src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  21 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  22 import jalview.analysis.Conservation;\r
  23 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.commands.CommandI;\r
  26 import jalview.commands.EditCommand;\r
  27 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  28 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  29 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  30 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  31 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  32 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  34 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  35 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  37 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  38 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;\r
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  41 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  42 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  43 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  44 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;\r
  45 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  46 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  47 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  48 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  49 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  50 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  51 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  52 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  53 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;\r
  54 import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;\r
  55 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  56 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  57 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  58 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  59 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  60 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  61 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  62 \r
  63 import java.awt.BorderLayout;\r
  64 import java.awt.Canvas;\r
  65 import java.awt.CheckboxMenuItem;\r
  66 import java.awt.Color;\r
  67 import java.awt.Font;\r
  68 import java.awt.FontMetrics;\r
  69 import java.awt.Frame;\r
  70 import java.awt.Graphics;\r
  71 import java.awt.Label;\r
  72 import java.awt.Menu;\r
  73 import java.awt.MenuBar;\r
  74 import java.awt.MenuItem;\r
  75 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  76 import java.awt.event.ActionListener;\r
  77 import java.awt.event.FocusEvent;\r
  78 import java.awt.event.FocusListener;\r
  79 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  80 import java.awt.event.ItemListener;\r
  81 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  82 import java.awt.event.KeyListener;\r
  83 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  84 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  85 import java.io.IOException;\r
  86 import java.io.InputStreamReader;\r
  87 import java.net.URL;\r
  88 import java.net.URLEncoder;\r
  89 import java.util.Enumeration;\r
  90 import java.util.Hashtable;\r
  91 import java.util.List;\r
  92 import java.util.StringTokenizer;\r
  93 import java.util.Vector;\r
  94 \r
  95 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemListener, KeyListener\r
  96 {\r
  97   public AlignmentPanel alignPanel;\r
  98 \r
  99   public AlignViewport viewport;\r
 100 \r
 101   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
 102 \r
 103   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 104 \r
 105   String jalviewServletURL;\r
 106   \r
 107 \r
 108   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet, String title, boolean embedded)\r
 109   {\r
 110     if (applet != null)\r
 111     {\r
 112       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
 113     }\r
 114 \r
 115     try\r
 116     {\r
 117       jbInit();\r
 118     } catch (Exception ex)\r
 119     {\r
 120       ex.printStackTrace();\r
 121     }\r
 122 \r
 123     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
 124     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 125 \r
 126     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
 127     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
 128 \r
 129     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
 130     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
 131     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
 132     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
 133     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
 134     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
 135     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
 136 \r
 137     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
 138 \r
 139     if (applet != null)\r
 140     {\r
 141       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
 142       if (param != null)\r
 143       {\r
 144         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
 145         {\r
 146           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 147         }\r
 148         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
 149         {\r
 150           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 151         }\r
 152         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
 153         {\r
 154           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 155         }\r
 156       }\r
 157 \r
 158       param = applet.getParameter("wrap");\r
 159       if (param != null)\r
 160       {\r
 161         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 162         {\r
 163           wrapMenuItem.setState(true);\r
 164           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 165         }\r
 166       }\r
 167       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 168       if (param != null)\r
 169       {\r
 170         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 171         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 172       }\r
 173       try\r
 174       {\r
 175         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 176         if (param != null)\r
 177         {\r
 178           int width = Integer.parseInt(param);\r
 179           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 180         }\r
 181         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 182         if (param != null)\r
 183         {\r
 184           int height = Integer.parseInt(param);\r
 185           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 186         }\r
 187       } catch (Exception ex)\r
 188       {\r
 189       }\r
 190 \r
 191     }\r
 192     if (viewport.getAlignment().isNucleotide())\r
 193     {\r
 194       viewport.updateStrucConsensus(alignPanel);\r
 195       if (viewport.getAlignment().hasRNAStructure())\r
 196       {\r
 197         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
 198       }\r
 199       else {\r
 200         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 201       }\r
 202     } else {\r
 203       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 204       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
 205     }\r
 206     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 207     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 208     // now\r
 209     this.addKeyListener(this);\r
 210     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 211     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 212     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 213     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 214     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 215     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 216     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 217     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 218 \r
 219     validate();\r
 220     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 221     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 222   }\r
 223 \r
 224   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 225   {\r
 226     return viewport;\r
 227   }\r
 228 \r
 229   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 230   {\r
 231     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 232   }\r
 233 \r
 234   /**\r
 235    * Load a features file onto the alignment\r
 236    * \r
 237    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 238    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 239    */\r
 240 \r
 241   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 242   {\r
 243     return parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 244   }\r
 245   \r
 246   /**\r
 247    * Load a features file onto the alignment\r
 248    * \r
 249    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 250    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 251    * @param autoenabledisplay when true, display features flag will be automatically enabled if features are loaded\r
 252    * @return true if data parsed as a features file\r
 253    */\r
 254   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type, boolean autoenabledisplay)\r
 255   {    \r
 256     // TODO: test if importing a features file onto an alignment which already has features with links overwrites the original links.\r
 257     \r
 258     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 259     boolean featuresFile = false;\r
 260     try\r
 261     {\r
 262       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 263               .parse(viewport.getAlignment(),\r
 264                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
 265                       featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
 266     } catch (Exception ex)\r
 267     {\r
 268       ex.printStackTrace();\r
 269     }\r
 270 \r
 271     if (featuresFile)\r
 272     {\r
 273       if (featureLinks.size() > 0)\r
 274       {\r
 275         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 276       }\r
 277       if (autoenabledisplay)\r
 278       {\r
 279         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 280         sequenceFeatures.setState(true);\r
 281       }\r
 282       if (viewport.featureSettings != null)\r
 283       {\r
 284         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 285       }\r
 286       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 287       statusBar.setText("Successfully added features to alignment.");\r
 288     }\r
 289     return featuresFile;\r
 290   }\r
 291 \r
 292   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 293   {\r
 294     if (viewport.cursorMode\r
 295             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 296                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 297                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 298             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 299       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 300 \r
 301     switch (evt.getKeyCode())\r
 302     {\r
 303     case 27: // escape key\r
 304       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 305       \r
 306       alignPanel.alabels.cancelDrag(); \r
 307       break;\r
 308     case KeyEvent.VK_X:\r
 309       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 310       {\r
 311         cut_actionPerformed();\r
 312       }\r
 313       break;\r
 314     case KeyEvent.VK_C:\r
 315       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 316       {\r
 317         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 318       }\r
 319       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 320       {\r
 321         copy_actionPerformed();\r
 322       }\r
 323       break;\r
 324     case KeyEvent.VK_V:\r
 325       if (evt.isControlDown())\r
 326       {\r
 327         paste(evt.isShiftDown());\r
 328       }\r
 329       break;\r
 330     case KeyEvent.VK_A:\r
 331       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 332       {\r
 333         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 334       }\r
 335       break;\r
 336     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 337       if (viewport.cursorMode)\r
 338       {\r
 339         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 340       }\r
 341       else\r
 342       {\r
 343         moveSelectedSequences(false);\r
 344       }\r
 345       break;\r
 346 \r
 347     case KeyEvent.VK_UP:\r
 348       if (viewport.cursorMode)\r
 349       {\r
 350         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 351       }\r
 352       else\r
 353       {\r
 354         moveSelectedSequences(true);\r
 355       }\r
 356       break;\r
 357 \r
 358     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 359       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 360         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 361       else\r
 362         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 363       break;\r
 364 \r
 365     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 366       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 367         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 368       else\r
 369         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 370       break;\r
 371 \r
 372     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 373       if (viewport.cursorMode)\r
 374       {\r
 375         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 376                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 377       }\r
 378       break;\r
 379 \r
 380     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 381     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 382       if (viewport.cursorMode)\r
 383       {\r
 384         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 385                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 386       }\r
 387       else\r
 388       {\r
 389         cut_actionPerformed();\r
 390         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 391       }\r
 392       break;\r
 393 \r
 394     case KeyEvent.VK_S:\r
 395       if (viewport.cursorMode)\r
 396       {\r
 397         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 398       }\r
 399       break;\r
 400     case KeyEvent.VK_P:\r
 401       if (viewport.cursorMode)\r
 402       {\r
 403         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 404       }\r
 405       break;\r
 406 \r
 407     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 408     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 409       if (viewport.cursorMode)\r
 410       {\r
 411         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 412       }\r
 413       break;\r
 414 \r
 415     case KeyEvent.VK_Q:\r
 416       if (viewport.cursorMode)\r
 417       {\r
 418         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 419       }\r
 420       break;\r
 421     case KeyEvent.VK_M:\r
 422       if (viewport.cursorMode)\r
 423       {\r
 424         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 425       }\r
 426       break;\r
 427 \r
 428     case KeyEvent.VK_F2:\r
 429       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 430       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 431               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 432       if (viewport.cursorMode)\r
 433       {\r
 434         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 435         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 436       }\r
 437       break;\r
 438 \r
 439     case KeyEvent.VK_F:\r
 440       if (evt.isControlDown())\r
 441       {\r
 442         findMenuItem_actionPerformed();\r
 443       }\r
 444       break;\r
 445 \r
 446     case KeyEvent.VK_H:\r
 447     {\r
 448       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 449       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 450       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 451       break;\r
 452     }\r
 453 \r
 454     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 455       if (viewport.wrapAlignment)\r
 456       {\r
 457         alignPanel.scrollUp(true);\r
 458       }\r
 459       else\r
 460       {\r
 461         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 462                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 463       }\r
 464       break;\r
 465 \r
 466     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 467       if (viewport.wrapAlignment)\r
 468       {\r
 469         alignPanel.scrollUp(false);\r
 470       }\r
 471       else\r
 472       {\r
 473         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 474                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 475       }\r
 476       break;\r
 477 \r
 478     case KeyEvent.VK_Z:\r
 479       if (evt.isControlDown())\r
 480       {\r
 481         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 482       }\r
 483       break;\r
 484 \r
 485     case KeyEvent.VK_Y:\r
 486       if (evt.isControlDown())\r
 487       {\r
 488         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 489       }\r
 490       break;\r
 491 \r
 492     case KeyEvent.VK_L:\r
 493       if (evt.isControlDown())\r
 494       {\r
 495         trimAlignment(true);\r
 496       }\r
 497       break;\r
 498 \r
 499     case KeyEvent.VK_R:\r
 500       if (evt.isControlDown())\r
 501       {\r
 502         trimAlignment(false);\r
 503       }\r
 504       break;\r
 505 \r
 506     case KeyEvent.VK_E:\r
 507       if (evt.isControlDown())\r
 508       {\r
 509         if (evt.isShiftDown())\r
 510         {\r
 511           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 512         }\r
 513         else\r
 514         {\r
 515           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 516         }\r
 517       }\r
 518       break;\r
 519     case KeyEvent.VK_I:\r
 520       if (evt.isControlDown())\r
 521       {\r
 522         if (evt.isAltDown())\r
 523         {\r
 524           invertColSel_actionPerformed();\r
 525         }\r
 526         else\r
 527         {\r
 528           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 529         }\r
 530       }\r
 531       break;\r
 532 \r
 533     case KeyEvent.VK_U:\r
 534       if (evt.isControlDown())\r
 535       {\r
 536         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 537       }\r
 538       break;\r
 539 \r
 540     case KeyEvent.VK_T:\r
 541       if (evt.isControlDown())\r
 542       {\r
 543         newView(null);\r
 544       }\r
 545       break;\r
 546 \r
 547     }\r
 548     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 549   }\r
 550 \r
 551   /**\r
 552    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 553    * \r
 554    * @param toggleSeqs\r
 555    * @param toggleCols\r
 556    */\r
 557   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 558   {\r
 559     boolean hide = false;\r
 560     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 561     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 562     {\r
 563       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 564       // invert and then hide\r
 565       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 566       if ((viewport.getColumnSelection() != null && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport.getColumnSelection()\r
 567               .getSelected().size() > 0)\r
 568               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 569                       .getEndRes()))\r
 570       {\r
 571         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 572         // that no hiding is required.\r
 573         if (sg != null)\r
 574         {\r
 575           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 576           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 577           toggleSeqs = true;\r
 578 \r
 579         }\r
 580         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 581         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 582         // selection and indicate it should be hidden.\r
 583         invertColSel_actionPerformed();\r
 584         toggleCols = true;\r
 585       }\r
 586     }\r
 587 \r
 588     if (toggleSeqs)\r
 589     {\r
 590       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 591       {\r
 592         hide = true;\r
 593         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 594       }\r
 595       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0))\r
 596       {\r
 597         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 598       }\r
 599     }\r
 600 \r
 601     if (toggleCols)\r
 602     {\r
 603       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 604       {\r
 605         viewport.hideSelectedColumns();\r
 606         if (!toggleSeqs)\r
 607         {\r
 608           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 609         }\r
 610       }\r
 611       else if (!hide)\r
 612       {\r
 613         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 614       }\r
 615     }\r
 616   }\r
 617 \r
 618   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 619   {\r
 620   }\r
 621 \r
 622   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 623   {\r
 624   }\r
 625 \r
 626   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 627   {\r
 628     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 629     {\r
 630       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 631     }\r
 632     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 633     {\r
 634       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 635     }\r
 636     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 637     {\r
 638       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 639     }\r
 640     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 641     {\r
 642       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 643     }\r
 644     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 645     {\r
 646       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 647     }\r
 648     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 649     {\r
 650       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 651     }\r
 652     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 653     {\r
 654       seqLimits_itemStateChanged();\r
 655     }\r
 656     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 657     {\r
 658       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 659     }\r
 660     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 661     {\r
 662       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 663     }\r
 664     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 665     {\r
 666       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 667     }\r
 668     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 669     {\r
 670       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 671       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 672     }\r
 673     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 674     {\r
 675       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 676       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 677     }\r
 678     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 679     {\r
 680       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 681     }\r
 682     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 683     {\r
 684       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 685     }\r
 686     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 687     {\r
 688       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 689     }\r
 690     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 691     {\r
 692       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 693     }\r
 694     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 695     {\r
 696       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 697     }\r
 698     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 699     {\r
 700       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 701     }\r
 702     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 703     {\r
 704       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 705     }\r
 706     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 707     {\r
 708       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 709     }\r
 710     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 711     {\r
 712       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 713     }\r
 714     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 715     {\r
 716       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 717     }\r
 718     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 719     {\r
 720       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 721     }\r
 722     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 723     {\r
 724       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 725     }\r
 726     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 727   }\r
 728 \r
 729   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 730   {\r
 731     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 732     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 733     // searchresults.\r
 734   }\r
 735 \r
 736   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 737   {\r
 738     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 739     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 740   }\r
 741 \r
 742   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 743   {\r
 744     Object source = evt.getSource();\r
 745 \r
 746     if (source == inputText)\r
 747     {\r
 748       inputText_actionPerformed();\r
 749     }\r
 750     else if (source == loadTree)\r
 751     {\r
 752       loadTree_actionPerformed();\r
 753     }\r
 754     else if (source == loadApplication)\r
 755     {\r
 756       launchFullApplication();\r
 757     }\r
 758     else if (source == loadAnnotations)\r
 759     {\r
 760       loadAnnotations();\r
 761     }\r
 762     else if (source == outputAnnotations)\r
 763     {\r
 764       outputAnnotations(true);\r
 765     }\r
 766     else if (source == outputFeatures)\r
 767     {\r
 768       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 769     }\r
 770     else if (source == closeMenuItem)\r
 771     {\r
 772       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 773     }\r
 774     else if (source == copy)\r
 775     {\r
 776       copy_actionPerformed();\r
 777     }\r
 778     else if (source == undoMenuItem)\r
 779     {\r
 780       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 781     }\r
 782     else if (source == redoMenuItem)\r
 783     {\r
 784       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 785     }\r
 786     else if (source == inputText)\r
 787     {\r
 788       inputText_actionPerformed();\r
 789     }\r
 790     else if (source == closeMenuItem)\r
 791     {\r
 792       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 793     }\r
 794     else if (source == undoMenuItem)\r
 795     {\r
 796       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 797     }\r
 798     else if (source == redoMenuItem)\r
 799     {\r
 800       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 801     }\r
 802     else if (source == copy)\r
 803     {\r
 804       copy_actionPerformed();\r
 805     }\r
 806     else if (source == pasteNew)\r
 807     {\r
 808       pasteNew_actionPerformed();\r
 809     }\r
 810     else if (source == pasteThis)\r
 811     {\r
 812       pasteThis_actionPerformed();\r
 813     }\r
 814     else if (source == cut)\r
 815     {\r
 816       cut_actionPerformed();\r
 817     }\r
 818     else if (source == delete)\r
 819     {\r
 820       delete_actionPerformed();\r
 821     }\r
 822     else if (source == grpsFromSelection)\r
 823     {\r
 824       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 825     }\r
 826     else if (source == deleteGroups)\r
 827     {\r
 828       deleteGroups_actionPerformed();\r
 829     }\r
 830     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 831     {\r
 832       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 833     }\r
 834     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 835     {\r
 836       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 837     }\r
 838     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 839     {\r
 840       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 841     }\r
 842     else if (source == invertColSel)\r
 843     {\r
 844       viewport.invertColumnSelection();\r
 845       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 846     }\r
 847     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 848     {\r
 849       trimAlignment(true);\r
 850     }\r
 851     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 852     {\r
 853       trimAlignment(false);\r
 854     }\r
 855     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 856     {\r
 857       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 858     }\r
 859     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 860     {\r
 861       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 862     }\r
 863     else if (source == findMenuItem)\r
 864     {\r
 865       findMenuItem_actionPerformed();\r
 866     }\r
 867     else if (source == font)\r
 868     {\r
 869       new FontChooser(alignPanel);\r
 870     }\r
 871     else if (source == newView)\r
 872     {\r
 873       newView(null);\r
 874     }\r
 875     else if (source == showColumns)\r
 876     {\r
 877       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 878       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 879     }\r
 880     else if (source == showSeqs)\r
 881     {\r
 882       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 883       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 884     }\r
 885     else if (source == hideColumns)\r
 886     {\r
 887       viewport.hideSelectedColumns();\r
 888       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 889     }\r
 890     else if (source == hideSequences\r
 891             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 892     {\r
 893       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 894       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 895     }\r
 896     else if (source == hideAllButSelection)\r
 897     {\r
 898       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 899       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 900     }\r
 901     else if (source == hideAllSelection)\r
 902     {\r
 903       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 904       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 905       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 906       viewport.hideSelectedColumns();\r
 907       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 908     }\r
 909     else if (source == showAllHidden)\r
 910     {\r
 911       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 912       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 913       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 914     }\r
 915     else if (source == showGroupConsensus)\r
 916     {\r
 917       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 918     }\r
 919     else if (source == showGroupConservation)\r
 920     {\r
 921       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 922     }\r
 923     else if (source == showSequenceLogo)\r
 924     {\r
 925       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 926     }\r
 927     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 928     {\r
 929       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 930     }\r
 931     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 932     {\r
 933       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 934     }\r
 935     else if (source == featureSettings)\r
 936     {\r
 937       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 938     }\r
 939     else if (source == alProperties)\r
 940     {\r
 941       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 942               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
 943       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 944       cap.setText(contents.toString());\r
 945       Frame frame = new Frame();\r
 946       frame.add(cap);\r
 947       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 948               + getTitle(), 400, 250);\r
 949     }\r
 950     else if (source == overviewMenuItem)\r
 951     {\r
 952       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 953     }\r
 954     else if (source == noColourmenuItem)\r
 955     {\r
 956       changeColour(null);\r
 957     }\r
 958     else if (source == clustalColour)\r
 959     {\r
 960       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 961       changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.getAlignment(),null));\r
 962     }\r
 963     else if (source == zappoColour)\r
 964     {\r
 965       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 966     }\r
 967     else if (source == taylorColour)\r
 968     {\r
 969       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 970     }\r
 971     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 972     {\r
 973       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 974     }\r
 975     else if (source == helixColour)\r
 976     {\r
 977       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 978     }\r
 979     else if (source == strandColour)\r
 980     {\r
 981       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 982     }\r
 983     else if (source == turnColour)\r
 984     {\r
 985       changeColour(new TurnColourScheme());\r
 986     }\r
 987     else if (source == buriedColour)\r
 988     {\r
 989       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
 990     }\r
 991     else if (source == nucleotideColour)\r
 992     {\r
 993       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
 994     }\r
 995     else if (source == purinePyrimidineColour)\r
 996     {\r
 997       changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
 998     }\r
 999     else if (source == RNAHelixColour)\r
1000     {\r
1001       new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1002     }\r
1003     else if (source == modifyPID)\r
1004     {\r
1005       modifyPID_actionPerformed();\r
1006     }\r
1007     else if (source == modifyConservation)\r
1008     {\r
1009       modifyConservation_actionPerformed();\r
1010     }\r
1011     else if (source == userDefinedColour)\r
1012     {\r
1013       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1014     }\r
1015     else if (source == PIDColour)\r
1016     {\r
1017       changeColour(new PIDColourScheme());\r
1018     }\r
1019     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
1020     {\r
1021       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1022     }\r
1023     else if (source == tcoffeeColour) {\r
1024         changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
1025     }\r
1026     else if (source == annotationColour)\r
1027     {\r
1028       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1029     }\r
1030     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
1031     {\r
1032       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
1033     }\r
1034     else if (source == sortIDMenuItem)\r
1035     {\r
1036       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
1037     }\r
1038     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
1039     {\r
1040       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
1041     }\r
1042     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
1043     {\r
1044       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
1045     }\r
1046     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
1047     {\r
1048       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
1049     }\r
1050     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
1051     {\r
1052       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
1053     }\r
1054     else if (source == PCAMenuItem)\r
1055     {\r
1056       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
1057     }\r
1058     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
1059     {\r
1060       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1061     }\r
1062     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1063     {\r
1064       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1065     }\r
1066     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1067     {\r
1068       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1069     }\r
1070     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1071     {\r
1072       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1073     }\r
1074     else if (source == documentation)\r
1075     {\r
1076       documentation_actionPerformed();\r
1077     }\r
1078     else if (source == about)\r
1079     {\r
1080       about_actionPerformed();\r
1081     }\r
1082 \r
1083   }\r
1084 \r
1085   public void inputText_actionPerformed()\r
1086   {\r
1087     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1088     Frame frame = new Frame();\r
1089     frame.add(cap);\r
1090     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1091   }\r
1092 \r
1093   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1094   {\r
1095     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1096     Frame frame = new Frame();\r
1097     frame.add(cap);\r
1098     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1099             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1100     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1101             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1102             viewport.showJVSuffix));\r
1103   }\r
1104 \r
1105   public void loadAnnotations()\r
1106   {\r
1107     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1108     cap.setText("Paste your features / annotations / T-coffee score file here.");\r
1109     cap.setAnnotationImport();\r
1110     Frame frame = new Frame();\r
1111     frame.add(cap);\r
1112     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1113 \r
1114   }\r
1115   \r
1116   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1117   {\r
1118     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1119             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1120                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.getAlignment()\r
1121                     .getGroups(),\r
1122             ((Alignment) viewport.getAlignment()).alignmentProperties);\r
1123 \r
1124     if (displayTextbox)\r
1125     {\r
1126       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1127       Frame frame = new Frame();\r
1128       frame.add(cap);\r
1129       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1130       cap.setText(annotation);\r
1131     }\r
1132 \r
1133     return annotation;\r
1134   }\r
1135 \r
1136   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1137   {\r
1138     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null && viewport.featuresDisplayed!=null)\r
1139     {\r
1140       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1141       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1142       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1143       while (en.hasMoreElements())\r
1144       {\r
1145         Object col = en.nextElement();\r
1146         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1147       }\r
1148       return fcols;\r
1149     }\r
1150     return null;\r
1151   }\r
1152 \r
1153   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1154   {\r
1155     String features;\r
1156     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1157     {\r
1158       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
1159               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1160               getDisplayedFeatureCols());\r
1161     }\r
1162     else\r
1163     {\r
1164       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
1165               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1166               getDisplayedFeatureCols());\r
1167     }\r
1168 \r
1169     if (displayTextbox)\r
1170     {\r
1171       boolean frimport=false;\r
1172       if (features==null || features.equals("No Features Visible"))\r
1173       {\r
1174         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1175         frimport=true;\r
1176       }\r
1177       \r
1178       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1179       if (frimport)\r
1180       {\r
1181         cap.setAnnotationImport();\r
1182       }\r
1183       Frame frame = new Frame();\r
1184       frame.add(cap);\r
1185       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1186       cap.setText(features);\r
1187     } else {\r
1188       if (features==null)\r
1189         features = "";\r
1190     }\r
1191 \r
1192     return features;\r
1193   }\r
1194 \r
1195   void launchFullApplication()\r
1196   {\r
1197     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1198 \r
1199     url.append("?open="\r
1200             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1201 \r
1202     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1203     {\r
1204       url.append("&features=");\r
1205       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1206     }\r
1207 \r
1208     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1209     {\r
1210       url.append("&annotations=");\r
1211       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1212     }\r
1213 \r
1214     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1215     {\r
1216       url.append("&annotations=");\r
1217       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1218     }\r
1219 \r
1220     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1221     {\r
1222       url.append("&colour="\r
1223               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1224                       .getParameter("defaultColour")));\r
1225     }\r
1226 \r
1227     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1228     {\r
1229       url.append("&colour="\r
1230               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1231                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1232     }\r
1233     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1234     {\r
1235       url.append("&tree="\r
1236               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1237     }\r
1238     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1239     {\r
1240       url.append("&tree="\r
1241               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1242     }\r
1243 \r
1244     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1245   }\r
1246 \r
1247   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1248   {\r
1249     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1250     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1251     {\r
1252       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1253       {\r
1254         sb.append("%20");\r
1255       }\r
1256       else\r
1257       {\r
1258         sb.append(colour.charAt(i));\r
1259       }\r
1260     }\r
1261 \r
1262     return sb.toString();\r
1263   }\r
1264 \r
1265   String appendProtocol(String url)\r
1266   {\r
1267     try\r
1268     {\r
1269       new URL(url);\r
1270       url = URLEncoder.encode(url);\r
1271     }\r
1272     /*\r
1273      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1274      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1275      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1276      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1277      * ex.printStackTrace(); }\r
1278      */\r
1279     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1280     {\r
1281       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1282     }\r
1283     return url;\r
1284   }\r
1285 \r
1286   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1287   {\r
1288     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1289     if (alignPanel.seqPanel!=null && alignPanel.seqPanel.seqCanvas!=null)\r
1290     {\r
1291       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1292     }\r
1293     if (alignPanel.idPanel!=null && alignPanel.idPanel.idCanvas!=null) {\r
1294       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1295     }\r
1296 \r
1297     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1298     {\r
1299       System.exit(0);\r
1300     } else {\r
1301     }\r
1302     viewport = null;\r
1303     alignPanel = null;\r
1304     this.dispose();\r
1305   }\r
1306 \r
1307   /**\r
1308    * TODO: JAL-1104\r
1309    */\r
1310   void updateEditMenuBar()\r
1311   {\r
1312 \r
1313     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1314     {\r
1315       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1316       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1317       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1318     }\r
1319     else\r
1320     {\r
1321       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1322       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1323     }\r
1324 \r
1325     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1326     {\r
1327       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1328 \r
1329       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1330       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1331     }\r
1332     else\r
1333     {\r
1334       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1335       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1336     }\r
1337   }\r
1338 \r
1339   /**\r
1340    * TODO: JAL-1104\r
1341    */\r
1342   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1343   {\r
1344     if (command.getSize() > 0)\r
1345     {\r
1346       viewport.historyList.push(command);\r
1347       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1348       updateEditMenuBar();\r
1349       viewport.updateHiddenColumns();\r
1350     }\r
1351   }\r
1352 \r
1353   /**\r
1354    * TODO: JAL-1104\r
1355    * DOCUMENT ME!\r
1356    * \r
1357    * @param e\r
1358    *          DOCUMENT ME!\r
1359    */\r
1360   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1361   {\r
1362     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1363     {\r
1364       return;\r
1365     }\r
1366 \r
1367     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1368     viewport.redoList.push(command);\r
1369     command.undoCommand(null);\r
1370 \r
1371     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1372     // JBPNote Test\r
1373     if (originalSource!=viewport) {\r
1374       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1375     }\r
1376     originalSource.updateHiddenColumns(); //    originalSource.hasHiddenColumns = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1377     updateEditMenuBar();\r
1378     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1379             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1380   }\r
1381 \r
1382   /**\r
1383    * TODO: JAL-1104\r
1384    * DOCUMENT ME!\r
1385    * \r
1386    * @param e\r
1387    *          DOCUMENT ME!\r
1388    */\r
1389   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1390   {\r
1391     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1392     {\r
1393       return;\r
1394     }\r
1395 \r
1396     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1397     viewport.historyList.push(command);\r
1398     command.doCommand(null);\r
1399 \r
1400     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1401     // JBPNote Test\r
1402     if (originalSource!=viewport) {\r
1403       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1404     }\r
1405     originalSource.updateHiddenColumns(); //sethasHiddenColumns(); = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1406 \r
1407     updateEditMenuBar();\r
1408     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1409             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1410   }\r
1411 \r
1412   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1413   {\r
1414     AlignViewport originalSource = null;\r
1415     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1416     // the property change event FROM the viewport where the\r
1417     // original alignment was altered\r
1418     AlignmentI al = null;\r
1419     if (command instanceof EditCommand)\r
1420     {\r
1421       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1422       al = editCommand.getAlignment();\r
1423       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1424               .getSequenceSetId());\r
1425       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1426       {\r
1427         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1428         {\r
1429           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1430           {\r
1431             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1432             break;\r
1433           }\r
1434         }\r
1435       }\r
1436     }\r
1437 \r
1438     if (originalSource == null)\r
1439     {\r
1440       // The original view is closed, we must validate\r
1441       // the current view against the closed view first\r
1442       if (al != null)\r
1443       {\r
1444         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1445       }\r
1446 \r
1447       originalSource = viewport;\r
1448     }\r
1449 \r
1450     return originalSource;\r
1451   }\r
1452 \r
1453   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1454   {\r
1455     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1456     if (sg == null)\r
1457     {\r
1458       return;\r
1459     }\r
1460 \r
1461     if (up)\r
1462     {\r
1463       for (int i = 1; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1464       {\r
1465         SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1466         if (!sg.getSequences(null).contains(seq))\r
1467         {\r
1468           continue;\r
1469         }\r
1470 \r
1471         SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i - 1);\r
1472         if (sg.getSequences(null).contains(temp))\r
1473         {\r
1474           continue;\r
1475         }\r
1476 \r
1477         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1478         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
1479       }\r
1480     }\r
1481     else\r
1482     {\r
1483       for (int i = viewport.getAlignment().getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
1484       {\r
1485         SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1486         if (!sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(seq))\r
1487         {\r
1488           continue;\r
1489         }\r
1490 \r
1491         SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i + 1);\r
1492         if (sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(temp))\r
1493         {\r
1494           continue;\r
1495         }\r
1496 \r
1497         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1498         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
1499       }\r
1500     }\r
1501 \r
1502     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1503   }\r
1504 \r
1505   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1506   {\r
1507     List<SequenceI>sg = new Vector<SequenceI>();\r
1508     if (viewport.cursorMode)\r
1509     {\r
1510       sg.add(viewport.getAlignment()\r
1511               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1512     }\r
1513     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1514             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.getAlignment()\r
1515                     .getHeight())\r
1516     {\r
1517       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1518               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1519     }\r
1520 \r
1521     if (sg.size() < 1)\r
1522     {\r
1523       return;\r
1524     }\r
1525 \r
1526     Vector<SequenceI> invertGroup = new Vector();\r
1527 \r
1528     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1529     {\r
1530       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1531         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1532     }\r
1533 \r
1534     SequenceI[] seqs1 = sg.toArray(new SequenceI[sg.size()]);\r
1535 \r
1536     SequenceI[] seqs2 = invertGroup.toArray(new SequenceI[invertGroup.size()]);\r
1537     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1538       seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);\r
1539 \r
1540     SlideSequencesCommand ssc;\r
1541     if (right)\r
1542       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1543               size, viewport.getGapCharacter());\r
1544     else\r
1545       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1546               size, viewport.getGapCharacter());\r
1547 \r
1548     int groupAdjustment = 0;\r
1549     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1550     {\r
1551       if (viewport.cursorMode)\r
1552         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1553       else\r
1554         groupAdjustment = size;\r
1555     }\r
1556     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1557     {\r
1558       if (viewport.cursorMode)\r
1559         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1560       else\r
1561         groupAdjustment = -size;\r
1562     }\r
1563 \r
1564     if (groupAdjustment != 0)\r
1565     {\r
1566       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1567               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1568       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1569               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1570     }\r
1571 \r
1572     boolean appendHistoryItem = false;\r
1573     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1574             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1575     {\r
1576       appendHistoryItem = ssc\r
1577               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1578                       .peek());\r
1579     }\r
1580 \r
1581     if (!appendHistoryItem)\r
1582       addHistoryItem(ssc);\r
1583 \r
1584     repaint();\r
1585   }\r
1586 \r
1587   static StringBuffer copiedSequences;\r
1588 \r
1589   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1590 \r
1591   protected void copy_actionPerformed()\r
1592   {\r
1593     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1594     {\r
1595       return;\r
1596     }\r
1597 \r
1598     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1599     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1600     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1601     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1602     {\r
1603       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1604       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1605       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1606     }\r
1607 \r
1608     int index = 0, startRes, endRes;\r
1609     char ch;\r
1610 \r
1611     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1612     {\r
1613       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1614       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1615       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1616               .size(); i++)\r
1617       {\r
1618         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1619                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1620 \r
1621         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1622         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1623       }\r
1624     }\r
1625     else\r
1626     {\r
1627       copiedHiddenColumns = null;\r
1628     }\r
1629 \r
1630     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1631     {\r
1632       SequenceI seq = null;\r
1633 \r
1634       while (seq == null)\r
1635       {\r
1636         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1637         {\r
1638           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1639           index++;\r
1640 \r
1641           break;\r
1642         }\r
1643         else\r
1644         {\r
1645           index++;\r
1646         }\r
1647       }\r
1648 \r
1649       // FIND START RES\r
1650       // Returns residue following index if gap\r
1651       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1652 \r
1653       // FIND END RES\r
1654       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1655       endRes = 0;\r
1656 \r
1657       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1658       {\r
1659         ch = seq.getCharAt(j);\r
1660         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1661         {\r
1662           endRes++;\r
1663         }\r
1664       }\r
1665 \r
1666       if (endRes > 0)\r
1667       {\r
1668         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1669       }\r
1670 \r
1671       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1672               + "\t"\r
1673               + startRes\r
1674               + "\t"\r
1675               + endRes\r
1676               + "\t"\r
1677               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1678                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1679     }\r
1680 \r
1681   }\r
1682 \r
1683   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1684   {\r
1685     paste(true);\r
1686   }\r
1687 \r
1688   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1689   {\r
1690     paste(false);\r
1691   }\r
1692 \r
1693   void paste(boolean newAlignment)\r
1694   {\r
1695     try\r
1696     {\r
1697 \r
1698       if (copiedSequences == null)\r
1699       {\r
1700         return;\r
1701       }\r
1702 \r
1703       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1704       Vector seqs = new Vector();\r
1705       while (st.hasMoreElements())\r
1706       {\r
1707         String name = st.nextToken();\r
1708         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1709         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1710         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1711       }\r
1712       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1713       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1714       {\r
1715         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1716       }\r
1717 \r
1718       if (newAlignment)\r
1719       {\r
1720         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1721         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1722         {\r
1723           newtitle = getTitle();\r
1724         }\r
1725         else\r
1726         {\r
1727           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1728         }\r
1729         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1730                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1731         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1732         {\r
1733           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1734           {\r
1735             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1736             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1737           }\r
1738         }\r
1739 \r
1740         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1741                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1742       }\r
1743       else\r
1744       {\r
1745         addSequences(newSeqs);\r
1746       }\r
1747 \r
1748     } catch (Exception ex)\r
1749     {\r
1750     } // could be anything being pasted in here\r
1751 \r
1752   }\r
1753 \r
1754   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1755   {\r
1756     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1757     {\r
1758       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
1759     }\r
1760 \r
1761     // !newAlignment\r
1762     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1763             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(), viewport.getAlignment()));\r
1764 \r
1765     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
1766     viewport.getAlignment().getWidth();\r
1767     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1768             viewport.getAlignment().getSequences());\r
1769 \r
1770   }\r
1771 \r
1772   protected void cut_actionPerformed()\r
1773   {\r
1774     copy_actionPerformed();\r
1775     delete_actionPerformed();\r
1776   }\r
1777 \r
1778   protected void delete_actionPerformed()\r
1779   {\r
1780 \r
1781     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1782     if (sg == null)\r
1783     {\r
1784       return;\r
1785     }\r
1786 \r
1787     Vector seqs = new Vector();\r
1788     SequenceI seq;\r
1789     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1790     {\r
1791       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1792       seqs.addElement(seq);\r
1793     }\r
1794 \r
1795     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1796     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
1797     {\r
1798       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1799               sg.getEndRes() + 1);\r
1800     }\r
1801 \r
1802     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1803     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1804     {\r
1805       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1806     }\r
1807 \r
1808     /*\r
1809      * //ADD HISTORY ITEM\r
1810      */\r
1811     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1812             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1813             viewport.getAlignment()));\r
1814 \r
1815     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1816     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1817 \r
1818     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1819             .getSequences());\r
1820 \r
1821     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1822     {\r
1823       this.setVisible(false);\r
1824     }\r
1825     viewport.sendSelection();\r
1826   }\r
1827 \r
1828   /**\r
1829    * group consensus toggled\r
1830    * \r
1831    */\r
1832   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1833   {\r
1834     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1835     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1836 \r
1837   }\r
1838 \r
1839   /**\r
1840    * group conservation toggled.\r
1841    */\r
1842   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1843   {\r
1844     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1845     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1846   }\r
1847 \r
1848   /*\r
1849    * (non-Javadoc)\r
1850    * \r
1851    * @see\r
1852    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1853    * .event.ActionEvent)\r
1854    */\r
1855   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1856   {\r
1857     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1858     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1859   }\r
1860   /*\r
1861    * (non-Javadoc)\r
1862    * \r
1863    * @see\r
1864    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1865    * .event.ActionEvent)\r
1866    */\r
1867   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1868   {\r
1869     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1870     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1871   }\r
1872 \r
1873   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1874   {\r
1875     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1876   }\r
1877 \r
1878   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1879   {\r
1880     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1881     {\r
1882       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1883               viewport.getSequenceSelection(),\r
1884               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1885                       viewport.getGapCharacter()),\r
1886               viewport.getAlignment().getGroups());\r
1887       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1888       viewport.sequenceColours = null;\r
1889       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1890       // set view properties for each group\r
1891       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1892       {\r
1893         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1894         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1895         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);\r
1896         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1897                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1898         col = col.brighter();\r
1899         for (SequenceI sq : gps[g].getSequences(null))\r
1900           viewport.setSequenceColour(\r
1901                 sq, col)\r
1902           ;\r
1903       }\r
1904       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1905       alignPanel.updateAnnotation();\r
1906       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1907     }\r
1908   }\r
1909 \r
1910   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1911   {\r
1912     viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1913     viewport.sequenceColours = null;\r
1914     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1915 \r
1916     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1917   }\r
1918 \r
1919   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1920   {\r
1921     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1922     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1923     {\r
1924       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1925     }\r
1926     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
1927     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1928     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1929     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1930     viewport.sendSelection();\r
1931   }\r
1932 \r
1933   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1934   {\r
1935     if (viewport.cursorMode)\r
1936     {\r
1937       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1938       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1939     }\r
1940     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1941     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1942     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1943     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1944     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1945     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1946     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1947     viewport.sendSelection();\r
1948   }\r
1949 \r
1950   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1951   {\r
1952     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1953     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1954     {\r
1955       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1956     }\r
1957 \r
1958     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1959     viewport.sendSelection();\r
1960   }\r
1961 \r
1962   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1963   {\r
1964     viewport.invertColumnSelection();\r
1965     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1966     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1967     viewport.sendSelection();\r
1968   }\r
1969 \r
1970   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1971   {\r
1972     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1973     int column;\r
1974 \r
1975     if (colSel.size() > 0)\r
1976     {\r
1977       if (trimLeft)\r
1978       {\r
1979         column = colSel.getMin();\r
1980       }\r
1981       else\r
1982       {\r
1983         column = colSel.getMax();\r
1984       }\r
1985 \r
1986       SequenceI[] seqs;\r
1987       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1988       {\r
1989         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1990                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
1991       }\r
1992       else\r
1993       {\r
1994         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
1995       }\r
1996 \r
1997       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1998       if (trimLeft)\r
1999       {\r
2000         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
2001                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
2002                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2003                 viewport.getSelectionGroup());\r
2004         viewport.setStartRes(0);\r
2005       }\r
2006       else\r
2007       {\r
2008         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
2009                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
2010                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2011                 viewport.getSelectionGroup());\r
2012       }\r
2013 \r
2014       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
2015 \r
2016       addHistoryItem(trimRegion);\r
2017 \r
2018 \r
2019 \r
2020       for (SequenceGroup sg:viewport.getAlignment().getGroups())\r
2021       {\r
2022         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
2023                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
2024         {\r
2025           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
2026         }\r
2027       }\r
2028 \r
2029       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
2030               .getAlignment().getSequences());\r
2031     }\r
2032   }\r
2033 \r
2034   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
2035   {\r
2036     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2037 \r
2038     SequenceI[] seqs;\r
2039     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2040     {\r
2041       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2042               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2043       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2044       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2045     }\r
2046     else\r
2047     {\r
2048       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2049     }\r
2050 \r
2051     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2052             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.getAlignment());\r
2053 \r
2054     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2055 \r
2056     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
2057             + " empty columns.");\r
2058 \r
2059     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2060     // of first sequence\r
2061     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2062     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2063     // ShiftList shifts;\r
2064     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2065     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2066     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2067     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2068     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2069     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2070             .getSequences());\r
2071 \r
2072   }\r
2073 \r
2074   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2075   {\r
2076     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2077 \r
2078     SequenceI[] seqs;\r
2079     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2080     {\r
2081       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2082               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2083       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2084       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2085     }\r
2086     else\r
2087     {\r
2088       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2089     }\r
2090 \r
2091     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2092     // of first sequence\r
2093     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2094     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2095 \r
2096     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2097             viewport.getAlignment()));\r
2098 \r
2099     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2100 \r
2101     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2102             .getSequences());\r
2103 \r
2104   }\r
2105 \r
2106   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2107   {\r
2108     new Finder(alignPanel);\r
2109   }\r
2110 \r
2111   /**\r
2112    * create a new view derived from the current view\r
2113    * \r
2114    * @param viewtitle\r
2115    * @return frame for the new view\r
2116    */\r
2117   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2118   {\r
2119     AlignmentI newal;\r
2120     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2121     {\r
2122       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2123               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2124     }\r
2125     else\r
2126     {\r
2127       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2128     }\r
2129 \r
2130     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2131     {\r
2132       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2133       {\r
2134         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2135         {\r
2136           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2137         }\r
2138       }\r
2139     }\r
2140 \r
2141     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2142 \r
2143     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2144     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2145     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2146             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2147 \r
2148     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2149             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2150     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2151             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2152 \r
2153     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2154             .getSequenceSetId());\r
2155     int viewSize = -1;\r
2156     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2157     {\r
2158       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2159       {\r
2160         viewSize++;\r
2161       }\r
2162     }\r
2163 \r
2164     String title = new String(this.getTitle());\r
2165     if (viewtitle != null)\r
2166     {\r
2167       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2168     }\r
2169     else\r
2170     {\r
2171       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2172       {\r
2173         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2174       }\r
2175       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2176     }\r
2177 \r
2178     newaf.setTitle(title.toString());\r
2179 \r
2180     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2181     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2182     return newaf;\r
2183   }\r
2184 \r
2185   /**\r
2186    * \r
2187    * @return list of feature groups on the view\r
2188    */\r
2189   public String[] getFeatureGroups()\r
2190   {\r
2191     FeatureRenderer fr = null;\r
2192     if (alignPanel != null\r
2193             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2194     {\r
2195       return fr.getGroups();\r
2196     }\r
2197     return null;\r
2198   }\r
2199 \r
2200   /**\r
2201    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2202    * \r
2203    * @param visible\r
2204    *          true is visible\r
2205    * @return list\r
2206    */\r
2207   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2208   {\r
2209     FeatureRenderer fr = null;\r
2210     if (alignPanel != null\r
2211             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2212     {\r
2213       return fr.getGroups(visible);\r
2214     }\r
2215     return null;\r
2216   }\r
2217 \r
2218   /**\r
2219    * Change the display state for the given feature groups\r
2220    * \r
2221    * @param groups\r
2222    *          list of group strings\r
2223    * @param state\r
2224    *          visible or invisible\r
2225    */\r
2226   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2227   {\r
2228     FeatureRenderer fr = null;\r
2229     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2230     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2231     if (alignPanel != null\r
2232             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2233     {\r
2234       fr.setGroupState(groups, state);\r
2235       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2236       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2237       {\r
2238         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2239       }\r
2240     }\r
2241   }\r
2242 \r
2243   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2244   {\r
2245     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2246     alignPanel.fontChanged();\r
2247     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2248   }\r
2249 \r
2250   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2251   {\r
2252     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2253     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2254   }\r
2255 \r
2256   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2257   {\r
2258     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2259     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2260   }\r
2261 \r
2262   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2263   {\r
2264     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2265     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2266     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2267     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2268     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2269     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2270   }\r
2271 \r
2272   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2273   {\r
2274     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2275     {\r
2276       return;\r
2277     }\r
2278 \r
2279     Frame frame = new Frame();\r
2280     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2281     frame.add(overview);\r
2282     // +50 must allow for applet frame window\r
2283     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2284             overview.getPreferredSize().width,\r
2285             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2286 \r
2287     frame.pack();\r
2288     final AlignmentPanel ap=alignPanel;\r
2289     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2290     {\r
2291       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2292       {\r
2293         if (ap!=null) {\r
2294           ap.setOverviewPanel(null);\r
2295         }\r
2296       };\r
2297     });\r
2298 \r
2299     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2300 \r
2301   }\r
2302 \r
2303   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2304   {\r
2305     int threshold = 0;\r
2306 \r
2307     if (cs != null)\r
2308     {\r
2309       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2310       {\r
2311         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2312                 "Background");\r
2313 \r
2314         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2315 \r
2316         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2317       }\r
2318       else\r
2319       {\r
2320         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2321       }\r
2322 \r
2323       if (viewport.getConservationSelected())\r
2324       {\r
2325 \r
2326         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
2327         Conservation c = new Conservation("All",\r
2328                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2329                 al.getWidth() - 1);\r
2330 \r
2331         c.calculate();\r
2332         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2333 \r
2334         cs.setConservation(c);\r
2335 \r
2336         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2337                 cs, "Background"));\r
2338 \r
2339       }\r
2340       else\r
2341       {\r
2342         cs.setConservation(null);\r
2343       }\r
2344 \r
2345       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
2346 \r
2347     }             \r
2348     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2349 \r
2350 \r
2351     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2352     {\r
2353       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2354     }\r
2355 \r
2356     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2357             .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
2358                     alignPanel);\r
2359 \r
2360     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2361   }\r
2362 \r
2363   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2364   {\r
2365     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2366             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2367     {\r
2368       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2369               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2370       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2371     }\r
2372   }\r
2373 \r
2374   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2375   {\r
2376     if (viewport.getConservationSelected()\r
2377             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2378     {\r
2379       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2380               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2381       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2382     }\r
2383   }\r
2384 \r
2385   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2386   {\r
2387     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2388 \r
2389     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2390     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2391 \r
2392     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2393 \r
2394     modifyConservation_actionPerformed();\r
2395   }\r
2396 \r
2397   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2398   {\r
2399     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2400 \r
2401     conservationMenuItem.setState(false);\r
2402     viewport.setConservationSelected(false);\r
2403 \r
2404     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2405 \r
2406     modifyPID_actionPerformed();\r
2407   }\r
2408 \r
2409   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2410   {\r
2411     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2412     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2413             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2414 \r
2415     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2416             viewport.getAlignment()));\r
2417     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2418   }\r
2419 \r
2420   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2421   {\r
2422     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2423     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2424     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2425     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2426   }\r
2427 \r
2428   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2429   {\r
2430     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2431     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2432     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2433             viewport.getAlignment()));\r
2434     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2435   }\r
2436 \r
2437   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2438   {\r
2439     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2440     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2441     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2442             viewport.getAlignment()));\r
2443     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2444 \r
2445   }\r
2446 \r
2447   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2448   {\r
2449     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2450   }\r
2451 \r
2452   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2453   {\r
2454     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2455             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2456     {\r
2457       Frame frame = new Frame();\r
2458       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2459       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2460               500);\r
2461     }\r
2462   }\r
2463 \r
2464   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2465   {\r
2466     // are the sequences aligned?\r
2467     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2468     {\r
2469       SequenceI current;\r
2470       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2471 \r
2472       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2473       {\r
2474         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2475 \r
2476         if (current.getLength() < Width)\r
2477         {\r
2478           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2479         }\r
2480       }\r
2481       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2482     }\r
2483 \r
2484     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2485             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2486             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2487             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2488     {\r
2489       return;\r
2490     }\r
2491 \r
2492     try\r
2493     {\r
2494       new PCAPanel(viewport);\r
2495     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2496     {\r
2497     }\r
2498 \r
2499   }\r
2500 \r
2501   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2502   {\r
2503     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2504   }\r
2505 \r
2506   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2507   {\r
2508     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2509   }\r
2510 \r
2511   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2512   {\r
2513     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2514   }\r
2515 \r
2516   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2517   {\r
2518     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2519   }\r
2520 \r
2521   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2522   {\r
2523     // are the sequences aligned?\r
2524     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2525     {\r
2526       SequenceI current;\r
2527       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2528 \r
2529       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2530       {\r
2531         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2532 \r
2533         if (current.getLength() < Width)\r
2534         {\r
2535           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2536         }\r
2537       }\r
2538       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2539 \r
2540     }\r
2541 \r
2542     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2543             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2544             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.getAlignment()\r
2545                     .getHeight() > 1))\r
2546     {\r
2547       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2548 \r
2549       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2550 \r
2551       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2552     }\r
2553   }\r
2554 \r
2555   void loadTree_actionPerformed()\r
2556   {\r
2557     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2558     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2559     cap.setTreeImport();\r
2560     Frame frame = new Frame();\r
2561     frame.add(cap);\r
2562     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2563   }\r
2564 \r
2565   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2566   {\r
2567     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2568     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2569     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2570   }\r
2571 \r
2572   /**\r
2573    * sort the alignment using the given treePanel\r
2574    * \r
2575    * @param treePanel\r
2576    *          tree used to sort view\r
2577    * @param title\r
2578    *          string used for undo event name\r
2579    */\r
2580   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2581   {\r
2582     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2583     AlignmentSorter\r
2584             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2585     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2586     // HistoryItem.SORT));\r
2587     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2588             viewport.getAlignment()));\r
2589     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2590   }\r
2591 \r
2592   /**\r
2593    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2594    * the menu structure for the new tree\r
2595    * \r
2596    * @param treePanel\r
2597    * @param title\r
2598    */\r
2599   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2600           final String title)\r
2601   {\r
2602     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2603     sortByTreeMenu.add(item);\r
2604     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2605     {\r
2606       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2607       {\r
2608         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2609       }\r
2610     });\r
2611     \r
2612     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2613     {\r
2614       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2615       {\r
2616         if (viewport.sortByTree)\r
2617         {\r
2618           sortByTree(treePanel, title);\r
2619         }\r
2620         super.windowOpened(e);\r
2621       }\r
2622 \r
2623       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2624       {\r
2625         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2626       };\r
2627     });\r
2628   }\r
2629   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2630   {\r
2631     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
2632     .getSequencesArray();\r
2633     if (viewport.applet.debug)\r
2634     {\r
2635       System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
2636     }\r
2637     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2638     if (undoname!=null)\r
2639     {\r
2640       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2641     }\r
2642     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2643     return true;\r
2644   }\r
2645 \r
2646   protected void documentation_actionPerformed()\r
2647   {\r
2648     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2649   }\r
2650 \r
2651   protected void about_actionPerformed()\r
2652   {\r
2653 \r
2654     class AboutPanel extends Canvas\r
2655     {\r
2656       String version;\r
2657 \r
2658       String builddate;\r
2659 \r
2660       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2661       {\r
2662         this.version = version;\r
2663         this.builddate = builddate;\r
2664       }\r
2665 \r
2666       public void paint(Graphics g)\r
2667       {\r
2668         g.setColor(Color.white);\r
2669         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2670         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2671         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2672         int fh = fm.getHeight();\r
2673         int y = 5, x = 7;\r
2674         g.setColor(Color.black);\r
2675         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2676         // lite and application\r
2677         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2678         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2679         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2680         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2681         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2682         g.drawString(\r
2683                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",\r
2684                 x, y += fh * 1.5);\r
2685         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);\r
2686         g.drawString(\r
2687                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2688                 x, y += fh);\r
2689         g.drawString(\r
2690                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2691                 x, y += fh);\r
2692         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2693         g.drawString(\r
2694                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2695                 x, y += fh);\r
2696         g.drawString(\r
2697                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2698                 x, y += fh);\r
2699         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2700                 x, y += fh);\r
2701       }\r
2702     }\r
2703 \r
2704     Frame frame = new Frame();\r
2705     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2706             .getBuildDate()));\r
2707     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2708 \r
2709   }\r
2710 \r
2711   public void showURL(String url, String target)\r
2712   {\r
2713     if (viewport.applet == null)\r
2714     {\r
2715       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2716     }\r
2717     else\r
2718     {\r
2719       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2720     }\r
2721   }\r
2722 \r
2723   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2724   // JBuilder Graphics here\r
2725 \r
2726   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2727 \r
2728   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2729 \r
2730   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2731 \r
2732   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2733 \r
2734   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2735   \r
2736   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2737 \r
2738   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2739 \r
2740   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2741 \r
2742   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2743 \r
2744   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2745 \r
2746   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2747 \r
2748   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2749 \r
2750   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2751 \r
2752   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2753 \r
2754   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2755 \r
2756   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2757 \r
2758   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2759 \r
2760   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2761 \r
2762   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2763 \r
2764   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2765 \r
2766   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2767 \r
2768   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2769 \r
2770   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2771 \r
2772   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2773 \r
2774   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2775 \r
2776   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2777 \r
2778   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2779 \r
2780   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2781 \r
2782   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2783 \r
2784   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2785 \r
2786   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2787 \r
2788   public Label statusBar = new Label();\r
2789 \r
2790   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2791 \r
2792   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2793 \r
2794   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2795 \r
2796   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2797 \r
2798   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2799 \r
2800   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2801 \r
2802   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2803 \r
2804   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2805 \r
2806   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2807 \r
2808   MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();\r
2809   MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();\r
2810   \r
2811   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2812 \r
2813   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2814 \r
2815   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2816   \r
2817   MenuItem tcoffeeColour = new MenuItem();\r
2818 \r
2819   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2820 \r
2821   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2822 \r
2823   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2824 \r
2825   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2826 \r
2827   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2828 \r
2829   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2830 \r
2831   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2832 \r
2833   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2834 \r
2835   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2836 \r
2837   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2838 \r
2839   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2840 \r
2841   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2842 \r
2843   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2844 \r
2845   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2846 \r
2847   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2848 \r
2849   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2850 \r
2851   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2852 \r
2853   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2854 \r
2855   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2856 \r
2857   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2858 \r
2859   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2860 \r
2861   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2862 \r
2863   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2864 \r
2865   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2866 \r
2867   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2868 \r
2869   MenuItem font = new MenuItem();\r
2870 \r
2871   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2872 \r
2873   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2874 \r
2875   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2876 \r
2877   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2878 \r
2879   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2880 \r
2881   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2882           "Autocalculate Consensus", true);\r
2883 \r
2884   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2885           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2886 \r
2887   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2888 \r
2889   Menu sort = new Menu();\r
2890 \r
2891   Menu calculate = new Menu();\r
2892 \r
2893   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2894 \r
2895   Menu helpMenu = new Menu();\r
2896 \r
2897   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2898 \r
2899   MenuItem about = new MenuItem();\r
2900 \r
2901   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2902 \r
2903   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2904   \r
2905   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2906   Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
2907   CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
2908   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2909   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2910   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2911   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2912 \r
2913   private void jbInit() throws Exception\r
2914   {\r
2915 \r
2916     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2917 \r
2918     MenuItem item;\r
2919 \r
2920     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2921     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2922     {\r
2923 \r
2924       item = new MenuItem(\r
2925               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2926 \r
2927       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2928       {\r
2929         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2930         {\r
2931           outputText_actionPerformed(e);\r
2932         }\r
2933       });\r
2934 \r
2935       outputTextboxMenu.add(item);\r
2936     }\r
2937     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2938     loadApplication.addActionListener(this);\r
2939 \r
2940     loadTree.addActionListener(this);\r
2941     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2942     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2943     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2944     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2945     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2946     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2947     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2948     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2949     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2950     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2951     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2952     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
2953     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
2954     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
2955     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
2956     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
2957     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
2958     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
2959     viewTextMenuItem.setState(true);\r
2960     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2961     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
2962     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
2963     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
2964     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
2965     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
2966     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
2967     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
2968     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
2969     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
2970     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
2971     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
2972     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
2973     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
2974     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
2975     averageDistanceTreeMenuItem\r
2976             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
2977     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2978     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
2979     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2980     statusBar.setBackground(Color.white);\r
2981     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
2982     statusBar.setText("Status bar");\r
2983     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
2984     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
2985 \r
2986     clustalColour.addActionListener(this);\r
2987     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
2988     zappoColour.addActionListener(this);\r
2989     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
2990     taylorColour.addActionListener(this);\r
2991     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
2992     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
2993     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
2994     helixColour.addActionListener(this);\r
2995     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
2996     strandColour.addActionListener(this);\r
2997     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
2998     turnColour.addActionListener(this);\r
2999     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
3000     buriedColour.addActionListener(this);\r
3001     purinePyrimidineColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
3002     purinePyrimidineColour.addActionListener(this);\r
3003     RNAHelixColour.setLabel("by RNA Helices");\r
3004     RNAHelixColour.addActionListener(this);\r
3005     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
3006     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
3007     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
3008     PIDColour.addActionListener(this);\r
3009     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
3010     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
3011     tcoffeeColour.setLabel("T-Coffee Scores");\r
3012     tcoffeeColour.setEnabled(false);    // it will enabled only if a score file is provided\r
3013     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
3014     avDistanceTreeBlosumMenuItem .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
3015     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3016     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
3017     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3018     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
3019     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
3020     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
3021     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3022     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
3023     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
3024     alProperties.addActionListener(this);\r
3025     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
3026     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
3027     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
3028     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
3029     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
3030     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
3031     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
3032     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
3033     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
3034     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
3035     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
3036     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
3037     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
3038     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
3039     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
3040     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3041     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3042     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3043     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3044     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3045     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3046     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3047     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3048     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3049     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3050     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3051     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3052     copy.setLabel("Copy");\r
3053     copy.addActionListener(this);\r
3054     cut.setLabel("Cut");\r
3055     cut.addActionListener(this);\r
3056     delete.setLabel("Delete");\r
3057     delete.addActionListener(this);\r
3058     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3059     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3060     pasteNew.addActionListener(this);\r
3061     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3062     pasteThis.addActionListener(this);\r
3063     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3064     applyToAllGroups.setState(true);\r
3065     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3066     font.setLabel("Font...");\r
3067     font.addActionListener(this);\r
3068     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3069     scaleAbove.setState(true);\r
3070     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3071     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3072     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3073     scaleLeft.setState(true);\r
3074     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3075     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3076     scaleRight.setEnabled(false);\r
3077     scaleRight.setState(true);\r
3078     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3079     scaleRight.addItemListener(this);\r
3080     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3081     modifyPID.addActionListener(this);\r
3082     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3083     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3084     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3085     sort.setLabel("Sort");\r
3086     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3087     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3088     sortByTree.addItemListener(this);\r
3089     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3090     inputText.addActionListener(this);\r
3091     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3092     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3093     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3094     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3095     helpMenu.setLabel("Help");\r
3096     documentation.setLabel("Documentation");\r
3097     documentation.addActionListener(this);\r
3098 \r
3099     about.setLabel("About...");\r
3100     about.addActionListener(this);\r
3101     seqLimits.setState(true);\r
3102     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3103     seqLimits.addItemListener(this);\r
3104     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3105     featureSettings.addActionListener(this);\r
3106     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3107     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3108     sequenceFeatures.setState(false);\r
3109     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3110     annotationColour.addActionListener(this);\r
3111     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3112     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3113     menu1.setLabel("Show");\r
3114     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3115     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3116     menu2.setLabel("Hide");\r
3117     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3118     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3119     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3120     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3121     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3122     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3123     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3124     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3125     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3126     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3127     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3128     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3129     \r
3130     invertColSel.addActionListener(this);\r
3131     showColumns.addActionListener(this);\r
3132     showSeqs.addActionListener(this);\r
3133     hideColumns.addActionListener(this);\r
3134     hideSequences.addActionListener(this);\r
3135     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3136     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3137     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3138     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3139     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3140     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3141     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3142     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3143     formatMenu.setLabel("Format");\r
3144     selectMenu.setLabel("Select");\r
3145     newView.setLabel("New View");\r
3146     newView.addActionListener(this);\r
3147     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3148     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3149     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3150     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3151     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3152     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3153     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3154     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3155 \r
3156     fileMenu.add(inputText);\r
3157     fileMenu.add(loadTree);\r
3158     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3159     \r
3160     fileMenu.addSeparator();\r
3161     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3162     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3163     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3164 \r
3165     if (jalviewServletURL != null)\r
3166     {\r
3167       fileMenu.add(loadApplication);\r
3168     }\r
3169 \r
3170     fileMenu.addSeparator();\r
3171     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3172 \r
3173     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3174     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3175     editMenu.add(cut);\r
3176     editMenu.add(copy);\r
3177     editMenu.add(pasteMenu);\r
3178     editMenu.add(delete);\r
3179     editMenu.addSeparator();\r
3180     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3181     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3182     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3183     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3184     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3185     viewMenu.add(newView);\r
3186     viewMenu.addSeparator();\r
3187     viewMenu.add(menu1);\r
3188     viewMenu.add(menu2);\r
3189     viewMenu.addSeparator();\r
3190     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3191     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3192     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3193     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3194     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3195     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3196     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3197     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3198     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3199     viewMenu.addSeparator();\r
3200     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3201     viewMenu.add(featureSettings);\r
3202     viewMenu.addSeparator();\r
3203     viewMenu.add(alProperties);\r
3204     viewMenu.addSeparator();\r
3205     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3206     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3207     colourMenu.addSeparator();\r
3208     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3209     colourMenu.add(clustalColour);\r
3210     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3211     colourMenu.add(PIDColour);\r
3212     colourMenu.add(zappoColour);\r
3213     colourMenu.add(taylorColour);\r
3214     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3215     colourMenu.add(helixColour);\r
3216     colourMenu.add(strandColour);\r
3217     colourMenu.add(turnColour);\r
3218     colourMenu.add(buriedColour);\r
3219     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3220     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);\r
3221     colourMenu.add(tcoffeeColour);\r
3222     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3223     colourMenu.addSeparator();\r
3224     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3225     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3226     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3227     colourMenu.add(modifyPID);\r
3228     colourMenu.add(annotationColour);\r
3229     colourMenu.add(RNAHelixColour);\r
3230     calculateMenu.add(sort);\r
3231     calculateMenu.add(calculate);\r
3232     calculateMenu.addSeparator();\r
3233     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3234     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3235     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3236     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3237     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3238     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3239     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3240     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3241     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3242     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3243     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3244     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3245     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3246     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3247     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3248     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3249     helpMenu.add(documentation);\r
3250     helpMenu.add(about);\r
3251     menu1.add(showColumns);\r
3252     menu1.add(showSeqs);\r
3253     menu1.add(showAllHidden);\r
3254     menu2.add(hideColumns);\r
3255     menu2.add(hideSequences);\r
3256     menu2.add(hideAllSelection);\r
3257     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3258     formatMenu.add(font);\r
3259     formatMenu.add(seqLimits);\r
3260     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3261     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3262     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3263     formatMenu.add(scaleRight);\r
3264     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3265     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3266     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3267     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3268     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3269     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3270     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3271     selectMenu.addSeparator();\r
3272     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3273     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3274     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3275     selectMenu.add(invertColSel);\r
3276     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3277     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3278 \r
3279   }\r
3280 \r
3281   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3282 \r
3283   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3284 \r
3285   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3286 \r
3287   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3288 \r
3289   Menu menu1 = new Menu();\r
3290 \r
3291   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3292 \r
3293   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3294 \r
3295   Menu menu2 = new Menu();\r
3296 \r
3297   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3298 \r
3299   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3300 \r
3301   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3302 \r
3303   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3304 \r
3305   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3306 \r
3307   Menu formatMenu = new Menu();\r
3308 \r
3309   Menu selectMenu = new Menu();\r
3310 \r
3311   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3312 \r
3313   /**\r
3314    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3315    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3316    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3317    * \r
3318    * @param reallyEmbedded\r
3319    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3320    *          in a new window\r
3321    */\r
3322   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3323   {\r
3324     if (reallyEmbedded)\r
3325     {\r
3326       // ////\r
3327       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3328       //\r
3329       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3330       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3331       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3332       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3333               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3334       // and actually add the components to the applet area\r
3335       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3336       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3337       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3338       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3339               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3340                       - statusBar.HEIGHT);\r
3341       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3342       final AlignFrame me = this;\r
3343       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3344       {\r
3345         \r
3346         @Override\r
3347         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3348         {\r
3349           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
3350                   me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3351         }}\r
3352         \r
3353         @Override\r
3354         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3355         {\r
3356           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3357         }\r
3358       });\r
3359       viewport.applet.validate();\r
3360     }\r
3361     else\r
3362     {\r
3363       // //////\r
3364       // test and embed menu bar if necessary.\r
3365       //\r
3366       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3367       {\r
3368         // adjust for status bar height too\r
3369         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3370                 - statusBar.HEIGHT);\r
3371       }\r
3372       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3373       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3374       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3375       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3376               DEFAULT_HEIGHT);\r
3377     }\r
3378   }\r
3379 \r
3380   /**\r
3381    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3382    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3383    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3384    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3385    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3386    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3387    * \r
3388    * @param viewer\r
3389    *          JmolViewer instance\r
3390    * @param sequenceIds\r
3391    *          - sequence Ids to search for associations\r
3392    */\r
3393   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3394           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3395   {\r
3396     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3397     try\r
3398     {\r
3399       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3400     } catch (ClassCastException ex)\r
3401     {\r
3402       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3403               + jmolviewer.getClass());\r
3404     }\r
3405     if (viewer == null)\r
3406     {\r
3407       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3408               + jmolviewer.getClass());\r
3409       return null;\r
3410     }\r
3411     SequenceI[] seqs = null;\r
3412     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3413     {\r
3414       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3415     }\r
3416     else\r
3417     {\r
3418       Vector sqi = new Vector();\r
3419       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3420       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3421       {\r
3422         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3423         if (sq != null)\r
3424         {\r
3425           sqi.addElement(sq);\r
3426         }\r
3427       }\r
3428       if (sqi.size() > 0)\r
3429       {\r
3430         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3431         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3432         {\r
3433           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3434         }\r
3435       }\r
3436       else\r
3437       {\r
3438         return null;\r
3439       }\r
3440     }\r
3441     ExtJmol jmv = null;\r
3442     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3443     if (jmv == null)\r
3444     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3445       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
3446     }\r
3447     return jmv;\r
3448 \r
3449   }\r
3450   /**\r
3451    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3452    * \r
3453    * @param sequenceId\r
3454    *          - sequenceId within the dataset.\r
3455    * @param pdbEntryString\r
3456    *          - the short name for the PDB file\r
3457    * @param pdbFile\r
3458    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3459    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3460    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3461    *         fails.\r
3462    */\r
3463   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3464           String pdbFile)\r
3465   {\r
3466     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3467     boolean needtoadd = false;\r
3468     if (toaddpdb != null)\r
3469     {\r
3470       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3471       PDBEntry pdbentry = null;\r
3472       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3473       {\r
3474         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3475         {\r
3476           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3477           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3478                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3479           {\r
3480             pdbentry = null;\r
3481           }\r
3482           else\r
3483           {\r
3484             continue;\r
3485           }\r
3486         }\r
3487       }\r
3488       if (pdbentry == null)\r
3489       {\r
3490         pdbentry = new PDBEntry();\r
3491         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3492         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3493         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3494       }\r
3495       // resolve data source\r
3496       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3497       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3498       if (protocol == null)\r
3499       {\r
3500         return false;\r
3501       }\r
3502       if (needtoadd)\r
3503       {\r
3504         // make a note of the access mode and add\r
3505         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3506         {\r
3507           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3508         }\r
3509         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3510         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3511       }\r
3512     }\r
3513     return true;\r
3514   }\r
3515 \r
3516   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3517   {\r
3518     if (seqs != null)\r
3519     {\r
3520       Vector sequences = new Vector();\r
3521       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3522       {\r
3523         if (seqs[i] != null)\r
3524         {\r
3525           sequences.addElement(new Object[]\r
3526           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3527         }\r
3528       }\r
3529       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3530       chains = new String[sequences.size()];\r
3531       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3532       {\r
3533         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3534 \r
3535         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3536         chains[i] = (String) oj[1];\r
3537       }\r
3538     }\r
3539     return new Object[]\r
3540     { seqs, chains };\r
3541 \r
3542   }\r
3543 \r
3544   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3545           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3546   {\r
3547     // Scrub any null sequences from the array\r
3548     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3549     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3550     chains = (String[]) sqch[1];\r
3551     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3552     {\r
3553       System.err\r
3554               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3555     }\r
3556     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3557             || protocol.equals("null"))\r
3558     {\r
3559       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3560       if (protocol == null)\r
3561       {\r
3562         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3563                 + pdb.getId());\r
3564         return;\r
3565       }\r
3566     }\r
3567     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3568     {\r
3569       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3570       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
3571         System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
3572       }\r
3573       return;\r
3574     }\r
3575     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3576     {\r
3577       // can only do alignments with Jmol\r
3578       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3579       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3580       Vector jmols = applet\r
3581               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3582       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3583       {\r
3584         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3585         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3586         {\r
3587           ajm = tajm;\r
3588           break;\r
3589         }\r
3590       }\r
3591       if (ajm != null)\r
3592       {\r
3593         System.err\r
3594                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3595         // try and add the pdb structure\r
3596         // ajm.addS\r
3597         ajm = null;\r
3598       }\r
3599     }\r
3600     // otherwise, create a new window\r
3601     if (applet.jmolAvailable)\r
3602     {\r
3603       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3604               protocol);\r
3605       applet.lastFrameX += 40;\r
3606       applet.lastFrameY += 40;\r
3607     }\r
3608     else\r
3609     {\r
3610       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3611     }\r
3612 \r
3613   }\r
3614 \r
3615   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3616           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3617   {\r
3618     // TODO Auto-generated method stub\r
3619     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3620   }\r
3621 \r
3622   /**\r
3623    * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
3624    * @param sel - sequences from this alignment \r
3625    * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
3626    */\r
3627   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3628   {\r
3629     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3630   }\r
3631 \r
3632   public void scrollTo(int row, int column)\r
3633   {\r
3634     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);    \r
3635   }\r
3636   public void scrollToRow(int row)\r
3637   {\r
3638     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);    \r
3639   }\r
3640   public void scrollToColumn(int column)\r
3641   {\r
3642     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);    \r
3643   }\r
3644   /**\r
3645    * @return the alignments unique ID.\r
3646    */\r
3647   public String getSequenceSetId() {\r
3648     return viewport.getSequenceSetId();\r
3649   }\r
3650   \r
3651   \r
3652   /**\r
3653    * Load the (T-Coffee) score file from the specified url \r
3654    * \r
3655    * @param source File/URL/T-COFFEE score file contents\r
3656    * @throws IOException \r
3657    * @return true if alignment was annotated with data from source\r
3658    */\r
3659   public boolean loadScoreFile( String source ) throws IOException {\r
3660 \r
3661     TCoffeeScoreFile file = new TCoffeeScoreFile(source, AppletFormatAdapter.checkProtocol(source));\r
3662           if( !file.isValid()) {\r
3663             // TODO: raise dialog for gui\r
3664             System.err.println("Problems parsing T-Coffee scores: "+file.getWarningMessage());\r
3665             System.err.println("Origin was:\n"+source);\r
3666             return false;\r
3667           }\r
3668           \r
3669           /*\r
3670            * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
3671            */\r
3672           AlignmentI aln; \r
3673           if( (aln=viewport.getAlignment()) != null && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file.getWidth()) ) {\r
3674             // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3675             System.err.println("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
3676                   \r
3677           }\r
3678           \r
3679            // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
3680           if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
3681           {\r
3682             alignPanel.fontChanged();\r
3683             tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
3684                   // switch to this color\r
3685                   changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
3686                   return true;\r
3687           } else {\r
3688             System.err.println("Problems resolving T-Coffee scores:");\r
3689             if (file.getWarningMessage()!=null) {\r
3690               System.err.println(file.getWarningMessage());\r
3691             }\r
3692           }\r
3693           return false;\r
3694   }\r
3695   \r
3696   \r
3697 }\r