src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  21 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  22 import jalview.analysis.Conservation;\r
  23 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.commands.CommandI;\r
  26 import jalview.commands.EditCommand;\r
  27 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  28 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  29 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  30 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  31 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  32 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  34 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  35 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  37 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  40 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  41 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  42 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  43 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;\r
  44 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  45 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  46 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  47 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  48 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  49 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  50 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  51 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  52 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;\r
  53 import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;\r
  54 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  55 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  56 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  57 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  58 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  59 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  60 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  61 \r
  62 import java.awt.BorderLayout;\r
  63 import java.awt.Canvas;\r
  64 import java.awt.CheckboxMenuItem;\r
  65 import java.awt.Color;\r
  66 import java.awt.Font;\r
  67 import java.awt.FontMetrics;\r
  68 import java.awt.Frame;\r
  69 import java.awt.Graphics;\r
  70 import java.awt.Label;\r
  71 import java.awt.Menu;\r
  72 import java.awt.MenuBar;\r
  73 import java.awt.MenuItem;\r
  74 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  75 import java.awt.event.ActionListener;\r
  76 import java.awt.event.FocusEvent;\r
  77 import java.awt.event.FocusListener;\r
  78 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  79 import java.awt.event.ItemListener;\r
  80 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  81 import java.awt.event.KeyListener;\r
  82 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  83 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  84 import java.io.IOException;\r
  85 import java.io.InputStreamReader;\r
  86 import java.net.URL;\r
  87 import java.net.URLEncoder;\r
  88 import java.util.Enumeration;\r
  89 import java.util.Hashtable;\r
  90 import java.util.List;\r
  91 import java.util.StringTokenizer;\r
  92 import java.util.Vector;\r
  93 \r
  94 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemListener, KeyListener\r
  95 {\r
  96   public AlignmentPanel alignPanel;\r
  97 \r
  98   public AlignViewport viewport;\r
  99 \r
 100   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
 101 \r
 102   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 103 \r
 104   String jalviewServletURL;\r
 105   \r
 106 \r
 107   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet, String title, boolean embedded)\r
 108   {\r
 109     if (applet != null)\r
 110     {\r
 111       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
 112     }\r
 113 \r
 114     try\r
 115     {\r
 116       jbInit();\r
 117     } catch (Exception ex)\r
 118     {\r
 119       ex.printStackTrace();\r
 120     }\r
 121 \r
 122     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
 123     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 124 \r
 125     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
 126     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
 127 \r
 128     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
 129     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
 130     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
 131     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
 132     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
 133     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
 134     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
 135 \r
 136     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
 137 \r
 138     if (applet != null)\r
 139     {\r
 140       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
 141       if (param != null)\r
 142       {\r
 143         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
 144         {\r
 145           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 146         }\r
 147         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
 148         {\r
 149           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 150         }\r
 151         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
 152         {\r
 153           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 154         }\r
 155       }\r
 156 \r
 157       param = applet.getParameter("wrap");\r
 158       if (param != null)\r
 159       {\r
 160         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 161         {\r
 162           wrapMenuItem.setState(true);\r
 163           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 164         }\r
 165       }\r
 166       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 167       if (param != null)\r
 168       {\r
 169         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 170         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 171       }\r
 172       try\r
 173       {\r
 174         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 175         if (param != null)\r
 176         {\r
 177           int width = Integer.parseInt(param);\r
 178           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 179         }\r
 180         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 181         if (param != null)\r
 182         {\r
 183           int height = Integer.parseInt(param);\r
 184           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 185         }\r
 186       } catch (Exception ex)\r
 187       {\r
 188       }\r
 189 \r
 190     }\r
 191     if (viewport.getAlignment().isNucleotide())\r
 192     {\r
 193       viewport.updateStrucConsensus(alignPanel);\r
 194       if (viewport.getAlignment().hasRNAStructure())\r
 195       {\r
 196         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
 197       }\r
 198       else {\r
 199         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 200       }\r
 201     } else {\r
 202       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 203       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
 204     }\r
 205     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 206     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 207     // now\r
 208     this.addKeyListener(this);\r
 209     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 210     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 211     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 212     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 213     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 214     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 215     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 216     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 217 \r
 218     validate();\r
 219     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 220     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 221   }\r
 222 \r
 223   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 224   {\r
 225     return viewport;\r
 226   }\r
 227 \r
 228   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 229   {\r
 230     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 231   }\r
 232 \r
 233   /**\r
 234    * Load a features file onto the alignment\r
 235    * \r
 236    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 237    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 238    */\r
 239 \r
 240   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 241   {\r
 242     return parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 243   }\r
 244   \r
 245   /**\r
 246    * Load a features file onto the alignment\r
 247    * \r
 248    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 249    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 250    * @param autoenabledisplay when true, display features flag will be automatically enabled if features are loaded\r
 251    * @return true if data parsed as a features file\r
 252    */\r
 253   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type, boolean autoenabledisplay)\r
 254   {    \r
 255     // TODO: test if importing a features file onto an alignment which already has features with links overwrites the original links.\r
 256     \r
 257     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 258     boolean featuresFile = false;\r
 259     try\r
 260     {\r
 261       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 262               .parse(viewport.getAlignment(),\r
 263                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
 264                       featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
 265     } catch (Exception ex)\r
 266     {\r
 267       ex.printStackTrace();\r
 268     }\r
 269 \r
 270     if (featuresFile)\r
 271     {\r
 272       if (featureLinks.size() > 0)\r
 273       {\r
 274         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 275       }\r
 276       if (autoenabledisplay)\r
 277       {\r
 278         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 279         sequenceFeatures.setState(true);\r
 280       }\r
 281       if (viewport.featureSettings != null)\r
 282       {\r
 283         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 284       }\r
 285       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 286       statusBar.setText("Successfully added features to alignment.");\r
 287     }\r
 288     return featuresFile;\r
 289   }\r
 290 \r
 291   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 292   {\r
 293     if (viewport.cursorMode\r
 294             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 295                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 296                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 297             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 298       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 299 \r
 300     switch (evt.getKeyCode())\r
 301     {\r
 302     case 27: // escape key\r
 303       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 304       \r
 305       alignPanel.alabels.cancelDrag(); \r
 306       break;\r
 307     case KeyEvent.VK_X:\r
 308       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 309       {\r
 310         cut_actionPerformed();\r
 311       }\r
 312       break;\r
 313     case KeyEvent.VK_C:\r
 314       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 315       {\r
 316         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 317       }\r
 318       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 319       {\r
 320         copy_actionPerformed();\r
 321       }\r
 322       break;\r
 323     case KeyEvent.VK_V:\r
 324       if (evt.isControlDown())\r
 325       {\r
 326         paste(evt.isShiftDown());\r
 327       }\r
 328       break;\r
 329     case KeyEvent.VK_A:\r
 330       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 331       {\r
 332         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 333       }\r
 334       break;\r
 335     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 336       if (viewport.cursorMode)\r
 337       {\r
 338         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 339       }\r
 340       else\r
 341       {\r
 342         moveSelectedSequences(false);\r
 343       }\r
 344       break;\r
 345 \r
 346     case KeyEvent.VK_UP:\r
 347       if (viewport.cursorMode)\r
 348       {\r
 349         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 350       }\r
 351       else\r
 352       {\r
 353         moveSelectedSequences(true);\r
 354       }\r
 355       break;\r
 356 \r
 357     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 358       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 359         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 360       else\r
 361         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 362       break;\r
 363 \r
 364     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 365       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 366         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 367       else\r
 368         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 369       break;\r
 370 \r
 371     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 372       if (viewport.cursorMode)\r
 373       {\r
 374         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 375                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 376       }\r
 377       break;\r
 378 \r
 379     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 380     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 381       if (viewport.cursorMode)\r
 382       {\r
 383         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 384                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 385       }\r
 386       else\r
 387       {\r
 388         cut_actionPerformed();\r
 389         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 390       }\r
 391       break;\r
 392 \r
 393     case KeyEvent.VK_S:\r
 394       if (viewport.cursorMode)\r
 395       {\r
 396         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 397       }\r
 398       break;\r
 399     case KeyEvent.VK_P:\r
 400       if (viewport.cursorMode)\r
 401       {\r
 402         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 403       }\r
 404       break;\r
 405 \r
 406     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 407     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 408       if (viewport.cursorMode)\r
 409       {\r
 410         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 411       }\r
 412       break;\r
 413 \r
 414     case KeyEvent.VK_Q:\r
 415       if (viewport.cursorMode)\r
 416       {\r
 417         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 418       }\r
 419       break;\r
 420     case KeyEvent.VK_M:\r
 421       if (viewport.cursorMode)\r
 422       {\r
 423         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 424       }\r
 425       break;\r
 426 \r
 427     case KeyEvent.VK_F2:\r
 428       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 429       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 430               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 431       if (viewport.cursorMode)\r
 432       {\r
 433         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 434         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 435       }\r
 436       break;\r
 437 \r
 438     case KeyEvent.VK_F:\r
 439       if (evt.isControlDown())\r
 440       {\r
 441         findMenuItem_actionPerformed();\r
 442       }\r
 443       break;\r
 444 \r
 445     case KeyEvent.VK_H:\r
 446     {\r
 447       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 448       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 449       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 450       break;\r
 451     }\r
 452 \r
 453     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 454       if (viewport.wrapAlignment)\r
 455       {\r
 456         alignPanel.scrollUp(true);\r
 457       }\r
 458       else\r
 459       {\r
 460         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 461                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 462       }\r
 463       break;\r
 464 \r
 465     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 466       if (viewport.wrapAlignment)\r
 467       {\r
 468         alignPanel.scrollUp(false);\r
 469       }\r
 470       else\r
 471       {\r
 472         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 473                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 474       }\r
 475       break;\r
 476 \r
 477     case KeyEvent.VK_Z:\r
 478       if (evt.isControlDown())\r
 479       {\r
 480         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 481       }\r
 482       break;\r
 483 \r
 484     case KeyEvent.VK_Y:\r
 485       if (evt.isControlDown())\r
 486       {\r
 487         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 488       }\r
 489       break;\r
 490 \r
 491     case KeyEvent.VK_L:\r
 492       if (evt.isControlDown())\r
 493       {\r
 494         trimAlignment(true);\r
 495       }\r
 496       break;\r
 497 \r
 498     case KeyEvent.VK_R:\r
 499       if (evt.isControlDown())\r
 500       {\r
 501         trimAlignment(false);\r
 502       }\r
 503       break;\r
 504 \r
 505     case KeyEvent.VK_E:\r
 506       if (evt.isControlDown())\r
 507       {\r
 508         if (evt.isShiftDown())\r
 509         {\r
 510           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 511         }\r
 512         else\r
 513         {\r
 514           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 515         }\r
 516       }\r
 517       break;\r
 518     case KeyEvent.VK_I:\r
 519       if (evt.isControlDown())\r
 520       {\r
 521         if (evt.isAltDown())\r
 522         {\r
 523           invertColSel_actionPerformed();\r
 524         }\r
 525         else\r
 526         {\r
 527           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 528         }\r
 529       }\r
 530       break;\r
 531 \r
 532     case KeyEvent.VK_U:\r
 533       if (evt.isControlDown())\r
 534       {\r
 535         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 536       }\r
 537       break;\r
 538 \r
 539     case KeyEvent.VK_T:\r
 540       if (evt.isControlDown())\r
 541       {\r
 542         newView(null);\r
 543       }\r
 544       break;\r
 545 \r
 546     }\r
 547     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 548   }\r
 549 \r
 550   /**\r
 551    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 552    * \r
 553    * @param toggleSeqs\r
 554    * @param toggleCols\r
 555    */\r
 556   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 557   {\r
 558     boolean hide = false;\r
 559     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 560     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 561     {\r
 562       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 563       // invert and then hide\r
 564       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 565       if ((viewport.getColumnSelection() != null && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport.getColumnSelection()\r
 566               .getSelected().size() > 0)\r
 567               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 568                       .getEndRes()))\r
 569       {\r
 570         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 571         // that no hiding is required.\r
 572         if (sg != null)\r
 573         {\r
 574           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 575           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 576           toggleSeqs = true;\r
 577 \r
 578         }\r
 579         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 580         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 581         // selection and indicate it should be hidden.\r
 582         invertColSel_actionPerformed();\r
 583         toggleCols = true;\r
 584       }\r
 585     }\r
 586 \r
 587     if (toggleSeqs)\r
 588     {\r
 589       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 590       {\r
 591         hide = true;\r
 592         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 593       }\r
 594       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0))\r
 595       {\r
 596         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 597       }\r
 598     }\r
 599 \r
 600     if (toggleCols)\r
 601     {\r
 602       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 603       {\r
 604         viewport.hideSelectedColumns();\r
 605         if (!toggleSeqs)\r
 606         {\r
 607           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 608         }\r
 609       }\r
 610       else if (!hide)\r
 611       {\r
 612         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 613       }\r
 614     }\r
 615   }\r
 616 \r
 617   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 618   {\r
 619   }\r
 620 \r
 621   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 622   {\r
 623   }\r
 624 \r
 625   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 626   {\r
 627     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 628     {\r
 629       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 630     }\r
 631     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 632     {\r
 633       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 634     }\r
 635     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 636     {\r
 637       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 638     }\r
 639     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 640     {\r
 641       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 642     }\r
 643     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 644     {\r
 645       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 646     }\r
 647     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 648     {\r
 649       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 650     }\r
 651     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 652     {\r
 653       seqLimits_itemStateChanged();\r
 654     }\r
 655     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 656     {\r
 657       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 658     }\r
 659     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 660     {\r
 661       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 662     }\r
 663     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 664     {\r
 665       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 666     }\r
 667     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 668     {\r
 669       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 670       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 671     }\r
 672     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 673     {\r
 674       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 675       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 676     }\r
 677     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 678     {\r
 679       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 680     }\r
 681     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 682     {\r
 683       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 684     }\r
 685     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 686     {\r
 687       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 688     }\r
 689     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 690     {\r
 691       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 692     }\r
 693     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 694     {\r
 695       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 696     }\r
 697     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 698     {\r
 699       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 700     }\r
 701     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 702     {\r
 703       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 704     }\r
 705     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 706     {\r
 707       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 708     }\r
 709     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 710     {\r
 711       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 712     }\r
 713     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 714     {\r
 715       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 716     }\r
 717     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 718     {\r
 719       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 720     }\r
 721     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 722     {\r
 723       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 724     }\r
 725     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 726   }\r
 727 \r
 728   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 729   {\r
 730     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 731     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 732     // searchresults.\r
 733   }\r
 734 \r
 735   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 736   {\r
 737     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 738     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 739   }\r
 740 \r
 741   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 742   {\r
 743     Object source = evt.getSource();\r
 744 \r
 745     if (source == inputText)\r
 746     {\r
 747       inputText_actionPerformed();\r
 748     }\r
 749     else if (source == loadTree)\r
 750     {\r
 751       loadTree_actionPerformed();\r
 752     }\r
 753     else if (source == loadApplication)\r
 754     {\r
 755       launchFullApplication();\r
 756     }\r
 757     else if (source == loadAnnotations)\r
 758     {\r
 759       loadAnnotations();\r
 760     }\r
 761     else if (source == outputAnnotations)\r
 762     {\r
 763       outputAnnotations(true);\r
 764     }\r
 765     else if (source == outputFeatures)\r
 766     {\r
 767       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 768     }\r
 769     else if (source == closeMenuItem)\r
 770     {\r
 771       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 772     }\r
 773     else if (source == copy)\r
 774     {\r
 775       copy_actionPerformed();\r
 776     }\r
 777     else if (source == undoMenuItem)\r
 778     {\r
 779       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 780     }\r
 781     else if (source == redoMenuItem)\r
 782     {\r
 783       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 784     }\r
 785     else if (source == inputText)\r
 786     {\r
 787       inputText_actionPerformed();\r
 788     }\r
 789     else if (source == closeMenuItem)\r
 790     {\r
 791       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 792     }\r
 793     else if (source == undoMenuItem)\r
 794     {\r
 795       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 796     }\r
 797     else if (source == redoMenuItem)\r
 798     {\r
 799       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 800     }\r
 801     else if (source == copy)\r
 802     {\r
 803       copy_actionPerformed();\r
 804     }\r
 805     else if (source == pasteNew)\r
 806     {\r
 807       pasteNew_actionPerformed();\r
 808     }\r
 809     else if (source == pasteThis)\r
 810     {\r
 811       pasteThis_actionPerformed();\r
 812     }\r
 813     else if (source == cut)\r
 814     {\r
 815       cut_actionPerformed();\r
 816     }\r
 817     else if (source == delete)\r
 818     {\r
 819       delete_actionPerformed();\r
 820     }\r
 821     else if (source == grpsFromSelection)\r
 822     {\r
 823       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 824     }\r
 825     else if (source == deleteGroups)\r
 826     {\r
 827       deleteGroups_actionPerformed();\r
 828     }\r
 829     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 830     {\r
 831       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 832     }\r
 833     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 834     {\r
 835       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 836     }\r
 837     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 838     {\r
 839       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 840     }\r
 841     else if (source == invertColSel)\r
 842     {\r
 843       viewport.invertColumnSelection();\r
 844       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 845     }\r
 846     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 847     {\r
 848       trimAlignment(true);\r
 849     }\r
 850     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 851     {\r
 852       trimAlignment(false);\r
 853     }\r
 854     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 855     {\r
 856       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 857     }\r
 858     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 859     {\r
 860       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 861     }\r
 862     else if (source == findMenuItem)\r
 863     {\r
 864       findMenuItem_actionPerformed();\r
 865     }\r
 866     else if (source == font)\r
 867     {\r
 868       new FontChooser(alignPanel);\r
 869     }\r
 870     else if (source == newView)\r
 871     {\r
 872       newView(null);\r
 873     }\r
 874     else if (source == showColumns)\r
 875     {\r
 876       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 877       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 878     }\r
 879     else if (source == showSeqs)\r
 880     {\r
 881       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 882       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 883     }\r
 884     else if (source == hideColumns)\r
 885     {\r
 886       viewport.hideSelectedColumns();\r
 887       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 888     }\r
 889     else if (source == hideSequences\r
 890             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 891     {\r
 892       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 893       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 894     }\r
 895     else if (source == hideAllButSelection)\r
 896     {\r
 897       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 898       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 899     }\r
 900     else if (source == hideAllSelection)\r
 901     {\r
 902       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 903       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 904       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 905       viewport.hideSelectedColumns();\r
 906       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 907     }\r
 908     else if (source == showAllHidden)\r
 909     {\r
 910       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 911       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 912       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 913     }\r
 914     else if (source == showGroupConsensus)\r
 915     {\r
 916       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 917     }\r
 918     else if (source == showGroupConservation)\r
 919     {\r
 920       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 921     }\r
 922     else if (source == showSequenceLogo)\r
 923     {\r
 924       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 925     }\r
 926     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 927     {\r
 928       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 929     }\r
 930     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 931     {\r
 932       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 933     }\r
 934     else if (source == featureSettings)\r
 935     {\r
 936       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 937     }\r
 938     else if (source == alProperties)\r
 939     {\r
 940       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 941               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
 942       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 943       cap.setText(contents.toString());\r
 944       Frame frame = new Frame();\r
 945       frame.add(cap);\r
 946       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 947               + getTitle(), 400, 250);\r
 948     }\r
 949     else if (source == overviewMenuItem)\r
 950     {\r
 951       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 952     }\r
 953     else if (source == noColourmenuItem)\r
 954     {\r
 955       changeColour(null);\r
 956     }\r
 957     else if (source == clustalColour)\r
 958     {\r
 959       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 960       changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.getAlignment(),null));\r
 961     }\r
 962     else if (source == zappoColour)\r
 963     {\r
 964       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 965     }\r
 966     else if (source == taylorColour)\r
 967     {\r
 968       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 969     }\r
 970     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 971     {\r
 972       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 973     }\r
 974     else if (source == helixColour)\r
 975     {\r
 976       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 977     }\r
 978     else if (source == strandColour)\r
 979     {\r
 980       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 981     }\r
 982     else if (source == turnColour)\r
 983     {\r
 984       changeColour(new TurnColourScheme());\r
 985     }\r
 986     else if (source == buriedColour)\r
 987     {\r
 988       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
 989     }\r
 990     else if (source == nucleotideColour)\r
 991     {\r
 992       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
 993     }\r
 994     else if (source == purinePyrimidineColour)\r
 995     {\r
 996       changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
 997     }\r
 998     else if (source == RNAHelixColour)\r
 999     {\r
1000       new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1001     }\r
1002     else if (source == modifyPID)\r
1003     {\r
1004       modifyPID_actionPerformed();\r
1005     }\r
1006     else if (source == modifyConservation)\r
1007     {\r
1008       modifyConservation_actionPerformed();\r
1009     }\r
1010     else if (source == userDefinedColour)\r
1011     {\r
1012       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1013     }\r
1014     else if (source == PIDColour)\r
1015     {\r
1016       changeColour(new PIDColourScheme());\r
1017     }\r
1018     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
1019     {\r
1020       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1021     }\r
1022     else if (source == tcoffeeColour) {\r
1023         changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
1024     }\r
1025     else if (source == annotationColour)\r
1026     {\r
1027       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1028     }\r
1029     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
1030     {\r
1031       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
1032     }\r
1033     else if (source == sortIDMenuItem)\r
1034     {\r
1035       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
1036     }\r
1037     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
1038     {\r
1039       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
1040     }\r
1041     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
1042     {\r
1043       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
1044     }\r
1045     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
1046     {\r
1047       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
1048     }\r
1049     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
1050     {\r
1051       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
1052     }\r
1053     else if (source == PCAMenuItem)\r
1054     {\r
1055       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
1056     }\r
1057     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
1058     {\r
1059       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1060     }\r
1061     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1062     {\r
1063       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1064     }\r
1065     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1066     {\r
1067       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1068     }\r
1069     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1070     {\r
1071       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1072     }\r
1073     else if (source == documentation)\r
1074     {\r
1075       documentation_actionPerformed();\r
1076     }\r
1077     else if (source == about)\r
1078     {\r
1079       about_actionPerformed();\r
1080     }\r
1081 \r
1082   }\r
1083 \r
1084   public void inputText_actionPerformed()\r
1085   {\r
1086     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1087     Frame frame = new Frame();\r
1088     frame.add(cap);\r
1089     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1090   }\r
1091 \r
1092   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1093   {\r
1094     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1095     Frame frame = new Frame();\r
1096     frame.add(cap);\r
1097     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1098             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1099     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1100             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1101             viewport.showJVSuffix));\r
1102   }\r
1103 \r
1104   public void loadAnnotations()\r
1105   {\r
1106     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1107     cap.setText("Paste your features / annotations / T-coffee score file here.");\r
1108     cap.setAnnotationImport();\r
1109     Frame frame = new Frame();\r
1110     frame.add(cap);\r
1111     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1112 \r
1113   }\r
1114   \r
1115   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1116   {\r
1117     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1118             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1119                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.getAlignment()\r
1120                     .getGroups(),\r
1121             ((Alignment) viewport.getAlignment()).alignmentProperties);\r
1122 \r
1123     if (displayTextbox)\r
1124     {\r
1125       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1126       Frame frame = new Frame();\r
1127       frame.add(cap);\r
1128       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1129       cap.setText(annotation);\r
1130     }\r
1131 \r
1132     return annotation;\r
1133   }\r
1134 \r
1135   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1136   {\r
1137     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null && viewport.featuresDisplayed!=null)\r
1138     {\r
1139       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1140       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1141       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1142       while (en.hasMoreElements())\r
1143       {\r
1144         Object col = en.nextElement();\r
1145         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1146       }\r
1147       return fcols;\r
1148     }\r
1149     return null;\r
1150   }\r
1151 \r
1152   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1153   {\r
1154     String features;\r
1155     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1156     {\r
1157       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
1158               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1159               getDisplayedFeatureCols());\r
1160     }\r
1161     else\r
1162     {\r
1163       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
1164               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1165               getDisplayedFeatureCols());\r
1166     }\r
1167 \r
1168     if (displayTextbox)\r
1169     {\r
1170       boolean frimport=false;\r
1171       if (features==null || features.equals("No Features Visible"))\r
1172       {\r
1173         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1174         frimport=true;\r
1175       }\r
1176       \r
1177       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1178       if (frimport)\r
1179       {\r
1180         cap.setAnnotationImport();\r
1181       }\r
1182       Frame frame = new Frame();\r
1183       frame.add(cap);\r
1184       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1185       cap.setText(features);\r
1186     } else {\r
1187       if (features==null)\r
1188         features = "";\r
1189     }\r
1190 \r
1191     return features;\r
1192   }\r
1193 \r
1194   void launchFullApplication()\r
1195   {\r
1196     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1197 \r
1198     url.append("?open="\r
1199             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1200 \r
1201     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1202     {\r
1203       url.append("&features=");\r
1204       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1205     }\r
1206 \r
1207     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1208     {\r
1209       url.append("&annotations=");\r
1210       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1211     }\r
1212 \r
1213     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1214     {\r
1215       url.append("&annotations=");\r
1216       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1217     }\r
1218 \r
1219     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1220     {\r
1221       url.append("&colour="\r
1222               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1223                       .getParameter("defaultColour")));\r
1224     }\r
1225 \r
1226     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1227     {\r
1228       url.append("&colour="\r
1229               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1230                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1231     }\r
1232     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1233     {\r
1234       url.append("&tree="\r
1235               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1236     }\r
1237     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1238     {\r
1239       url.append("&tree="\r
1240               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1241     }\r
1242 \r
1243     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1244   }\r
1245 \r
1246   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1247   {\r
1248     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1249     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1250     {\r
1251       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1252       {\r
1253         sb.append("%20");\r
1254       }\r
1255       else\r
1256       {\r
1257         sb.append(colour.charAt(i));\r
1258       }\r
1259     }\r
1260 \r
1261     return sb.toString();\r
1262   }\r
1263 \r
1264   String appendProtocol(String url)\r
1265   {\r
1266     try\r
1267     {\r
1268       new URL(url);\r
1269       url = URLEncoder.encode(url);\r
1270     }\r
1271     /*\r
1272      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1273      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1274      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1275      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1276      * ex.printStackTrace(); }\r
1277      */\r
1278     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1279     {\r
1280       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1281     }\r
1282     return url;\r
1283   }\r
1284 \r
1285   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1286   {\r
1287     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1288     if (alignPanel.seqPanel!=null && alignPanel.seqPanel.seqCanvas!=null)\r
1289     {\r
1290       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1291     }\r
1292     if (alignPanel.idPanel!=null && alignPanel.idPanel.idCanvas!=null) {\r
1293       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1294     }\r
1295 \r
1296     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1297     {\r
1298       System.exit(0);\r
1299     } else {\r
1300     }\r
1301     viewport = null;\r
1302     alignPanel = null;\r
1303     this.dispose();\r
1304   }\r
1305 \r
1306   /**\r
1307    * TODO: JAL-1104\r
1308    */\r
1309   void updateEditMenuBar()\r
1310   {\r
1311 \r
1312     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1313     {\r
1314       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1315       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1316       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1317     }\r
1318     else\r
1319     {\r
1320       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1321       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1322     }\r
1323 \r
1324     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1325     {\r
1326       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1327 \r
1328       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1329       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1330     }\r
1331     else\r
1332     {\r
1333       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1334       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1335     }\r
1336   }\r
1337 \r
1338   /**\r
1339    * TODO: JAL-1104\r
1340    */\r
1341   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1342   {\r
1343     if (command.getSize() > 0)\r
1344     {\r
1345       viewport.historyList.push(command);\r
1346       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1347       updateEditMenuBar();\r
1348       viewport.updateHiddenColumns();\r
1349     }\r
1350   }\r
1351 \r
1352   /**\r
1353    * TODO: JAL-1104\r
1354    * DOCUMENT ME!\r
1355    * \r
1356    * @param e\r
1357    *          DOCUMENT ME!\r
1358    */\r
1359   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1360   {\r
1361     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1362     {\r
1363       return;\r
1364     }\r
1365 \r
1366     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1367     viewport.redoList.push(command);\r
1368     command.undoCommand(null);\r
1369 \r
1370     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1371     // JBPNote Test\r
1372     if (originalSource!=viewport) {\r
1373       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1374     }\r
1375     originalSource.updateHiddenColumns(); //    originalSource.hasHiddenColumns = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1376     updateEditMenuBar();\r
1377     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1378             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1379   }\r
1380 \r
1381   /**\r
1382    * TODO: JAL-1104\r
1383    * DOCUMENT ME!\r
1384    * \r
1385    * @param e\r
1386    *          DOCUMENT ME!\r
1387    */\r
1388   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1389   {\r
1390     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1391     {\r
1392       return;\r
1393     }\r
1394 \r
1395     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1396     viewport.historyList.push(command);\r
1397     command.doCommand(null);\r
1398 \r
1399     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1400     // JBPNote Test\r
1401     if (originalSource!=viewport) {\r
1402       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1403     }\r
1404     originalSource.updateHiddenColumns(); //sethasHiddenColumns(); = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1405 \r
1406     updateEditMenuBar();\r
1407     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1408             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1409   }\r
1410 \r
1411   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1412   {\r
1413     AlignViewport originalSource = null;\r
1414     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1415     // the property change event FROM the viewport where the\r
1416     // original alignment was altered\r
1417     AlignmentI al = null;\r
1418     if (command instanceof EditCommand)\r
1419     {\r
1420       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1421       al = editCommand.getAlignment();\r
1422       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1423               .getSequenceSetId());\r
1424       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1425       {\r
1426         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1427         {\r
1428           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1429           {\r
1430             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1431             break;\r
1432           }\r
1433         }\r
1434       }\r
1435     }\r
1436 \r
1437     if (originalSource == null)\r
1438     {\r
1439       // The original view is closed, we must validate\r
1440       // the current view against the closed view first\r
1441       if (al != null)\r
1442       {\r
1443         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1444       }\r
1445 \r
1446       originalSource = viewport;\r
1447     }\r
1448 \r
1449     return originalSource;\r
1450   }\r
1451 \r
1452   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1453   {\r
1454     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1455     if (sg == null)\r
1456     {\r
1457       return;\r
1458     }\r
1459 \r
1460     if (up)\r
1461     {\r
1462       for (int i = 1; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1463       {\r
1464         SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1465         if (!sg.getSequences(null).contains(seq))\r
1466         {\r
1467           continue;\r
1468         }\r
1469 \r
1470         SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i - 1);\r
1471         if (sg.getSequences(null).contains(temp))\r
1472         {\r
1473           continue;\r
1474         }\r
1475 \r
1476         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1477         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
1478       }\r
1479     }\r
1480     else\r
1481     {\r
1482       for (int i = viewport.getAlignment().getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
1483       {\r
1484         SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1485         if (!sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(seq))\r
1486         {\r
1487           continue;\r
1488         }\r
1489 \r
1490         SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i + 1);\r
1491         if (sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(temp))\r
1492         {\r
1493           continue;\r
1494         }\r
1495 \r
1496         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1497         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
1498       }\r
1499     }\r
1500 \r
1501     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1502   }\r
1503 \r
1504   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1505   {\r
1506     List<SequenceI>sg = new Vector<SequenceI>();\r
1507     if (viewport.cursorMode)\r
1508     {\r
1509       sg.add(viewport.getAlignment()\r
1510               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1511     }\r
1512     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1513             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.getAlignment()\r
1514                     .getHeight())\r
1515     {\r
1516       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1517               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1518     }\r
1519 \r
1520     if (sg.size() < 1)\r
1521     {\r
1522       return;\r
1523     }\r
1524 \r
1525     Vector<SequenceI> invertGroup = new Vector();\r
1526 \r
1527     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1528     {\r
1529       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1530         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1531     }\r
1532 \r
1533     SequenceI[] seqs1 = sg.toArray(new SequenceI[sg.size()]);\r
1534 \r
1535     SequenceI[] seqs2 = invertGroup.toArray(new SequenceI[invertGroup.size()]);\r
1536     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1537       seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);\r
1538 \r
1539     SlideSequencesCommand ssc;\r
1540     if (right)\r
1541       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1542               size, viewport.getGapCharacter());\r
1543     else\r
1544       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1545               size, viewport.getGapCharacter());\r
1546 \r
1547     int groupAdjustment = 0;\r
1548     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1549     {\r
1550       if (viewport.cursorMode)\r
1551         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1552       else\r
1553         groupAdjustment = size;\r
1554     }\r
1555     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1556     {\r
1557       if (viewport.cursorMode)\r
1558         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1559       else\r
1560         groupAdjustment = -size;\r
1561     }\r
1562 \r
1563     if (groupAdjustment != 0)\r
1564     {\r
1565       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1566               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1567       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1568               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1569     }\r
1570 \r
1571     boolean appendHistoryItem = false;\r
1572     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1573             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1574     {\r
1575       appendHistoryItem = ssc\r
1576               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1577                       .peek());\r
1578     }\r
1579 \r
1580     if (!appendHistoryItem)\r
1581       addHistoryItem(ssc);\r
1582 \r
1583     repaint();\r
1584   }\r
1585 \r
1586   static StringBuffer copiedSequences;\r
1587 \r
1588   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1589 \r
1590   protected void copy_actionPerformed()\r
1591   {\r
1592     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1593     {\r
1594       return;\r
1595     }\r
1596 \r
1597     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1598     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1599     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1600     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1601     {\r
1602       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1603       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1604       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1605     }\r
1606 \r
1607     int index = 0, startRes, endRes;\r
1608     char ch;\r
1609 \r
1610     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1611     {\r
1612       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1613       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1614       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1615               .size(); i++)\r
1616       {\r
1617         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1618                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1619 \r
1620         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1621         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1622       }\r
1623     }\r
1624     else\r
1625     {\r
1626       copiedHiddenColumns = null;\r
1627     }\r
1628 \r
1629     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1630     {\r
1631       SequenceI seq = null;\r
1632 \r
1633       while (seq == null)\r
1634       {\r
1635         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1636         {\r
1637           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1638           index++;\r
1639 \r
1640           break;\r
1641         }\r
1642         else\r
1643         {\r
1644           index++;\r
1645         }\r
1646       }\r
1647 \r
1648       // FIND START RES\r
1649       // Returns residue following index if gap\r
1650       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1651 \r
1652       // FIND END RES\r
1653       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1654       endRes = 0;\r
1655 \r
1656       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1657       {\r
1658         ch = seq.getCharAt(j);\r
1659         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1660         {\r
1661           endRes++;\r
1662         }\r
1663       }\r
1664 \r
1665       if (endRes > 0)\r
1666       {\r
1667         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1668       }\r
1669 \r
1670       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1671               + "\t"\r
1672               + startRes\r
1673               + "\t"\r
1674               + endRes\r
1675               + "\t"\r
1676               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1677                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1678     }\r
1679 \r
1680   }\r
1681 \r
1682   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1683   {\r
1684     paste(true);\r
1685   }\r
1686 \r
1687   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1688   {\r
1689     paste(false);\r
1690   }\r
1691 \r
1692   void paste(boolean newAlignment)\r
1693   {\r
1694     try\r
1695     {\r
1696 \r
1697       if (copiedSequences == null)\r
1698       {\r
1699         return;\r
1700       }\r
1701 \r
1702       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1703       Vector seqs = new Vector();\r
1704       while (st.hasMoreElements())\r
1705       {\r
1706         String name = st.nextToken();\r
1707         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1708         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1709         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1710       }\r
1711       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1712       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1713       {\r
1714         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1715       }\r
1716 \r
1717       if (newAlignment)\r
1718       {\r
1719         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1720         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1721         {\r
1722           newtitle = getTitle();\r
1723         }\r
1724         else\r
1725         {\r
1726           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1727         }\r
1728         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1729                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1730         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1731         {\r
1732           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1733           {\r
1734             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1735             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1736           }\r
1737         }\r
1738 \r
1739         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1740                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1741       }\r
1742       else\r
1743       {\r
1744         addSequences(newSeqs);\r
1745       }\r
1746 \r
1747     } catch (Exception ex)\r
1748     {\r
1749     } // could be anything being pasted in here\r
1750 \r
1751   }\r
1752 \r
1753   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1754   {\r
1755     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1756     {\r
1757       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
1758     }\r
1759 \r
1760     // !newAlignment\r
1761     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1762             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(), viewport.getAlignment()));\r
1763 \r
1764     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
1765     viewport.getAlignment().getWidth();\r
1766     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1767             viewport.getAlignment().getSequences());\r
1768 \r
1769   }\r
1770 \r
1771   protected void cut_actionPerformed()\r
1772   {\r
1773     copy_actionPerformed();\r
1774     delete_actionPerformed();\r
1775   }\r
1776 \r
1777   protected void delete_actionPerformed()\r
1778   {\r
1779 \r
1780     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1781     if (sg == null)\r
1782     {\r
1783       return;\r
1784     }\r
1785 \r
1786     Vector seqs = new Vector();\r
1787     SequenceI seq;\r
1788     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1789     {\r
1790       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1791       seqs.addElement(seq);\r
1792     }\r
1793 \r
1794     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1795     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
1796     {\r
1797       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1798               sg.getEndRes() + 1);\r
1799     }\r
1800 \r
1801     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1802     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1803     {\r
1804       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1805     }\r
1806 \r
1807     /*\r
1808      * //ADD HISTORY ITEM\r
1809      */\r
1810     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1811             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1812             viewport.getAlignment()));\r
1813 \r
1814     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1815     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1816 \r
1817     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1818             .getSequences());\r
1819 \r
1820     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1821     {\r
1822       this.setVisible(false);\r
1823     }\r
1824     viewport.sendSelection();\r
1825   }\r
1826 \r
1827   /**\r
1828    * group consensus toggled\r
1829    * \r
1830    */\r
1831   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1832   {\r
1833     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1834     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1835 \r
1836   }\r
1837 \r
1838   /**\r
1839    * group conservation toggled.\r
1840    */\r
1841   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1842   {\r
1843     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1844     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1845   }\r
1846 \r
1847   /*\r
1848    * (non-Javadoc)\r
1849    * \r
1850    * @see\r
1851    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1852    * .event.ActionEvent)\r
1853    */\r
1854   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1855   {\r
1856     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1857     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1858   }\r
1859   /*\r
1860    * (non-Javadoc)\r
1861    * \r
1862    * @see\r
1863    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1864    * .event.ActionEvent)\r
1865    */\r
1866   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1867   {\r
1868     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1869     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1870   }\r
1871 \r
1872   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1873   {\r
1874     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1875   }\r
1876 \r
1877   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1878   {\r
1879     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1880     {\r
1881       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1882               viewport.getSequenceSelection(),\r
1883               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1884                       viewport.getGapCharacter()),\r
1885               viewport.getAlignment().getGroups());\r
1886       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1887       viewport.sequenceColours = null;\r
1888       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1889       // set view properties for each group\r
1890       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1891       {\r
1892         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1893         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1894         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);\r
1895         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1896                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1897         col = col.brighter();\r
1898         for (SequenceI sq : gps[g].getSequences(null))\r
1899           viewport.setSequenceColour(\r
1900                 sq, col)\r
1901           ;\r
1902       }\r
1903       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1904       alignPanel.updateAnnotation();\r
1905       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1906     }\r
1907   }\r
1908 \r
1909   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1910   {\r
1911     viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1912     viewport.sequenceColours = null;\r
1913     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1914 \r
1915     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1916   }\r
1917 \r
1918   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1919   {\r
1920     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1921     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1922     {\r
1923       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1924     }\r
1925     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
1926     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1927     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1928     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1929     viewport.sendSelection();\r
1930   }\r
1931 \r
1932   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1933   {\r
1934     if (viewport.cursorMode)\r
1935     {\r
1936       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1937       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1938     }\r
1939     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1940     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1941     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1942     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1943     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1944     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1945     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1946     viewport.sendSelection();\r
1947   }\r
1948 \r
1949   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1950   {\r
1951     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1952     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1953     {\r
1954       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1955     }\r
1956 \r
1957     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1958     viewport.sendSelection();\r
1959   }\r
1960 \r
1961   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1962   {\r
1963     viewport.invertColumnSelection();\r
1964     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1965     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1966     viewport.sendSelection();\r
1967   }\r
1968 \r
1969   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1970   {\r
1971     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1972     int column;\r
1973 \r
1974     if (colSel.size() > 0)\r
1975     {\r
1976       if (trimLeft)\r
1977       {\r
1978         column = colSel.getMin();\r
1979       }\r
1980       else\r
1981       {\r
1982         column = colSel.getMax();\r
1983       }\r
1984 \r
1985       SequenceI[] seqs;\r
1986       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1987       {\r
1988         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1989                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
1990       }\r
1991       else\r
1992       {\r
1993         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
1994       }\r
1995 \r
1996       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1997       if (trimLeft)\r
1998       {\r
1999         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
2000                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
2001                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2002                 viewport.getSelectionGroup());\r
2003         viewport.setStartRes(0);\r
2004       }\r
2005       else\r
2006       {\r
2007         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
2008                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
2009                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2010                 viewport.getSelectionGroup());\r
2011       }\r
2012 \r
2013       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
2014 \r
2015       addHistoryItem(trimRegion);\r
2016 \r
2017 \r
2018 \r
2019       for (SequenceGroup sg:viewport.getAlignment().getGroups())\r
2020       {\r
2021         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
2022                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
2023         {\r
2024           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
2025         }\r
2026       }\r
2027 \r
2028       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
2029               .getAlignment().getSequences());\r
2030     }\r
2031   }\r
2032 \r
2033   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
2034   {\r
2035     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2036 \r
2037     SequenceI[] seqs;\r
2038     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2039     {\r
2040       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2041               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2042       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2043       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2044     }\r
2045     else\r
2046     {\r
2047       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2048     }\r
2049 \r
2050     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2051             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.getAlignment());\r
2052 \r
2053     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2054 \r
2055     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
2056             + " empty columns.");\r
2057 \r
2058     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2059     // of first sequence\r
2060     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2061     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2062     // ShiftList shifts;\r
2063     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2064     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2065     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2066     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2067     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2068     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2069             .getSequences());\r
2070 \r
2071   }\r
2072 \r
2073   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2074   {\r
2075     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2076 \r
2077     SequenceI[] seqs;\r
2078     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2079     {\r
2080       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2081               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2082       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2083       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2084     }\r
2085     else\r
2086     {\r
2087       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2088     }\r
2089 \r
2090     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2091     // of first sequence\r
2092     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2093     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2094 \r
2095     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2096             viewport.getAlignment()));\r
2097 \r
2098     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2099 \r
2100     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2101             .getSequences());\r
2102 \r
2103   }\r
2104 \r
2105   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2106   {\r
2107     new Finder(alignPanel);\r
2108   }\r
2109 \r
2110   /**\r
2111    * create a new view derived from the current view\r
2112    * \r
2113    * @param viewtitle\r
2114    * @return frame for the new view\r
2115    */\r
2116   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2117   {\r
2118     AlignmentI newal;\r
2119     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2120     {\r
2121       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2122               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2123     }\r
2124     else\r
2125     {\r
2126       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2127     }\r
2128 \r
2129     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2130     {\r
2131       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2132       {\r
2133         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2134         {\r
2135           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2136         }\r
2137       }\r
2138     }\r
2139 \r
2140     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2141 \r
2142     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2143     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2144     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2145             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2146 \r
2147     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2148             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2149     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2150             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2151 \r
2152     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2153             .getSequenceSetId());\r
2154     int viewSize = -1;\r
2155     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2156     {\r
2157       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2158       {\r
2159         viewSize++;\r
2160       }\r
2161     }\r
2162 \r
2163     String title = new String(this.getTitle());\r
2164     if (viewtitle != null)\r
2165     {\r
2166       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2167     }\r
2168     else\r
2169     {\r
2170       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2171       {\r
2172         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2173       }\r
2174       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2175     }\r
2176 \r
2177     newaf.setTitle(title.toString());\r
2178 \r
2179     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2180     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2181     return newaf;\r
2182   }\r
2183 \r
2184   /**\r
2185    * \r
2186    * @return list of feature groups on the view\r
2187    */\r
2188   public String[] getFeatureGroups()\r
2189   {\r
2190     FeatureRenderer fr = null;\r
2191     if (alignPanel != null\r
2192             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2193     {\r
2194       return fr.getGroups();\r
2195     }\r
2196     return null;\r
2197   }\r
2198 \r
2199   /**\r
2200    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2201    * \r
2202    * @param visible\r
2203    *          true is visible\r
2204    * @return list\r
2205    */\r
2206   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2207   {\r
2208     FeatureRenderer fr = null;\r
2209     if (alignPanel != null\r
2210             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2211     {\r
2212       return fr.getGroups(visible);\r
2213     }\r
2214     return null;\r
2215   }\r
2216 \r
2217   /**\r
2218    * Change the display state for the given feature groups\r
2219    * \r
2220    * @param groups\r
2221    *          list of group strings\r
2222    * @param state\r
2223    *          visible or invisible\r
2224    */\r
2225   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2226   {\r
2227     FeatureRenderer fr = null;\r
2228     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2229     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2230     if (alignPanel != null\r
2231             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2232     {\r
2233       fr.setGroupState(groups, state);\r
2234       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2235       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2236       {\r
2237         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2238       }\r
2239     }\r
2240   }\r
2241 \r
2242   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2243   {\r
2244     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2245     alignPanel.fontChanged();\r
2246     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2247   }\r
2248 \r
2249   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2250   {\r
2251     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2252     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2253   }\r
2254 \r
2255   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2256   {\r
2257     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2258     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2259   }\r
2260 \r
2261   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2262   {\r
2263     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2264     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2265     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2266     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2267     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2268     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2269   }\r
2270 \r
2271   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2272   {\r
2273     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2274     {\r
2275       return;\r
2276     }\r
2277 \r
2278     Frame frame = new Frame();\r
2279     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2280     frame.add(overview);\r
2281     // +50 must allow for applet frame window\r
2282     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2283             overview.getPreferredSize().width,\r
2284             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2285 \r
2286     frame.pack();\r
2287     final AlignmentPanel ap=alignPanel;\r
2288     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2289     {\r
2290       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2291       {\r
2292         if (ap!=null) {\r
2293           ap.setOverviewPanel(null);\r
2294         }\r
2295       };\r
2296     });\r
2297 \r
2298     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2299 \r
2300   }\r
2301 \r
2302   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2303   {\r
2304     int threshold = 0;\r
2305 \r
2306     if (cs != null)\r
2307     {\r
2308       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2309       {\r
2310         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2311                 "Background");\r
2312 \r
2313         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2314 \r
2315         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2316       }\r
2317       else\r
2318       {\r
2319         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2320       }\r
2321 \r
2322       if (viewport.getConservationSelected())\r
2323       {\r
2324 \r
2325         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
2326         Conservation c = new Conservation("All",\r
2327                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2328                 al.getWidth() - 1);\r
2329 \r
2330         c.calculate();\r
2331         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2332 \r
2333         cs.setConservation(c);\r
2334 \r
2335         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2336                 cs, "Background"));\r
2337 \r
2338       }\r
2339       else\r
2340       {\r
2341         cs.setConservation(null);\r
2342       }\r
2343 \r
2344       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
2345 \r
2346     }             \r
2347     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2348 \r
2349     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
2350     {\r
2351       Vector groups = viewport.getAlignment().getGroups();\r
2352       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
2353       {\r
2354         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
2355 \r
2356         if (cs == null)\r
2357         {\r
2358           sg.cs = null;\r
2359           continue;\r
2360         }\r
2361         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
2362         {\r
2363           sg.cs = new ClustalxColourScheme(\r
2364                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()),\r
2365                   sg.getWidth());\r
2366         }\r
2367         else\r
2368         {\r
2369           try\r
2370           {\r
2371             sg.cs = cs.getClass().newInstance();\r
2372           } catch (Exception ex)\r
2373           {\r
2374             ex.printStackTrace();\r
2375             sg.cs = cs;\r
2376           }\r
2377         }\r
2378 \r
2379         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2380                 || cs instanceof PIDColourScheme\r
2381                 || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
2382         {\r
2383           sg.cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2384           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
2385                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()), 0,\r
2386                   sg.getWidth()));\r
2387         }\r
2388         else\r
2389         {\r
2390           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2391         }\r
2392 \r
2393         if (viewport.getConservationSelected())\r
2394         {\r
2395           Conservation c = new Conservation("Group",\r
2396                   ResidueProperties.propHash, 3,\r
2397                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()), 0,\r
2398                   viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
2399           c.calculate();\r
2400           c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2401           sg.cs.setConservation(c);\r
2402         }\r
2403         else\r
2404         {\r
2405           sg.cs.setConservation(null);\r
2406           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2407         }\r
2408 \r
2409       }\r
2410     }\r
2411 \r
2412     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2413     {\r
2414       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2415     }\r
2416 \r
2417     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2418             .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
2419                     alignPanel);\r
2420 \r
2421     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2422   }\r
2423 \r
2424   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2425   {\r
2426     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2427             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2428     {\r
2429       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2430               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2431       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2432     }\r
2433   }\r
2434 \r
2435   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2436   {\r
2437     if (viewport.getConservationSelected()\r
2438             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2439     {\r
2440       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2441               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2442       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2443     }\r
2444   }\r
2445 \r
2446   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2447   {\r
2448     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2449 \r
2450     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2451     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2452 \r
2453     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2454 \r
2455     modifyConservation_actionPerformed();\r
2456   }\r
2457 \r
2458   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2459   {\r
2460     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2461 \r
2462     conservationMenuItem.setState(false);\r
2463     viewport.setConservationSelected(false);\r
2464 \r
2465     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2466 \r
2467     modifyPID_actionPerformed();\r
2468   }\r
2469 \r
2470   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2471   {\r
2472     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2473     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2474             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2475 \r
2476     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2477             viewport.getAlignment()));\r
2478     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2479   }\r
2480 \r
2481   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2482   {\r
2483     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2484     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2485     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2486     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2487   }\r
2488 \r
2489   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2490   {\r
2491     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2492     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2493     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2494             viewport.getAlignment()));\r
2495     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2496   }\r
2497 \r
2498   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2499   {\r
2500     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2501     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2502     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2503             viewport.getAlignment()));\r
2504     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2505 \r
2506   }\r
2507 \r
2508   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2509   {\r
2510     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2511   }\r
2512 \r
2513   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2514   {\r
2515     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2516             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2517     {\r
2518       Frame frame = new Frame();\r
2519       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2520       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2521               500);\r
2522     }\r
2523   }\r
2524 \r
2525   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2526   {\r
2527     // are the sequences aligned?\r
2528     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2529     {\r
2530       SequenceI current;\r
2531       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2532 \r
2533       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2534       {\r
2535         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2536 \r
2537         if (current.getLength() < Width)\r
2538         {\r
2539           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2540         }\r
2541       }\r
2542       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2543     }\r
2544 \r
2545     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2546             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2547             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2548             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2549     {\r
2550       return;\r
2551     }\r
2552 \r
2553     try\r
2554     {\r
2555       new PCAPanel(viewport);\r
2556     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2557     {\r
2558     }\r
2559 \r
2560   }\r
2561 \r
2562   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2563   {\r
2564     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2565   }\r
2566 \r
2567   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2568   {\r
2569     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2570   }\r
2571 \r
2572   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2573   {\r
2574     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2575   }\r
2576 \r
2577   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2578   {\r
2579     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2580   }\r
2581 \r
2582   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2583   {\r
2584     // are the sequences aligned?\r
2585     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2586     {\r
2587       SequenceI current;\r
2588       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2589 \r
2590       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2591       {\r
2592         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2593 \r
2594         if (current.getLength() < Width)\r
2595         {\r
2596           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2597         }\r
2598       }\r
2599       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2600 \r
2601     }\r
2602 \r
2603     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2604             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2605             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.getAlignment()\r
2606                     .getHeight() > 1))\r
2607     {\r
2608       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2609 \r
2610       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2611 \r
2612       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2613     }\r
2614   }\r
2615 \r
2616   void loadTree_actionPerformed()\r
2617   {\r
2618     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2619     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2620     cap.setTreeImport();\r
2621     Frame frame = new Frame();\r
2622     frame.add(cap);\r
2623     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2624   }\r
2625 \r
2626   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2627   {\r
2628     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2629     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2630     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2631   }\r
2632 \r
2633   /**\r
2634    * sort the alignment using the given treePanel\r
2635    * \r
2636    * @param treePanel\r
2637    *          tree used to sort view\r
2638    * @param title\r
2639    *          string used for undo event name\r
2640    */\r
2641   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2642   {\r
2643     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2644     AlignmentSorter\r
2645             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2646     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2647     // HistoryItem.SORT));\r
2648     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2649             viewport.getAlignment()));\r
2650     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2651   }\r
2652 \r
2653   /**\r
2654    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2655    * the menu structure for the new tree\r
2656    * \r
2657    * @param treePanel\r
2658    * @param title\r
2659    */\r
2660   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2661           final String title)\r
2662   {\r
2663     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2664     sortByTreeMenu.add(item);\r
2665     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2666     {\r
2667       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2668       {\r
2669         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2670       }\r
2671     });\r
2672     \r
2673     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2674     {\r
2675       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2676       {\r
2677         if (viewport.sortByTree)\r
2678         {\r
2679           sortByTree(treePanel, title);\r
2680         }\r
2681         super.windowOpened(e);\r
2682       }\r
2683 \r
2684       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2685       {\r
2686         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2687       };\r
2688     });\r
2689   }\r
2690   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2691   {\r
2692     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
2693     .getSequencesArray();\r
2694     if (viewport.applet.debug)\r
2695     {\r
2696       System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
2697     }\r
2698     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2699     if (undoname!=null)\r
2700     {\r
2701       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2702     }\r
2703     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2704     return true;\r
2705   }\r
2706 \r
2707   protected void documentation_actionPerformed()\r
2708   {\r
2709     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2710   }\r
2711 \r
2712   protected void about_actionPerformed()\r
2713   {\r
2714 \r
2715     class AboutPanel extends Canvas\r
2716     {\r
2717       String version;\r
2718 \r
2719       String builddate;\r
2720 \r
2721       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2722       {\r
2723         this.version = version;\r
2724         this.builddate = builddate;\r
2725       }\r
2726 \r
2727       public void paint(Graphics g)\r
2728       {\r
2729         g.setColor(Color.white);\r
2730         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2731         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2732         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2733         int fh = fm.getHeight();\r
2734         int y = 5, x = 7;\r
2735         g.setColor(Color.black);\r
2736         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2737         // lite and application\r
2738         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2739         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2740         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2741         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2742         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2743         g.drawString(\r
2744                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",\r
2745                 x, y += fh * 1.5);\r
2746         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);\r
2747         g.drawString(\r
2748                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2749                 x, y += fh);\r
2750         g.drawString(\r
2751                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2752                 x, y += fh);\r
2753         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2754         g.drawString(\r
2755                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2756                 x, y += fh);\r
2757         g.drawString(\r
2758                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2759                 x, y += fh);\r
2760         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2761                 x, y += fh);\r
2762       }\r
2763     }\r
2764 \r
2765     Frame frame = new Frame();\r
2766     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2767             .getBuildDate()));\r
2768     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2769 \r
2770   }\r
2771 \r
2772   public void showURL(String url, String target)\r
2773   {\r
2774     if (viewport.applet == null)\r
2775     {\r
2776       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2777     }\r
2778     else\r
2779     {\r
2780       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2781     }\r
2782   }\r
2783 \r
2784   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2785   // JBuilder Graphics here\r
2786 \r
2787   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2788 \r
2789   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2790 \r
2791   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2792 \r
2793   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2794 \r
2795   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2796   \r
2797   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2798 \r
2799   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2800 \r
2801   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2802 \r
2803   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2804 \r
2805   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2806 \r
2807   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2808 \r
2809   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2810 \r
2811   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2812 \r
2813   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2814 \r
2815   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2816 \r
2817   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2818 \r
2819   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2820 \r
2821   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2822 \r
2823   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2824 \r
2825   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2826 \r
2827   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2828 \r
2829   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2830 \r
2831   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2832 \r
2833   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2834 \r
2835   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2836 \r
2837   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2838 \r
2839   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2840 \r
2841   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2842 \r
2843   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2844 \r
2845   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2846 \r
2847   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2848 \r
2849   public Label statusBar = new Label();\r
2850 \r
2851   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2852 \r
2853   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2854 \r
2855   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2856 \r
2857   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2858 \r
2859   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2860 \r
2861   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2862 \r
2863   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2864 \r
2865   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2866 \r
2867   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2868 \r
2869   MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();\r
2870   MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();\r
2871   \r
2872   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2873 \r
2874   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2875 \r
2876   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2877   \r
2878   MenuItem tcoffeeColour = new MenuItem();\r
2879 \r
2880   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2881 \r
2882   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2883 \r
2884   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2885 \r
2886   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2887 \r
2888   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2889 \r
2890   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2891 \r
2892   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2893 \r
2894   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2895 \r
2896   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2897 \r
2898   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2899 \r
2900   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2901 \r
2902   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2903 \r
2904   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2905 \r
2906   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2907 \r
2908   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2909 \r
2910   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2911 \r
2912   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2913 \r
2914   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2915 \r
2916   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2917 \r
2918   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2919 \r
2920   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2921 \r
2922   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2923 \r
2924   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2925 \r
2926   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2927 \r
2928   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2929 \r
2930   MenuItem font = new MenuItem();\r
2931 \r
2932   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2933 \r
2934   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2935 \r
2936   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2937 \r
2938   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2939 \r
2940   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2941 \r
2942   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2943           "Autocalculate Consensus", true);\r
2944 \r
2945   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2946           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2947 \r
2948   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2949 \r
2950   Menu sort = new Menu();\r
2951 \r
2952   Menu calculate = new Menu();\r
2953 \r
2954   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2955 \r
2956   Menu helpMenu = new Menu();\r
2957 \r
2958   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2959 \r
2960   MenuItem about = new MenuItem();\r
2961 \r
2962   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2963 \r
2964   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2965   \r
2966   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2967   Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
2968   CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
2969   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2970   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2971   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2972   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2973 \r
2974   private void jbInit() throws Exception\r
2975   {\r
2976 \r
2977     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2978 \r
2979     MenuItem item;\r
2980 \r
2981     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2982     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2983     {\r
2984 \r
2985       item = new MenuItem(\r
2986               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2987 \r
2988       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2989       {\r
2990         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2991         {\r
2992           outputText_actionPerformed(e);\r
2993         }\r
2994       });\r
2995 \r
2996       outputTextboxMenu.add(item);\r
2997     }\r
2998     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2999     loadApplication.addActionListener(this);\r
3000 \r
3001     loadTree.addActionListener(this);\r
3002     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
3003     outputFeatures.addActionListener(this);\r
3004     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
3005     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
3006     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
3007     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
3008     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
3009     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
3010     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
3011     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
3012     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
3013     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
3014     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
3015     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
3016     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
3017     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
3018     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
3019     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
3020     viewTextMenuItem.setState(true);\r
3021     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3022     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
3023     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
3024     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
3025     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
3026     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
3027     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
3028     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
3029     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
3030     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
3031     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
3032     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
3033     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
3034     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
3035     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
3036     averageDistanceTreeMenuItem\r
3037             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
3038     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3039     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
3040     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3041     statusBar.setBackground(Color.white);\r
3042     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
3043     statusBar.setText("Status bar");\r
3044     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
3045     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
3046 \r
3047     clustalColour.addActionListener(this);\r
3048     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
3049     zappoColour.addActionListener(this);\r
3050     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
3051     taylorColour.addActionListener(this);\r
3052     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
3053     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
3054     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
3055     helixColour.addActionListener(this);\r
3056     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
3057     strandColour.addActionListener(this);\r
3058     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
3059     turnColour.addActionListener(this);\r
3060     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
3061     buriedColour.addActionListener(this);\r
3062     purinePyrimidineColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
3063     purinePyrimidineColour.addActionListener(this);\r
3064     RNAHelixColour.setLabel("by RNA Helices");\r
3065     RNAHelixColour.addActionListener(this);\r
3066     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
3067     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
3068     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
3069     PIDColour.addActionListener(this);\r
3070     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
3071     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
3072     tcoffeeColour.setLabel("T-Coffee Scores");\r
3073     tcoffeeColour.setEnabled(false);    // it will enabled only if a score file is provided\r
3074     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
3075     avDistanceTreeBlosumMenuItem .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
3076     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3077     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
3078     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3079     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
3080     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
3081     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
3082     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3083     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
3084     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
3085     alProperties.addActionListener(this);\r
3086     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
3087     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
3088     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
3089     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
3090     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
3091     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
3092     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
3093     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
3094     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
3095     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
3096     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
3097     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
3098     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
3099     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
3100     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
3101     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3102     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3103     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3104     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3105     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3106     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3107     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3108     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3109     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3110     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3111     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3112     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3113     copy.setLabel("Copy");\r
3114     copy.addActionListener(this);\r
3115     cut.setLabel("Cut");\r
3116     cut.addActionListener(this);\r
3117     delete.setLabel("Delete");\r
3118     delete.addActionListener(this);\r
3119     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3120     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3121     pasteNew.addActionListener(this);\r
3122     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3123     pasteThis.addActionListener(this);\r
3124     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3125     applyToAllGroups.setState(true);\r
3126     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3127     font.setLabel("Font...");\r
3128     font.addActionListener(this);\r
3129     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3130     scaleAbove.setState(true);\r
3131     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3132     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3133     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3134     scaleLeft.setState(true);\r
3135     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3136     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3137     scaleRight.setEnabled(false);\r
3138     scaleRight.setState(true);\r
3139     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3140     scaleRight.addItemListener(this);\r
3141     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3142     modifyPID.addActionListener(this);\r
3143     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3144     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3145     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3146     sort.setLabel("Sort");\r
3147     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3148     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3149     sortByTree.addItemListener(this);\r
3150     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3151     inputText.addActionListener(this);\r
3152     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3153     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3154     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3155     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3156     helpMenu.setLabel("Help");\r
3157     documentation.setLabel("Documentation");\r
3158     documentation.addActionListener(this);\r
3159 \r
3160     about.setLabel("About...");\r
3161     about.addActionListener(this);\r
3162     seqLimits.setState(true);\r
3163     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3164     seqLimits.addItemListener(this);\r
3165     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3166     featureSettings.addActionListener(this);\r
3167     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3168     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3169     sequenceFeatures.setState(false);\r
3170     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3171     annotationColour.addActionListener(this);\r
3172     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3173     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3174     menu1.setLabel("Show");\r
3175     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3176     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3177     menu2.setLabel("Hide");\r
3178     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3179     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3180     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3181     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3182     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3183     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3184     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3185     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3186     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3187     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3188     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3189     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3190     \r
3191     invertColSel.addActionListener(this);\r
3192     showColumns.addActionListener(this);\r
3193     showSeqs.addActionListener(this);\r
3194     hideColumns.addActionListener(this);\r
3195     hideSequences.addActionListener(this);\r
3196     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3197     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3198     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3199     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3200     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3201     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3202     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3203     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3204     formatMenu.setLabel("Format");\r
3205     selectMenu.setLabel("Select");\r
3206     newView.setLabel("New View");\r
3207     newView.addActionListener(this);\r
3208     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3209     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3210     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3211     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3212     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3213     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3214     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3215     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3216 \r
3217     fileMenu.add(inputText);\r
3218     fileMenu.add(loadTree);\r
3219     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3220     \r
3221     fileMenu.addSeparator();\r
3222     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3223     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3224     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3225 \r
3226     if (jalviewServletURL != null)\r
3227     {\r
3228       fileMenu.add(loadApplication);\r
3229     }\r
3230 \r
3231     fileMenu.addSeparator();\r
3232     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3233 \r
3234     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3235     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3236     editMenu.add(cut);\r
3237     editMenu.add(copy);\r
3238     editMenu.add(pasteMenu);\r
3239     editMenu.add(delete);\r
3240     editMenu.addSeparator();\r
3241     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3242     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3243     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3244     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3245     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3246     viewMenu.add(newView);\r
3247     viewMenu.addSeparator();\r
3248     viewMenu.add(menu1);\r
3249     viewMenu.add(menu2);\r
3250     viewMenu.addSeparator();\r
3251     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3252     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3253     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3254     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3255     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3256     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3257     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3258     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3259     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3260     viewMenu.addSeparator();\r
3261     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3262     viewMenu.add(featureSettings);\r
3263     viewMenu.addSeparator();\r
3264     viewMenu.add(alProperties);\r
3265     viewMenu.addSeparator();\r
3266     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3267     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3268     colourMenu.addSeparator();\r
3269     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3270     colourMenu.add(clustalColour);\r
3271     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3272     colourMenu.add(PIDColour);\r
3273     colourMenu.add(zappoColour);\r
3274     colourMenu.add(taylorColour);\r
3275     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3276     colourMenu.add(helixColour);\r
3277     colourMenu.add(strandColour);\r
3278     colourMenu.add(turnColour);\r
3279     colourMenu.add(buriedColour);\r
3280     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3281     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);\r
3282     colourMenu.add(tcoffeeColour);\r
3283     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3284     colourMenu.addSeparator();\r
3285     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3286     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3287     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3288     colourMenu.add(modifyPID);\r
3289     colourMenu.add(annotationColour);\r
3290     colourMenu.add(RNAHelixColour);\r
3291     calculateMenu.add(sort);\r
3292     calculateMenu.add(calculate);\r
3293     calculateMenu.addSeparator();\r
3294     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3295     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3296     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3297     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3298     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3299     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3300     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3301     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3302     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3303     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3304     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3305     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3306     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3307     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3308     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3309     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3310     helpMenu.add(documentation);\r
3311     helpMenu.add(about);\r
3312     menu1.add(showColumns);\r
3313     menu1.add(showSeqs);\r
3314     menu1.add(showAllHidden);\r
3315     menu2.add(hideColumns);\r
3316     menu2.add(hideSequences);\r
3317     menu2.add(hideAllSelection);\r
3318     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3319     formatMenu.add(font);\r
3320     formatMenu.add(seqLimits);\r
3321     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3322     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3323     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3324     formatMenu.add(scaleRight);\r
3325     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3326     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3327     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3328     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3329     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3330     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3331     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3332     selectMenu.addSeparator();\r
3333     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3334     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3335     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3336     selectMenu.add(invertColSel);\r
3337     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3338     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3339 \r
3340   }\r
3341 \r
3342   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3343 \r
3344   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3345 \r
3346   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3347 \r
3348   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3349 \r
3350   Menu menu1 = new Menu();\r
3351 \r
3352   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3353 \r
3354   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3355 \r
3356   Menu menu2 = new Menu();\r
3357 \r
3358   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3359 \r
3360   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3361 \r
3362   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3363 \r
3364   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3365 \r
3366   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3367 \r
3368   Menu formatMenu = new Menu();\r
3369 \r
3370   Menu selectMenu = new Menu();\r
3371 \r
3372   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3373 \r
3374   /**\r
3375    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3376    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3377    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3378    * \r
3379    * @param reallyEmbedded\r
3380    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3381    *          in a new window\r
3382    */\r
3383   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3384   {\r
3385     if (reallyEmbedded)\r
3386     {\r
3387       // ////\r
3388       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3389       //\r
3390       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3391       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3392       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3393       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3394               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3395       // and actually add the components to the applet area\r
3396       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3397       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3398       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3399       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3400               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3401                       - statusBar.HEIGHT);\r
3402       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3403       final AlignFrame me = this;\r
3404       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3405       {\r
3406         \r
3407         @Override\r
3408         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3409         {\r
3410           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
3411                   me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3412         }}\r
3413         \r
3414         @Override\r
3415         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3416         {\r
3417           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3418         }\r
3419       });\r
3420       viewport.applet.validate();\r
3421     }\r
3422     else\r
3423     {\r
3424       // //////\r
3425       // test and embed menu bar if necessary.\r
3426       //\r
3427       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3428       {\r
3429         // adjust for status bar height too\r
3430         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3431                 - statusBar.HEIGHT);\r
3432       }\r
3433       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3434       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3435       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3436       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3437               DEFAULT_HEIGHT);\r
3438     }\r
3439   }\r
3440 \r
3441   /**\r
3442    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3443    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3444    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3445    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3446    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3447    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3448    * \r
3449    * @param viewer\r
3450    *          JmolViewer instance\r
3451    * @param sequenceIds\r
3452    *          - sequence Ids to search for associations\r
3453    */\r
3454   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3455           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3456   {\r
3457     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3458     try\r
3459     {\r
3460       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3461     } catch (ClassCastException ex)\r
3462     {\r
3463       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3464               + jmolviewer.getClass());\r
3465     }\r
3466     if (viewer == null)\r
3467     {\r
3468       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3469               + jmolviewer.getClass());\r
3470       return null;\r
3471     }\r
3472     SequenceI[] seqs = null;\r
3473     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3474     {\r
3475       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3476     }\r
3477     else\r
3478     {\r
3479       Vector sqi = new Vector();\r
3480       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3481       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3482       {\r
3483         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3484         if (sq != null)\r
3485         {\r
3486           sqi.addElement(sq);\r
3487         }\r
3488       }\r
3489       if (sqi.size() > 0)\r
3490       {\r
3491         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3492         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3493         {\r
3494           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3495         }\r
3496       }\r
3497       else\r
3498       {\r
3499         return null;\r
3500       }\r
3501     }\r
3502     ExtJmol jmv = null;\r
3503     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3504     if (jmv == null)\r
3505     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3506       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
3507     }\r
3508     return jmv;\r
3509 \r
3510   }\r
3511   /**\r
3512    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3513    * \r
3514    * @param sequenceId\r
3515    *          - sequenceId within the dataset.\r
3516    * @param pdbEntryString\r
3517    *          - the short name for the PDB file\r
3518    * @param pdbFile\r
3519    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3520    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3521    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3522    *         fails.\r
3523    */\r
3524   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3525           String pdbFile)\r
3526   {\r
3527     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3528     boolean needtoadd = false;\r
3529     if (toaddpdb != null)\r
3530     {\r
3531       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3532       PDBEntry pdbentry = null;\r
3533       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3534       {\r
3535         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3536         {\r
3537           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3538           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3539                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3540           {\r
3541             pdbentry = null;\r
3542           }\r
3543           else\r
3544           {\r
3545             continue;\r
3546           }\r
3547         }\r
3548       }\r
3549       if (pdbentry == null)\r
3550       {\r
3551         pdbentry = new PDBEntry();\r
3552         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3553         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3554         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3555       }\r
3556       // resolve data source\r
3557       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3558       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3559       if (protocol == null)\r
3560       {\r
3561         return false;\r
3562       }\r
3563       if (needtoadd)\r
3564       {\r
3565         // make a note of the access mode and add\r
3566         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3567         {\r
3568           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3569         }\r
3570         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3571         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3572       }\r
3573     }\r
3574     return true;\r
3575   }\r
3576 \r
3577   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3578   {\r
3579     if (seqs != null)\r
3580     {\r
3581       Vector sequences = new Vector();\r
3582       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3583       {\r
3584         if (seqs[i] != null)\r
3585         {\r
3586           sequences.addElement(new Object[]\r
3587           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3588         }\r
3589       }\r
3590       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3591       chains = new String[sequences.size()];\r
3592       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3593       {\r
3594         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3595 \r
3596         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3597         chains[i] = (String) oj[1];\r
3598       }\r
3599     }\r
3600     return new Object[]\r
3601     { seqs, chains };\r
3602 \r
3603   }\r
3604 \r
3605   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3606           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3607   {\r
3608     // Scrub any null sequences from the array\r
3609     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3610     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3611     chains = (String[]) sqch[1];\r
3612     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3613     {\r
3614       System.err\r
3615               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3616     }\r
3617     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3618             || protocol.equals("null"))\r
3619     {\r
3620       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3621       if (protocol == null)\r
3622       {\r
3623         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3624                 + pdb.getId());\r
3625         return;\r
3626       }\r
3627     }\r
3628     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3629     {\r
3630       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3631       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
3632         System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
3633       }\r
3634       return;\r
3635     }\r
3636     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3637     {\r
3638       // can only do alignments with Jmol\r
3639       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3640       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3641       Vector jmols = applet\r
3642               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3643       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3644       {\r
3645         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3646         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3647         {\r
3648           ajm = tajm;\r
3649           break;\r
3650         }\r
3651       }\r
3652       if (ajm != null)\r
3653       {\r
3654         System.err\r
3655                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3656         // try and add the pdb structure\r
3657         // ajm.addS\r
3658         ajm = null;\r
3659       }\r
3660     }\r
3661     // otherwise, create a new window\r
3662     if (applet.jmolAvailable)\r
3663     {\r
3664       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3665               protocol);\r
3666       applet.lastFrameX += 40;\r
3667       applet.lastFrameY += 40;\r
3668     }\r
3669     else\r
3670     {\r
3671       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3672     }\r
3673 \r
3674   }\r
3675 \r
3676   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3677           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3678   {\r
3679     // TODO Auto-generated method stub\r
3680     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3681   }\r
3682 \r
3683   /**\r
3684    * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
3685    * @param sel - sequences from this alignment \r
3686    * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
3687    */\r
3688   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3689   {\r
3690     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3691   }\r
3692 \r
3693   public void scrollTo(int row, int column)\r
3694   {\r
3695     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);    \r
3696   }\r
3697   public void scrollToRow(int row)\r
3698   {\r
3699     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);    \r
3700   }\r
3701   public void scrollToColumn(int column)\r
3702   {\r
3703     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);    \r
3704   }\r
3705   /**\r
3706    * @return the alignments unique ID.\r
3707    */\r
3708   public String getSequenceSetId() {\r
3709     return viewport.getSequenceSetId();\r
3710   }\r
3711   \r
3712   \r
3713   /**\r
3714    * Load the (T-Coffee) score file from the specified url \r
3715    * \r
3716    * @param source File/URL/T-COFFEE score file contents\r
3717    * @throws IOException \r
3718    * @return true if alignment was annotated with data from source\r
3719    */\r
3720   public boolean loadScoreFile( String source ) throws IOException {\r
3721 \r
3722     TCoffeeScoreFile file = new TCoffeeScoreFile(source, AppletFormatAdapter.checkProtocol(source));\r
3723           if( !file.isValid()) {\r
3724             // TODO: raise dialog for gui\r
3725             System.err.println("Problems parsing T-Coffee scores: "+file.getWarningMessage());\r
3726             System.err.println("Origin was:\n"+source);\r
3727             return false;\r
3728           }\r
3729           \r
3730           /*\r
3731            * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
3732            */\r
3733           AlignmentI aln; \r
3734           if( (aln=viewport.getAlignment()) != null && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file.getWidth()) ) {\r
3735             // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3736             System.err.println("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
3737                   \r
3738           }\r
3739           \r
3740            // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
3741           if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
3742           {\r
3743             alignPanel.fontChanged();\r
3744             tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
3745                   // switch to this color\r
3746                   changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
3747                   return true;\r
3748           } else {\r
3749             System.err.println("Problems resolving T-Coffee scores:");\r
3750             if (file.getWarningMessage()!=null) {\r
3751               System.err.println(file.getWarningMessage());\r
3752             }\r
3753           }\r
3754           return false;\r
3755   }\r
3756   \r
3757   \r
3758 }\r