src/jalview/appletgui/AlignViewport.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.TreeModel;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  26 import jalview.bin.JalviewLite;
  27 import jalview.commands.CommandI;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  31 import jalview.datamodel.SearchResults;
  32 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  33 import jalview.datamodel.Sequence;
  34 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.renderer.ResidueShader;
  37 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  38 import jalview.schemes.UserColourScheme;
  39 import jalview.structure.SelectionSource;
  40 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  41 import jalview.structure.VamsasSource;
  42 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  43 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  44
  45 import java.awt.Font;
  46
  47 public class AlignViewport extends AlignmentViewport implements
  48         SelectionSource
  49 {
  50   boolean cursorMode = false;
  51
  52   Font font = new Font("SansSerif", Font.PLAIN, 10);
  53
  54   boolean validCharWidth = true;
  55
  56   TreeModel currentTree = null;
  57
  58   public jalview.bin.JalviewLite applet;
  59
  60   boolean MAC = false;
  61
  62   private AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState;
  63
  64   @Override
  65   public void finalize()
  66   {
  67     applet = null;
  68     quality = null;
  69     alignment = null;
  70     colSel = null;
  71   }
  72
  73   public AlignViewport(AlignmentI al, JalviewLite applet)
  74   {
  75     super();
  76     calculator = new jalview.workers.AlignCalcManager();
  77     this.applet = applet;
  78     alignment = al;
  79     ranges = new ViewportRanges(this.alignment);
  80     // we always pad gaps
  81     this.setPadGaps(true);
  82
  83     if (applet != null)
  84     {
  85       // get the width and height scaling factors if they were specified
  86       String param = applet.getParameter("widthScale");
  87       if (param != null)
  88       {
  89         try
  90         {
  91           widthScale = new Float(param).floatValue();
  92         } catch (Exception e)
  93         {
  94         }
  95         if (widthScale <= 1.0)
  96         {
  97           System.err
  98                   .println("Invalid alignment character width scaling factor ("
  99                           + widthScale + "). Ignoring.");
 100           widthScale = 1;
 101         }
 102         if (JalviewLite.debug)
 103         {
 104           System.err
 105                   .println("Alignment character width scaling factor is now "
 106                           + widthScale);
 107         }
 108       }
 109       param = applet.getParameter("heightScale");
 110       if (param != null)
 111       {
 112         try
 113         {
 114           heightScale = new Float(param).floatValue();
 115         } catch (Exception e)
 116         {
 117         }
 118         if (heightScale <= 1.0)
 119         {
 120           System.err
 121                   .println("Invalid alignment character height scaling factor ("
 122                           + heightScale + "). Ignoring.");
 123           heightScale = 1;
 124         }
 125         if (JalviewLite.debug)
 126         {
 127           System.err
 128                   .println("Alignment character height scaling factor is now "
 129                           + heightScale);
 130         }
 131       }
 132     }
 133     setFont(font);
 134
 135     MAC = new jalview.util.Platform().isAMac();
 136
 137     if (applet != null)
 138     {
 139       setShowJVSuffix(applet.getDefaultParameter("showFullId",
 140               getShowJVSuffix()));
 141
 142       setShowAnnotation(applet.getDefaultParameter("showAnnotation",
 143               isShowAnnotation()));
 144
 145       showConservation = applet.getDefaultParameter("showConservation",
 146               showConservation);
 147
 148       showQuality = applet.getDefaultParameter("showQuality", showQuality);
 149
 150       showConsensus = applet.getDefaultParameter("showConsensus",
 151               showConsensus);
 152
 153       showOccupancy = applet.getDefaultParameter("showOccupancy",
 154               showOccupancy);
 155
 156       setShowUnconserved(applet.getDefaultParameter("showUnconserved",
 157               getShowUnconserved()));
 158
 159       setScaleProteinAsCdna(applet.getDefaultParameter(
 160               "scaleProteinAsCdna", isScaleProteinAsCdna()));
 161
 162       String param = applet.getParameter("upperCase");
 163       if (param != null)
 164       {
 165         if (param.equalsIgnoreCase("bold"))
 166         {
 167           setUpperCasebold(true);
 168         }
 169       }
 170       sortByTree = applet.getDefaultParameter("sortByTree", sortByTree);
 171
 172       setFollowHighlight(applet.getDefaultParameter("automaticScrolling",
 173               isFollowHighlight()));
 174       followSelection = isFollowHighlight();
 175
 176       showSequenceLogo = applet.getDefaultParameter("showSequenceLogo",
 177               showSequenceLogo);
 178
 179       normaliseSequenceLogo = applet.getDefaultParameter(
 180               "normaliseSequenceLogo", applet.getDefaultParameter(
 181                       "normaliseLogo", normaliseSequenceLogo));
 182
 183       showGroupConsensus = applet.getDefaultParameter("showGroupConsensus",
 184               showGroupConsensus);
 185
 186       showGroupConservation = applet.getDefaultParameter(
 187               "showGroupConservation", showGroupConservation);
 188
 189       showConsensusHistogram = applet.getDefaultParameter(
 190               "showConsensusHistogram", showConsensusHistogram);
 191
 192     }
 193
 194     if (applet != null)
 195     {
 196       String colour = al.isNucleotide() ? applet
 197               .getParameter("defaultColourNuc") : applet
 198               .getParameter("defaultColourProt");
 199       if (colour == null)
 200       {
 201         colour = applet.getParameter("defaultColour");
 202       }
 203       if (colour == null)
 204       {
 205         colour = applet.getParameter("userDefinedColour");
 206         if (colour != null)
 207         {
 208           colour = "User Defined";
 209         }
 210       }
 211
 212       if (colour != null)
 213       {
 214         residueShading = new ResidueShader(
 215                 ColourSchemeProperty.getColourScheme(alignment, colour));
 216         if (residueShading != null)
 217         {
 218           residueShading.setConsensus(hconsensus);
 219         }
 220       }
 221
 222       if (applet.getParameter("userDefinedColour") != null)
 223       {
 224         residueShading = new ResidueShader(
 225                 new UserColourScheme(
 226                         applet.getParameter("userDefinedColour")));
 227       }
 228     }
 229     initAutoAnnotation();
 230
 231   }
 232
 233   /**
 234    * get the consensus sequence as displayed under the PID consensus annotation
 235    * row.
 236    *
 237    * @return consensus sequence as a new sequence object
 238    */
 239   public SequenceI getConsensusSeq()
 240   {
 241     if (consensus == null)
 242     {
 243       updateConsensus(null);
 244     }
 245     if (consensus == null)
 246     {
 247       return null;
 248     }
 249     StringBuilder seqs = new StringBuilder(consensus.annotations.length);
 250     for (int i = 0; i < consensus.annotations.length; i++)
 251     {
 252       if (consensus.annotations[i] != null)
 253       {
 254         if (consensus.annotations[i].description.charAt(0) == '[')
 255         {
 256           seqs.append(consensus.annotations[i].description.charAt(1));
 257         }
 258         else
 259         {
 260           seqs.append(consensus.annotations[i].displayCharacter);
 261         }
 262       }
 263     }
 264     SequenceI sq = new Sequence("Consensus", seqs.toString());
 265     sq.setDescription("Percentage Identity Consensus "
 266             + ((ignoreGapsInConsensusCalculation) ? " without gaps" : ""));
 267     return sq;
 268   }
 269
 270   java.awt.Frame nullFrame;
 271
 272   protected FeatureSettings featureSettings = null;
 273
 274   private float heightScale = 1, widthScale = 1;
 275
 276   public void setFont(Font f)
 277   {
 278     font = f;
 279     if (nullFrame == null)
 280     {
 281       nullFrame = new java.awt.Frame();
 282       nullFrame.addNotify();
 283     }
 284
 285     java.awt.FontMetrics fm = nullFrame.getGraphics().getFontMetrics(font);
 286     setCharHeight((int) (heightScale * fm.getHeight()));
 287     setCharWidth((int) (widthScale * fm.charWidth('M')));
 288
 289     if (isUpperCasebold())
 290     {
 291       Font f2 = new Font(f.getName(), Font.BOLD, f.getSize());
 292       fm = nullFrame.getGraphics().getFontMetrics(f2);
 293       setCharWidth((int) (widthScale * (fm.stringWidth("MMMMMMMMMMM") / 10)));
 294     }
 295   }
 296
 297   public Font getFont()
 298   {
 299     return font;
 300   }
 301
 302   public void resetSeqLimits(int height)
 303   {
 304     ranges.setEndSeq(height / getCharHeight());
 305   }
 306
 307   public void setCurrentTree(TreeModel tree)
 308   {
 309     currentTree = tree;
 310   }
 311
 312   public TreeModel getCurrentTree()
 313   {
 314     return currentTree;
 315   }
 316
 317   boolean centreColumnLabels;
 318
 319   public boolean getCentreColumnLabels()
 320   {
 321     return centreColumnLabels;
 322   }
 323
 324   public boolean followSelection = true;
 325
 326   /**
 327    * @return true if view selection should always follow the selections
 328    *         broadcast by other selection sources
 329    */
 330   public boolean getFollowSelection()
 331   {
 332     return followSelection;
 333   }
 334
 335   @Override
 336   public void sendSelection()
 337   {
 338     getStructureSelectionManager().sendSelection(
 339             new SequenceGroup(getSelectionGroup()),
 340             new ColumnSelection(getColumnSelection()),
 341             new HiddenColumns(getAlignment().getHiddenColumns()), this);
 342   }
 343
 344   /**
 345    * Returns an instance of the StructureSelectionManager scoped to this applet
 346    * instance.
 347    *
 348    * @return
 349    */
 350   @Override
 351   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 352   {
 353     return jalview.structure.StructureSelectionManager
 354             .getStructureSelectionManager(applet);
 355   }
 356
 357   @Override
 358   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
 359   {
 360     return normaliseSequenceLogo;
 361   }
 362
 363   public void setNormaliseSequenceLogo(boolean state)
 364   {
 365     normaliseSequenceLogo = state;
 366   }
 367
 368   /**
 369    *
 370    * @return true if alignment characters should be displayed
 371    */
 372   @Override
 373   public boolean isValidCharWidth()
 374   {
 375     return validCharWidth;
 376   }
 377
 378   public AnnotationColumnChooser getAnnotationColumnSelectionState()
 379   {
 380     return annotationColumnSelectionState;
 381   }
 382
 383   public void setAnnotationColumnSelectionState(
 384           AnnotationColumnChooser annotationColumnSelectionState)
 385   {
 386     this.annotationColumnSelectionState = annotationColumnSelectionState;
 387   }
 388
 389   @Override
 390   public void mirrorCommand(CommandI command, boolean undo,
 391           StructureSelectionManager ssm, VamsasSource source)
 392   {
 393     // TODO refactor so this can be pulled up to superclass or controller
 394     /*
 395      * Do nothing unless we are a 'complement' of the source. May replace this
 396      * with direct calls not via SSM.
 397      */
 398     if (source instanceof AlignViewportI
 399             && ((AlignViewportI) source).getCodingComplement() == this)
 400     {
 401       // ok to continue;
 402     }
 403     else
 404     {
 405       return;
 406     }
 407
 408     CommandI mappedCommand = ssm.mapCommand(command, undo, getAlignment(),
 409             getGapCharacter());
 410     if (mappedCommand != null)
 411     {
 412       mappedCommand.doCommand(null);
 413       firePropertyChange("alignment", null, getAlignment().getSequences());
 414
 415       // ap.scalePanelHolder.repaint();
 416       // ap.repaint();
 417     }
 418   }
 419
 420   @Override
 421   public VamsasSource getVamsasSource()
 422   {
 423     return this;
 424   }
 425
 426   /**
 427    * If this viewport has a (Protein/cDNA) complement, then scroll the
 428    * complementary alignment to match this one.
 429    */
 430   public void scrollComplementaryAlignment(AlignmentPanel complementPanel)
 431   {
 432     if (complementPanel == null)
 433     {
 434       return;
 435     }
 436
 437     /*
 438      * Populate a SearchResults object with the mapped location to scroll to. If
 439      * there is no complement, or it is not following highlights, or no mapping
 440      * is found, the result will be empty.
 441      */
 442     SearchResultsI sr = new SearchResults();
 443     int seqOffset = findComplementScrollTarget(sr);
 444     if (!sr.isEmpty())
 445     {
 446       complementPanel.setFollowingComplementScroll(true);
 447       complementPanel.scrollToCentre(sr, seqOffset);
 448     }
 449   }
 450
 451   /**
 452    * Applies the supplied feature settings descriptor to currently known
 453    * features. This supports an 'initial configuration' of feature colouring
 454    * based on a preset or user favourite. This may then be modified in the usual
 455    * way using the Feature Settings dialogue.
 456    *
 457    * @param featureSettings
 458    */
 459   @Override
 460   public void applyFeaturesStyle(FeatureSettingsModelI featureSettings)
 461   {
 462     // TODO implement for applet
 463   }
 464
 465 }