {\r
1165       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1166     }\r
1167     return url;\r
1168   }\r
1169 \r
1170   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1171   {\r
1172     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1173     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1174     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1175 \r
1176     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1177     {\r
1178       System.exit(0);\r
1179     } else {\r
1180     }\r
1181     viewport = null;\r
1182     alignPanel = null;\r
1183     this.dispose();\r
1184   }\r
1185 \r
1186   /**\r
1187    * DOCUMENT ME!\r
1188    */\r
1189   void updateEditMenuBar()\r
1190   {\r
1191 \r
1192     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1193     {\r
1194       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1195       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1196       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1197     }\r
1198     else\r
1199     {\r
1200       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1201       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1202     }\r
1203 \r
1204     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1205     {\r
1206       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1207 \r
1208       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1209       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1210     }\r
1211     else\r
1212     {\r
1213       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1214       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1215     }\r
1216   }\r
1217 \r
1218   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1219   {\r
1220     if (command.getSize() > 0)\r
1221     {\r
1222       viewport.historyList.push(command);\r
1223       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1224       updateEditMenuBar();\r
1225       viewport.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;\r
1226     }\r
1227   }\r
1228 \r
1229   /**\r
1230    * DOCUMENT ME!\r
1231    * \r
1232    * @param e\r
1233    *          DOCUMENT ME!\r
1234    */\r
1235   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1236   {\r
1237     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1238     {\r
1239       return;\r
1240     }\r
1241 \r
1242     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1243     viewport.redoList.push(command);\r
1244     command.undoCommand(null);\r
1245 \r
1246     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1247 \r
1248     originalSource.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;\r
1249     updateEditMenuBar();\r
1250     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1251             originalSource.alignment.getSequences());\r
1252   }\r
1253 \r
1254   /**\r
1255    * DOCUMENT ME!\r
1256    * \r
1257    * @param e\r
1258    *          DOCUMENT ME!\r
1259    */\r
1260   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1261   {\r
1262     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1263     {\r
1264       return;\r
1265     }\r
1266 \r
1267     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1268     viewport.historyList.push(command);\r
1269     command.doCommand(null);\r
1270 \r
1271     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1272     originalSource.hasHiddenColumns = viewport.colSel.getHiddenColumns() != null;\r
1273 \r
1274     updateEditMenuBar();\r
1275     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1276             originalSource.alignment.getSequences());\r
1277   }\r
1278 \r
1279   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1280   {\r
1281     AlignViewport originalSource = null;\r
1282     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1283     // the property change event FROM the viewport where the\r
1284     // original alignment was altered\r
1285     AlignmentI al = null;\r
1286     if (command instanceof EditCommand)\r
1287     {\r
1288       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1289       al = editCommand.getAlignment();\r
1290       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1291               .getSequenceSetId());\r
1292       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1293       {\r
1294         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1295         {\r
1296           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.alignment)\r
1297           {\r
1298             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1299             break;\r
1300           }\r
1301         }\r
1302       }\r
1303     }\r
1304 \r
1305     if (originalSource == null)\r
1306     {\r
1307       // The original view is closed, we must validate\r
1308       // the current view against the closed view first\r
1309       if (al != null)\r
1310       {\r
1311         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.alignment);\r
1312       }\r
1313 \r
1314       originalSource = viewport;\r
1315     }\r
1316 \r
1317     return originalSource;\r
1318   }\r
1319 \r
1320   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1321   {\r
1322     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1323     if (sg == null)\r
1324     {\r
1325       return;\r
1326     }\r
1327 \r
1328     if (up)\r
1329     {\r
1330       for (int i = 1; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
1331       {\r
1332         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
1333         if (!sg.getSequences(null).contains(seq))\r
1334         {\r
1335           continue;\r
1336         }\r
1337 \r
1338         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i - 1);\r
1339         if (sg.getSequences(null).contains(temp))\r
1340         {\r
1341           continue;\r
1342         }\r
1343 \r
1344         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1345         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
1346       }\r
1347     }\r
1348     else\r
1349     {\r
1350       for (int i = viewport.alignment.getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
1351       {\r
1352         SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(i);\r
1353         if (!sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences).contains(seq))\r
1354         {\r
1355           continue;\r
1356         }\r
1357 \r
1358         SequenceI temp = viewport.alignment.getSequenceAt(i + 1);\r
1359         if (sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences).contains(temp))\r
1360         {\r
1361           continue;\r
1362         }\r
1363 \r
1364         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1365         viewport.alignment.getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
1366       }\r
1367     }\r
1368 \r
1369     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1370   }\r
1371 \r
1372   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1373   {\r
1374     Vector sg = new Vector();\r
1375     if (viewport.cursorMode)\r
1376     {\r
1377       sg.addElement(viewport.alignment\r
1378               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1379     }\r
1380     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1381             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.alignment\r
1382                     .getHeight())\r
1383     {\r
1384       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1385               viewport.hiddenRepSequences);\r
1386     }\r
1387 \r
1388     if (sg.size() < 1)\r
1389     {\r
1390       return;\r
1391     }\r
1392 \r
1393     Vector invertGroup = new Vector();\r
1394 \r
1395     for (int i = 0; i < viewport.alignment.getHeight(); i++)\r
1396     {\r
1397       if (!sg.contains(viewport.alignment.getSequenceAt(i)))\r
1398         invertGroup.addElement(viewport.alignment.getSequenceAt(i));\r
1399     }\r
1400 \r
1401     SequenceI[] seqs1 = new SequenceI[sg.size()];\r
1402     for (int i = 0; i < sg.size(); i++)\r
1403       seqs1[i] = (SequenceI) sg.elementAt(i);\r
1404 \r
1405     SequenceI[] seqs2 = new SequenceI[invertGroup.size()];\r
1406     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1407       seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);\r
1408 \r
1409     SlideSequencesCommand ssc;\r
1410     if (right)\r
1411       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1412               size, viewport.getGapCharacter());\r
1413     else\r
1414       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1415               size, viewport.getGapCharacter());\r
1416 \r
1417     int groupAdjustment = 0;\r
1418     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1419     {\r
1420       if (viewport.cursorMode)\r
1421         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1422       else\r
1423         groupAdjustment = size;\r
1424     }\r
1425     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1426     {\r
1427       if (viewport.cursorMode)\r
1428         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1429       else\r
1430         groupAdjustment = -size;\r
1431     }\r
1432 \r
1433     if (groupAdjustment != 0)\r
1434     {\r
1435       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1436               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1437       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1438               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1439     }\r
1440 \r
1441     boolean appendHistoryItem = false;\r
1442     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1443             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1444     {\r
1445       appendHistoryItem = ssc\r
1446               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1447                       .peek());\r
1448     }\r
1449 \r
1450     if (!appendHistoryItem)\r
1451       addHistoryItem(ssc);\r
1452 \r
1453     repaint();\r
1454   }\r
1455 \r
1456   static StringBuffer copiedSequences;\r
1457 \r
1458   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1459 \r
1460   protected void copy_actionPerformed()\r
1461   {\r
1462     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1463     {\r
1464       return;\r
1465     }\r
1466 \r
1467     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1468     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1469     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1470     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1471     {\r
1472       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1473       int index = viewport.alignment.findIndex(seq);\r
1474       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1475     }\r
1476 \r
1477     int index = 0, startRes, endRes;\r
1478     char ch;\r
1479 \r
1480     if (viewport.hasHiddenColumns && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1481     {\r
1482       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1483       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1484       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1485               .size(); i++)\r
1486       {\r
1487         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1488                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1489 \r
1490         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1491         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1492       }\r
1493     }\r
1494     else\r
1495     {\r
1496       copiedHiddenColumns = null;\r
1497     }\r
1498 \r
1499     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1500     {\r
1501       SequenceI seq = null;\r
1502 \r
1503       while (seq == null)\r
1504       {\r
1505         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1506         {\r
1507           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1508           index++;\r
1509 \r
1510           break;\r
1511         }\r
1512         else\r
1513         {\r
1514           index++;\r
1515         }\r
1516       }\r
1517 \r
1518       // FIND START RES\r
1519       // Returns residue following index if gap\r
1520       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1521 \r
1522       // FIND END RES\r
1523       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1524       endRes = 0;\r
1525 \r
1526       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1527       {\r
1528         ch = seq.getCharAt(j);\r
1529         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1530         {\r
1531           endRes++;\r
1532         }\r
1533       }\r
1534 \r
1535       if (endRes > 0)\r
1536       {\r
1537         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1538       }\r
1539 \r
1540       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1541               + "\t"\r
1542               + startRes\r
1543               + "\t"\r
1544               + endRes\r
1545               + "\t"\r
1546               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1547                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1548     }\r
1549 \r
1550   }\r
1551 \r
1552   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1553   {\r
1554     paste(true);\r
1555   }\r
1556 \r
1557   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1558   {\r
1559     paste(false);\r
1560   }\r
1561 \r
1562   void paste(boolean newAlignment)\r
1563   {\r
1564     try\r
1565     {\r
1566 \r
1567       if (copiedSequences == null)\r
1568       {\r
1569         return;\r
1570       }\r
1571 \r
1572       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1573       Vector seqs = new Vector();\r
1574       while (st.hasMoreElements())\r
1575       {\r
1576         String name = st.nextToken();\r
1577         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1578         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1579         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1580       }\r
1581       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1582       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1583       {\r
1584         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1585       }\r
1586 \r
1587       if (newAlignment)\r
1588       {\r
1589         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1590         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1591         {\r
1592           newtitle = getTitle();\r
1593         }\r
1594         else\r
1595         {\r
1596           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1597         }\r
1598         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1599                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1600         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1601         {\r
1602           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1603           {\r
1604             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1605             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1606           }\r
1607         }\r
1608 \r
1609         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1610                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1611       }\r
1612       else\r
1613       {\r
1614         addSequences(newSeqs);\r
1615       }\r
1616 \r
1617     } catch (Exception ex)\r
1618     {\r
1619     } // could be anything being pasted in here\r
1620 \r
1621   }\r
1622 \r
1623   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1624   {\r
1625     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1626     {\r
1627       viewport.alignment.addSequence(seqs[i]);\r
1628     }\r
1629 \r
1630     // !newAlignment\r
1631     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1632             seqs, 0, viewport.alignment.getWidth(), viewport.alignment));\r
1633 \r
1634     viewport.setEndSeq(viewport.alignment.getHeight());\r
1635     viewport.alignment.getWidth();\r
1636     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1637             viewport.alignment.getSequences());\r
1638 \r
1639   }\r
1640 \r
1641   protected void cut_actionPerformed()\r
1642   {\r
1643     copy_actionPerformed();\r
1644     delete_actionPerformed();\r
1645   }\r
1646 \r
1647   protected void delete_actionPerformed()\r
1648   {\r
1649 \r
1650     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1651     if (sg == null)\r
1652     {\r
1653       return;\r
1654     }\r
1655 \r
1656     Vector seqs = new Vector();\r
1657     SequenceI seq;\r
1658     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1659     {\r
1660       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1661       seqs.addElement(seq);\r
1662     }\r
1663 \r
1664     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1665     if (sg.getSize() == viewport.alignment.getHeight())\r
1666     {\r
1667       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1668               sg.getEndRes() + 1);\r
1669     }\r
1670 \r
1671     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1672     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1673     {\r
1674       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1675     }\r
1676 \r
1677     /*\r
1678      * //ADD HISTORY ITEM\r
1679      */\r
1680     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1681             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1682             viewport.alignment));\r
1683 \r
1684     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1685     viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
1686 \r
1687     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1688             .getSequences());\r
1689 \r
1690     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1691     {\r
1692       this.setVisible(false);\r
1693     }\r
1694     viewport.sendSelection();\r
1695   }\r
1696 \r
1697   /**\r
1698    * group consensus toggled\r
1699    * \r
1700    */\r
1701   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1702   {\r
1703     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1704     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1705 \r
1706   }\r
1707 \r
1708   /**\r
1709    * group conservation toggled.\r
1710    */\r
1711   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1712   {\r
1713     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1714     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1715   }\r
1716 \r
1717   /*\r
1718    * (non-Javadoc)\r
1719    * \r
1720    * @see\r
1721    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1722    * .event.ActionEvent)\r
1723    */\r
1724   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1725   {\r
1726     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1727     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1728   }\r
1729   /*\r
1730    * (non-Javadoc)\r
1731    * \r
1732    * @see\r
1733    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1734    * .event.ActionEvent)\r
1735    */\r
1736   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1737   {\r
1738     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1739     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1740   }\r
1741 \r
1742   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1743   {\r
1744     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1745   }\r
1746 \r
1747   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1748   {\r
1749     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1750     {\r
1751       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1752               viewport.getSequenceSelection(),\r
1753               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1754                       viewport.getGapCharacter()),\r
1755               viewport.alignment.getGroups());\r
1756       viewport.alignment.deleteAllGroups();\r
1757       viewport.sequenceColours = null;\r
1758       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1759       // set view properties for each group\r
1760       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1761       {\r
1762         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1763         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1764         viewport.alignment.addGroup(gps[g]);\r
1765         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1766                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1767         col = col.brighter();\r
1768         for (Enumeration sq = gps[g].getSequences(null).elements(); sq\r
1769                 .hasMoreElements(); viewport.setSequenceColour(\r
1770                 (SequenceI) sq.nextElement(), col))\r
1771           ;\r
1772       }\r
1773       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1774       alignPanel.updateAnnotation();\r
1775       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1776     }\r
1777   }\r
1778 \r
1779   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1780   {\r
1781     viewport.alignment.deleteAllGroups();\r
1782     viewport.sequenceColours = null;\r
1783     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1784 \r
1785     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1786   }\r
1787 \r
1788   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1789   {\r
1790     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1791     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1792     {\r
1793       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1794     }\r
1795     sg.setEndRes(viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
1796     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1797     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1798     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1799     viewport.sendSelection();\r
1800   }\r
1801 \r
1802   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1803   {\r
1804     if (viewport.cursorMode)\r
1805     {\r
1806       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1807       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1808     }\r
1809     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1810     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1811     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1812     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1813     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1814     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1815     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1816     viewport.sendSelection();\r
1817   }\r
1818 \r
1819   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1820   {\r
1821     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1822     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1823     {\r
1824       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1825     }\r
1826 \r
1827     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1828     viewport.sendSelection();\r
1829   }\r
1830 \r
1831   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1832   {\r
1833     viewport.invertColumnSelection();\r
1834     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1835     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1836     viewport.sendSelection();\r
1837   }\r
1838 \r
1839   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1840   {\r
1841     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1842     int column;\r
1843 \r
1844     if (colSel.size() > 0)\r
1845     {\r
1846       if (trimLeft)\r
1847       {\r
1848         column = colSel.getMin();\r
1849       }\r
1850       else\r
1851       {\r
1852         column = colSel.getMax();\r
1853       }\r
1854 \r
1855       SequenceI[] seqs;\r
1856       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1857       {\r
1858         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1859                 viewport.hiddenRepSequences);\r
1860       }\r
1861       else\r
1862       {\r
1863         seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();\r
1864       }\r
1865 \r
1866       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1867       if (trimLeft)\r
1868       {\r
1869         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
1870                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
1871                 viewport.alignment, viewport.colSel,\r
1872                 viewport.selectionGroup);\r
1873         viewport.setStartRes(0);\r
1874       }\r
1875       else\r
1876       {\r
1877         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
1878                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
1879                 viewport.alignment, viewport.colSel,\r
1880                 viewport.selectionGroup);\r
1881       }\r
1882 \r
1883       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
1884 \r
1885       addHistoryItem(trimRegion);\r
1886 \r
1887       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
1888 \r
1889       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
1890       {\r
1891         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
1892 \r
1893         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
1894                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
1895         {\r
1896           viewport.alignment.deleteGroup(sg);\r
1897         }\r
1898       }\r
1899 \r
1900       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
1901               .getAlignment().getSequences());\r
1902     }\r
1903   }\r
1904 \r
1905   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
1906   {\r
1907     int start = 0, end = viewport.alignment.getWidth() - 1;\r
1908 \r
1909     SequenceI[] seqs;\r
1910     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1911     {\r
1912       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1913               viewport.hiddenRepSequences);\r
1914       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1915       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
1916     }\r
1917     else\r
1918     {\r
1919       seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();\r
1920     }\r
1921 \r
1922     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
1923             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.alignment);\r
1924 \r
1925     addHistoryItem(removeGapCols);\r
1926 \r
1927     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
1928             + " empty columns.");\r
1929 \r
1930     // This is to maintain viewport position on first residue\r
1931     // of first sequence\r
1932     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
1933     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
1934     // ShiftList shifts;\r
1935     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
1936     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
1937     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
1938     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
1939     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
1940     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1941             .getSequences());\r
1942 \r
1943   }\r
1944 \r
1945   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
1946   {\r
1947     int start = 0, end = viewport.alignment.getWidth() - 1;\r
1948 \r
1949     SequenceI[] seqs;\r
1950     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1951     {\r
1952       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1953               viewport.hiddenRepSequences);\r
1954       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1955       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
1956     }\r
1957     else\r
1958     {\r
1959       seqs = viewport.alignment.getSequencesArray();\r
1960     }\r
1961 \r
1962     // This is to maintain viewport position on first residue\r
1963     // of first sequence\r
1964     SequenceI seq = viewport.alignment.getSequenceAt(0);\r
1965     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
1966 \r
1967     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
1968             viewport.alignment));\r
1969 \r
1970     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
1971 \r
1972     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1973             .getSequences());\r
1974 \r
1975   }\r
1976 \r
1977   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
1978   {\r
1979     new Finder(alignPanel);\r
1980   }\r
1981 \r
1982   /**\r
1983    * create a new view derived from the current view\r
1984    * \r
1985    * @param viewtitle\r
1986    * @return frame for the new view\r
1987    */\r
1988   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
1989   {\r
1990     AlignmentI newal;\r
1991     if (viewport.hasHiddenRows)\r
1992     {\r
1993       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
1994               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
1995     }\r
1996     else\r
1997     {\r
1998       newal = new Alignment(viewport.alignment.getSequencesArray());\r
1999     }\r
2000 \r
2001     if (viewport.alignment.getAlignmentAnnotation() != null)\r
2002     {\r
2003       for (int i = 0; i < viewport.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2004       {\r
2005         if (!viewport.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2006         {\r
2007           newal.addAnnotation(viewport.alignment.getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2008         }\r
2009       }\r
2010     }\r
2011 \r
2012     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2013 \r
2014     newaf.viewport.sequenceSetID = alignPanel.av.getSequenceSetId();\r
2015     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2016     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2017             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2018 \r
2019     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2020             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2021     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2022             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2023 \r
2024     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2025             .getSequenceSetId());\r
2026     int viewSize = -1;\r
2027     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2028     {\r
2029       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2030       {\r
2031         viewSize++;\r
2032       }\r
2033     }\r
2034 \r
2035     String title = new String(this.getTitle());\r
2036     if (viewtitle != null)\r
2037     {\r
2038       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2039     }\r
2040     else\r
2041     {\r
2042       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2043       {\r
2044         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2045       }\r
2046       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2047     }\r
2048 \r
2049     newaf.setTitle(title.toString());\r
2050 \r
2051     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2052     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2053     return newaf;\r
2054   }\r
2055 \r
2056   /**\r
2057    * \r
2058    * @return list of feature groups on the view\r
2059    */\r
2060   public String[] getFeatureGroups()\r
2061   {\r
2062     FeatureRenderer fr = null;\r
2063     if (alignPanel != null\r
2064             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2065     {\r
2066       return fr.getGroups();\r
2067     }\r
2068     return null;\r
2069   }\r
2070 \r
2071   /**\r
2072    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2073    * \r
2074    * @param visible\r
2075    *          true is visible\r
2076    * @return list\r
2077    */\r
2078   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2079   {\r
2080     FeatureRenderer fr = null;\r
2081     if (alignPanel != null\r
2082             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2083     {\r
2084       return fr.getGroups(visible);\r
2085     }\r
2086     return null;\r
2087   }\r
2088 \r
2089   /**\r
2090    * Change the display state for the given feature groups\r
2091    * \r
2092    * @param groups\r
2093    *          list of group strings\r
2094    * @param state\r
2095    *          visible or invisible\r
2096    */\r
2097   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2098   {\r
2099     FeatureRenderer fr = null;\r
2100     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2101     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2102     if (alignPanel != null\r
2103             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2104     {\r
2105       fr.setGroupState(groups, state);\r
2106       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2107       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2108       {\r
2109         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2110       }\r
2111     }\r
2112   }\r
2113 \r
2114   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2115   {\r
2116     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2117     alignPanel.fontChanged();\r
2118     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2119   }\r
2120 \r
2121   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2122   {\r
2123     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2124     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2125   }\r
2126 \r
2127   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2128   {\r
2129     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2130     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2131   }\r
2132 \r
2133   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2134   {\r
2135     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2136     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2137     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2138     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2139     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2140     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2141   }\r
2142 \r
2143   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2144   {\r
2145     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2146     {\r
2147       return;\r
2148     }\r
2149 \r
2150     Frame frame = new Frame();\r
2151     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2152     frame.add(overview);\r
2153     // +50 must allow for applet frame window\r
2154     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2155             overview.getPreferredSize().width,\r
2156             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2157 \r
2158     frame.pack();\r
2159     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2160     {\r
2161       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2162       {\r
2163         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
2164       };\r
2165     });\r
2166 \r
2167     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2168 \r
2169   }\r
2170 \r
2171   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2172   {\r
2173     int threshold = 0;\r
2174 \r
2175     if (cs != null)\r
2176     {\r
2177       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2178       {\r
2179         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2180                 "Background");\r
2181 \r
2182         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2183 \r
2184         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2185       }\r
2186       else\r
2187       {\r
2188         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2189       }\r
2190 \r
2191       if (viewport.getConservationSelected())\r
2192       {\r
2193 \r
2194         Alignment al = (Alignment) viewport.alignment;\r
2195         Conservation c = new Conservation("All",\r
2196                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2197                 al.getWidth() - 1);\r
2198 \r
2199         c.calculate();\r
2200         c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
2201 \r
2202         cs.setConservation(c);\r
2203 \r
2204         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2205                 cs, "Background"));\r
2206 \r
2207       }\r
2208       else\r
2209       {\r
2210         cs.setConservation(null);\r
2211       }\r
2212 \r
2213       cs.setConsensus(viewport.hconsensus);\r
2214 \r
2215     }\r
2216     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2217 \r
2218     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
2219     {\r
2220       Vector groups = viewport.alignment.getGroups();\r
2221       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
2222       {\r
2223         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
2224 \r
2225         if (cs == null)\r
2226         {\r
2227           sg.cs = null;\r
2228           continue;\r
2229         }\r
2230         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
2231         {\r
2232           sg.cs = new ClustalxColourScheme(\r
2233                   sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences),\r
2234                   sg.getWidth());\r
2235         }\r
2236         else\r
2237         {\r
2238           try\r
2239           {\r
2240             sg.cs = (ColourSchemeI) cs.getClass().newInstance();\r
2241           } catch (Exception ex)\r
2242           {\r
2243             ex.printStackTrace();\r
2244             sg.cs = cs;\r
2245           }\r
2246         }\r
2247 \r
2248         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2249                 || cs instanceof PIDColourScheme\r
2250                 || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
2251         {\r
2252           sg.cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2253           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
2254                   sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences), 0,\r
2255                   sg.getWidth()));\r
2256         }\r
2257         else\r
2258         {\r
2259           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2260         }\r
2261 \r
2262         if (viewport.getConservationSelected())\r
2263         {\r
2264           Conservation c = new Conservation("Group",\r
2265                   ResidueProperties.propHash, 3,\r
2266                   sg.getSequences(viewport.hiddenRepSequences), 0,\r
2267                   viewport.alignment.getWidth() - 1);\r
2268           c.calculate();\r
2269           c.verdict(false, viewport.ConsPercGaps);\r
2270           sg.cs.setConservation(c);\r
2271         }\r
2272         else\r
2273         {\r
2274           sg.cs.setConservation(null);\r
2275           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2276         }\r
2277 \r
2278       }\r
2279     }\r
2280 \r
2281     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2282     {\r
2283       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2284     }\r
2285 \r
2286     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2287             .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
2288                     alignPanel);\r
2289 \r
2290     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2291   }\r
2292 \r
2293   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2294   {\r
2295     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2296             && viewport.globalColourScheme != null)\r
2297     {\r
2298       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2299               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2300       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2301     }\r
2302   }\r
2303 \r
2304   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2305   {\r
2306     if (viewport.getConservationSelected()\r
2307             && viewport.globalColourScheme != null)\r
2308     {\r
2309       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2310               viewport.globalColourScheme, "Background");\r
2311       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2312     }\r
2313   }\r
2314 \r
2315   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2316   {\r
2317     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2318 \r
2319     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2320     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2321 \r
2322     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2323 \r
2324     modifyConservation_actionPerformed();\r
2325   }\r
2326 \r
2327   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2328   {\r
2329     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2330 \r
2331     conservationMenuItem.setState(false);\r
2332     viewport.setConservationSelected(false);\r
2333 \r
2334     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2335 \r
2336     modifyPID_actionPerformed();\r
2337   }\r
2338 \r
2339   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2340   {\r
2341     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2342     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2343             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2344 \r
2345     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2346             viewport.alignment));\r
2347     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2348   }\r
2349 \r
2350   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2351   {\r
2352     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2353     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2354     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.alignment));\r
2355     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2356   }\r
2357 \r
2358   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2359   {\r
2360     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2361     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2362     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2363             viewport.alignment));\r
2364     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2365   }\r
2366 \r
2367   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2368   {\r
2369     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2370     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2371     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2372             viewport.alignment));\r
2373     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2374 \r
2375   }\r
2376 \r
2377   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2378   {\r
2379     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2380   }\r
2381 \r
2382   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2383   {\r
2384     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2385             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2386     {\r
2387       Frame frame = new Frame();\r
2388       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2389       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2390               500);\r
2391     }\r
2392   }\r
2393 \r
2394   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2395   {\r
2396     // are the sequences aligned?\r
2397     if (!viewport.alignment.isAligned(false))\r
2398     {\r
2399       SequenceI current;\r
2400       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2401 \r
2402       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2403       {\r
2404         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2405 \r
2406         if (current.getLength() < Width)\r
2407         {\r
2408           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2409         }\r
2410       }\r
2411       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2412     }\r
2413 \r
2414     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2415             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2416             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2417             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2418     {\r
2419       return;\r
2420     }\r
2421 \r
2422     try\r
2423     {\r
2424       new PCAPanel(viewport);\r
2425     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2426     {\r
2427     }\r
2428 \r
2429   }\r
2430 \r
2431   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2432   {\r
2433     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2434   }\r
2435 \r
2436   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2437   {\r
2438     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2439   }\r
2440 \r
2441   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2442   {\r
2443     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2444   }\r
2445 \r
2446   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2447   {\r
2448     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2449   }\r
2450 \r
2451   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2452   {\r
2453     // are the sequences aligned?\r
2454     if (!viewport.alignment.isAligned(false))\r
2455     {\r
2456       SequenceI current;\r
2457       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2458 \r
2459       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2460       {\r
2461         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2462 \r
2463         if (current.getLength() < Width)\r
2464         {\r
2465           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2466         }\r
2467       }\r
2468       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2469 \r
2470     }\r
2471 \r
2472     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2473             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2474             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.alignment\r
2475                     .getHeight() > 1))\r
2476     {\r
2477       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2478 \r
2479       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2480 \r
2481       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2482     }\r
2483   }\r
2484 \r
2485   void loadTree_actionPerformed()\r
2486   {\r
2487     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2488     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2489     cap.setTreeImport();\r
2490     Frame frame = new Frame();\r
2491     frame.add(cap);\r
2492     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2493   }\r
2494 \r
2495   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2496   {\r
2497     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2498     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2499     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2500   }\r
2501 \r
2502   /**\r
2503    * sort the alignment using the given treePanel\r
2504    * \r
2505    * @param treePanel\r
2506    *          tree used to sort view\r
2507    * @param title\r
2508    *          string used for undo event name\r
2509    */\r
2510   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2511   {\r
2512     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2513     AlignmentSorter\r
2514             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2515     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2516     // HistoryItem.SORT));\r
2517     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2518             viewport.alignment));\r
2519     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2520   }\r
2521 \r
2522   /**\r
2523    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2524    * the menu structure for the new tree\r
2525    * \r
2526    * @param treePanel\r
2527    * @param title\r
2528    */\r
2529   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2530           final String title)\r
2531   {\r
2532     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2533     sortByTreeMenu.add(item);\r
2534     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2535     {\r
2536       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2537       {\r
2538         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2539       }\r
2540     });\r
2541 \r
2542     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2543     {\r
2544       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2545       {\r
2546         if (viewport.sortByTree)\r
2547         {\r
2548           sortByTree(treePanel, title);\r
2549         }\r
2550         super.windowOpened(e);\r
2551       }\r
2552 \r
2553       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2554       {\r
2555         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2556       };\r
2557     });\r
2558   }\r
2559   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2560   {\r
2561     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
2562     .getSequencesArray();\r
2563     if (viewport.applet.debug)\r
2564     {\r
2565       System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
2566     }\r
2567     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2568     if (undoname!=null)\r
2569     {\r
2570       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.alignment));\r
2571     }\r
2572     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2573     return true;\r
2574   }\r
2575   protected void documentation_actionPerformed()\r
2576   {\r
2577     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2578   }\r
2579 \r
2580   protected void about_actionPerformed()\r
2581   {\r
2582 \r
2583     class AboutPanel extends Canvas\r
2584     {\r
2585       String version;\r
2586 \r
2587       String builddate;\r
2588 \r
2589       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2590       {\r
2591         this.version = version;\r
2592         this.builddate = builddate;\r
2593       }\r
2594 \r
2595       public void paint(Graphics g)\r
2596       {\r
2597         g.setColor(Color.white);\r
2598         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2599         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2600         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2601         int fh = fm.getHeight();\r
2602         int y = 5, x = 7;\r
2603         g.setColor(Color.black);\r
2604         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2605         // lite and application\r
2606         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2607         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2608         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2609         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2610         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2611         g.drawString(\r
2612                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",\r
2613                 x, y += fh * 1.5);\r
2614         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);\r
2615         g.drawString(\r
2616                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2617                 x, y += fh);\r
2618         g.drawString(\r
2619                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2620                 x, y += fh);\r
2621         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2622         g.drawString(\r
2623                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2624                 x, y += fh);\r
2625         g.drawString(\r
2626                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2627                 x, y += fh);\r
2628         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2629                 x, y += fh);\r
2630       }\r
2631     }\r
2632 \r
2633     Frame frame = new Frame();\r
2634     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2635             .getBuildDate()));\r
2636     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2637 \r
2638   }\r
2639 \r
2640   public void showURL(String url, String target)\r
2641   {\r
2642     if (viewport.applet == null)\r
2643     {\r
2644       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2645     }\r
2646     else\r
2647     {\r
2648       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2649     }\r
2650   }\r
2651 \r
2652   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2653   // JBuilder Graphics here\r
2654 \r
2655   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2656 \r
2657   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2658 \r
2659   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2660 \r
2661   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2662 \r
2663   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2664 \r
2665   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2666 \r
2667   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2668 \r
2669   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2670 \r
2671   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2672 \r
2673   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2674 \r
2675   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2676 \r
2677   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2678 \r
2679   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2680 \r
2681   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2682 \r
2683   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2684 \r
2685   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2686 \r
2687   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2688 \r
2689   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2690 \r
2691   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2692 \r
2693   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2694 \r
2695   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2696 \r
2697   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2698 \r
2699   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2700 \r
2701   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2702 \r
2703   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2704 \r
2705   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2706 \r
2707   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2708 \r
2709   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2710 \r
2711   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2712 \r
2713   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2714 \r
2715   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2716 \r
2717   public Label statusBar = new Label();\r
2718 \r
2719   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2720 \r
2721   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2722 \r
2723   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2724 \r
2725   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2726 \r
2727   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2728 \r
2729   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2730 \r
2731   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2732 \r
2733   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2734 \r
2735   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2736 \r
2737   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2738 \r
2739   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2740 \r
2741   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2742 \r
2743   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2744 \r
2745   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2746 \r
2747   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2748 \r
2749   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2750 \r
2751   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2752 \r
2753   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2754 \r
2755   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2756 \r
2757   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2758 \r
2759   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2760 \r
2761   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2762 \r
2763   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2764 \r
2765   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2766 \r
2767   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2768 \r
2769   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2770 \r
2771   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2772 \r
2773   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2774 \r
2775   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2776 \r
2777   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2778 \r
2779   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2780 \r
2781   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2782 \r
2783   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2784 \r
2785   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2786 \r
2787   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2788 \r
2789   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2790 \r
2791   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2792 \r
2793   MenuItem font = new MenuItem();\r
2794 \r
2795   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2796 \r
2797   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2798 \r
2799   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2800 \r
2801   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2802 \r
2803   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2804 \r
2805   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2806           "Autocalculate Consensus", true);\r
2807 \r
2808   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2809 \r
2810   Menu sort = new Menu();\r
2811 \r
2812   Menu calculate = new Menu();\r
2813 \r
2814   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2815 \r
2816   Menu helpMenu = new Menu();\r
2817 \r
2818   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2819 \r
2820   MenuItem about = new MenuItem();\r
2821 \r
2822   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2823 \r
2824   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2825   \r
2826   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2827   Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
2828   CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
2829   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2830   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2831   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2832   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2833 \r
2834   private void jbInit() throws Exception\r
2835   {\r
2836 \r
2837     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2838 \r
2839     MenuItem item;\r
2840 \r
2841     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2842     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2843     {\r
2844 \r
2845       item = new MenuItem(\r
2846               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2847 \r
2848       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2849       {\r
2850         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2851         {\r
2852           outputText_actionPerformed(e);\r
2853         }\r
2854       });\r
2855 \r
2856       outputTextboxMenu.add(item);\r
2857     }\r
2858     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2859     loadApplication.addActionListener(this);\r
2860 \r
2861     loadTree.addActionListener(this);\r
2862     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2863     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2864     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2865     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2866     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2867     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2868     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2869     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2870     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2871     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2872     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2873     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
2874     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
2875     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
2876     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
2877     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
2878     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
2879     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
2880     viewTextMenuItem.setState(true);\r
2881     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2882     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
2883     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
2884     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
2885     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
2886     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
2887     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
2888     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
2889     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
2890     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
2891     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
2892     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
2893     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
2894     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
2895     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
2896     averageDistanceTreeMenuItem\r
2897             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
2898     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2899     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
2900     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2901     statusBar.setBackground(Color.white);\r
2902     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
2903     statusBar.setText("Status bar");\r
2904     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
2905     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
2906 \r
2907     clustalColour.addActionListener(this);\r
2908     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
2909     zappoColour.addActionListener(this);\r
2910     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
2911     taylorColour.addActionListener(this);\r
2912     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
2913     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
2914     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
2915     helixColour.addActionListener(this);\r
2916     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
2917     strandColour.addActionListener(this);\r
2918     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
2919     turnColour.addActionListener(this);\r
2920     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
2921     buriedColour.addActionListener(this);\r
2922     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
2923     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
2924     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
2925     PIDColour.addActionListener(this);\r
2926     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
2927     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
2928     avDistanceTreeBlosumMenuItem\r
2929             .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
2930     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
2931     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
2932     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
2933     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
2934     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
2935     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
2936     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2937     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
2938     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
2939     alProperties.addActionListener(this);\r
2940     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
2941     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
2942     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
2943     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
2944     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
2945     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
2946     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
2947     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
2948     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
2949     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
2950     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
2951     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
2952     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
2953     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
2954     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
2955     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
2956     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
2957     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
2958     findMenuItem.addActionListener(this);\r
2959     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
2960     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
2961     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
2962     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
2963     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
2964     deleteGroups.addActionListener(this);\r
2965     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
2966     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
2967     copy.setLabel("Copy");\r
2968     copy.addActionListener(this);\r
2969     cut.setLabel("Cut");\r
2970     cut.addActionListener(this);\r
2971     delete.setLabel("Delete");\r
2972     delete.addActionListener(this);\r
2973     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
2974     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
2975     pasteNew.addActionListener(this);\r
2976     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
2977     pasteThis.addActionListener(this);\r
2978     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
2979     applyToAllGroups.setState(true);\r
2980     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
2981     font.setLabel("Font...");\r
2982     font.addActionListener(this);\r
2983     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
2984     scaleAbove.setState(true);\r
2985     scaleAbove.setEnabled(false);\r
2986     scaleAbove.addItemListener(this);\r
2987     scaleLeft.setEnabled(false);\r
2988     scaleLeft.setState(true);\r
2989     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
2990     scaleLeft.addItemListener(this);\r
2991     scaleRight.setEnabled(false);\r
2992     scaleRight.setState(true);\r
2993     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
2994     scaleRight.addItemListener(this);\r
2995     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
2996     modifyPID.addActionListener(this);\r
2997     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
2998     modifyConservation.addActionListener(this);\r
2999     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3000     sort.setLabel("Sort");\r
3001     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3002     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3003     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3004     inputText.addActionListener(this);\r
3005     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3006     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3007     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3008     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3009     helpMenu.setLabel("Help");\r
3010     documentation.setLabel("Documentation");\r
3011     documentation.addActionListener(this);\r
3012 \r
3013     about.setLabel("About...");\r
3014     about.addActionListener(this);\r
3015     seqLimits.setState(true);\r
3016     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3017     seqLimits.addItemListener(this);\r
3018     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3019     featureSettings.addActionListener(this);\r
3020     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3021     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3022     sequenceFeatures.setState(false);\r
3023     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3024     annotationColour.addActionListener(this);\r
3025     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3026     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3027     menu1.setLabel("Show");\r
3028     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3029     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3030     menu2.setLabel("Hide");\r
3031     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3032     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3033     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3034     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3035     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3036     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3037     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3038     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3039     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3040     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3041     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3042     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3043     \r
3044     invertColSel.addActionListener(this);\r
3045     showColumns.addActionListener(this);\r
3046     showSeqs.addActionListener(this);\r
3047     hideColumns.addActionListener(this);\r
3048     hideSequences.addActionListener(this);\r
3049     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3050     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3051     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3052     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3053     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3054     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3055     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3056     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3057     formatMenu.setLabel("Format");\r
3058     selectMenu.setLabel("Select");\r
3059     newView.setLabel("New View");\r
3060     newView.addActionListener(this);\r
3061     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3062     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3063     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3064     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3065     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3066     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3067     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3068     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3069 \r
3070     fileMenu.add(inputText);\r
3071     fileMenu.add(loadTree);\r
3072     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3073 \r
3074     fileMenu.addSeparator();\r
3075     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3076     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3077     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3078 \r
3079     if (jalviewServletURL != null)\r
3080     {\r
3081       fileMenu.add(loadApplication);\r
3082     }\r
3083 \r
3084     fileMenu.addSeparator();\r
3085     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3086 \r
3087     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3088     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3089     editMenu.add(cut);\r
3090     editMenu.add(copy);\r
3091     editMenu.add(pasteMenu);\r
3092     editMenu.add(delete);\r
3093     editMenu.addSeparator();\r
3094     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3095     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3096     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3097     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3098     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3099     viewMenu.add(newView);\r
3100     viewMenu.addSeparator();\r
3101     viewMenu.add(menu1);\r
3102     viewMenu.add(menu2);\r
3103     viewMenu.addSeparator();\r
3104     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3105     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3106     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3107     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3108     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3109     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3110     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3111     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3112     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3113     viewMenu.addSeparator();\r
3114     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3115     viewMenu.add(featureSettings);\r
3116     viewMenu.addSeparator();\r
3117     viewMenu.add(alProperties);\r
3118     viewMenu.addSeparator();\r
3119     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3120     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3121     colourMenu.addSeparator();\r
3122     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3123     colourMenu.add(clustalColour);\r
3124     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3125     colourMenu.add(PIDColour);\r
3126     colourMenu.add(zappoColour);\r
3127     colourMenu.add(taylorColour);\r
3128     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3129     colourMenu.add(helixColour);\r
3130     colourMenu.add(strandColour);\r
3131     colourMenu.add(turnColour);\r
3132     colourMenu.add(buriedColour);\r
3133     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3134     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3135     colourMenu.addSeparator();\r
3136     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3137     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3138     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3139     colourMenu.add(modifyPID);\r
3140     colourMenu.add(annotationColour);\r
3141     calculateMenu.add(sort);\r
3142     calculateMenu.add(calculate);\r
3143     calculateMenu.addSeparator();\r
3144     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3145     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3146     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3147     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3148     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3149     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3150     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3151     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3152     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3153     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3154     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3155     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3156     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3157     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3158     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3159     helpMenu.add(documentation);\r
3160     helpMenu.add(about);\r
3161     menu1.add(showColumns);\r
3162     menu1.add(showSeqs);\r
3163     menu1.add(showAllHidden);\r
3164     menu2.add(hideColumns);\r
3165     menu2.add(hideSequences);\r
3166     menu2.add(hideAllSelection);\r
3167     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3168     formatMenu.add(font);\r
3169     formatMenu.add(seqLimits);\r
3170     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3171     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3172     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3173     formatMenu.add(scaleRight);\r
3174     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3175     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3176     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3177     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3178     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3179     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3180     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3181     selectMenu.addSeparator();\r
3182     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3183     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3184     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3185     selectMenu.add(invertColSel);\r
3186     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3187     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3188 \r
3189   }\r
3190 \r
3191   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3192 \r
3193   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3194 \r
3195   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3196 \r
3197   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3198 \r
3199   Menu menu1 = new Menu();\r
3200 \r
3201   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3202 \r
3203   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3204 \r
3205   Menu menu2 = new Menu();\r
3206 \r
3207   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3208 \r
3209   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3210 \r
3211   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3212 \r
3213   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3214 \r
3215   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3216 \r
3217   Menu formatMenu = new Menu();\r
3218 \r
3219   Menu selectMenu = new Menu();\r
3220 \r
3221   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3222 \r
3223   /**\r
3224    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3225    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3226    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3227    * \r
3228    * @param reallyEmbedded\r
3229    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3230    *          in a new window\r
3231    */\r
3232   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3233   {\r
3234     if (reallyEmbedded)\r
3235     {\r
3236       // ////\r
3237       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3238       //\r
3239       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3240       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3241       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3242       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3243               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3244       // and actually add the components to the applet area\r
3245       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3246       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3247       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3248       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3249               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3250                       - statusBar.HEIGHT);\r
3251       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3252       final AlignFrame me = this;\r
3253       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3254       {\r
3255         \r
3256         @Override\r
3257         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3258         {\r
3259           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
3260                   me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3261         }}\r
3262         \r
3263         @Override\r
3264         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3265         {\r
3266           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3267         }\r
3268       });\r
3269       viewport.applet.validate();\r
3270     }\r
3271     else\r
3272     {\r
3273       // //////\r
3274       // test and embed menu bar if necessary.\r
3275       //\r
3276       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3277       {\r
3278         // adjust for status bar height too\r
3279         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3280                 - statusBar.HEIGHT);\r
3281       }\r
3282       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3283       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3284       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3285       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3286               DEFAULT_HEIGHT);\r
3287     }\r
3288   }\r
3289 \r
3290   /**\r
3291    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3292    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3293    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3294    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3295    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3296    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3297    * \r
3298    * @param viewer\r
3299    *          JmolViewer instance\r
3300    * @param sequenceIds\r
3301    *          - sequence Ids to search for associations\r
3302    */\r
3303   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3304           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3305   {\r
3306     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3307     try\r
3308     {\r
3309       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3310     } catch (ClassCastException ex)\r
3311     {\r
3312       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3313               + jmolviewer.getClass());\r
3314     }\r
3315     if (viewer == null)\r
3316     {\r
3317       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3318               + jmolviewer.getClass());\r
3319       return null;\r
3320     }\r
3321     SequenceI[] seqs = null;\r
3322     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3323     {\r
3324       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3325     }\r
3326     else\r
3327     {\r
3328       Vector sqi = new Vector();\r
3329       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3330       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3331       {\r
3332         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3333         if (sq != null)\r
3334         {\r
3335           sqi.addElement(sq);\r
3336         }\r
3337       }\r
3338       if (sqi.size() > 0)\r
3339       {\r
3340         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3341         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3342         {\r
3343           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3344         }\r
3345       }\r
3346       else\r
3347       {\r
3348         return null;\r
3349       }\r
3350     }\r
3351     ExtJmol jmv = null;\r
3352     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3353     if (jmv == null)\r
3354     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3355       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
3356     }\r
3357     return jmv;\r
3358 \r
3359   }\r
3360   /**\r
3361    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3362    * \r
3363    * @param sequenceId\r
3364    *          - sequenceId within the dataset.\r
3365    * @param pdbEntryString\r
3366    *          - the short name for the PDB file\r
3367    * @param pdbFile\r
3368    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3369    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3370    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3371    *         fails.\r
3372    */\r
3373   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3374           String pdbFile)\r
3375   {\r
3376     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3377     boolean needtoadd = false;\r
3378     if (toaddpdb != null)\r
3379     {\r
3380       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3381       PDBEntry pdbentry = null;\r
3382       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3383       {\r
3384         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3385         {\r
3386           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3387           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3388                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3389           {\r
3390             pdbentry = null;\r
3391           }\r
3392           else\r
3393           {\r
3394             continue;\r
3395           }\r
3396         }\r
3397       }\r
3398       if (pdbentry == null)\r
3399       {\r
3400         pdbentry = new PDBEntry();\r
3401         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3402         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3403         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3404       }\r
3405       // resolve data source\r
3406       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3407       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3408       if (protocol == null)\r
3409       {\r
3410         return false;\r
3411       }\r
3412       if (needtoadd)\r
3413       {\r
3414         // make a note of the access mode and add\r
3415         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3416         {\r
3417           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3418         }\r
3419         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3420         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3421       }\r
3422     }\r
3423     return true;\r
3424   }\r
3425 \r
3426   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3427   {\r
3428     if (seqs != null)\r
3429     {\r
3430       Vector sequences = new Vector();\r
3431       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3432       {\r
3433         if (seqs[i] != null)\r
3434         {\r
3435           sequences.addElement(new Object[]\r
3436           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3437         }\r
3438       }\r
3439       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3440       chains = new String[sequences.size()];\r
3441       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3442       {\r
3443         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3444 \r
3445         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3446         chains[i] = (String) oj[1];\r
3447       }\r
3448     }\r
3449     return new Object[]\r
3450     { seqs, chains };\r
3451 \r
3452   }\r
3453 \r
3454   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3455           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3456   {\r
3457     // Scrub any null sequences from the array\r
3458     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3459     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3460     chains = (String[]) sqch[1];\r
3461     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3462     {\r
3463       System.err\r
3464               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3465     }\r
3466     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3467             || protocol.equals("null"))\r
3468     {\r
3469       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3470       if (protocol == null)\r
3471       {\r
3472         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3473                 + pdb.getId());\r
3474         return;\r
3475       }\r
3476     }\r
3477     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3478     {\r
3479       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3480       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
3481         System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
3482       }\r
3483       return;\r
3484     }\r
3485     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3486     {\r
3487       // can only do alignments with Jmol\r
3488       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3489       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3490       Vector jmols = applet\r
3491               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3492       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3493       {\r
3494         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3495         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3496         {\r
3497           ajm = tajm;\r
3498           break;\r
3499         }\r
3500       }\r
3501       if (ajm != null)\r
3502       {\r
3503         System.err\r
3504                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3505         // try and add the pdb structure\r
3506         // ajm.addS\r
3507         ajm = null;\r
3508       }\r
3509     }\r
3510     // otherwise, create a new window\r
3511     if (applet.jmolAvailable)\r
3512     {\r
3513       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3514               protocol);\r
3515       applet.lastFrameX += 40;\r
3516       applet.lastFrameY += 40;\r
3517     }\r
3518     else\r
3519     {\r
3520       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3521     }\r
3522 \r
3523   }\r
3524 \r
3525   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3526           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3527   {\r
3528     // TODO Auto-generated method stub\r
3529     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3530   }\r
3531 \r
3532   /**\r
3533    * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
3534    * @param sel - sequences from this alignment \r
3535    * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
3536    */\r
3537   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3538   {\r
3539     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3540   }\r
3541 \r
3542   public void scrollTo(int row, int column)\r
3543   {\r
3544     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);    \r
3545   }\r
3546 }\r