src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Dimension;
  26 import java.awt.FontMetrics;
  27 import java.awt.Frame;
  28 import java.awt.Graphics;
  29 import java.awt.Panel;
  30 import java.awt.Scrollbar;
  31 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  32 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  33 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  34 import java.awt.event.ComponentEvent;
  35 import java.util.List;
  36
  37 import jalview.analysis.AnnotationSorter;
  38 import jalview.api.AlignViewportI;
  39 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  40 import jalview.bin.JalviewLite;
  41 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  42 import jalview.datamodel.SearchResults;
  43 import jalview.datamodel.SequenceI;
  44 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  45
  46 public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener,
  47         AlignmentViewPanel
  48 {
  49
  50   public AlignViewport av;
  51
  52   OverviewPanel overviewPanel;
  53
  54   SeqPanel seqPanel;
  55
  56   IdPanel idPanel;
  57
  58   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;
  59
  60   public AlignFrame alignFrame;
  61
  62   ScalePanel scalePanel;
  63
  64   AnnotationPanel annotationPanel;
  65
  66   AnnotationLabels alabels;
  67
  68   // this value is set false when selection area being dragged
  69   boolean fastPaint = true;
  70
  71   public void finalize()
  72   {
  73     alignFrame = null;
  74     av = null;
  75     seqPanel = null;
  76     seqPanelHolder = null;
  77     sequenceHolderPanel = null;
  78     scalePanel = null;
  79     scalePanelHolder = null;
  80     annotationPanel = null;
  81     annotationPanelHolder = null;
  82     annotationSpaceFillerHolder = null;
  83   }
  84
  85   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)
  86   {
  87     try
  88     {
  89       jbInit();
  90     } catch (Exception e)
  91     {
  92       e.printStackTrace();
  93     }
  94
  95     alignFrame = af;
  96     this.av = av;
  97     seqPanel = new SeqPanel(av, this);
  98     idPanel = new IdPanel(av, this);
  99     scalePanel = new ScalePanel(av, this);
 100     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);
 101     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);
 102     annotationPanelHolder.add(annotationPanel, BorderLayout.CENTER);
 103
 104     sequenceHolderPanel.add(annotationPanelHolder, BorderLayout.SOUTH);
 105     alabels = new AnnotationLabels(this);
 106
 107     setAnnotationVisible(av.isShowAnnotation());
 108
 109     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);
 110     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);
 111     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);
 112     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);
 113     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);
 114
 115     fontChanged();
 116     setScrollValues(0, 0);
 117
 118     apvscroll.addAdjustmentListener(this);
 119     hscroll.addAdjustmentListener(this);
 120     vscroll.addAdjustmentListener(this);
 121
 122     addComponentListener(new ComponentAdapter()
 123     {
 124       public void componentResized(ComponentEvent evt)
 125       {
 126         setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 127         if (getSize().height > 0
 128                 && annotationPanelHolder.getSize().height > 0)
 129         {
 130           validateAnnotationDimensions(false);
 131         }
 132         repaint();
 133       }
 134
 135     });
 136
 137     Dimension d = calculateIdWidth();
 138     idPanel.idCanvas.setSize(d);
 139
 140     hscrollFillerPanel.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);
 141
 142     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);
 143     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,
 144             annotationPanel.getSize().height);
 145     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);
 146     final AlignmentPanel ap = this;
 147     av.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()
 148     {
 149       public void propertyChange(java.beans.PropertyChangeEvent evt)
 150       {
 151         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 152         {
 153           PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId(), true, true);
 154           alignmentChanged();
 155         }
 156       }
 157     });
 158   }
 159
 160   @Override
 161   public AlignViewportI getAlignViewport()
 162   {
 163     return av;
 164   }
 165   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
 166   {
 167     return seqPanel.seqCanvas.sr;
 168   }
 169   @Override
 170   public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 171   {
 172     return seqPanel.seqCanvas.fr;
 173   }
 174   @Override
 175   public jalview.api.FeatureRenderer cloneFeatureRenderer()
 176   {
 177     FeatureRenderer nfr = new FeatureRenderer(av);
 178     nfr.transferSettings(seqPanel.seqCanvas.fr);
 179     return nfr;
 180   }
 181   public void alignmentChanged()
 182   {
 183     av.alignmentChanged(this);
 184
 185     if (overviewPanel != null)
 186     {
 187       overviewPanel.updateOverviewImage();
 188     }
 189
 190     alignFrame.updateEditMenuBar();
 191
 192     repaint();
 193   }
 194
 195   public void fontChanged()
 196   {
 197     // set idCanvas bufferedImage to null
 198     // to prevent drawing old image
 199     idPanel.idCanvas.image = null;
 200     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 201
 202     scalePanel.setSize(new Dimension(10, av.getCharHeight()
 203             + fm.getDescent()));
 204     idwidthAdjuster.setSize(new Dimension(10, av.getCharHeight()
 205             + fm.getDescent()));
 206     av.updateSequenceIdColours();
 207     annotationPanel.image = null;
 208     int ap = annotationPanel.adjustPanelHeight(false);
 209     Dimension d = calculateIdWidth();
 210     d.setSize(d.width + 4, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);
 211     alabels.setSize(d.width + 4, ap);
 212
 213     idPanel.idCanvas.setSize(d);
 214     hscrollFillerPanel.setSize(d);
 215
 216     validateAnnotationDimensions(false);
 217     annotationPanel.repaint();
 218     validate();
 219     repaint();
 220
 221     if (overviewPanel != null)
 222     {
 223       overviewPanel.updateOverviewImage();
 224     }
 225   }
 226
 227   public void setIdWidth(int w, int h)
 228   {
 229     idPanel.idCanvas.setSize(w, h);
 230     idPanelHolder.setSize(w, idPanelHolder.getSize().height);
 231     annotationSpaceFillerHolder.setSize(w,
 232             annotationSpaceFillerHolder.getSize().height);
 233     alabels.setSize(w, alabels.getSize().height);
 234     validate();
 235   }
 236
 237   Dimension calculateIdWidth()
 238   {
 239     if (av.nullFrame == null)
 240     {
 241       av.nullFrame = new Frame();
 242       av.nullFrame.addNotify();
 243     }
 244
 245     Graphics g = av.nullFrame.getGraphics();
 246
 247     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);
 248     AlignmentI al = av.getAlignment();
 249
 250     int i = 0;
 251     int idWidth = 0;
 252     String id;
 253     while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)
 254     {
 255       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);
 256       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
 257
 258       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)
 259       {
 260         idWidth = fm.stringWidth(id);
 261       }
 262       i++;
 263     }
 264
 265     // Also check annotation label widths
 266     i = 0;
 267     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 268     {
 269       fm = g.getFontMetrics(av.nullFrame.getFont());
 270       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)
 271       {
 272         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;
 273         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)
 274         {
 275           idWidth = fm.stringWidth(label);
 276         }
 277         i++;
 278       }
 279     }
 280
 281     return new Dimension(idWidth, idPanel.idCanvas.getSize().height);
 282   }
 283
 284   /**
 285    * Highlight the given results on the alignment.
 286    *
 287    */
 288   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 289   {
 290     scrollToPosition(results);
 291     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 292   }
 293
 294   /**
 295    * scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 296    * (if any) and redraw the overview
 297    *
 298    * @param results
 299    * @return false if results were not found
 300    */
 301   public boolean scrollToPosition(SearchResults results)
 302   {
 303     return scrollToPosition(results, true);
 304   }
 305
 306   /**
 307    * scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 308    * (if any)
 309    *
 310    * @param results
 311    * @param redrawOverview
 312    *          - when set, the overview will be recalculated (takes longer)
 313    * @return false if results were not found
 314    */
 315   public boolean scrollToPosition(SearchResults results,
 316           boolean redrawOverview)
 317   {
 318     return scrollToPosition(results, redrawOverview, false);
 319   }
 320
 321   /**
 322    * scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 323    * (if any)
 324    *
 325    * @param results
 326    * @param redrawOverview
 327    *          - when set, the overview will be recalculated (takes longer)
 328    * @return false if results were not found
 329    */
 330   public boolean scrollToPosition(SearchResults results,
 331           boolean redrawOverview, boolean centre)
 332   {
 333     // do we need to scroll the panel?
 334     if (results != null && results.getSize() > 0)
 335     {
 336       AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 337       int seqIndex = alignment.findIndex(results);
 338       if (seqIndex == -1)
 339       {
 340         return false;
 341       }
 342       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqIndex);
 343       int[] r = results.getResults(seq, 0, alignment.getWidth());
 344       if (r == null)
 345       {
 346         if (JalviewLite.debug)
 347         {// DEBUG
 348           System.out
 349                   .println("DEBUG: scroll didn't happen - results not within alignment : "
 350                           + seq.getStart() + "," + seq.getEnd());
 351         }
 352         return false;
 353       }
 354       if (JalviewLite.debug)
 355       {
 356         // DEBUG
 357         /*
 358          * System.out.println("DEBUG: scroll: start=" + r[0] +
 359          * " av.getStartRes()=" + av.getStartRes() + " end=" + r[1] +
 360          * " seq.end=" + seq.getEnd() + " av.getEndRes()=" + av.getEndRes() +
 361          * " hextent=" + hextent);
 362          */
 363       }
 364       int start = r[0];
 365       int end = r[1];
 366
 367       /*
 368        * To centre results, scroll to positions half the visible width
 369        * left/right of the start/end positions
 370        */
 371       if (centre)
 372       {
 373         int offset = (av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1) / 2 - 1;
 374         start = Math.max(start - offset, 0);
 375         end = Math.min(end + offset, seq.getEnd() - 1);
 376       }
 377
 378       if (start < 0)
 379       {
 380         return false;
 381       }
 382       if (end == seq.getEnd())
 383       {
 384         return false;
 385       }
 386       return scrollTo(start, end, seqIndex, false, redrawOverview);
 387     }
 388     return true;
 389   }
 390
 391   public boolean scrollTo(int ostart, int end, int seqIndex,
 392           boolean scrollToNearest, boolean redrawOverview)
 393   {
 394     int startv, endv, starts, ends, width;
 395
 396     int start = -1;
 397     if (av.hasHiddenColumns())
 398     {
 399       start = av.getColumnSelection().findColumnPosition(ostart);
 400       end = av.getColumnSelection().findColumnPosition(end);
 401       if (start == end)
 402       {
 403         if (!scrollToNearest && !av.getColumnSelection().isVisible(ostart))
 404         {
 405           // don't scroll - position isn't visible
 406           return false;
 407         }
 408       }
 409     }
 410     else
 411     {
 412       start = ostart;
 413     }
 414     if (!av.getWrapAlignment())
 415     {
 416       /*
 417        * int spos=av.getStartRes(),sqpos=av.getStartSeq(); if ((startv =
 418        * av.getStartRes()) >= start) { spos=start-1; // seqIn //
 419        * setScrollValues(start - 1, seqIndex); } else if ((endv =
 420        * av.getEndRes()) <= end) { // setScrollValues(spos=startv + 1 + end -
 421        * endv, seqIndex); spos=startv + 1 + end - endv; } else if ((starts =
 422        * av.getStartSeq()) > seqIndex) { setScrollValues(av.getStartRes(),
 423        * seqIndex); } else if ((ends = av.getEndSeq()) <= seqIndex) {
 424        * setScrollValues(av.getStartRes(), starts + seqIndex - ends + 1); }
 425        */
 426
 427       // below is scrolling logic up to Jalview 2.8.2
 428       // if ((av.getStartRes() > end)
 429       // || (av.getEndRes() < start)
 430       // || ((av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))
 431       // {
 432       // if (start > av.getAlignment().getWidth() - hextent)
 433       // {
 434       // start = av.getAlignment().getWidth() - hextent;
 435       // if (start < 0)
 436       // {
 437       // start = 0;
 438       // }
 439       //
 440       // }
 441       // if (seqIndex > av.getAlignment().getHeight() - vextent)
 442       // {
 443       // seqIndex = av.getAlignment().getHeight() - vextent;
 444       // if (seqIndex < 0)
 445       // {
 446       // seqIndex = 0;
 447       // }
 448       // }
 449       // setScrollValues(start, seqIndex);
 450       // }
 451       // logic copied from jalview.gui.AlignmentPanel:
 452         if ((startv = av.getStartRes()) >= start)
 453         {
 454           /*
 455            * Scroll left to make start of search results visible
 456            */
 457           setScrollValues(start - 1, seqIndex);
 458         }
 459         else if ((endv = av.getEndRes()) <= end)
 460         {
 461           /*
 462            * Scroll right to make end of search results visible
 463            */
 464           setScrollValues(startv + 1 + end - endv, seqIndex);
 465         }
 466         else if ((starts = av.getStartSeq()) > seqIndex)
 467         {
 468           /*
 469            * Scroll up to make start of search results visible
 470            */
 471           setScrollValues(av.getStartRes(), seqIndex);
 472         }
 473         else if ((ends = av.getEndSeq()) <= seqIndex)
 474         {
 475           /*
 476            * Scroll down to make end of search results visible
 477            */
 478           setScrollValues(av.getStartRes(), starts + seqIndex - ends + 1);
 479         }
 480         /*
 481          * Else results are already visible - no need to scroll
 482          */
 483     }
 484     else
 485     {
 486       scrollToWrappedVisible(start);
 487     }
 488     if (redrawOverview && overviewPanel != null)
 489     {
 490       overviewPanel.setBoxPosition();
 491     }
 492     paintAlignment(redrawOverview);
 493     return true;
 494   }
 495
 496   void scrollToWrappedVisible(int res)
 497   {
 498     int cwidth = seqPanel.seqCanvas
 499             .getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);
 500     if (res <= av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))
 501     {
 502       vscroll.setValue(res / cwidth);
 503       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;
 504     }
 505   }
 506
 507   public OverviewPanel getOverviewPanel()
 508   {
 509     return overviewPanel;
 510   }
 511
 512   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)
 513   {
 514     overviewPanel = op;
 515   }
 516
 517   public void setAnnotationVisible(boolean b)
 518   {
 519     if (!av.getWrapAlignment())
 520     {
 521       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);
 522       annotationPanelHolder.setVisible(b);
 523     }
 524     else
 525     {
 526       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);
 527       annotationPanelHolder.setVisible(false);
 528     }
 529     validate();
 530     repaint();
 531   }
 532
 533   /**
 534    * automatically adjust annotation panel height for new annotation whilst
 535    * ensuring the alignment is still visible.
 536    */
 537   public void adjustAnnotationHeight()
 538   {
 539     // TODO: display vertical annotation scrollbar if necessary
 540     // this is called after loading new annotation onto alignment
 541     if (alignFrame.getSize().height == 0)
 542     {
 543       System.out
 544               .println("adjustAnnotationHeight frame size zero NEEDS FIXING");
 545     }
 546     fontChanged();
 547     validateAnnotationDimensions(true);
 548     apvscroll.addNotify();
 549     hscroll.addNotify();
 550     validate();
 551     paintAlignment(true);
 552   }
 553
 554   /**
 555    * calculate the annotation dimensions and refresh slider values accordingly.
 556    * need to do repaints/notifys afterwards.
 557    */
 558   protected void validateAnnotationDimensions(boolean adjustPanelHeight)
 559   {
 560     boolean modified = false;
 561     int height = av.calcPanelHeight();
 562     int minsize = 0;
 563     if (hscroll.isVisible())
 564     {
 565       height += (minsize = hscroll.getPreferredSize().height);
 566     }
 567     if (apvscroll.isVisible())
 568     {
 569       minsize += apvscroll.getPreferredSize().height;
 570     }
 571     int mheight = height;
 572     Dimension d = sequenceHolderPanel.getSize(), e = idPanel.getSize();
 573     int seqandannot = d.height - scalePanelHolder.getSize().height;
 574
 575     if (adjustPanelHeight)
 576     {
 577       // NOTE: this logic is different in the application. Need a better
 578       // algorithm to define behaviour
 579       // sets initial preferred height
 580       // try and set height according to alignment
 581       float sscaling = (float) ((av.getCharHeight() * av.getAlignment()
 582               .getHeight()) / (1.0 * mheight));
 583       if (sscaling > 0.5)
 584       {
 585         // if the alignment is too big then
 586         // default is 0.5 split
 587         height = seqandannot / 2;
 588       }
 589       else
 590       {
 591         // otherwise just set the panel so that one row of sequence is visible
 592         height = -av.getCharHeight() * 1
 593                 + (int) (seqandannot * (1 - sscaling));
 594       }
 595     }
 596     else
 597     {
 598       // maintain same window layout whilst updating sliders
 599       height = annotationPanelHolder.getSize().height;
 600     }
 601
 602     if (seqandannot - height < 5)
 603     {
 604       height = seqandannot;
 605     }
 606     annotationPanel.setSize(new Dimension(d.width, height));
 607     alabels.setSize(new Dimension(e.width, height));
 608     annotationSpaceFillerHolder.setSize(new Dimension(e.width, height));
 609     annotationPanelHolder.setSize(new Dimension(d.width, height));
 610     // seqPanelHolder.setSize(d.width, seqandannot - height);
 611     seqPanel.seqCanvas
 612             .setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);
 613     int s = apvscroll.getValue();
 614     if (s > mheight - height)
 615     {
 616       s = 0;
 617     }
 618     apvscroll.setValues(s, height, 0, mheight);
 619     annotationPanel.setScrollOffset(apvscroll.getValue(), false);
 620     alabels.setScrollOffset(apvscroll.getValue(), false);
 621   }
 622
 623   public void setWrapAlignment(boolean wrap)
 624   {
 625     av.startSeq = 0;
 626     av.startRes = 0;
 627     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);
 628
 629     hscroll.setVisible(!wrap);
 630     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);
 631
 632     if (wrap)
 633     {
 634       annotationPanelHolder.setVisible(false);
 635       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);
 636     }
 637     else if (av.isShowAnnotation())
 638     {
 639       annotationPanelHolder.setVisible(true);
 640       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);
 641     }
 642
 643     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);
 644
 645     fontChanged(); // This is so that the scalePanel is resized correctly
 646
 647     validate();
 648     sequenceHolderPanel.validate();
 649     repaint();
 650
 651   }
 652
 653   int hextent = 0;
 654
 655   int vextent = 0;
 656
 657   // return value is true if the scroll is valid
 658   public boolean scrollUp(boolean up)
 659   {
 660     if (up)
 661     {
 662       if (vscroll.getValue() < 1)
 663       {
 664         return false;
 665       }
 666       setScrollValues(hscroll.getValue(), vscroll.getValue() - 1);
 667     }
 668     else
 669     {
 670       if (vextent + vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())
 671       {
 672         return false;
 673       }
 674       setScrollValues(hscroll.getValue(), vscroll.getValue() + 1);
 675     }
 676
 677     repaint();
 678     return true;
 679   }
 680
 681   public boolean scrollRight(boolean right)
 682   {
 683     if (!right)
 684     {
 685       if (hscroll.getValue() < 1)
 686       {
 687         return false;
 688       }
 689       setScrollValues(hscroll.getValue() - 1, vscroll.getValue());
 690     }
 691     else
 692     {
 693       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())
 694       {
 695         return false;
 696       }
 697       setScrollValues(hscroll.getValue() + 1, vscroll.getValue());
 698     }
 699
 700     repaint();
 701     return true;
 702   }
 703
 704   public void setScrollValues(int x, int y)
 705   {
 706     int width = av.getAlignment().getWidth();
 707     int height = av.getAlignment().getHeight();
 708
 709     if (av.hasHiddenColumns())
 710     {
 711       width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);
 712     }
 713     if (x < 0)
 714     {
 715       x = 0;
 716     }
 717     ;
 718
 719     hextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.getCharWidth();
 720     vextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.getCharHeight();
 721
 722     if (hextent > width)
 723     {
 724       hextent = width;
 725     }
 726
 727     if (vextent > height)
 728     {
 729       vextent = height;
 730     }
 731
 732     if ((hextent + x) > width)
 733     {
 734       System.err.println("hextent was " + hextent + " and x was " + x);
 735
 736       x = width - hextent;
 737     }
 738
 739     if ((vextent + y) > height)
 740     {
 741       y = height - vextent;
 742     }
 743
 744     if (y < 0)
 745     {
 746       y = 0;
 747     }
 748
 749     if (x < 0)
 750     {
 751       System.err.println("x was " + x);
 752       x = 0;
 753     }
 754
 755     av.setStartSeq(y);
 756
 757     int endSeq = y + vextent;
 758     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())
 759     {
 760       endSeq = av.getAlignment().getHeight();
 761     }
 762
 763     av.setEndSeq(endSeq);
 764     av.setStartRes(x);
 765     av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av
 766             .getCharWidth())) - 1);
 767
 768     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);
 769     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);
 770
 771     if (overviewPanel != null)
 772     {
 773       overviewPanel.setBoxPosition();
 774     }
 775     sendViewPosition();
 776
 777   }
 778
 779   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 780   {
 781     int oldX = av.getStartRes();
 782     int oldY = av.getStartSeq();
 783
 784     if (evt == null || evt.getSource() == apvscroll)
 785     {
 786       annotationPanel.setScrollOffset(apvscroll.getValue(), false);
 787       alabels.setScrollOffset(apvscroll.getValue(), false);
 788       // annotationPanel.image=null;
 789       // alabels.image=null;
 790       // alabels.repaint();
 791       // annotationPanel.repaint();
 792     }
 793     if (evt == null || evt.getSource() == hscroll)
 794     {
 795       int x = hscroll.getValue();
 796       av.setStartRes(x);
 797       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width
 798               / av.getCharWidth() - 1);
 799     }
 800
 801     if (evt == null || evt.getSource() == vscroll)
 802     {
 803       int offy = vscroll.getValue();
 804       if (av.getWrapAlignment())
 805       {
 806         int rowSize = seqPanel.seqCanvas
 807                 .getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);
 808         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);
 809         av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);
 810       }
 811       else
 812       {
 813         av.setStartSeq(offy);
 814         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getSize().height
 815                 / av.getCharHeight());
 816       }
 817     }
 818
 819     if (overviewPanel != null)
 820     {
 821       overviewPanel.setBoxPosition();
 822     }
 823
 824     int scrollX = av.startRes - oldX;
 825     int scrollY = av.startSeq - oldY;
 826
 827     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint || av.MAC)
 828     {
 829       repaint();
 830     }
 831     else
 832     {
 833       // Make sure we're not trying to draw a panel
 834       // larger than the visible window
 835       if (scrollX > av.endRes - av.startRes)
 836       {
 837         scrollX = av.endRes - av.startRes;
 838       }
 839       else if (scrollX < av.startRes - av.endRes)
 840       {
 841         scrollX = av.startRes - av.endRes;
 842       }
 843
 844       idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);
 845       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX, scrollY);
 846
 847       scalePanel.repaint();
 848       if (av.isShowAnnotation())
 849       {
 850         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);
 851       }
 852     }
 853     sendViewPosition();
 854
 855     /*
 856      * If there is one, scroll the (Protein/cDNA) complementary alignment to
 857      * match, unless we are ourselves doing that.
 858      */
 859     if (isFollowingComplementScroll())
 860     {
 861       setFollowingComplementScroll(false);
 862     }
 863     else
 864     {
 865       AlignmentPanel ap = getComplementPanel();
 866       av.scrollComplementaryAlignment(ap);
 867     }
 868
 869   }
 870
 871   /**
 872    * A helper method to return the AlignmentPanel in the other (complementary)
 873    * half of a SplitFrame view. Returns null if not in a SplitFrame.
 874    *
 875    * @return
 876    */
 877   private AlignmentPanel getComplementPanel()
 878   {
 879     AlignmentPanel ap = null;
 880     if (alignFrame != null)
 881     {
 882       SplitFrame sf = alignFrame.getSplitFrame();
 883       if (sf != null)
 884       {
 885         AlignFrame other = sf.getComplement(alignFrame);
 886         if (other != null)
 887         {
 888           ap = other.alignPanel;
 889         }
 890       }
 891     }
 892     return ap;
 893   }
 894
 895   /**
 896    * Follow a scrolling change in the (cDNA/Protein) complementary alignment.
 897    * The aim is to keep the two alignments 'lined up' on their centre columns.
 898    *
 899    * @param sr
 900    *          holds mapped region(s) of this alignment that we are scrolling
 901    *          'to'; may be modified for sequence offset by this method
 902    * @param seqOffset
 903    *          the number of visible sequences to show above the mapped region
 904    */
 905   protected void scrollToCentre(SearchResults sr, int seqOffset)
 906   {
 907     /*
 908      * To avoid jumpy vertical scrolling (if some sequences are gapped or not
 909      * mapped), we can make the scroll-to location a sequence above the one
 910      * actually mapped.
 911      */
 912     SequenceI mappedTo = sr.getResultSequence(0);
 913     List<SequenceI> seqs = av.getAlignment().getSequences();
 914
 915     /*
 916      * This is like AlignmentI.findIndex(seq) but here we are matching the
 917      * dataset sequence not the aligned sequence
 918      */
 919     int sequenceIndex = 0;
 920     boolean matched = false;
 921     for (SequenceI seq : seqs)
 922     {
 923       if (mappedTo == seq.getDatasetSequence())
 924       {
 925         matched = true;
 926         break;
 927       }
 928       sequenceIndex++;
 929     }
 930     if (!matched)
 931     {
 932       return; // failsafe, shouldn't happen
 933     }
 934     sequenceIndex = Math.max(0, sequenceIndex - seqOffset);
 935     sr.getResults().get(0)
 936             .setSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(sequenceIndex));
 937
 938     /*
 939      * Scroll to position but centring the target residue. Also set a state flag
 940      * to prevent adjustmentValueChanged performing this recursively.
 941      */
 942     setFollowingComplementScroll(true);
 943     scrollToPosition(sr, true, true);
 944   }
 945
 946   private void sendViewPosition()
 947   {
 948     StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet)
 949             .sendViewPosition(this, av.startRes, av.endRes, av.startSeq,
 950                     av.endSeq);
 951   }
 952
 953   /**
 954    * Repaint the alignment and annotations, and, optionally, any overview window
 955    */
 956   public void paintAlignment(boolean updateOverview)
 957   {
 958     final AnnotationSorter sorter = new AnnotationSorter(getAlignment(),
 959             av.isShowAutocalculatedAbove());
 960     sorter.sort(getAlignment().getAlignmentAnnotation(),
 961             av.getSortAnnotationsBy());
 962     repaint();
 963
 964     if (updateOverview)
 965     {
 966       jalview.structure.StructureSelectionManager
 967               .getStructureSelectionManager(av.applet)
 968               .sequenceColoursChanged(this);
 969
 970       if (overviewPanel != null)
 971       {
 972         overviewPanel.updateOverviewImage();
 973       }
 974     }
 975   }
 976
 977   public void update(Graphics g)
 978   {
 979     paint(g);
 980   }
 981
 982   public void paint(Graphics g)
 983   {
 984     invalidate();
 985     Dimension d = idPanel.idCanvas.getSize();
 986     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);
 987
 988     if (av.getWrapAlignment())
 989     {
 990       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 991
 992       if (av.hasHiddenColumns())
 993       {
 994         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 995       }
 996
 997       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas
 998               .getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);
 999
1000       if (canvasWidth > 0)
1001       {
1002         int max = maxwidth / canvasWidth;
1003         vscroll.setMaximum(1 + max);
1004         vscroll.setUnitIncrement(1);
1005         vscroll.setVisibleAmount(1);
1006       }
1007     }
1008     else
1009     {
1010       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
1011     }
1012
1013     seqPanel.seqCanvas.repaint();
1014     idPanel.idCanvas.repaint();
1015     if (!av.getWrapAlignment())
1016     {
1017       if (av.isShowAnnotation())
1018       {
1019         alabels.repaint();
1020         annotationPanel.repaint();
1021       }
1022       scalePanel.repaint();
1023     }
1024
1025   }
1026
1027   protected Panel sequenceHolderPanel = new Panel();
1028
1029   protected Scrollbar vscroll = new Scrollbar();
1030
1031   protected Scrollbar hscroll = new Scrollbar();
1032
1033   protected Panel seqPanelHolder = new Panel();
1034
1035   protected Panel scalePanelHolder = new Panel();
1036
1037   protected Panel idPanelHolder = new Panel();
1038
1039   protected Panel idSpaceFillerPanel1 = new Panel();
1040
1041   public Panel annotationSpaceFillerHolder = new Panel();
1042
1043   protected Panel hscrollFillerPanel = new Panel();
1044
1045   Panel annotationPanelHolder = new Panel();
1046
1047   protected Scrollbar apvscroll = new Scrollbar();
1048
1049   /*
1050    * Flag set while scrolling to follow complementary cDNA/protein scroll. When
1051    * true, suppresses invoking the same method recursively.
1052    */
1053   private boolean followingComplementScroll;
1054
1055   private void jbInit() throws Exception
1056   {
1057     // idPanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));
1058     this.setLayout(new BorderLayout());
1059
1060     // sequenceHolderPanel.setPreferredSize(new Dimension(150, 150));
1061     sequenceHolderPanel.setLayout(new BorderLayout());
1062     seqPanelHolder.setLayout(new BorderLayout());
1063     scalePanelHolder.setBackground(Color.white);
1064
1065     // scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));
1066     scalePanelHolder.setLayout(new BorderLayout());
1067     idPanelHolder.setLayout(new BorderLayout());
1068     idSpaceFillerPanel1.setBackground(Color.white);
1069
1070     // idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));
1071     idSpaceFillerPanel1.setLayout(new BorderLayout());
1072     annotationSpaceFillerHolder.setBackground(Color.white);
1073
1074     // annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));
1075     annotationSpaceFillerHolder.setLayout(new BorderLayout());
1076     hscroll.setOrientation(Scrollbar.HORIZONTAL);
1077
1078     Panel hscrollHolder = new Panel();
1079     hscrollHolder.setLayout(new BorderLayout());
1080     hscrollFillerPanel.setBackground(Color.white);
1081     apvscroll.setOrientation(Scrollbar.VERTICAL);
1082     apvscroll.setVisible(true);
1083     apvscroll.addAdjustmentListener(this);
1084
1085     annotationPanelHolder.setBackground(Color.white);
1086     annotationPanelHolder.setLayout(new BorderLayout());
1087     annotationPanelHolder.add(apvscroll, BorderLayout.EAST);
1088     // hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));
1089     hscrollHolder.setBackground(Color.white);
1090
1091     // annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));
1092     // this.setPreferredSize(new Dimension(220, 166));
1093     seqPanelHolder.setBackground(Color.white);
1094     idPanelHolder.setBackground(Color.white);
1095     sequenceHolderPanel.add(scalePanelHolder, BorderLayout.NORTH);
1096     sequenceHolderPanel.add(seqPanelHolder, BorderLayout.CENTER);
1097     seqPanelHolder.add(vscroll, BorderLayout.EAST);
1098
1099     // Panel3.add(secondaryPanelHolder, BorderLayout.SOUTH);
1100     this.add(idPanelHolder, BorderLayout.WEST);
1101     idPanelHolder.add(idSpaceFillerPanel1, BorderLayout.NORTH);
1102     idPanelHolder.add(annotationSpaceFillerHolder, BorderLayout.SOUTH);
1103     this.add(hscrollHolder, BorderLayout.SOUTH);
1104     hscrollHolder.add(hscroll, BorderLayout.CENTER);
1105     hscrollHolder.add(hscrollFillerPanel, BorderLayout.WEST);
1106     this.add(sequenceHolderPanel, BorderLayout.CENTER);
1107   }
1108
1109   /**
1110    * hides or shows dynamic annotation rows based on groups and av state flags
1111    */
1112   public void updateAnnotation()
1113   {
1114     updateAnnotation(false);
1115   }
1116
1117   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings)
1118   {
1119     updateAnnotation(applyGlobalSettings, false);
1120   }
1121
1122   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings,
1123           boolean preserveNewGroupSettings)
1124   {
1125     av.updateGroupAnnotationSettings(applyGlobalSettings,
1126             preserveNewGroupSettings);
1127     adjustAnnotationHeight();
1128   }
1129
1130   @Override
1131   public AlignmentI getAlignment()
1132   {
1133     return av.getAlignment();
1134   }
1135
1136   @Override
1137   public String getViewName()
1138   {
1139     return getName();
1140   }
1141
1142   @Override
1143   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
1144   {
1145     return StructureSelectionManager
1146             .getStructureSelectionManager(av.applet);
1147   }
1148
1149   @Override
1150   public void raiseOOMWarning(String string, OutOfMemoryError error)
1151   {
1152     // TODO: JAL-960
1153     System.err.println("Out of memory whilst '" + string + "'");
1154     error.printStackTrace();
1155   }
1156
1157   /**
1158    * Set a flag to say we are scrolling to follow a (cDNA/protein) complement.
1159    *
1160    * @param b
1161    */
1162   protected void setFollowingComplementScroll(boolean b)
1163   {
1164     this.followingComplementScroll = b;
1165   }
1166
1167   protected boolean isFollowingComplementScroll()
1168   {
1169     return this.followingComplementScroll;
1170   }
1171
1172 }