src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.appletgui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24 import java.awt.image.BufferedImage;
  25
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks;
  28
  29 public class AnnotationLabels extends Panel implements ActionListener,
  30         MouseListener, MouseMotionListener
  31 {
  32   Image image;
  33
  34   boolean active = false;
  35
  36   AlignmentPanel ap;
  37
  38   AlignViewport av;
  39
  40   boolean resizing = false;
  41
  42   int oldY, mouseX;
  43
  44   static String ADDNEW = "Add New Row";
  45
  46   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  47
  48   static String HIDE = "Hide This Row";
  49
  50   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  51
  52   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";
  53
  54   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  55
  56   int scrollOffset = 0;
  57
  58   int selectedRow = -1;
  59
  60   Tooltip tooltip;
  61
  62   private boolean hasHiddenRows;
  63
  64   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  65   {
  66     this.ap = ap;
  67     this.av = ap.av;
  68     setLayout(null);
  69
  70     /**
  71      * this retrieves the adjustable height glyph from resources. we don't use
  72      * it at the moment. java.net.URL url =
  73      * getClass().getResource("/images/idwidth.gif"); Image temp = null;
  74      *
  75      * if (url != null) { temp =
  76      * java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url); }
  77      *
  78      * try { MediaTracker mt = new MediaTracker(this); mt.addImage(temp, 0);
  79      * mt.waitForID(0); } catch (Exception ex) { }
  80      *
  81      * BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
  82      * temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB); Graphics2D g =
  83      * (Graphics2D) bi.getGraphics(); g.rotate(Math.toRadians(90));
  84      * g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this); image = (Image) bi;
  85      */
  86     addMouseListener(this);
  87     addMouseMotionListener(this);
  88   }
  89
  90   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
  91   {
  92     this.av = av;
  93   }
  94
  95   public void setScrollOffset(int y)
  96   {
  97     scrollOffset = y;
  98     repaint();
  99   }
 100
 101   /**
 102    *
 103    * @param y
 104    * @return -2 if no rows are visible at all, -1 if no visible rows were
 105    *         selected
 106    */
 107   int getSelectedRow(int y)
 108   {
 109     int row = -2;
 110     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 111
 112     if (aa == null)
 113     {
 114       return row;
 115     }
 116     int height = 0;
 117     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 118     {
 119       row = -1;
 120       if (!aa[i].visible)
 121       {
 122         continue;
 123       }
 124       height += aa[i].height;
 125       if (y < height)
 126       {
 127         row = i;
 128         break;
 129       }
 130     }
 131
 132     return row;
 133   }
 134
 135   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 136   {
 137     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 138
 139     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 140     {
 141       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation("", null,
 142               new Annotation[ap.av.alignment.getWidth()]);
 143
 144       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 145       {
 146         return;
 147       }
 148
 149       ap.av.alignment.addAnnotation(newAnnotation);
 150       ap.av.alignment.setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 151     }
 152     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 153     {
 154       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 155     }
 156     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 157     {
 158       aa[selectedRow].visible = false;
 159     }
 160     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 161     {
 162       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 163       {
 164         aa[i].visible = (aa[i].annotations == null) ? false : true;
 165       }
 166     }
 167     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 168     {
 169       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false,
 170               ap.alignFrame);
 171       Frame frame = new Frame();
 172       frame.add(cap);
 173       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, ap.alignFrame.getTitle()
 174               + " - " + aa[selectedRow].label, 500, 100);
 175       cap.setText(aa[selectedRow].toString());
 176     }
 177     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 178     {
 179       SequenceI cons = av.getConsensusSeq();
 180       if (cons != null)
 181       {
 182         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 183       }
 184
 185     }
 186     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();
 187     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);
 188     ap.validate();
 189     ap.paintAlignment(true);
 190   }
 191
 192   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 193   {
 194     Checkbox padGaps = new Checkbox("Fill Empty Gaps With \""
 195             + ap.av.getGapCharacter() + "\"", annotation.padGaps);
 196
 197     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 198             annotation.description, "      Annotation Label",
 199             "Annotation Description", ap.alignFrame,
 200             "Edit Annotation Name / Description", 500, 180, false);
 201
 202     Panel empty = new Panel(new FlowLayout());
 203     empty.add(padGaps);
 204     dialog.add(empty);
 205     dialog.pack();
 206
 207     dialog.setVisible(true);
 208
 209     if (dialog.accept)
 210     {
 211       annotation.label = dialog.getName();
 212       annotation.description = dialog.getDescription();
 213       annotation.setPadGaps(padGaps.getState(), av.getGapCharacter());
 214       repaint();
 215       return true;
 216     }
 217     else
 218       return false;
 219
 220   }
 221
 222   boolean resizePanel = false;
 223
 224   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 225   {
 226     resizePanel = evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14;
 227     int row = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 228
 229     if (row > -1)
 230     {
 231       ParseHtmlBodyAndLinks phb = new ParseHtmlBodyAndLinks(av.alignment.getAlignmentAnnotation()[row].getDescription(true), true, "\n");
 232       if (tooltip == null)
 233       {
 234         tooltip = new Tooltip(phb.getNonHtmlContent(), this);
 235       }
 236       else
 237       {
 238         tooltip.setTip(phb.getNonHtmlContent());
 239       }
 240     }
 241     else if (tooltip != null)
 242     {
 243       tooltip.setTip("");
 244     }
 245   }
 246
 247   /**
 248    * curent drag position
 249    */
 250   MouseEvent dragEvent = null;
 251
 252   /**
 253    * flag to indicate drag events should be ignored
 254    */
 255   private boolean dragCancelled = false;
 256
 257   /**
 258    * clear any drag events in progress
 259    */
 260   public void cancelDrag()
 261   {
 262     dragEvent = null;
 263     dragCancelled = true;
 264   }
 265
 266   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 267   {
 268     if (dragCancelled)
 269     {
 270       return;
 271     }
 272     ;
 273     dragEvent = evt;
 274
 275     if (resizePanel)
 276     {
 277       Dimension d = ap.annotationPanelHolder.getSize(), e = ap.annotationSpaceFillerHolder
 278               .getSize(), f = ap.seqPanelHolder.getSize();
 279       int dif = evt.getY() - oldY;
 280
 281       dif /= ap.av.charHeight;
 282       dif *= ap.av.charHeight;
 283
 284       if ((d.height - dif) > 20 && (f.height + dif) > 20)
 285       {
 286         ap.annotationPanel.setSize(d.width, d.height - dif);
 287         setSize(new Dimension(e.width, d.height - dif));
 288         ap.annotationSpaceFillerHolder.setSize(new Dimension(e.width,
 289                 d.height - dif));
 290         ap.annotationPanelHolder.setSize(new Dimension(d.width, d.height
 291                 - dif));
 292         ap.apvscroll.setValues(ap.apvscroll.getValue(), d.height - dif, 0,
 293                 ap.annotationPanel.calcPanelHeight());
 294         f.height += dif;
 295         ap.seqPanelHolder.setPreferredSize(f);
 296         ap.setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 297         ap.validate();
 298         // ap.paintAlignment(true);
 299         ap.addNotify();
 300       }
 301
 302     }
 303     else
 304     {
 305       int diff;
 306       if ((diff = 6 - evt.getY()) > 0)
 307       {
 308         // nudge scroll up
 309         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() - diff);
 310         ap.adjustmentValueChanged(null);
 311
 312       }
 313       else if ((0 < (diff = 6
 314               - ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize().height
 315               + evt.getY())))
 316       {
 317         // nudge scroll down
 318         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() + diff);
 319         ap.adjustmentValueChanged(null);
 320       }
 321       repaint();
 322     }
 323   }
 324
 325   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 326   {
 327   }
 328
 329   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 330   {
 331     if (!resizePanel && !dragCancelled)
 332     {
 333       int start = selectedRow;
 334
 335       int end = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 336
 337       if (start>-1 && start != end)
 338       {
 339         // Swap these annotations
 340         AlignmentAnnotation startAA = ap.av.alignment
 341                 .getAlignmentAnnotation()[start];
 342         if (end == -1)
 343         {
 344           end = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation().length - 1;
 345         }
 346         AlignmentAnnotation endAA = ap.av.alignment
 347                 .getAlignmentAnnotation()[end];
 348
 349         ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 350         ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 351       }
 352     }
 353     resizePanel = false;
 354     dragEvent = null;
 355     dragCancelled = false;
 356     repaint();
 357     ap.annotationPanel.repaint();
 358   }
 359
 360   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 361   {
 362     if (evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14)
 363     {
 364       resizePanel = true;
 365       repaint();
 366     }
 367   }
 368
 369   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 370   {
 371     dragCancelled = false;
 372
 373     if (dragEvent == null)
 374     {
 375       resizePanel = false;
 376     }
 377     else
 378     {
 379       if (!resizePanel)
 380       {
 381         dragEvent = null;
 382       }
 383     }
 384     repaint();
 385   }
 386
 387   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 388   {
 389     oldY = evt.getY();
 390     if (resizePanel)
 391     {
 392       return;
 393     }
 394     dragCancelled=false;
 395     // todo: move below to mouseClicked ?
 396     selectedRow = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 397
 398     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 399
 400     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
 401     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
 402     {
 403
 404       PopupMenu popup = new PopupMenu("Annotations");
 405
 406       MenuItem item = new MenuItem(ADDNEW);
 407       item.addActionListener(this);
 408       popup.add(item);
 409       if (selectedRow < 0)
 410       {
 411         // this never happens at moment: - see comment on JAL-563
 412         if (hasHiddenRows)
 413         {
 414           item = new MenuItem(SHOWALL);
 415           item.addActionListener(this);
 416           popup.add(item);
 417         }
 418         this.add(popup);
 419         popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 420         return;
 421       }
 422       // add the rest if there are actually rows to show
 423       item = new MenuItem(EDITNAME);
 424       item.addActionListener(this);
 425       popup.add(item);
 426       item = new MenuItem(HIDE);
 427       item.addActionListener(this);
 428       popup.add(item);
 429       if (hasHiddenRows)
 430       {
 431         item = new MenuItem(SHOWALL);
 432         item.addActionListener(this);
 433         popup.add(item);
 434       }
 435       this.add(popup);
 436       item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);
 437       item.addActionListener(this);
 438       popup.add(item);
 439       if (selectedRow < aa.length)
 440       {
 441         if (aa[selectedRow].autoCalculated)
 442         {
 443           if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 444           {
 445             popup.addSeparator();
 446             final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(
 447                     "Ignore Gaps In Consensus",
 448                     (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 449                             .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 450                             .getIgnoreGapsConsensus());
 451             final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 452             cbmi.addItemListener(new ItemListener()
 453             {
 454               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 455               {
 456                 if (aaa.groupRef != null)
 457                 {
 458                   // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 459                   aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 460                 }
 461                 else
 462                 {
 463                   ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 464                 }
 465                 ap.paintAlignment(true);
 466               }
 467             });
 468             popup.add(cbmi);
 469             if (aaa.groupRef != null)
 470             {
 471               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 472                       "Show Group Histogram",
 473                       aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 474               chist.addItemListener(new ItemListener()
 475               {
 476                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 477                 {
 478                   // TODO: pass on reference
 479                   // to ap
 480                   // so the
 481                   // view
 482                   // can be
 483                   // updated.
 484                   aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 485                   ap.repaint();
 486                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 487                 }
 488               });
 489               popup.add(chist);
 490               final CheckboxMenuItem cprofl = new CheckboxMenuItem(
 491                       "Show Group Logo",
 492                       aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 493               cprofl.addItemListener(new ItemListener()
 494               {
 495                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 496                 {
 497                   // TODO: pass on reference
 498                   // to ap
 499                   // so the
 500                   // view
 501                   // can be
 502                   // updated.
 503                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 504                   ap.repaint();
 505                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 506                 }
 507               });
 508               popup.add(cprofl);
 509             }
 510             else
 511             {
 512               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 513                       "Show Histogram", av.isShowConsensusHistogram());
 514               chist.addItemListener(new ItemListener()
 515               {
 516                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 517                 {
 518                   // TODO: pass on reference
 519                   // to ap
 520                   // so the
 521                   // view
 522                   // can be
 523                   // updated.
 524                   av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 525                   ap.repaint();
 526                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 527                 }
 528               });
 529               popup.add(chist);
 530               final CheckboxMenuItem cprof = new CheckboxMenuItem(
 531                       "Show Logo", av.isShowSequenceLogo());
 532               cprof.addItemListener(new ItemListener()
 533               {
 534                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 535                 {
 536                   // TODO: pass on reference
 537                   // to ap
 538                   // so the
 539                   // view
 540                   // can be
 541                   // updated.
 542                   av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 543                   ap.repaint();
 544                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 545                 }
 546               });
 547               popup.add(cprof);
 548             }
 549
 550             item = new MenuItem(COPYCONS_SEQ);
 551             item.addActionListener(this);
 552             popup.add(item);
 553           }
 554         }
 555       }
 556       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 557     }
 558     else
 559     {
 560       // selection action.
 561       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 562       {
 563         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 564         {
 565           if (evt.getClickCount() >= 2)
 566           {
 567             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 568             // click highlights/scrolls, second selects
 569             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 570             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 571             aa[selectedRow].groupRef); // );
 572             ap.av.sendSelection();
 573             ap.paintAlignment(false);
 574             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 575           }
 576           else
 577           {
 578             ap.seqPanel.ap.idPanel
 579                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 580                             .getSequences(null));
 581           }
 582           return;
 583         }
 584         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 585         {
 586           Vector sr = new Vector();
 587           sr.addElement(aa[selectedRow].sequenceRef);
 588           if (evt.getClickCount() == 1)
 589           {
 590             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(sr);
 591           }
 592           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 593           {
 594             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 595             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 596             sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 597             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 598             ap.paintAlignment(false);
 599             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 600             ap.av.sendSelection();
 601           }
 602
 603         }
 604       }
 605
 606     }
 607   }
 608
 609   /**
 610    * DOCUMENT ME!
 611    *
 612    * @param e
 613    *          DOCUMENT ME!
 614    */
 615   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 616   {
 617     if (sq == null || sq.getLength() < 1)
 618     {
 619       return;
 620     }
 621     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();
 622     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t"
 623             + sq.getStart() + "\t" + sq.getEnd() + "\t"
 624             + sq.getSequenceAsString() + "\n");
 625     if (av.hasHiddenColumns)
 626     {
 627       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns = new Vector();
 628       for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)
 629       {
 630         int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 631                 .elementAt(i);
 632
 633         jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns
 634                 .addElement(new int[]
 635                 { region[0], region[1] });
 636       }
 637     }
 638   }
 639
 640   public void update(Graphics g)
 641   {
 642     paint(g);
 643   }
 644
 645   public void paint(Graphics g)
 646   {
 647     int w = getSize().width;
 648     int h = getSize().height;
 649     if (image == null || w != image.getWidth(this) || h!=image.getHeight(this) )
 650     {
 651       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);
 652     }
 653
 654     drawComponent(image.getGraphics(), w);
 655     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 656   }
 657
 658   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 659   {
 660     g.setFont(av.getFont());
 661     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());
 662     g.setColor(Color.white);
 663     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 664
 665     g.translate(0, -scrollOffset);
 666     g.setColor(Color.black);
 667
 668     AlignmentAnnotation[] aa = av.alignment.getAlignmentAnnotation();
 669     int y = 0, fy = g.getFont().getSize();
 670     int x = 0, offset;
 671
 672     if (aa != null)
 673     {
 674       hasHiddenRows = false;
 675       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 676       {
 677         if (!aa[i].visible)
 678         {
 679           hasHiddenRows = true;
 680           continue;
 681         }
 682
 683         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 684
 685         y += aa[i].height;
 686         offset = -(aa[i].height - fy) / 2;
 687
 688         g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
 689       }
 690     }
 691     g.translate(0, +scrollOffset);
 692     if (resizePanel)
 693     {
 694       g.setColor(Color.red);
 695       g.setPaintMode();
 696       g.drawLine(2, 8, 5, 2);
 697       g.drawLine(5, 2, 8, 8);
 698     }
 699     else if (!dragCancelled && dragEvent != null && aa != null)
 700     {
 701       g.setColor(Color.lightGray);
 702       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
 703               dragEvent.getY());
 704     }
 705
 706     if ((aa == null) || (aa.length < 1))
 707     {
 708       g.setColor(Color.black);
 709       g.drawString("Right click", 2, 8);
 710       g.drawString("to add annotation", 2, 18);
 711     }
 712   }
 713 }