src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)\r
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  *  \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  21 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  22 import jalview.analysis.Conservation;\r
  23 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.commands.CommandI;\r
  26 import jalview.commands.EditCommand;\r
  27 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  28 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  29 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  30 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  31 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  32 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  34 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  35 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  37 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  38 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;\r
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  41 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  42 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  43 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  44 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;\r
  45 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  46 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  47 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  48 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  49 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  50 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  51 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  52 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  53 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;\r
  54 import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;\r
  55 import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;\r
  56 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  57 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  58 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  59 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  60 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  61 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  62 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  63 \r
  64 import java.awt.BorderLayout;\r
  65 import java.awt.Canvas;\r
  66 import java.awt.CheckboxMenuItem;\r
  67 import java.awt.Color;\r
  68 import java.awt.Font;\r
  69 import java.awt.FontMetrics;\r
  70 import java.awt.Frame;\r
  71 import java.awt.Graphics;\r
  72 import java.awt.Label;\r
  73 import java.awt.Menu;\r
  74 import java.awt.MenuBar;\r
  75 import java.awt.MenuItem;\r
  76 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  77 import java.awt.event.ActionListener;\r
  78 import java.awt.event.FocusEvent;\r
  79 import java.awt.event.FocusListener;\r
  80 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  81 import java.awt.event.ItemListener;\r
  82 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  83 import java.awt.event.KeyListener;\r
  84 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  85 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  86 import java.io.IOException;\r
  87 import java.net.URL;\r
  88 import java.net.URLEncoder;\r
  89 import java.util.Enumeration;\r
  90 import java.util.Hashtable;\r
  91 import java.util.List;\r
  92 import java.util.StringTokenizer;\r
  93 import java.util.Vector;\r
  94 \r
  95 \r
  96 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,\r
  97         ItemListener, KeyListener\r
  98 {\r
  99   public AlignmentPanel alignPanel;\r
 100 \r
 101   public AlignViewport viewport;\r
 102 \r
 103   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
 104 \r
 105   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 106 \r
 107   String jalviewServletURL;\r
 108 \r
 109   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet,\r
 110           String title, boolean embedded)\r
 111   {\r
 112     if (applet != null)\r
 113     {\r
 114       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
 115     }\r
 116 \r
 117     try\r
 118     {\r
 119       jbInit();\r
 120     } catch (Exception ex)\r
 121     {\r
 122       ex.printStackTrace();\r
 123     }\r
 124 \r
 125     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
 126     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 127 \r
 128     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
 129     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
 130 \r
 131     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
 132     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
 133     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
 134     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
 135     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
 136     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
 137     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
 138     normSequenceLogo.setState(viewport.isNormaliseSequenceLogo());\r
 139 \r
 140     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
 141 \r
 142     if (applet != null)\r
 143     {\r
 144       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
 145       if (param != null)\r
 146       {\r
 147         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
 148         {\r
 149           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 150         }\r
 151         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
 152         {\r
 153           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 154         }\r
 155         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
 156         {\r
 157           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 158         }\r
 159       }\r
 160 \r
 161       param = applet.getParameter("wrap");\r
 162       if (param != null)\r
 163       {\r
 164         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 165         {\r
 166           wrapMenuItem.setState(true);\r
 167           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 168         }\r
 169       }\r
 170       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 171       if (param != null)\r
 172       {\r
 173         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 174         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 175       }\r
 176       try\r
 177       {\r
 178         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 179         if (param != null)\r
 180         {\r
 181           int width = Integer.parseInt(param);\r
 182           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 183         }\r
 184         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 185         if (param != null)\r
 186         {\r
 187           int height = Integer.parseInt(param);\r
 188           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 189         }\r
 190       } catch (Exception ex)\r
 191       {\r
 192       }\r
 193 \r
 194     }\r
 195     if (viewport.getAlignment().isNucleotide())\r
 196     {\r
 197       viewport.updateStrucConsensus(alignPanel);\r
 198       if (viewport.getAlignment().hasRNAStructure())\r
 199       {\r
 200         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
 201       }\r
 202       else\r
 203       {\r
 204         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 205       }\r
 206     }\r
 207     else\r
 208     {\r
 209       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 210       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
 211     }\r
 212 \r
 213     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 214     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 215     // now\r
 216     this.addKeyListener(this);\r
 217     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 218     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 219     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 220     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 221     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 222     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 223     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 224     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 225 \r
 226     validate();\r
 227     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 228     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 229   }\r
 230 \r
 231   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 232   {\r
 233     return viewport;\r
 234   }\r
 235 \r
 236   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 237   {\r
 238     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 239   }\r
 240 \r
 241   /**\r
 242    * Load a features file onto the alignment\r
 243    * \r
 244    * @param file\r
 245    *          file URL, content, or other resolvable path\r
 246    * @param type\r
 247    *          is protocol for accessing data referred to by file\r
 248    */\r
 249 \r
 250   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 251   {\r
 252     return parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 253   }\r
 254 \r
 255   /**\r
 256    * Load a features file onto the alignment\r
 257    * \r
 258    * @param file\r
 259    *          file URL, content, or other resolvable path\r
 260    * @param type\r
 261    *          is protocol for accessing data referred to by file\r
 262    * @param autoenabledisplay\r
 263    *          when true, display features flag will be automatically enabled if\r
 264    *          features are loaded\r
 265    * @return true if data parsed as a features file\r
 266    */\r
 267   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type,\r
 268           boolean autoenabledisplay)\r
 269   {\r
 270     // TODO: test if importing a features file onto an alignment which already\r
 271     // has features with links overwrites the original links.\r
 272 \r
 273     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 274     boolean featuresFile = false;\r
 275     try\r
 276     {\r
 277       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 278               .parse(viewport.getAlignment(), alignPanel.seqPanel.seqCanvas\r
 279                       .getFeatureRenderer().featureColours, featureLinks,\r
 280                       true, viewport.applet.getDefaultParameter(\r
 281                               "relaxedidmatch", false));\r
 282     } catch (Exception ex)\r
 283     {\r
 284       ex.printStackTrace();\r
 285     }\r
 286 \r
 287     if (featuresFile)\r
 288     {\r
 289       if (featureLinks.size() > 0)\r
 290       {\r
 291         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 292       }\r
 293       if (autoenabledisplay)\r
 294       {\r
 295         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 296         sequenceFeatures.setState(true);\r
 297       }\r
 298       if (viewport.featureSettings != null)\r
 299       {\r
 300         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 301       }\r
 302       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 303       statusBar.setText("Successfully added features to alignment.");\r
 304     }\r
 305     return featuresFile;\r
 306   }\r
 307 \r
 308   @Override\r
 309   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 310   {\r
 311     if (viewport.cursorMode\r
 312             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 313                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 314                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 315             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 316       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 317 \r
 318     switch (evt.getKeyCode())\r
 319     {\r
 320     case 27: // escape key\r
 321       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 322 \r
 323       alignPanel.alabels.cancelDrag();\r
 324       break;\r
 325     case KeyEvent.VK_X:\r
 326       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 327       {\r
 328         cut_actionPerformed();\r
 329       }\r
 330       break;\r
 331     case KeyEvent.VK_C:\r
 332       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 333       {\r
 334         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 335       }\r
 336       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 337       {\r
 338         copy_actionPerformed();\r
 339       }\r
 340       break;\r
 341     case KeyEvent.VK_V:\r
 342       if (evt.isControlDown())\r
 343       {\r
 344         paste(evt.isShiftDown());\r
 345       }\r
 346       break;\r
 347     case KeyEvent.VK_A:\r
 348       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 349       {\r
 350         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 351       }\r
 352       break;\r
 353     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 354       if (viewport.cursorMode)\r
 355       {\r
 356         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 357       }\r
 358       else\r
 359       {\r
 360         moveSelectedSequences(false);\r
 361       }\r
 362       break;\r
 363 \r
 364     case KeyEvent.VK_UP:\r
 365       if (viewport.cursorMode)\r
 366       {\r
 367         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 368       }\r
 369       else\r
 370       {\r
 371         moveSelectedSequences(true);\r
 372       }\r
 373       break;\r
 374 \r
 375     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 376       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 377         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 378       else\r
 379         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 380       break;\r
 381 \r
 382     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 383       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 384         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 385       else\r
 386         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 387       break;\r
 388 \r
 389     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 390       if (viewport.cursorMode)\r
 391       {\r
 392         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 393                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 394       }\r
 395       break;\r
 396 \r
 397     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 398     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 399       if (viewport.cursorMode)\r
 400       {\r
 401         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 402                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 403       }\r
 404       else\r
 405       {\r
 406         cut_actionPerformed();\r
 407         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 408       }\r
 409       break;\r
 410 \r
 411     case KeyEvent.VK_S:\r
 412       if (viewport.cursorMode)\r
 413       {\r
 414         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 415       }\r
 416       break;\r
 417     case KeyEvent.VK_P:\r
 418       if (viewport.cursorMode)\r
 419       {\r
 420         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 421       }\r
 422       break;\r
 423 \r
 424     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 425     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 426       if (viewport.cursorMode)\r
 427       {\r
 428         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 429       }\r
 430       break;\r
 431 \r
 432     case KeyEvent.VK_Q:\r
 433       if (viewport.cursorMode)\r
 434       {\r
 435         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 436       }\r
 437       break;\r
 438     case KeyEvent.VK_M:\r
 439       if (viewport.cursorMode)\r
 440       {\r
 441         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 442       }\r
 443       break;\r
 444 \r
 445     case KeyEvent.VK_F2:\r
 446       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 447       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 448               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 449       if (viewport.cursorMode)\r
 450       {\r
 451         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 452         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 453       }\r
 454       break;\r
 455 \r
 456     case KeyEvent.VK_F:\r
 457       if (evt.isControlDown())\r
 458       {\r
 459         findMenuItem_actionPerformed();\r
 460       }\r
 461       break;\r
 462 \r
 463     case KeyEvent.VK_H:\r
 464     {\r
 465       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 466       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 467       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 468       break;\r
 469     }\r
 470 \r
 471     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 472       if (viewport.wrapAlignment)\r
 473       {\r
 474         alignPanel.scrollUp(true);\r
 475       }\r
 476       else\r
 477       {\r
 478         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 479                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 480       }\r
 481       break;\r
 482 \r
 483     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 484       if (viewport.wrapAlignment)\r
 485       {\r
 486         alignPanel.scrollUp(false);\r
 487       }\r
 488       else\r
 489       {\r
 490         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 491                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 492       }\r
 493       break;\r
 494 \r
 495     case KeyEvent.VK_Z:\r
 496       if (evt.isControlDown())\r
 497       {\r
 498         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 499       }\r
 500       break;\r
 501 \r
 502     case KeyEvent.VK_Y:\r
 503       if (evt.isControlDown())\r
 504       {\r
 505         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 506       }\r
 507       break;\r
 508 \r
 509     case KeyEvent.VK_L:\r
 510       if (evt.isControlDown())\r
 511       {\r
 512         trimAlignment(true);\r
 513       }\r
 514       break;\r
 515 \r
 516     case KeyEvent.VK_R:\r
 517       if (evt.isControlDown())\r
 518       {\r
 519         trimAlignment(false);\r
 520       }\r
 521       break;\r
 522 \r
 523     case KeyEvent.VK_E:\r
 524       if (evt.isControlDown())\r
 525       {\r
 526         if (evt.isShiftDown())\r
 527         {\r
 528           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 529         }\r
 530         else\r
 531         {\r
 532           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 533         }\r
 534       }\r
 535       break;\r
 536     case KeyEvent.VK_I:\r
 537       if (evt.isControlDown())\r
 538       {\r
 539         if (evt.isAltDown())\r
 540         {\r
 541           invertColSel_actionPerformed();\r
 542         }\r
 543         else\r
 544         {\r
 545           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 546         }\r
 547       }\r
 548       break;\r
 549 \r
 550     case KeyEvent.VK_U:\r
 551       if (evt.isControlDown())\r
 552       {\r
 553         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 554       }\r
 555       break;\r
 556 \r
 557     case KeyEvent.VK_T:\r
 558       if (evt.isControlDown())\r
 559       {\r
 560         newView(null);\r
 561       }\r
 562       break;\r
 563 \r
 564     }\r
 565     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 566   }\r
 567 \r
 568   /**\r
 569    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 570    * \r
 571    * @param toggleSeqs\r
 572    * @param toggleCols\r
 573    */\r
 574   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 575   {\r
 576     boolean hide = false;\r
 577     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 578     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 579     {\r
 580       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 581       // invert and then hide\r
 582       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 583       if ((viewport.getColumnSelection() != null\r
 584               && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport\r
 585               .getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 586               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 587                       .getEndRes()))\r
 588       {\r
 589         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 590         // that no hiding is required.\r
 591         if (sg != null)\r
 592         {\r
 593           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 594           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 595           toggleSeqs = true;\r
 596 \r
 597         }\r
 598         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 599         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 600         // selection and indicate it should be hidden.\r
 601         invertColSel_actionPerformed();\r
 602         toggleCols = true;\r
 603       }\r
 604     }\r
 605 \r
 606     if (toggleSeqs)\r
 607     {\r
 608       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 609       {\r
 610         hide = true;\r
 611         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 612       }\r
 613       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected()\r
 614               .size() > 0))\r
 615       {\r
 616         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 617       }\r
 618     }\r
 619 \r
 620     if (toggleCols)\r
 621     {\r
 622       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 623       {\r
 624         viewport.hideSelectedColumns();\r
 625         if (!toggleSeqs)\r
 626         {\r
 627           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 628         }\r
 629       }\r
 630       else if (!hide)\r
 631       {\r
 632         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 633       }\r
 634     }\r
 635   }\r
 636 \r
 637   @Override\r
 638   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 639   {\r
 640   }\r
 641 \r
 642   @Override\r
 643   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 644   {\r
 645   }\r
 646 \r
 647   @Override\r
 648   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 649   {\r
 650     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 651     {\r
 652       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 653     }\r
 654     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 655     {\r
 656       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 657     }\r
 658     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 659     {\r
 660       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 661     }\r
 662     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 663     {\r
 664       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 665     }\r
 666     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 667     {\r
 668       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 669     }\r
 670     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 671     {\r
 672       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 673     }\r
 674     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 675     {\r
 676       seqLimits_itemStateChanged();\r
 677     }\r
 678     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 679     {\r
 680       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 681     }\r
 682     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 683     {\r
 684       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 685     }\r
 686     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 687     {\r
 688       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 689     }\r
 690     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 691     {\r
 692       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 693       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 694     }\r
 695     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 696     {\r
 697       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 698       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 699     }\r
 700     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 701     {\r
 702       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 703     }\r
 704     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 705     {\r
 706       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 707     }\r
 708     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 709     {\r
 710       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 711     }\r
 712     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 713     {\r
 714       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 715     }\r
 716     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 717     {\r
 718       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 719     }\r
 720     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 721     {\r
 722       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 723     }\r
 724     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 725     {\r
 726       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 727     }\r
 728     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 729     {\r
 730       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 731     }\r
 732     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 733     {\r
 734       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 735     }\r
 736     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 737     {\r
 738       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 739     }\r
 740     else if (evt.getSource() == normSequenceLogo)\r
 741     {\r
 742       normSequenceLogo_actionPerformed();\r
 743     }\r
 744     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 745     {\r
 746       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 747     }\r
 748     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 749     {\r
 750       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 751     }\r
 752     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 753   }\r
 754 \r
 755   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 756   {\r
 757     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 758     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 759     // searchresults.\r
 760   }\r
 761 \r
 762   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 763   {\r
 764     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 765     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 766   }\r
 767 \r
 768   @Override\r
 769   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 770   {\r
 771     Object source = evt.getSource();\r
 772 \r
 773     if (source == inputText)\r
 774     {\r
 775       inputText_actionPerformed();\r
 776     }\r
 777     else if (source == loadTree)\r
 778     {\r
 779       loadTree_actionPerformed();\r
 780     }\r
 781     else if (source == loadApplication)\r
 782     {\r
 783       launchFullApplication();\r
 784     }\r
 785     else if (source == loadAnnotations)\r
 786     {\r
 787       loadAnnotations();\r
 788     }\r
 789     else if (source == outputAnnotations)\r
 790     {\r
 791       outputAnnotations(true);\r
 792     }\r
 793     else if (source == outputFeatures)\r
 794     {\r
 795       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 796     }\r
 797     else if (source == closeMenuItem)\r
 798     {\r
 799       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 800     }\r
 801     else if (source == copy)\r
 802     {\r
 803       copy_actionPerformed();\r
 804     }\r
 805     else if (source == undoMenuItem)\r
 806     {\r
 807       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 808     }\r
 809     else if (source == redoMenuItem)\r
 810     {\r
 811       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 812     }\r
 813     else if (source == inputText)\r
 814     {\r
 815       inputText_actionPerformed();\r
 816     }\r
 817     else if (source == closeMenuItem)\r
 818     {\r
 819       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 820     }\r
 821     else if (source == undoMenuItem)\r
 822     {\r
 823       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 824     }\r
 825     else if (source == redoMenuItem)\r
 826     {\r
 827       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 828     }\r
 829     else if (source == copy)\r
 830     {\r
 831       copy_actionPerformed();\r
 832     }\r
 833     else if (source == pasteNew)\r
 834     {\r
 835       pasteNew_actionPerformed();\r
 836     }\r
 837     else if (source == pasteThis)\r
 838     {\r
 839       pasteThis_actionPerformed();\r
 840     }\r
 841     else if (source == cut)\r
 842     {\r
 843       cut_actionPerformed();\r
 844     }\r
 845     else if (source == delete)\r
 846     {\r
 847       delete_actionPerformed();\r
 848     }\r
 849     else if (source == grpsFromSelection)\r
 850     {\r
 851       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 852     }\r
 853     else if (source == deleteGroups)\r
 854     {\r
 855       deleteGroups_actionPerformed();\r
 856     }\r
 857     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 858     {\r
 859       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 860     }\r
 861     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 862     {\r
 863       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 864     }\r
 865     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 866     {\r
 867       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 868     }\r
 869     else if (source == invertColSel)\r
 870     {\r
 871       viewport.invertColumnSelection();\r
 872       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 873     }\r
 874     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 875     {\r
 876       trimAlignment(true);\r
 877     }\r
 878     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 879     {\r
 880       trimAlignment(false);\r
 881     }\r
 882     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 883     {\r
 884       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 885     }\r
 886     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 887     {\r
 888       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 889     }\r
 890     else if (source == findMenuItem)\r
 891     {\r
 892       findMenuItem_actionPerformed();\r
 893     }\r
 894     else if (source == font)\r
 895     {\r
 896       new FontChooser(alignPanel);\r
 897     }\r
 898     else if (source == newView)\r
 899     {\r
 900       newView(null);\r
 901     }\r
 902     else if (source == showColumns)\r
 903     {\r
 904       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 905       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 906     }\r
 907     else if (source == showSeqs)\r
 908     {\r
 909       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 910       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 911     }\r
 912     else if (source == hideColumns)\r
 913     {\r
 914       viewport.hideSelectedColumns();\r
 915       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 916     }\r
 917     else if (source == hideSequences\r
 918             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 919     {\r
 920       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 921       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 922     }\r
 923     else if (source == hideAllButSelection)\r
 924     {\r
 925       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 926       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 927     }\r
 928     else if (source == hideAllSelection)\r
 929     {\r
 930       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 931       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 932       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 933       viewport.hideSelectedColumns();\r
 934       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 935     }\r
 936     else if (source == showAllHidden)\r
 937     {\r
 938       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 939       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 940       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 941     }\r
 942     else if (source == showGroupConsensus)\r
 943     {\r
 944       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 945     }\r
 946     else if (source == showGroupConservation)\r
 947     {\r
 948       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 949     }\r
 950     else if (source == showSequenceLogo)\r
 951     {\r
 952       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 953     }\r
 954     else if (source == normSequenceLogo)\r
 955     {\r
 956       normSequenceLogo_actionPerformed();\r
 957     }\r
 958     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 959     {\r
 960       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 961     }\r
 962     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 963     {\r
 964       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 965     }\r
 966     else if (source == featureSettings)\r
 967     {\r
 968       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 969     }\r
 970     else if (source == alProperties)\r
 971     {\r
 972       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 973               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
 974       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 975       cap.setText(contents.toString());\r
 976       Frame frame = new Frame();\r
 977       frame.add(cap);\r
 978       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 979               + getTitle(), 400, 250);\r
 980     }\r
 981     else if (source == overviewMenuItem)\r
 982     {\r
 983       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 984     }\r
 985     else if (source == noColourmenuItem)\r
 986     {\r
 987       changeColour(null);\r
 988     }\r
 989     else if (source == clustalColour)\r
 990     {\r
 991       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 992       changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.getAlignment(), null));\r
 993     }\r
 994     else if (source == zappoColour)\r
 995     {\r
 996       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 997     }\r
 998     else if (source == taylorColour)\r
 999     {\r
1000       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
1001     }\r
1002     else if (source == hydrophobicityColour)\r
1003     {\r
1004       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
1005     }\r
1006     else if (source == helixColour)\r
1007     {\r
1008       changeColour(new HelixColourScheme());\r
1009     }\r
1010     else if (source == strandColour)\r
1011     {\r
1012       changeColour(new StrandColourScheme());\r
1013     }\r
1014     else if (source == turnColour)\r
1015     {\r
1016       changeColour(new TurnColourScheme());\r
1017     }\r
1018     else if (source == buriedColour)\r
1019     {\r
1020       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
1021     }\r
1022     else if (source == nucleotideColour)\r
1023     {\r
1024       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
1025     }\r
1026     else if (source == purinePyrimidineColour)\r
1027     {\r
1028       changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
1029     }\r
1030     else if (source == RNAInteractionColour)\r
1031     {\r
1032       changeColour(new RNAInteractionColourScheme());\r
1033     }\r
1034     else if (source == RNAHelixColour)\r
1035     {\r
1036       new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1037     }\r
1038     else if (source == modifyPID)\r
1039     {\r
1040       modifyPID_actionPerformed();\r
1041     }\r
1042     else if (source == modifyConservation)\r
1043     {\r
1044       modifyConservation_actionPerformed();\r
1045     }\r
1046     else if (source == userDefinedColour)\r
1047     {\r
1048       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1049     }\r
1050     else if (source == PIDColour)\r
1051     {\r
1052       changeColour(new PIDColourScheme());\r
1053     }\r
1054     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
1055     {\r
1056       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1057     }\r
1058     else if (source == tcoffeeColour)\r
1059     {\r
1060       changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
1061     }\r
1062     else if (source == annotationColour)\r
1063     {\r
1064       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1065     }\r
1066     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
1067     {\r
1068       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
1069     }\r
1070     else if (source == sortIDMenuItem)\r
1071     {\r
1072       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
1073     }\r
1074     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
1075     {\r
1076       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
1077     }\r
1078     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
1079     {\r
1080       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
1081     }\r
1082     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
1083     {\r
1084       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
1085     }\r
1086     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
1087     {\r
1088       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
1089     }\r
1090     else if (source == PCAMenuItem)\r
1091     {\r
1092       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
1093     }\r
1094     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
1095     {\r
1096       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1097     }\r
1098     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1099     {\r
1100       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1101     }\r
1102     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1103     {\r
1104       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1105     }\r
1106     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1107     {\r
1108       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1109     }\r
1110     else if (source == documentation)\r
1111     {\r
1112       documentation_actionPerformed();\r
1113     }\r
1114     else if (source == about)\r
1115     {\r
1116       about_actionPerformed();\r
1117     }\r
1118 \r
1119   }\r
1120 \r
1121   public void inputText_actionPerformed()\r
1122   {\r
1123     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1124     Frame frame = new Frame();\r
1125     frame.add(cap);\r
1126     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1127   }\r
1128 \r
1129   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1130   {\r
1131     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1132     Frame frame = new Frame();\r
1133     frame.add(cap);\r
1134     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1135             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1136     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1137             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1138             viewport.showJVSuffix));\r
1139   }\r
1140 \r
1141   public void loadAnnotations()\r
1142   {\r
1143     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1144     cap.setText("Paste your features / annotations / T-coffee score file here.");\r
1145     cap.setAnnotationImport();\r
1146     Frame frame = new Frame();\r
1147     frame.add(cap);\r
1148     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1149 \r
1150   }\r
1151 \r
1152   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1153   {\r
1154     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1155             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1156                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport\r
1157                     .getAlignment().getGroups(), ((Alignment) viewport\r
1158                     .getAlignment()).alignmentProperties);\r
1159 \r
1160     if (displayTextbox)\r
1161     {\r
1162       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1163       Frame frame = new Frame();\r
1164       frame.add(cap);\r
1165       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1166       cap.setText(annotation);\r
1167     }\r
1168 \r
1169     return annotation;\r
1170   }\r
1171 \r
1172   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1173   {\r
1174     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null\r
1175             && viewport.featuresDisplayed != null)\r
1176     {\r
1177       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1178       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1179       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1180       while (en.hasMoreElements())\r
1181       {\r
1182         Object col = en.nextElement();\r
1183         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1184       }\r
1185       return fcols;\r
1186     }\r
1187     return null;\r
1188   }\r
1189 \r
1190   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1191   {\r
1192     String features;\r
1193     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1194     {\r
1195       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(viewport\r
1196               .getAlignment().getSequencesArray(),\r
1197               getDisplayedFeatureCols());\r
1198     }\r
1199     else\r
1200     {\r
1201       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(viewport.getAlignment()\r
1202               .getSequencesArray(), getDisplayedFeatureCols());\r
1203     }\r
1204 \r
1205     if (displayTextbox)\r
1206     {\r
1207       boolean frimport = false;\r
1208       if (features == null || features.equals("No Features Visible"))\r
1209       {\r
1210         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1211         frimport = true;\r
1212       }\r
1213 \r
1214       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1215       if (frimport)\r
1216       {\r
1217         cap.setAnnotationImport();\r
1218       }\r
1219       Frame frame = new Frame();\r
1220       frame.add(cap);\r
1221       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1222       cap.setText(features);\r
1223     }\r
1224     else\r
1225     {\r
1226       if (features == null)\r
1227         features = "";\r
1228     }\r
1229 \r
1230     return features;\r
1231   }\r
1232 \r
1233   void launchFullApplication()\r
1234   {\r
1235     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1236 \r
1237     url.append("?open="\r
1238             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1239 \r
1240     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1241     {\r
1242       url.append("&features=");\r
1243       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1244     }\r
1245 \r
1246     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1247     {\r
1248       url.append("&annotations=");\r
1249       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1250     }\r
1251 \r
1252     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1253     {\r
1254       url.append("&annotations=");\r
1255       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1256     }\r
1257 \r
1258     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1259     {\r
1260       url.append("&colour="\r
1261               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1262                       .getParameter("defaultColour")));\r
1263     }\r
1264 \r
1265     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1266     {\r
1267       url.append("&colour="\r
1268               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1269                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1270     }\r
1271     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1272     {\r
1273       url.append("&tree="\r
1274               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1275     }\r
1276     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1277     {\r
1278       url.append("&tree="\r
1279               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1280     }\r
1281 \r
1282     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1283   }\r
1284 \r
1285   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1286   {\r
1287     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1288     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1289     {\r
1290       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1291       {\r
1292         sb.append("%20");\r
1293       }\r
1294       else\r
1295       {\r
1296         sb.append(colour.charAt(i));\r
1297       }\r
1298     }\r
1299 \r
1300     return sb.toString();\r
1301   }\r
1302 \r
1303   String appendProtocol(String url)\r
1304   {\r
1305     try\r
1306     {\r
1307       new URL(url);\r
1308       url = URLEncoder.encode(url);\r
1309     }\r
1310     /*\r
1311      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1312      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1313      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1314      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1315      * ex.printStackTrace(); }\r
1316      */\r
1317     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1318     {\r
1319       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1320     }\r
1321     return url;\r
1322   }\r
1323 \r
1324   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1325   {\r
1326     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1327     if (alignPanel.seqPanel != null\r
1328             && alignPanel.seqPanel.seqCanvas != null)\r
1329     {\r
1330       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1331     }\r
1332     if (alignPanel.idPanel != null && alignPanel.idPanel.idCanvas != null)\r
1333     {\r
1334       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1335     }\r
1336 \r
1337     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1338     {\r
1339       System.exit(0);\r
1340     }\r
1341     else\r
1342     {\r
1343     }\r
1344     viewport = null;\r
1345     alignPanel = null;\r
1346     this.dispose();\r
1347   }\r
1348 \r
1349   /**\r
1350    * TODO: JAL-1104\r
1351    */\r
1352   void updateEditMenuBar()\r
1353   {\r
1354 \r
1355     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1356     {\r
1357       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1358       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1359       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1360     }\r
1361     else\r
1362     {\r
1363       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1364       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1365     }\r
1366 \r
1367     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1368     {\r
1369       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1370 \r
1371       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1372       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1373     }\r
1374     else\r
1375     {\r
1376       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1377       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1378     }\r
1379   }\r
1380 \r
1381   /**\r
1382    * TODO: JAL-1104\r
1383    */\r
1384   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1385   {\r
1386     if (command.getSize() > 0)\r
1387     {\r
1388       viewport.historyList.push(command);\r
1389       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1390       updateEditMenuBar();\r
1391       viewport.updateHiddenColumns();\r
1392     }\r
1393   }\r
1394 \r
1395   /**\r
1396    * TODO: JAL-1104 DOCUMENT ME!\r
1397    * \r
1398    * @param e\r
1399    *          DOCUMENT ME!\r
1400    */\r
1401   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1402   {\r
1403     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1404     {\r
1405       return;\r
1406     }\r
1407 \r
1408     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1409     viewport.redoList.push(command);\r
1410     command.undoCommand(null);\r
1411 \r
1412     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1413     // JBPNote Test\r
1414     if (originalSource != viewport)\r
1415     {\r
1416       System.err\r
1417               .println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1418     }\r
1419     originalSource.updateHiddenColumns(); // originalSource.hasHiddenColumns =\r
1420                                           // viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1421                                           // != null;\r
1422     updateEditMenuBar();\r
1423     originalSource.firePropertyChange("alignment", null, originalSource\r
1424             .getAlignment().getSequences());\r
1425   }\r
1426 \r
1427   /**\r
1428    * TODO: JAL-1104 DOCUMENT ME!\r
1429    * \r
1430    * @param e\r
1431    *          DOCUMENT ME!\r
1432    */\r
1433   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1434   {\r
1435     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1436     {\r
1437       return;\r
1438     }\r
1439 \r
1440     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1441     viewport.historyList.push(command);\r
1442     command.doCommand(null);\r
1443 \r
1444     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1445     // JBPNote Test\r
1446     if (originalSource != viewport)\r
1447     {\r
1448       System.err\r
1449               .println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1450     }\r
1451     originalSource.updateHiddenColumns(); // sethasHiddenColumns(); =\r
1452                                           // viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1453                                           // != null;\r
1454 \r
1455     updateEditMenuBar();\r
1456     originalSource.firePropertyChange("alignment", null, originalSource\r
1457             .getAlignment().getSequences());\r
1458   }\r
1459 \r
1460   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1461   {\r
1462     AlignViewport originalSource = null;\r
1463     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1464     // the property change event FROM the viewport where the\r
1465     // original alignment was altered\r
1466     AlignmentI al = null;\r
1467     if (command instanceof EditCommand)\r
1468     {\r
1469       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1470       al = editCommand.getAlignment();\r
1471       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1472               .getSequenceSetId());\r
1473       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1474       {\r
1475         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1476         {\r
1477           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1478           {\r
1479             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1480             break;\r
1481           }\r
1482         }\r
1483       }\r
1484     }\r
1485 \r
1486     if (originalSource == null)\r
1487     {\r
1488       // The original view is closed, we must validate\r
1489       // the current view against the closed view first\r
1490       if (al != null)\r
1491       {\r
1492         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1493       }\r
1494 \r
1495       originalSource = viewport;\r
1496     }\r
1497 \r
1498     return originalSource;\r
1499   }\r
1500 \r
1501   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1502   {\r
1503     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1504     if (sg == null)\r
1505     {\r
1506       return;\r
1507     }\r
1508     viewport.getAlignment().moveSelectedSequencesByOne(sg,\r
1509             up ? null : viewport.getHiddenRepSequences(), up);\r
1510     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1511   }\r
1512 \r
1513   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1514   {\r
1515     List<SequenceI> sg = new Vector<SequenceI>();\r
1516     if (viewport.cursorMode)\r
1517     {\r
1518       sg.add(viewport.getAlignment().getSequenceAt(\r
1519               alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1520     }\r
1521     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1522             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport\r
1523                     .getAlignment().getHeight())\r
1524     {\r
1525       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1526               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1527     }\r
1528 \r
1529     if (sg.size() < 1)\r
1530     {\r
1531       return;\r
1532     }\r
1533 \r
1534     Vector<SequenceI> invertGroup = new Vector();\r
1535 \r
1536     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1537     {\r
1538       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1539         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1540     }\r
1541 \r
1542     SequenceI[] seqs1 = sg.toArray(new SequenceI[sg.size()]);\r
1543 \r
1544     SequenceI[] seqs2 = invertGroup.toArray(new SequenceI[invertGroup\r
1545             .size()]);\r
1546     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1547       seqs2[i] = invertGroup.elementAt(i);\r
1548 \r
1549     SlideSequencesCommand ssc;\r
1550     if (right)\r
1551       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1552               size, viewport.getGapCharacter());\r
1553     else\r
1554       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1555               size, viewport.getGapCharacter());\r
1556 \r
1557     int groupAdjustment = 0;\r
1558     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1559     {\r
1560       if (viewport.cursorMode)\r
1561         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1562       else\r
1563         groupAdjustment = size;\r
1564     }\r
1565     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1566     {\r
1567       if (viewport.cursorMode)\r
1568         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1569       else\r
1570         groupAdjustment = -size;\r
1571     }\r
1572 \r
1573     if (groupAdjustment != 0)\r
1574     {\r
1575       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1576               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1577       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1578               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1579     }\r
1580 \r
1581     boolean appendHistoryItem = false;\r
1582     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1583             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1584     {\r
1585       appendHistoryItem = ssc\r
1586               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1587                       .peek());\r
1588     }\r
1589 \r
1590     if (!appendHistoryItem)\r
1591       addHistoryItem(ssc);\r
1592 \r
1593     repaint();\r
1594   }\r
1595 \r
1596   static StringBuffer copiedSequences;\r
1597 \r
1598   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1599 \r
1600   protected void copy_actionPerformed()\r
1601   {\r
1602     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1603     {\r
1604       return;\r
1605     }\r
1606 \r
1607     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1608     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1609     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1610     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1611     {\r
1612       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1613       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1614       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1615     }\r
1616 \r
1617     int index = 0, startRes, endRes;\r
1618     char ch;\r
1619 \r
1620     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1621     {\r
1622       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1623       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1624       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1625               .size(); i++)\r
1626       {\r
1627         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1628                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1629 \r
1630         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1631         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1632       }\r
1633     }\r
1634     else\r
1635     {\r
1636       copiedHiddenColumns = null;\r
1637     }\r
1638 \r
1639     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1640     {\r
1641       SequenceI seq = null;\r
1642 \r
1643       while (seq == null)\r
1644       {\r
1645         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1646         {\r
1647           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1648           index++;\r
1649 \r
1650           break;\r
1651         }\r
1652         else\r
1653         {\r
1654           index++;\r
1655         }\r
1656       }\r
1657 \r
1658       // FIND START RES\r
1659       // Returns residue following index if gap\r
1660       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1661 \r
1662       // FIND END RES\r
1663       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1664       endRes = 0;\r
1665 \r
1666       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1667       {\r
1668         ch = seq.getCharAt(j);\r
1669         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1670         {\r
1671           endRes++;\r
1672         }\r
1673       }\r
1674 \r
1675       if (endRes > 0)\r
1676       {\r
1677         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1678       }\r
1679 \r
1680       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1681               + "\t"\r
1682               + startRes\r
1683               + "\t"\r
1684               + endRes\r
1685               + "\t"\r
1686               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1687                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1688     }\r
1689 \r
1690   }\r
1691 \r
1692   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1693   {\r
1694     paste(true);\r
1695   }\r
1696 \r
1697   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1698   {\r
1699     paste(false);\r
1700   }\r
1701 \r
1702   void paste(boolean newAlignment)\r
1703   {\r
1704     try\r
1705     {\r
1706 \r
1707       if (copiedSequences == null)\r
1708       {\r
1709         return;\r
1710       }\r
1711 \r
1712       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1713       Vector seqs = new Vector();\r
1714       while (st.hasMoreElements())\r
1715       {\r
1716         String name = st.nextToken();\r
1717         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1718         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1719         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1720       }\r
1721       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1722       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1723       {\r
1724         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1725       }\r
1726 \r
1727       if (newAlignment)\r
1728       {\r
1729         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1730         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1731         {\r
1732           newtitle = getTitle();\r
1733         }\r
1734         else\r
1735         {\r
1736           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1737         }\r
1738         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1739                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1740         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1741         {\r
1742           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1743           {\r
1744             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1745             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1746           }\r
1747         }\r
1748 \r
1749         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1750                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1751       }\r
1752       else\r
1753       {\r
1754         addSequences(newSeqs);\r
1755       }\r
1756 \r
1757     } catch (Exception ex)\r
1758     {\r
1759     } // could be anything being pasted in here\r
1760 \r
1761   }\r
1762 \r
1763   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1764   {\r
1765     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1766     {\r
1767       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
1768     }\r
1769 \r
1770     // !newAlignment\r
1771     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1772             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(),\r
1773             viewport.getAlignment()));\r
1774 \r
1775     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
1776     viewport.getAlignment().getWidth();\r
1777     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1778             .getSequences());\r
1779 \r
1780   }\r
1781 \r
1782   protected void cut_actionPerformed()\r
1783   {\r
1784     copy_actionPerformed();\r
1785     delete_actionPerformed();\r
1786   }\r
1787 \r
1788   protected void delete_actionPerformed()\r
1789   {\r
1790 \r
1791     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1792     if (sg == null)\r
1793     {\r
1794       return;\r
1795     }\r
1796 \r
1797     Vector seqs = new Vector();\r
1798     SequenceI seq;\r
1799     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1800     {\r
1801       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1802       seqs.addElement(seq);\r
1803     }\r
1804 \r
1805     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1806     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
1807     {\r
1808       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1809               sg.getEndRes() + 1);\r
1810     }\r
1811 \r
1812     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1813     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1814     {\r
1815       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1816     }\r
1817 \r
1818     /*\r
1819      * //ADD HISTORY ITEM\r
1820      */\r
1821     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1822             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1823             viewport.getAlignment()));\r
1824 \r
1825     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1826     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1827 \r
1828     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1829             .getSequences());\r
1830 \r
1831     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1832     {\r
1833       this.setVisible(false);\r
1834     }\r
1835     viewport.sendSelection();\r
1836   }\r
1837 \r
1838   /**\r
1839    * group consensus toggled\r
1840    * \r
1841    */\r
1842   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1843   {\r
1844     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1845     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1846 \r
1847   }\r
1848 \r
1849   /**\r
1850    * group conservation toggled.\r
1851    */\r
1852   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1853   {\r
1854     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1855     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1856   }\r
1857 \r
1858   /*\r
1859    * (non-Javadoc)\r
1860    * \r
1861    * @see\r
1862    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1863    * .event.ActionEvent)\r
1864    */\r
1865   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1866   {\r
1867     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1868     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1869   }\r
1870 \r
1871   /*\r
1872    * (non-Javadoc)\r
1873    * \r
1874    * @see\r
1875    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1876    * .event.ActionEvent)\r
1877    */\r
1878   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1879   {\r
1880     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1881     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1882   }\r
1883 \r
1884   protected void normSequenceLogo_actionPerformed()\r
1885   {\r
1886     showSequenceLogo.setState(true);\r
1887     viewport.setShowSequenceLogo(true);\r
1888     viewport.setNormaliseSequenceLogo(normSequenceLogo.getState());\r
1889     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1890   }\r
1891 \r
1892   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1893   {\r
1894     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1895   }\r
1896 \r
1897   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1898   {\r
1899     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1900     {\r
1901       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1902               viewport.getSequenceSelection(),\r
1903               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1904                       viewport.getGapCharacter()), viewport.getAlignment()\r
1905                       .getGroups());\r
1906       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1907       viewport.sequenceColours = null;\r
1908       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1909       // set view properties for each group\r
1910       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1911       {\r
1912         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1913         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1914         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);\r
1915         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1916                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1917         col = col.brighter();\r
1918         for (SequenceI sq : gps[g].getSequences(null))\r
1919           viewport.setSequenceColour(sq, col);\r
1920       }\r
1921       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1922       alignPanel.updateAnnotation();\r
1923       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1924     }\r
1925   }\r
1926 \r
1927   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1928   {\r
1929     viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1930     viewport.sequenceColours = null;\r
1931     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1932 \r
1933     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1934   }\r
1935 \r
1936   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1937   {\r
1938     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1939     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1940     {\r
1941       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1942     }\r
1943     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
1944     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1945     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1946     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1947     viewport.sendSelection();\r
1948   }\r
1949 \r
1950   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1951   {\r
1952     if (viewport.cursorMode)\r
1953     {\r
1954       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1955       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1956     }\r
1957     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1958     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1959     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1960     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1961     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1962     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1963     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1964     viewport.sendSelection();\r
1965   }\r
1966 \r
1967   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1968   {\r
1969     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1970     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1971     {\r
1972       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1973     }\r
1974 \r
1975     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1976     viewport.sendSelection();\r
1977   }\r
1978 \r
1979   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1980   {\r
1981     viewport.invertColumnSelection();\r
1982     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1983     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1984     viewport.sendSelection();\r
1985   }\r
1986 \r
1987   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1988   {\r
1989     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1990     int column;\r
1991 \r
1992     if (colSel.size() > 0)\r
1993     {\r
1994       if (trimLeft)\r
1995       {\r
1996         column = colSel.getMin();\r
1997       }\r
1998       else\r
1999       {\r
2000         column = colSel.getMax();\r
2001       }\r
2002 \r
2003       SequenceI[] seqs;\r
2004       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2005       {\r
2006         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2007                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
2008       }\r
2009       else\r
2010       {\r
2011         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2012       }\r
2013 \r
2014       TrimRegionCommand trimRegion;\r
2015       if (trimLeft)\r
2016       {\r
2017         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
2018                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
2019                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2020                 viewport.getSelectionGroup());\r
2021         viewport.setStartRes(0);\r
2022       }\r
2023       else\r
2024       {\r
2025         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
2026                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
2027                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2028                 viewport.getSelectionGroup());\r
2029       }\r
2030 \r
2031       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
2032 \r
2033       addHistoryItem(trimRegion);\r
2034 \r
2035       for (SequenceGroup sg : viewport.getAlignment().getGroups())\r
2036       {\r
2037         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
2038                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
2039         {\r
2040           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
2041         }\r
2042       }\r
2043 \r
2044       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
2045               .getAlignment().getSequences());\r
2046     }\r
2047   }\r
2048 \r
2049   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
2050   {\r
2051     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2052 \r
2053     SequenceI[] seqs;\r
2054     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2055     {\r
2056       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2057               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2058       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2059       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2060     }\r
2061     else\r
2062     {\r
2063       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2064     }\r
2065 \r
2066     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2067             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end,\r
2068             viewport.getAlignment());\r
2069 \r
2070     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2071 \r
2072     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
2073             + " empty columns.");\r
2074 \r
2075     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2076     // of first sequence\r
2077     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2078     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2079     // ShiftList shifts;\r
2080     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2081     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2082     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2083     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2084     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2085     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2086             .getSequences());\r
2087 \r
2088   }\r
2089 \r
2090   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2091   {\r
2092     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2093 \r
2094     SequenceI[] seqs;\r
2095     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2096     {\r
2097       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2098               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2099       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2100       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2101     }\r
2102     else\r
2103     {\r
2104       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2105     }\r
2106 \r
2107     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2108     // of first sequence\r
2109     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2110     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2111 \r
2112     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2113             viewport.getAlignment()));\r
2114 \r
2115     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2116 \r
2117     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2118             .getSequences());\r
2119 \r
2120   }\r
2121 \r
2122   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2123   {\r
2124     new Finder(alignPanel);\r
2125   }\r
2126 \r
2127   /**\r
2128    * create a new view derived from the current view\r
2129    * \r
2130    * @param viewtitle\r
2131    * @return frame for the new view\r
2132    */\r
2133   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2134   {\r
2135     AlignmentI newal;\r
2136     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2137     {\r
2138       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2139               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2140     }\r
2141     else\r
2142     {\r
2143       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2144     }\r
2145 \r
2146     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2147     {\r
2148       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2149       {\r
2150         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2151         {\r
2152           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment()\r
2153                   .getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2154         }\r
2155       }\r
2156     }\r
2157 \r
2158     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2159 \r
2160     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2161     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2162     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2163             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2164 \r
2165     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2166             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2167     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2168             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2169 \r
2170     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2171             .getSequenceSetId());\r
2172     int viewSize = -1;\r
2173     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2174     {\r
2175       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2176       {\r
2177         viewSize++;\r
2178       }\r
2179     }\r
2180 \r
2181     String title = new String(this.getTitle());\r
2182     if (viewtitle != null)\r
2183     {\r
2184       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2185     }\r
2186     else\r
2187     {\r
2188       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2189       {\r
2190         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2191       }\r
2192       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2193     }\r
2194 \r
2195     newaf.setTitle(title.toString());\r
2196 \r
2197     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2198     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2199     return newaf;\r
2200   }\r
2201 \r
2202   /**\r
2203    * \r
2204    * @return list of feature groups on the view\r
2205    */\r
2206   public String[] getFeatureGroups()\r
2207   {\r
2208     FeatureRenderer fr = null;\r
2209     if (alignPanel != null\r
2210             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2211     {\r
2212       return fr.getGroups();\r
2213     }\r
2214     return null;\r
2215   }\r
2216 \r
2217   /**\r
2218    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2219    * \r
2220    * @param visible\r
2221    *          true is visible\r
2222    * @return list\r
2223    */\r
2224   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2225   {\r
2226     FeatureRenderer fr = null;\r
2227     if (alignPanel != null\r
2228             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2229     {\r
2230       return fr.getGroups(visible);\r
2231     }\r
2232     return null;\r
2233   }\r
2234 \r
2235   /**\r
2236    * Change the display state for the given feature groups\r
2237    * \r
2238    * @param groups\r
2239    *          list of group strings\r
2240    * @param state\r
2241    *          visible or invisible\r
2242    */\r
2243   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2244   {\r
2245     FeatureRenderer fr = null;\r
2246     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2247     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2248     if (alignPanel != null\r
2249             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2250     {\r
2251       fr.setGroupState(groups, state);\r
2252       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2253       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2254       {\r
2255         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2256       }\r
2257     }\r
2258   }\r
2259 \r
2260   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2261   {\r
2262     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2263     alignPanel.fontChanged();\r
2264     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2265   }\r
2266 \r
2267   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2268   {\r
2269     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2270     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2271   }\r
2272 \r
2273   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2274   {\r
2275     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2276     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2277   }\r
2278 \r
2279   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2280   {\r
2281     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2282     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2283     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2284     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2285     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2286     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2287   }\r
2288 \r
2289   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2290   {\r
2291     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2292     {\r
2293       return;\r
2294     }\r
2295 \r
2296     Frame frame = new Frame();\r
2297     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2298     frame.add(overview);\r
2299     // +50 must allow for applet frame window\r
2300     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2301             overview.getPreferredSize().width,\r
2302             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2303 \r
2304     frame.pack();\r
2305     final AlignmentPanel ap = alignPanel;\r
2306     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2307     {\r
2308       @Override\r
2309       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2310       {\r
2311         if (ap != null)\r
2312         {\r
2313           ap.setOverviewPanel(null);\r
2314         }\r
2315       };\r
2316     });\r
2317 \r
2318     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2319 \r
2320   }\r
2321 \r
2322   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2323   {\r
2324     int threshold = 0;\r
2325 \r
2326     if (cs != null)\r
2327     {\r
2328       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2329       {\r
2330         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2331                 "Background");\r
2332 \r
2333         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2334 \r
2335         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2336       }\r
2337       else\r
2338       {\r
2339         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2340       }\r
2341 \r
2342       if (viewport.getConservationSelected())\r
2343       {\r
2344 \r
2345         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
2346         Conservation c = new Conservation("All",\r
2347                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2348                 al.getWidth() - 1);\r
2349 \r
2350         c.calculate();\r
2351         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2352 \r
2353         cs.setConservation(c);\r
2354 \r
2355         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2356                 cs, "Background"));\r
2357 \r
2358       }\r
2359       else\r
2360       {\r
2361         cs.setConservation(null);\r
2362       }\r
2363 \r
2364       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
2365 \r
2366     }\r
2367     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2368 \r
2369     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2370     {\r
2371       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2372     }\r
2373 \r
2374     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2375             .getStructureSelectionManager(viewport.applet)\r
2376             .sequenceColoursChanged(alignPanel);\r
2377 \r
2378     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2379   }\r
2380 \r
2381   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2382   {\r
2383     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2384             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2385     {\r
2386       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2387               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2388       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2389     }\r
2390   }\r
2391 \r
2392   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2393   {\r
2394     if (viewport.getConservationSelected()\r
2395             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2396     {\r
2397       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2398               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2399       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2400     }\r
2401   }\r
2402 \r
2403   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2404   {\r
2405     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2406 \r
2407     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2408     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2409 \r
2410     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2411 \r
2412     modifyConservation_actionPerformed();\r
2413   }\r
2414 \r
2415   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2416   {\r
2417     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2418 \r
2419     conservationMenuItem.setState(false);\r
2420     viewport.setConservationSelected(false);\r
2421 \r
2422     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2423 \r
2424     modifyPID_actionPerformed();\r
2425   }\r
2426 \r
2427   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2428   {\r
2429     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2430     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2431             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2432 \r
2433     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2434             viewport.getAlignment()));\r
2435     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2436   }\r
2437 \r
2438   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2439   {\r
2440     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2441     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2442     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder,\r
2443             viewport.getAlignment()));\r
2444     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2445   }\r
2446 \r
2447   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2448   {\r
2449     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2450     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2451     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2452             viewport.getAlignment()));\r
2453     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2454   }\r
2455 \r
2456   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2457   {\r
2458     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2459     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2460     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2461             viewport.getAlignment()));\r
2462     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2463 \r
2464   }\r
2465 \r
2466   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2467   {\r
2468     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2469   }\r
2470 \r
2471   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2472   {\r
2473     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2474             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2475     {\r
2476       Frame frame = new Frame();\r
2477       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2478       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2479               500);\r
2480     }\r
2481   }\r
2482 \r
2483   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2484   {\r
2485     // are the sequences aligned?\r
2486     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2487     {\r
2488       SequenceI current;\r
2489       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2490 \r
2491       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2492       {\r
2493         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2494 \r
2495         if (current.getLength() < Width)\r
2496         {\r
2497           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2498         }\r
2499       }\r
2500       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2501     }\r
2502 \r
2503     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2504             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2505             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2506             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2507     {\r
2508       return;\r
2509     }\r
2510 \r
2511     try\r
2512     {\r
2513       new PCAPanel(viewport);\r
2514     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2515     {\r
2516     }\r
2517 \r
2518   }\r
2519 \r
2520   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2521   {\r
2522     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2523   }\r
2524 \r
2525   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2526   {\r
2527     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2528   }\r
2529 \r
2530   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2531   {\r
2532     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2533   }\r
2534 \r
2535   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2536   {\r
2537     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2538   }\r
2539 \r
2540   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2541   {\r
2542     // are the sequences aligned?\r
2543     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2544     {\r
2545       SequenceI current;\r
2546       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2547 \r
2548       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2549       {\r
2550         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2551 \r
2552         if (current.getLength() < Width)\r
2553         {\r
2554           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2555         }\r
2556       }\r
2557       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2558 \r
2559     }\r
2560 \r
2561     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2562             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2563             || (viewport.getAlignment().getHeight() > 1))\r
2564     {\r
2565       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2566 \r
2567       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2568 \r
2569       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2570     }\r
2571   }\r
2572 \r
2573   void loadTree_actionPerformed()\r
2574   {\r
2575     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2576     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2577     cap.setTreeImport();\r
2578     Frame frame = new Frame();\r
2579     frame.add(cap);\r
2580     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2581   }\r
2582 \r
2583   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2584   {\r
2585     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2586     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2587     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2588   }\r
2589 \r
2590   /**\r
2591    * sort the alignment using the given treePanel\r
2592    * \r
2593    * @param treePanel\r
2594    *          tree used to sort view\r
2595    * @param title\r
2596    *          string used for undo event name\r
2597    */\r
2598   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2599   {\r
2600     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2601     AlignmentSorter\r
2602             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2603     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2604     // HistoryItem.SORT));\r
2605     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2606             viewport.getAlignment()));\r
2607     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2608   }\r
2609 \r
2610   /**\r
2611    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2612    * the menu structure for the new tree\r
2613    * \r
2614    * @param treePanel\r
2615    * @param title\r
2616    */\r
2617   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2618           final String title)\r
2619   {\r
2620     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2621     sortByTreeMenu.add(item);\r
2622     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2623     {\r
2624       @Override\r
2625       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2626       {\r
2627         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2628       }\r
2629     });\r
2630 \r
2631     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2632     {\r
2633       @Override\r
2634       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2635       {\r
2636         if (viewport.sortByTree)\r
2637         {\r
2638           sortByTree(treePanel, title);\r
2639         }\r
2640         super.windowOpened(e);\r
2641       }\r
2642 \r
2643       @Override\r
2644       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2645       {\r
2646         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2647       };\r
2648     });\r
2649   }\r
2650 \r
2651   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2652   {\r
2653     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2654     if (viewport.applet.debug)\r
2655     {\r
2656       System.err.println("Sorting " + alorder.getOrder().size()\r
2657               + " in alignment '" + getTitle() + "'");\r
2658     }\r
2659     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2660     if (undoname != null)\r
2661     {\r
2662       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder,\r
2663               viewport.getAlignment()));\r
2664     }\r
2665     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2666     return true;\r
2667   }\r
2668 \r
2669   protected void documentation_actionPerformed()\r
2670   {\r
2671     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2672   }\r
2673 \r
2674   protected void about_actionPerformed()\r
2675   {\r
2676 \r
2677     class AboutPanel extends Canvas\r
2678     {\r
2679       String version;\r
2680 \r
2681       String builddate;\r
2682 \r
2683       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2684       {\r
2685         this.version = version;\r
2686         this.builddate = builddate;\r
2687       }\r
2688 \r
2689       @Override\r
2690       public void paint(Graphics g)\r
2691       {\r
2692         g.setColor(Color.white);\r
2693         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2694         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2695         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2696         int fh = fm.getHeight();\r
2697         int y = 5, x = 7;\r
2698         g.setColor(Color.black);\r
2699         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2700         // lite and application\r
2701         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2702         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2703         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2704         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2705         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2706         g.drawString(\r
2707                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Jan Engelhardt, Lauren Lui,",\r
2708                 x, y += fh * 1.5);\r
2709         g.drawString(\r
2710                 "Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.",\r
2711                 x + 50, y += fh + 8);\r
2712         g.drawString(\r
2713                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2714                 x, y += fh);\r
2715         g.drawString(\r
2716                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2717                 x, y += fh);\r
2718         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2719         g.drawString(\r
2720                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2721                 x, y += fh);\r
2722         g.drawString(\r
2723                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2724                 x, y += fh);\r
2725         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2726                 x, y += fh);\r
2727       }\r
2728     }\r
2729 \r
2730     Frame frame = new Frame();\r
2731     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2732             .getBuildDate()));\r
2733     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2734 \r
2735   }\r
2736 \r
2737   public void showURL(String url, String target)\r
2738   {\r
2739     if (viewport.applet == null)\r
2740     {\r
2741       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2742     }\r
2743     else\r
2744     {\r
2745       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2746     }\r
2747   }\r
2748 \r
2749   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2750   // JBuilder Graphics here\r
2751 \r
2752   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2753 \r
2754   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2755 \r
2756   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2757 \r
2758   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2759 \r
2760   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2761 \r
2762   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2763 \r
2764   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2765 \r
2766   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2767 \r
2768   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2769 \r
2770   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2771 \r
2772   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2773 \r
2774   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2775 \r
2776   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2777 \r
2778   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2779 \r
2780   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2781 \r
2782   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2783 \r
2784   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2785 \r
2786   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2787 \r
2788   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2789 \r
2790   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2791 \r
2792   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2793 \r
2794   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2795 \r
2796   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2797 \r
2798   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2799 \r
2800   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2801 \r
2802   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2803 \r
2804   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2805 \r
2806   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2807 \r
2808   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2809 \r
2810   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2811 \r
2812   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2813 \r
2814   public Label statusBar = new Label();\r
2815 \r
2816   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2817 \r
2818   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2819 \r
2820   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2821 \r
2822   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2823 \r
2824   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2825 \r
2826   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2827 \r
2828   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2829 \r
2830   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2831 \r
2832   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2833 \r
2834   MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();\r
2835 \r
2836   MenuItem RNAInteractionColour = new MenuItem();\r
2837 \r
2838   MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();\r
2839 \r
2840   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2841 \r
2842   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2843 \r
2844   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2845 \r
2846   MenuItem tcoffeeColour = new MenuItem();\r
2847 \r
2848   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2849 \r
2850   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2851 \r
2852   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2853 \r
2854   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2855 \r
2856   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2857 \r
2858   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2859 \r
2860   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2861 \r
2862   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2863 \r
2864   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2865 \r
2866   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2867 \r
2868   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2869 \r
2870   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2871 \r
2872   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2873 \r
2874   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2875 \r
2876   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2877 \r
2878   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2879 \r
2880   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2881 \r
2882   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2883 \r
2884   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2885 \r
2886   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2887 \r
2888   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2889 \r
2890   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2891 \r
2892   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2893 \r
2894   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2895 \r
2896   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2897 \r
2898   MenuItem font = new MenuItem();\r
2899 \r
2900   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2901 \r
2902   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2903 \r
2904   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2905 \r
2906   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2907 \r
2908   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2909 \r
2910   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2911           "Autocalculate Consensus", true);\r
2912 \r
2913   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2914           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2915 \r
2916   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2917 \r
2918   Menu sort = new Menu();\r
2919 \r
2920   Menu calculate = new Menu();\r
2921 \r
2922   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2923 \r
2924   Menu helpMenu = new Menu();\r
2925 \r
2926   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2927 \r
2928   MenuItem about = new MenuItem();\r
2929 \r
2930   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2931 \r
2932   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2933 \r
2934   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2935 \r
2936   Menu autoAnnMenu = new Menu();\r
2937 \r
2938   CheckboxMenuItem showSequenceLogo = new CheckboxMenuItem();\r
2939 \r
2940   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2941 \r
2942   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2943 \r
2944   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2945 \r
2946   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2947 \r
2948   CheckboxMenuItem normSequenceLogo = new CheckboxMenuItem();\r
2949 \r
2950   private void jbInit() throws Exception\r
2951   {\r
2952 \r
2953     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2954 \r
2955     MenuItem item;\r
2956 \r
2957     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2958     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2959     {\r
2960 \r
2961       item = new MenuItem(\r
2962               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2963 \r
2964       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2965       {\r
2966         @Override\r
2967         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2968         {\r
2969           outputText_actionPerformed(e);\r
2970         }\r
2971       });\r
2972 \r
2973       outputTextboxMenu.add(item);\r
2974     }\r
2975     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2976     loadApplication.addActionListener(this);\r
2977 \r
2978     loadTree.addActionListener(this);\r
2979     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2980     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2981     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2982     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2983     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2984     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2985     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2986     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2987     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2988     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2989     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2990     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
2991     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
2992     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
2993     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
2994     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
2995     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
2996     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
2997     viewTextMenuItem.setState(true);\r
2998     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2999     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
3000     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
3001     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
3002     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
3003     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
3004     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
3005     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
3006     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
3007     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
3008     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
3009     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
3010     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
3011     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
3012     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
3013     averageDistanceTreeMenuItem\r
3014             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
3015     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3016     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
3017     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3018     statusBar.setBackground(Color.white);\r
3019     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
3020     statusBar.setText("Status bar");\r
3021     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
3022     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
3023 \r
3024     clustalColour.addActionListener(this);\r
3025     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
3026     zappoColour.addActionListener(this);\r
3027     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
3028     taylorColour.addActionListener(this);\r
3029     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
3030     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
3031     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
3032     helixColour.addActionListener(this);\r
3033     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
3034     strandColour.addActionListener(this);\r
3035     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
3036     turnColour.addActionListener(this);\r
3037     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
3038     buriedColour.addActionListener(this);\r
3039     purinePyrimidineColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
3040     purinePyrimidineColour.addActionListener(this);\r
3041     RNAInteractionColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
3042     RNAInteractionColour.addActionListener(this);\r
3043     RNAHelixColour.setLabel("by RNA Helices");\r
3044     RNAHelixColour.addActionListener(this);\r
3045     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
3046     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
3047     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
3048     PIDColour.addActionListener(this);\r
3049     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
3050     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
3051     tcoffeeColour.setLabel("T-Coffee Scores");\r
3052     tcoffeeColour.setEnabled(false); // it will enabled only if a score file is\r
3053                                      // provided\r
3054     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
3055     avDistanceTreeBlosumMenuItem\r
3056             .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
3057     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3058     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
3059     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3060     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
3061     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
3062     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
3063     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3064     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
3065     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
3066     alProperties.addActionListener(this);\r
3067     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
3068     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
3069     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
3070     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
3071     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
3072     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
3073     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
3074     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
3075     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
3076     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
3077     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
3078     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
3079     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
3080     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
3081     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
3082     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3083     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3084     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3085     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3086     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3087     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3088     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3089     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3090     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3091     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3092     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3093     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3094     copy.setLabel("Copy");\r
3095     copy.addActionListener(this);\r
3096     cut.setLabel("Cut");\r
3097     cut.addActionListener(this);\r
3098     delete.setLabel("Delete");\r
3099     delete.addActionListener(this);\r
3100     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3101     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3102     pasteNew.addActionListener(this);\r
3103     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3104     pasteThis.addActionListener(this);\r
3105     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3106     applyToAllGroups.setState(true);\r
3107     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3108     font.setLabel("Font...");\r
3109     font.addActionListener(this);\r
3110     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3111     scaleAbove.setState(true);\r
3112     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3113     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3114     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3115     scaleLeft.setState(true);\r
3116     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3117     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3118     scaleRight.setEnabled(false);\r
3119     scaleRight.setState(true);\r
3120     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3121     scaleRight.addItemListener(this);\r
3122     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3123     modifyPID.addActionListener(this);\r
3124     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3125     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3126     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3127     sort.setLabel("Sort");\r
3128     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3129     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3130     sortByTree.addItemListener(this);\r
3131     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3132     inputText.addActionListener(this);\r
3133     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3134     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3135     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3136     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3137     helpMenu.setLabel("Help");\r
3138     documentation.setLabel("Documentation");\r
3139     documentation.addActionListener(this);\r
3140 \r
3141     about.setLabel("About...");\r
3142     about.addActionListener(this);\r
3143     seqLimits.setState(true);\r
3144     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3145     seqLimits.addItemListener(this);\r
3146     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3147     featureSettings.addActionListener(this);\r
3148     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3149     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3150     sequenceFeatures.setState(false);\r
3151     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3152     annotationColour.addActionListener(this);\r
3153     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3154     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3155     menu1.setLabel("Show");\r
3156     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3157     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3158     menu2.setLabel("Hide");\r
3159     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3160     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3161     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3162     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3163     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3164     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3165     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3166     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3167     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3168     normSequenceLogo.setLabel("Normalise Consensus Logo");\r
3169     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3170     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3171     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3172 \r
3173     invertColSel.addActionListener(this);\r
3174     showColumns.addActionListener(this);\r
3175     showSeqs.addActionListener(this);\r
3176     hideColumns.addActionListener(this);\r
3177     hideSequences.addActionListener(this);\r
3178     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3179     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3180     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3181     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3182     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3183     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3184     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3185     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3186     formatMenu.setLabel("Format");\r
3187     selectMenu.setLabel("Select");\r
3188     newView.setLabel("New View");\r
3189     newView.addActionListener(this);\r
3190     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3191     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3192     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3193     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3194     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3195     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3196     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3197     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3198 \r
3199     fileMenu.add(inputText);\r
3200     fileMenu.add(loadTree);\r
3201     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3202 \r
3203     fileMenu.addSeparator();\r
3204     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3205     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3206     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3207 \r
3208     if (jalviewServletURL != null)\r
3209     {\r
3210       fileMenu.add(loadApplication);\r
3211     }\r
3212 \r
3213     fileMenu.addSeparator();\r
3214     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3215 \r
3216     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3217     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3218     editMenu.add(cut);\r
3219     editMenu.add(copy);\r
3220     editMenu.add(pasteMenu);\r
3221     editMenu.add(delete);\r
3222     editMenu.addSeparator();\r
3223     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3224     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3225     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3226     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3227     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3228     viewMenu.add(newView);\r
3229     viewMenu.addSeparator();\r
3230     viewMenu.add(menu1);\r
3231     viewMenu.add(menu2);\r
3232     viewMenu.addSeparator();\r
3233     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3234     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3235     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3236     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3237     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3238     autoAnnMenu.add(normSequenceLogo);\r
3239     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3240     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3241     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3242     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3243     viewMenu.addSeparator();\r
3244     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3245     viewMenu.add(featureSettings);\r
3246     viewMenu.addSeparator();\r
3247     viewMenu.add(alProperties);\r
3248     viewMenu.addSeparator();\r
3249     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3250     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3251     colourMenu.addSeparator();\r
3252     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3253     colourMenu.add(clustalColour);\r
3254     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3255     colourMenu.add(PIDColour);\r
3256     colourMenu.add(zappoColour);\r
3257     colourMenu.add(taylorColour);\r
3258     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3259     colourMenu.add(helixColour);\r
3260     colourMenu.add(strandColour);\r
3261     colourMenu.add(turnColour);\r
3262     colourMenu.add(buriedColour);\r
3263     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3264     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);\r
3265     colourMenu.add(RNAInteractionColour);\r
3266     colourMenu.add(tcoffeeColour);\r
3267     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3268     colourMenu.addSeparator();\r
3269     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3270     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3271     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3272     colourMenu.add(modifyPID);\r
3273     colourMenu.add(annotationColour);\r
3274     colourMenu.add(RNAHelixColour);\r
3275     calculateMenu.add(sort);\r
3276     calculateMenu.add(calculate);\r
3277     calculateMenu.addSeparator();\r
3278     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3279     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3280     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3281     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3282     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3283     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3284     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3285     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3286     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3287     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3288     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3289     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3290     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3291     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3292     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3293     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3294     helpMenu.add(documentation);\r
3295     helpMenu.add(about);\r
3296     menu1.add(showColumns);\r
3297     menu1.add(showSeqs);\r
3298     menu1.add(showAllHidden);\r
3299     menu2.add(hideColumns);\r
3300     menu2.add(hideSequences);\r
3301     menu2.add(hideAllSelection);\r
3302     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3303     formatMenu.add(font);\r
3304     formatMenu.add(seqLimits);\r
3305     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3306     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3307     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3308     formatMenu.add(scaleRight);\r
3309     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3310     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3311     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3312     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3313     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3314     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3315     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3316     selectMenu.addSeparator();\r
3317     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3318     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3319     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3320     selectMenu.add(invertColSel);\r
3321     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3322     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3323 \r
3324   }\r
3325 \r
3326   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3327 \r
3328   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3329 \r
3330   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3331 \r
3332   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3333 \r
3334   Menu menu1 = new Menu();\r
3335 \r
3336   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3337 \r
3338   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3339 \r
3340   Menu menu2 = new Menu();\r
3341 \r
3342   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3343 \r
3344   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3345 \r
3346   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3347 \r
3348   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3349 \r
3350   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3351 \r
3352   Menu formatMenu = new Menu();\r
3353 \r
3354   Menu selectMenu = new Menu();\r
3355 \r
3356   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3357 \r
3358   /**\r
3359    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3360    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3361    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3362    * \r
3363    * @param reallyEmbedded\r
3364    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3365    *          in a new window\r
3366    */\r
3367   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3368   {\r
3369     if (reallyEmbedded)\r
3370     {\r
3371       // ////\r
3372       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3373       //\r
3374       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3375       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3376       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3377       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3378               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3379       // and actually add the components to the applet area\r
3380       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3381       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3382       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3383       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3384               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3385                       - statusBar.HEIGHT);\r
3386       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3387       final AlignFrame me = this;\r
3388       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3389       {\r
3390 \r
3391         @Override\r
3392         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3393         {\r
3394           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame == me)\r
3395           {\r
3396             me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3397           }\r
3398         }\r
3399 \r
3400         @Override\r
3401         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3402         {\r
3403           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3404         }\r
3405       });\r
3406       viewport.applet.validate();\r
3407     }\r
3408     else\r
3409     {\r
3410       // //////\r
3411       // test and embed menu bar if necessary.\r
3412       //\r
3413       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3414       {\r
3415         // adjust for status bar height too\r
3416         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3417                 - statusBar.HEIGHT);\r
3418       }\r
3419       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3420       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3421       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3422       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3423               DEFAULT_HEIGHT);\r
3424     }\r
3425   }\r
3426 \r
3427   /**\r
3428    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3429    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3430    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3431    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3432    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3433    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3434    * \r
3435    * @param viewer\r
3436    *          JmolViewer instance\r
3437    * @param sequenceIds\r
3438    *          - sequence Ids to search for associations\r
3439    */\r
3440   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3441           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3442   {\r
3443     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3444     try\r
3445     {\r
3446       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3447     } catch (ClassCastException ex)\r
3448     {\r
3449       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3450               + jmolviewer.getClass());\r
3451     }\r
3452     if (viewer == null)\r
3453     {\r
3454       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3455               + jmolviewer.getClass());\r
3456       return null;\r
3457     }\r
3458     SequenceI[] seqs = null;\r
3459     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3460     {\r
3461       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3462     }\r
3463     else\r
3464     {\r
3465       Vector sqi = new Vector();\r
3466       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3467       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3468       {\r
3469         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3470         if (sq != null)\r
3471         {\r
3472           sqi.addElement(sq);\r
3473         }\r
3474       }\r
3475       if (sqi.size() > 0)\r
3476       {\r
3477         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3478         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3479         {\r
3480           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3481         }\r
3482       }\r
3483       else\r
3484       {\r
3485         return null;\r
3486       }\r
3487     }\r
3488     ExtJmol jmv = null;\r
3489     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3490     if (jmv == null)\r
3491     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3492       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][]\r
3493       { seqs });\r
3494     }\r
3495     return jmv;\r
3496 \r
3497   }\r
3498 \r
3499   /**\r
3500    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3501    * \r
3502    * @param sequenceId\r
3503    *          - sequenceId within the dataset.\r
3504    * @param pdbEntryString\r
3505    *          - the short name for the PDB file\r
3506    * @param pdbFile\r
3507    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3508    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3509    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3510    *         fails.\r
3511    */\r
3512   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3513           String pdbFile)\r
3514   {\r
3515     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3516     boolean needtoadd = false;\r
3517     if (toaddpdb != null)\r
3518     {\r
3519       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3520       PDBEntry pdbentry = null;\r
3521       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3522       {\r
3523         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3524         {\r
3525           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3526           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3527                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3528           {\r
3529             pdbentry = null;\r
3530           }\r
3531           else\r
3532           {\r
3533             continue;\r
3534           }\r
3535         }\r
3536       }\r
3537       if (pdbentry == null)\r
3538       {\r
3539         pdbentry = new PDBEntry();\r
3540         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3541         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3542         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3543       }\r
3544       // resolve data source\r
3545       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3546       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3547       if (protocol == null)\r
3548       {\r
3549         return false;\r
3550       }\r
3551       if (needtoadd)\r
3552       {\r
3553         // make a note of the access mode and add\r
3554         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3555         {\r
3556           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3557         }\r
3558         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3559         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3560       }\r
3561     }\r
3562     return true;\r
3563   }\r
3564 \r
3565   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3566   {\r
3567     if (seqs != null)\r
3568     {\r
3569       Vector sequences = new Vector();\r
3570       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3571       {\r
3572         if (seqs[i] != null)\r
3573         {\r
3574           sequences.addElement(new Object[]\r
3575           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3576         }\r
3577       }\r
3578       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3579       chains = new String[sequences.size()];\r
3580       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3581       {\r
3582         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3583 \r
3584         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3585         chains[i] = (String) oj[1];\r
3586       }\r
3587     }\r
3588     return new Object[]\r
3589     { seqs, chains };\r
3590 \r
3591   }\r
3592 \r
3593   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3594           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3595   {\r
3596     // Scrub any null sequences from the array\r
3597     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3598     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3599     chains = (String[]) sqch[1];\r
3600     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3601     {\r
3602       System.err\r
3603               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3604     }\r
3605     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3606             || protocol.equals("null"))\r
3607     {\r
3608       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3609       if (protocol == null)\r
3610       {\r
3611         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3612                 + pdb.getId());\r
3613         return;\r
3614       }\r
3615     }\r
3616     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3617     {\r
3618       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3619       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet)\r
3620               .setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol) == null)\r
3621       {\r
3622         System.err.println("Failed to map " + pdb.getFile() + " ("\r
3623                 + protocol + ") to any sequences");\r
3624       }\r
3625       return;\r
3626     }\r
3627     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3628     {\r
3629       // can only do alignments with Jmol\r
3630       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3631       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3632       Vector jmols = applet\r
3633               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3634       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3635       {\r
3636         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3637         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3638         {\r
3639           ajm = tajm;\r
3640           break;\r
3641         }\r
3642       }\r
3643       if (ajm != null)\r
3644       {\r
3645         System.err\r
3646                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3647         // try and add the pdb structure\r
3648         // ajm.addS\r
3649         ajm = null;\r
3650       }\r
3651     }\r
3652     // otherwise, create a new window\r
3653     if (applet.jmolAvailable)\r
3654     {\r
3655       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3656               protocol);\r
3657       applet.lastFrameX += 40;\r
3658       applet.lastFrameY += 40;\r
3659     }\r
3660     else\r
3661     {\r
3662       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3663     }\r
3664 \r
3665   }\r
3666 \r
3667   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3668           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3669   {\r
3670     // TODO Auto-generated method stub\r
3671     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3672   }\r
3673 \r
3674   /**\r
3675    * modify the current selection, providing the user has not made a selection\r
3676    * already.\r
3677    * \r
3678    * @param sel\r
3679    *          - sequences from this alignment\r
3680    * @param csel\r
3681    *          - columns to be selected on the alignment\r
3682    */\r
3683   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3684   {\r
3685     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3686   }\r
3687 \r
3688   public void scrollTo(int row, int column)\r
3689   {\r
3690     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);\r
3691   }\r
3692 \r
3693   public void scrollToRow(int row)\r
3694   {\r
3695     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);\r
3696   }\r
3697 \r
3698   public void scrollToColumn(int column)\r
3699   {\r
3700     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);\r
3701   }\r
3702 \r
3703   /**\r
3704    * @return the alignments unique ID.\r
3705    */\r
3706   public String getSequenceSetId()\r
3707   {\r
3708     return viewport.getSequenceSetId();\r
3709   }\r
3710 \r
3711   /**\r
3712    * Load the (T-Coffee) score file from the specified url\r
3713    * \r
3714    * @param source\r
3715    *          File/URL/T-COFFEE score file contents\r
3716    * @throws IOException\r
3717    * @return true if alignment was annotated with data from source\r
3718    */\r
3719   public boolean loadScoreFile(String source) throws IOException\r
3720   {\r
3721 \r
3722     TCoffeeScoreFile file = new TCoffeeScoreFile(source,\r
3723             AppletFormatAdapter.checkProtocol(source));\r
3724     if (!file.isValid())\r
3725     {\r
3726       // TODO: raise dialog for gui\r
3727       System.err.println("Problems parsing T-Coffee scores: "\r
3728               + file.getWarningMessage());\r
3729       System.err.println("Origin was:\n" + source);\r
3730       return false;\r
3731     }\r
3732 \r
3733     /*\r
3734      * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
3735      */\r
3736     AlignmentI aln;\r
3737     if ((aln = viewport.getAlignment()) != null\r
3738             && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file\r
3739                     .getWidth()))\r
3740     {\r
3741       // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3742       System.err\r
3743               .println("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
3744 \r
3745     }\r
3746 \r
3747     // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
3748     if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
3749     {\r
3750       alignPanel.fontChanged();\r
3751       tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
3752       // switch to this color\r
3753       changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
3754       return true;\r
3755     }\r
3756     else\r
3757     {\r
3758       System.err.println("Problems resolving T-Coffee scores:");\r
3759       if (file.getWarningMessage() != null)\r
3760       {\r
3761         System.err.println(file.getWarningMessage());\r
3762       }\r
3763     }\r
3764     return false;\r
3765   }\r
3766 \r
3767 }\r