src/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.9)
   3  * Copyright (C) 2015 The Jalview Authors
   4  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
  25 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  26 import jalview.util.MessageManager;
  27
  28 import java.awt.BorderLayout;
  29 import java.awt.Button;
  30 import java.awt.Checkbox;
  31 import java.awt.Choice;
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.awt.Dimension;
  34 import java.awt.FlowLayout;
  35 import java.awt.Font;
  36 import java.awt.Frame;
  37 import java.awt.Panel;
  38 import java.awt.Scrollbar;
  39 import java.awt.TextField;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  43 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  44 import java.awt.event.ItemEvent;
  45 import java.awt.event.ItemListener;
  46 import java.awt.event.MouseEvent;
  47 import java.awt.event.MouseListener;
  48 import java.util.Hashtable;
  49 import java.util.Vector;
  50
  51 public class AnnotationColourChooser extends Panel implements
  52         ActionListener, AdjustmentListener, ItemListener, MouseListener
  53 {
  54   Frame frame;
  55
  56   AlignViewport av;
  57
  58   AlignmentPanel ap;
  59
  60   ColourSchemeI oldcs;
  61
  62   Hashtable oldgroupColours;
  63
  64   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  65
  66   boolean adjusting = false;
  67
  68   public AnnotationColourChooser(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  69   {
  70     try
  71     {
  72       jbInit();
  73     } catch (Exception ex)
  74     {
  75     }
  76
  77     oldcs = av.getGlobalColourScheme();
  78     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
  79     {
  80       oldgroupColours = new Hashtable();
  81       for (SequenceGroup sg : ap.av.getAlignment().getGroups())
  82       {
  83         if (sg.cs != null)
  84         {
  85           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);
  86         }
  87         else
  88         {
  89           oldgroupColours.put(sg, "null");
  90         }
  91       }
  92     }
  93     this.av = av;
  94     this.ap = ap;
  95
  96     slider.addAdjustmentListener(this);
  97     slider.addMouseListener(this);
  98
  99     if (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation() == null)
 100     {
 101       return;
 102     }
 103
 104     setDefaultMinMax();
 105
 106     adjusting = true;
 107     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)
 108     {
 109       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;
 110       currentColours.setState(acg.isPredefinedColours()
 111               || acg.getBaseColour() != null);
 112       if (!acg.isPredefinedColours() && acg.getBaseColour() == null)
 113       {
 114         minColour.setBackground(acg.getMinColour());
 115         maxColour.setBackground(acg.getMaxColour());
 116       }
 117       // seqAssociated.setState(acg.isSeqAssociated());
 118     }
 119
 120     Vector list = new Vector();
 121     int index = 1;
 122     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)
 123     {
 124       String label = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].label;
 125       if (!list.contains(label))
 126       {
 127         list.addElement(label);
 128       }
 129       else
 130       {
 131         list.addElement(label + "_" + (index++));
 132       }
 133     }
 134
 135     for (int i = 0; i < list.size(); i++)
 136     {
 137       annotations.addItem(list.elementAt(i).toString());
 138     }
 139
 140     threshold.addItem(MessageManager
 141             .getString("label.threshold_feature_no_thereshold"));
 142     threshold.addItem(MessageManager
 143             .getString("label.threshold_feature_above_thereshold"));
 144     threshold.addItem(MessageManager
 145             .getString("label.threshold_feature_below_thereshold"));
 146
 147     if (oldcs instanceof AnnotationColourGradient)
 148     {
 149       AnnotationColourGradient acg = (AnnotationColourGradient) oldcs;
 150       annotations.select(acg.getAnnotation());
 151       switch (acg.getAboveThreshold())
 152       {
 153       case AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD:
 154         threshold.select(0);
 155         break;
 156       case AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD:
 157         threshold.select(1);
 158         break;
 159       case AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD:
 160         threshold.select(1);
 161         break;
 162       default:
 163         throw new Error(
 164                 MessageManager
 165                         .getString("error.implementation_error_dont_know_thereshold_annotationcolourgradient"));
 166       }
 167       thresholdIsMin.setState(acg.thresholdIsMinMax);
 168       thresholdValue.setText("" + acg.getAnnotationThreshold());
 169     }
 170
 171     adjusting = false;
 172
 173     changeColour();
 174
 175     frame = new Frame();
 176     frame.add(this);
 177     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 178             MessageManager.getString("label.colour_by_annotation"), 560,
 179             175);
 180     validate();
 181   }
 182
 183   private void setDefaultMinMax()
 184   {
 185     minColour.setBackground(av.applet.getDefaultColourParameter(
 186             "ANNOTATIONCOLOUR_MIN", Color.orange));
 187     maxColour.setBackground(av.applet.getDefaultColourParameter(
 188             "ANNOTATIONCOLOUR_MAX", Color.red));
 189
 190   }
 191
 192   public AnnotationColourChooser()
 193   {
 194     try
 195     {
 196       jbInit();
 197     } catch (Exception ex)
 198     {
 199       ex.printStackTrace();
 200     }
 201   }
 202
 203   private void jbInit() throws Exception
 204   {
 205     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 206     minColour.setLabel(MessageManager.getString("label.min_colour"));
 207     minColour.addActionListener(this);
 208
 209     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 210     maxColour.setLabel(MessageManager.getString("label.max_colour"));
 211     maxColour.addActionListener(this);
 212
 213     thresholdIsMin.addItemListener(this);
 214     ok.setLabel(MessageManager.getString("action.ok"));
 215     ok.addActionListener(this);
 216
 217     cancel.setLabel(MessageManager.getString("action.cancel"));
 218     cancel.addActionListener(this);
 219
 220     defColours.setLabel(MessageManager.getString("action.set_defaults"));
 221     defColours.addActionListener(this);
 222
 223     annotations.addItemListener(this);
 224
 225     thresholdValue.addActionListener(this);
 226     slider.setBackground(Color.white);
 227     slider.setPreferredSize(new Dimension(193, 21));
 228     slider.setEnabled(false);
 229     thresholdValue.setPreferredSize(new Dimension(79, 22));
 230     thresholdValue.setEnabled(false);
 231     thresholdValue.setColumns(5);
 232     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 233     currentColours.setLabel(MessageManager
 234             .getString("label.use_original_colours"));
 235     currentColours.addItemListener(this);
 236
 237     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);
 238     thresholdIsMin.setLabel(MessageManager
 239             .getString("label.threshold_minmax"));
 240
 241     this.setLayout(borderLayout1);
 242
 243     jPanel1.setBackground(Color.white);
 244
 245     jPanel2.setLayout(new FlowLayout());
 246     jPanel2.setBackground(Color.white);
 247     threshold.addItemListener(this);
 248     jPanel3.setLayout(new FlowLayout());
 249     jPanel3.setBackground(Color.white);
 250     Panel jPanel4 = new Panel();
 251     jPanel4.setLayout(new BorderLayout());
 252     jPanel4.setBackground(Color.white);
 253
 254     jPanel1.add(ok);
 255     jPanel1.add(cancel);
 256
 257     jPanel2.add(annotations);
 258     jPanel2.add(currentColours);
 259     jPanel2.add(minColour);
 260     jPanel2.add(maxColour);
 261
 262     jPanel4.add(thresholdIsMin, BorderLayout.WEST);
 263     jPanel4.add(slider, BorderLayout.CENTER);
 264     jPanel4.add(thresholdValue, BorderLayout.EAST);
 265
 266     Panel jPanel34 = new Panel();
 267     jPanel34.setLayout(new BorderLayout());
 268     jPanel34.setBackground(Color.white);
 269     jPanel34.add(jPanel2, BorderLayout.NORTH);
 270     jPanel34.add(threshold, BorderLayout.WEST);
 271     jPanel3.add(defColours);
 272     jPanel34.add(jPanel3, BorderLayout.EAST);
 273     jPanel34.add(jPanel4, BorderLayout.SOUTH);
 274
 275     this.add(jPanel34, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 276     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 277
 278   }
 279
 280   Choice annotations = new Choice();
 281
 282   Button minColour = new Button();
 283
 284   Button maxColour = new Button();
 285
 286   Button ok = new Button();
 287
 288   Button cancel = new Button();
 289
 290   Button defColours = new Button();
 291
 292   Panel jPanel1 = new Panel();
 293
 294   Panel jPanel2 = new Panel();
 295
 296   Choice threshold = new Choice();
 297
 298   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 299
 300   Panel jPanel3 = new Panel();
 301
 302   Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
 303
 304   TextField thresholdValue = new TextField(20);
 305
 306   Checkbox currentColours = new Checkbox();
 307
 308   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 309
 310   Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
 311
 312   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 313   {
 314     if (evt.getSource() == thresholdValue)
 315     {
 316       try
 317       {
 318         float f = new Float(thresholdValue.getText()).floatValue();
 319         slider.setValue((int) (f * 1000));
 320         adjustmentValueChanged(null);
 321       } catch (NumberFormatException ex)
 322       {
 323       }
 324     }
 325     else if (evt.getSource() == minColour)
 326     {
 327       minColour_actionPerformed(null);
 328     }
 329     else if (evt.getSource() == maxColour)
 330     {
 331       maxColour_actionPerformed(null);
 332     }
 333     else if (evt.getSource() == defColours)
 334     {
 335       defColour_actionPerformed();
 336     }
 337     else if (evt.getSource() == ok)
 338     {
 339       frame.setVisible(false);
 340     }
 341     else if (evt.getSource() == cancel)
 342     {
 343       reset();
 344       ap.paintAlignment(true);
 345       frame.setVisible(false);
 346     }
 347
 348     else
 349     {
 350       changeColour();
 351     }
 352   }
 353
 354   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 355   {
 356     if (evt.getSource() == currentColours)
 357     {
 358       if (currentColours.getState())
 359       {
 360         reset();
 361       }
 362
 363       maxColour.setEnabled(!currentColours.getState());
 364       minColour.setEnabled(!currentColours.getState());
 365
 366     }
 367
 368     changeColour();
 369   }
 370
 371   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 372   {
 373     if (!adjusting)
 374     {
 375       thresholdValue.setText((slider.getValue() / 1000f) + "");
 376       if (currentColours.getState()
 377               && !(av.getGlobalColourScheme() instanceof AnnotationColourGradient))
 378       {
 379         changeColour();
 380       }
 381
 382       currentAnnotation.threshold.value = slider.getValue() / 1000f;
 383       ap.paintAlignment(false);
 384     }
 385   }
 386
 387   public void minColour_actionPerformed(Color newCol)
 388   {
 389     if (newCol != null)
 390     {
 391       minColour.setBackground(newCol);
 392       minColour.repaint();
 393       changeColour();
 394     }
 395     else
 396     {
 397       new UserDefinedColours(this, "Min Colour", minColour.getBackground());
 398     }
 399
 400   }
 401
 402   public void maxColour_actionPerformed(Color newCol)
 403   {
 404     if (newCol != null)
 405     {
 406       maxColour.setBackground(newCol);
 407       maxColour.repaint();
 408       changeColour();
 409     }
 410     else
 411     {
 412       new UserDefinedColours(this, "Max Colour", maxColour.getBackground());
 413     }
 414   }
 415
 416   public void defColour_actionPerformed()
 417   {
 418     setDefaultMinMax();
 419     minColour.repaint();
 420     maxColour.repaint();
 421     changeColour();
 422   }
 423
 424   void changeColour()
 425   {
 426     // Check if combobox is still adjusting
 427     if (adjusting)
 428     {
 429       return;
 430     }
 431
 432     currentAnnotation = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[annotations
 433             .getSelectedIndex()];
 434
 435     int aboveThreshold = -1;
 436     if (threshold.getSelectedIndex() == 1)
 437     {
 438       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 439     }
 440     else if (threshold.getSelectedIndex() == 2)
 441     {
 442       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 443     }
 444
 445     slider.setEnabled(true);
 446     thresholdValue.setEnabled(true);
 447     thresholdIsMin.setEnabled(true);
 448
 449     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 450     {
 451       slider.setEnabled(false);
 452       thresholdValue.setEnabled(false);
 453       thresholdIsMin.setEnabled(false);
 454       thresholdValue.setText("");
 455     }
 456     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD
 457             && currentAnnotation.threshold == null)
 458     {
 459       currentAnnotation
 460               .setThreshold(new jalview.datamodel.GraphLine(
 461                       (currentAnnotation.graphMax - currentAnnotation.graphMin) / 2f,
 462                       "Threshold", Color.black));
 463     }
 464
 465     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 466     {
 467       adjusting = true;
 468
 469       slider.setMinimum((int) (currentAnnotation.graphMin * 1000));
 470       slider.setMaximum((int) (currentAnnotation.graphMax * 1000));
 471       slider.setValue((int) (currentAnnotation.threshold.value * 1000));
 472       thresholdValue.setText(currentAnnotation.threshold.value + "");
 473       slider.setEnabled(true);
 474       thresholdValue.setEnabled(true);
 475       adjusting = false;
 476     }
 477
 478     AnnotationColourGradient acg = null;
 479     if (currentColours.getState())
 480     {
 481       acg = new AnnotationColourGradient(currentAnnotation,
 482               av.getGlobalColourScheme(), aboveThreshold);
 483     }
 484     else
 485     {
 486       acg = new AnnotationColourGradient(currentAnnotation,
 487               minColour.getBackground(), maxColour.getBackground(),
 488               aboveThreshold);
 489     }
 490
 491     if (currentAnnotation.graphMin == 0f
 492             && currentAnnotation.graphMax == 0f)
 493     {
 494       acg.setPredefinedColours(true);
 495     }
 496
 497     acg.thresholdIsMinMax = thresholdIsMin.getState();
 498
 499     av.setGlobalColourScheme(acg);
 500
 501     // TODO: per group colour propagation not always desired
 502     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 503     {
 504       for (SequenceGroup sg : ap.av.getAlignment().getGroups())
 505       {
 506
 507         if (sg.cs == null)
 508         {
 509           continue;
 510         }
 511
 512         if (currentColours.getState())
 513         {
 514           sg.cs = new AnnotationColourGradient(currentAnnotation, sg.cs,
 515                   aboveThreshold);
 516         }
 517         else
 518         {
 519           sg.cs = new AnnotationColourGradient(currentAnnotation,
 520                   minColour.getBackground(), maxColour.getBackground(),
 521                   aboveThreshold);
 522         }
 523
 524       }
 525     }
 526
 527     // update colours in linked windows
 528     ap.alignmentChanged();
 529     ap.paintAlignment(true);
 530   }
 531
 532   void reset()
 533   {
 534     av.setGlobalColourScheme(oldcs);
 535     if (av.getAlignment().getGroups() != null)
 536     {
 537       for (SequenceGroup sg : ap.av.getAlignment().getGroups())
 538       {
 539         Object cs = oldgroupColours.get(sg);
 540         if (cs instanceof ColourSchemeI)
 541         {
 542           sg.cs = (ColourSchemeI) cs;
 543         }
 544         else
 545         {
 546           // probably the "null" string we set it to if it was null originally.
 547           sg.cs = null;
 548         }
 549       }
 550     }
 551     ap.paintAlignment(true);
 552
 553   }
 554
 555   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 556   {
 557   }
 558
 559   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 560   {
 561   }
 562
 563   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 564   {
 565     ap.paintAlignment(true);
 566   }
 567
 568   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 569   {
 570   }
 571
 572   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 573   {
 574   }
 575
 576 }