src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  *\r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  *\r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but\r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty\r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR\r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  *\r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  21 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  22 import jalview.analysis.Conservation;\r
  23 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.commands.CommandI;\r
  26 import jalview.commands.EditCommand;\r
  27 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  28 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  29 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  30 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  31 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  32 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  34 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  35 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  37 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  38 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;\r
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  41 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  42 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  43 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  44 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;\r
  45 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  46 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  47 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  48 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  49 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  50 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  51 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  52 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  53 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;\r
  54 import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;\r
  55 import jalview.schemes.RNAInteractionColourScheme;\r
  56 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  57 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  58 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  59 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  60 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  61 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  62 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  63 \r
  64 import java.awt.BorderLayout;\r
  65 import java.awt.Canvas;\r
  66 import java.awt.CheckboxMenuItem;\r
  67 import java.awt.Color;\r
  68 import java.awt.Font;\r
  69 import java.awt.FontMetrics;\r
  70 import java.awt.Frame;\r
  71 import java.awt.Graphics;\r
  72 import java.awt.Label;\r
  73 import java.awt.Menu;\r
  74 import java.awt.MenuBar;\r
  75 import java.awt.MenuItem;\r
  76 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  77 import java.awt.event.ActionListener;\r
  78 import java.awt.event.FocusEvent;\r
  79 import java.awt.event.FocusListener;\r
  80 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  81 import java.awt.event.ItemListener;\r
  82 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  83 import java.awt.event.KeyListener;\r
  84 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  85 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  86 import java.io.IOException;\r
  87 import java.io.InputStreamReader;\r
  88 import java.net.URL;\r
  89 import java.net.URLEncoder;\r
  90 import java.util.Enumeration;\r
  91 import java.util.Hashtable;\r
  92 import java.util.List;\r
  93 import java.util.StringTokenizer;\r
  94 import java.util.Vector;\r
  95 \r
  96 import javax.xml.parsers.ParserConfigurationException;\r
  97 \r
  98 import org.xml.sax.SAXException;\r
  99 \r
 100 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;\r
 101 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;\r
 102 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionPermissionDenied;\r
 103 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;\r
 104 \r
 105 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemListener, KeyListener\r
 106 {\r
 107   public AlignmentPanel alignPanel;\r
 108 \r
 109   public AlignViewport viewport;\r
 110 \r
 111   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
 112 \r
 113   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 114 \r
 115   String jalviewServletURL;\r
 116 \r
 117 \r
 118   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet, String title, boolean embedded)\r
 119   {\r
 120     if (applet != null)\r
 121     {\r
 122       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
 123     }\r
 124 \r
 125     try\r
 126     {\r
 127       jbInit();\r
 128     } catch (Exception ex)\r
 129     {\r
 130       ex.printStackTrace();\r
 131     }\r
 132 \r
 133     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
 134     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 135 \r
 136     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
 137     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
 138 \r
 139     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
 140     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
 141     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
 142     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
 143     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
 144     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
 145     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
 146 \r
 147     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
 148 \r
 149     if (applet != null)\r
 150     {\r
 151       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
 152       if (param != null)\r
 153       {\r
 154         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
 155         {\r
 156           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 157         }\r
 158         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
 159         {\r
 160           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 161         }\r
 162         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
 163         {\r
 164           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 165         }\r
 166       }\r
 167 \r
 168       param = applet.getParameter("wrap");\r
 169       if (param != null)\r
 170       {\r
 171         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 172         {\r
 173           wrapMenuItem.setState(true);\r
 174           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 175         }\r
 176       }\r
 177       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 178       if (param != null)\r
 179       {\r
 180         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 181         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 182       }\r
 183       try\r
 184       {\r
 185         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 186         if (param != null)\r
 187         {\r
 188           int width = Integer.parseInt(param);\r
 189           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 190         }\r
 191         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 192         if (param != null)\r
 193         {\r
 194           int height = Integer.parseInt(param);\r
 195           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 196         }\r
 197       } catch (Exception ex)\r
 198       {\r
 199       }\r
 200 \r
 201     }\r
 202     if (viewport.getAlignment().isNucleotide())\r
 203     {\r
 204       viewport.updateStrucConsensus(alignPanel);\r
 205       if (viewport.getAlignment().hasRNAStructure())\r
 206       {\r
 207         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
 208       }\r
 209       else {\r
 210         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 211       }\r
 212     } else {\r
 213       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 214       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
 215     }\r
 216     \r
 217     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 218     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 219     // now\r
 220     this.addKeyListener(this);\r
 221     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 222     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 223     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 224     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 225     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 226     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 227     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 228     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 229 \r
 230     validate();\r
 231     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 232     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 233   }\r
 234 \r
 235   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 236   {\r
 237     return viewport;\r
 238   }\r
 239 \r
 240   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 241   {\r
 242     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 243   }\r
 244 \r
 245   /**\r
 246    * Load a features file onto the alignment\r
 247    *\r
 248    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 249    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 250    */\r
 251 \r
 252   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 253   {\r
 254     return parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 255   }\r
 256 \r
 257   /**\r
 258    * Load a features file onto the alignment\r
 259    *\r
 260    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 261    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 262    * @param autoenabledisplay when true, display features flag will be automatically enabled if features are loaded\r
 263    * @return true if data parsed as a features file\r
 264    */\r
 265   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type, boolean autoenabledisplay)\r
 266   {\r
 267     // TODO: test if importing a features file onto an alignment which already has features with links overwrites the original links.\r
 268 \r
 269     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 270     boolean featuresFile = false;\r
 271     try\r
 272     {\r
 273       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 274               .parse(viewport.getAlignment(),\r
 275                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
 276                       featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
 277     } catch (Exception ex)\r
 278     {\r
 279       ex.printStackTrace();\r
 280     }\r
 281 \r
 282     if (featuresFile)\r
 283     {\r
 284       if (featureLinks.size() > 0)\r
 285       {\r
 286         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 287       }\r
 288       if (autoenabledisplay)\r
 289       {\r
 290         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 291         sequenceFeatures.setState(true);\r
 292       }\r
 293       if (viewport.featureSettings != null)\r
 294       {\r
 295         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 296       }\r
 297       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 298       statusBar.setText("Successfully added features to alignment.");\r
 299     }\r
 300     return featuresFile;\r
 301   }\r
 302 \r
 303   @Override\r
 304   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 305   {\r
 306     if (viewport.cursorMode\r
 307             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 308                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 309                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 310             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 311       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 312 \r
 313     switch (evt.getKeyCode())\r
 314     {\r
 315     case 27: // escape key\r
 316       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 317 \r
 318       alignPanel.alabels.cancelDrag();\r
 319       break;\r
 320     case KeyEvent.VK_X:\r
 321       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 322       {\r
 323         cut_actionPerformed();\r
 324       }\r
 325       break;\r
 326     case KeyEvent.VK_C:\r
 327       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 328       {\r
 329         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 330       }\r
 331       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 332       {\r
 333         copy_actionPerformed();\r
 334       }\r
 335       break;\r
 336     case KeyEvent.VK_V:\r
 337       if (evt.isControlDown())\r
 338       {\r
 339         paste(evt.isShiftDown());\r
 340       }\r
 341       break;\r
 342     case KeyEvent.VK_A:\r
 343       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 344       {\r
 345         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 346       }\r
 347       break;\r
 348     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 349       if (viewport.cursorMode)\r
 350       {\r
 351         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 352       }\r
 353       else\r
 354       {\r
 355         moveSelectedSequences(false);\r
 356       }\r
 357       break;\r
 358 \r
 359     case KeyEvent.VK_UP:\r
 360       if (viewport.cursorMode)\r
 361       {\r
 362         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 363       }\r
 364       else\r
 365       {\r
 366         moveSelectedSequences(true);\r
 367       }\r
 368       break;\r
 369 \r
 370     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 371       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 372         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 373       else\r
 374         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 375       break;\r
 376 \r
 377     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 378       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 379         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 380       else\r
 381         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 382       break;\r
 383 \r
 384     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 385       if (viewport.cursorMode)\r
 386       {\r
 387         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 388                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 389       }\r
 390       break;\r
 391 \r
 392     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 393     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 394       if (viewport.cursorMode)\r
 395       {\r
 396         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 397                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 398       }\r
 399       else\r
 400       {\r
 401         cut_actionPerformed();\r
 402         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 403       }\r
 404       break;\r
 405 \r
 406     case KeyEvent.VK_S:\r
 407       if (viewport.cursorMode)\r
 408       {\r
 409         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 410       }\r
 411       break;\r
 412     case KeyEvent.VK_P:\r
 413       if (viewport.cursorMode)\r
 414       {\r
 415         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 416       }\r
 417       break;\r
 418 \r
 419     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 420     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 421       if (viewport.cursorMode)\r
 422       {\r
 423         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 424       }\r
 425       break;\r
 426 \r
 427     case KeyEvent.VK_Q:\r
 428       if (viewport.cursorMode)\r
 429       {\r
 430         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 431       }\r
 432       break;\r
 433     case KeyEvent.VK_M:\r
 434       if (viewport.cursorMode)\r
 435       {\r
 436         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 437       }\r
 438       break;\r
 439 \r
 440     case KeyEvent.VK_F2:\r
 441       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 442       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 443               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 444       if (viewport.cursorMode)\r
 445       {\r
 446         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 447         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 448       }\r
 449       break;\r
 450 \r
 451     case KeyEvent.VK_F:\r
 452       if (evt.isControlDown())\r
 453       {\r
 454         findMenuItem_actionPerformed();\r
 455       }\r
 456       break;\r
 457 \r
 458     case KeyEvent.VK_H:\r
 459     {\r
 460       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 461       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 462       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 463       break;\r
 464     }\r
 465 \r
 466     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 467       if (viewport.wrapAlignment)\r
 468       {\r
 469         alignPanel.scrollUp(true);\r
 470       }\r
 471       else\r
 472       {\r
 473         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 474                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 475       }\r
 476       break;\r
 477 \r
 478     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 479       if (viewport.wrapAlignment)\r
 480       {\r
 481         alignPanel.scrollUp(false);\r
 482       }\r
 483       else\r
 484       {\r
 485         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 486                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 487       }\r
 488       break;\r
 489 \r
 490     case KeyEvent.VK_Z:\r
 491       if (evt.isControlDown())\r
 492       {\r
 493         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 494       }\r
 495       break;\r
 496 \r
 497     case KeyEvent.VK_Y:\r
 498       if (evt.isControlDown())\r
 499       {\r
 500         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 501       }\r
 502       break;\r
 503 \r
 504     case KeyEvent.VK_L:\r
 505       if (evt.isControlDown())\r
 506       {\r
 507         trimAlignment(true);\r
 508       }\r
 509       break;\r
 510 \r
 511     case KeyEvent.VK_R:\r
 512       if (evt.isControlDown())\r
 513       {\r
 514         trimAlignment(false);\r
 515       }\r
 516       break;\r
 517 \r
 518     case KeyEvent.VK_E:\r
 519       if (evt.isControlDown())\r
 520       {\r
 521         if (evt.isShiftDown())\r
 522         {\r
 523           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 524         }\r
 525         else\r
 526         {\r
 527           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 528         }\r
 529       }\r
 530       break;\r
 531     case KeyEvent.VK_I:\r
 532       if (evt.isControlDown())\r
 533       {\r
 534         if (evt.isAltDown())\r
 535         {\r
 536           invertColSel_actionPerformed();\r
 537         }\r
 538         else\r
 539         {\r
 540           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 541         }\r
 542       }\r
 543       break;\r
 544 \r
 545     case KeyEvent.VK_U:\r
 546       if (evt.isControlDown())\r
 547       {\r
 548         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 549       }\r
 550       break;\r
 551 \r
 552     case KeyEvent.VK_T:\r
 553       if (evt.isControlDown())\r
 554       {\r
 555         newView(null);\r
 556       }\r
 557       break;\r
 558 \r
 559     }\r
 560     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 561   }\r
 562 \r
 563   /**\r
 564    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 565    *\r
 566    * @param toggleSeqs\r
 567    * @param toggleCols\r
 568    */\r
 569   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 570   {\r
 571     boolean hide = false;\r
 572     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 573     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 574     {\r
 575       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 576       // invert and then hide\r
 577       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 578       if ((viewport.getColumnSelection() != null && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport.getColumnSelection()\r
 579               .getSelected().size() > 0)\r
 580               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 581                       .getEndRes()))\r
 582       {\r
 583         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 584         // that no hiding is required.\r
 585         if (sg != null)\r
 586         {\r
 587           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 588           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 589           toggleSeqs = true;\r
 590 \r
 591         }\r
 592         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 593         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 594         // selection and indicate it should be hidden.\r
 595         invertColSel_actionPerformed();\r
 596         toggleCols = true;\r
 597       }\r
 598     }\r
 599 \r
 600     if (toggleSeqs)\r
 601     {\r
 602       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 603       {\r
 604         hide = true;\r
 605         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 606       }\r
 607       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0))\r
 608       {\r
 609         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 610       }\r
 611     }\r
 612 \r
 613     if (toggleCols)\r
 614     {\r
 615       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 616       {\r
 617         viewport.hideSelectedColumns();\r
 618         if (!toggleSeqs)\r
 619         {\r
 620           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 621         }\r
 622       }\r
 623       else if (!hide)\r
 624       {\r
 625         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 626       }\r
 627     }\r
 628   }\r
 629 \r
 630   @Override\r
 631   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 632   {\r
 633   }\r
 634 \r
 635   @Override\r
 636   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 637   {\r
 638   }\r
 639 \r
 640   @Override\r
 641   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 642   {\r
 643     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 644     {\r
 645       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 646     }\r
 647     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 648     {\r
 649       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 650     }\r
 651     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 652     {\r
 653       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 654     }\r
 655     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 656     {\r
 657       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 658     }\r
 659     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 660     {\r
 661       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 662     }\r
 663     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 664     {\r
 665       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 666     }\r
 667     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 668     {\r
 669       seqLimits_itemStateChanged();\r
 670     }\r
 671     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 672     {\r
 673       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 674     }\r
 675     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 676     {\r
 677       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 678     }\r
 679     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 680     {\r
 681       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 682     }\r
 683     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 684     {\r
 685       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 686       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 687     }\r
 688     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 689     {\r
 690       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 691       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 692     }\r
 693     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 694     {\r
 695       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 696     }\r
 697     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 698     {\r
 699       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 700     }\r
 701     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 702     {\r
 703       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 704     }\r
 705     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 706     {\r
 707       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 708     }\r
 709     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 710     {\r
 711       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 712     }\r
 713     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 714     {\r
 715       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 716     }\r
 717     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 718     {\r
 719       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 720     }\r
 721     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 722     {\r
 723       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 724     }\r
 725     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 726     {\r
 727       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 728     }\r
 729     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 730     {\r
 731       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 732     }\r
 733     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 734     {\r
 735       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 736     }\r
 737     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 738     {\r
 739       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 740     }\r
 741     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 742   }\r
 743 \r
 744   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 745   {\r
 746     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 747     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 748     // searchresults.\r
 749   }\r
 750 \r
 751   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 752   {\r
 753     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 754     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 755   }\r
 756 \r
 757   @Override\r
 758   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 759   {\r
 760     Object source = evt.getSource();\r
 761 \r
 762     if (source == inputText)\r
 763     {\r
 764       inputText_actionPerformed();\r
 765     }\r
 766     else if (source == loadTree)\r
 767     {\r
 768       loadTree_actionPerformed();\r
 769     }\r
 770     else if (source == loadApplication)\r
 771     {\r
 772       launchFullApplication();\r
 773     }\r
 774     else if (source == loadAnnotations)\r
 775     {\r
 776       loadAnnotations();\r
 777     }\r
 778     else if (source == outputAnnotations)\r
 779     {\r
 780       outputAnnotations(true);\r
 781     }\r
 782     else if (source == outputFeatures)\r
 783     {\r
 784       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 785     }\r
 786     else if (source == closeMenuItem)\r
 787     {\r
 788       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 789     }\r
 790     else if (source == copy)\r
 791     {\r
 792       copy_actionPerformed();\r
 793     }\r
 794     else if (source == undoMenuItem)\r
 795     {\r
 796       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 797     }\r
 798     else if (source == redoMenuItem)\r
 799     {\r
 800       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 801     }\r
 802     else if (source == inputText)\r
 803     {\r
 804       inputText_actionPerformed();\r
 805     }\r
 806     else if (source == closeMenuItem)\r
 807     {\r
 808       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 809     }\r
 810     else if (source == undoMenuItem)\r
 811     {\r
 812       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 813     }\r
 814     else if (source == redoMenuItem)\r
 815     {\r
 816       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 817     }\r
 818     else if (source == copy)\r
 819     {\r
 820       copy_actionPerformed();\r
 821     }\r
 822     else if (source == pasteNew)\r
 823     {\r
 824       pasteNew_actionPerformed();\r
 825     }\r
 826     else if (source == pasteThis)\r
 827     {\r
 828       pasteThis_actionPerformed();\r
 829     }\r
 830     else if (source == cut)\r
 831     {\r
 832       cut_actionPerformed();\r
 833     }\r
 834     else if (source == delete)\r
 835     {\r
 836       delete_actionPerformed();\r
 837     }\r
 838     else if (source == grpsFromSelection)\r
 839     {\r
 840       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 841     }\r
 842     else if (source == deleteGroups)\r
 843     {\r
 844       deleteGroups_actionPerformed();\r
 845     }\r
 846     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 847     {\r
 848       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 849     }\r
 850     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 851     {\r
 852       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 853     }\r
 854     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 855     {\r
 856       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 857     }\r
 858     else if (source == invertColSel)\r
 859     {\r
 860       viewport.invertColumnSelection();\r
 861       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 862     }\r
 863     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 864     {\r
 865       trimAlignment(true);\r
 866     }\r
 867     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 868     {\r
 869       trimAlignment(false);\r
 870     }\r
 871     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 872     {\r
 873       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 874     }\r
 875     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 876     {\r
 877       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 878     }\r
 879     else if (source == findMenuItem)\r
 880     {\r
 881       findMenuItem_actionPerformed();\r
 882     }\r
 883     else if (source == font)\r
 884     {\r
 885       new FontChooser(alignPanel);\r
 886     }\r
 887     else if (source == newView)\r
 888     {\r
 889       newView(null);\r
 890     }\r
 891     else if (source == showColumns)\r
 892     {\r
 893       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 894       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 895     }\r
 896     else if (source == showSeqs)\r
 897     {\r
 898       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 899       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 900     }\r
 901     else if (source == hideColumns)\r
 902     {\r
 903       viewport.hideSelectedColumns();\r
 904       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 905     }\r
 906     else if (source == hideSequences\r
 907             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 908     {\r
 909       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 910       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 911     }\r
 912     else if (source == hideAllButSelection)\r
 913     {\r
 914       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 915       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 916     }\r
 917     else if (source == hideAllSelection)\r
 918     {\r
 919       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 920       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 921       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 922       viewport.hideSelectedColumns();\r
 923       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 924     }\r
 925     else if (source == showAllHidden)\r
 926     {\r
 927       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 928       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 929       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 930     }\r
 931     else if (source == showGroupConsensus)\r
 932     {\r
 933       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 934     }\r
 935     else if (source == showGroupConservation)\r
 936     {\r
 937       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 938     }\r
 939     else if (source == showSequenceLogo)\r
 940     {\r
 941       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 942     }\r
 943     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 944     {\r
 945       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 946     }\r
 947     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 948     {\r
 949       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 950     }\r
 951     else if (source == featureSettings)\r
 952     {\r
 953       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 954     }\r
 955     else if (source == alProperties)\r
 956     {\r
 957       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 958               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
 959       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 960       cap.setText(contents.toString());\r
 961       Frame frame = new Frame();\r
 962       frame.add(cap);\r
 963       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 964               + getTitle(), 400, 250);\r
 965     }\r
 966     else if (source == overviewMenuItem)\r
 967     {\r
 968       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 969     }\r
 970     else if (source == noColourmenuItem)\r
 971     {\r
 972       changeColour(null);\r
 973     }\r
 974     else if (source == clustalColour)\r
 975     {\r
 976       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 977       changeColour(new ClustalxColourScheme(viewport.getAlignment(),null));\r
 978     }\r
 979     else if (source == zappoColour)\r
 980     {\r
 981       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 982     }\r
 983     else if (source == taylorColour)\r
 984     {\r
 985       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 986     }\r
 987     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 988     {\r
 989       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 990     }\r
 991     else if (source == helixColour)\r
 992     {\r
 993       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 994     }\r
 995     else if (source == strandColour)\r
 996     {\r
 997       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 998     }\r
 999     else if (source == turnColour)\r
1000     {\r
1001       changeColour(new TurnColourScheme());\r
1002     }\r
1003     else if (source == buriedColour)\r
1004     {\r
1005       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
1006     }\r
1007     else if (source == nucleotideColour)\r
1008     {\r
1009       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
1010     }\r
1011     else if (source == purinePyrimidineColour)\r
1012     {\r
1013       changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
1014     }\r
1015     else if (source == RNAInteractionColour)\r
1016     {\r
1017       changeColour(new RNAInteractionColourScheme());\r
1018     }\r
1019     else if (source == RNAHelixColour)\r
1020     {\r
1021       new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1022     }\r
1023     else if (source == modifyPID)\r
1024     {\r
1025       modifyPID_actionPerformed();\r
1026     }\r
1027     else if (source == modifyConservation)\r
1028     {\r
1029       modifyConservation_actionPerformed();\r
1030     }\r
1031     else if (source == userDefinedColour)\r
1032     {\r
1033       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1034     }\r
1035     else if (source == PIDColour)\r
1036     {\r
1037       changeColour(new PIDColourScheme());\r
1038     }\r
1039     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
1040     {\r
1041       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1042     }\r
1043     else if (source == tcoffeeColour) {\r
1044         changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
1045     }\r
1046     else if (source == annotationColour)\r
1047     {\r
1048       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1049     }\r
1050     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
1051     {\r
1052       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
1053     }\r
1054     else if (source == sortIDMenuItem)\r
1055     {\r
1056       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
1057     }\r
1058     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
1059     {\r
1060       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
1061     }\r
1062     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
1063     {\r
1064       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
1065     }\r
1066     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
1067     {\r
1068       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
1069     }\r
1070     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
1071     {\r
1072       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
1073     }\r
1074     else if (source == PCAMenuItem)\r
1075     {\r
1076       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
1077     }\r
1078     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
1079     {\r
1080       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1081     }\r
1082     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1083     {\r
1084       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1085     }\r
1086     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1087     {\r
1088       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1089     }\r
1090     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1091     {\r
1092       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1093     }\r
1094     else if (source == documentation)\r
1095     {\r
1096       documentation_actionPerformed();\r
1097     }\r
1098     else if (source == about)\r
1099     {\r
1100       about_actionPerformed();\r
1101     }\r
1102 \r
1103   }\r
1104 \r
1105   public void inputText_actionPerformed()\r
1106   {\r
1107     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1108     Frame frame = new Frame();\r
1109     frame.add(cap);\r
1110     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1111   }\r
1112 \r
1113   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1114   {\r
1115     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1116     Frame frame = new Frame();\r
1117     frame.add(cap);\r
1118     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1119             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1120     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1121             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1122             viewport.showJVSuffix));\r
1123   }\r
1124 \r
1125   public void loadAnnotations()\r
1126   {\r
1127     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1128     cap.setText("Paste your features / annotations / T-coffee score file here.");\r
1129     cap.setAnnotationImport();\r
1130     Frame frame = new Frame();\r
1131     frame.add(cap);\r
1132     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1133 \r
1134   }\r
1135 \r
1136   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1137   {\r
1138     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1139             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1140                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.getAlignment()\r
1141                     .getGroups(),\r
1142             ((Alignment) viewport.getAlignment()).alignmentProperties);\r
1143 \r
1144     if (displayTextbox)\r
1145     {\r
1146       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1147       Frame frame = new Frame();\r
1148       frame.add(cap);\r
1149       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1150       cap.setText(annotation);\r
1151     }\r
1152 \r
1153     return annotation;\r
1154   }\r
1155 \r
1156   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1157   {\r
1158     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null && viewport.featuresDisplayed!=null)\r
1159     {\r
1160       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1161       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1162       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1163       while (en.hasMoreElements())\r
1164       {\r
1165         Object col = en.nextElement();\r
1166         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1167       }\r
1168       return fcols;\r
1169     }\r
1170     return null;\r
1171   }\r
1172 \r
1173   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1174   {\r
1175     String features;\r
1176     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1177     {\r
1178       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
1179               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1180               getDisplayedFeatureCols());\r
1181     }\r
1182     else\r
1183     {\r
1184       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
1185               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1186               getDisplayedFeatureCols());\r
1187     }\r
1188 \r
1189     if (displayTextbox)\r
1190     {\r
1191       boolean frimport=false;\r
1192       if (features==null || features.equals("No Features Visible"))\r
1193       {\r
1194         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1195         frimport=true;\r
1196       }\r
1197 \r
1198       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1199       if (frimport)\r
1200       {\r
1201         cap.setAnnotationImport();\r
1202       }\r
1203       Frame frame = new Frame();\r
1204       frame.add(cap);\r
1205       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1206       cap.setText(features);\r
1207     } else {\r
1208       if (features==null)\r
1209         features = "";\r
1210     }\r
1211 \r
1212     return features;\r
1213   }\r
1214 \r
1215   void launchFullApplication()\r
1216   {\r
1217     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1218 \r
1219     url.append("?open="\r
1220             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1221 \r
1222     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1223     {\r
1224       url.append("&features=");\r
1225       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1226     }\r
1227 \r
1228     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1229     {\r
1230       url.append("&annotations=");\r
1231       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1232     }\r
1233 \r
1234     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1235     {\r
1236       url.append("&annotations=");\r
1237       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1238     }\r
1239 \r
1240     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1241     {\r
1242       url.append("&colour="\r
1243               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1244                       .getParameter("defaultColour")));\r
1245     }\r
1246 \r
1247     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1248     {\r
1249       url.append("&colour="\r
1250               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1251                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1252     }\r
1253     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1254     {\r
1255       url.append("&tree="\r
1256               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1257     }\r
1258     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1259     {\r
1260       url.append("&tree="\r
1261               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1262     }\r
1263 \r
1264     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1265   }\r
1266 \r
1267   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1268   {\r
1269     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1270     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1271     {\r
1272       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1273       {\r
1274         sb.append("%20");\r
1275       }\r
1276       else\r
1277       {\r
1278         sb.append(colour.charAt(i));\r
1279       }\r
1280     }\r
1281 \r
1282     return sb.toString();\r
1283   }\r
1284 \r
1285   String appendProtocol(String url)\r
1286   {\r
1287     try\r
1288     {\r
1289       new URL(url);\r
1290       url = URLEncoder.encode(url);\r
1291     }\r
1292     /*\r
1293      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1294      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1295      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1296      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1297      * ex.printStackTrace(); }\r
1298      */\r
1299     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1300     {\r
1301       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1302     }\r
1303     return url;\r
1304   }\r
1305 \r
1306   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1307   {\r
1308     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1309     if (alignPanel.seqPanel!=null && alignPanel.seqPanel.seqCanvas!=null)\r
1310     {\r
1311       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1312     }\r
1313     if (alignPanel.idPanel!=null && alignPanel.idPanel.idCanvas!=null) {\r
1314       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1315     }\r
1316 \r
1317     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1318     {\r
1319       System.exit(0);\r
1320     } else {\r
1321     }\r
1322     viewport = null;\r
1323     alignPanel = null;\r
1324     this.dispose();\r
1325   }\r
1326 \r
1327   /**\r
1328    * TODO: JAL-1104\r
1329    */\r
1330   void updateEditMenuBar()\r
1331   {\r
1332 \r
1333     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1334     {\r
1335       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1336       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1337       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1338     }\r
1339     else\r
1340     {\r
1341       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1342       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1343     }\r
1344 \r
1345     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1346     {\r
1347       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1348 \r
1349       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1350       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1351     }\r
1352     else\r
1353     {\r
1354       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1355       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1356     }\r
1357   }\r
1358 \r
1359   /**\r
1360    * TODO: JAL-1104\r
1361    */\r
1362   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1363   {\r
1364     if (command.getSize() > 0)\r
1365     {\r
1366       viewport.historyList.push(command);\r
1367       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1368       updateEditMenuBar();\r
1369       viewport.updateHiddenColumns();\r
1370     }\r
1371   }\r
1372 \r
1373   /**\r
1374    * TODO: JAL-1104\r
1375    * DOCUMENT ME!\r
1376    *\r
1377    * @param e\r
1378    *          DOCUMENT ME!\r
1379    */\r
1380   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1381   {\r
1382     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1383     {\r
1384       return;\r
1385     }\r
1386 \r
1387     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1388     viewport.redoList.push(command);\r
1389     command.undoCommand(null);\r
1390 \r
1391     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1392     // JBPNote Test\r
1393     if (originalSource!=viewport) {\r
1394       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1395     }\r
1396     originalSource.updateHiddenColumns(); //    originalSource.hasHiddenColumns = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1397     updateEditMenuBar();\r
1398     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1399             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1400   }\r
1401 \r
1402   /**\r
1403    * TODO: JAL-1104\r
1404    * DOCUMENT ME!\r
1405    *\r
1406    * @param e\r
1407    *          DOCUMENT ME!\r
1408    */\r
1409   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1410   {\r
1411     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1412     {\r
1413       return;\r
1414     }\r
1415 \r
1416     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1417     viewport.historyList.push(command);\r
1418     command.doCommand(null);\r
1419 \r
1420     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1421     // JBPNote Test\r
1422     if (originalSource!=viewport) {\r
1423       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1424     }\r
1425     originalSource.updateHiddenColumns(); //sethasHiddenColumns(); = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1426 \r
1427     updateEditMenuBar();\r
1428     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1429             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1430   }\r
1431 \r
1432   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1433   {\r
1434     AlignViewport originalSource = null;\r
1435     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1436     // the property change event FROM the viewport where the\r
1437     // original alignment was altered\r
1438     AlignmentI al = null;\r
1439     if (command instanceof EditCommand)\r
1440     {\r
1441       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1442       al = editCommand.getAlignment();\r
1443       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1444               .getSequenceSetId());\r
1445       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1446       {\r
1447         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1448         {\r
1449           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1450           {\r
1451             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1452             break;\r
1453           }\r
1454         }\r
1455       }\r
1456     }\r
1457 \r
1458     if (originalSource == null)\r
1459     {\r
1460       // The original view is closed, we must validate\r
1461       // the current view against the closed view first\r
1462       if (al != null)\r
1463       {\r
1464         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1465       }\r
1466 \r
1467       originalSource = viewport;\r
1468     }\r
1469 \r
1470     return originalSource;\r
1471   }\r
1472 \r
1473   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1474   {\r
1475     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1476     if (sg == null)\r
1477     {\r
1478       return;\r
1479     }\r
1480     viewport.getAlignment().moveSelectedSequencesByOne(sg, up ? null : viewport.getHiddenRepSequences(), up);\r
1481     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1482   }\r
1483 \r
1484   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1485   {\r
1486     List<SequenceI>sg = new Vector<SequenceI>();\r
1487     if (viewport.cursorMode)\r
1488     {\r
1489       sg.add(viewport.getAlignment()\r
1490               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1491     }\r
1492     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1493             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.getAlignment()\r
1494                     .getHeight())\r
1495     {\r
1496       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1497               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1498     }\r
1499 \r
1500     if (sg.size() < 1)\r
1501     {\r
1502       return;\r
1503     }\r
1504 \r
1505     Vector<SequenceI> invertGroup = new Vector();\r
1506 \r
1507     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1508     {\r
1509       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1510         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1511     }\r
1512 \r
1513     SequenceI[] seqs1 = sg.toArray(new SequenceI[sg.size()]);\r
1514 \r
1515     SequenceI[] seqs2 = invertGroup.toArray(new SequenceI[invertGroup.size()]);\r
1516     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1517       seqs2[i] = invertGroup.elementAt(i);\r
1518 \r
1519     SlideSequencesCommand ssc;\r
1520     if (right)\r
1521       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1522               size, viewport.getGapCharacter());\r
1523     else\r
1524       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1525               size, viewport.getGapCharacter());\r
1526 \r
1527     int groupAdjustment = 0;\r
1528     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1529     {\r
1530       if (viewport.cursorMode)\r
1531         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1532       else\r
1533         groupAdjustment = size;\r
1534     }\r
1535     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1536     {\r
1537       if (viewport.cursorMode)\r
1538         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1539       else\r
1540         groupAdjustment = -size;\r
1541     }\r
1542 \r
1543     if (groupAdjustment != 0)\r
1544     {\r
1545       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1546               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1547       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1548               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1549     }\r
1550 \r
1551     boolean appendHistoryItem = false;\r
1552     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1553             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1554     {\r
1555       appendHistoryItem = ssc\r
1556               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1557                       .peek());\r
1558     }\r
1559 \r
1560     if (!appendHistoryItem)\r
1561       addHistoryItem(ssc);\r
1562 \r
1563     repaint();\r
1564   }\r
1565 \r
1566   static StringBuffer copiedSequences;\r
1567 \r
1568   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1569 \r
1570   protected void copy_actionPerformed()\r
1571   {\r
1572     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1573     {\r
1574       return;\r
1575     }\r
1576 \r
1577     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1578     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1579     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1580     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1581     {\r
1582       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1583       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1584       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1585     }\r
1586 \r
1587     int index = 0, startRes, endRes;\r
1588     char ch;\r
1589 \r
1590     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1591     {\r
1592       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1593       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1594       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1595               .size(); i++)\r
1596       {\r
1597         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1598                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1599 \r
1600         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1601         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1602       }\r
1603     }\r
1604     else\r
1605     {\r
1606       copiedHiddenColumns = null;\r
1607     }\r
1608 \r
1609     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1610     {\r
1611       SequenceI seq = null;\r
1612 \r
1613       while (seq == null)\r
1614       {\r
1615         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1616         {\r
1617           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1618           index++;\r
1619 \r
1620           break;\r
1621         }\r
1622         else\r
1623         {\r
1624           index++;\r
1625         }\r
1626       }\r
1627 \r
1628       // FIND START RES\r
1629       // Returns residue following index if gap\r
1630       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1631 \r
1632       // FIND END RES\r
1633       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1634       endRes = 0;\r
1635 \r
1636       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1637       {\r
1638         ch = seq.getCharAt(j);\r
1639         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1640         {\r
1641           endRes++;\r
1642         }\r
1643       }\r
1644 \r
1645       if (endRes > 0)\r
1646       {\r
1647         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1648       }\r
1649 \r
1650       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1651               + "\t"\r
1652               + startRes\r
1653               + "\t"\r
1654               + endRes\r
1655               + "\t"\r
1656               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1657                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1658     }\r
1659 \r
1660   }\r
1661 \r
1662   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1663   {\r
1664     paste(true);\r
1665   }\r
1666 \r
1667   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1668   {\r
1669     paste(false);\r
1670   }\r
1671 \r
1672   void paste(boolean newAlignment)\r
1673   {\r
1674     try\r
1675     {\r
1676 \r
1677       if (copiedSequences == null)\r
1678       {\r
1679         return;\r
1680       }\r
1681 \r
1682       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1683       Vector seqs = new Vector();\r
1684       while (st.hasMoreElements())\r
1685       {\r
1686         String name = st.nextToken();\r
1687         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1688         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1689         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1690       }\r
1691       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1692       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1693       {\r
1694         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1695       }\r
1696 \r
1697       if (newAlignment)\r
1698       {\r
1699         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1700         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1701         {\r
1702           newtitle = getTitle();\r
1703         }\r
1704         else\r
1705         {\r
1706           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1707         }\r
1708         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1709                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1710         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1711         {\r
1712           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1713           {\r
1714             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1715             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1716           }\r
1717         }\r
1718 \r
1719         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1720                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1721       }\r
1722       else\r
1723       {\r
1724         addSequences(newSeqs);\r
1725       }\r
1726 \r
1727     } catch (Exception ex)\r
1728     {\r
1729     } // could be anything being pasted in here\r
1730 \r
1731   }\r
1732 \r
1733   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1734   {\r
1735     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1736     {\r
1737       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
1738     }\r
1739 \r
1740     // !newAlignment\r
1741     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1742             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(), viewport.getAlignment()));\r
1743 \r
1744     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
1745     viewport.getAlignment().getWidth();\r
1746     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1747             viewport.getAlignment().getSequences());\r
1748 \r
1749   }\r
1750 \r
1751   protected void cut_actionPerformed()\r
1752   {\r
1753     copy_actionPerformed();\r
1754     delete_actionPerformed();\r
1755   }\r
1756 \r
1757   protected void delete_actionPerformed()\r
1758   {\r
1759 \r
1760     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1761     if (sg == null)\r
1762     {\r
1763       return;\r
1764     }\r
1765 \r
1766     Vector seqs = new Vector();\r
1767     SequenceI seq;\r
1768     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1769     {\r
1770       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1771       seqs.addElement(seq);\r
1772     }\r
1773 \r
1774     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1775     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
1776     {\r
1777       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1778               sg.getEndRes() + 1);\r
1779     }\r
1780 \r
1781     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1782     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1783     {\r
1784       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1785     }\r
1786 \r
1787     /*\r
1788      * //ADD HISTORY ITEM\r
1789      */\r
1790     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1791             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1792             viewport.getAlignment()));\r
1793 \r
1794     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1795     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1796 \r
1797     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1798             .getSequences());\r
1799 \r
1800     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1801     {\r
1802       this.setVisible(false);\r
1803     }\r
1804     viewport.sendSelection();\r
1805   }\r
1806 \r
1807   /**\r
1808    * group consensus toggled\r
1809    *\r
1810    */\r
1811   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1812   {\r
1813     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1814     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1815 \r
1816   }\r
1817 \r
1818   /**\r
1819    * group conservation toggled.\r
1820    */\r
1821   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1822   {\r
1823     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1824     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1825   }\r
1826 \r
1827   /*\r
1828    * (non-Javadoc)\r
1829    *\r
1830    * @see\r
1831    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1832    * .event.ActionEvent)\r
1833    */\r
1834   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1835   {\r
1836     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1837     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1838   }\r
1839   /*\r
1840    * (non-Javadoc)\r
1841    *\r
1842    * @see\r
1843    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1844    * .event.ActionEvent)\r
1845    */\r
1846   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1847   {\r
1848     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1849     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1850   }\r
1851 \r
1852   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1853   {\r
1854     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1855   }\r
1856 \r
1857   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1858   {\r
1859     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1860     {\r
1861       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1862               viewport.getSequenceSelection(),\r
1863               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1864                       viewport.getGapCharacter()),\r
1865               viewport.getAlignment().getGroups());\r
1866       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1867       viewport.sequenceColours = null;\r
1868       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1869       // set view properties for each group\r
1870       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1871       {\r
1872         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1873         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1874         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);\r
1875         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1876                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1877         col = col.brighter();\r
1878         for (SequenceI sq : gps[g].getSequences(null))\r
1879           viewport.setSequenceColour(\r
1880                 sq, col)\r
1881           ;\r
1882       }\r
1883       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1884       alignPanel.updateAnnotation();\r
1885       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1886     }\r
1887   }\r
1888 \r
1889   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1890   {\r
1891     viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1892     viewport.sequenceColours = null;\r
1893     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1894 \r
1895     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1896   }\r
1897 \r
1898   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1899   {\r
1900     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1901     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1902     {\r
1903       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1904     }\r
1905     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
1906     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1907     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1908     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1909     viewport.sendSelection();\r
1910   }\r
1911 \r
1912   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1913   {\r
1914     if (viewport.cursorMode)\r
1915     {\r
1916       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1917       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1918     }\r
1919     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1920     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1921     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1922     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1923     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1924     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1925     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1926     viewport.sendSelection();\r
1927   }\r
1928 \r
1929   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1930   {\r
1931     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1932     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1933     {\r
1934       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1935     }\r
1936 \r
1937     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1938     viewport.sendSelection();\r
1939   }\r
1940 \r
1941   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1942   {\r
1943     viewport.invertColumnSelection();\r
1944     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1945     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1946     viewport.sendSelection();\r
1947   }\r
1948 \r
1949   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1950   {\r
1951     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1952     int column;\r
1953 \r
1954     if (colSel.size() > 0)\r
1955     {\r
1956       if (trimLeft)\r
1957       {\r
1958         column = colSel.getMin();\r
1959       }\r
1960       else\r
1961       {\r
1962         column = colSel.getMax();\r
1963       }\r
1964 \r
1965       SequenceI[] seqs;\r
1966       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1967       {\r
1968         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1969                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
1970       }\r
1971       else\r
1972       {\r
1973         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
1974       }\r
1975 \r
1976       TrimRegionCommand trimRegion;\r
1977       if (trimLeft)\r
1978       {\r
1979         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
1980                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
1981                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
1982                 viewport.getSelectionGroup());\r
1983         viewport.setStartRes(0);\r
1984       }\r
1985       else\r
1986       {\r
1987         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
1988                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
1989                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
1990                 viewport.getSelectionGroup());\r
1991       }\r
1992 \r
1993       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
1994 \r
1995       addHistoryItem(trimRegion);\r
1996 \r
1997 \r
1998 \r
1999       for (SequenceGroup sg:viewport.getAlignment().getGroups())\r
2000       {\r
2001         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
2002                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
2003         {\r
2004           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
2005         }\r
2006       }\r
2007 \r
2008       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
2009               .getAlignment().getSequences());\r
2010     }\r
2011   }\r
2012 \r
2013   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
2014   {\r
2015     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2016 \r
2017     SequenceI[] seqs;\r
2018     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2019     {\r
2020       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2021               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2022       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2023       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2024     }\r
2025     else\r
2026     {\r
2027       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2028     }\r
2029 \r
2030     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2031             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.getAlignment());\r
2032 \r
2033     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2034 \r
2035     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
2036             + " empty columns.");\r
2037 \r
2038     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2039     // of first sequence\r
2040     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2041     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2042     // ShiftList shifts;\r
2043     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2044     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2045     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2046     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2047     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2048     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2049             .getSequences());\r
2050 \r
2051   }\r
2052 \r
2053   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2054   {\r
2055     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2056 \r
2057     SequenceI[] seqs;\r
2058     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2059     {\r
2060       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2061               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2062       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2063       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2064     }\r
2065     else\r
2066     {\r
2067       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2068     }\r
2069 \r
2070     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2071     // of first sequence\r
2072     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2073     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2074 \r
2075     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2076             viewport.getAlignment()));\r
2077 \r
2078     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2079 \r
2080     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2081             .getSequences());\r
2082 \r
2083   }\r
2084 \r
2085   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2086   {\r
2087     new Finder(alignPanel);\r
2088   }\r
2089 \r
2090   /**\r
2091    * create a new view derived from the current view\r
2092    *\r
2093    * @param viewtitle\r
2094    * @return frame for the new view\r
2095    */\r
2096   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2097   {\r
2098     AlignmentI newal;\r
2099     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2100     {\r
2101       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2102               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2103     }\r
2104     else\r
2105     {\r
2106       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2107     }\r
2108 \r
2109     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2110     {\r
2111       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2112       {\r
2113         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2114         {\r
2115           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2116         }\r
2117       }\r
2118     }\r
2119 \r
2120     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2121 \r
2122     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2123     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2124     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2125             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2126 \r
2127     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2128             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2129     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2130             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2131 \r
2132     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2133             .getSequenceSetId());\r
2134     int viewSize = -1;\r
2135     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2136     {\r
2137       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2138       {\r
2139         viewSize++;\r
2140       }\r
2141     }\r
2142 \r
2143     String title = new String(this.getTitle());\r
2144     if (viewtitle != null)\r
2145     {\r
2146       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2147     }\r
2148     else\r
2149     {\r
2150       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2151       {\r
2152         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2153       }\r
2154       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2155     }\r
2156 \r
2157     newaf.setTitle(title.toString());\r
2158 \r
2159     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2160     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2161     return newaf;\r
2162   }\r
2163 \r
2164   /**\r
2165    *\r
2166    * @return list of feature groups on the view\r
2167    */\r
2168   public String[] getFeatureGroups()\r
2169   {\r
2170     FeatureRenderer fr = null;\r
2171     if (alignPanel != null\r
2172             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2173     {\r
2174       return fr.getGroups();\r
2175     }\r
2176     return null;\r
2177   }\r
2178 \r
2179   /**\r
2180    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2181    *\r
2182    * @param visible\r
2183    *          true is visible\r
2184    * @return list\r
2185    */\r
2186   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2187   {\r
2188     FeatureRenderer fr = null;\r
2189     if (alignPanel != null\r
2190             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2191     {\r
2192       return fr.getGroups(visible);\r
2193     }\r
2194     return null;\r
2195   }\r
2196 \r
2197   /**\r
2198    * Change the display state for the given feature groups\r
2199    *\r
2200    * @param groups\r
2201    *          list of group strings\r
2202    * @param state\r
2203    *          visible or invisible\r
2204    */\r
2205   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2206   {\r
2207     FeatureRenderer fr = null;\r
2208     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2209     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2210     if (alignPanel != null\r
2211             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2212     {\r
2213       fr.setGroupState(groups, state);\r
2214       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2215       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2216       {\r
2217         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2218       }\r
2219     }\r
2220   }\r
2221 \r
2222   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2223   {\r
2224     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2225     alignPanel.fontChanged();\r
2226     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2227   }\r
2228 \r
2229   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2230   {\r
2231     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2232     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2233   }\r
2234 \r
2235   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2236   {\r
2237     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2238     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2239   }\r
2240 \r
2241   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2242   {\r
2243     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2244     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2245     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2246     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2247     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2248     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2249   }\r
2250 \r
2251   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2252   {\r
2253     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2254     {\r
2255       return;\r
2256     }\r
2257 \r
2258     Frame frame = new Frame();\r
2259     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2260     frame.add(overview);\r
2261     // +50 must allow for applet frame window\r
2262     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2263             overview.getPreferredSize().width,\r
2264             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2265 \r
2266     frame.pack();\r
2267     final AlignmentPanel ap=alignPanel;\r
2268     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2269     {\r
2270       @Override\r
2271       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2272       {\r
2273         if (ap!=null) {\r
2274           ap.setOverviewPanel(null);\r
2275         }\r
2276       };\r
2277     });\r
2278 \r
2279     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2280 \r
2281   }\r
2282 \r
2283   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2284   {\r
2285     int threshold = 0;\r
2286 \r
2287     if (cs != null)\r
2288     {\r
2289       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2290       {\r
2291         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2292                 "Background");\r
2293 \r
2294         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2295 \r
2296         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2297       }\r
2298       else\r
2299       {\r
2300         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2301       }\r
2302 \r
2303       if (viewport.getConservationSelected())\r
2304       {\r
2305 \r
2306         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
2307         Conservation c = new Conservation("All",\r
2308                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2309                 al.getWidth() - 1);\r
2310 \r
2311         c.calculate();\r
2312         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2313 \r
2314         cs.setConservation(c);\r
2315 \r
2316         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2317                 cs, "Background"));\r
2318 \r
2319       }\r
2320       else\r
2321       {\r
2322         cs.setConservation(null);\r
2323       }\r
2324 \r
2325       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
2326 \r
2327     }\r
2328     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2329 \r
2330 \r
2331     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2332     {\r
2333       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2334     }\r
2335 \r
2336     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2337             .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
2338                     alignPanel);\r
2339 \r
2340     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2341   }\r
2342 \r
2343   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2344   {\r
2345     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2346             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2347     {\r
2348       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2349               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2350       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2351     }\r
2352   }\r
2353 \r
2354   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2355   {\r
2356     if (viewport.getConservationSelected()\r
2357             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2358     {\r
2359       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2360               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2361       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2362     }\r
2363   }\r
2364 \r
2365   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2366   {\r
2367     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2368 \r
2369     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2370     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2371 \r
2372     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2373 \r
2374     modifyConservation_actionPerformed();\r
2375   }\r
2376 \r
2377   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2378   {\r
2379     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2380 \r
2381     conservationMenuItem.setState(false);\r
2382     viewport.setConservationSelected(false);\r
2383 \r
2384     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2385 \r
2386     modifyPID_actionPerformed();\r
2387   }\r
2388 \r
2389   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2390   {\r
2391     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2392     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2393             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2394 \r
2395     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2396             viewport.getAlignment()));\r
2397     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2398   }\r
2399 \r
2400   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2401   {\r
2402     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2403     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2404     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2405     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2406   }\r
2407 \r
2408   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2409   {\r
2410     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2411     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2412     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2413             viewport.getAlignment()));\r
2414     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2415   }\r
2416 \r
2417   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2418   {\r
2419     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2420     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2421     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2422             viewport.getAlignment()));\r
2423     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2424 \r
2425   }\r
2426 \r
2427   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2428   {\r
2429     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2430   }\r
2431 \r
2432   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2433   {\r
2434     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2435             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2436     {\r
2437       Frame frame = new Frame();\r
2438       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2439       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2440               500);\r
2441     }\r
2442   }\r
2443 \r
2444   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2445   {\r
2446     // are the sequences aligned?\r
2447     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2448     {\r
2449       SequenceI current;\r
2450       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2451 \r
2452       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2453       {\r
2454         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2455 \r
2456         if (current.getLength() < Width)\r
2457         {\r
2458           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2459         }\r
2460       }\r
2461       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2462     }\r
2463 \r
2464     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2465             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2466             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2467             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2468     {\r
2469       return;\r
2470     }\r
2471 \r
2472     try\r
2473     {\r
2474       new PCAPanel(viewport);\r
2475     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2476     {\r
2477     }\r
2478 \r
2479   }\r
2480 \r
2481   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2482   {\r
2483     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2484   }\r
2485 \r
2486   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2487   {\r
2488     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2489   }\r
2490 \r
2491   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2492   {\r
2493     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2494   }\r
2495 \r
2496   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2497   {\r
2498     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2499   }\r
2500 \r
2501   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2502   {\r
2503     // are the sequences aligned?\r
2504     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2505     {\r
2506       SequenceI current;\r
2507       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2508 \r
2509       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2510       {\r
2511         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2512 \r
2513         if (current.getLength() < Width)\r
2514         {\r
2515           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2516         }\r
2517       }\r
2518       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2519 \r
2520     }\r
2521 \r
2522     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2523             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2524             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.getAlignment()\r
2525                     .getHeight() > 1))\r
2526     {\r
2527       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2528 \r
2529       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2530 \r
2531       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2532     }\r
2533   }\r
2534 \r
2535   void loadTree_actionPerformed()\r
2536   {\r
2537     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2538     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2539     cap.setTreeImport();\r
2540     Frame frame = new Frame();\r
2541     frame.add(cap);\r
2542     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2543   }\r
2544 \r
2545   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2546   {\r
2547     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2548     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2549     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2550   }\r
2551 \r
2552   /**\r
2553    * sort the alignment using the given treePanel\r
2554    *\r
2555    * @param treePanel\r
2556    *          tree used to sort view\r
2557    * @param title\r
2558    *          string used for undo event name\r
2559    */\r
2560   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2561   {\r
2562     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2563     AlignmentSorter\r
2564             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2565     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2566     // HistoryItem.SORT));\r
2567     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2568             viewport.getAlignment()));\r
2569     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2570   }\r
2571 \r
2572   /**\r
2573    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2574    * the menu structure for the new tree\r
2575    *\r
2576    * @param treePanel\r
2577    * @param title\r
2578    */\r
2579   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2580           final String title)\r
2581   {\r
2582     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2583     sortByTreeMenu.add(item);\r
2584     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2585     {\r
2586       @Override\r
2587       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2588       {\r
2589         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2590       }\r
2591     });\r
2592 \r
2593     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2594     {\r
2595       @Override\r
2596       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2597       {\r
2598         if (viewport.sortByTree)\r
2599         {\r
2600           sortByTree(treePanel, title);\r
2601         }\r
2602         super.windowOpened(e);\r
2603       }\r
2604 \r
2605       @Override\r
2606       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2607       {\r
2608         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2609       };\r
2610     });\r
2611   }\r
2612   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2613   {\r
2614     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
2615     .getSequencesArray();\r
2616     if (viewport.applet.debug)\r
2617     {\r
2618       System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
2619     }\r
2620     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2621     if (undoname!=null)\r
2622     {\r
2623       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2624     }\r
2625     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2626     return true;\r
2627   }\r
2628 \r
2629   protected void documentation_actionPerformed()\r
2630   {\r
2631     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2632   }\r
2633 \r
2634   protected void about_actionPerformed()\r
2635   {\r
2636 \r
2637     class AboutPanel extends Canvas\r
2638     {\r
2639       String version;\r
2640 \r
2641       String builddate;\r
2642 \r
2643       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2644       {\r
2645         this.version = version;\r
2646         this.builddate = builddate;\r
2647       }\r
2648 \r
2649       @Override\r
2650       public void paint(Graphics g)\r
2651       {\r
2652         g.setColor(Color.white);\r
2653         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2654         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2655         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2656         int fh = fm.getHeight();\r
2657         int y = 5, x = 7;\r
2658         g.setColor(Color.black);\r
2659         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2660         // lite and application\r
2661         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2662         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2663         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2664         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2665         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2666         g.drawString(\r
2667                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",\r
2668                 x, y += fh * 1.5);\r
2669         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);\r
2670         g.drawString(\r
2671                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2672                 x, y += fh);\r
2673         g.drawString(\r
2674                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2675                 x, y += fh);\r
2676         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2677         g.drawString(\r
2678                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2679                 x, y += fh);\r
2680         g.drawString(\r
2681                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2682                 x, y += fh);\r
2683         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2684                 x, y += fh);\r
2685       }\r
2686     }\r
2687 \r
2688     Frame frame = new Frame();\r
2689     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2690             .getBuildDate()));\r
2691     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2692 \r
2693   }\r
2694 \r
2695   public void showURL(String url, String target)\r
2696   {\r
2697     if (viewport.applet == null)\r
2698     {\r
2699       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2700     }\r
2701     else\r
2702     {\r
2703       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2704     }\r
2705   }\r
2706 \r
2707   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2708   // JBuilder Graphics here\r
2709 \r
2710   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2711 \r
2712   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2713 \r
2714   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2715 \r
2716   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2717 \r
2718   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2719 \r
2720   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2721 \r
2722   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2723 \r
2724   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2725 \r
2726   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2727 \r
2728   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2729 \r
2730   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2731 \r
2732   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2733 \r
2734   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2735 \r
2736   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2737 \r
2738   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2739 \r
2740   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2741 \r
2742   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2743 \r
2744   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2745 \r
2746   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2747 \r
2748   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2749 \r
2750   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2751 \r
2752   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2753 \r
2754   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2755 \r
2756   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2757 \r
2758   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2759 \r
2760   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2761 \r
2762   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2763 \r
2764   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2765 \r
2766   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2767 \r
2768   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2769 \r
2770   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2771 \r
2772   public Label statusBar = new Label();\r
2773 \r
2774   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2775 \r
2776   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2777 \r
2778   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2779 \r
2780   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2781 \r
2782   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2783 \r
2784   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2785 \r
2786   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2787 \r
2788   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2789 \r
2790   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2791 \r
2792   MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();\r
2793   MenuItem RNAInteractionColour = new MenuItem();\r
2794   MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();\r
2795 \r
2796   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2797 \r
2798   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2799 \r
2800   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2801 \r
2802   MenuItem tcoffeeColour = new MenuItem();\r
2803 \r
2804   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2805 \r
2806   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2807 \r
2808   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2809 \r
2810   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2811 \r
2812   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2813 \r
2814   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2815 \r
2816   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2817 \r
2818   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2819 \r
2820   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2821 \r
2822   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2823 \r
2824   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2825 \r
2826   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2827 \r
2828   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2829 \r
2830   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2831 \r
2832   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2833 \r
2834   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2835 \r
2836   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2837 \r
2838   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2839 \r
2840   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2841 \r
2842   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2843 \r
2844   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2845 \r
2846   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2847 \r
2848   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2849 \r
2850   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2851 \r
2852   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2853 \r
2854   MenuItem font = new MenuItem();\r
2855 \r
2856   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2857 \r
2858   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2859 \r
2860   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2861 \r
2862   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2863 \r
2864   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2865 \r
2866   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2867           "Autocalculate Consensus", true);\r
2868 \r
2869   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2870           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2871 \r
2872   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2873 \r
2874   Menu sort = new Menu();\r
2875 \r
2876   Menu calculate = new Menu();\r
2877 \r
2878   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2879 \r
2880   Menu helpMenu = new Menu();\r
2881 \r
2882   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2883 \r
2884   MenuItem about = new MenuItem();\r
2885 \r
2886   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2887 \r
2888   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2889 \r
2890   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2891   Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
2892   CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
2893   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2894   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2895   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2896   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2897 \r
2898   private void jbInit() throws Exception\r
2899   {\r
2900 \r
2901     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2902 \r
2903     MenuItem item;\r
2904 \r
2905     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2906     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2907     {\r
2908 \r
2909       item = new MenuItem(\r
2910               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2911 \r
2912       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2913       {\r
2914         @Override\r
2915         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2916         {\r
2917           outputText_actionPerformed(e);\r
2918         }\r
2919       });\r
2920 \r
2921       outputTextboxMenu.add(item);\r
2922     }\r
2923     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
2924     loadApplication.addActionListener(this);\r
2925 \r
2926     loadTree.addActionListener(this);\r
2927     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
2928     outputFeatures.addActionListener(this);\r
2929     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
2930     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2931     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2932     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
2933     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
2934     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
2935     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
2936     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
2937     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
2938     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
2939     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
2940     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
2941     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
2942     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
2943     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
2944     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
2945     viewTextMenuItem.setState(true);\r
2946     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
2947     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
2948     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
2949     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
2950     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
2951     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
2952     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
2953     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
2954     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
2955     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
2956     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
2957     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
2958     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
2959     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
2960     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
2961     averageDistanceTreeMenuItem\r
2962             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
2963     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2964     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
2965     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
2966     statusBar.setBackground(Color.white);\r
2967     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
2968     statusBar.setText("Status bar");\r
2969     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
2970     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
2971 \r
2972     clustalColour.addActionListener(this);\r
2973     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
2974     zappoColour.addActionListener(this);\r
2975     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
2976     taylorColour.addActionListener(this);\r
2977     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
2978     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
2979     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
2980     helixColour.addActionListener(this);\r
2981     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
2982     strandColour.addActionListener(this);\r
2983     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
2984     turnColour.addActionListener(this);\r
2985     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
2986     buriedColour.addActionListener(this);\r
2987     purinePyrimidineColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
2988     purinePyrimidineColour.addActionListener(this);\r
2989     RNAInteractionColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
2990     RNAInteractionColour.addActionListener(this);\r
2991     RNAHelixColour.setLabel("by RNA Helices");\r
2992     RNAHelixColour.addActionListener(this);\r
2993     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
2994     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
2995     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
2996     PIDColour.addActionListener(this);\r
2997     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
2998     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
2999     tcoffeeColour.setLabel("T-Coffee Scores");\r
3000     tcoffeeColour.setEnabled(false);    // it will enabled only if a score file is provided\r
3001     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
3002     avDistanceTreeBlosumMenuItem .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
3003     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3004     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
3005     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3006     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
3007     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
3008     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
3009     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3010     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
3011     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
3012     alProperties.addActionListener(this);\r
3013     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
3014     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
3015     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
3016     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
3017     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
3018     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
3019     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
3020     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
3021     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
3022     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
3023     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
3024     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
3025     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
3026     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
3027     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
3028     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3029     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3030     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3031     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3032     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3033     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3034     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3035     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3036     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3037     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3038     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3039     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3040     copy.setLabel("Copy");\r
3041     copy.addActionListener(this);\r
3042     cut.setLabel("Cut");\r
3043     cut.addActionListener(this);\r
3044     delete.setLabel("Delete");\r
3045     delete.addActionListener(this);\r
3046     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3047     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3048     pasteNew.addActionListener(this);\r
3049     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3050     pasteThis.addActionListener(this);\r
3051     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3052     applyToAllGroups.setState(true);\r
3053     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3054     font.setLabel("Font...");\r
3055     font.addActionListener(this);\r
3056     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3057     scaleAbove.setState(true);\r
3058     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3059     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3060     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3061     scaleLeft.setState(true);\r
3062     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3063     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3064     scaleRight.setEnabled(false);\r
3065     scaleRight.setState(true);\r
3066     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3067     scaleRight.addItemListener(this);\r
3068     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3069     modifyPID.addActionListener(this);\r
3070     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3071     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3072     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3073     sort.setLabel("Sort");\r
3074     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3075     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3076     sortByTree.addItemListener(this);\r
3077     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3078     inputText.addActionListener(this);\r
3079     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3080     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3081     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3082     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3083     helpMenu.setLabel("Help");\r
3084     documentation.setLabel("Documentation");\r
3085     documentation.addActionListener(this);\r
3086 \r
3087     about.setLabel("About...");\r
3088     about.addActionListener(this);\r
3089     seqLimits.setState(true);\r
3090     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3091     seqLimits.addItemListener(this);\r
3092     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3093     featureSettings.addActionListener(this);\r
3094     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3095     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3096     sequenceFeatures.setState(false);\r
3097     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3098     annotationColour.addActionListener(this);\r
3099     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3100     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3101     menu1.setLabel("Show");\r
3102     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3103     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3104     menu2.setLabel("Hide");\r
3105     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3106     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3107     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3108     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3109     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3110     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3111     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3112     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3113     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3114     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3115     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3116     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3117 \r
3118     invertColSel.addActionListener(this);\r
3119     showColumns.addActionListener(this);\r
3120     showSeqs.addActionListener(this);\r
3121     hideColumns.addActionListener(this);\r
3122     hideSequences.addActionListener(this);\r
3123     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3124     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3125     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3126     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3127     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3128     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3129     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3130     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3131     formatMenu.setLabel("Format");\r
3132     selectMenu.setLabel("Select");\r
3133     newView.setLabel("New View");\r
3134     newView.addActionListener(this);\r
3135     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3136     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3137     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3138     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3139     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3140     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3141     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3142     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3143 \r
3144     fileMenu.add(inputText);\r
3145     fileMenu.add(loadTree);\r
3146     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3147 \r
3148     fileMenu.addSeparator();\r
3149     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3150     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3151     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3152 \r
3153     if (jalviewServletURL != null)\r
3154     {\r
3155       fileMenu.add(loadApplication);\r
3156     }\r
3157 \r
3158     fileMenu.addSeparator();\r
3159     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3160 \r
3161     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3162     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3163     editMenu.add(cut);\r
3164     editMenu.add(copy);\r
3165     editMenu.add(pasteMenu);\r
3166     editMenu.add(delete);\r
3167     editMenu.addSeparator();\r
3168     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3169     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3170     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3171     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3172     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3173     viewMenu.add(newView);\r
3174     viewMenu.addSeparator();\r
3175     viewMenu.add(menu1);\r
3176     viewMenu.add(menu2);\r
3177     viewMenu.addSeparator();\r
3178     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3179     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3180     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3181     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3182     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3183     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3184     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3185     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3186     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3187     viewMenu.addSeparator();\r
3188     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3189     viewMenu.add(featureSettings);\r
3190     viewMenu.addSeparator();\r
3191     viewMenu.add(alProperties);\r
3192     viewMenu.addSeparator();\r
3193     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3194     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3195     colourMenu.addSeparator();\r
3196     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3197     colourMenu.add(clustalColour);\r
3198     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3199     colourMenu.add(PIDColour);\r
3200     colourMenu.add(zappoColour);\r
3201     colourMenu.add(taylorColour);\r
3202     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3203     colourMenu.add(helixColour);\r
3204     colourMenu.add(strandColour);\r
3205     colourMenu.add(turnColour);\r
3206     colourMenu.add(buriedColour);\r
3207     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3208     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);\r
3209     colourMenu.add(RNAInteractionColour);\r
3210     colourMenu.add(tcoffeeColour);\r
3211     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3212     colourMenu.addSeparator();\r
3213     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3214     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3215     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3216     colourMenu.add(modifyPID);\r
3217     colourMenu.add(annotationColour);\r
3218     colourMenu.add(RNAHelixColour);\r
3219     calculateMenu.add(sort);\r
3220     calculateMenu.add(calculate);\r
3221     calculateMenu.addSeparator();\r
3222     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3223     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3224     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3225     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3226     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3227     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3228     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3229     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3230     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3231     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3232     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3233     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3234     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3235     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3236     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3237     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3238     helpMenu.add(documentation);\r
3239     helpMenu.add(about);\r
3240     menu1.add(showColumns);\r
3241     menu1.add(showSeqs);\r
3242     menu1.add(showAllHidden);\r
3243     menu2.add(hideColumns);\r
3244     menu2.add(hideSequences);\r
3245     menu2.add(hideAllSelection);\r
3246     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3247     formatMenu.add(font);\r
3248     formatMenu.add(seqLimits);\r
3249     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3250     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3251     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3252     formatMenu.add(scaleRight);\r
3253     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3254     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3255     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3256     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3257     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3258     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3259     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3260     selectMenu.addSeparator();\r
3261     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3262     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3263     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3264     selectMenu.add(invertColSel);\r
3265     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3266     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3267 \r
3268   }\r
3269 \r
3270   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3271 \r
3272   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3273 \r
3274   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3275 \r
3276   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3277 \r
3278   Menu menu1 = new Menu();\r
3279 \r
3280   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3281 \r
3282   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3283 \r
3284   Menu menu2 = new Menu();\r
3285 \r
3286   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3287 \r
3288   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3289 \r
3290   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3291 \r
3292   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3293 \r
3294   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3295 \r
3296   Menu formatMenu = new Menu();\r
3297 \r
3298   Menu selectMenu = new Menu();\r
3299 \r
3300   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3301 \r
3302   /**\r
3303    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3304    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3305    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3306    *\r
3307    * @param reallyEmbedded\r
3308    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3309    *          in a new window\r
3310    */\r
3311   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3312   {\r
3313     if (reallyEmbedded)\r
3314     {\r
3315       // ////\r
3316       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3317       //\r
3318       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3319       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3320       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3321       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3322               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3323       // and actually add the components to the applet area\r
3324       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3325       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3326       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3327       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3328               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3329                       - statusBar.HEIGHT);\r
3330       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3331       final AlignFrame me = this;\r
3332       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3333       {\r
3334 \r
3335         @Override\r
3336         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3337         {\r
3338           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
3339                   me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3340         }}\r
3341 \r
3342         @Override\r
3343         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3344         {\r
3345           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3346         }\r
3347       });\r
3348       viewport.applet.validate();\r
3349     }\r
3350     else\r
3351     {\r
3352       // //////\r
3353       // test and embed menu bar if necessary.\r
3354       //\r
3355       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3356       {\r
3357         // adjust for status bar height too\r
3358         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3359                 - statusBar.HEIGHT);\r
3360       }\r
3361       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3362       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3363       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3364       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3365               DEFAULT_HEIGHT);\r
3366     }\r
3367   }\r
3368 \r
3369   /**\r
3370    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3371    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3372    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3373    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3374    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3375    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3376    *\r
3377    * @param viewer\r
3378    *          JmolViewer instance\r
3379    * @param sequenceIds\r
3380    *          - sequence Ids to search for associations\r
3381    */\r
3382   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3383           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3384   {\r
3385     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3386     try\r
3387     {\r
3388       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3389     } catch (ClassCastException ex)\r
3390     {\r
3391       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3392               + jmolviewer.getClass());\r
3393     }\r
3394     if (viewer == null)\r
3395     {\r
3396       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3397               + jmolviewer.getClass());\r
3398       return null;\r
3399     }\r
3400     SequenceI[] seqs = null;\r
3401     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3402     {\r
3403       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3404     }\r
3405     else\r
3406     {\r
3407       Vector sqi = new Vector();\r
3408       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3409       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3410       {\r
3411         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3412         if (sq != null)\r
3413         {\r
3414           sqi.addElement(sq);\r
3415         }\r
3416       }\r
3417       if (sqi.size() > 0)\r
3418       {\r
3419         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3420         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3421         {\r
3422           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3423         }\r
3424       }\r
3425       else\r
3426       {\r
3427         return null;\r
3428       }\r
3429     }\r
3430     ExtJmol jmv = null;\r
3431     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3432     if (jmv == null)\r
3433     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3434       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
3435     }\r
3436     return jmv;\r
3437 \r
3438   }\r
3439   /**\r
3440    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3441    *\r
3442    * @param sequenceId\r
3443    *          - sequenceId within the dataset.\r
3444    * @param pdbEntryString\r
3445    *          - the short name for the PDB file\r
3446    * @param pdbFile\r
3447    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3448    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3449    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3450    *         fails.\r
3451    */\r
3452   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3453           String pdbFile)\r
3454   {\r
3455     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3456     boolean needtoadd = false;\r
3457     if (toaddpdb != null)\r
3458     {\r
3459       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3460       PDBEntry pdbentry = null;\r
3461       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3462       {\r
3463         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3464         {\r
3465           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3466           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3467                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3468           {\r
3469             pdbentry = null;\r
3470           }\r
3471           else\r
3472           {\r
3473             continue;\r
3474           }\r
3475         }\r
3476       }\r
3477       if (pdbentry == null)\r
3478       {\r
3479         pdbentry = new PDBEntry();\r
3480         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3481         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3482         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3483       }\r
3484       // resolve data source\r
3485       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3486       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3487       if (protocol == null)\r
3488       {\r
3489         return false;\r
3490       }\r
3491       if (needtoadd)\r
3492       {\r
3493         // make a note of the access mode and add\r
3494         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3495         {\r
3496           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3497         }\r
3498         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3499         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3500       }\r
3501     }\r
3502     return true;\r
3503   }\r
3504 \r
3505   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3506   {\r
3507     if (seqs != null)\r
3508     {\r
3509       Vector sequences = new Vector();\r
3510       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3511       {\r
3512         if (seqs[i] != null)\r
3513         {\r
3514           sequences.addElement(new Object[]\r
3515           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3516         }\r
3517       }\r
3518       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3519       chains = new String[sequences.size()];\r
3520       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3521       {\r
3522         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3523 \r
3524         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3525         chains[i] = (String) oj[1];\r
3526       }\r
3527     }\r
3528     return new Object[]\r
3529     { seqs, chains };\r
3530 \r
3531   }\r
3532 \r
3533   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3534           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3535   {\r
3536     // Scrub any null sequences from the array\r
3537     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3538     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3539     chains = (String[]) sqch[1];\r
3540     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3541     {\r
3542       System.err\r
3543               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3544     }\r
3545     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3546             || protocol.equals("null"))\r
3547     {\r
3548       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3549       if (protocol == null)\r
3550       {\r
3551         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3552                 + pdb.getId());\r
3553         return;\r
3554       }\r
3555     }\r
3556     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3557     {\r
3558       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3559       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
3560         System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
3561       }\r
3562       return;\r
3563     }\r
3564     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3565     {\r
3566       // can only do alignments with Jmol\r
3567       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3568       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3569       Vector jmols = applet\r
3570               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3571       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3572       {\r
3573         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3574         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3575         {\r
3576           ajm = tajm;\r
3577           break;\r
3578         }\r
3579       }\r
3580       if (ajm != null)\r
3581       {\r
3582         System.err\r
3583                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3584         // try and add the pdb structure\r
3585         // ajm.addS\r
3586         ajm = null;\r
3587       }\r
3588     }\r
3589     // otherwise, create a new window\r
3590     if (applet.jmolAvailable)\r
3591     {\r
3592       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3593               protocol);\r
3594       applet.lastFrameX += 40;\r
3595       applet.lastFrameY += 40;\r
3596     }\r
3597     else\r
3598     {\r
3599       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3600     }\r
3601 \r
3602   }\r
3603 \r
3604   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3605           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3606   {\r
3607     // TODO Auto-generated method stub\r
3608     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3609   }\r
3610 \r
3611   /**\r
3612    * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
3613    * @param sel - sequences from this alignment\r
3614    * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
3615    */\r
3616   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3617   {\r
3618     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3619   }\r
3620 \r
3621   public void scrollTo(int row, int column)\r
3622   {\r
3623     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);\r
3624   }\r
3625   public void scrollToRow(int row)\r
3626   {\r
3627     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);\r
3628   }\r
3629   public void scrollToColumn(int column)\r
3630   {\r
3631     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);\r
3632   }\r
3633   /**\r
3634    * @return the alignments unique ID.\r
3635    */\r
3636   public String getSequenceSetId() {\r
3637     return viewport.getSequenceSetId();\r
3638   }\r
3639 \r
3640 \r
3641   /**\r
3642    * Load the (T-Coffee) score file from the specified url\r
3643    *\r
3644    * @param source File/URL/T-COFFEE score file contents\r
3645    * @throws IOException\r
3646    * @return true if alignment was annotated with data from source\r
3647  * @throws SAXException \r
3648  * @throws ParserConfigurationException \r
3649  * @throws ExceptionFileFormatOrSyntax \r
3650  * @throws ExceptionLoadingFailed \r
3651  * @throws ExceptionPermissionDenied \r
3652  * @throws InterruptedException \r
3653  * @throws ExceptionUnmatchedClosingParentheses \r
3654    */\r
3655   public boolean loadScoreFile( String source ) throws IOException, ExceptionFileFormatOrSyntax, ParserConfigurationException, SAXException, ExceptionPermissionDenied, ExceptionLoadingFailed, InterruptedException, ExceptionUnmatchedClosingParentheses {\r
3656 \r
3657     TCoffeeScoreFile file = new TCoffeeScoreFile(source, AppletFormatAdapter.checkProtocol(source));\r
3658           if( !file.isValid()) {\r
3659             // TODO: raise dialog for gui\r
3660             System.err.println("Problems parsing T-Coffee scores: "+file.getWarningMessage());\r
3661             System.err.println("Origin was:\n"+source);\r
3662             return false;\r
3663           }\r
3664 \r
3665           /*\r
3666            * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
3667            */\r
3668           AlignmentI aln;\r
3669           if( (aln=viewport.getAlignment()) != null && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file.getWidth()) ) {\r
3670             // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3671             System.err.println("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
3672 \r
3673           }\r
3674 \r
3675            // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
3676           if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
3677           {\r
3678             alignPanel.fontChanged();\r
3679             tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
3680                   // switch to this color\r
3681                   changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
3682                   return true;\r
3683           } else {\r
3684             System.err.println("Problems resolving T-Coffee scores:");\r
3685             if (file.getWarningMessage()!=null) {\r
3686               System.err.println(file.getWarningMessage());\r
3687             }\r
3688           }\r
3689           return false;\r
3690   }\r
3691 \r
3692 \r
3693 }\r