src/jalview/appletgui/AlignmentPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.awt.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22 import java.util.Hashtable;
  23 import java.util.Vector;
  24
  25 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  28
  29 public class AlignmentPanel extends Panel implements AdjustmentListener, AlignmentViewPanel
  30 {
  31
  32   public AlignViewport av;
  33
  34   OverviewPanel overviewPanel;
  35
  36   SeqPanel seqPanel;
  37
  38   IdPanel idPanel;
  39
  40   IdwidthAdjuster idwidthAdjuster;
  41
  42   public AlignFrame alignFrame;
  43
  44   ScalePanel scalePanel;
  45
  46   AnnotationPanel annotationPanel;
  47
  48   AnnotationLabels alabels;
  49
  50   // this value is set false when selection area being dragged
  51   boolean fastPaint = true;
  52
  53   public void finalize() {
  54     alignFrame=null;
  55     av=null;
  56     seqPanel=null;
  57     seqPanelHolder=null;
  58     sequenceHolderPanel=null;
  59     scalePanel=null;
  60     scalePanelHolder=null;
  61     annotationPanel=null;
  62     annotationPanelHolder=null;
  63     annotationSpaceFillerHolder=null;
  64   }
  65   public AlignmentPanel(AlignFrame af, final AlignViewport av)
  66   {
  67     try
  68     {
  69       jbInit();
  70     } catch (Exception e)
  71     {
  72       e.printStackTrace();
  73     }
  74
  75     alignFrame = af;
  76     this.av = av;
  77     seqPanel = new SeqPanel(av, this);
  78     idPanel = new IdPanel(av, this);
  79     scalePanel = new ScalePanel(av, this);
  80     idwidthAdjuster = new IdwidthAdjuster(this);
  81     annotationPanel = new AnnotationPanel(this);
  82     annotationPanelHolder.add(annotationPanel, BorderLayout.CENTER);
  83
  84     sequenceHolderPanel.add(annotationPanelHolder, BorderLayout.SOUTH);
  85
  86     alabels = new AnnotationLabels(this);
  87
  88     setAnnotationVisible(av.showAnnotation);
  89
  90     idPanelHolder.add(idPanel, BorderLayout.CENTER);
  91     idSpaceFillerPanel1.add(idwidthAdjuster, BorderLayout.CENTER);
  92     annotationSpaceFillerHolder.add(alabels, BorderLayout.CENTER);
  93     scalePanelHolder.add(scalePanel, BorderLayout.CENTER);
  94     seqPanelHolder.add(seqPanel, BorderLayout.CENTER);
  95
  96     fontChanged();
  97     setScrollValues(0, 0);
  98
  99     apvscroll.addAdjustmentListener(this);
 100     hscroll.addAdjustmentListener(this);
 101     vscroll.addAdjustmentListener(this);
 102
 103     addComponentListener(new ComponentAdapter()
 104     {
 105       public void componentResized(ComponentEvent evt)
 106       {
 107         setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 108         if (getSize().height>0 && annotationPanelHolder.getSize().height>0) {
 109           validateAnnotationDimensions(false);
 110         }
 111         repaint();
 112       }
 113
 114     });
 115
 116     Dimension d = calculateIdWidth();
 117     idPanel.idCanvas.setSize(d);
 118
 119     hscrollFillerPanel.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);
 120
 121     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);
 122     annotationSpaceFillerHolder.setSize(d.width,
 123             annotationPanel.getSize().height);
 124     alabels.setSize(d.width, annotationPanel.getSize().height);
 125     final AlignmentPanel ap = this;
 126     av.addPropertyChangeListener(new java.beans.PropertyChangeListener()
 127     {
 128       public void propertyChange(java.beans.PropertyChangeEvent evt)
 129       {
 130         if (evt.getPropertyName().equals("alignment"))
 131         {
 132           PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId(), true, true);
 133           alignmentChanged();
 134         }
 135       }
 136     });
 137
 138   }
 139
 140   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
 141   {
 142     return seqPanel.seqCanvas.sr;
 143   }
 144
 145   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 146   {
 147     return seqPanel.seqCanvas.fr;
 148   }
 149
 150   public void alignmentChanged()
 151   {
 152     av.alignmentChanged(this);
 153
 154     if (overviewPanel != null)
 155     {
 156       overviewPanel.updateOverviewImage();
 157     }
 158
 159     alignFrame.updateEditMenuBar();
 160
 161     repaint();
 162   }
 163
 164   public void fontChanged()
 165   {
 166     // set idCanvas bufferedImage to null
 167     // to prevent drawing old image
 168     idPanel.idCanvas.image = null;
 169     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 170
 171     scalePanel.setSize(new Dimension(10, av.charHeight + fm.getDescent()));
 172     idwidthAdjuster.setSize(new Dimension(10, av.charHeight
 173             + fm.getDescent()));
 174     av.updateSequenceIdColours();
 175     annotationPanel.image = null;
 176     int ap = annotationPanel.adjustPanelHeight(false);
 177     Dimension d = calculateIdWidth();
 178     d.setSize(d.width + 4, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);
 179     alabels.setSize(d.width + 4, ap);
 180
 181     idPanel.idCanvas.setSize(d);
 182     hscrollFillerPanel.setSize(d);
 183
 184     validateAnnotationDimensions(false);
 185     annotationPanel.repaint();
 186     validate();
 187     repaint();
 188
 189     if (overviewPanel != null)
 190     {
 191       overviewPanel.updateOverviewImage();
 192     }
 193   }
 194
 195   public void setIdWidth(int w, int h)
 196   {
 197     idPanel.idCanvas.setSize(w, h);
 198     idPanelHolder.setSize(w, idPanelHolder.getSize().height);
 199     annotationSpaceFillerHolder.setSize(w,annotationSpaceFillerHolder.getSize().height);
 200     alabels.setSize(w, alabels.getSize().height);
 201     validate();
 202   }
 203
 204   Dimension calculateIdWidth()
 205   {
 206     if (av.nullFrame == null)
 207     {
 208       av.nullFrame = new Frame();
 209       av.nullFrame.addNotify();
 210     }
 211
 212     Graphics g = av.nullFrame.getGraphics();
 213
 214     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.font);
 215     AlignmentI al = av.getAlignment();
 216
 217     int i = 0;
 218     int idWidth = 0;
 219     String id;
 220     while (i < al.getHeight() && al.getSequenceAt(i) != null)
 221     {
 222       SequenceI s = al.getSequenceAt(i);
 223       id = s.getDisplayId(av.getShowJVSuffix());
 224
 225       if (fm.stringWidth(id) > idWidth)
 226       {
 227         idWidth = fm.stringWidth(id);
 228       }
 229       i++;
 230     }
 231
 232     // Also check annotation label widths
 233     i = 0;
 234     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
 235     {
 236       fm = g.getFontMetrics(av.nullFrame.getFont());
 237       while (i < al.getAlignmentAnnotation().length)
 238       {
 239         String label = al.getAlignmentAnnotation()[i].label;
 240         if (fm.stringWidth(label) > idWidth)
 241         {
 242           idWidth = fm.stringWidth(label);
 243         }
 244         i++;
 245       }
 246     }
 247
 248     return new Dimension(idWidth, idPanel.idCanvas.getSize().height);
 249   }
 250
 251   /**
 252    * Highlight the given results on the alignment.
 253    *
 254    */
 255   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 256   {
 257     scrollToPosition(results);
 258     seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 259   }
 260
 261   /**
 262    * scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 263    * (if any) and redraw the overview
 264    *
 265    * @param results
 266    * @return false if results were not found
 267    */
 268   public boolean scrollToPosition(SearchResults results)
 269   {
 270     return scrollToPosition(results, true);
 271   }
 272
 273   /**
 274    * scroll the view to show the position of the highlighted region in results
 275    * (if any)
 276    *
 277    * @param results
 278    * @param redrawOverview
 279    *          - when set, the overview will be recalculated (takes longer)
 280    * @return false if results were not found
 281    */
 282   public boolean scrollToPosition(SearchResults results,
 283           boolean redrawOverview)
 284   {
 285
 286     // do we need to scroll the panel?
 287     if (results != null && results.getSize() > 0)
 288     {
 289       AlignmentI alignment=av.getAlignment();
 290       int seqIndex = alignment.findIndex(results);
 291       if (seqIndex == -1)
 292       {
 293         return false;
 294       }
 295       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqIndex);
 296       int[] r = results.getResults(seq, 0,alignment.getWidth());
 297       if (r == null)
 298       {
 299         if (av.applet.debug) {// DEBUG
 300           System.out.println("DEBUG: scroll didn't happen - results not within alignment : "+seq.getStart()+","+seq.getEnd());
 301         }
 302         return false;
 303       }
 304       if (av.applet.debug) {
 305         // DEBUG
 306         /*System.out.println("DEBUG: scroll: start=" + r[0]
 307                 + " av.getStartRes()=" + av.getStartRes() + " end=" + r[1]
 308                 + " seq.end=" + seq.getEnd() + " av.getEndRes()="
 309                 + av.getEndRes() + " hextent=" + hextent);
 310          */
 311       }
 312       int start = r[0];
 313       int end = r[1];
 314       if (start < 0)
 315       {
 316         return false;
 317       }
 318       if (end == seq.getEnd())
 319       {
 320         return false;
 321       }
 322       return scrollTo(start, end, seqIndex, false, redrawOverview);
 323     }
 324     return true;
 325   }
 326   public boolean scrollTo(int ostart, int end, int seqIndex, boolean scrollToNearest, boolean redrawOverview)
 327   {
 328             int startv, endv, starts, ends, width;
 329
 330           int start=-1;
 331     if (av.hasHiddenColumns())
 332     {
 333       start = av.getColumnSelection().findColumnPosition(ostart);
 334       end = av.getColumnSelection().findColumnPosition(end);
 335       if (start == end)
 336       {
 337         if (!scrollToNearest && !av.getColumnSelection().isVisible(ostart))
 338         {
 339           // don't scroll - position isn't visible
 340           return false;
 341         }
 342       }
 343     }
 344     else
 345     {
 346       start = ostart;
 347     }
 348     if (!av.wrapAlignment)
 349     {
 350           /*
 351           int spos=av.getStartRes(),sqpos=av.getStartSeq();
 352           if ((startv = av.getStartRes()) >= start)
 353           {
 354                   spos=start-1;
 355 //                seqIn
 356 //            setScrollValues(start - 1, seqIndex);
 357           }
 358           else if ((endv = av.getEndRes()) <= end)
 359           {
 360 //            setScrollValues(spos=startv + 1 + end - endv, seqIndex);
 361                   spos=startv + 1 + end - endv;
 362           }
 363           else if ((starts = av.getStartSeq()) > seqIndex)
 364           {
 365             setScrollValues(av.getStartRes(), seqIndex);
 366           }
 367           else if ((ends = av.getEndSeq()) <= seqIndex)
 368           {
 369             setScrollValues(av.getStartRes(), starts + seqIndex - ends + 1);
 370           }
 371
 372           /* */
 373         if ((av.getStartRes() > end)
 374                 || (av.getEndRes() < start)
 375                 || ((av.getStartSeq() > seqIndex) || (av.getEndSeq() < seqIndex)))
 376         {
 377           if (start > av.getAlignment().getWidth() - hextent)
 378           {
 379             start = av.getAlignment().getWidth() - hextent;
 380             if (start < 0)
 381             {
 382               start = 0;
 383             }
 384
 385           }
 386           if (seqIndex > av.getAlignment().getHeight() - vextent)
 387           {
 388             seqIndex = av.getAlignment().getHeight() - vextent;
 389             if (seqIndex < 0)
 390             {
 391               seqIndex = 0;
 392             }
 393           }
 394           // System.out.println("trying to scroll to: "+start+" "+seqIndex);
 395           setScrollValues(start, seqIndex);
 396         }/**/
 397       }
 398       else
 399       {
 400         scrollToWrappedVisible(start);
 401       }
 402     if (redrawOverview && overviewPanel != null)
 403     {
 404       overviewPanel.setBoxPosition();
 405     }
 406     paintAlignment(redrawOverview);
 407     return true;
 408   }
 409
 410   void scrollToWrappedVisible(int res)
 411   {
 412     int cwidth = seqPanel.seqCanvas
 413             .getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);
 414     if (res <= av.getStartRes() || res >= (av.getStartRes() + cwidth))
 415     {
 416       vscroll.setValue(res / cwidth);
 417       av.startRes = vscroll.getValue() * cwidth;
 418     }
 419   }
 420
 421   public OverviewPanel getOverviewPanel()
 422   {
 423     return overviewPanel;
 424   }
 425
 426   public void setOverviewPanel(OverviewPanel op)
 427   {
 428     overviewPanel = op;
 429   }
 430
 431   public void setAnnotationVisible(boolean b)
 432   {
 433     if (!av.wrapAlignment)
 434     {
 435       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(b);
 436       annotationPanelHolder.setVisible(b);
 437     }
 438     validate();
 439     repaint();
 440   }
 441
 442   /**
 443    * automatically adjust annotation panel height for new annotation whilst
 444    * ensuring the alignment is still visible.
 445    */
 446   public void adjustAnnotationHeight()
 447   {
 448     // TODO: display vertical annotation scrollbar if necessary
 449     // this is called after loading new annotation onto alignment
 450     if (alignFrame.getSize().height == 0)
 451     {
 452       System.out.println("NEEDS FIXING");
 453     }
 454     fontChanged();
 455     validateAnnotationDimensions(true);
 456     apvscroll.addNotify();
 457     hscroll.addNotify();
 458     validate();
 459     paintAlignment(true);
 460   }
 461   /**
 462    * calculate the annotation dimensions and refresh slider values accordingly.
 463    * need to do repaints/notifys afterwards.
 464    */
 465   protected void validateAnnotationDimensions(boolean adjustPanelHeight) {
 466     boolean modified=false;
 467     int height = annotationPanel.calcPanelHeight();
 468     int minsize=0;
 469     if (hscroll.isVisible())
 470     {
 471       height += (minsize=hscroll.getPreferredSize().height);
 472     }
 473     if (apvscroll.isVisible()) {
 474       minsize+=apvscroll.getPreferredSize().height;
 475     }
 476     int mheight = height;
 477     Dimension d=sequenceHolderPanel.getSize(),e=idPanel.getSize();
 478     int seqandannot=d.height-scalePanelHolder.getSize().height;
 479     // sets initial preferred height
 480     if ((height+40) > seqandannot / 2)
 481     {
 482       height = seqandannot / 2;
 483     }
 484     if (!adjustPanelHeight)
 485     {
 486       // maintain same window layout whilst updating sliders
 487       height=annotationPanelHolder.getSize().height;
 488     }
 489
 490     if (seqandannot-height<5)
 491     {
 492       height = seqandannot;
 493     }
 494     annotationPanel.setSize(new Dimension(d.width,height));
 495     alabels.setSize(new Dimension(e.width,height));
 496     annotationSpaceFillerHolder.setSize(new Dimension(e.width, height));
 497     annotationPanelHolder.setSize(new Dimension(d.width, height));
 498     seqPanelHolder.setSize(d.width,seqandannot-height);
 499     seqPanel.seqCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);
 500     int s=apvscroll.getValue();
 501     if (s>mheight-height)
 502     {
 503       s = 0;
 504     }
 505     apvscroll.setValues(s, height, 0, mheight);
 506     annotationPanel.setScrollOffset(apvscroll.getValue());
 507     alabels.setScrollOffset(apvscroll.getValue());
 508   }
 509
 510   public void setWrapAlignment(boolean wrap)
 511   {
 512     av.startSeq = 0;
 513     av.startRes = 0;
 514     scalePanelHolder.setVisible(!wrap);
 515
 516     hscroll.setVisible(!wrap);
 517     idwidthAdjuster.setVisible(!wrap);
 518
 519     if (wrap)
 520     {
 521       annotationPanelHolder.setVisible(false);
 522       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(false);
 523     }
 524     else if (av.showAnnotation)
 525     {
 526       annotationPanelHolder.setVisible(true);
 527       annotationSpaceFillerHolder.setVisible(true);
 528     }
 529
 530     idSpaceFillerPanel1.setVisible(!wrap);
 531
 532     fontChanged(); // This is so that the scalePanel is resized correctly
 533
 534     validate();
 535     repaint();
 536
 537   }
 538
 539   int hextent = 0;
 540
 541   int vextent = 0;
 542
 543   // return value is true if the scroll is valid
 544   public boolean scrollUp(boolean up)
 545   {
 546     if (up)
 547     {
 548       if (vscroll.getValue() < 1)
 549       {
 550         return false;
 551       }
 552       setScrollValues(hscroll.getValue(), vscroll.getValue() - 1);
 553     }
 554     else
 555     {
 556       if (vextent + vscroll.getValue() >= av.getAlignment().getHeight())
 557       {
 558         return false;
 559       }
 560       setScrollValues(hscroll.getValue(), vscroll.getValue() + 1);
 561     }
 562
 563     repaint();
 564     return true;
 565   }
 566
 567   public boolean scrollRight(boolean right)
 568   {
 569     if (!right)
 570     {
 571       if (hscroll.getValue() < 1)
 572       {
 573         return false;
 574       }
 575       setScrollValues(hscroll.getValue() - 1, vscroll.getValue());
 576     }
 577     else
 578     {
 579       if (hextent + hscroll.getValue() >= av.getAlignment().getWidth())
 580       {
 581         return false;
 582       }
 583       setScrollValues(hscroll.getValue() + 1, vscroll.getValue());
 584     }
 585
 586     repaint();
 587     return true;
 588   }
 589
 590   public void setScrollValues(int x, int y)
 591   {
 592     int width = av.getAlignment().getWidth();
 593     int height = av.getAlignment().getHeight();
 594
 595     if (av.hasHiddenColumns())
 596     {
 597       width = av.getColumnSelection().findColumnPosition(width);
 598     }
 599     if (x<0) { x = 0; };
 600
 601     hextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.charWidth;
 602     vextent = seqPanel.seqCanvas.getSize().height / av.charHeight;
 603
 604     if (hextent > width)
 605     {
 606       hextent = width;
 607     }
 608
 609     if (vextent > height)
 610     {
 611       vextent = height;
 612     }
 613
 614     if ((hextent + x) > width)
 615     {
 616       System.err.println("hextent was "+hextent+" and x was "+x);
 617
 618       x = width - hextent;
 619     }
 620
 621     if ((vextent + y) > height)
 622     {
 623       y = height - vextent;
 624     }
 625
 626     if (y < 0)
 627     {
 628       y = 0;
 629     }
 630
 631     if (x < 0)
 632     {
 633       System.err.println("x was "+x);
 634       x = 0;
 635     }
 636
 637     av.setStartSeq(y);
 638
 639     int endSeq = y + vextent;
 640     if (endSeq > av.getAlignment().getHeight())
 641     {
 642       endSeq = av.getAlignment().getHeight();
 643     }
 644
 645     av.setEndSeq(endSeq);
 646     av.setStartRes(x);
 647     av.setEndRes((x + (seqPanel.seqCanvas.getSize().width / av.charWidth)) - 1);
 648
 649     hscroll.setValues(x, hextent, 0, width);
 650     vscroll.setValues(y, vextent, 0, height);
 651
 652     if (overviewPanel != null)
 653     {
 654       overviewPanel.setBoxPosition();
 655     }
 656     sendViewPosition();
 657
 658
 659   }
 660
 661   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 662   {
 663     int oldX = av.getStartRes();
 664     int oldY = av.getStartSeq();
 665
 666     if (evt == null || evt.getSource() == apvscroll)
 667     {
 668       annotationPanel.setScrollOffset(apvscroll.getValue());
 669       alabels.setScrollOffset(apvscroll.getValue());
 670       // annotationPanel.image=null;
 671       // alabels.image=null;
 672       // alabels.repaint();
 673       // annotationPanel.repaint();
 674     }
 675     if (evt == null || evt.getSource() == hscroll)
 676     {
 677       int x = hscroll.getValue();
 678       av.setStartRes(x);
 679       av.setEndRes(x + seqPanel.seqCanvas.getSize().width
 680               / av.getCharWidth() - 1);
 681     }
 682
 683     if (evt == null || evt.getSource() == vscroll)
 684     {
 685       int offy = vscroll.getValue();
 686       if (av.getWrapAlignment())
 687       {
 688         int rowSize = seqPanel.seqCanvas
 689                 .getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);
 690         av.setStartRes(vscroll.getValue() * rowSize);
 691         av.setEndRes((vscroll.getValue() + 1) * rowSize);
 692       }
 693       else
 694       {
 695         av.setStartSeq(offy);
 696         av.setEndSeq(offy + seqPanel.seqCanvas.getSize().height
 697                 / av.getCharHeight());
 698       }
 699     }
 700
 701     if (overviewPanel != null)
 702     {
 703       overviewPanel.setBoxPosition();
 704     }
 705
 706     int scrollX = av.startRes - oldX;
 707     int scrollY = av.startSeq - oldY;
 708
 709     if (av.getWrapAlignment() || !fastPaint || av.MAC)
 710     {
 711       repaint();
 712     }
 713     else
 714     {
 715       // Make sure we're not trying to draw a panel
 716       // larger than the visible window
 717       if (scrollX > av.endRes - av.startRes)
 718       {
 719         scrollX = av.endRes - av.startRes;
 720       }
 721       else if (scrollX < av.startRes - av.endRes)
 722       {
 723         scrollX = av.startRes - av.endRes;
 724       }
 725
 726       idPanel.idCanvas.fastPaint(scrollY);
 727       seqPanel.seqCanvas.fastPaint(scrollX, scrollY);
 728
 729       scalePanel.repaint();
 730       if (av.getShowAnnotation())
 731       {
 732         annotationPanel.fastPaint(av.getStartRes() - oldX);
 733       }
 734     }
 735     sendViewPosition();
 736
 737   }
 738   private void sendViewPosition()
 739   {
 740     StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet).sendViewPosition(this, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq);
 741   }
 742
 743   public void paintAlignment(boolean updateOverview)
 744   {
 745     repaint();
 746
 747     if (updateOverview)
 748     {
 749       jalview.structure.StructureSelectionManager
 750               .getStructureSelectionManager(av.applet).sequenceColoursChanged(this);
 751
 752       if (overviewPanel != null)
 753       {
 754         overviewPanel.updateOverviewImage();
 755       }
 756     }
 757   }
 758
 759   public void update(Graphics g)
 760   {
 761     paint(g);
 762   }
 763
 764   public void paint(Graphics g)
 765   {
 766     invalidate();
 767     Dimension d = idPanel.idCanvas.getSize();
 768     idPanel.idCanvas.setSize(d.width, seqPanel.seqCanvas.getSize().height);
 769
 770     if (av.getWrapAlignment())
 771     {
 772       int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 773
 774       if (av.hasHiddenColumns())
 775       {
 776         maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 777       }
 778
 779       int canvasWidth = seqPanel.seqCanvas
 780               .getWrappedCanvasWidth(seqPanel.seqCanvas.getSize().width);
 781
 782       if (canvasWidth > 0)
 783       {
 784         int max = maxwidth / canvasWidth;
 785         vscroll.setMaximum(1 + max);
 786         vscroll.setUnitIncrement(1);
 787         vscroll.setVisibleAmount(1);
 788       }
 789     }
 790     else
 791     {
 792       setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 793     }
 794
 795     alabels.repaint();
 796
 797     seqPanel.seqCanvas.repaint();
 798     scalePanel.repaint();
 799     annotationPanel.repaint();
 800     idPanel.idCanvas.repaint();
 801   }
 802
 803   protected Panel sequenceHolderPanel = new Panel();
 804
 805   protected Scrollbar vscroll = new Scrollbar();
 806
 807   protected Scrollbar hscroll = new Scrollbar();
 808
 809   protected Panel seqPanelHolder = new Panel();
 810
 811   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 812
 813   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 814
 815   protected Panel scalePanelHolder = new Panel();
 816
 817   protected Panel idPanelHolder = new Panel();
 818
 819   BorderLayout borderLayout5 = new BorderLayout();
 820
 821   protected Panel idSpaceFillerPanel1 = new Panel();
 822
 823   public Panel annotationSpaceFillerHolder = new Panel();
 824
 825   BorderLayout borderLayout6 = new BorderLayout();
 826
 827   BorderLayout borderLayout7 = new BorderLayout();
 828
 829   Panel hscrollHolder = new Panel();
 830
 831   BorderLayout borderLayout10 = new BorderLayout();
 832
 833   protected Panel hscrollFillerPanel = new Panel();
 834
 835   BorderLayout borderLayout11 = new BorderLayout();
 836
 837   BorderLayout borderLayout4 = new BorderLayout();
 838
 839   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 840
 841   Panel annotationPanelHolder = new Panel();
 842
 843   protected Scrollbar apvscroll = new Scrollbar();
 844
 845   BorderLayout borderLayout12 = new BorderLayout();
 846
 847   private void jbInit() throws Exception
 848   {
 849     // idPanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));
 850     this.setLayout(borderLayout7);
 851
 852     //sequenceHolderPanel.setPreferredSize(new Dimension(150, 150));
 853     sequenceHolderPanel.setLayout(borderLayout3);
 854     seqPanelHolder.setLayout(borderLayout1);
 855     scalePanelHolder.setBackground(Color.white);
 856
 857     // scalePanelHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));
 858     scalePanelHolder.setLayout(borderLayout6);
 859     idPanelHolder.setLayout(borderLayout5);
 860     idSpaceFillerPanel1.setBackground(Color.white);
 861
 862     // idSpaceFillerPanel1.setPreferredSize(new Dimension(10, 30));
 863     idSpaceFillerPanel1.setLayout(borderLayout11);
 864     annotationSpaceFillerHolder.setBackground(Color.white);
 865
 866     // annotationSpaceFillerHolder.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));
 867     annotationSpaceFillerHolder.setLayout(borderLayout4);
 868     hscroll.setOrientation(Scrollbar.HORIZONTAL);
 869     hscrollHolder.setLayout(borderLayout10);
 870     hscrollFillerPanel.setBackground(Color.white);
 871     apvscroll.setOrientation(Scrollbar.VERTICAL);
 872     apvscroll.setVisible(true);
 873     apvscroll.addAdjustmentListener(this);
 874
 875     annotationPanelHolder.setBackground(Color.white);
 876     annotationPanelHolder.setLayout(borderLayout12);
 877     annotationPanelHolder.add(apvscroll, BorderLayout.EAST);
 878     // hscrollFillerPanel.setPreferredSize(new Dimension(70, 10));
 879     hscrollHolder.setBackground(Color.white);
 880
 881     // annotationScroller.setPreferredSize(new Dimension(10, 80));
 882     // this.setPreferredSize(new Dimension(220, 166));
 883     seqPanelHolder.setBackground(Color.white);
 884     idPanelHolder.setBackground(Color.white);
 885     sequenceHolderPanel.add(scalePanelHolder, BorderLayout.NORTH);
 886     sequenceHolderPanel.add(seqPanelHolder, BorderLayout.CENTER);
 887     seqPanelHolder.add(vscroll, BorderLayout.EAST);
 888
 889     // Panel3.add(secondaryPanelHolder, BorderLayout.SOUTH);
 890     this.add(idPanelHolder, BorderLayout.WEST);
 891     idPanelHolder.add(idSpaceFillerPanel1, BorderLayout.NORTH);
 892     idPanelHolder.add(annotationSpaceFillerHolder, BorderLayout.SOUTH);
 893     this.add(hscrollHolder, BorderLayout.SOUTH);
 894     hscrollHolder.add(hscroll, BorderLayout.CENTER);
 895     hscrollHolder.add(hscrollFillerPanel, BorderLayout.WEST);
 896     this.add(sequenceHolderPanel, BorderLayout.CENTER);
 897   }
 898
 899   /**
 900    * hides or shows dynamic annotation rows based on groups and av state flags
 901    */
 902   public void updateAnnotation()
 903   {
 904     updateAnnotation(false);
 905   }
 906
 907   public void updateAnnotation(boolean applyGlobalSettings)
 908   {
 909     // TODO: this should be merged with other annotation update stuff - that
 910     // sits on AlignViewport
 911     boolean updateCalcs = false;
 912     boolean conv = av.isShowGroupConservation();
 913     boolean cons = av.isShowGroupConsensus();
 914     boolean showprf = av.isShowSequenceLogo();
 915     boolean showConsHist = av.isShowConsensusHistogram();
 916
 917     boolean sortg = true;
 918
 919     // remove old automatic annotation
 920     // add any new annotation
 921
 922     ; // OrderedBy(av.alignment.getSequencesArray());
 923     // intersect alignment annotation with alignment groups
 924
 925     AlignmentAnnotation[] aan = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 926     Hashtable oldrfs = new Hashtable();
 927     if (aan != null)
 928     {
 929       for (int an = 0; an < aan.length; an++)
 930       {
 931         if (aan[an].autoCalculated && aan[an].groupRef != null)
 932         {
 933           oldrfs.put(aan[an].groupRef, aan[an].groupRef);
 934           av.getAlignment().deleteAnnotation(aan[an]);
 935           aan[an] = null;
 936         }
 937       }
 938     }
 939     if (av.getAlignment().getGroups()!= null)
 940     {
 941       for (SequenceGroup sg:av.getAlignment().getGroups())
 942       {
 943         updateCalcs = false;
 944         if (applyGlobalSettings || !oldrfs.containsKey(sg))
 945         {
 946           // set defaults for this group's conservation/consensus
 947           sg.setshowSequenceLogo(showprf);
 948           sg.setShowConsensusHistogram(showConsHist);
 949         }
 950         if (conv)
 951         {
 952           updateCalcs = true;
 953           av.getAlignment().addAnnotation(sg.getConservationRow(), 0);
 954         }
 955         if (cons)
 956         {
 957           updateCalcs = true;
 958           av.getAlignment().addAnnotation(sg.getConsensus(), 0);
 959         }
 960         // refresh the annotation rows
 961         if (updateCalcs)
 962         {
 963           sg.recalcConservation();
 964         }
 965       }
 966     }
 967     oldrfs.clear();
 968     adjustAnnotationHeight();
 969   }
 970
 971   @Override
 972   public AlignmentI getAlignment()
 973   {
 974     return av.getAlignment();
 975   }
 976   @Override
 977   public StructureSelectionManager getStructureSelectionManager()
 978   {
 979     return StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 980   }
 981   @Override
 982   public void raiseOOMWarning(String string, OutOfMemoryError error)
 983   {
 984     // TODO: JAL-960
 985     System.err.println("Out of memory whilst '"+string+"'");
 986     error.printStackTrace();
 987   }
 988
 989 }