src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  21 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  22 import jalview.analysis.Conservation;\r
  23 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.commands.CommandI;\r
  26 import jalview.commands.EditCommand;\r
  27 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  28 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  29 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  30 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  31 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  32 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  34 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  35 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  37 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  40 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  41 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  42 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  43 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;\r
  44 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  45 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  46 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  47 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  48 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  49 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  50 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  51 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  52 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;\r
  53 import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;\r
  54 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  55 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  56 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  57 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  58 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  59 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  60 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  61 \r
  62 import java.awt.BorderLayout;\r
  63 import java.awt.Canvas;\r
  64 import java.awt.CheckboxMenuItem;\r
  65 import java.awt.Color;\r
  66 import java.awt.Font;\r
  67 import java.awt.FontMetrics;\r
  68 import java.awt.Frame;\r
  69 import java.awt.Graphics;\r
  70 import java.awt.Label;\r
  71 import java.awt.Menu;\r
  72 import java.awt.MenuBar;\r
  73 import java.awt.MenuItem;\r
  74 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  75 import java.awt.event.ActionListener;\r
  76 import java.awt.event.FocusEvent;\r
  77 import java.awt.event.FocusListener;\r
  78 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  79 import java.awt.event.ItemListener;\r
  80 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  81 import java.awt.event.KeyListener;\r
  82 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  83 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  84 import java.io.IOException;\r
  85 import java.io.InputStreamReader;\r
  86 import java.net.URL;\r
  87 import java.net.URLEncoder;\r
  88 import java.util.Enumeration;\r
  89 import java.util.Hashtable;\r
  90 import java.util.StringTokenizer;\r
  91 import java.util.Vector;\r
  92 \r
  93 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemListener, KeyListener\r
  94 {\r
  95   public AlignmentPanel alignPanel;\r
  96 \r
  97   public AlignViewport viewport;\r
  98 \r
  99   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
 100 \r
 101   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 102 \r
 103   String jalviewServletURL;\r
 104   \r
 105 \r
 106   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet, String title, boolean embedded)\r
 107   {\r
 108     if (applet != null)\r
 109     {\r
 110       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
 111     }\r
 112 \r
 113     try\r
 114     {\r
 115       jbInit();\r
 116     } catch (Exception ex)\r
 117     {\r
 118       ex.printStackTrace();\r
 119     }\r
 120 \r
 121     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
 122     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 123 \r
 124     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
 125     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
 126 \r
 127     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
 128     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
 129     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
 130     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
 131     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
 132     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
 133     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
 134 \r
 135     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
 136 \r
 137     if (applet != null)\r
 138     {\r
 139       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
 140       if (param != null)\r
 141       {\r
 142         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
 143         {\r
 144           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 145         }\r
 146         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
 147         {\r
 148           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 149         }\r
 150         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
 151         {\r
 152           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 153         }\r
 154       }\r
 155 \r
 156       param = applet.getParameter("wrap");\r
 157       if (param != null)\r
 158       {\r
 159         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 160         {\r
 161           wrapMenuItem.setState(true);\r
 162           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 163         }\r
 164       }\r
 165       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 166       if (param != null)\r
 167       {\r
 168         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 169         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 170       }\r
 171       try\r
 172       {\r
 173         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 174         if (param != null)\r
 175         {\r
 176           int width = Integer.parseInt(param);\r
 177           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 178         }\r
 179         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 180         if (param != null)\r
 181         {\r
 182           int height = Integer.parseInt(param);\r
 183           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 184         }\r
 185       } catch (Exception ex)\r
 186       {\r
 187       }\r
 188 \r
 189     }\r
 190     if (viewport.getAlignment().isNucleotide())\r
 191     {\r
 192       viewport.updateStrucConsensus(alignPanel);\r
 193       if (viewport.getAlignment().hasRNAStructure())\r
 194       {\r
 195         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
 196       }\r
 197       else {\r
 198         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 199       }\r
 200     } else {\r
 201       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 202       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
 203     }\r
 204     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 205     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 206     // now\r
 207     this.addKeyListener(this);\r
 208     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 209     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 210     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 211     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 212     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 213     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 214     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 215     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 216 \r
 217     validate();\r
 218     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 219     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 220   }\r
 221 \r
 222   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 223   {\r
 224     return viewport;\r
 225   }\r
 226 \r
 227   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 228   {\r
 229     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 230   }\r
 231 \r
 232   /**\r
 233    * Load a features file onto the alignment\r
 234    * \r
 235    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 236    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 237    */\r
 238 \r
 239   public void parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 240   {\r
 241     parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 242   }\r
 243   \r
 244   /**\r
 245    * Load a features file onto the alignment\r
 246    * \r
 247    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 248    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 249    * @param autoenabledisplay when true, display features flag will be automatically enabled if features are loaded\r
 250    */\r
 251   public void parseFeaturesFile(String file, String type, boolean autoenabledisplay)\r
 252   {    \r
 253     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 254     boolean featuresFile = false;\r
 255     try\r
 256     {\r
 257       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 258               .parse(viewport.getAlignment(),\r
 259                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
 260                       featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
 261     } catch (Exception ex)\r
 262     {\r
 263       ex.printStackTrace();\r
 264     }\r
 265 \r
 266     if (featuresFile)\r
 267     {\r
 268       if (featureLinks.size() > 0)\r
 269       {\r
 270         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 271       }\r
 272       if (autoenabledisplay)\r
 273       {\r
 274         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 275         sequenceFeatures.setState(true);\r
 276       }\r
 277       if (viewport.featureSettings != null)\r
 278       {\r
 279         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 280       }\r
 281       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 282     }\r
 283 \r
 284   }\r
 285 \r
 286   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 287   {\r
 288     if (viewport.cursorMode\r
 289             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 290                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 291                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 292             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 293       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 294 \r
 295     switch (evt.getKeyCode())\r
 296     {\r
 297     case 27: // escape key\r
 298       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 299       \r
 300       alignPanel.alabels.cancelDrag(); \r
 301       break;\r
 302     case KeyEvent.VK_X:\r
 303       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 304       {\r
 305         cut_actionPerformed();\r
 306       }\r
 307       break;\r
 308     case KeyEvent.VK_C:\r
 309       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 310       {\r
 311         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 312       }\r
 313       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 314       {\r
 315         copy_actionPerformed();\r
 316       }\r
 317       break;\r
 318     case KeyEvent.VK_V:\r
 319       if (evt.isControlDown())\r
 320       {\r
 321         paste(evt.isShiftDown());\r
 322       }\r
 323       break;\r
 324     case KeyEvent.VK_A:\r
 325       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 326       {\r
 327         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 328       }\r
 329       break;\r
 330     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 331       if (viewport.cursorMode)\r
 332       {\r
 333         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 334       }\r
 335       else\r
 336       {\r
 337         moveSelectedSequences(false);\r
 338       }\r
 339       break;\r
 340 \r
 341     case KeyEvent.VK_UP:\r
 342       if (viewport.cursorMode)\r
 343       {\r
 344         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 345       }\r
 346       else\r
 347       {\r
 348         moveSelectedSequences(true);\r
 349       }\r
 350       break;\r
 351 \r
 352     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 353       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 354         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 355       else\r
 356         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 357       break;\r
 358 \r
 359     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 360       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 361         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 362       else\r
 363         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 364       break;\r
 365 \r
 366     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 367       if (viewport.cursorMode)\r
 368       {\r
 369         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 370                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 371       }\r
 372       break;\r
 373 \r
 374     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 375     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 376       if (viewport.cursorMode)\r
 377       {\r
 378         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 379                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 380       }\r
 381       else\r
 382       {\r
 383         cut_actionPerformed();\r
 384         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 385       }\r
 386       break;\r
 387 \r
 388     case KeyEvent.VK_S:\r
 389       if (viewport.cursorMode)\r
 390       {\r
 391         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 392       }\r
 393       break;\r
 394     case KeyEvent.VK_P:\r
 395       if (viewport.cursorMode)\r
 396       {\r
 397         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 398       }\r
 399       break;\r
 400 \r
 401     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 402     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 403       if (viewport.cursorMode)\r
 404       {\r
 405         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 406       }\r
 407       break;\r
 408 \r
 409     case KeyEvent.VK_Q:\r
 410       if (viewport.cursorMode)\r
 411       {\r
 412         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 413       }\r
 414       break;\r
 415     case KeyEvent.VK_M:\r
 416       if (viewport.cursorMode)\r
 417       {\r
 418         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 419       }\r
 420       break;\r
 421 \r
 422     case KeyEvent.VK_F2:\r
 423       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 424       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 425               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 426       if (viewport.cursorMode)\r
 427       {\r
 428         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 429         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 430       }\r
 431       break;\r
 432 \r
 433     case KeyEvent.VK_F:\r
 434       if (evt.isControlDown())\r
 435       {\r
 436         findMenuItem_actionPerformed();\r
 437       }\r
 438       break;\r
 439 \r
 440     case KeyEvent.VK_H:\r
 441     {\r
 442       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 443       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 444       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 445       break;\r
 446     }\r
 447 \r
 448     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 449       if (viewport.wrapAlignment)\r
 450       {\r
 451         alignPanel.scrollUp(true);\r
 452       }\r
 453       else\r
 454       {\r
 455         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 456                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 457       }\r
 458       break;\r
 459 \r
 460     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 461       if (viewport.wrapAlignment)\r
 462       {\r
 463         alignPanel.scrollUp(false);\r
 464       }\r
 465       else\r
 466       {\r
 467         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 468                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 469       }\r
 470       break;\r
 471 \r
 472     case KeyEvent.VK_Z:\r
 473       if (evt.isControlDown())\r
 474       {\r
 475         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 476       }\r
 477       break;\r
 478 \r
 479     case KeyEvent.VK_Y:\r
 480       if (evt.isControlDown())\r
 481       {\r
 482         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 483       }\r
 484       break;\r
 485 \r
 486     case KeyEvent.VK_L:\r
 487       if (evt.isControlDown())\r
 488       {\r
 489         trimAlignment(true);\r
 490       }\r
 491       break;\r
 492 \r
 493     case KeyEvent.VK_R:\r
 494       if (evt.isControlDown())\r
 495       {\r
 496         trimAlignment(false);\r
 497       }\r
 498       break;\r
 499 \r
 500     case KeyEvent.VK_E:\r
 501       if (evt.isControlDown())\r
 502       {\r
 503         if (evt.isShiftDown())\r
 504         {\r
 505           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 506         }\r
 507         else\r
 508         {\r
 509           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 510         }\r
 511       }\r
 512       break;\r
 513     case KeyEvent.VK_I:\r
 514       if (evt.isControlDown())\r
 515       {\r
 516         if (evt.isAltDown())\r
 517         {\r
 518           invertColSel_actionPerformed();\r
 519         }\r
 520         else\r
 521         {\r
 522           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 523         }\r
 524       }\r
 525       break;\r
 526 \r
 527     case KeyEvent.VK_U:\r
 528       if (evt.isControlDown())\r
 529       {\r
 530         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 531       }\r
 532       break;\r
 533 \r
 534     case KeyEvent.VK_T:\r
 535       if (evt.isControlDown())\r
 536       {\r
 537         newView(null);\r
 538       }\r
 539       break;\r
 540 \r
 541     }\r
 542     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 543   }\r
 544 \r
 545   /**\r
 546    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 547    * \r
 548    * @param toggleSeqs\r
 549    * @param toggleCols\r
 550    */\r
 551   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 552   {\r
 553     boolean hide = false;\r
 554     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 555     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 556     {\r
 557       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 558       // invert and then hide\r
 559       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 560       if ((viewport.getColumnSelection() != null && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport.getColumnSelection()\r
 561               .getSelected().size() > 0)\r
 562               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 563                       .getEndRes()))\r
 564       {\r
 565         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 566         // that no hiding is required.\r
 567         if (sg != null)\r
 568         {\r
 569           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 570           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 571           toggleSeqs = true;\r
 572 \r
 573         }\r
 574         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 575         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 576         // selection and indicate it should be hidden.\r
 577         invertColSel_actionPerformed();\r
 578         toggleCols = true;\r
 579       }\r
 580     }\r
 581 \r
 582     if (toggleSeqs)\r
 583     {\r
 584       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 585       {\r
 586         hide = true;\r
 587         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 588       }\r
 589       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0))\r
 590       {\r
 591         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 592       }\r
 593     }\r
 594 \r
 595     if (toggleCols)\r
 596     {\r
 597       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 598       {\r
 599         viewport.hideSelectedColumns();\r
 600         if (!toggleSeqs)\r
 601         {\r
 602           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 603         }\r
 604       }\r
 605       else if (!hide)\r
 606       {\r
 607         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 608       }\r
 609     }\r
 610   }\r
 611 \r
 612   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 613   {\r
 614   }\r
 615 \r
 616   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 617   {\r
 618   }\r
 619 \r
 620   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 621   {\r
 622     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 623     {\r
 624       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 625     }\r
 626     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 627     {\r
 628       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 629     }\r
 630     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 631     {\r
 632       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 633     }\r
 634     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 635     {\r
 636       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 637     }\r
 638     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 639     {\r
 640       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 641     }\r
 642     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 643     {\r
 644       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 645     }\r
 646     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 647     {\r
 648       seqLimits_itemStateChanged();\r
 649     }\r
 650     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 651     {\r
 652       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 653     }\r
 654     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 655     {\r
 656       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 657     }\r
 658     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 659     {\r
 660       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 661     }\r
 662     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 663     {\r
 664       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 665       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 666     }\r
 667     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 668     {\r
 669       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 670       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 671     }\r
 672     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 673     {\r
 674       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 675     }\r
 676     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 677     {\r
 678       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 679     }\r
 680     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 681     {\r
 682       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 683     }\r
 684     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 685     {\r
 686       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 687     }\r
 688     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 689     {\r
 690       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 691     }\r
 692     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 693     {\r
 694       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 695     }\r
 696     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 697     {\r
 698       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 699     }\r
 700     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 701     {\r
 702       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 703     }\r
 704     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 705     {\r
 706       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 707     }\r
 708     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 709     {\r
 710       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 711     }\r
 712     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 713     {\r
 714       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 715     }\r
 716     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 717     {\r
 718       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 719     }\r
 720     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 721   }\r
 722 \r
 723   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 724   {\r
 725     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 726     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 727     // searchresults.\r
 728   }\r
 729 \r
 730   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 731   {\r
 732     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 733     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 734   }\r
 735 \r
 736   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 737   {\r
 738     Object source = evt.getSource();\r
 739 \r
 740     if (source == inputText)\r
 741     {\r
 742       inputText_actionPerformed();\r
 743     }\r
 744     else if (source == loadTree)\r
 745     {\r
 746       loadTree_actionPerformed();\r
 747     }\r
 748     else if (source == loadApplication)\r
 749     {\r
 750       launchFullApplication();\r
 751     }\r
 752     else if (source == loadAnnotations)\r
 753     {\r
 754       loadAnnotations();\r
 755     }\r
 756     else if( source == loadScores ) {\r
 757         loadScores();\r
 758     }\r
 759     else if (source == outputAnnotations)\r
 760     {\r
 761       outputAnnotations(true);\r
 762     }\r
 763     else if (source == outputFeatures)\r
 764     {\r
 765       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 766     }\r
 767     else if (source == closeMenuItem)\r
 768     {\r
 769       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 770     }\r
 771     else if (source == copy)\r
 772     {\r
 773       copy_actionPerformed();\r
 774     }\r
 775     else if (source == undoMenuItem)\r
 776     {\r
 777       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 778     }\r
 779     else if (source == redoMenuItem)\r
 780     {\r
 781       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 782     }\r
 783     else if (source == inputText)\r
 784     {\r
 785       inputText_actionPerformed();\r
 786     }\r
 787     else if (source == closeMenuItem)\r
 788     {\r
 789       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 790     }\r
 791     else if (source == undoMenuItem)\r
 792     {\r
 793       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 794     }\r
 795     else if (source == redoMenuItem)\r
 796     {\r
 797       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 798     }\r
 799     else if (source == copy)\r
 800     {\r
 801       copy_actionPerformed();\r
 802     }\r
 803     else if (source == pasteNew)\r
 804     {\r
 805       pasteNew_actionPerformed();\r
 806     }\r
 807     else if (source == pasteThis)\r
 808     {\r
 809       pasteThis_actionPerformed();\r
 810     }\r
 811     else if (source == cut)\r
 812     {\r
 813       cut_actionPerformed();\r
 814     }\r
 815     else if (source == delete)\r
 816     {\r
 817       delete_actionPerformed();\r
 818     }\r
 819     else if (source == grpsFromSelection)\r
 820     {\r
 821       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 822     }\r
 823     else if (source == deleteGroups)\r
 824     {\r
 825       deleteGroups_actionPerformed();\r
 826     }\r
 827     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 828     {\r
 829       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 830     }\r
 831     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 832     {\r
 833       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 834     }\r
 835     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 836     {\r
 837       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 838     }\r
 839     else if (source == invertColSel)\r
 840     {\r
 841       viewport.invertColumnSelection();\r
 842       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 843     }\r
 844     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 845     {\r
 846       trimAlignment(true);\r
 847     }\r
 848     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 849     {\r
 850       trimAlignment(false);\r
 851     }\r
 852     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 853     {\r
 854       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 855     }\r
 856     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 857     {\r
 858       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 859     }\r
 860     else if (source == findMenuItem)\r
 861     {\r
 862       findMenuItem_actionPerformed();\r
 863     }\r
 864     else if (source == font)\r
 865     {\r
 866       new FontChooser(alignPanel);\r
 867     }\r
 868     else if (source == newView)\r
 869     {\r
 870       newView(null);\r
 871     }\r
 872     else if (source == showColumns)\r
 873     {\r
 874       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 875       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 876     }\r
 877     else if (source == showSeqs)\r
 878     {\r
 879       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 880       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 881     }\r
 882     else if (source == hideColumns)\r
 883     {\r
 884       viewport.hideSelectedColumns();\r
 885       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 886     }\r
 887     else if (source == hideSequences\r
 888             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 889     {\r
 890       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 891       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 892     }\r
 893     else if (source == hideAllButSelection)\r
 894     {\r
 895       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 896       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 897     }\r
 898     else if (source == hideAllSelection)\r
 899     {\r
 900       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 901       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 902       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 903       viewport.hideSelectedColumns();\r
 904       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 905     }\r
 906     else if (source == showAllHidden)\r
 907     {\r
 908       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 909       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 910       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 911     }\r
 912     else if (source == showGroupConsensus)\r
 913     {\r
 914       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 915     }\r
 916     else if (source == showGroupConservation)\r
 917     {\r
 918       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 919     }\r
 920     else if (source == showSequenceLogo)\r
 921     {\r
 922       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 923     }\r
 924     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 925     {\r
 926       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 927     }\r
 928     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 929     {\r
 930       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 931     }\r
 932     else if (source == featureSettings)\r
 933     {\r
 934       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 935     }\r
 936     else if (source == alProperties)\r
 937     {\r
 938       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 939               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
 940       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 941       cap.setText(contents.toString());\r
 942       Frame frame = new Frame();\r
 943       frame.add(cap);\r
 944       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 945               + getTitle(), 400, 250);\r
 946     }\r
 947     else if (source == overviewMenuItem)\r
 948     {\r
 949       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 950     }\r
 951     else if (source == noColourmenuItem)\r
 952     {\r
 953       changeColour(null);\r
 954     }\r
 955     else if (source == clustalColour)\r
 956     {\r
 957       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 958       changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
 959               viewport.getAlignment().getSequences(),\r
 960               viewport.getAlignment().getWidth()));\r
 961     }\r
 962     else if (source == zappoColour)\r
 963     {\r
 964       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 965     }\r
 966     else if (source == taylorColour)\r
 967     {\r
 968       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 969     }\r
 970     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 971     {\r
 972       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 973     }\r
 974     else if (source == helixColour)\r
 975     {\r
 976       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 977     }\r
 978     else if (source == strandColour)\r
 979     {\r
 980       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 981     }\r
 982     else if (source == turnColour)\r
 983     {\r
 984       changeColour(new TurnColourScheme());\r
 985     }\r
 986     else if (source == buriedColour)\r
 987     {\r
 988       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
 989     }\r
 990     else if (source == nucleotideColour)\r
 991     {\r
 992       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
 993     }\r
 994     else if (source == purinePyrimidineColour)\r
 995     {\r
 996       changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
 997     }\r
 998     else if (source == RNAHelixColour)\r
 999     {\r
1000       new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1001     }\r
1002     else if (source == modifyPID)\r
1003     {\r
1004       modifyPID_actionPerformed();\r
1005     }\r
1006     else if (source == modifyConservation)\r
1007     {\r
1008       modifyConservation_actionPerformed();\r
1009     }\r
1010     else if (source == userDefinedColour)\r
1011     {\r
1012       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1013     }\r
1014     else if (source == PIDColour)\r
1015     {\r
1016       changeColour(new PIDColourScheme());\r
1017     }\r
1018     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
1019     {\r
1020       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1021     }\r
1022     else if (source == tcoffeeColour) {\r
1023         changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
1024     }\r
1025     else if (source == annotationColour)\r
1026     {\r
1027       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1028     }\r
1029     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
1030     {\r
1031       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
1032     }\r
1033     else if (source == sortIDMenuItem)\r
1034     {\r
1035       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
1036     }\r
1037     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
1038     {\r
1039       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
1040     }\r
1041     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
1042     {\r
1043       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
1044     }\r
1045     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
1046     {\r
1047       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
1048     }\r
1049     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
1050     {\r
1051       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
1052     }\r
1053     else if (source == PCAMenuItem)\r
1054     {\r
1055       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
1056     }\r
1057     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
1058     {\r
1059       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1060     }\r
1061     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1062     {\r
1063       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1064     }\r
1065     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1066     {\r
1067       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1068     }\r
1069     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1070     {\r
1071       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1072     }\r
1073     else if (source == documentation)\r
1074     {\r
1075       documentation_actionPerformed();\r
1076     }\r
1077     else if (source == about)\r
1078     {\r
1079       about_actionPerformed();\r
1080     }\r
1081 \r
1082   }\r
1083 \r
1084   public void inputText_actionPerformed()\r
1085   {\r
1086     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1087     Frame frame = new Frame();\r
1088     frame.add(cap);\r
1089     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1090   }\r
1091 \r
1092   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1093   {\r
1094     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1095     Frame frame = new Frame();\r
1096     frame.add(cap);\r
1097     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1098             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1099     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1100             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1101             viewport.showJVSuffix));\r
1102   }\r
1103 \r
1104   public void loadAnnotations()\r
1105   {\r
1106     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1107     cap.setText("Paste your features / annotations file here.");\r
1108     cap.setAnnotationImport();\r
1109     Frame frame = new Frame();\r
1110     frame.add(cap);\r
1111     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1112 \r
1113   }\r
1114   \r
1115   public void loadScores() {\r
1116           //TODO\r
1117           \r
1118   }\r
1119 \r
1120   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1121   {\r
1122     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1123             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1124                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.getAlignment()\r
1125                     .getGroups(),\r
1126             ((Alignment) viewport.getAlignment()).alignmentProperties);\r
1127 \r
1128     if (displayTextbox)\r
1129     {\r
1130       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1131       Frame frame = new Frame();\r
1132       frame.add(cap);\r
1133       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1134       cap.setText(annotation);\r
1135     }\r
1136 \r
1137     return annotation;\r
1138   }\r
1139 \r
1140   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1141   {\r
1142     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null && viewport.featuresDisplayed!=null)\r
1143     {\r
1144       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1145       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1146       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1147       while (en.hasMoreElements())\r
1148       {\r
1149         Object col = en.nextElement();\r
1150         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1151       }\r
1152       return fcols;\r
1153     }\r
1154     return null;\r
1155   }\r
1156 \r
1157   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1158   {\r
1159     String features;\r
1160     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1161     {\r
1162       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
1163               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1164               getDisplayedFeatureCols());\r
1165     }\r
1166     else\r
1167     {\r
1168       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
1169               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1170               getDisplayedFeatureCols());\r
1171     }\r
1172 \r
1173     if (displayTextbox)\r
1174     {\r
1175       boolean frimport=false;\r
1176       if (features==null || features.equals("No Features Visible"))\r
1177       {\r
1178         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1179         frimport=true;\r
1180       }\r
1181       \r
1182       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1183       if (frimport)\r
1184       {\r
1185         cap.setAnnotationImport();\r
1186       }\r
1187       Frame frame = new Frame();\r
1188       frame.add(cap);\r
1189       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1190       cap.setText(features);\r
1191     } else {\r
1192       if (features==null)\r
1193         features = "";\r
1194     }\r
1195 \r
1196     return features;\r
1197   }\r
1198 \r
1199   void launchFullApplication()\r
1200   {\r
1201     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1202 \r
1203     url.append("?open="\r
1204             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1205 \r
1206     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1207     {\r
1208       url.append("&features=");\r
1209       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1210     }\r
1211 \r
1212     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1213     {\r
1214       url.append("&annotations=");\r
1215       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1216     }\r
1217 \r
1218     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1219     {\r
1220       url.append("&annotations=");\r
1221       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1222     }\r
1223 \r
1224     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1225     {\r
1226       url.append("&colour="\r
1227               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1228                       .getParameter("defaultColour")));\r
1229     }\r
1230 \r
1231     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1232     {\r
1233       url.append("&colour="\r
1234               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1235                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1236     }\r
1237     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1238     {\r
1239       url.append("&tree="\r
1240               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1241     }\r
1242     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1243     {\r
1244       url.append("&tree="\r
1245               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1246     }\r
1247 \r
1248     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1249   }\r
1250 \r
1251   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1252   {\r
1253     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1254     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1255     {\r
1256       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1257       {\r
1258         sb.append("%20");\r
1259       }\r
1260       else\r
1261       {\r
1262         sb.append(colour.charAt(i));\r
1263       }\r
1264     }\r
1265 \r
1266     return sb.toString();\r
1267   }\r
1268 \r
1269   String appendProtocol(String url)\r
1270   {\r
1271     try\r
1272     {\r
1273       new URL(url);\r
1274       url = URLEncoder.encode(url);\r
1275     }\r
1276     /*\r
1277      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1278      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1279      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1280      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1281      * ex.printStackTrace(); }\r
1282      */\r
1283     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1284     {\r
1285       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1286     }\r
1287     return url;\r
1288   }\r
1289 \r
1290   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1291   {\r
1292     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1293     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1294     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1295 \r
1296     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1297     {\r
1298       System.exit(0);\r
1299     } else {\r
1300     }\r
1301     viewport = null;\r
1302     alignPanel = null;\r
1303     this.dispose();\r
1304   }\r
1305 \r
1306   /**\r
1307    * TODO: JAL-1104\r
1308    */\r
1309   void updateEditMenuBar()\r
1310   {\r
1311 \r
1312     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1313     {\r
1314       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1315       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1316       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1317     }\r
1318     else\r
1319     {\r
1320       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1321       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1322     }\r
1323 \r
1324     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1325     {\r
1326       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1327 \r
1328       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1329       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1330     }\r
1331     else\r
1332     {\r
1333       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1334       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1335     }\r
1336   }\r
1337 \r
1338   /**\r
1339    * TODO: JAL-1104\r
1340    */\r
1341   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1342   {\r
1343     if (command.getSize() > 0)\r
1344     {\r
1345       viewport.historyList.push(command);\r
1346       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1347       updateEditMenuBar();\r
1348       viewport.updateHiddenColumns();\r
1349     }\r
1350   }\r
1351 \r
1352   /**\r
1353    * TODO: JAL-1104\r
1354    * DOCUMENT ME!\r
1355    * \r
1356    * @param e\r
1357    *          DOCUMENT ME!\r
1358    */\r
1359   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1360   {\r
1361     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1362     {\r
1363       return;\r
1364     }\r
1365 \r
1366     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1367     viewport.redoList.push(command);\r
1368     command.undoCommand(null);\r
1369 \r
1370     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1371     // JBPNote Test\r
1372     if (originalSource!=viewport) {\r
1373       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1374     }\r
1375     originalSource.updateHiddenColumns(); //    originalSource.hasHiddenColumns = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1376     updateEditMenuBar();\r
1377     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1378             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1379   }\r
1380 \r
1381   /**\r
1382    * TODO: JAL-1104\r
1383    * DOCUMENT ME!\r
1384    * \r
1385    * @param e\r
1386    *          DOCUMENT ME!\r
1387    */\r
1388   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1389   {\r
1390     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1391     {\r
1392       return;\r
1393     }\r
1394 \r
1395     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1396     viewport.historyList.push(command);\r
1397     command.doCommand(null);\r
1398 \r
1399     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1400     // JBPNote Test\r
1401     if (originalSource!=viewport) {\r
1402       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1403     }\r
1404     originalSource.updateHiddenColumns(); //sethasHiddenColumns(); = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1405 \r
1406     updateEditMenuBar();\r
1407     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1408             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1409   }\r
1410 \r
1411   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1412   {\r
1413     AlignViewport originalSource = null;\r
1414     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1415     // the property change event FROM the viewport where the\r
1416     // original alignment was altered\r
1417     AlignmentI al = null;\r
1418     if (command instanceof EditCommand)\r
1419     {\r
1420       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1421       al = editCommand.getAlignment();\r
1422       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1423               .getSequenceSetId());\r
1424       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1425       {\r
1426         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1427         {\r
1428           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1429           {\r
1430             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1431             break;\r
1432           }\r
1433         }\r
1434       }\r
1435     }\r
1436 \r
1437     if (originalSource == null)\r
1438     {\r
1439       // The original view is closed, we must validate\r
1440       // the current view against the closed view first\r
1441       if (al != null)\r
1442       {\r
1443         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1444       }\r
1445 \r
1446       originalSource = viewport;\r
1447     }\r
1448 \r
1449     return originalSource;\r
1450   }\r
1451 \r
1452   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1453   {\r
1454     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1455     if (sg == null)\r
1456     {\r
1457       return;\r
1458     }\r
1459 \r
1460     if (up)\r
1461     {\r
1462       for (int i = 1; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1463       {\r
1464         SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1465         if (!sg.getSequences(null).contains(seq))\r
1466         {\r
1467           continue;\r
1468         }\r
1469 \r
1470         SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i - 1);\r
1471         if (sg.getSequences(null).contains(temp))\r
1472         {\r
1473           continue;\r
1474         }\r
1475 \r
1476         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1477         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
1478       }\r
1479     }\r
1480     else\r
1481     {\r
1482       for (int i = viewport.getAlignment().getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
1483       {\r
1484         SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1485         if (!sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(seq))\r
1486         {\r
1487           continue;\r
1488         }\r
1489 \r
1490         SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i + 1);\r
1491         if (sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(temp))\r
1492         {\r
1493           continue;\r
1494         }\r
1495 \r
1496         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1497         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
1498       }\r
1499     }\r
1500 \r
1501     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1502   }\r
1503 \r
1504   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1505   {\r
1506     Vector sg = new Vector();\r
1507     if (viewport.cursorMode)\r
1508     {\r
1509       sg.addElement(viewport.getAlignment()\r
1510               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1511     }\r
1512     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1513             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.getAlignment()\r
1514                     .getHeight())\r
1515     {\r
1516       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1517               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1518     }\r
1519 \r
1520     if (sg.size() < 1)\r
1521     {\r
1522       return;\r
1523     }\r
1524 \r
1525     Vector invertGroup = new Vector();\r
1526 \r
1527     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1528     {\r
1529       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1530         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1531     }\r
1532 \r
1533     SequenceI[] seqs1 = new SequenceI[sg.size()];\r
1534     for (int i = 0; i < sg.size(); i++)\r
1535       seqs1[i] = (SequenceI) sg.elementAt(i);\r
1536 \r
1537     SequenceI[] seqs2 = new SequenceI[invertGroup.size()];\r
1538     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1539       seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);\r
1540 \r
1541     SlideSequencesCommand ssc;\r
1542     if (right)\r
1543       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1544               size, viewport.getGapCharacter());\r
1545     else\r
1546       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1547               size, viewport.getGapCharacter());\r
1548 \r
1549     int groupAdjustment = 0;\r
1550     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1551     {\r
1552       if (viewport.cursorMode)\r
1553         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1554       else\r
1555         groupAdjustment = size;\r
1556     }\r
1557     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1558     {\r
1559       if (viewport.cursorMode)\r
1560         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1561       else\r
1562         groupAdjustment = -size;\r
1563     }\r
1564 \r
1565     if (groupAdjustment != 0)\r
1566     {\r
1567       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1568               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1569       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1570               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1571     }\r
1572 \r
1573     boolean appendHistoryItem = false;\r
1574     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1575             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1576     {\r
1577       appendHistoryItem = ssc\r
1578               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1579                       .peek());\r
1580     }\r
1581 \r
1582     if (!appendHistoryItem)\r
1583       addHistoryItem(ssc);\r
1584 \r
1585     repaint();\r
1586   }\r
1587 \r
1588   static StringBuffer copiedSequences;\r
1589 \r
1590   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1591 \r
1592   protected void copy_actionPerformed()\r
1593   {\r
1594     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1595     {\r
1596       return;\r
1597     }\r
1598 \r
1599     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1600     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1601     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1602     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1603     {\r
1604       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1605       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1606       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1607     }\r
1608 \r
1609     int index = 0, startRes, endRes;\r
1610     char ch;\r
1611 \r
1612     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1613     {\r
1614       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1615       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1616       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1617               .size(); i++)\r
1618       {\r
1619         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1620                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1621 \r
1622         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1623         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1624       }\r
1625     }\r
1626     else\r
1627     {\r
1628       copiedHiddenColumns = null;\r
1629     }\r
1630 \r
1631     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1632     {\r
1633       SequenceI seq = null;\r
1634 \r
1635       while (seq == null)\r
1636       {\r
1637         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1638         {\r
1639           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1640           index++;\r
1641 \r
1642           break;\r
1643         }\r
1644         else\r
1645         {\r
1646           index++;\r
1647         }\r
1648       }\r
1649 \r
1650       // FIND START RES\r
1651       // Returns residue following index if gap\r
1652       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1653 \r
1654       // FIND END RES\r
1655       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1656       endRes = 0;\r
1657 \r
1658       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1659       {\r
1660         ch = seq.getCharAt(j);\r
1661         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1662         {\r
1663           endRes++;\r
1664         }\r
1665       }\r
1666 \r
1667       if (endRes > 0)\r
1668       {\r
1669         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1670       }\r
1671 \r
1672       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1673               + "\t"\r
1674               + startRes\r
1675               + "\t"\r
1676               + endRes\r
1677               + "\t"\r
1678               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1679                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1680     }\r
1681 \r
1682   }\r
1683 \r
1684   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1685   {\r
1686     paste(true);\r
1687   }\r
1688 \r
1689   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1690   {\r
1691     paste(false);\r
1692   }\r
1693 \r
1694   void paste(boolean newAlignment)\r
1695   {\r
1696     try\r
1697     {\r
1698 \r
1699       if (copiedSequences == null)\r
1700       {\r
1701         return;\r
1702       }\r
1703 \r
1704       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1705       Vector seqs = new Vector();\r
1706       while (st.hasMoreElements())\r
1707       {\r
1708         String name = st.nextToken();\r
1709         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1710         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1711         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1712       }\r
1713       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1714       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1715       {\r
1716         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1717       }\r
1718 \r
1719       if (newAlignment)\r
1720       {\r
1721         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1722         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1723         {\r
1724           newtitle = getTitle();\r
1725         }\r
1726         else\r
1727         {\r
1728           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1729         }\r
1730         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1731                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1732         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1733         {\r
1734           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1735           {\r
1736             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1737             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1738           }\r
1739         }\r
1740 \r
1741         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1742                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1743       }\r
1744       else\r
1745       {\r
1746         addSequences(newSeqs);\r
1747       }\r
1748 \r
1749     } catch (Exception ex)\r
1750     {\r
1751     } // could be anything being pasted in here\r
1752 \r
1753   }\r
1754 \r
1755   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1756   {\r
1757     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1758     {\r
1759       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
1760     }\r
1761 \r
1762     // !newAlignment\r
1763     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1764             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(), viewport.getAlignment()));\r
1765 \r
1766     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
1767     viewport.getAlignment().getWidth();\r
1768     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1769             viewport.getAlignment().getSequences());\r
1770 \r
1771   }\r
1772 \r
1773   protected void cut_actionPerformed()\r
1774   {\r
1775     copy_actionPerformed();\r
1776     delete_actionPerformed();\r
1777   }\r
1778 \r
1779   protected void delete_actionPerformed()\r
1780   {\r
1781 \r
1782     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1783     if (sg == null)\r
1784     {\r
1785       return;\r
1786     }\r
1787 \r
1788     Vector seqs = new Vector();\r
1789     SequenceI seq;\r
1790     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1791     {\r
1792       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1793       seqs.addElement(seq);\r
1794     }\r
1795 \r
1796     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1797     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
1798     {\r
1799       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1800               sg.getEndRes() + 1);\r
1801     }\r
1802 \r
1803     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1804     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1805     {\r
1806       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1807     }\r
1808 \r
1809     /*\r
1810      * //ADD HISTORY ITEM\r
1811      */\r
1812     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1813             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1814             viewport.getAlignment()));\r
1815 \r
1816     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1817     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1818 \r
1819     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1820             .getSequences());\r
1821 \r
1822     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1823     {\r
1824       this.setVisible(false);\r
1825     }\r
1826     viewport.sendSelection();\r
1827   }\r
1828 \r
1829   /**\r
1830    * group consensus toggled\r
1831    * \r
1832    */\r
1833   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1834   {\r
1835     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1836     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1837 \r
1838   }\r
1839 \r
1840   /**\r
1841    * group conservation toggled.\r
1842    */\r
1843   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1844   {\r
1845     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1846     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1847   }\r
1848 \r
1849   /*\r
1850    * (non-Javadoc)\r
1851    * \r
1852    * @see\r
1853    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1854    * .event.ActionEvent)\r
1855    */\r
1856   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1857   {\r
1858     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1859     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1860   }\r
1861   /*\r
1862    * (non-Javadoc)\r
1863    * \r
1864    * @see\r
1865    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1866    * .event.ActionEvent)\r
1867    */\r
1868   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1869   {\r
1870     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1871     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1872   }\r
1873 \r
1874   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1875   {\r
1876     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1877   }\r
1878 \r
1879   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1880   {\r
1881     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1882     {\r
1883       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1884               viewport.getSequenceSelection(),\r
1885               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1886                       viewport.getGapCharacter()),\r
1887               viewport.getAlignment().getGroups());\r
1888       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1889       viewport.sequenceColours = null;\r
1890       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1891       // set view properties for each group\r
1892       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1893       {\r
1894         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1895         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1896         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);\r
1897         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1898                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1899         col = col.brighter();\r
1900         for (Enumeration sq = gps[g].getSequences(null).elements(); sq\r
1901                 .hasMoreElements(); viewport.setSequenceColour(\r
1902                 (SequenceI) sq.nextElement(), col))\r
1903           ;\r
1904       }\r
1905       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1906       alignPanel.updateAnnotation();\r
1907       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1908     }\r
1909   }\r
1910 \r
1911   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1912   {\r
1913     viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1914     viewport.sequenceColours = null;\r
1915     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1916 \r
1917     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1918   }\r
1919 \r
1920   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1921   {\r
1922     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1923     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1924     {\r
1925       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1926     }\r
1927     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
1928     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1929     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1930     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1931     viewport.sendSelection();\r
1932   }\r
1933 \r
1934   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1935   {\r
1936     if (viewport.cursorMode)\r
1937     {\r
1938       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1939       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1940     }\r
1941     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1942     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1943     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1944     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1945     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1946     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1947     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1948     viewport.sendSelection();\r
1949   }\r
1950 \r
1951   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1952   {\r
1953     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1954     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1955     {\r
1956       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1957     }\r
1958 \r
1959     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1960     viewport.sendSelection();\r
1961   }\r
1962 \r
1963   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1964   {\r
1965     viewport.invertColumnSelection();\r
1966     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1967     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1968     viewport.sendSelection();\r
1969   }\r
1970 \r
1971   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1972   {\r
1973     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1974     int column;\r
1975 \r
1976     if (colSel.size() > 0)\r
1977     {\r
1978       if (trimLeft)\r
1979       {\r
1980         column = colSel.getMin();\r
1981       }\r
1982       else\r
1983       {\r
1984         column = colSel.getMax();\r
1985       }\r
1986 \r
1987       SequenceI[] seqs;\r
1988       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1989       {\r
1990         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1991                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
1992       }\r
1993       else\r
1994       {\r
1995         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
1996       }\r
1997 \r
1998       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1999       if (trimLeft)\r
2000       {\r
2001         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
2002                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
2003                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2004                 viewport.getSelectionGroup());\r
2005         viewport.setStartRes(0);\r
2006       }\r
2007       else\r
2008       {\r
2009         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
2010                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
2011                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2012                 viewport.getSelectionGroup());\r
2013       }\r
2014 \r
2015       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
2016 \r
2017       addHistoryItem(trimRegion);\r
2018 \r
2019       Vector groups = viewport.getAlignment().getGroups();\r
2020 \r
2021       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
2022       {\r
2023         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
2024 \r
2025         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
2026                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
2027         {\r
2028           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
2029         }\r
2030       }\r
2031 \r
2032       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
2033               .getAlignment().getSequences());\r
2034     }\r
2035   }\r
2036 \r
2037   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
2038   {\r
2039     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2040 \r
2041     SequenceI[] seqs;\r
2042     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2043     {\r
2044       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2045               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2046       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2047       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2048     }\r
2049     else\r
2050     {\r
2051       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2052     }\r
2053 \r
2054     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2055             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.getAlignment());\r
2056 \r
2057     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2058 \r
2059     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
2060             + " empty columns.");\r
2061 \r
2062     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2063     // of first sequence\r
2064     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2065     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2066     // ShiftList shifts;\r
2067     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2068     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2069     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2070     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2071     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2072     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2073             .getSequences());\r
2074 \r
2075   }\r
2076 \r
2077   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2078   {\r
2079     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2080 \r
2081     SequenceI[] seqs;\r
2082     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2083     {\r
2084       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2085               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2086       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2087       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2088     }\r
2089     else\r
2090     {\r
2091       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2092     }\r
2093 \r
2094     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2095     // of first sequence\r
2096     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2097     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2098 \r
2099     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2100             viewport.getAlignment()));\r
2101 \r
2102     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2103 \r
2104     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2105             .getSequences());\r
2106 \r
2107   }\r
2108 \r
2109   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2110   {\r
2111     new Finder(alignPanel);\r
2112   }\r
2113 \r
2114   /**\r
2115    * create a new view derived from the current view\r
2116    * \r
2117    * @param viewtitle\r
2118    * @return frame for the new view\r
2119    */\r
2120   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2121   {\r
2122     AlignmentI newal;\r
2123     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2124     {\r
2125       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2126               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2127     }\r
2128     else\r
2129     {\r
2130       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2131     }\r
2132 \r
2133     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2134     {\r
2135       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2136       {\r
2137         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2138         {\r
2139           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2140         }\r
2141       }\r
2142     }\r
2143 \r
2144     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2145 \r
2146     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2147     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2148     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2149             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2150 \r
2151     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2152             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2153     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2154             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2155 \r
2156     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2157             .getSequenceSetId());\r
2158     int viewSize = -1;\r
2159     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2160     {\r
2161       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2162       {\r
2163         viewSize++;\r
2164       }\r
2165     }\r
2166 \r
2167     String title = new String(this.getTitle());\r
2168     if (viewtitle != null)\r
2169     {\r
2170       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2171     }\r
2172     else\r
2173     {\r
2174       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2175       {\r
2176         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2177       }\r
2178       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2179     }\r
2180 \r
2181     newaf.setTitle(title.toString());\r
2182 \r
2183     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2184     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2185     return newaf;\r
2186   }\r
2187 \r
2188   /**\r
2189    * \r
2190    * @return list of feature groups on the view\r
2191    */\r
2192   public String[] getFeatureGroups()\r
2193   {\r
2194     FeatureRenderer fr = null;\r
2195     if (alignPanel != null\r
2196             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2197     {\r
2198       return fr.getGroups();\r
2199     }\r
2200     return null;\r
2201   }\r
2202 \r
2203   /**\r
2204    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2205    * \r
2206    * @param visible\r
2207    *          true is visible\r
2208    * @return list\r
2209    */\r
2210   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2211   {\r
2212     FeatureRenderer fr = null;\r
2213     if (alignPanel != null\r
2214             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2215     {\r
2216       return fr.getGroups(visible);\r
2217     }\r
2218     return null;\r
2219   }\r
2220 \r
2221   /**\r
2222    * Change the display state for the given feature groups\r
2223    * \r
2224    * @param groups\r
2225    *          list of group strings\r
2226    * @param state\r
2227    *          visible or invisible\r
2228    */\r
2229   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2230   {\r
2231     FeatureRenderer fr = null;\r
2232     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2233     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2234     if (alignPanel != null\r
2235             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2236     {\r
2237       fr.setGroupState(groups, state);\r
2238       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2239       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2240       {\r
2241         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2242       }\r
2243     }\r
2244   }\r
2245 \r
2246   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2247   {\r
2248     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2249     alignPanel.fontChanged();\r
2250     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2251   }\r
2252 \r
2253   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2254   {\r
2255     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2256     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2257   }\r
2258 \r
2259   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2260   {\r
2261     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2262     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2263   }\r
2264 \r
2265   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2266   {\r
2267     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2268     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2269     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2270     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2271     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2272     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2273   }\r
2274 \r
2275   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2276   {\r
2277     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2278     {\r
2279       return;\r
2280     }\r
2281 \r
2282     Frame frame = new Frame();\r
2283     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2284     frame.add(overview);\r
2285     // +50 must allow for applet frame window\r
2286     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2287             overview.getPreferredSize().width,\r
2288             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2289 \r
2290     frame.pack();\r
2291     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2292     {\r
2293       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2294       {\r
2295         alignPanel.setOverviewPanel(null);\r
2296       };\r
2297     });\r
2298 \r
2299     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2300 \r
2301   }\r
2302 \r
2303   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2304   {\r
2305     int threshold = 0;\r
2306 \r
2307     if (cs != null)\r
2308     {\r
2309       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2310       {\r
2311         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2312                 "Background");\r
2313 \r
2314         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2315 \r
2316         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2317       }\r
2318       else\r
2319       {\r
2320         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2321       }\r
2322 \r
2323       if (viewport.getConservationSelected())\r
2324       {\r
2325 \r
2326         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
2327         Conservation c = new Conservation("All",\r
2328                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2329                 al.getWidth() - 1);\r
2330 \r
2331         c.calculate();\r
2332         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2333 \r
2334         cs.setConservation(c);\r
2335 \r
2336         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2337                 cs, "Background"));\r
2338 \r
2339       }\r
2340       else\r
2341       {\r
2342         cs.setConservation(null);\r
2343       }\r
2344 \r
2345       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
2346 \r
2347     }             \r
2348     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2349 \r
2350     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
2351     {\r
2352       Vector groups = viewport.getAlignment().getGroups();\r
2353       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
2354       {\r
2355         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
2356 \r
2357         if (cs == null)\r
2358         {\r
2359           sg.cs = null;\r
2360           continue;\r
2361         }\r
2362         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
2363         {\r
2364           sg.cs = new ClustalxColourScheme(\r
2365                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()),\r
2366                   sg.getWidth());\r
2367         }\r
2368         else\r
2369         {\r
2370           try\r
2371           {\r
2372             sg.cs = cs.getClass().newInstance();\r
2373           } catch (Exception ex)\r
2374           {\r
2375             ex.printStackTrace();\r
2376             sg.cs = cs;\r
2377           }\r
2378         }\r
2379 \r
2380         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2381                 || cs instanceof PIDColourScheme\r
2382                 || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
2383         {\r
2384           sg.cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2385           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
2386                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()), 0,\r
2387                   sg.getWidth()));\r
2388         }\r
2389         else\r
2390         {\r
2391           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2392         }\r
2393 \r
2394         if (viewport.getConservationSelected())\r
2395         {\r
2396           Conservation c = new Conservation("Group",\r
2397                   ResidueProperties.propHash, 3,\r
2398                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()), 0,\r
2399                   viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
2400           c.calculate();\r
2401           c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2402           sg.cs.setConservation(c);\r
2403         }\r
2404         else\r
2405         {\r
2406           sg.cs.setConservation(null);\r
2407           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2408         }\r
2409 \r
2410       }\r
2411     }\r
2412 \r
2413     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2414     {\r
2415       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2416     }\r
2417 \r
2418     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2419             .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
2420                     alignPanel);\r
2421 \r
2422     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2423   }\r
2424 \r
2425   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2426   {\r
2427     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2428             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2429     {\r
2430       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2431               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2432       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2433     }\r
2434   }\r
2435 \r
2436   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2437   {\r
2438     if (viewport.getConservationSelected()\r
2439             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2440     {\r
2441       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2442               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2443       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2444     }\r
2445   }\r
2446 \r
2447   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2448   {\r
2449     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2450 \r
2451     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2452     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2453 \r
2454     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2455 \r
2456     modifyConservation_actionPerformed();\r
2457   }\r
2458 \r
2459   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2460   {\r
2461     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2462 \r
2463     conservationMenuItem.setState(false);\r
2464     viewport.setConservationSelected(false);\r
2465 \r
2466     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2467 \r
2468     modifyPID_actionPerformed();\r
2469   }\r
2470 \r
2471   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2472   {\r
2473     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2474     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2475             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2476 \r
2477     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2478             viewport.getAlignment()));\r
2479     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2480   }\r
2481 \r
2482   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2483   {\r
2484     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2485     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2486     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2487     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2488   }\r
2489 \r
2490   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2491   {\r
2492     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2493     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2494     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2495             viewport.getAlignment()));\r
2496     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2497   }\r
2498 \r
2499   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2500   {\r
2501     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2502     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2503     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2504             viewport.getAlignment()));\r
2505     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2506 \r
2507   }\r
2508 \r
2509   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2510   {\r
2511     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2512   }\r
2513 \r
2514   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2515   {\r
2516     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2517             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2518     {\r
2519       Frame frame = new Frame();\r
2520       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2521       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2522               500);\r
2523     }\r
2524   }\r
2525 \r
2526   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2527   {\r
2528     // are the sequences aligned?\r
2529     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2530     {\r
2531       SequenceI current;\r
2532       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2533 \r
2534       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2535       {\r
2536         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2537 \r
2538         if (current.getLength() < Width)\r
2539         {\r
2540           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2541         }\r
2542       }\r
2543       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2544     }\r
2545 \r
2546     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2547             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2548             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2549             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2550     {\r
2551       return;\r
2552     }\r
2553 \r
2554     try\r
2555     {\r
2556       new PCAPanel(viewport);\r
2557     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2558     {\r
2559     }\r
2560 \r
2561   }\r
2562 \r
2563   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2564   {\r
2565     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2566   }\r
2567 \r
2568   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2569   {\r
2570     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2571   }\r
2572 \r
2573   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2574   {\r
2575     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2576   }\r
2577 \r
2578   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2579   {\r
2580     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2581   }\r
2582 \r
2583   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2584   {\r
2585     // are the sequences aligned?\r
2586     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2587     {\r
2588       SequenceI current;\r
2589       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2590 \r
2591       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2592       {\r
2593         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2594 \r
2595         if (current.getLength() < Width)\r
2596         {\r
2597           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2598         }\r
2599       }\r
2600       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2601 \r
2602     }\r
2603 \r
2604     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2605             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2606             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.getAlignment()\r
2607                     .getHeight() > 1))\r
2608     {\r
2609       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2610 \r
2611       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2612 \r
2613       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2614     }\r
2615   }\r
2616 \r
2617   void loadTree_actionPerformed()\r
2618   {\r
2619     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2620     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2621     cap.setTreeImport();\r
2622     Frame frame = new Frame();\r
2623     frame.add(cap);\r
2624     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2625   }\r
2626 \r
2627   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2628   {\r
2629     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2630     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2631     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2632   }\r
2633 \r
2634   /**\r
2635    * sort the alignment using the given treePanel\r
2636    * \r
2637    * @param treePanel\r
2638    *          tree used to sort view\r
2639    * @param title\r
2640    *          string used for undo event name\r
2641    */\r
2642   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2643   {\r
2644     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2645     AlignmentSorter\r
2646             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2647     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2648     // HistoryItem.SORT));\r
2649     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2650             viewport.getAlignment()));\r
2651     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2652   }\r
2653 \r
2654   /**\r
2655    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2656    * the menu structure for the new tree\r
2657    * \r
2658    * @param treePanel\r
2659    * @param title\r
2660    */\r
2661   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2662           final String title)\r
2663   {\r
2664     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2665     sortByTreeMenu.add(item);\r
2666     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2667     {\r
2668       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2669       {\r
2670         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2671       }\r
2672     });\r
2673     \r
2674     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2675     {\r
2676       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2677       {\r
2678         if (viewport.sortByTree)\r
2679         {\r
2680           sortByTree(treePanel, title);\r
2681         }\r
2682         super.windowOpened(e);\r
2683       }\r
2684 \r
2685       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2686       {\r
2687         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2688       };\r
2689     });\r
2690   }\r
2691   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2692   {\r
2693     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
2694     .getSequencesArray();\r
2695     if (viewport.applet.debug)\r
2696     {\r
2697       System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
2698     }\r
2699     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2700     if (undoname!=null)\r
2701     {\r
2702       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2703     }\r
2704     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2705     return true;\r
2706   }\r
2707 \r
2708   protected void documentation_actionPerformed()\r
2709   {\r
2710     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2711   }\r
2712 \r
2713   protected void about_actionPerformed()\r
2714   {\r
2715 \r
2716     class AboutPanel extends Canvas\r
2717     {\r
2718       String version;\r
2719 \r
2720       String builddate;\r
2721 \r
2722       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2723       {\r
2724         this.version = version;\r
2725         this.builddate = builddate;\r
2726       }\r
2727 \r
2728       public void paint(Graphics g)\r
2729       {\r
2730         g.setColor(Color.white);\r
2731         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2732         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2733         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2734         int fh = fm.getHeight();\r
2735         int y = 5, x = 7;\r
2736         g.setColor(Color.black);\r
2737         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2738         // lite and application\r
2739         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2740         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2741         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2742         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2743         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2744         g.drawString(\r
2745                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",\r
2746                 x, y += fh * 1.5);\r
2747         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);\r
2748         g.drawString(\r
2749                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2750                 x, y += fh);\r
2751         g.drawString(\r
2752                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2753                 x, y += fh);\r
2754         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2755         g.drawString(\r
2756                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2757                 x, y += fh);\r
2758         g.drawString(\r
2759                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2760                 x, y += fh);\r
2761         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2762                 x, y += fh);\r
2763       }\r
2764     }\r
2765 \r
2766     Frame frame = new Frame();\r
2767     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2768             .getBuildDate()));\r
2769     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2770 \r
2771   }\r
2772 \r
2773   public void showURL(String url, String target)\r
2774   {\r
2775     if (viewport.applet == null)\r
2776     {\r
2777       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2778     }\r
2779     else\r
2780     {\r
2781       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2782     }\r
2783   }\r
2784 \r
2785   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2786   // JBuilder Graphics here\r
2787 \r
2788   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2789 \r
2790   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2791 \r
2792   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2793 \r
2794   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2795 \r
2796   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2797   \r
2798   MenuItem loadScores = new MenuItem("Load Associated T-Coffee scores ...");\r
2799 \r
2800   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2801 \r
2802   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2803 \r
2804   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2805 \r
2806   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2807 \r
2808   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2809 \r
2810   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2811 \r
2812   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2813 \r
2814   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2815 \r
2816   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2817 \r
2818   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2819 \r
2820   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2821 \r
2822   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2823 \r
2824   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2825 \r
2826   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2827 \r
2828   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2829 \r
2830   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2831 \r
2832   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2833 \r
2834   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2835 \r
2836   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2837 \r
2838   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2839 \r
2840   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2841 \r
2842   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2843 \r
2844   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2845 \r
2846   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2847 \r
2848   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2849 \r
2850   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2851 \r
2852   public Label statusBar = new Label();\r
2853 \r
2854   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2855 \r
2856   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2857 \r
2858   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2859 \r
2860   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2861 \r
2862   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2863 \r
2864   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2865 \r
2866   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2867 \r
2868   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2869 \r
2870   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2871 \r
2872   MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();\r
2873   MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();\r
2874   \r
2875   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2876 \r
2877   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2878 \r
2879   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2880   \r
2881   MenuItem tcoffeeColour = new MenuItem();\r
2882 \r
2883   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2884 \r
2885   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2886 \r
2887   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2888 \r
2889   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2890 \r
2891   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2892 \r
2893   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2894 \r
2895   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2896 \r
2897   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2898 \r
2899   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2900 \r
2901   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2902 \r
2903   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2904 \r
2905   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2906 \r
2907   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2908 \r
2909   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2910 \r
2911   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2912 \r
2913   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2914 \r
2915   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2916 \r
2917   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2918 \r
2919   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2920 \r
2921   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2922 \r
2923   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2924 \r
2925   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2926 \r
2927   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2928 \r
2929   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2930 \r
2931   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2932 \r
2933   MenuItem font = new MenuItem();\r
2934 \r
2935   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2936 \r
2937   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2938 \r
2939   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2940 \r
2941   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2942 \r
2943   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2944 \r
2945   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2946           "Autocalculate Consensus", true);\r
2947 \r
2948   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2949           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2950 \r
2951   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2952 \r
2953   Menu sort = new Menu();\r
2954 \r
2955   Menu calculate = new Menu();\r
2956 \r
2957   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2958 \r
2959   Menu helpMenu = new Menu();\r
2960 \r
2961   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2962 \r
2963   MenuItem about = new MenuItem();\r
2964 \r
2965   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2966 \r
2967   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2968   \r
2969   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2970   Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
2971   CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
2972   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2973   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2974   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2975   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2976 \r
2977   private void jbInit() throws Exception\r
2978   {\r
2979 \r
2980     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2981 \r
2982     MenuItem item;\r
2983 \r
2984     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2985     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2986     {\r
2987 \r
2988       item = new MenuItem(\r
2989               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2990 \r
2991       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2992       {\r
2993         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2994         {\r
2995           outputText_actionPerformed(e);\r
2996         }\r
2997       });\r
2998 \r
2999       outputTextboxMenu.add(item);\r
3000     }\r
3001     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
3002     loadApplication.addActionListener(this);\r
3003 \r
3004     loadTree.addActionListener(this);\r
3005     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
3006     loadScores.addActionListener(this);\r
3007     outputFeatures.addActionListener(this);\r
3008     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
3009     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
3010     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
3011     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
3012     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
3013     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
3014     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
3015     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
3016     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
3017     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
3018     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
3019     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
3020     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
3021     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
3022     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
3023     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
3024     viewTextMenuItem.setState(true);\r
3025     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3026     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
3027     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
3028     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
3029     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
3030     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
3031     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
3032     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
3033     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
3034     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
3035     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
3036     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
3037     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
3038     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
3039     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
3040     averageDistanceTreeMenuItem\r
3041             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
3042     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3043     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
3044     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3045     statusBar.setBackground(Color.white);\r
3046     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
3047     statusBar.setText("Status bar");\r
3048     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
3049     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
3050 \r
3051     clustalColour.addActionListener(this);\r
3052     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
3053     zappoColour.addActionListener(this);\r
3054     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
3055     taylorColour.addActionListener(this);\r
3056     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
3057     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
3058     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
3059     helixColour.addActionListener(this);\r
3060     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
3061     strandColour.addActionListener(this);\r
3062     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
3063     turnColour.addActionListener(this);\r
3064     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
3065     buriedColour.addActionListener(this);\r
3066     purinePyrimidineColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
3067     purinePyrimidineColour.addActionListener(this);\r
3068     RNAHelixColour.setLabel("by RNA Helices");\r
3069     RNAHelixColour.addActionListener(this);\r
3070     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
3071     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
3072     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
3073     PIDColour.addActionListener(this);\r
3074     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
3075     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
3076     tcoffeeColour.setLabel("T-Coffee Scores");\r
3077     tcoffeeColour.setEnabled(false);    // it will enabled only if a score file is provided\r
3078     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
3079     avDistanceTreeBlosumMenuItem .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
3080     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3081     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
3082     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3083     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
3084     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
3085     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
3086     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3087     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
3088     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
3089     alProperties.addActionListener(this);\r
3090     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
3091     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
3092     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
3093     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
3094     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
3095     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
3096     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
3097     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
3098     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
3099     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
3100     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
3101     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
3102     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
3103     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
3104     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
3105     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3106     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3107     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3108     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3109     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3110     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3111     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3112     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3113     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3114     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3115     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3116     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3117     copy.setLabel("Copy");\r
3118     copy.addActionListener(this);\r
3119     cut.setLabel("Cut");\r
3120     cut.addActionListener(this);\r
3121     delete.setLabel("Delete");\r
3122     delete.addActionListener(this);\r
3123     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3124     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3125     pasteNew.addActionListener(this);\r
3126     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3127     pasteThis.addActionListener(this);\r
3128     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3129     applyToAllGroups.setState(true);\r
3130     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3131     font.setLabel("Font...");\r
3132     font.addActionListener(this);\r
3133     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3134     scaleAbove.setState(true);\r
3135     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3136     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3137     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3138     scaleLeft.setState(true);\r
3139     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3140     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3141     scaleRight.setEnabled(false);\r
3142     scaleRight.setState(true);\r
3143     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3144     scaleRight.addItemListener(this);\r
3145     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3146     modifyPID.addActionListener(this);\r
3147     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3148     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3149     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3150     sort.setLabel("Sort");\r
3151     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3152     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3153     sortByTree.addItemListener(this);\r
3154     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3155     inputText.addActionListener(this);\r
3156     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3157     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3158     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3159     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3160     helpMenu.setLabel("Help");\r
3161     documentation.setLabel("Documentation");\r
3162     documentation.addActionListener(this);\r
3163 \r
3164     about.setLabel("About...");\r
3165     about.addActionListener(this);\r
3166     seqLimits.setState(true);\r
3167     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3168     seqLimits.addItemListener(this);\r
3169     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3170     featureSettings.addActionListener(this);\r
3171     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3172     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3173     sequenceFeatures.setState(false);\r
3174     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3175     annotationColour.addActionListener(this);\r
3176     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3177     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3178     menu1.setLabel("Show");\r
3179     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3180     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3181     menu2.setLabel("Hide");\r
3182     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3183     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3184     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3185     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3186     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3187     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3188     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3189     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3190     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3191     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3192     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3193     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3194     \r
3195     invertColSel.addActionListener(this);\r
3196     showColumns.addActionListener(this);\r
3197     showSeqs.addActionListener(this);\r
3198     hideColumns.addActionListener(this);\r
3199     hideSequences.addActionListener(this);\r
3200     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3201     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3202     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3203     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3204     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3205     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3206     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3207     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3208     formatMenu.setLabel("Format");\r
3209     selectMenu.setLabel("Select");\r
3210     newView.setLabel("New View");\r
3211     newView.addActionListener(this);\r
3212     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3213     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3214     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3215     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3216     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3217     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3218     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3219     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3220 \r
3221     fileMenu.add(inputText);\r
3222     fileMenu.add(loadTree);\r
3223     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3224     fileMenu.add(loadScores);\r
3225     \r
3226     fileMenu.addSeparator();\r
3227     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3228     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3229     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3230 \r
3231     if (jalviewServletURL != null)\r
3232     {\r
3233       fileMenu.add(loadApplication);\r
3234     }\r
3235 \r
3236     fileMenu.addSeparator();\r
3237     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3238 \r
3239     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3240     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3241     editMenu.add(cut);\r
3242     editMenu.add(copy);\r
3243     editMenu.add(pasteMenu);\r
3244     editMenu.add(delete);\r
3245     editMenu.addSeparator();\r
3246     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3247     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3248     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3249     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3250     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3251     viewMenu.add(newView);\r
3252     viewMenu.addSeparator();\r
3253     viewMenu.add(menu1);\r
3254     viewMenu.add(menu2);\r
3255     viewMenu.addSeparator();\r
3256     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3257     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3258     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3259     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3260     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3261     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3262     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3263     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3264     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3265     viewMenu.addSeparator();\r
3266     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3267     viewMenu.add(featureSettings);\r
3268     viewMenu.addSeparator();\r
3269     viewMenu.add(alProperties);\r
3270     viewMenu.addSeparator();\r
3271     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3272     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3273     colourMenu.addSeparator();\r
3274     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3275     colourMenu.add(clustalColour);\r
3276     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3277     colourMenu.add(PIDColour);\r
3278     colourMenu.add(zappoColour);\r
3279     colourMenu.add(taylorColour);\r
3280     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3281     colourMenu.add(helixColour);\r
3282     colourMenu.add(strandColour);\r
3283     colourMenu.add(turnColour);\r
3284     colourMenu.add(buriedColour);\r
3285     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3286     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);\r
3287     colourMenu.add(tcoffeeColour);\r
3288     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3289     colourMenu.addSeparator();\r
3290     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3291     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3292     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3293     colourMenu.add(modifyPID);\r
3294     colourMenu.add(annotationColour);\r
3295     colourMenu.add(RNAHelixColour);\r
3296     calculateMenu.add(sort);\r
3297     calculateMenu.add(calculate);\r
3298     calculateMenu.addSeparator();\r
3299     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3300     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3301     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3302     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3303     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3304     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3305     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3306     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3307     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3308     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3309     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3310     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3311     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3312     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3313     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3314     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3315     helpMenu.add(documentation);\r
3316     helpMenu.add(about);\r
3317     menu1.add(showColumns);\r
3318     menu1.add(showSeqs);\r
3319     menu1.add(showAllHidden);\r
3320     menu2.add(hideColumns);\r
3321     menu2.add(hideSequences);\r
3322     menu2.add(hideAllSelection);\r
3323     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3324     formatMenu.add(font);\r
3325     formatMenu.add(seqLimits);\r
3326     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3327     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3328     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3329     formatMenu.add(scaleRight);\r
3330     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3331     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3332     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3333     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3334     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3335     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3336     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3337     selectMenu.addSeparator();\r
3338     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3339     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3340     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3341     selectMenu.add(invertColSel);\r
3342     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3343     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3344 \r
3345   }\r
3346 \r
3347   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3348 \r
3349   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3350 \r
3351   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3352 \r
3353   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3354 \r
3355   Menu menu1 = new Menu();\r
3356 \r
3357   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3358 \r
3359   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3360 \r
3361   Menu menu2 = new Menu();\r
3362 \r
3363   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3364 \r
3365   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3366 \r
3367   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3368 \r
3369   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3370 \r
3371   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3372 \r
3373   Menu formatMenu = new Menu();\r
3374 \r
3375   Menu selectMenu = new Menu();\r
3376 \r
3377   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3378 \r
3379   /**\r
3380    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3381    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3382    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3383    * \r
3384    * @param reallyEmbedded\r
3385    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3386    *          in a new window\r
3387    */\r
3388   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3389   {\r
3390     if (reallyEmbedded)\r
3391     {\r
3392       // ////\r
3393       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3394       //\r
3395       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3396       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3397       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3398       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3399               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3400       // and actually add the components to the applet area\r
3401       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3402       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3403       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3404       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3405               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3406                       - statusBar.HEIGHT);\r
3407       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3408       final AlignFrame me = this;\r
3409       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3410       {\r
3411         \r
3412         @Override\r
3413         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3414         {\r
3415           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
3416                   me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3417         }}\r
3418         \r
3419         @Override\r
3420         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3421         {\r
3422           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3423         }\r
3424       });\r
3425       viewport.applet.validate();\r
3426     }\r
3427     else\r
3428     {\r
3429       // //////\r
3430       // test and embed menu bar if necessary.\r
3431       //\r
3432       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3433       {\r
3434         // adjust for status bar height too\r
3435         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3436                 - statusBar.HEIGHT);\r
3437       }\r
3438       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3439       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3440       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3441       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3442               DEFAULT_HEIGHT);\r
3443     }\r
3444   }\r
3445 \r
3446   /**\r
3447    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3448    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3449    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3450    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3451    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3452    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3453    * \r
3454    * @param viewer\r
3455    *          JmolViewer instance\r
3456    * @param sequenceIds\r
3457    *          - sequence Ids to search for associations\r
3458    */\r
3459   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3460           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3461   {\r
3462     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3463     try\r
3464     {\r
3465       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3466     } catch (ClassCastException ex)\r
3467     {\r
3468       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3469               + jmolviewer.getClass());\r
3470     }\r
3471     if (viewer == null)\r
3472     {\r
3473       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3474               + jmolviewer.getClass());\r
3475       return null;\r
3476     }\r
3477     SequenceI[] seqs = null;\r
3478     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3479     {\r
3480       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3481     }\r
3482     else\r
3483     {\r
3484       Vector sqi = new Vector();\r
3485       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3486       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3487       {\r
3488         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3489         if (sq != null)\r
3490         {\r
3491           sqi.addElement(sq);\r
3492         }\r
3493       }\r
3494       if (sqi.size() > 0)\r
3495       {\r
3496         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3497         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3498         {\r
3499           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3500         }\r
3501       }\r
3502       else\r
3503       {\r
3504         return null;\r
3505       }\r
3506     }\r
3507     ExtJmol jmv = null;\r
3508     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3509     if (jmv == null)\r
3510     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3511       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
3512     }\r
3513     return jmv;\r
3514 \r
3515   }\r
3516   /**\r
3517    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3518    * \r
3519    * @param sequenceId\r
3520    *          - sequenceId within the dataset.\r
3521    * @param pdbEntryString\r
3522    *          - the short name for the PDB file\r
3523    * @param pdbFile\r
3524    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3525    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3526    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3527    *         fails.\r
3528    */\r
3529   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3530           String pdbFile)\r
3531   {\r
3532     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3533     boolean needtoadd = false;\r
3534     if (toaddpdb != null)\r
3535     {\r
3536       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3537       PDBEntry pdbentry = null;\r
3538       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3539       {\r
3540         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3541         {\r
3542           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3543           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3544                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3545           {\r
3546             pdbentry = null;\r
3547           }\r
3548           else\r
3549           {\r
3550             continue;\r
3551           }\r
3552         }\r
3553       }\r
3554       if (pdbentry == null)\r
3555       {\r
3556         pdbentry = new PDBEntry();\r
3557         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3558         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3559         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3560       }\r
3561       // resolve data source\r
3562       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3563       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3564       if (protocol == null)\r
3565       {\r
3566         return false;\r
3567       }\r
3568       if (needtoadd)\r
3569       {\r
3570         // make a note of the access mode and add\r
3571         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3572         {\r
3573           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3574         }\r
3575         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3576         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3577       }\r
3578     }\r
3579     return true;\r
3580   }\r
3581 \r
3582   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3583   {\r
3584     if (seqs != null)\r
3585     {\r
3586       Vector sequences = new Vector();\r
3587       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3588       {\r
3589         if (seqs[i] != null)\r
3590         {\r
3591           sequences.addElement(new Object[]\r
3592           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3593         }\r
3594       }\r
3595       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3596       chains = new String[sequences.size()];\r
3597       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3598       {\r
3599         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3600 \r
3601         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3602         chains[i] = (String) oj[1];\r
3603       }\r
3604     }\r
3605     return new Object[]\r
3606     { seqs, chains };\r
3607 \r
3608   }\r
3609 \r
3610   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3611           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3612   {\r
3613     // Scrub any null sequences from the array\r
3614     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3615     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3616     chains = (String[]) sqch[1];\r
3617     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3618     {\r
3619       System.err\r
3620               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3621     }\r
3622     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3623             || protocol.equals("null"))\r
3624     {\r
3625       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3626       if (protocol == null)\r
3627       {\r
3628         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3629                 + pdb.getId());\r
3630         return;\r
3631       }\r
3632     }\r
3633     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3634     {\r
3635       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3636       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
3637         System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
3638       }\r
3639       return;\r
3640     }\r
3641     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3642     {\r
3643       // can only do alignments with Jmol\r
3644       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3645       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3646       Vector jmols = applet\r
3647               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3648       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3649       {\r
3650         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3651         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3652         {\r
3653           ajm = tajm;\r
3654           break;\r
3655         }\r
3656       }\r
3657       if (ajm != null)\r
3658       {\r
3659         System.err\r
3660                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3661         // try and add the pdb structure\r
3662         // ajm.addS\r
3663         ajm = null;\r
3664       }\r
3665     }\r
3666     // otherwise, create a new window\r
3667     if (applet.jmolAvailable)\r
3668     {\r
3669       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3670               protocol);\r
3671       applet.lastFrameX += 40;\r
3672       applet.lastFrameY += 40;\r
3673     }\r
3674     else\r
3675     {\r
3676       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3677     }\r
3678 \r
3679   }\r
3680 \r
3681   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3682           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3683   {\r
3684     // TODO Auto-generated method stub\r
3685     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3686   }\r
3687 \r
3688   /**\r
3689    * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
3690    * @param sel - sequences from this alignment \r
3691    * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
3692    */\r
3693   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3694   {\r
3695     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3696   }\r
3697 \r
3698   public void scrollTo(int row, int column)\r
3699   {\r
3700     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);    \r
3701   }\r
3702   public void scrollToRow(int row)\r
3703   {\r
3704     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);    \r
3705   }\r
3706   public void scrollToColumn(int column)\r
3707   {\r
3708     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);    \r
3709   }\r
3710   /**\r
3711    * @return the alignments unique ID.\r
3712    */\r
3713   public String getSequenceSetId() {\r
3714     return viewport.getSequenceSetId();\r
3715   }\r
3716   \r
3717   \r
3718   /**\r
3719    * Load the (T-Coffee) score file from the specified url \r
3720    * \r
3721    * @param source File/URL/T-COFFEE score file contents\r
3722    * @throws IOException \r
3723    * @return true if alignment was annotated with data from source\r
3724    */\r
3725   public boolean loadScoreFile( String source ) throws IOException {\r
3726 \r
3727     TCoffeeScoreFile file = new TCoffeeScoreFile(source, AppletFormatAdapter.checkProtocol(source));\r
3728           if( !file.isValid()) {\r
3729             // TODO: raise dialog for gui\r
3730             System.err.println("Problems parsing T-Coffee scores: "+file.getWarningMessage());\r
3731             System.err.println("Origin was:\n"+source);\r
3732             return false;\r
3733           }\r
3734           \r
3735           /*\r
3736            * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
3737            */\r
3738           AlignmentI aln; \r
3739           if( (aln=viewport.getAlignment()) != null && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file.getWidth()) ) {\r
3740             // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3741             System.err.println("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
3742                   \r
3743           }\r
3744           \r
3745            // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
3746           if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
3747           {\r
3748             alignPanel.fontChanged();\r
3749             tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
3750                   // switch to this color\r
3751                   changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
3752                   return true;\r
3753           } else {\r
3754             System.err.println("Problems resolving T-Coffee scores:");\r
3755             if (file.getWarningMessage()!=null) {\r
3756               System.err.println(file.getWarningMessage());\r
3757             }\r
3758           }\r
3759           return false;\r
3760   }\r
3761   \r
3762   \r
3763 }\r